（一）北京政府之軍事計畫
政府當雲南電請取消帝制之時，雖聲言疑爲他人捏造，發電查問，然一方已下動員令，密飭駐紮湖南岳州之第三師長曹錕准備伐滇，並於十二月二十七日飭第七師長張敬堯統兵陸續南下。一月四、五等日，又飭第八師長李長泰率其所部由京出發，並令川省派兵扼守敍州，以防滇軍之入川，湘省進軍貴陽，以堵滇軍之東出，且分電桂、贛、皖、鄂、蘇、浙等省除籌防守事宜外，准備軍實，候令出師。至一月五日，始發布明令，派曹錕督率各師扼要進紮，並令近滇各省將軍、巡按使一體嚴籌防勦。七日，復明令各省將軍簡拔精銳，聽候調用。伐滇軍隊初擬取道湘、黔，旋知黔省道路難以行軍，該省復電請北軍毋入其境，且又得滇軍向川進兵之耗，乃令曹錕第三師全師、張繼堯第七師之一旅改道入川，並令李長泰之第八師及駐贛北軍第六師長馬繼增所統之一旅，繼續前進，而別調駐鄂北軍第二師（王占元所部）之一部分代曹駐岳，復飭馬繼增率其第六師之一旅及張敬堯之一旅防堵湘西，此外復命龍覲光率兵由廣東入滇，此政府對於滇事用兵之大略也。
聞政府初時征滇之計畫擬分作三時期，第一期爲分路扼要駐守，斷其援，孤其勢，一方祕密宣慰，削其脅從，使接濟窮促，發生內潰，再行進攻，並預定平滇時限爲六個月，然未幾而滇軍入川，且宣慰無效，此策卽歸失敗。一月下旬，遂主張積極用兵，令鄰滇各眷將軍及各路統兵大員分途進勦，規定戒嚴地域爲三等：（一）由百色、泗城，經興義、威靈及瀘州、寧遠等處，爲緊急區；（二）由桂林經貴陽及重慶等處，爲臨時區；（三）由雷、瓊經辰、沅、荊湘及漢中等處，爲預備區。其進攻方法，擬四面之總攻擊，川省爲一路，湘省爲一路，桂邊爲一路。而川省之中，又分爲三路：一在重慶、敍州之間，守衞自流井及成渝之大路，且在敍府附近攻禦滇軍；一在瀘州境內之合江、納溪間，與滇軍交戰；一在綦江方面，抵抗黔滇兩軍。俟得勝後，在敍府者進窺昭通，在瀘州者直趨畢節，會師合攻昆明，而在綦江者，亦當取道遵義，以達滇省。湘省一路則分駐軍於辰州、寶慶間，桂邊一路係龍覲光所統之粵軍與桂軍合組而成，由廣西百色進攻滇省廣南之剝隘。在川軍隊，以重慶爲根據地，歸曹錕統率；在湘軍隊，以常德爲根據地，由馬繼增指揮，而受曹錕之遙制；桂邊軍隊，以南寧爲根據地，由龍覲光督率進行。在桂者不過牽掣滇軍，分其兵力，其主腦實在川湘，而川湘之中，則以川爲尤要。大致川主攻而湘主守，蓋以護國軍之樞紐實在雲南，湘軍卽能獲勝，尚須越過貴州，方達滇省，而貴州方面，山嶺崇峻，道路崎嶇，諸多障礙，故不如由川省進行之爲便也。
政府恃其人衆械足，以爲滇軍久必受困，初不料其能迅速攻入川邊，且聯同黔軍侵入湘境，迨川湘各地屢被攻佔，而廣西獨立，龍軍受圍，於是政府軍事計畫大受打擊，且財政困難，軍費難籌，初時將預備登極典禮之二千萬元挪移應用，旋復羅掘各款，以資挹注，然財力究不充足，故軍事不能充分拓展。當日曾有用兵十萬對付滇軍之議，雖全國兵數約計可得五十萬人，然大半有駐防之責，或非政府所可信用，北軍僅十數師，在前敵者旣六師有餘，且又分駐蘇、贛、鄂、魯等省，無可再調，故斯議迄未實現。
政府對於用兵計畫係取集權主義，事事由統率處裁奪施行，陸參兩部幾同虛設，一切軍情由前敵軍官直接報告於統率處，宮內卽開軍事會議，分別指示方法，川湘軍隊雖由曹錕統率，然亦無督率之全權，其後以戰區擴大，欲設前敵總司令，擬以馮國璋或段芝貴充任，均不果行。
滇事初起，曾設臨時軍務處於新華宮內之豐澤園，其後又設立軍事酬庸會，並訂擬平滇爵賞及收復叙州、防守瀘州之獎例。復以軍隊不敷，在山東招募兵士二萬餘人，改十一師爲第九師，而添練第十一、第十二兩師，並擬抽調奉天張作霖（第二十七師）、馮德麟（第二十八師）之部下南下備戰，嗣以別有窒礙而止。
其對於他省之防堵，則湖南方面派倪軍（安武軍）進紮，江蘇方面派北軍及倪、張（定武軍）兩軍分紮，又派輪輸送北軍至閩，派軍艦遊弋浙江、烟台、福州、廣州各海面及長江各處，以資鎭懾。復以前敵需械日繁，製造不及，向各省提取軍械至京，以減各省之武力，然當日各省亦紛紛以軍械不足爲言，向政府請領，故收回各省軍備之計畫迄未能貫澈也。
（二）護國軍之進行
護國軍之名，肇自雲南，蓋以此軍乃爲擁護共和國體而起也，當日有主張稱中華民國第一軍，或靖難軍，或共和軍者，幾經斟酌，乃定此名。
雲南未正式獨立之先，已派兵出發，至獨立後，卽組織護國軍第一第二兩軍。十二月二十七日，第一軍總司令部成立，蔡鍔爲總司令，羅佩金爲總參謀，先後向川邊出發，並擬添招兵士，編成七師，在省垣及各屬設立徵兵局，入川之師亦沿途招收退伍兵。
滇軍初分兩路攻川，一由昭通入敍州，一取道貴州威靈、畢節以入瀘州，此外復派一支隊向廣西進發。其後貴州獨立，乃由戴戡組織滇黔聯軍，分兩路進行，一由桐梓進窺綦江，一由銅仁、思州進窺湘省。滇軍入川兩路歸蔡鍔節制，入瀘州者，蔡自將之。滇黔聯軍歸戴指揮，定名爲第一軍右翼，仍受蔡之遙制，故滇黔護國軍之進行，實分五路。初時頗注重入川之三路，擬得勝後，卽上襲成都，下沿長江，以取武漢，嗣北軍旣以大隊相持，乃改變計畫，轉攻爲守，而注全力於湘邊。其向廣西一路，本非重要，特爲防禦廣東方面而設，其後第二軍成立，由李烈鈞統率，向桂邊進行，適廣西獨立，廣東繼之，均加入護國軍，李軍遂入桂邊，共同行動。桂省護國軍北行入湘，由陸榮廷統率，五月杪已抵湖南永州，李軍則擬取道廣東以入贛。廣東方面亦組織三軍，以備北伐，四月中旬，由龍濟光委任段爾源爲第一軍司令，馬存發、李鴻祥爲第二第三軍司令，然遲之旣久，未見出發。
五月上旬，滇黔桂粵等省組織護國軍軍務院，擬定條例，以唐繼堯、劉顯世、陸榮廷、龍濟光、岑春煊、梁啓超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜任軍務院撫軍，公推唐繼堯爲撫軍長，岑春煊爲副長，攝行撫軍長職權，梁啓超領政務委員長，宣言：「中華民國大總統暨海陸軍大元帥一職，前已依法公承黎副總統元洪繼任，大總統未能躬親職務時，對外交沙，對內命令，以軍務院名義行之。」五月八日成立，於是護國軍之行動乃有統一之機關，雖前敵之事仍由各司令指揮，然關於全體之進行及對外事務，則由軍務院主持，不復如前此之各自爲政矣。
（三）川省戰況
川中護國軍之進行分三路，故其戰況亦約分三點。
（一）敍州 滇省獨立後，卽遣兵由昭通入川，先鋒隊爲韓太宗所率，約兵士一團，一月十八日，行抵敍州邊境之燕子坡、橫江一帶，與四川守邊軍數營交戰，相持一晝夜，滇軍援師繼至，川軍退守安邊鎭。滇軍進攻，連戰皆捷，守敍州之軍隊出師不利，滇軍遂於二十日佔領宜賓縣（舊叙州府城），並佔屏山縣。時北京所派之軍尚未抵川，政府懸賞，飭將軍陳宧尅期恢復，陳令伍祥楨、馮玉祥、熊祥生分道進攻。伍、馮，熊者，皆北軍將領，去歲調駐川境者也。三人先後至敍，均爲滇軍擊敗。滇軍旣佔敍府，卽分兵向自流井進發，志在截斷成都、重慶之交通，惟兵數無多，且有川軍扼守，故兩軍時在自流井附近衝突。二月上旬，北軍馳抵敍府東北，惟大半爲瀘州滇軍所阻，止於中途，二月杪始陸續蒞敍，三月一日，包圍敍城。滇軍佔敍之初，僅三千人，其後添招，數至二萬，惟已遣若干往援瀘州，敍城兵力不足，乃於二日棄城而出，退守城南之某山，而敍城遂爲北軍所有矣。
（二）瀘州 滇軍隊從昭通入敍外，復由蔡總司令親率軍隊經畢節以入川之永寧，二次革命失敗之熊克武亦隨同前往。川軍第二師師長劉存厚本駐瀘州，滇軍旣起，紛傳劉已通款雲南，川局乃移劉駐紮永寧，而別調他師守瀘。蔡軍行抵畢節，劉卽派員接洽，一月三十一日，蔡軍抵永寧，劉棄城退往瀘州，行至納溪，乃據其地築壘以攻瀘城，滇軍隨至，佔領納溪，劉卽宣布獨立，截撃敍州敗兵於江安。江安、南溪同時爲滇軍佔領，復由納溪渡江，與川軍戰於瀘州之藍田壩，嗣以敵軍援至，乃復退至江南，時熊克武舊部在富順縣起事，劉軍欲與結合，爲川軍撃退。二月十一日，張敬堯率兵行抵合江，與滇軍接近，先後交戰二十餘日，未曾收隊。二十六七等日，戰情尤烈，統計二十餘日問，北兵七千五百人，除陣亡不知其數外，受傷者千五百名，滇軍則十營之中，營長受傷者六，戰死者二，雙方均不能支。滇軍因子彃缺乏，於三月八日退出納溪。納溪、江安、南溪遂爲北軍所據。十七日，滇軍復整軍分兩路進攻，十九日，佔江安，二十日，佔納溪，北軍死傷甚衆，派員議和，滇軍亦因子彃將匱，遂允其議。其後李長泰率第八師至，未及交綏而帝制取消，此間遂不復發生戰爭。當日紛傳瀘州已爲滇軍所佔，實未嘗攻陷，惟其四面均爲滇軍勢力所包圍矣。
（二）綦江 攻綦者，係戴戡所率之滇黔聯合軍。戴駐松坎，而令熊其勳率第五六兩團進撃，二月十四日奪領川邊要塞九盤子、靑羊寺、趕水、東涇等地。十七日，進佔分水嶺，乘勝直抵橋浜河，距綦城僅八里，而北軍第七師來援，且分兵抄熊軍之後，熊軍遂停止進攻。二十六日，守綦北軍啓城出戰，爲滇軍撃退，時北軍第六師一部分由涪州上陸至綦，熊軍與戰於羅坪山，激戰七八日，兩軍堅守陣地。北軍逐漸增加，適蔡軍退出納溪，曹錕由納溪調兵援綦，熊軍乃退守黔邊。不久帝制取消，雙方停戰，遂不以礮火交閧矣。當滇黔軍在三處進攻時，附近之隆昌、內江、富順、榮昌、彭水、涪陵等處，均有被陷之報，乃熊克武舊部及其他軍隊乘機響應，非滇黔軍所攻佔者也。
（四）湘西戰況
貴州獨立後，卽分兵由鎭遠、銅仁、黎平三路進撃湖南。二月三日，鎭遠軍攻克湖南晃縣，此軍爲第一團團長王文華所率。十六日，銅仁軍攻克麻陽。第三團團長吳噦鸞亦率軍經黎平攻佔靖縣（蕭靖州，直隸州）及會同縣，進據洪江，復由洪江西上，進取黔陽，與鎭遠、銅仁兩軍會合，包圍芷江（蕭沅州府城）。守芷北軍兩團與黔軍交戰數日，吳噦鸞中彃陣亡，北軍向辰谿方面退却，芷江遂爲黔軍佔領。吳軍攻取黔陽時，該地有湘軍三營響應，故聲勢較壯，黔軍復別出支隊，由靖縣進窺武岡，前鋒已抵寶慶，附近之新寧、城步、綏寧、通道等縣均在黔軍勢力之下。時廣西尚未正式獨立，貴州劉都督恐孤軍深入，黔省兵力太薄，下令停止進攻，並撤軍隊一部分回紮黎平，此方戰事遂未見發展。北軍亦以統帥馬繼增暴卒，軍隊無主，中止進行，兩軍相持於辰、沅、寶慶間。吳噦鸞陣亡後，繼任者不得其人，兵士大半潰散。三月中旬，北軍增兵進撃，芷江、麻陽復爲北軍所有，未幾停戰議起，彼此遂堅守陣地。迨廣西獨立後，陸榮廷率師進窺永州，零陵鎭守使望雲亭、湘西鎭守使田應詔相繼加入護國軍，不久而湖南遂亦宣布獨立矣。
（五）桂邊戰況
北京政府旣定四面圍攻雲南之政策，故桂邊亦爲用兵之地，當時卽密令龍覲光督師至廣西，會同桂軍進發，旋明令任龍爲雲南查辦使，龍軍於一月杪由粵啓行。當龍氏未行之先，曾傳桂軍與滇軍在曲靖之羅平縣交戰，桂軍勝利，其事確否，未能明暸。龍氏二月中抵南寧，所帶祗粵軍三營，餘均到桂後由陸榮廷爲之編入，時雲南軍亦已行抵邊境，爲李烈鈞所統率。龍軍因道路險阻，進行遲緩，二月杪始抵百色，旋進兵攻擊廣南。三月九日，攻佔剝隘，十二日，攻佔廣南。滇軍司令黃毓成則繞道龍軍北面，由泗城之西隆，節節進攻，七日，佔據百色，截斷龍軍後路，並分兵在剝隘、龍潭方面撃斃龍軍千餘人，龍軍於是兩面受困。先是龍氏子弟及其鄉人（龍係雲南人）在逢春嶺招募兵丁，聯結土匪，欲爲龍軍內應，曾由滇軍第二師師長劉祖武函勸龍濟光，速行禁阻，至是龍氏子弟遂公然舉兵，旗上大書「奉袁政府命令征滇」，三月九日，圍攻蒙自，並分兵襲箇舊、臨安。箇舊兵力單薄，爲所佔據，旋由省兵分頭剿援，撃斃三千餘名，於二十一日將箇舊收復，蒙臨匪衆亦先後撃散。龍覲光旣爲滇軍前後夾攻，且其部下由桂軍編入者，咸倒戈相向，而廣西亦於十五日獨立，龍氏遂願加入護國軍，而此方戰事遂停止矣。