兄弟不和
平家灭亡了。平治之乱后，经过二十年的全盛，“非此一族，不配做人”，如此傲气的平家在治承四年（1180）源氏举兵之后却一蹶不振，仅六年的时间里就灰飞烟灭。世人说“骄奢如平家，必败”，就是这个道理。穷奢极欲，沉浸在享乐之中，甘于衰弱的人，一遭遇事变，就会变得不堪一击。这就是人们从平家身上所学到的教训。
和这形成鲜明对比的是源氏。源氏在保元之乱中折损一半，剩下的一半也在平治之乱中丧生。之后的二十年中，源氏几乎没有再出现在舞台上，仅剩下在京都的赖政，他也是屈身于平家，抬不起头来。赖朝还活着，但也是被流放之身，在伊豆的乡下过着被人监视的冷清岁月。弟弟义经也活着，却是在鞍马的山中修行，不知道何时到了奥州的平泉。虽然后来的事情我们都知道了，但是谁都没能想到他会成为让天下形势大变的大英雄。然而高仓宫以仁王的令旨一下，看似懦夫的赖政奋起了，被蔑视的流放之人赖朝也崛起了，山里长大的被人瞧不起的义仲将平家赶出京都，被人怠慢的牛若丸义经打倒义仲，在一之谷、屋岛、坛之浦连战三场，歼灭平家。他们都没有白白度过千辛万苦的二十年。他们在朴素节俭的生活中，锻炼出了强健的身体和刚强果断的精神。荒废了二十年的人，遇上了磨炼了二十年的人，这就是源平合战。刚健朴实的生活多么珍贵，这就是人们从源氏身上学到的经验。
要说这源氏身上全都是值得模仿的优点吗？也并非如此。源氏有着可耻的缺陷，就是因为这一致命的缺陷，好不容易在经过二十年艰辛之后迎来了重振家门的好时机，但最终还是灭亡了。这缺陷是什么？父子、兄弟、亲人之间的不和。与其说是不和，不如说是自相残杀，是一种残忍无情的仇恨。前面说过，这一点在保元之乱的时候就有体现了。治承四年（1180）以后也是，赖朝和行家合不来，而因为义仲和行家走得近，义仲又被赖朝所恨。义仲最终被赖朝攻打而灭亡。接下来的大问题就是赖朝对义经的憎恨已经到了不把他逼上死路就不罢休的地步。
不和的原因
赖朝为何如此憎恨弟弟义经？一般来说这是不可能的。赖朝在黄濑川第一次见到义经的时候喜极而泣，为何后来变得憎恨他？首先想到的原因是梶原景时的谗言。在石桥山战败的时候，梶原救了赖朝，对赖朝来说，梶原是恩人。这恩人说的话，赖朝是相信的。然而，梶原这个人心理扭曲，他非常喜好向赖朝揭发别人的坏事。也因为如此，很多人都吃了苦。赖朝还活着的时候，人们无可奈何，只能忍气吞声。等到赖朝死了之后，人们一同排斥梶原，梶原一家最终也灭亡了。也就是说，梶原是个进谗的惯犯。说起和义经之间，前往四国时的逆橹提议也好，坛之浦一战中的打头阵愿望也好，梶原说的话都被义经狠狠地驳斥了。小人梶原对此怀恨在心，向赖朝进谗，这也是十分有可能的。而且《腰越状》中也有“虎口之谗言”的语句。
第二，义经是古今罕见的优秀将军，立下了赫赫战功。这就是让赖朝不痛快的地方。讨伐义仲，攻下一之谷，屋岛和坛之浦的胜仗，战场上决定性的胜利全部都是义经赢来的，没有人能和他争抢。《平家物语》中说道：“像九郎判官这样的人世上没有第二个了。镰仓的源二位（赖朝）做的都是些什么呀！这世间就全由判官去掌管吧！”义经英勇善战，对人又亲切温和，当然有人望了。赖朝就是看不惯这点。
第三，朝廷承认义经的战功，在一之谷之战后，任命他为左卫门少尉，兼检非违使尉。在此之前，赖朝为下面这些人申请了封官：
封平赖盛为权大纳言，平光盛为侍从，平保业为河内守；
封藤原能保为赞岐守；
封源范赖为三河守，源纲广为骏河守，源义信为武蔵守。
而功劳最大的义经却没有得到赖朝的推荐，朝廷觉得他可怜，就自行决定给他赏赐。同年九月十八日，朝廷将义经升为五位，文治元年（1185）八月十四日，任命他为伊予守。这一切，赖朝都看不惯。在他看来，武士都必须是在自己的统制之下，升官是要由自己去申请的。赖朝不想让朝廷和武士越过自己接触。这样一来，赖朝和义经之间的关系是不可能好的。
第四，义经作为赖朝的弟弟而自称源氏，这点也是赖朝看不惯的。在赖朝看来，自己是源氏的嫡系，一族的首领。这是遥遥高于别人之上的，弟弟也好，无论是谁，是不允许和自己相提并论的。后来，建久四年（1193）八月，弟弟范赖写了表忠心的起请文，署名为“三河守源范赖”。这是再正常不过的事情，范赖也写不了别的。然而，赖朝却看不惯了。他责备说：“这源字，莫非指源氏一族？甚是放肆。”（《吾妻镜》）也就是说：“他写的是源范赖，难不成他自认为是赖朝的族人？真是弄不清自己身份的家伙。”然后赖朝把范赖的使者重能叫了过来质问。重能回应：“三河守是义朝公的儿子，自认为是赖朝公的弟弟也是无可厚非的。早年追讨平家时，三河守作为使者上洛，赖朝公的信中也写了让舍弟范赖作为西海的追讨使。朝廷那边也把此事记载到了公文书中。这绝不是我等随意使用源字。”
作为使者的重能态度实在是了不起，不卑不亢，把事实堂堂正正地说出来，丝毫不畏惧，连赖朝也无言以对，而无言以对不代表赖朝就在反省。他把范赖流放到伊豆，后来把他杀害了。范赖的下场尚且如此，义经只要还是义经，就会被赖朝憎恨。
追讨义经
正是出于上述原因，义经才遭到哥哥憎恨。这些原因都是无法解决的，所以义经被憎恨也是没有办法改变的。义经虽然立下大功，但并不是欺负弱者的人。平宗盛被活捉回京的时候，长年为宗盛做车夫的男子执意跟义经请求说：“让我最后一次侍奉主子吧！”义经说道：
“此事无可厚非，快来吧！”便准许了。男子喜悦无比，（中略）眼中充满泪光，已看不清前方，只随着牛的脚步，一边哭泣，一边拉车。
后来，宗盛想再见见自己八岁的末子副将丸，就求义经，义经很同情他，就同意了。这两件事都是美谈。义经有不惧百万大军的勇气、百战百胜的武略，如此名将，心地善良，绝不欺凌弱者。人们敬爱他也是有道理的。正因为如此，要讨伐义经，赖朝是要费一番功夫的，因为谁都不乐意去接这个任务，然而有一人主动接下了这个任务，这就是土佐房昌俊。他出发之前把老母和幼儿都托付给了赖朝，以求无后顾之忧，带领八十三骑人马离开镰仓。文治元年（1185）十月十七日，义经的宅邸遭到突袭。义经带领佐藤忠信等几个家臣，亲自开门迎战，打退了土佐房的兵。败退后的土佐房，偏偏就逃到了鞍马山而被抓，后被处死了。
义经本想前往九州，却因刮大风没能去成，就躲到吉野山去了。离开京都的时候，人们担心义经会不会胡作非为，像平家那样带走安德天皇，放火烧毁民宅。而义经却彬彬有礼地去了法皇的御所，行礼告别，没有给任何人造成麻烦。义经稳重地离开了，人们都感动这态度，称赞他为义士。
在吉野山，有人为了巴结赖朝，去袭击义经。这时候挺身而出让义经躲过灾难的是佐藤忠信，即在屋岛舍身救了义经的继信的弟弟。在吉野山被赖朝的人抓走的只有义经心爱的美人静御前。赖朝让人把她带到镰仓问话，问她义经在吉野山是待在哪个宿坊，她说忘了；又问她义经后来去了哪里，她一会儿说去了多武峰，一会儿又说去了大峰，答得牛头不对马嘴；后来赖朝让静御前在鹤冈八幡宫献舞，她再三拒绝后终究还是妥协了。献舞时，她唱了歌：
吉野山 峯の白雪 ふみわけて
入りにし人の あとぞ恋しき
（您踏着吉野山山峰的白雪，消失在山中。我对您是如此的倾慕。）
しづやしづ しづのをだまき くりかヘし
昔を今に なすよしもがな
（阿静啊，阿静……将倭文圈圈缠绕，却不能回到那往昔。）
这两首歌都深深地表露出她对义经的爱慕之情。
义经主仆十几人，扮作山中修行之人，从北陆道往北前进。在安宅的关卡，义经一行被富樫介盘问时，弁庆诵读了《劝进帐》，这故事很著名。后来义经一行到了奥州的平泉。在藤原秀衡的时代，义经曾受到过热烈欢迎和厚待。而到了泰衡这一代的时候，泰衡被赖朝蛊惑，袭击了义经在衣川的宅邸。义经奋战之后自尽了，这发生在文治五年（1189）闰四月三十日，义经时年三十一岁。
守护和地头
义经被赖朝憎恨，被逼上绝路，然而还能四处活动达四五年之久，这也是因为义经有人望，受到人们同情。很多人即使不能伸出援手，也对义经睁一只眼闭一只眼，把他放走。正因为如此，赖朝忧心忡忡，想要早日抓捕义经。同时，赖朝也以此为理由，在全国范围安置守护和地头，布下了严密的警戒网。提出这一方案的是大江广元，其申请在文治元年十一月得到敕许。之前提到过庄园，庄园就是贵族或者大神社、大寺院所支配的地方，不受国司的管辖。所以，国司手上的警察权无法涉及庄园，也就没办法从那里收取国税。国司的手中就只剩下国领了，而作为长官的守基本都是有名无实的，直接管理当地的是作为次官的介以下的人。看看萨摩守平忠度和能登守平教经的例子就明白了，他们是不会前往被任命管辖的国的，就算去了，也不能有什么作为。因为庄园越来越多，国领越来越少。打个比方，能登守教经手上的能登国，据承久三年（1221）的调查来看，国领是五百十一町六段一百五十七步，庄园是一千五百四十一町三段两百六十九步。也就是说，能登国的四分之三都不在国司的管辖之下。再来看看淡路国，贞应二年（1223）的调查显示，国领是四百零一町四段，庄园是一千零五十一町，田地的调查结果不详，而国领的浦，也就是有渔业权的地方才三处，属于庄园的有十一处。这就说明，淡路的三分之二是国司管不到的。而若狭国在文永二年（1265）的相关调查显示，国领有六百四十三町五段一百五十步，庄园有一千五百七十四町一段八十三步，若狭守也只能支配领国中三分之一的土地。而伊贺国早在两百年前就已经是这样的情况了。天喜元年（1053），伊贺的国司感叹道，这国内三分之二的土地都已经变成贵族或者大神社、大寺院的庄园了，都没有向国家纳税。
嘉承二年（1107），纪伊国全国七个郡中有六个郡十分之八或者十分之九的土地都变成了庄园，剩下的名草郡里也多是神社、寺院的领地，没什么公领了。
这样的状况在乱世之中也没什么稀奇的。国家四分五裂，已经无力统一了。国司能支配的地方很少，大部分的土地都不上交国税，警察也没办法进入。木曾义仲上京的时候，朝廷命令义仲去做两件事：一件是讨伐平家，一件是守卫京都。义仲接下了这两个命令，却头疼了，因为国家不给他军用资金和兵粮。义仲自己不去收的话，就没办法养活兵马，他不得已，只能征收了。这下不得了了，义仲被骂得很惨。《平家物语》写道：
京中到处都是源氏的军队，四处抢夺。对加茂神社和石清水八幡宫的领地，他们也不忌讳，割了青田作为马的草料，打开人们的仓库，夺走财物，还抢夺过路人的东西，剥夺衣物。
面对这些谩骂，木曾是这样回击的：
作为守卫这京都的人，怎么可能连一匹马都不养？那么多的青田，割点作为草料，也未必值得法皇怪罪吧！连兵粮都没有，年轻人们就时不时跑到西山、东山去抢点过来，也不是什么错事！
木曾是山里长大的人，说话方式很露骨、粗暴，也因为这点，他被世人责备、排斥。然而一旦反问到底要怎么做才行，谁都没有好办法。后三条天皇为了纠正这弊端，下令整顿庄园，把违法的部分都上缴给国家。这就是延久年间的改革，然而没能成功。既然如此，朝廷也就没有再做打算了。
抓准这一点的是大江广元。后三天天皇改革时做蔵人（秘书官）的是大江匡房，教兵法给八幡太郎义家的也是大江匡房。和他一族的广元能抓到这一点，果然不是常人。义经下落不明，不知道什么时候在哪里会发生变故，大江利用这种不安的状况，声称为了搜捕义经，国司支配下的土地也好，庄园的土地也好，一律安置上称为地头的官员。地头保证向朝廷或者庄园的本家领家交纳土地的年租，以此为条件，土地就交给地头支配，掌握警察权和征税权。而地头则由赖朝的御家人（家臣）担任，每段土地收取五升的米作为兵粮。另外，原则上每国安排一名守护，负责指挥御家人，维持治安。
镰仓幕府的成立
想出这个体制的是大江广元，赖朝听了他的提议后想必是眼前一亮吧。他当时虽然身处从二位，却没有任何官职。他靠实力完全控制了关东，威名震慑天下，却还没能想到一个永久的方法确保全国都在其控制之下，特别是不知道要怎样去调整和朝廷的关系。而正如大江广元进言的，赖朝利用搜捕义经一事，在全国各地安置地头，各国安置守护，负责检举犯人，维持治安，赖朝只任命自己信得过的家臣，得到朝廷的许可后就能永久地合法地掌握兵权和征税权。赖朝用了“天下草创”一词来形容当时的情况，也就是说，新的时代开始了。是的，这是一个全新的时代，彻彻底底地进入了武家的时代。平家全盛时的二十年虽然也说得上是武家时代，武人却做了公卿，占尽朝廷内部的要职。一旦他们习惯了太平日子，变得懦弱，就会失去作为武人的特长。而今，赖朝不任朝廷要职，在朝廷之外，利用和大宝令官职无关的体制统治了全国。所谓天下草创，就是指这种现实。
赖朝在全国范围安置了守护和地头，在实质上成功地重组了政治体制。说起守护和地头，后世也许觉得没什么大不了的。而有句谚语，“最无奈是哭泣的孩童和地头”，可见他们当时是多么可怕，一人兼任了税务局长和警察局长。出兵时，兼任大队长和连队长的就是地头，作为师长或者旅长指挥他们的就是守护。这样一解释，人们大概就能明白他们有多可怕了。也就是说，他们掌握着生杀予夺的大权，而位处他们之上，将他们所有人的生杀予夺的大权掌握在手中的，是赖朝。现在大家明白了“草木皆惧的镰仓殿”的威力了吧。
那赖朝是不是就满足于这样，不出手干涉朝廷了呢？并非如此。他强行改革京都体制，把对自己不利的人拉下马，只有顺着他的人才被安置到朝廷中去。文治元年（1185）十二月，他向法皇上奏了以下要求：
第一，将右大臣兼实、内大臣实定等公卿十人指定为议奏，今后由议奏决定朝政；
第二，给右大臣兼实下达内览的宣旨，而藤原氏的长者可如现今一样由摄政基通担当；
第三，撤销藤原光雅与源雅贤的蔵人头之职，封给藤原光长和源兼忠；
第四，关于知行国的分配，希望将伊予给兼实，越前给实定，丰后给赖朝（另外还有七国，这里省略不列），其中丰后国里有较多和义经串通一气的武士，故应交给赖朝，实行搜捕。
这样的要求还有六条，赖朝提出一共十条要求，还另外指定了十二个人，说这些人全都是和义经有关系的，要剥夺他们的官职。不单如此，很快赖朝又补充说，要求将这十二人中的两人流放。而朝廷这边没有通过的只有最后这个关于流放的要求，别的全部都按照赖朝希望的去办了。
赖朝一方面在全国各地安置了御家人做守护和地头，负责警察和征税；另一方面强硬要求朝廷把自己看不顺眼的人排除在外，只让理解自己意图的公卿去管理朝政。几乎所有武士的官位都不能直接从朝廷受领，必须通过赖朝推荐才行。这样一来，赖朝虽然地处偏僻的镰仓，官位只及从二位，什么官职都没有，却已经把天下大权完全掌握在自己的手里。五年之后，建久元年（1190）十一月，赖朝升为权大纳言，兼右大将，再过了两年，建久三年（1192）七月，赖朝得封征夷大将军。而从赖朝得任右大将之后的建久二年（1191）开始，赖朝的事务所已经准备得有模有样了，其设置如下：
政所 别当 前因幡守 大江广元
令 主计允 藤原行政
问注所 执事 中宫大夫属 三善康信
侍所 别当 左卫门少尉 和田义盛
所司 梶原景时
政所负责政务，问注所负责司法，侍所负责统领武士。这样的官府体制在建久二年（1191）年初步成形，而赖朝征夷大将军的称呼是在建久三年（1192）得到的，但实质上赖朝掌握天下兵权，称幕府之主，是在文治元年（1185）年末。从此以后，镰仓、室町、江户，幕府体制一直到庆应三年（1867）十月德川庆喜的大政奉还和十二月的王政复古的时候才被完全废止，其间虽然有间断，但几乎持续了近七百年，这一变体政治“幕府”就成立于文治元年（1185）年末。