进击屋岛
在一之谷中大胜的源氏，暂且撤了兵，开始处理战后工作。范赖回到镰仓向赖朝禀报战况，八月八日，再次受命离开镰仓，从山阳道前往九州。然而范赖因没有船只，徘徊不前。而与此同时，平家在赞岐的屋岛建了城池，将这里作为根据地，计划东山再起。得知消息后，受命负责守护京都的义经即刻准备进攻屋岛。
文治元年（1185）二月十六日，源氏在渡边集合，商谈战术。梶原景时提议：“我军不习惯水战，还是装上逆橹吧？”义经听了，问道：“逆橹是什么？”“就是在船的前面和后面都装上橹，让船既能前进，又能后退。”梶原回答。义经说：“胡说八道。打仗这东西，就算想着决不后退，撑不下去的时候还是容易撤退的。事先就准备好撤退的，没什么好下场。你们要装什么逆橹都尽管装去吧。我义经就用原来的橹！”
人们听了都觉得义经够豪迈，但梶原估计已经气疯了。
终于到了要出船的时候，风刮得很大，船夫说这种风是没办法出海的。义经大发雷霆：“要是逆风也就算了，这不是顺风么？顺风刮得大点就不打仗了吗？出船！不出的话，把你们船夫都给一个个射死。”
船夫们被吓怕了。而两百多艘船里面，只有五艘出海。五艘船之中，走在前面的是义经的船。
义经说：“平时的话敌人定会加强防备，就是要在这样大风大浪的时候打他个措手不及，才能打胜仗。”
虽然是在夜里，只有义经的船点起了篝火，其他的船都以义经的船为目标跟着走。从摄津的渡边出发的时候是二月十六日的丑时，也就是深夜两点，到达阿波的胜浦是卯刻，也就是早上六点。当时一般要花三天的路程，义经用几个小时就到达了。
兵贵神速，胜靠奇袭。义经坚信这一点，也付诸了实际行动。五艘船的兵力合起来才一百五十骑。义经就靠着这点人马，十七日的夜里越过赞岐，十八日早上进攻屋岛。平家被打了个措手不及，陷入了恐慌。人们争先恐后地上船，要逃到海面上。源氏不停地策马进入海滨，追杀平家。
判官那天穿着红锦直垂和紫裾浓 [1] 的盔甲，系着犄角形的头盔，佩戴金钱大刀，背着二十四支切斑 [2] 的箭，握着滋藤 [3] 。他瞪着海上，大声报上姓名：“吾乃法皇的使者，检非违使五位尉源义经！”
平家在船上朝着他射箭，源氏在马上射回去。看到源氏只有少数兵马，平家又上到了陆地。其中，清盛的外甥能登守教经，箭术过人，有王城第一人的美名。他打算一箭射下源氏的大将军义经。佐藤继信、忠信、武蔵坊弁庆等人会意地挡在了箭射来的方向。佐藤继信被箭从左肩射穿到右腰窝，从马上仰面倒下。教经的家臣，一个十八岁的少年飞奔过来，想要砍下继信的首级。忠信马上把他射死。教经悲伤不已，停止了战斗。义经拉起继信的手问：“你还有什么未了的心愿？”继信回答说：“没有了。能替为主子您挡下一箭而死，是今生的荣誉，黄泉上的回忆。”义经用盔甲的袖子捂着脸，潸潸流泪，招来附近寺院的僧人，送上珍藏的马匹，让僧人吊唁继信。
那须余一宗高
日落。正在双方僵持不下时，从海面那边出来了一艘小船，划到了海滨附近。船上有一位十八九岁的红衣少女，立起了太阳扇 [4] ，让源氏射过来。义经问有没有谁能射下这扇子，有人说，下野国的住人那须余一宗高的话肯定能射下来。义经召来余一，命令他射中扇子的中央。余一说“我没把握”，先是拒绝了。义经不肯罢休：“这军队里，没人能违抗我义经的决定。谁有意见的，马上回镰仓去。”那须余一说：“既然是命令，我就试试吧。”便退下了，跨上黑马，英姿飒爽，冲入海中。
二月二十八日，酉刻（下午六点左右）。这时刮起猛烈的北风，海浪高高地拍打在海岸上。船只随波摇上摇下，竿上的扇子随风飘荡着。海面上，平家的船排成一行观看着；海岸上，源氏的马并驾观看着。（中略）余一闭上眼，祈祷着：“南无八幡大菩萨啊！还有我故乡的诸神，日光权现、宇都宫大明神、那须的汤泉大明神啊！请保佑我准准地射中那扇子中央吧！万一射偏了，我就决心断弓自尽，永世不再见人。如果还希望让我回到故乡的话，就请保佑我不要射偏吧。”他睁开眼，发现风变弱了，扇子也变得容易射了。余一拿起带镝的箭，上弓，把箭射了出去。（中略）弓非常强，镝箭嗡嗡地响着，声音在海面上回荡，准确地射在了离扇轴边缘一寸左右的地方，嗖的一声，啪的一下，把扇子射破了。箭落入了海中，扇子在空中飘舞，激荡在春风中，很快飘落在了海上。全红的扇底上画着金色的太阳，在夕阳的照射下闪闪发光，在白色的波浪中沉浮。海面上，平家的人捶打着船舷；陆地上，源氏的人敲着箭筒欢呼。
后来，两军交战，混乱中，义经把弓弄掉了。弓漂到了海上，义经要去拾起来。平家在船上，想用耙子钩住义经的头盔把他拉过来。义经拼命挣开，好不容易把弓捡到，笑着回来了。
人们数落他说：“再怎么宝贵的弓，也比不上性命重要啊！”义经说：“不是说弓可惜。要是我叔父为朝的弓，故意扔了给敌人也没关系。可我义经的弓又小又不结实，要是被他们嘲笑说，源氏大将军的弓也就这种东西的话，实在太丢人。我就去捡回来了。”大家听了都很感动。这就是有名的故事——《判官掉弓》。
决战坛之浦
二月十八日，义经击退了屋岛的平家。留在摄津渡边的梶原等人，带着两百多艘船到达屋岛的时候是二十二日，战斗都已经结束四天了。
趁着义经停留在四国，赖范率领大军进入九州的时候，平家把兵力集中到了长门的坛之浦。范赖还是一如既往地行动迟缓，坛之浦一战还是得让义经来打。三月二十四日，义经进攻平家，这次对义经来说是少见的水战。卯时，也就是早上六点的时候，战斗开始了。这时候，梶原希望自己打头阵，义经说头阵要自己出马，不同意梶原的想法，两人吵了起来。在三浦和土肥等人的劝说下，争执暂时平息了下来，但梶原对此怀恨在心，后来还向赖朝进了谗言。
坛之浦的潮流是非常激烈的。平家本来就擅长水战，而且长门国还是平知盛的知行国，平家熟悉了地理环境，也准备好了船只。平家蔑视源氏：“坂东武者，在马上就还看着挺强，要说水战，他们训练过吗？就跟鱼上了树一样吧！ [5] ”然而，源氏大将军义经打头阵，英勇善战。平家这边是知盛（宗盛的弟弟）在指挥全军，也非常了不起，但最后平家还是败了下来，知盛就穿上两件盔甲跳海自尽了。以刚强闻名的能登守教经，苦战一番，逼近义经。义经身体轻盈，在各船之间飞来躲去。教经根本没办法追上，就左右手各夹一个力大无比的敌人，跳入海中。教盛和经盛两兄弟，在盔甲上搭上锚，手拉手投身海中。资盛、有盛、行盛三人，也拉着手跳海。
看到这一切，清盛的夫人二位局抱着安德天皇，跳入了海中，天皇时年八岁。其母亲建礼门院也想投海，却被源氏的兵士用耙子拉了上来，得救一命。三神器差点也要沉到海中，后来除了神剑之外别的都保住了。
平家一方男子三十八人、女子四十三人被活捉。主要人物有前内大臣宗盛、其子右卫门督清宗、清宗六岁的弟弟副将丸、大纳言时忠、时忠之子中将时实等。还有一些有名的侍大将失踪了，比如越中次郎兵卫盛嗣、上总五郎兵卫忠光、恶七兵卫景清等。
《腰越状》
坛之浦之战从三月二十四日早上卯时（六点）开始，正午的时候就已分胜负了。据记载，源氏有八百四十艘兵船参战，而平家是五百多艘。一个月后，义经护送宗盛等被活捉的人回到京都，分别做好处理之后，又于六月七日把宗盛父子二人带往镰仓。因为这两人是平家的中心人物，要向赖朝报告，听从其指挥。然而，沿着东海道走，眼看明天就要进入镰仓的时候，赖朝的使者北条时政出现了，向义经传令说，在这里把宗盛父子交过来，义经不许进入镰仓，待在腰越附近等待命令。
讨伐了义仲，歼灭了平家，立下如此稀世战功的义经，一定是期待着得到哥哥赖朝的感谢和赞赏吧。出乎意料的是，义经被当作罪人一样，在腰越从五月十五日待到了六月八日。义经悲痛无比，五月二十三日将一封信交给大江广元，请他做调解，这就是后世有名的《腰越状》。人们读后感动无比，还将它当作习字用的范本。这状是用汉文写的，把它改写成通俗的现代文如下：
左卫门少尉源义经冒昧向您陈述。我被选作赖朝公的代官，奉敕命讨伐朝敌，大显祖传之武艺，一雪会稽之耻。本应得到赞赏，未想到却因虎口谗言，莫大的功绩被弃之不顾。我本无罪，却遭受贬斥，有功无过，却受到惩罚，只能徒然流泪。细想来，先人有句谚语说，良药苦口，忠言逆耳。不查明谗言的真假，就不准我入镰仓。我无法述说真意，只能在此虚度数日。而今长久不能拜见赖朝公，枉为骨肉至亲。或许我时运至此已尽。这可是前世所造之孽？实在悲伤。事已至此，除非亡父（源义朝）之灵转世，谁能传达我的悲伤，谁能怜悯我？虽身体发肤受之父母，我却因父亲左马头殿急逝，沦为孤儿。在母亲怀中前往大和国宇多郡龙门牧以来，一刻也不曾安宁。虽得活命，却无法在京活动。故流浪于诸国，处处藏身，得以活命至今。居于远国，得当地百姓之效力。而时机成熟，为讨伐平家一族上京。先诛杀木曾义仲，后为剿灭平氏，时而策马在险峰，为杀敌奋不顾身，时而在海上经受狂风巨浪，不惧葬身海底，尸骸入鱼腹。以盔甲作枕，潜心武艺，只为让父亲和兄长们的亡灵安息，完成多年的夙愿，别无他求。我得封五位之检非违使，实乃我源家之光耀，还有何事能及此稀世之重职？而今我却哀愁无比，感叹至极。若无神明庇佑，又怎能传达这样的申诉？（后略）
义经对大江广元郑重地请求说，自己常常坦明心意，向神明发誓对哥哥绝无二心，还在起请文上面盖上血印，而哥哥都不理解自己，只能请求他来调解了。然而，赖朝心如铁石，终究没有被打动。六月九日，义经接到返回的宗盛父子之后，只能从腰越返回京都了。
把宗盛送回去之前，赖朝把他召来，隔着帘子看他，让家臣去传话：“赖朝并非特别憎恨平家，只不过奉敕命派遣追讨使而已，没想到这么快就让你来到了镰仓。这么说虽然冒昧，但我自己觉得这是荣誉。”
宗盛听后，回头谄媚赖朝的家臣，小声说道：“若是能救我一命，我愿出家入佛门。”宗盛生于英雄之家，是清盛的次子、重盛的弟弟，却如此胆怯卑微。人们见到他，都很蔑视。
赖朝命令义经把宗盛父子带回去，在近江处死了他们。时年宗盛三十九岁，清宗十五岁。
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[1] 紫裾濃（むらさきすそご），染色方法的一种，紫色从上到下，由浅至深。这里指连缀铠甲的绳子是用这种染色法制成的。——译者注
[2] 切斑、切生（きりう），指鹫的尾巴或者翅膀上的斑，用于箭的羽毛。——译者注
[3] 滋藤、重藤（しげとう），大将使用的背上缠有藤皮的弓。——译者注
[4] 扇的底色是红色，用金箔镶作太阳形状在扇中央。——译者注
[5] 这里出自《孟子》中的“缘木求鱼”，本来的意思是用错了方式，这里转指没有办法施展身手。——译者注