王方庆，雍州咸阳人，前朝周代少司空石泉公王褒的曾孙。原籍琅笽，后南迁居丹阳，为江左名门望族。王褒北迁入关，才家居咸阳。王方庆的祖父，是隋卫尉丞。他的伯父王弘让，有美名。贞观年间为中书舍人。他的父亲王弘直，是汉王元昌的朋友，汉王打猎无节制，就上书提意见，情意恳切。元昌看了，便马上停止，不再打猎。后渐被疏远排斥，龙朔年中去世。
王方庆十六岁，就被任用为越王府参军。曾经向记室任希古学习《史记》、《汉书》，任希古升迁太子舍人，王方庆也受业终止。唐高宗永淳年中(683)，王方庆任太仆少卿。武则天临朝当政时，王方庆授广州都督。广州在南海之滨，每年有马来人乘船运珍物珠之类货到中国来卖。旧都督路元容贪求他们的货物，被马来人杀了。王方庆在任期间，秋毫无犯。另外他所管辖之内的各州首领，过去多贪婪放纵，有百姓到官府诉冤，官员因先受首领贿赂，也未追查。王方庆就禁止府僚，断绝他们与各州首领的私人交往，放纵残暴的首领均以法律来制裁，由此，境内清静肃穆。当时人们议论，认为唐以来治广州的官长没有谁能超出王方庆的。皇上也亲笔褒扬“：朕因为卿一贯很称职，所以授此官，这使大唐的美名远闻，这的确符合朝廷的希望，现赐卿杂彩六十段并瑞锦等物，以彰善政。”
证圣元年(695)，王方庆被任洛州长史，不久加银青光禄大夫，封石泉县男。万岁登封元年(696)，调任并州长史，封琅笽县男。未走马上任，又升迁鸾台侍郎，同凤阁鸾台平章事(即代理宰相)。不久又任凤阁侍郎，依旧代理宰相主持政事。
神功元年(697)七月，清边道大总管建安王攸宜攻破契丹凯旋归来，想在七月上朝廷献俘。内史王及善认为将军入城，按例应有军乐，但此月又是孝明高皇帝的忌月，只要备军乐而不奏，王方庆上奏道：“臣查了礼经，只有忌日，没有忌月。晋穆帝纳皇后，用九月九日，这是晋康帝的忌日，在这个时候持疑问不能定，下太常讨论，礼官荀讷议道：‘礼只有忌日，无忌月，如有忌月，就有忌时、忌岁，这就更加没有理据了。’当时皇上听从荀讷的意见。军乐是军容，与常乐不能等同看待，臣认为奏军乐对国中有振作而没有什么犯嫌的。”武则天听从了他的意见。武则天曾到万安山玉泉寺，因为山路危险，准备用轿抬上去。王方庆提意见道“：过去汉元帝曾经去祭庙，出便门，乘楼船，光禄勋张猛上奏道：‘乘船危，走桥安。’元帝就徒步行走过。这是前代的旧事。今山路危险，石路曲狭，向上看骇目，向下视寒心，把这比于楼船，安危相等。陛下是众人的父母，怎么能走这可怕的险道呢？伏望陛下停止这一行动。”武则天采纳了他的意见而没去。这年，王方庆改封石泉子。
当时有常制，每月一日在明堂行告朔之礼，司礼博士辟闾仁讠胥奏议，大意是“：经史正文，没有天子每月告朔的事。臣等请求，既然没有这个礼就不可习非，以天子之尊来用诸侯之礼。”王方庆又奏议，大意是：“明堂是天子布政的地方，根据《春秋谷梁传》记载：‘闰月，就是加上十二月之余日，天子不在闰月告朔。’但又说：‘这样非礼。闰月是为了正时，正时是为了指导农事，农事是维持人类生存的，人类生存之道，就在于此。闰月不告朔，这就是弃时政。’臣据此文，天子闰月也要行告朔之礼，岂有另外的月份而废弃此礼的呢！先儒旧说，天子行事一年十八度入明堂。大享的祭祀不问卜，第一次入明堂；每月的告朔，十二次入明堂；四时迎气，又四次入明堂，巡狩之年，又一次入明堂。今礼官议论只每年正月初一一次入明堂告朔，这与先儒的说法已经很不同，臣不敢苟同。刘宋时，何承天的《礼论》，梁代崔灵恩的《三礼义宗》，隋炀帝命学士写的《江都集礼》，以及《贞观》、《显庆礼》和《词令》不讲告朔，不等于没有告朔，只是其文乃缺。各书都有各书的缘由，不足为依据，今礼官引用来做证据，在臣来说确实感到有疑惑。”武则天又令礼官广集众儒，取王方庆、辟闾仁讠胥所奏议的内容，来定得失。当时成钧博士吴扬善、太学博士郭山恽等上奏：“按周礼及三传(春秋、谷梁、公羊三传)皆有天子告朔之礼，秦灭《诗》、《书》，由此告朔礼废。望依王方庆说。”武则天下诏书，按王方庆的主张每月行告朔之礼。
武则天以王方庆家多藏书，曾经找他访求王羲之墨迹。王方庆奏道“：臣十代从伯祖王羲之的书法，先有四十余张，贞观十二年(639)，太宗购求，先祖一并进献。只有一卷还在家中珍藏，现进献皇上，并进献臣十一代祖王导、十代祖王洽、九代祖王王旬、七代祖王云首、七代祖王僧绰、六代祖王仲宝、五代祖王骞、高祖王规、曾祖王褒，并九代三从伯祖晋中书令王献之已下二十八人书法共十卷。”武则天武成殿传示群臣，又令中书舍人崔融编《宝章集》，来叙这件事，又赏赐王方庆，当时很是荣耀。
王方庆又上告“：法令明文规定‘：期丧，大功未葬，不参加朝贺，未终丧，不能参加宴会，’近来朝官不遵礼法，身有哀容，随同参加朝会，手舞足蹈，公然违背礼法，名教既亏，实在是玷污风化。伏望陛下申明礼法，加以禁止。”武则天听从了这意见。王方庆慢慢因年老多病，请求不参与政事，于是被授麟台监修国史。到中宗立为太子，王方庆兼检校太子左庶子。
圣历二年(699)元月，武则天想在冬十二月讲习练武，有司考查，缓延到第二年早春二月。王方庆上疏“：谨按礼记月令‘：孟冬之月，天子命将帅讲武，练习射箭和御马比武。’这就是三季务农，一季抓练武，来练习射箭、御马、比武，这是王者常规，表明安不忘危之道，‘孟春之月，不可以举兵。’兵，是甲胄干戈的总名。兵，金性，金克木，春盛德在木上，而去举金害盛德，违逆生气，如果‘孟春行冬令，那么水涝而败坏庄稼，霜雪大至，首种不入。’蔡邕月令章句说：‘太阳刚刚休息，少阳还很微弱，而行冬令来导水气，故出现水灾而败坏生物。霜雪大至，挫折阳气。太阳干扰时令，再雪进而大霜，故大大伤首种。首种，就是宿麦，一般麦子秋天种，宿麦春种，所以叫首种。入，收也。春天严寒冰冻所伤，所以导致夏麦不能成长。’今春二月讲武练兵，是行冬令，以阴政犯阳气，伤害万物生长之德。臣担心水涝败坏庄稼，霜雪损坏庄稼，夏麦不能很好生长，没有粮食收入，伏望陛下能顺时令，到冬月讲武习兵，来顺应天道。”武则天亲笔下诏“：这次讲武练兵是因为长久太平，多历年载，人皆废战，均去学文。现在讲武其目的在整兵威，故此令教习演武。卿以春行冬令，则水涝伤庄稼，举金伤木则影响农业生产。卿所陈述，深合典礼，若违此请，这就是使月令虚行，希望倡导直言，依表行事。”
这年，授太子左庶子，封石泉公，其他职务如故，俸禄等同职事三品，兼侍皇太子读书。王方庆又上言“：谨按史籍所载，人臣和君主在上表中，没有直接写皇太子其名的，皇储太子名应尊重，所以不直接写名，今东宫殿和门名，皆有触犯，临事论议，回避甚难。孝敬皇帝李弘为太子时，改弘教馆为崇教馆；沛王李贤为皇太子，改崇贤馆为崇文馆。皆避名讳，以遵典制。这已成常例，应成为轨模，望陛下能因循旧式，交付有司改换。”武则天下旨听从。
长安二年(702)五月，王方庆去世，赠兖州都督，谥号贞。中宗即位，以宫僚之旧，追赠吏部尚书。王方庆博学好著述，所撰写的各种书有二百余卷。他尤其精通三礼，好讲究礼节的人大多向他讨教。他每有酬答，都有典据，当时人把他所讲的礼，编辑成礼杂答问。他家藏书多，不少于礻必阁，至于图画，也多异本。但他的子孙不能守其业，他死后不久书画也多散亡。