六月初八日（己亥），上諭內閣曰：知府楊廷理、總兵丁朝雄，俱得受海口出入船戶陋規銀兩，經軍機大臣等議覆，發往新疆及軍台效力，固屬罪所應得。第念楊廷理所得陋規，係同知任內之事，為數無多；且逆匪滋事之初，首先招集義民，守城打仗，保護無虞。大兵進剿時，復帶領義民至軍營隨同打仗，始終出力。丁朝雄在省聞逆匪滋事，即趕回台灣督兵剿捕；復進攻南路，收復東港，以通運米來郡之路。節次打仗禦賊，甚為勇往出力。楊廷理、丁朝雄，俱著加恩改為革職，從寬留任八年，無過方准開復。其所得陋規，仍著楊廷理照數二十倍罰出；丁朝雄照數十倍罰出，以示懲儆。至擬發新疆之遊擊李隆、守備曾紹龍、把總吳亮；擬發軍台之守備王天植，或得受海口船戶陋規，或得受兵丁包差開賭錢文，或饋送柴大紀夫價及生日節禮，俱有應得之罪。但李隆、曾紹龍、吳亮、守禦府城外營盤，復往南路追剿賊匪，均屬奮勉。王天植於逆匪攻擾府城時，悉力堵禦，並令伊子王陽春招集義民剿捕，遇賊陣亡，情尤可憫。李隆、曾紹龍、吳亮、王天植，亦俱著加恩改為革職，從寬留任十年，無過方准開復。李隆、曾紹龍所得陋規銀兩，仍著查明，按數追賠。至總兵陸廷柱、參將宋鼎，俱屬大員。陸廷柱雖在任未久，南澳又相距不遠，而於柴大紀種種劣蹟，並不據實揭參；宋鼎於所屬千、把總，得受兵丁包差開賭錢文，毫無覺察；罪有應得。且未據福康安聲明奏請，可見該二員在軍營不過隨眾同行，並無奮勉出力之處。陸廷柱、宋鼎，俱著降級調用。朕於諸臣功罪辦理，務期酌其平，固不能因其功而宥其罪，亦不忍因其罪而沒其功；總期斟酌歸於至當，從無畸輕畸重之見也。
十三日（甲辰），上諭內閣曰：愽斌等隨福康安剿捕逆匪，俱能奮勇出力；或於北口堵截擒殺匪眾，或於南路搜拏首逆，各著勞績，甚屬可嘉！愽斌、阿木勒塔、哲剋、翁果爾海、德楞泰薩剋、丹布塞凌額、西津泰、特爾敦徹，俱著加恩交該部查核伊等所得功牌，酌予世職。又官兵直抵瑯嶠時，烏什哈達帶領水師兵丁，順風連檣而至，四面合圍，水陸並進，俾莊大田得以即時擒獲，亦屬勇往可嘉！且前在云南打仗時，甚為奮勉。烏什哈達亦著一併交部查照功牌，議給世職。
上又命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯、徐嗣曾曰：前因台灣兵丁籍隸漳、泉者居多，今於分班輪換時，將漳、泉兵丁分駐防守，以便彼此互相糾察。而他府之兵與之錯處，於撫綏防範，俱有裨益。嗣據福康安奏，已於挑補班兵時，通盤怖置，令漳、泉及他府兵丁易地駐守，並妥定章程，交普吉保照此密辦。又據福康安等奏，新添戍兵一千二百名，於內地督提二標及福寧、汀州各鎮標，酌量抽撥。將來台灣之兵籍隸漳、泉者，較前漸少，自更易於查察。但恐日久廢弛，不能遵照妥辦，著責成每年前往巡查之將軍、督撫、提督等，實力稽查，勿任漳、泉之兵，仍在原籍各村莊一帶防守聚處，弊混滋事。至福康安等所奏軍營餘剩鉛藥，派營分貯之處，所辦均為妥協，即照所奏辦理。其磺觔一項，既查明上杭縣地方所產已敷各營軍火之用，則台灣淡水磺山，自不必復行開採。現經福康安等嚴行封禁。但恐該處仍有私行偷採及官吏等庇縱透漏情事，並責成巡查之將軍、督撫等，一體嚴查。如有似此情弊，即行參奏治罪。又，元剋中、馬騰蛟，俱著准其送部引見。著李侍堯即將閩省是否尚需該員等差遣之處，據實具奏，候朕臨期酌降諭旨。
十六日（丁未），上命軍機大臣傳諭李世傑曰：從前川省■〈口固〉嚕匪犯，經大加懲治，始行安靜畏法。時查辦■〈口固〉嚕時，並未聞該處有「天地會」名目。然既有此供，且指出係朱姓、李姓所傳，未可因年分久遠，且無實在下落，遂置之不問；自宜一體嚴密查辦，以絕根株。但川省自■〈口固〉嚕畏法後，地方久經寧謐，著李世傑查辦此案止宜不動聲色，飭屬密加查訪。如有蹤跡即行嚴拏，務獲究辦。但不可遍貼告示及派胥役人等到處搜訪，俾胥役得藉端需索，良民驚擾不安，以致別生事端；則是欲淨根株，而又滋萌蘖也。李世傑係曉事之人，自能善體朕意，嚴密留心。
上又命軍機大臣傳諭李侍堯、孫士毅曰：前據福康安拏獲嚴煙後，訊據供出張姓綽號破臉狗、並自粵至閩傳會之趙明德等，一面具奏，一面飛咨閩、粵二省查拏。嗣據李侍堯將張破臉狗拏獲，供有廣東大埔縣人趙明德、陳丕、陳棟三人。亦飛咨孫士毅嚴密查拏。計此時，孫士毅自早已接准福康安、李侍堯咨會，且屢經降旨飭拏，何以總未據奏及？且趙明德等三犯，經張破臉狗供出年、貌、住址，更無難按名緝捕。著孫士毅即將趙明德等三犯，現在曾否就獲之處，迅速具奏。又嚴煙傳習「天地會」，據該犯供稱，實得自陳彪；並供陳彪四十八年尚在漳州行醫；又萬和尚俗名涂喜，在廣東傳教。雖嚴煙堅供不知該二犯住址下落，但所供必非無因，自必尚在閩、粵一帶藏匿。並著李侍堯、孫士毅再行飭屬妥密緝拏務獲。奸民藉端煽惑、聚眾結盟，原應徹底究辦。但地方各官、如果平日實力查辦，何至邪教蔓延！外省惡習，往往無事之時，即因循玩誤，姑息養奸；及一經查究，即又奉行不善，輒遍貼告示，多派胥役到處搜查，借端滋擾。台灣賊匪甫經平定，內地及鄰省一帶民情寧謐，若復因查拏會匪，或致滋擾生事，更屬不成事體。李侍堯、孫士毅俱係曉事之人，俱不動聲色，嚴密查拏。先將首先傳會之人，如趙明德、陳丕、陳棟、陳彪、涂喜者，拏獲審明，從重辦理。其餘有犯必懲，以期淨絕根株，方為妥善。斷不可過事苛求，跡涉張皇，令胥役藉詞擾累，別滋事端。
十七日（戊申），孫士毅奏言：接李侍堯咨，拏獲「天地會」內嚴煙供出之張破臉狗，供有廣東人趙明德、陳丕、陳棟三人，曾到該犯家內勸令入會。趙明德係潮州府大埔縣人，在東門外下寮鄉住，年約五十餘歲。陳丕、陳棟亦係大埔人，俱約三、四十歲。當即派員前往大埔查拏，並無下寮鄉村名，亦無趙姓煙戶。惟保安甲有趙姓兄弟三人，出外十餘年未歸，名字既不相同，且與破臉狗四十六、八兩年仍回廣東之供，亦不相合。至陳丕、陳棟二犯，遍查通縣城鄉各處，亦實無其人。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、圖薩布曰：趙明德等三犯，前據張破臉狗在閩供出，曾到伊家勸令入會，俱係大埔縣人；且將趙明德住址供出，自係實有其人，必非信口妄供者。何以孫士毅派員查拏，又屬毫無綜跡？非張破臉狗所供住址未確，即係該地方官搜查未到所致。著李侍堯即派委從前承審之員，將張破臉狗小心解赴廣東。現在孫士毅已另有旨令前赴粵西查辦安南內訌之事，著即將此案交與圖薩布，令其將張破臉狗詳悉跟究，務將趙明德、陳丕、陳棟等犯實在下落究出，嚴拏務獲，毋致要犯得以漏網。如實無該犯等下落，亦即將張破臉狗從前因何供出趙明德等犯，及該犯等現在何地藏匿之處，詳悉訊明，具奏。
上又命軍機大臣傳諭福康安曰：前因台灣總兵缺出，一時不得其人，普吉保在彼帶兵剿賊尚為奮勉，是以福康安奏請就近調用，當經准行。今台灣剿捕事宜雖已完竣，而善後各事在在需人料理；且該處當柴大紀等貪黷營私之後，諸務廢弛，尤資幹員整頓。普吉保係白衣保之子，洊擢總兵，使之帶兵打仗尚能得力；其於外省地方情形，本未諳習，恐於海疆要缺，人地不甚相宜。計福康安於五月二十五日由泉州起身，此時諒已過浙。著再行酌量，如普吉保竟能勝台灣總兵之任，自無庸更調；若普吉保不能勝任，即於此次帶兵各總兵或素所深知之總兵內，擇其才具堪以勝任者，酌選一員，據實奏聞，候朕降旨簡調。又思袞州總兵柯藩，此人或可用。福康安於過袞州，留心看此人可用否？再，福建水陸兩提督員缺，亦屬緊要。陸路所轄，多係腹並地方，梁朝桂或尚能辦理。其水師員缺所轄，皆係外洋地方，責任尤重。而現任提督蔡攀龍，詢之由軍營回京大臣侍衛等，僉稱其人平庸。福康安前亦奏其未能勝任。若令其久任海疆，恐有貽誤。朕意陝甘二提督哈當阿、蘇靈，俱尚能事。近來甘省地方寧謐，蔡攀龍至彼，尚可將就勝任。並著福康安於哈當阿、蘇靈二人內，量其才具，孰與福建水師員缺相宜者，即奏聞調補。或此外福康安尚有知其才具堪以調用之人，亦即據實具奏，候朕簡調。庶於海疆重任，足資整理。
十八日（己酉），上諭內閣曰：台灣甫經平定，一切撫綏善後事宜，正資整飭。普吉保帶兵打仗，雖尚為奮勉，恐於海疆要缺，究屬人地未宜。因思奎林前在伊犁所處人犯，本係有罪之人；其獲咎尚非貪臟玩法難於原宥者可比。且伊曾經委任久歷戎行，人亦體面。台灣正當需人鎮撫整飭之際，不妨棄瑕錄用。所有台灣鎮總兵員缺，著加恩將奎林補授；並著即馳驛前往。奎林當即倍加感激朕恩，力圖報效。普吉保即著留於福建，遇有相當總兵缺出，再行補授。
上又命軍機大臣傳諭福康安曰：昨因台灣總兵員缺緊要，因思奎林人尚體面，且曾任都統將軍，久歷戎行，威名已著。台灣民風刁悍，又值柴大紀貪縱廢弛之後，正藉其體面風勵，方能整頓。是現在簡用台灣總兵，朕思無有過於奎林者。奎林係福康安之兄，想福康安亦必不敢將伊保奏。是以業經明降諭旨即將奎林補放，並令馳驛速赴新任。福康安現已起身前來熱河復命，途次遇見奎林時，可將台灣地方情形及善後各事宜，詳細向奎林告知，令其到彼實力妥辦。至水師提督員缺，仍著福康安於哈當阿、蘇靈及素所稔知之提督內，酌量一員，奏請對調。再據德成奏，梁朝桂才具亦屬中平，打仗懦怯。其於閩省提督能否勝任，應否亦需簡調何人之處？並著福康安一並據實覆奏。
二十日（辛亥），永慶奏言：派往台灣協剿之杭州乍浦駐防滿兵，回至福建地方，內有瑚圖靈阿等五名，欲僱轎乘坐，恐中途抬夫脫逃，不能行走，遂私自坐船。至青龍灘地方，遭風打壞船隻，淹斃人口。奏入。
上諭內閣曰：滿漢兵丁，遇有征調剿捕之事，於車輛可通處所，尚可准其更替合坐，以省足力。若遇山路崎嶇，車輛不能前進，祗應將軍裝行李一切僱人抬送，本人即當步行，正可藉此習勞。其或一水之便，船隻可通，亦必須所調之兵，普律下船，方可准其乘坐。若中途私約數人，各自下船，已屬非是；何得復思僱轎乘坐？如兵丁可以乘轎、坐兜，則所調之兵一千，即須預備抬夫二千名。況駐防兵丁出征，向俱帶有跟役，設跟役等亦用轎、兜，所需抬夫又當再加一倍。且滿兵既可用轎、兜，則綠營及屯練各兵，又安能禁其不一體乘用？兵貴習勞，以不能登涉之兵，尚望其衝險長驅破賊，有是理乎？此次台灣剿捕賊匪，檄調各省之兵不下五萬，豈不竟需僱夫十萬，以為應付過兵之用，有是理乎？從前西北兩路以及大、小金川用兵時，從未聞有此事。此必該省地方官違例應付，以為將來開銷地步；亦未必如數預備，不過以備有轎伕一項，事後即可借此多為冒銷之計耳。永慶交部嚴加議處。並著李侍堯、琅玕，即將該兵丁等過境時，作何應付及因何備有兵丁等乘坐之轎，是否地方官藉端開銷之處，查明據實具奏。至內地用兵口糧鹽菜以及運送糧餉火藥等項，業定有軍需則例。而兵丁等沿途行走，於水陸地方如何給與舟車，及舟車不通之處，除兵丁本身令其行走外，其抬運軍裝行李等項，每兵幾名准給人夫幾名，未經列入。此次閩省違例應付，未必不因例無明文，遂思從中浮冒。現在大功雖已告蕆，但兵可百年不用，不可一日無備，著戶兵二部即詳悉妥議具奏，添入行兵事例。
二十一日（壬午），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：昨據德成奏：『閩省械鬥之風尤熾。雖內地到處皆有，不特台灣為然。而械鬥之案，往往糾集匪眾，先議出抵償之人，許於事後，代為養贍家口，並設牌供獻。以致貧民貪利，雖死不顧；而奸徒恃有人代抵，遂赴各村莊肆兇攢毆，傷斃多命。甚至放火搶劫，無所不為。及經到官，即有私相議抵之人出頭承認。既非主謀，又非正凶，不過按數抵償。而地方官因見人眾，於鬥毆之始，固不敢過問；迨至斃命，又以有人認償，即將就完結，不加深究。致奸民罔知忌憚，日甚一日，應嚴加懲創、禁止』等語。械鬥之風，雖由閩省民情慓悍，但究係地方官辦理不善所致。若果地方官聽訟公明，遇有鼠牙細故，即立予剖斷，何致人民逞忿私相爭斗？即或有桀驁之馴不輩，鬥毆斃命，亦無難立究正凶，按律定擬，何得任其私相議抵。乃該省地方官向來因循玩愒，於百姓訟案，並不代為秉公速審，致小民無從訴其曲直，積忿私斗。而案情略大，該地方官又思回護處分，化大為小，遂至奸徒無所懲創，罔知法紀。亟應趂此兵威之後，遇案嚴辦，庶械鬥之風可期漸息。若復稍事姑息，則刁風日長，雖法令亦無從禁止，勢必又生事端，尚復成何事體。閩省係海疆，內地與台灣均屬緊要；著傳諭李侍堯務宜不時查察，實力整頓。如再有械鬥之案，務飭究出主謀正凶，並頂凶之犯，一併盡法處治。其地方官員，有仍前掩匿諱飾者，立即從嚴參究。並於奎林行抵泉州時，詳細告知，令其到彼加意妥辦，俾械鬥之風永行斷絕，方為妥善。
二十三日（甲寅），上諭內閣曰：前因台灣地方，經柴大紀等貪縱廢弛之後，百弊叢生，特諭令福康安於剿捕完竣後，將善後各事宜詳悉妥議具奏。嗣據福康安等議定，共十六條。立法固已周密，若該處文武員弁果能實力奉行，原可永遠無弊。但有治法無治人，恐日久復視為具文；或竟陽奉陰違，則雖多立科條，仍屬空言無益。在台灣之文武各員，務當敬謹遵循，力除積習，以飭營伍，而靖海疆。至閩省民風刁悍，盜劫頻聞，是以降旨：凡遇該省海洋盜案，應俟兩年後盜風稍戢，再照舊例分別聲請。昨據德成奏，福建內地以及台灣械鬥之風尤熾，已有旨令李侍堯當遇案嚴辦。是此等愍不畏死之徒，恐非一、二年即能悛革，所有閩省海洋盜案並械鬥之案，俱著照新例嚴辦。俟三年之後如果人知畏法，該督撫等再行奏聞，照舊辦理，以期辟以止辟。昨因台灣總兵員缺緊要，已將奎林補放。朕之所以簡用奎林者，原令其前往實力整頓，俾該處營務、吏治，均有起色。奎林行抵泉州，李待堯可即將應辦諸務，詳悉轉傳，令其到彼後，恪遵妥辦，毋負委任。至前降諭旨，令於督撫、將軍內，每年輪派一員前往台灣巡查，亦恐該鎮、道等扶同徇隱，故智復萌；有將軍、督撫等前往，層層稽察，庶共知儆惕。若該處總兵皆如奎林之足資委用，原不必又令督撫等前往，多此一番跋涉。但奎林亦不能久在該處，設有陞調等事，而接任者一時不能得人，難保其不至貽誤；自應仍責成巡查之將軍、督撫，方為周密。乃昨據德成奏，不如但令將軍、提督前往，督撫似可不必等語。其意必以將軍、提督與地方無統轄之責，前往台灣，尚不至有需索供應情事。若督撫前往，則各州縣備辦供頓應酬及家人胥役需索門包，所費又復不貲。即如從前富勒渾縱容家人殷士俊、李世榮沿途任意勒索，是其明證。無怪德成之有此奏。朕令該督撫等前往巡查，原為稽察奸弊起見，若該督撫等復縱令家人長隨胥吏等，藉端需索，是未受其益，而先受其害，更不成事體。著傳諭該督撫等，嗣後於前往台灣巡查時，務宜嚴禁從役等毋得有受門包、沿途需索等事。如有明知故縱，及漫無覺察者，或經科道參奏，或經朕別有訪聞，即將該督撫加倍治罪，決不寬貸。且不特台灣為然，即各省督撫於巡閱營伍、查辦災賑時，均當自行僱備夫馬，毋得絲毫擾累地方。朕聞向來各省督撫內，惟李世傑、書麟於出巡時，輕騎減從，尚能不累地方。各該督撫俱受朕重恩，養廉優厚，何不以李世傑、書麟為則效，而必踵不肖督撫等之覆轍乎？況督撫之責在於察吏、安民，凡通省之利弊，屬員之賢否，皆所應知。而其出巡時，所帶家人長隨尚不能查察，又安望其剔除弊竇、管轄如許之官吏耶？且不獨督撫為然，即大臣官員等奉差出外，除應得廩給驛馬之外，亦不應格外需索，擾累地方。嗣後凡屬奉差出外及督撫出差者，俱應輕騎減從，並嚴加約束，毋任有違例騷擾之事。若有縱令勒索，毫無覺察者，一經訪聞參奏，即一併從重治罪，斷不為之寬貸。
七月二十一日（辛巳），上諭內閣曰：柴大紀任台灣總兵任內，任意廢弛營伍，縱容兵丁等在外貿易，並婪索夫價及海口船隻陋規、生日節禮，得銀拔補外委等款，贓私累萬盈千。迨賊匪竊發，並不即時帶兵親往撲滅，復托詞回城調兵，遷延時日，以致釀成賊勢。及收復嘉義縣城時，又不併力追剿，與賊以暇，致賊人復得佔據斗六門、大里杙等處，修築抵禦。種種遺誤軍機，經福康安等定擬斬決，解京辦理。朕以柴大紀情罪重大，本應立正典刑。其在嘉義奏稱，不忍以十數萬生靈委之賊手，情願固守之處，雖查係義兵不肯放出，皆屬謊詞，朕究念其尚有守城微勞，欲俟解到復訊後，加恩從寬末減，改為監候。茲據福建委員將柴大紀解到，令軍機大臣會同大學士九卿覆訊。柴大紀復思狡展翻供抵賴，並供稱『德成前在台灣連日審訊義民，誘令如將柴大紀贓罪指出，必有重賞，如不實說，即行治罪』等語。朕命將節次申諭福康安諭旨，令其閱看，並經朕親行廷訊，始俯首無辭。而於認罪之下，仍思狡飾。柴大紀一案，朕專交福康安、徐嗣曾審辦，德成不過係派往勘估該處城工，並無審事之責，與伊何涉？妄行攀指。柴大紀之意，不過因此事係德成前在浙省有所風聞，到京因朕詢問據實奏明，始行查辦。遂心懷忿恨，欲乘機將德成扳陷，伊或可希冀脫罪。奸巧之極，甚屬可惡。柴大紀竟係天奪其魄，自行取死，豈可復從寬典！柴大紀著照所擬，即行處斬，以為辜恩昧良狡詐退縮者戒。
上又諭內閣曰：福建按察使員缺，著萬鍾傑補授。萬鍾傑現在台灣，該處甫經平定，一切善後事宜正須人料理，著仍留台灣道員之任，將地方諸務與奎林實力整頓。其按察使印務，著李侍堯等揀選妥協道員，奏明署理。俟二、三年後，萬鍾傑在彼辦理諸務大有起色，該督等再行酌量請旨，候朕簡放。台灣道有人，再令萬鍾傑赴臬司之任。
八月初十日（己亥），徐嗣曾奏言：逆犯大半係「羅漢腳」匪類，流寓在台。現按照籍貫密咨內地，查其財產、親屬，務期毋稍疏縱。又台灣吏治廢弛，不能早行覺察，咎實難辭。請革職開缺。奏入。
上命軍機大臣傳諭李李侍堯、徐嗣曾曰：此等逆犯財產，其在台灣地方者，自應詳晰查明，盡數入官，以備撥給戍兵之需；至各犯在內地所置田產，不必概行入官。所有此項內地叛產，著於各該犯族眾均勻分賞，以示格外施恩，而杜爭競。並諭伊等，此係特旨加恩，嗣後倍當安分守法，勉為良善。並著李侍堯接奉此旨，先於漳、泉一帶遍行曉諭，使知感激。前因台灣吏治廢弛，徐嗣曾於屬員收受陋規，不能及早察覺，又不自請處分，是以降旨飭詢。但徐嗣曾於辦理善後各事宜及清查叛產、查緝犯屬等事，尚能周到。伊所請革職開缺之處，著加恩寬免。徐嗣曾益當倍加感激，諸事悉心經理、實力整頓，以期毋負朕矜全委任至意。
九月二十六日（甲申），徐嗣曾奏言：台灣內山各社生番番目等，於八月上旬陸續到郡；正值萬壽慶節，即令眾生番隨班鞠跪。該番目等，無不以准令進京，為非常榮幸。臣就其所好，賞給布疋、鹽、茶等，令其散播各社，將家屬妥為安頓，趕緊製棉衣、行李等件，以資安渡遠行。查台灣南、北、中三路，均有番社；此次到京者，北路則屋鰲等七社，中路則阿並山等九社、大武壠等六社，南路則傀儡山等八社。共計：生番頭目四名、番目二十六名、通事四名、社丁八名。耑委在台辦事之福州同知楊紹裘，帶同熟悉番情之義民首張維光、葉培英、王松，沿途護送進京。義民首曾中立、黃奠邦等，同日起程，一體照料。均於八月二十八日自鹿耳門登舟，候風開駕。並將該生番等居宿飲食所宜及一切行走章程，咨會督臣飭知經過各地方，妥為預備，以利遄行。計算十二月十五日以前，總可趕赴抵京。奏入，報聞。