七月二十三日（戊子），存泰、圖薩布同奏言：初四、初五兩日，會同副都統臣博清額、柏廷翰，傳集滿漢八旗及水師旗營各駐防官兵，逐加挑選，共足一千五百名。察看各官兵，年力俱屬強壯勇往，必能出力剿賊。隨照例散給俸賞、行裝、鹽菜銀兩，備足軍火器械，派定協領、佐領、防御等官共三十三員，分作四起行走，以三百七十五名為一起。七月初七，頭起自省啟行，按日接連前進。副都統臣博清額統領第四起官兵起程，由水路晝夜兼行，至龍川縣起岸，過山，仍由水路至潮，從黃岡入閩境。現在河水通達，船隻便利迅速。至官兵自省起程，臣等督同藩司許祖京及府、縣等親赴河干照料登舟。至龍川起岸至清溪，派委肇羅道阿章阿支給人夫，隨路彈壓。由清溪下船，至潮州，派委惠潮嘉道圖畢赫撥給船隻，接替護送。仍飛咨督臣孫士毅照料出境。其官兵日逐應需口糧，俱飭各府、州、縣預備，隨到隨發，免致停留。至此次駐防各官兵應支分例，先於司庫動項支給，容俟彙案造報。
同日，圖薩布又奏言：粵東所屬州、縣地方，內多濱臨洋海，而附近省城沿海各隘口，尤關緊要。臣節次與督臣孫士毅檄飭文武，慎密嚴查。現在添調官兵赴台協剿，誠恐地方稍有疏懈、奸匪乘機竄逸，臣現飭各州、縣會同營汛，於沿海隘口加緊巡查。凡船隻收泊港澳，遇有蹤跡可疑，其船戶梢水，若非本處歇家行店素相認識，難保無臺灣逸匪及洋面奸徒，一經盤查得實，即行拘拿解究；務須不動聲色，嚴密辦理，使匪蹤無所潛伏，以靖海疆。再與藩司許祖京酌商，將庫貯上年潮屬解存谷價內洋錢十四萬九千餘兩撥出湊解，將餉銀扣存司庫抵補谷價。並於省城、佛山二處市鋪公平兌換，湊足全數。現在已將洋錢七萬八千圓。於本月初六日委員先行批解起程。此後，趕緊易換，定於本月內全行委解，不致遲誤。均奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、孫士毅、圖薩布曰：臺灣與粵省毗連，非江浙遼遠者可比，保無有匪犯竄逸，自應嚴密查拿。但販貨商人俱系家道殷實，豈肯藏匿匪徒，自取重戾？該督撫等遇有形跡可疑者，必須留心盤詰。若遇到口商船概行查訊，則商販等聞風裹足，將來商販不通，百貨騰貴，於閭閻民食大有關係。著李侍堯、孫士毅、圖薩布飭屬不動聲色，設法妥辦，毋得紛紛誤拿，徒滋擾累。
二十四日（己丑），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：前據常青等奏，參將瑚圖里自山豬毛帶領官兵、義民來營，所辦錯謬之極，已將常青、恆瑞嚴行申飭。今反覆思之，常青等於此一事，愈覺其辦理失當。雖已諭令常青等將辦理錯誤緣由，傳旨曉諭義民，令其速回本處，自為守御，並令瑚圖里親自帶兵護送，以安其心，而勸來者。但前降諭旨，到彼尚需時日，已恐無及。若賊匪等乘義民遠離本莊，已將其家屬房產焚劫殘燬，以致義民等受累灰心，並致他處義民聞風裹足，不肯踴躍投效，是皆由常青等措置乖張，貽誤事機，朕必當將常青等從重治罪。著傳諭李侍堯將此事情形是否如此，其意以為何如，就其所見據實密陳。此事勿得稍有宣露，令常青等聞知心懷疑懼，更於事無益也。
臣等謹按，將軍常青等留廣東莊義民在營助剿，並不先將願留之故奏明。我皇上以義民既留大營，其本莊無人守御，必致遭賊擾害。既嚴加申飭，指示其措置之乖方，而猶慮及護送歸莊事或無及。聖天子念切民依，痌瘝在抱，厥後粵莊義民始終出力不倦，固因能知大義，亦由感發而愈激其天良也。
同日，李侍堯奏言：臺灣額徵地丁、莊租、鹽課等項，每年計銀五萬九千三百餘兩；應行解司兵馬建曠扣缺養廉並文武各員借支各雜項，每年又不下三、四萬兩，曆系扣存府庫劃兌戍兵餉銀。如上兩年奏銷之銀，於下兩年請領兵餉內扣收，以省彼此運解之煩，著為成例。上年臺灣請領五十二年分官兵俸餉養廉銀共一十七萬五千一百餘兩，經署藩司李永祺照例劃扣司庫銀一十萬二千五百餘兩，飭令將收存府庫銀兩撥出支放在案。茲據布政使覺羅伍拉納等詳稱，前項存貯府庫銀兩，故守孫景燧任內墊用無存，兵餉不敷支放，請先行給發。臣查賊匪滋事，系在上年十一月以後，而本年臺灣兵餉應動支五十年完解之銀。該年徵收銀兩，業經奏銷全完，實貯府庫；並應行解司各雜項亦俱扣收在庫，與本年官莊地畝賊匪擾害無可徵收者，全不相涉。乃據稱孫景燧任內墊用無存，其墊作何項，系何員任內墊用，並未有報案，顯系虧空。本應查明參奏，分別追賠，但現當剿捕逆匪之時，不便遽行查辦。一面飛飭藩司將劃扣銀一十萬二千五百餘兩照數撥出，委員迅解臺灣，以備支放。並行令查明陣傷、亡故、未回兵丁，按照出缺日期，將餉銀扣貯府庫，歸入下年支放之用。仍飭將支放日期、官兵花名清冊並扣除亡故兵丁名數造報查核，以杜影射挪移情弊。又，泉州府馬巷通判陸士錕於該廳地方米船被竊，並不上緊嚴拿盜犯，任聽家丁、差役私賣贓米，及事主認領，又不全行給領。請將陸士錕革職。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：臺灣庫貯銀兩，原存為兵餉支放之用，且系五十年徵收錢糧實貯在庫之項，與去歲冬底被賊滋擾官莊無涉，何得稱墊用無存。孫景燧在任釀成事端，又復任意虧缺，即應參奏查辦，乃該督請於事竣後再行辦理，試思孫景燧業已身故，將來又復向何人查究乎？現已降旨諭令琅玕將孫景燧原籍資財，嚴密查抄，以抵官項。至陸士錕當軍務倥傯之際，並不嚴防盜賊，乃於商船被劫轉從中侵漁吞匿；是不但因該商被盜，乘人之隙肆行侵隱；而且乘國家有事，任意貪婪。似此居心，真與盜賊無異，僅予革職，不足蔽辜。著李侍堯將陸士錕即行革職拿問，仍計贓科罪。至李侍堯現值閩省地方廢弛之時，正當實力整飭，乃於此二案辦理失之寬縱若此，殊屬非是。著傳旨嚴行申飭。用兵之際，諸事宜嚴，李侍堯不宜如此從寬辦也。
上又命軍機大臣傳諭琅玕曰：臺灣府庫貯兵餉等款銀兩，系五十一年奏銷，以前徵收錢糧實貯在庫，與本年被賊擾累官莊無涉，何得藉稱墊用無存？明系孫景燧挪移虧空無疑。孫景燧系臺灣知府，平日於地方事務既漫無整頓，以致釀成林爽文等糾眾不法，肆行滋擾之事，而於庫貯銀兩，又復任意虧缺。是其侵漁斂怨激成事端，不可因已被賊害而寬其罪，使其家屬仍坐享豐厚。著琅玕即將孫景燧家產查封，以抵官項。
同日，李侍堯、徐嗣曾同奏言：本年應辦乾隆五十一年奏銷，因台匪林爽文滋事，先准臺灣鎮道等以淡水、諸羅、鳳山、彰化等廳縣被陷，恢復倉庫款項，必須逐一清查，方可核實造報。請俟剿匪事竣，另行詳報。而內地各案奏銷，因逆匪尚未剿滅，現在進兵一切軍火、銀米分派各屬辦運，自上年至今，各員或支應差務、或碾運軍糧、或稽查口岸，均須親身經理，而於盤查倉庫、核造冊籍等事，一時難以兼顧；且司道等又隨同在泉州辦理接應軍需事務，所有奏銷案內應造冊籍，俱未能隨時核辦。請將閩省應辦乾隆五十一年分奏銷各款，展限兩個月。其臺灣府屬各款，仍俟剿匪事竣，另行飭查造報。俾得寬其時日，庶辦理不致錯誤。奏入，報聞。
二十五日（庚寅），李侍堯奏言：現在粵、浙等兵，正當東渡，臣更擬多撥銀米、火藥等項，趁此兵船配渡之時，委員隨同解往，尤為妥協。將來如更有續解銀米，該二處既各有派往防護之兵船，當亦不致疏失。至就漳泉兩處募補兵丁二千名，現在情願入伍者甚多，不過旬日，即可足數。所有擬調之浙兵二千，已咨明浙省撫提二臣停止調遺。再，臺灣殉難各官，或素系貪殘，則殞命亦難贖釀禍之罪；或尚稱廉謹，則捐軀自當邀死事之褒。事關勸懲，未可草率，現在留心細訪，務得確實，再行陳奏。有查前調之閩兵二千、粵兵二千，目下已早到臺灣。又，續調之粵兵四千，本日頭起五百名已到廈門，其餘各起，有路遠未能即到者，准孫士毅札稱，現在嚴催進發。又，浙省之駐防滿兵，已據報於六月二十六日起程。粵省駐防滿兵，雖未報起程日期，大約本月下旬俱可到廈。臣現在廈門料理，自當令其隨到隨即登舟，俾迅速前往。至北淡水一帶，近據同知徐夢麟稟稱：『逆首林爽文遣賊在彰、淡交界之大甲溪等處滋擾，副將徐鼎士已帶兵來援；藍元枚亦遣守備潘國材帶兵由海路前來，率同該處義勇於六月十八及二十一、二等日，連次接仗』等語。查所調漳州兵往藍元枚處者，現已在途，俟粵兵到時，再分撥二千前往，則藍元枚處新，舊官兵，亦不為少。現令常青、藍元枚等多募義民、鄉勇，並從賊而自拔來歸者，亦準食兵糧。常青、藍元枚等，自必共相協力，定可逐段摧廓。臣惟有料理糧餉寬裕解往，俾足供支給，不敢稍有缺誤。奏入，報聞。
二十六日（辛卯），上命軍機大臣傳諭常青、恆瑞曰：本日，詢問常青之齎摺差弁饒成龍，據稱：『將軍紮營在小南門外十里之桶盤棧地方，自五月二十四日以後，與賊人打仗數次。因賊人四路抵御，未能前進。賊目莊大田所據南潭，距桶盤棧營盤只有五里』等語。常青等自駐紮臺灣已經數月，其桶盤棧營盤相距南潭不過五里，該將軍等早應統領大兵將賊目莊大田先行剿除；乃惟知結營自守。似此肘腋之間，任其逼處，竟不思乘勢攻剿，實不可解。前以為南潭離大營尚遠，故屢次諭令該將軍等酌留官兵固守營盤，親統大軍舍南趨北，與柴大紀、藍元枚會同進剿。此時如尚未啟行，該將軍等即行帶領官兵速將五里外南潭屯聚之莊大田痛加剿洗，以清肘腋。豈有近在數里之內，而束手坐待之理？且此次續調兵丁，其粵兵二千，昨據李侍堯奏，業經配渡前往。其餘浙、粵官兵，自已陸續到彼。常青等正當乘其新到銳氣，相機進取，詎可曠日持久，坐失事機。
上又命軍機大臣傳諭李侍堯、徐嗣曾曰：前因臺灣剿捕逆匪需用軍糈，且漳、泉一帶地方缺雨，恐米糧市價昂貴，民情不無拮據，已有旨諭令該撫查明妥辦。並節經降旨於浙江、江西、江南、四川、湖廣等省，派辦米共一百餘萬石，令該督撫等迅速運閩接濟。是閩省米石日逐充盈，除應付軍糈之外，盡有多餘。漳、泉二府如有缺雨成災處所，該督撫務須詳悉查明，一面奏聞，一面即行督飭所屬妥為撫卹。俾閭閻均霑實惠，毋使一夫失所，以副朕軫念民依至意。
二十七日（壬辰），常青、恆瑞同奏言：南路之賊，仍在南潭一帶負嵎不散，顯系北路賊勢鴟張，故敢有心窺伺。臣等於二十八日，令侍衛烏什哈達等率同遊擊孫全謀並參將瑚圖里管帶弁兵，臺灣道永福亦派同知楊廷理、守備銜莊錫舍督率義民，協同官兵前往搜捕。由鯽魚潭至埔姜頭莊，見賊數百；向前追殺，直至蜈蜞潭溝，焚燬賊寮十數間。當有南潭賊匪三、四千擁來。官兵齊放槍砲，打死賊數十人，殺賊十餘人，賊遂敗退。因該處溝徑崎嶇，不便追趕，隨即收軍。奪獲賊械十餘件。受傷委署驍騎校哈郎阿一員、兵丁一名、義民二名。陣亡兵丁四名、義民四名。均各分別記功、賞卹。惟被賊沖散不知存亡兵丁十五名，俟查明另辦。又接據駐守鹽水港遊擊楊起麟稟稱：『二十五日，賊眾千餘由蘆竹坑來攻鹽水港。商令守備黃象新帶領弁兵、義民，由東北勢港墘堵截，施放槍砲打死賊百餘人，餘賊敗走。於各賊屍身搜出偽將軍封條』。又據柴大紀稟：『二十日，賊匪攻縣，兵、民奮力抵御，打死賊數百人。內騎馬賊目一人。二十四日，賊忽分攻四門。督率將備分方堵御，槍砲並施，打死多人，賊始懼退。二十五日黎明，賊匪擁眾環攻西北營盤。大砲疊發，打死騎馬賊目二人，殲賊十餘人；其餘賊匪冒死進攻。官兵、義民力戰，至未刻稍退，仍遙屯未散，四野積水泥濘，未敢進剿。申刻雷雨盆傾，至戌刻賊始散歸各莊。現在多方雇覓熟識路徑之人，連夜札調鹿仔草官兵前來協助，至今尚未見回信』。各等情。又諸羅縣知縣陳良翼稟稱：『逆匪聚眾八、九千人，於二十八日辰刻，扛抬枋車，上蒙濕綿被，蜂擁圍攻西北兩門營盤。東南兩門山頂，各有匪眾六、七百人，遙為聲援。即分撥僚屬守城，親率各義民同將備弁兵往來御敵，施放槍砲。賊匪槍砲甚多，抵死擁攻，官兵、義民奮力攻殺，賊人退而復進者三次。我軍大砲轟擊，碎其枋車數座，打死賊二、三百人，北門打死騎馬賊目一人，西門殺死賊目一人，梟回首級。至申刻，賊始潰散。官兵、義民損傷數十人。賊雖暫退，差探尚欲糾賊攻城』等語。查諸羅一帶賊匪，浹旬不退，柴大紀等既能固守，又經屢次剿殺賊眾，自不敢久逼圍攻。但該縣系二十九日具稟，是日遊擊田藍玉纔到新店，是以尚未得有該遊擊帶兵協助魏大斌之信。臣等已三次嚴催魏大斌、田藍玉等，務即通知柴大紀迅速由鹿仔草起兵前進，內外奮擊，開通道路。並已飭該道府添解餉銀、火藥、鉛子等項，委妥員運往接濟。又，柴大紀及署縣陳良翼稟稱：『現在縣城四面道路、田洋積水，皆有逆匪阻截，遍插竹簽，官兵難以行動，積存文報，不得遞送。城中糧餉、鉛藥，存剩無多；大砲鉛子隨時鑄造，已用過一萬三千餘斤，現今鐵炭漸缺。設法加意防御。二十五日，賊目蔡福被砲打穿領頰，傷重，抬回打貓街；二十八日，賊目葉省被砲打中右腋，扛回牛稠山斃命，各莊民奔報屬實』。遊擊田藍玉稟稱：『鹿仔草由東邊往諸羅，系埔心、大崙等莊，路被賊削小，田水堵滿；由南邊往諸羅，系後寮一帶，各路口亦是賊匪屯紮之所，俱有蔗園、深溝阻礙去路。現與魏大斌妥酌，分兵前往』。又據魏大斌稟：『初三日寅刻，同副將詹殿擢、遊擊田藍玉等帶領官兵、義民前赴諸羅，行至半天厝，見埔心、大崙各莊賊匪突出，約有數萬分路殺來。遂令排列隊伍，施放槍砲，打死賊匪不計其數，內有騎馬賊一名。但賊匪愍不畏死，尚敢圍攏，官兵、義民奮勇力戰。至未刻，賊匪退聚各莊路口，攔截官兵、勢甚猖獗，難以前進。查陣亡兵丁一名、義民一名，受傷兵丁十二名、義民十九名。隨將隊伍收入鹿仔草營盤，再商計策前赴』各等語。臣等細閱各稟，魏大斌已接柴大紀書函，則彼此自可關會。其賊目蔡福、葉省，若果被砲傷斃，則賊勢亦應稍減。惟是，已抵鹿仔草之各官兵，屢前復卻，皆因賊匪削小官路，乘夏令多雨灌為水田，又遍插竹簽，以防官兵進剿，為此困守諸羅之計，殊屬狡惡。但查鹿仔草距諸羅僅二十餘里，若我軍並力奮勇能透過十餘里，城內兵民亦奮力接應，尚似可以打通。且埔心、大崙等賊莊，在諸羅西南一面十餘里之外，並非四面圍住縣城，若募熟識路徑之人，無論水陸亦可間道疾趨，期於必克。臣等以柴大紀望援甚殷，而該鎮將等設法應援，自以兵多為善，是以再行添派參將特克什布、張萬魁，署都司邵振綱帶兵一千四百名，並派令健銳營章京官保、德成額協同前往，即於初八日早，仍配船由水道前抵鹿仔草。並飭鎮將等務即悉心籌畫，彼此熟商，或拚力直前，或覓途馳赴，總期速達諸羅，痛殲醜孽。至續添之閩省兵二千名，於六月十九、二十一等日先到。粵省兵二千名，惟配渡兵八十五名船一隻，尚未到來，餘已於七月初七日齊到軍營。再參贊藍元枚統領北路官兵，亦以僅能守御，不敷攻剿，是以奏請添兵。臣等俟請添各兵陸繽到齊，即相機前進，一經擒獲賊首、賊目，即隨時馳奏，不敢稍遲。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：賊匪雖挖溝壕，不過十餘里，止系為自守之計，並非險阻。即官兵結營拒敵，亦豈無溝壕自衛？此乃行軍之常事。常青等統領大兵何難督率兵民填平溝塹，奮力攻擊！況官兵剿賊，即遇深溝、高壘，勁敵當前，亦將奮勇爭先，直前摧破，豈有見此么■〈麻上骨下〉草竊挖有溝壕，即畏葸不進、株守坐視之理。南潭近在肘腋，常青等自應先將莊大田等痛加剿洗，不使負嵎窺伺，再行統領大兵直趨北路。況續調兵丁業已陸續全抵大營，聲勢倍為壯盛。今常青等接據柴大紀處請援之信，始則僅派魏大斌帶兵千餘前往，及魏大斌在鹿仔草被賊攔截，又派田藍玉帶兵一千接應，仍不能直抵諸羅。似此零星派撥，於事何益？且常青等如見南路賊匪屯聚窺伺，實有難以遠離郡城，不能前往北路之處，亦應將該處情形據實奏聞。乃自駐紮台灣以來，業經數月，既未挪移尺寸，而於如何運籌決勝、擒殺賊匪及定於何路進兵之處，總未據奏報。似此株守因循，何日可以集事耶！柴大紀駐紮諸羅，屢被賊人圍擾，其勢甚為著重；常青等早應親統大兵前往援應，殲殺賊匪，會合進剿。況常青、恆瑞俱在府城營盤，即該處亦屬緊要，不能一同前往，若以一人留守，以一人統兵前往諸羅援應，有何不可？豈伊二人必須同在一處，不能分身耶？賊目蔡福、葉省既被官兵放砲打傷，又抬回打貓、牛稠等處，該處村莊若非賊黨，則賊目受傷不應抬至彼處；若該莊民人業經從賊，又不應赴官奔報。乃賊目受傷既抬回各莊，而莊民又以賊目傷重斃命奔報，豈有賊與義民同居一莊之理？若該莊民人並未從賊，俱屬義民，是該處即不應有賊匪屯佔，何以魏大斌等帶兵到彼又復被賊攔截？殊不可解。究竟該莊民人，是否賊黨？抑系義民？著常青等查明具奏。
上又命軍機大臣傳諭長麟、李世傑、琅玕、李侍堯曰：現已令福康安前來行在陛見，面受機宜，前赴臺灣督辦剿捕事務。並已派海蘭察等先行帶領侍衛章京拜唐阿等，分起由驛前往，每起約二十餘人。所有需用車輛、馬匹，著長麟、李世傑、琅玕、李侍堯等即預為籌備，並令前派出管理驛站大員幫同照料。但此四起侍衛章京等，不過百人，需用車馬等項為數無多，該督撫等務須妥協辦理，毋得稍涉張皇，致滋擾累。
同日，何裕城奏言：協濟閩米，籌辦之始，原定於五福陸路轉運，祗以該處溪河、山路，節節起駁、肩挑，惟恐不速，擬照從前辦過成例，陸、海分運。嗣准督臣李世傑咨覆，始知江蘇亦有運閩之米，海船不敷，咨商浙省協濟。臣恐運米到彼等候，欲速轉遲、隨將碾就之米十五萬石，全由五福陸路運往。該處先經爬沙挖淺，多備竹筏、小船，兼幸上游得雨，足資浮送，又於旱路平治陡隘，轉運尚覺迅速。現在抵閩省光澤縣水口者，已有六萬四千餘石，其餘接續運赴。臣仍嚴切督催，務令克期竣事，不敢稍有遲緩。再江西運閩米石，計至九月初旬可以運竣。所有湖北省運閩之米，行抵五福水次之日，適當江西運竣之時，堪以接續轉運，兩不相妨。一面預飭各屬候湖北委員押米入境，幫同悉心料理，協力挽運，一如江西運米成規，不許稍存岐視。再查閩省民人廣種番薯以代米谷；江西向不廣種，臣今春勸民廣為種植，茲屆成熟之時，收穫頗豐，已有成效。臣思江西今歲麥禾二收，俱屬豐稔，尚不藉番薯為食。臺灣現在用兵，食口眾多，番薯堪佐米谷之用，隨陸續收買積有十萬斤，於運米完竣之日，帶運前去，交閩省督臣李侍堯查收酌用。奏入，報聞。