七日十七日（壬午），孫士毅奏言：粵省先調兵丁二千名，已於六月中旬陸續抵廈，此時應已全數到台。至續調二千名內：督標及增城惠來營一千名，七月初五、六等日，即可出境；右翼鎮標一千名，距潮較遠，七月二十日外亦可點送赴閩。所有現在添調二千名，因計期稍後，臣尤加緊飛調。並於營分略近者，量為抽撥足數，計程月杪、月初，亦可由黃岡出境。一切軍裝、器械及鉛彈、火藥，並裹帶一月口糧，臣前此恐閩省軍營續有徵調，俱預為密飭部署；一俟檄調文到，各該營均可即日起程。左翼鎮李化龍，曾經出師金川，派委統領。其餘帶兵將弁，俱挑選諳練勇往，並有曾經打仗者。至駐防兵一千五百名，想日內存泰、博清額會同圖薩布挑選停妥，不日即可啟行。臣仍一面星飛咨會，一面派員馳往前途，彈壓到潮，毋許稍有滋事。再，近年外洋商船，均系以貨易貨，其新到洋錢比前較少，愚民無知，竟與紋銀一樣行使，是以市價稍昂。現在軍營需用孔亟，自未便較論成色多寡，致有遲誤。經撫臣在省迅速趕辦，得有數萬兩，先行起解。因思上年清查倉谷案內，有潮屬州、縣徵出谷價銀二十餘萬兩，提貯藩庫，內洋錢居多。現與撫臣札商，將此項洋錢湊足四十萬兩，委員分起解送赴閩，即可應用無誤。奏入。
上命軍機大臣傳諭孫士毅曰：孫士毅添派征兵、催■〈走賛〉赴台，所辦甚為迅速，實屬可嘉！昨又降旨令於粵東挑撥兵一千名，速行派赴閩省應用。該督務須妥協派往，愈速愈妙。又據稱撥銀易換洋錢通融，如數撥解，所辦亦屬妥協。至孫士毅現在駐紮潮州，且因照料官兵出境，馳赴黃岡，該處與閩省較近，聲息相通，現在臺灣剿賊情形，該督自必有所聞知，並著得有何信，即行隨時速奏。
十八日（癸未），李侍堯奏言：閩兵二千，已於前月十九、二十等日，俱到台郡。粵兵先來之二千名，於前月二十四、五等日放洋，計目下應亦到齊。至分兵二千前往藍元枚軍前之處，若論道里，則浙省滿兵到泉州，即可由蚶江配渡；但該提督系漢人參贊，而永慶系滿洲將軍，同在一處，恐不得臂指相使之用。臣擬令永慶帶滿兵赴常青處，俟粵兵來時，分撥二千往鹿仔港，似覺兩處俱呼應得靈，較為有益。惟是該提督昨寄來摺稿，亦有請添閩、粵兵五千之奏，今增兵二千，似尚不敷所請之數。臣前奏明漳州鎮兵獨未調用，因札詢該提督去後，茲於本月初四日接據札稱：『漳鎮兵內和平、漳浦二營，難保無會匪在內；其詔安、雲霄二營兵，最為勇健得用；鎮標中、右二營及城守、同安二營，亦俱可得力，保無他虞。倘得此等兵五千，不獨可以御賊，即相機進剿，似亦不難』等語。該提督系本地人，自必確有所見；是以，臣即照伊所指營分咨會常泰，並密令挑取有家眷之兵二千名，克日前往，以資應用。查南路賊匪既多，若俟常青由南而北，正需時日。今該提督增此閩、粵兵四千，不必俟常青南來會合，即可進搗賊巢，庶剿滅逆匪較得迅速。再，逆匪林爽文之母自縊及其父搬入內山之信，五月初間，據同知楊紹裘稟，曾有此語，並謂系三月中事。臣隨訪之內地文武各官，則稱二月初間已有此傳聞。是此信恐未必確，是以臣未敢率行入告。但今賊勢日益蔓延，則無論此事未真，即果屬實，而該匪行同梟獍，其父母已不足繫其心。惟有解散其黨羽，痛殲渠魁，始可蕆事。至於江、浙數省撥運米石之外，又令川省撥米二十萬石前來接濟，尤屬臣等意計所不到。現在漳泉一帶天氣久晴，晚禾尚未栽插，將來必需平糶；川米到時，正資應用。臣現在先行傳播，非惟人心俱有所恃，而山陬海澨得聞此信，無不感戴聖主顧復之恩。再台地向無馬匹，歷來駐班官員各自帶馬一、二匹載往，以資乘騎。緣海船艙底甚深，馬匹不能上下，僅可於篷板底每船附載三、四匹，一遇風浪，尚多驚跳不寧；是以載往甚難。所有節次調往征兵，非特綠營馬兵俱屬步行，即恆瑞帶往滿兵，亦照軍需例折給。此次增調浙、粵二省駐防滿兵，應亦照此辦理。惟滿漢官員，似不可無馬。昨據粵省領兵之總兵梁朝桂等，咨請兩廣督臣酌撥馬數十匹，以資將備乘騎；現准孫士毅分解前來。今又增調多兵，則將備需用又多，應請滿漢各員，三品以上准帶馬二匹；五品以上准帶馬一匹。其驍騎校千總以下，概不准帶馬，以省裝運之艱。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：常青處已節次指示機宜，諭令舍南趨北。今又有續到閩、粵兵四千名，兵力更為厚集，正當及鋒而用。若分投堵御、零星打仗，何日始能進剿？且綠營怯懦習氣，動稱賊有萬餘及數十萬，試思賊匪雖到處逼脅，亦不過臺灣地方一處民人，況又未必盡皆從賊，又何至各處賊匪動有數萬？若果如此之多，又何所得食，豈賊人亦有錢糧散給之耶？此乃事理之顯而易見者。該將軍等豈可坐待株守，以一兵御一賊之理？藍元枚處，現在已據李侍堯派撥漳州兵二千，其續調粵省兵二千，亦當陸續前赴鹿仔港。該參贊亦當令普吉保留守鹿仔港，親自領兵由北而南，與常青、柴大紀會合一處，使我兵聲勢聯絡，軍威壯盛。不可徒為所牽綴，以致師老力疲，坐失事機。再據李侍堯奏，賊勢日益蔓延，必須南北並舉，以期軍務早竣。此等賊匪，不過烏合之眾，總因官兵與賊相持，曠日持久，轉與賊人以暇，以致處處牽掣我兵。若辦理得其要領，賊匪焉能日聚日多，肆行屯聚？且該督稱賊匪蔓延之語，亦系綠營恇怯訛傳；從何而得？所指何處？並著李侍堯據實覆奏。
同日，何裕城奏言：准福建撫臣徐嗣曾札稱：『臺灣軍營需用火藥，雖已於浙江、廣東二省調撥協濟，但有續調官兵，必須寬為籌備。江西省是否現有存貯火藥堪以撥濟』？等因。查軍營火藥甚關緊要，臣已在各營額備火藥內酌提六萬觔，裝貯完固。臣詣局點驗，派委員弁領解；即於七月初十日自省城接續起程，由陸路入閩省之崇安縣解送前進。一面札覆徐嗣曾，並飛咨閩省總督臣李侍堯派員接收，交局應用。奏入，報聞。
二十日（乙酉），常青、恆瑞同奏言：據現駐鹽水港之遊擊楊起麟稟稱：『十七日，魏大斌等帶兵至鹽水港。因鹽水港兵單，留都司羅光炤帶兵五百名在港防御，魏大斌即帶兵前往諸羅一帶剿捕』。據魏大斌來稟：『領兵於十七日到鹽水港，賊匪暫退，即到鹿仔草紮營。於十八日，同副將詹殿擢、遊擊邱能成、武舉陳宗器等，帶領官兵、義民至埔心、大崙等莊與賊打仗，自巳至未，槍砲打死賊匪不計其數。詎料四面賊莊群起蜂擁，竟有萬餘將前後隊官兵圍住。官兵施放連環槍砲，奮勇抵敵，至申刻殺出重圍，收回鹿仔草營盤。乞迅撥員弁領兵赴援會剿。是日，陣亡把總麥逢春、武承烈、劉聯升、額外外委包定邦四員，兵丁六十六名；受傷遊擊邱能成、守備蔡國忠二員，兵丁十一名；未知存亡千總黃殿臣、把總陳世棟、陳彪三員，兵丁二百二十一名；陣亡義民四名』。各等情。查鹿仔草距諸羅二十五里，該鎮等自應預先通知柴大紀內外應合，則攻打較易，何至多損弁兵？而軍火器械，又未聲明，料所失亦復不少。但柴大紀等，自初十日會稟請援之後，至今尚無文報，則現在賊勢充斥，阻隔音信，自屬實情，急需添兵前往。臣等當派撥遊擊田藍玉帶兵一千名，即於二十六日仍由水道飛赴鹿仔草，隨魏大斌併大攻剿，速達諸羅，統聽柴大紀調遣。再，六月二十一日，據參將瑚圖里、都司邵振綱稟：『二十日自山豬毛帶兵六百餘名、廣東義民一千四百餘名，由小路翻山至南潭攻剿賊匪，臨時懇求接應』等語。臣等於二十二日黎明，派令革職參將那穆素里前往哨探，復派令翼長烏什哈達、都司杭富、參將特克什布帶兵五百名，前至二層瀘山腳下接應。約至巳刻，那穆素里回報：『參將瑚圖里、都司邵振綱，甫經下山，賊匪四出。烏什哈達等將隊伍排開，賊匪見有官兵接應，登即退去。參將瑚圖里、都司邵振綱，見賊懼退，趁勢帶同官兵、義民向前追趕，廣東義民奮勇爭先，現擒獲賊匪陳順等五名』。臣等查山豬毛汛與廣東莊相連，賊人數次侵犯，俱被官兵、義民殺退。又官兵前經被困數月，並無糧餉，俱係廣東義民助糧接濟，實屬義民可嘉！隨面加獎勵，酌賞六品頂帶，貢、監生員周敦紀等九人；八品頂帶，民人曾秀等十三人。又，每名賞銀二兩者九十名；賞銀一兩者一千二百八十二名。仍照士兵例給與口糧鹽菜。其瑚圖里、邵振綱所帶兵，亦準分別補給糧餉鹽菜，以示鼓勵。至山豬毛汛，現有把總葉琪英帶兵五百餘名，同義民防守。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：據常青、恆瑞奏，加派官兵應援諸羅一摺，所辦著著皆錯。瑚圖里等，前因鳳山失事，被賊攔截，在山豬毛駐守數月，幸而賊匪無能，不致將山豬毛搶佔。該將軍等，因中間道路阻隔，無從知彼處信息，以致日久並未遣兵救援。今瑚圖里既於六月二十日從山豬毛小路翻山進攻南潭，聲勢可得聯絡，自屬極好機會。該將軍等一得稟報，即應親統大兵直往南潭一帶，合力夾攻，則賊目莊大田可期就獲，南路即可乘勢肅清。即使常青、恆瑞不能一同前往，亦應酌留一人駐守營盤，或常青、或恆瑞，帶領侍衛章京將備等，親身統領，似大力多兵直趨南潭，奮力攻擊，方合機宜。伊二人又有何不能分往處？縱使伊二人俱難以分身，亦應於鎮將中如蔡攀龍之奮勇可恃者，多派官兵，令其帶往剿捕。乃常青等計不出此，僅派那穆素里、烏什哈達等帶兵五百名接應，於事何益？且官兵前在山豬毛被困數月，既全藉廣東莊義民助糧接應，此次瑚圖里等回至大營，其廣東義民，自應令其留守本莊，自為捍衛。乃竟帶同來至大營。伊等之意，不過為添千餘義民，可以稍添兵力。但山豬毛仍須留兵防守，又豈若令義民在彼自為守御之得力也？今將伊等帶回大營，令其隨營往剿，該義民等既系戀室家，心懸兩地，不能得力。且使賊匪聞知該義民等隨營助剿，必心懷忿恨，將其村莊焚燬、家屬殺戮，義民轉致受累灰心。似此，措置乖張，豈用兵之道？且常青等統兵往北路進剿，到處俱有義民協助；若見廣東莊之義民投營出力，轉致家屬、房產被賊摧毀，是隨同官兵打仗，只有吃虧，於彼無益。不但不能招徠鼓舞，轉使義民等望而生畏，豈非驅之從賊？所關匪細；觀之，實生憤懣！著常青等即傳旨，將現在山豬毛義民，俱令速回本莊，自行守護家屬、田產。並曉諭義民等，現奉諭旨，以此事系該將軍等辦理錯誤，特令義民仍回本處自為守御。或仍令瑚圖里親自帶領義民等回至山豬毛，並酌添兵護送，以安其心而資守御。常青等前赴北路時，遇有義民投到者，皆應令其各在本莊自行防御。如有賊匪侵擾，即悉力堵剿，以助官兵聲勢。庶義民等無所瞻顧，踴躍從事，招徠更易，此為最要。至柴大紀現在諸羅，被賊匪糾合夥黨攻踞鹽水港，四處斷絕糧道，又請添兵救援。常青等即應領將備，親身速統大兵前往接應，乘我兵全力打通道路，前赴諸羅會合柴大紀，方為得力。乃僅派魏大斌等帶兵一千五百名，已不足以資剿殺；而魏大斌又不曉事，復留兵五百名防守鹽水港，止帶兵千名前往諸羅，以致兵力益單，遇賊擁至，不能抵敵剿殺；收回鹿仔草營盤，仍不能前抵諸羅。且官兵、義民多有受傷、陣亡者，既徒損兵力，及魏大斌請援，常青等又止派遊擊田藍玉帶兵一千名，赴鹿仔草援應。似此零星派撥，何濟於事？而伊等在府城，又何曾殺戮多賊，能進尺寸之地哉！且常青等見魏大斌請援，即撥兵一千前往接應，若他處復有求救者，又撥兵援應，以此各處派撥，分投堵御，則大營即有多兵，亦必所存無幾，豈又將屢請添兵而不已耶？常青、恆瑞何漫無布置，辦理錯繆若此！俱著嚴行申飭。看來，該將軍等此時竟茫無主見，一錯百錯，於剿捕機宜竟不能得有把握，增朕南顧之憂。為今之計，該將軍等惟有遵照節次所降諭旨，直赴諸羅；藍元枚亦應自北而南，與常青、柴大紀會合一處，全力搜捕，庶期搗穴擒渠，其餘黨夥無難殲盡。該將軍等勿再株守坐待，以致老師糜餉，坐失事機，自取重戾！
上又諭內閣曰：劉峨奏：『前準常青咨拿臺灣賊匪高文麟等供出從賊之各犯姓名，開單移知，令於沿海各港口嚴密堵緝。當即飛飭各屬一體查拿。茲查有福建來津之糖船，內有水手趙榮、林光二名，與高文麟等所供夥匪姓名相同，隨訊該水手等，據趙榮供：「我系同安縣人，原名歐陽煥」。林光供：「我系彰化縣人，原名魏寵」。其趙、林二姓，系造船時報官姓名，歷年換照均系頂認，並不添改原藉，俱有住址、親屬可問。並有天津行鋪人等見該水手到過天津十數次，情願具結等因。現飛咨閩督查照，所供是否屬實，再行核辦』等語。所謂愈細愈遠，殊屬不成事體。常青等一正賊未獲，而用心於無用之地，可笑！可鄙！今之大臣等行事率多如此，實增愧懣也。且臺灣逆匪滋事，其夥黨即或竄逸，不過在廈門附近一帶海口潛匿，斷無遠逾數省，直至天津之理。無論趙榮等系屬誤拿，即或實系逸匪，伊二人逃至天津，又何能滋生事端？況船戶等俱系身家殷實，天津行鋪皆為出結，更屬可信。乃劉峨率行拘訊，殊為失當。此等船隻，皆系載裝貨物，投行售賣，若如此混行查拿，將來商販未免畏累，裹足不前，必至百貨騰貴，於閭閻日用大有關係。況該督及天津道、府等於所屬地方，現有劉權之眷船被劫一事，並未能將盜犯拿獲，轉因數千里外閩省咨緝之案，紛紛查究。劉峨何不曉事至此！著交部嚴加議處。並將水手趙榮、林光二名，即行釋放，不得再行拖累。並曉諭該船戶等，以此二人實系誤拿，業經奉旨即行釋放，該督亦治罪矣，嗣後各安商業，不必心存疑懼。至常青現在剿捕賊匪於應行會合夾攻之處，不能妥速前進，乃於餘匪竄逸咨緝至數省之遠，徒滋煩擾，實屬不知事體輕重，著傳旨申飭。常青既遠咨直省於海口查拿逸匪，則浙江等省自已早有咨會，並著李世傑、琅玕於沿海各口岸，止須飭屬密行訪拿逸匪，遇有商船，不得如劉峨之過事搜求，累及無辜，以致商販聞風裹足。
臣等謹索，查拿逸匪，固宜嚴密，然累及無辜，使商販是懼不前，更增地方之累。天津所到糖船，內有水手與逸匪姓名相同，督臣劉峨即據咨查辦，及審明並非賊夥，尚待行咨閩省核覆，所辦實屬失當。我皇上降旨交部議處；並令各省沿海口岸不得藉口拿匪，過事搜求，俾商賈不致望風裹足。聖天子明無不照，輯暴安良，務求其實，故天下無幸逃之罪，亦無不白之冤也。
同日，孫士毅奏言：續調粵兵六千名內，除預備貼防之二千名，已於六月十三日全數俱入閩境。其常青續調之二千名，內一千名現於七月初五、初六兩日，已抵閩境。尚有三千名未經到潮；內一千名已在途次，約於七月十七、八等日，可以赴閩。其最後添調之二千名，系於七月初一日飛檄行調，營分遠近不一，自七月二十一、二日起，定可陸續到潮。即最遠之羅定協兵三百名，七月盡亦可赴閩。至駐防滿兵一千五百名，系副都統博清額帶領，計程七月二十日後，亦可抵閩。至需用船隻等項，經撫臣圖薩布與臣節次札商，寬為預備，滿漢官兵盡敷乘坐。省城經撫臣派督糧道吳延瑞護送至惠州所屬地方，妥為照料。臣復派惠潮嘉道圖畢赫迎至惠州所屬，彼此交代，加緊催■〈走賛〉，斷可不致遲誤。
同日，閔鶚元奏言：江西省運閩米石，先經何裕城咨會，已全由五福陸路運送。經臣同督臣李世傑酌商，川省之米由大江順流南下，其來迅速。且閩、廣等船，向來秋、冬間因北風較多，來江南者甚少，必需將現在陸續到來之船，盡數截留，以便候川米一到，即可次第配運。並經關會浙省一體趕辦。現准浙撫臣琅玕知會，亦盡力截送來江，以資濟運。再江蘇省撥運米石，分作二起趕運。茲據松太道張銘等稟報，頭運米五萬石，業經於七月初七日自上海啟行。臣一面飛移閩省督撫，派員在泉州廈門查收；並豫行移知浙撫臣，通飭沿海汛地一體撥護前進。再第二運米石，已據各州縣運赴上海，所需船隻，亦以次辦齊，現在趕緊修艌、盤交過載。俟報到開行日期，另行恭報。奏入，報聞。
二十一日（丙戌），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：常青前值林爽文等滋事不法，調遣將弁、派撥兵丁及解送糧餉、火藥等事，亦尚有條理。旋因黃仕簡、任承恩貽誤事機，就近派赴臺灣督辦。彼時，朕本不甚意滿，及常青到彼，鼓勵義勇、撫卹難民及一切調撥，頗覺井井有條，朕心出於望外，乃為之稍慰；方以該將軍等為可倚侍，足資委任。數月以來，節次奏到各摺，屢次打仗，雖未見出奇制勝、大加剿洗，尚無措置乖方、錯誤顯然之處。至昨日所奏，魏大斌前往諸羅應援，至埔心莊遇賊未能前進，常青聞信，並不親領大兵會合進剿，又僅派田藍玉帶兵一千名前往接應；似此零星派撥，於事何濟？又將廣東莊義民留營助剿，辦理錯謬，無甚於此。看來，常青等此時毫無主見，於剿捕機宜竟不能得有把握，朕因此實增南顧之憂！常青、恆瑞二人，俱未曾經歷軍務，而恆瑞又復少不更事，此時隨同常青辦理軍務，恐其因職分相等，又以身系宗室，稍存矜貴習氣，且未免有袒護滿洲兵丁之意，於商辦一切事務，未能和協，亦未可定。用兵全在主將和衷，方能集事；若各不相下，心存意見，以致諸事多有掣肘，所關匪細。李侍堯現在駐紮廈門，見聞較切，且該督久任封疆，受恩最為深重，伊平日於該將軍等剿捕機宜，原不應有所軒輊。至現在常青等辦理諸務，動多錯誤，朕日夕焦急，特行降旨詢問；該督自應將常青與恆瑞有無意見不和、彼此牽掣，及該將軍等能否辦理此事、可期完竣之處，據實覆奏，毋得稍存瞻顧。再，現已有旨令福康安速赴行在，面授機宜，令其前往臺灣更換常青，督辦軍務。但軍中屢易主帥，亦非所宜。特恐常青等不能了結此事，以致因循日久，不克蕆功，轉不若及早更換，尚可保全之為愈。此實朕無奈之計也。並著李侍堯酌量情形，就其所見，是否必須如此辦理，一並據實速奏。
上又命軍機大臣傳諭常青、恆瑞曰：常青等自駐紮府城，止於桶盤棧一帶結營株守，並未能剿殺多賊、挪移尺寸之地。而於諸羅請兵援救，則派魏大斌前往，及魏大斌請救，又派田藍玉接應，似此各處派撥、分投堵御，即再添兵一萬，亦不敷爾等零星派往之用。而爾等仍坐守郡城，成何事體？此系該將軍曾經具奏之事，已如此錯謬不一而足；其未經具奏者，辦理失當之處，恐更不知凡幾；何以紓朕南顧之憂？該將軍等此時於剿捕事宜，處處失算，不可不急思變計，以收桑榆之效。為今之計，惟有遵照節次諭旨，舍南趨北，與柴大紀、藍元枚會合一處，以大兵全力擒拿賊首林爽文，搗其巢穴。勿再因循貽誤，坐失事機，以致自干重咎！此朕與爾等以救過之路，不可不慎！朕於用兵，賞罰嚴明，爾雖未經軍旅，豈無聞見，不可不知也。
上又命軍機大臣傳諭劉峨曰：現令福康安前來行在陛見。俟其到熱河後，即令帶領侍衛章京拜唐阿等，由驛前赴臺灣督辦剿捕事宜。所有需用車輛、馬匹，著劉峨先行預備，並派出藩司梁肯堂妥為照料。計福康安所帶侍衛章京拜唐阿等不過百人，需用車馬等項，為數不多，該督等務須妥協辦理，毋得稍涉張皇，致有擾累。
二十二日（丁亥），上諭內閣曰：兵部奏，福建省應行添設站夫，未將道里遠近、事務繁簡分別聲明，難以懸議，請敕交該督查明具奏一摺。現在，臺灣正在剿捕賊匪之時，所有文報往來最為緊要，自應酌量添設驛站，以便迅速接遞。朕早經想及，未及降旨；而李侍堯亦並未先行具奏，僅咨部辦理，未免遲緩。此時，該省軍務繁多，若來往行查，更需時日。所有福建省應行添設站夫，即著照該督所咨辦理。其各省驛站須有大員專司督辦：直隸省著派梁肯堂，山東省著派繆其吉，江蘇省著派通恩，浙江省著派歸景照，福建省著派伍拉納，照料查察，毋致遲延貽誤。