四月初五日（壬寅），李侍堯奏言：接兩廣總督臣孫士毅咨稱，前調粵兵四千名，第一起於本月十六日起身，計二十三、四等日可到廈門。臣隨於二十自泉起程往廈門料理。辰刻抵南安縣，接黃仕簡咨會，知鳳山城又被賊佔。戌刻行至沙縣，又接常青來札備述台地情形，並增調兵七千。查前據同知楊廷理稟，台地現有之兵，只有一萬三千餘名。而該提、鎮等以之分派府城、鳳山、諸羅、鹿仔港、淡水五處，本屬備多而力分，毋怪左支右詘，不能奏功，轉致失事。今鳳山既陷，郝壯猷損折之兵，不下一千六、七百名，則兵力益覺單薄。看來，常青所請增調七千之數，實不可少。賊既乘鳳山之勢來攻府城，據常青奏已在離城十里之外，則目下第一以保守府城為要務。倘稍有疏虞，益難辦理。幸總統大員一到，人心稍定；兼所解銀餉，據各委員稟報亦俱於初八、九等日運至府城，可藉以守御。適粵兵將次到廈門，系二百五十名為一起。臣擬每到兩起，即令開駕一次，先往助守。算來，事機尚可相接，不致緩不及事。至常青請調南澳、金門、銅山、海壇各營兵二千名、粵兵三千名、浙兵二千名，想系尚未接到臣先調粵兵之信。今查金門、銅山等營調派出征者已多，本營存兵無幾，處處海疆，未便再撥。粵兵既調四千，已過常青所請之數，亦難再調。惟浙省與閩省毗連，從前常青會札知撫、提二臣預備兵三千。臣今一面知會琅玕、陳大用，令將原派之三千名，星速由陸路來閩，以資接濟。但郝壯猷已折耗兵一千六、七百名，則即增調七千，亦僅多五千餘名。而府城、鹿仔港兩處，俱系極緊要，勢不得不分撥。一經分撥，則以之守御雖有餘，以之進剿又不足。應請再增調浙兵一千名，於剿捕事宜，庶更得濟。惟常青所請七千名悉赴府城，現令普吉保會同柴大紀剿捕斗六門之處，似覺專顧府城而委鹿仔港於孤注。查鹿仔港距大里杙僅四十里，去冬陳邦光等之易於克復，以林爽文正在南攻府城，是以得乘虛收復。匪徒時出肆擾，其勢更重於南路，是此時之鹿仔港比舊時之鹿仔港，逈然不同。任承恩、普吉保等，雖不能奮勇殺賊，而鹿仔港至今得以無恙，究亦賴此三千八百餘兵之勢，隱為聲援。若將此內普吉保之一千六百兵，分往諸羅，林爽文探知任承恩兵單，來肆凶逆，任承恩必不能支，將鹿仔港亦不能守。鹿仔港不守，則蚶江遂無進兵之口，於台地全局大有關係。臣初接黃仕簡咨會，恐府城兵少，原擬將粵兵四千盡改由廈門赴府城。今接常青調普吉保之兵攻斗六門之摺稿，只得仍照原奏以粵兵二千五百赴府城；一千五百赴鹿仔港。俟浙兵到日，或應兩路各派一半，抑或多寡酌配之處，俟探聽鹿仔港光景，再行酌辦。再查澎湖協為台郡咽喉，本有兵一千八百餘名，因黃仕簡兩次調取一千名赴臺灣應用，該協兵力殊覺單薄。蚶江與鹿仔港相對，順風一、二日可以直達，亦不可無兵備御。查去冬台匪滋事時，前督臣常青曾調汀州兵五百名、邵武兵三百名，在汀漳交界之永定、上杭二縣駐紮，以待調用。今已另調兵前赴臺灣，而澎湖、蚶江二處均關緊要。是以臣將駐紮永定之汀州兵五百名，調往澎湖駐紮；上杭之邵武兵三百前往蚶江，庶要地均屬有備。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、琅玕、陳大用曰：浙省兵丁素性懦弱。朕南巡時，閱看浙、閩兵丁技勇，浙兵與閩兵角藝，即形畏怯。況現在臺灣賊匪皆系閩人之慓悍者，閩兵攻剿尚不能勝，何況浙省之兵更不如閩省，調往協剿豈能得力？是以昨據常青奏調，已傳諭琅玕停止。今據李侍堯奏為海疆緊要，存兵無多，請於浙省派撥，所奏亦是。此項浙兵，止可分撥內地海口各營協防，若以之進剿，自不若本省兵丁為得濟。自應遵照所降諭旨，在閩省各營先行抽撥，以資接濟。其浙兵到閩時，竟留於內地防守，亦足以資彈壓。至李侍堯請調浙省兵了四千名，較之常青原調浙兵數目已多二千名；昨又經朕籌及閩省駐防滿兵，自較綠營為優，則此一千滿兵抵浙兵二千。況系常青舊屬。已諭恆瑞揀選一千名，帶往會剿。此時，李侍堯止須調浙省三千名，自屬敷用。且浙省兵丁溫衢地方距閩較近，該處兵丁在浙省中稍為強健，著琅玕、陳大用即於該二鎮所屬各營，揀派兵丁三千名，速赴閩省，交李侍堯酌量派撥。至李侍堯奏：鹿仔港一路，現經常青調去普吉保兵一千六百名，分往諸羅；恐任承恩兵單力薄，不能支持等語。所慮亦是。但任承恩種種玩誤，漫無調度，即留該處亦終不能得力。昨已降旨將藍元枚授為參贊，帶領閩兵二千前往常青處會剿。今思常青既有粵兵四千，並駐防滿兵一千，及存城各兵，足敷進剿。其藍元枚所帶兵二千名，竟著由蚶江配渡，前赴鹿仔港。藍元枚到彼接代後，將任承恩送回內地，即行拿問解京。再藍元枚系領兵大員，自應賞戴花翎，以示威重。伊於江南提鎮任內，如曾經賞過則已；若未賞過，著常青即傳旨賞戴，俾益加感奮，力圖自效。再常青奏，賊匪攻得鳳山，乘勢來犯府城，已到十里之外。是其自來送死。雖閩兵甫經失利，不足倚恃，而常青可以簡其精壯，鼓其勇氣，未始不可以逸待勞，設法堵截剿殺，亦足以破賊人之膽。該將軍接奉此旨，即將如何殺退賊匪之處，迅速奏聞。
初八日（乙巳），琅玕奏言：准常青咨會，臺灣賊勢鴟張，所有浙省原備兵二千名，仍調撥由鹿耳門進口，並令刻日起程。又准督臣李侍堯咨會，奏明調撥浙省原備兵三千名，再於距閩附近各營添派兵一千名，由陸路分起趲行，馳赴廈門配渡。查浙省前經酌撥備調兵三千名，雖已准咨撤令歸伍，而一切戰械、火藥、鉛彈等項，俱已備辦齊全，此時即可按名調齊起程。至現需添派兵一千名，查衢州鎮標距閩甚近，自應即於該鎮各營派調，以敷四千之數。當即飛咨提臣陳大用督同各鎮臣迅速調齊，派委勇練將弁督押統領，立即由陸路分起趲程前進。沿途照例支給兵糧，飭令各該道、府各在本境督押照料遄行；並委藩司顧學潮、杭嘉湖道清泰，分往各路沿途督辦查催；並咨會閩省督撫臣飭屬一體接護支應。奏入，報聞。
初九日（丙午），孫士毅奏言：前據常青究出廣東後溪鳳花亭洪二房和尚及朱姓人犯，知會密拿。惠潮等屬，並無其地。惟風聞嘉應州遂鄉堡地方，廟後有亭。其亭半被火燒燬，內有洪和尚及朱姓等。經姚棻密委惠州府知府顧聲雷等，馳赴確查，並無遂鄉堡地名；各堡內亦無曾經被燒廟宇。復查靈峰寺有洪朗、洪科二僧與俗家朱姓十七、八歲僧人立嵩同住，與閩省來咨恰合。委員隨往搜查，寺僧七人並無不法字跡，所供住址、族屬，俱在附近，歷歷可查。左右亦無溪、亭，寺後亦無曾經被燬之事。寺鄰耆老、保甲僉供平日並無為匪，願具保結各等情。又訪有海陽縣南山寺和尚耀珠，俗家姓洪，有子秀節現在潮陽黃隴庵為僧。並據潮陽縣知縣台霖布將秀節押解到郡。確訊，實系安靜焚修，並無為匪情事。此外，惟潮陽一縣洪、朱二姓頗多，大半皆系晒丁，其餘悉屬種地農民，並無和尚，亦無洪二房名目。嗣又續獲會匪林功裕供出福建平和縣人林三長勾引入會，曾經告以朱洪德姓名。臣在省時，會同撫臣圖薩布提並先獲之許阿協等對質，又供有洪李桃系屬和尚，家住漳浦縣榕樹腳，向在龍溪縣東門外福連寺出家。又有頭人李九陶是平和縣小溪鄉人等語。其於洪、朱等犯名姓，亦似略有端侃。並咨會閩省，密為存記。臣抵潮後，又據饒平、海陽等縣稟獲陳阿塔、餘阿緒二犯，所供入會情事，與許阿協等大略相同。臣思此等匪犯，行蹤詭秘，斷不肯將不法字跡及往來結交等事，輕露於人。茲復欽奉諭旨，閩省搜出賊匪書稿，現有廣東鳳花亭、高溪庵、馬溪廟洪姓結盟之語。鳳花亭雖在查無下落，其高溪庵、馬溪廟自必實有其地，一經查得，即可從此跟求。臣已密懸重賞，分派妥員嚴切偵緝。凡有寺廟聲音相似，形跡可疑者，亦即徹底跟查，毋使倖脫。仍知會李侍堯、常青，此後拿獲匪犯活口，即就近跟究鳳花亭、高溪庵、馬溪廟三處，實系粵東何縣地方，星速咨臣查辦。則得有確實州縣，查拿更易為力。又查閩省徵調粵兵四千名，自三月十六日起至二十二日，潮州鎮標兵俱已起程；計三月二十三日，此一千名，全數俱入閩省詔安縣境。臣在潮點驗起程，即於本日馳赴黃岡照料。其餘水陸各營官兵，接續前進，斷無遲誤。再，粵省兵丁此番渡台剿捕，水陸共四千名，臣每起面加鼓勵，察看情形，頗知踴躍赴公；似應遇有粵省派兵營分千把、外委及馬戰兵丁缺出，請先儘軍營拔擢，以示激勸。奏入。
上命軍機大臣傳諭孫士毅曰：粵省訪出之洪姓和尚等，既訊明實非此案匪犯，自不必累及無辜。但洪姓和尚及朱姓乃倡會結盟要犯，前經閩省拿獲偽官楊軒供出；嗣搜出賊匪書稿內，其所開姓名、住址，又復與楊軒所供相同；是其人自必仍在粵省。外省地方官習氣，往往回護前非，於緝捕事件，一經查無蹤跡稟報之後，即或續行查出，慮及前此查辦疏漏，恐致獲咎，不肯據實稟出，一以烏有完事，最為可惡。著孫士毅務宜詳悉開導，諭以該犯等現雖查無下落，如將來查有鳳花亭等地名，仍當據實稟報；其從前疏漏之咎，俱可寬免。倘從此跟求，果能弋獲正犯，並可仰邀升擢。若敢始終回護，別經發覺，必當加倍治罪。如此反覆曉諭，庶各該員知查出後，無過有功，必能認真購緝，不至始終回護，轉令要犯得以漏網。
十二日（己酉），常青奏言：總兵郝壯猷帶領副將丁朝雄、參將那穆素里、遊擊蔡攀龍、都司羅光照等，帶領兵丁二千一百名，前赴南路進剿。在大湖紮營月餘，雖間得勝仗，究未能前進。嗣經黃仕簡添撥遊擊延山、鄭嵩各帶兵五百名助戰，於二月二十一日抵鳳山縣城；賊匪退走，僅存空城。黃仕簡因安平海口緊要，調副將丁朝雄回安平扼守。又因賊匪欲來攻臺灣府城，調游擊蔡攀龍帶澎湖兵八百名，回郡堵御。郝壯猷尚帶官兵二千餘名，足資堵御，乃三月初四日因參將瑚圖里，自山豬毛被賊攔截，郝壯猷派令遊擊鄭嵩帶兵接應，行至硫磺溪，遇賊圍截，官兵喪失甚多，賊匪遂蜂擁而至，郝壯猷退守縣城。初八日賊眾進城，官兵潰散。該總兵郝壯猷、參將那穆素里、都司羅光照等，陸續回到郡城，潰回兵丁計七百餘名。遊擊鄭嵩被槍傷陣亡。是鳳山已經收復之後，旋即失守，實由黃仕簡調撤失宜；總兵郝壯猷不能抵御，以致敗衄。該提督黃仕簡已摘去花翎，解任；總兵郝壯猷臣亦即飭令摘印並去花翎頂帶。相應請旨將黃仕簡、郝壯猷交部治罪。其參將那穆素里、都司羅光照、守備黃喬，一並革職，暫留軍前效力贖罪。再臺灣逆匪滋擾，上年十二月內疊次迫攻府城，經總兵柴大紀督同臺灣道同知等，率帶義民鄉勇，奮力堵殺，保固郡城。迨柴大紀克復諸羅之後，據報屢次剿殺賊匪、生擒賊目，實屬奮勉出力。臣已傳旨加恩賞戴花翎，將水師提督印務交與署理。任承恩陸路提督印信，暫交普吉保護理。再臺灣本地戍守兵丁，共一萬二千餘名，經三縣被陷，傷亡已多。其內地調來臺灣剿匪兵丁，共一萬餘名，除分撥三路進兵，亦有傷亡逃散。府城駐防班兵，甚少。業已飛咨李侍堯續調本省內地及廣東、浙江共兵七千名，配船渡海。俟兵到三、四千之後，臣即親自統領，由南而北，務將賊匪首夥盡數殲擒。其各路擒獲賊匪，將要犯飭令解赴內地，交李侍堯審辦，其餘賊黨，臣即就地審明辦理。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯曰：郝壯猷身為總兵大員，於賊匪復犯鳳山時，既不能先事防御，又不能督率弁兵奮勇殺賊，潛回郡城。似此恇怯倖生，若不明正典刑，何以肅戎行而昭軍紀！此豈徒交部治罪，可以完事者，早經降旨令常青將伊正法，以示懲儆；諒常青發摺時，尚未接到耳。至臺灣現有兵丁，經屢次挫損，不免氣餒，常青不可不大加振作。如兵丁臨陣時，有一、二畏縮退避者，即立時正法，懲一儆百。即將傭內有恇怯不前者，亦即一面正法，一面奏聞。而才能出眾奮勇殺賊之兵弁，即奏請破格超擢。今賞去翎子，以備鼓勵戎行之用。俾知死生呼吸之際，退則必死，進則可以殺賊立功，邀恩拔擢；即不幸陣亡，國家自有優卹。如此，賞罰嚴明，自必人人知所感奮，可期鼓勇集事。常青雖未經行陣，而行陣之道，信賞必罰，朕屢加訓諭，該將軍尤宜遵照妥辦也。至總兵柴大紀、普吉保功罪原不相掩，前已有旨令柴大紀署理陸路提督，普吉保仍留軍營，俱令帶罪督兵，以觀後效。果能奮勉出力，不但宥其前罪，並當旌錄其功。現在曾經行陣之侍衛章京內，派出八員，即日啟程，令其晝夜星馳前往。但臺灣距京較遠，到彼究須時日，著傳諭常青不必待伊等到彼，始行進剿，以致稽遲。俟所調粵兵四千名及駐防滿兵一千名到齊，酌量可用時，即行帶領直搗賊巢，生擒賊首，務須奮勇持重，計出萬全，似期迅速蕆事。藍元枚前已降旨調補水師提督，授為參贊，令其速赴鹿仔港會剿。該提督目擊黃仕簡、任承恩之觀望遷延，身罹重譴，自當益加奮勉。再前據常青奏，賊匪攻得鳳山，乘勢來犯府城，已到十里之外等語。此次摺內，何以未將如何剿殺之處奏及，朕心甚為懸切。著該將軍即將如何籌畫擒殺賊匪情形，迅速奏聞。
臣等謹按行軍紀律嚴明，有功必錄，有罪必誅，則人人無倖生之心，方克集事。郝壯猷於賊匪來犯鳳山時，不能督率弁兵竭力抵御，乃竟退回郡城，希冀倖免。我皇上立命於軍前正法，並將其棄城潛回、是以按軍法從事緣由，明白飭諭，俾三軍共知畏怯倖生、必至身罹重闢，群相警戒。並命於弁員內，如有才能出眾奮勇殺賊者，即行奏請破格超擢；鼓勵戎行之道，真無所不至。宜將士等人人用命，踴躍爭先，所向無敵也歟！
同日，李侍堯奏言：臺灣保聚尚完者，惟府城及鹿仔港等四、五處。而府城為全台根本，鹿仔港亦進兵要口，且近大里杙，此兩處必須保固，方可措手。現在粵兵到廈，已有四起，臣令隨到隨即登舟，一候順風，即行開駕。但得先到數百名，人心即定，更知有大兵繼至，便當轉怯為壯。其鹿仔港一路，臣現擬將粵兵內先撥一千五百名前往，俟浙兵到日，再派往二千名。兵力既厚，並可無俟常青南路之兵來會，即直搗賊巢，庶南北兩路俱有重兵剿殺，賊眾自當潰散。昨以粵兵每起二百五十名，尚覺遲緩，復札商孫士毅並為五百名一起。計四月初十日前，粵兵二千五百俱可到齊。其一千五百名之赴蚶江者，亦相繼入閩。適署提臣藍元枚查察海口來至廈門，因留伊在廈照料催趲，臣於日內即至蚶江料理，兩路均可無誤。再此次粵省官兵，緣督臣孫士毅預行選派，皆年力強壯，看來，甚可得力。又於各兵內攜帶火藥三萬斤之外，另備五萬斤解閩接濟。查閩省雖不缺乏，然火藥要物多為預備，益覺寬裕；將來用過若干，仍可按數歸還。再粵省第二起官兵，自海澄縣水路赴廈，兵丁曾得高等一船，到嶼仔尾地方，有盜二十餘人駕船來劫，兵丁受傷者六人，失去鳥槍腰刀等物。查廈門系水師提督駐紮之地，嶼仔尾離廈不過十餘里；又臣在廈門而賊盜已肆行無忌。若此，可見戎政廢弛，遂使瀕海之地，竟為盜藪。此等匪徒，縱未必系台匪黨羽，而縱橫洋面，為商民之害，並有盜劫兵船之事，更屬目無法紀。似此怠玩之文武，若不嚴參示儆，無以肅吏治而飭營伍。請將海澄縣知縣侯謹度、水師提標中軍守備李光輝革職，留於地方協緝；勒限一年，如限滿不獲，再行交部治罪。其石瑪通判安靜、水師參將王祖烈均有督率之責，咎亦難辭。請將該二員交部嚴加議處。至總兵羅英笈於所轄地方，全無整飭，應一並交部嚴加議處。又，現在押解臺灣逆匪林小文等四犯，林小文、蔡綱系糾眾為逆之犯，廖攀龍系海口山汛把總，曾將火藥四、五十觔送與賊目，何朝英系已革外委，曾與官兵在扈尾打仗。奏入。
上諭內閣曰：沿海地方，盜賊出沒，最為商民之害。甚至駕船行劫渡海官兵，不法已極。該管地方文武員弁，並不能立時緝獲，非尋常疏縱可比。侯謹度、李光輝俱著即革去頂帶，暫行留任，勒限半年在該處緝捕；總兵羅英笈亦著即革去翎頂，暫行留任，在該處督緝；其通判安靜、參將王祖烈均著革去頂帶，暫行留任督緝。務於半年限內，將盜犯按名緝獲，速正刑誅；如限滿不獲，即著該督據實參奏，分別從重治罪。
上又命軍機大臣傳諭常青、李侍堯曰：李侍堯奏洋面盜案摺內，稱此等匪徒，未必系台匪黨羽，所見實未周到。該犯等膽敢在洋面肆行劫掠，甚至執持鳥槍、藤牌等械，傷害商旅，已屬不法。且現在粵省調赴臺灣剿捕賊匪之兵，眾所共知；該犯等輒於嶼仔尾地方，駕船行劫，與兵丁互相格斗，安知非林爽文等探知消息，令其黨羽在中途劫掠，以挫銳氣，而緩行程，何得僅以尋常海洋盜犯辦理？李侍堯自因現在籌辦一切，事緒繁多，心曲紛亂，未能見及於此。至閩省地方文武員弁，於緝捕盜犯，全不認真，使瀕海之地，竟成盜藪，廢弛已極。本即應從重治罪，姑念該省現值多事，未便遽易生手；且該文武員弁，若此時即行革職，轉可遽離本任，置身事外，是以降旨將該員等俱革去頂帶，暫行留任，在該處勒限緝捕。但該縣侯謹度、守備李光輝於所屬地方，一任盜匪縱橫洋面，行劫兵船，已屬罪無可逭。著李侍堯詳悉諭知該員等，現止革去頂帶，留任緝捕，實屬格外從寬，務須實力查拿，以圖自贖；若限內不能將各該犯按名拿獲，則是該員等始終怠玩，即應在該處正法，不能再邀寬宥。總兵羅英笈於所轄地方，毫無整飭，今暫加恩革去翎頂，留任緝捕；若再不能於限內督率弁兵，將盜犯全行緝獲，並著李侍堯於限滿時，據實嚴參，亦應置以重典，決不寬貸。著李侍堯將此旨類切曉諭，俾該員等各知儆畏，迅速緝捕，毋致自罹重辟。蓋該省正當軍旅之際，不可不從嚴辦理也。至此等盜犯黨賊逞凶，罪在不赦，一經拿獲，著李侍堯即行審明，按名正法，一面辦理，一面奏聞；不必照海洋尋常盜犯之例，分別辦理。
臣等謹按緝盜安民守土之職，閩省當台匪滋擾之時，海洋盜匪縱橫，且敢行劫兵船，不法已極，而怠玩之地方官，實罪無可逭，皇上於督臣所擬勒緝一年之期，改為半年，不獲即立置重典，俾人知儆畏，庶能實力緝捕，奸宄不致漏網。因時立法，猛以濟寬，而猶傳旨諄諄訓飭，所以大震啟其聾瞶，而禍福仍聽其人之自取者歟！