三月二十一日（己丑），李侍堯奏言：接副將丁朝雄等具報，郝壯猷收復鳳山之信；竊意南路自此廓清，可用全力向北路會剿巢穴。及接黃仕簡抄錄摺稿，稱尚需駐兵搜捕，未敢遽離府城。是黃仕簡既坐守郡城，而郝壯猷亦不能撤兵往北路會剿，可知。至北路之兵，雖據黃仕簡奏，任承恩、普吉保、柴大紀及徐鼎士所帶共有七千餘名，查柴大紀收復諸羅後，以四旁尚多賊匪，仍駐諸羅，近又請兵協助；而徐鼎士在淡水北，又以艋舺等處民人懇求留駐，尚在稟商兩提臣檄示：任承恩、普吉保在鹿仔港，雖據報屢有堵殺，而以賊尚鴟張，不敢輕進，又咨商黃仕簡撥兵會攻。是該提、鎮等各有牽掣，不免坐費時日，殊無可恃。惟望常青到彼，大加振作，方可制勝。常青臨去時，其氣甚壯，到臺灣後，如遂能大勝一、二次，使賊黨潰散，即可不必增兵。如實系賊多兵少，則與其曠日持久，收功緩而費轉多，不如量為增調，以期迅速蕆事。但閩兵除先後派調外，各營存留較少；且兵律久弛，增調亦不得用。即如臺灣額設戍兵，本有一萬餘名，當林爽文猝起時，僅柴大紀帶一千數百名在鹽埕橋堵守；而保護府城尚系兵民兼用。臣於二月十九日即咨詢黃仕簡、柴大紀等，令其查明缺額，以便撥補。又屢次札催，至今尚未覆到。是舊有之戍兵，已屬有名無實，現在所用，祗內地調往之一萬一千餘名；而兩月以來，情形又如此。將怯卒情，已可概見；是閩兵竟不必更調。臣前在兩廣時，知潮州、碣石二鎮兵，尚屬可用；且地近泉、廈，調遣亦便。臣於接印後，恐將來有需接濟之處，曾密札孫士毅預備兵數千，以待緩急。昨接孫士毅札，已密選四千；並稱南澳鎮陸廷柱情願帶領前往，可即派為總統大員；其餘將弁亦已預行選派等語。臣現飛札常青察看，如果必須增兵，一面具奏，一面即飛咨孫士毅調遣起程，可不至稽緩。再，常青於二月三十日申刻已經放洋；嗣因風■〈日凡〉不順，屢出屢回。據廈防同知劉嘉會本月初五日具報，尚在料羅暫泊。臣心不勝焦急，惟有敬詣天后宮行禮，祈求順風，俾得速渡。再，廈門同知劉嘉會解到銅山營逃兵汪中鯉、王正榮二名。緣上年十二月初七日，隨同守備董得魁在中港抵御，被賊衝散，私自逃回。赴水師參將衙門捏報董得魁差令往臺灣鎮求救，因陸路被賊阻隔，由大雞籠搭船遭風飄至銅山。隨經飭查實系逃回，即將該二犯正法。至許阿協所供邀入會者，系賴阿邊、賴阿立二人；賴阿恩林阿俊所供邀入會者，系梁阿步一人。而賴阿恩之子賴娘如、林阿俊之子林阿真，俱在梁阿步戲班內唱戲。孫士毅行知閩省緝獲。臣到泉州，該府、縣已將各該犯拿獲，先後解到。臣以此案人犯，未經查拿，自當緩辦，既經獲解，又不便遲留，隨委司道、府等嚴訊。據各犯堅供，不過素相認識，並無糾約入會情事。臣以事關重案，該犯等或因許阿協等俱在粵省，無憑質對，是以串供狡賴。委員將賴阿邊、賴阿立、梁阿步、賴娘如、林阿真五犯解赴粵省。孫士毅現駐潮州，自可就近審理；一經質訊，即當水落石出，以成信讞。本日，又准孫士毅咨稱，續拿林功裕一犯，又供出賴阿德、洪李桃、張阿和、李九陶、林三長、朱洪德、張攀桂七名，俱系閩省天地會內人犯。是閩省為此教之淵藪無疑。惟是漳、泉一帶，民情輕慓，去冬已多訛言，近日漸覺寧貼，則正可以相安於無事；若四處查拿，恐又添一番惶惑，或別滋事端。臣謹將孫士毅所咨人犯，面諭地方官密為存記，統俟臺灣剿匪事竣後辦理；並知會孫士毅將粵省獲犯暫行監禁緩辦。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、孫士毅曰：李侍堯亦看出黃仕簡、任承恩二人貽誤情形，但所奏未免略遲。現在，惟望常青到彼大加振作，方可制勝。如該督到彼，即將賊匪一鼓殲擒，自屬甚善；如賊匪負嵎抗守，剿捕稍需時日，自應量為增調兵丁，以期迅速蕆亭。但閩省之兵存營者已少，且該省兵力久弛，現在派往臺灣者，零星打仗，又復氣餒，更恐不能得力，不如就近於粵省挑選預備。李侍堯籌慮及此，已咨孫士毅密為調備，尚為周到。惟粵省所備之兵，既有四千名，恐陸廷柱一人不能照料；高廉鎮梁朝桂曾在軍營打仗，於軍務自為熟悉，著孫士毅即密紮該鎮，速赴閩、粵交界處所駐紮，聽候調遣。至臺灣額設兵共有一萬餘名，林爽文滋事時，作何調撥堵御？何以柴大紀在鹽埕橋拒守，亦止帶兵一千數百名？此外兵丁又在何處？柴大紀此次保護郡城，雖為出力，近日以來，漸覺觀望不前；常青到臺灣後，一並查明據實具奏。又據李侍堯奏，漳、泉一帶，民情輕慓，近日漸覺寧貼；所有粵省咨拿天地會各犯，現密為存記，俟事竣後辦理等語；所辦甚是。著孫士毅即照李侍堯所奏，將現獲各犯暫行監禁，俟事竣後，再為辦理。
上又諭內閣曰：臺灣逆匪林爽文等糾眾滋事，水陸兩提督帶兵分路進剿，並不親臨行陣，定期會攻，致賊匪日久未就撲滅。節經降旨嚴飭，並諭令常青據實嚴審查參。茲據李侍堯奏到軍務情形摺內稱，南北兩路，該提、鎮等各有牽掣，不免坐費時日等語。果不出朕所料。黃仕簡承恩最久，向來辦事尚屬黽勉，乃於剿捕逆匪一事，漫無籌畫，因循玩誤。本即應拿問治罪，姑念其年老，且系病後，著常青將黃仕簡即遵前旨送回廈門內地候旨。水師提督著郝壯猷暫署。至任承恩，經朕屢加拔擢用至提督，且系自請前赴臺灣剿賊，伊年力正強，理應加倍奮勉，乃亦逡巡畏葸，與黃仕簡互相諉卸，實屬辜負朕恩。即著傳旨革職拿問，交刑部治罪。其陸路提督員缺，前因柴大紀保守郡城，尚為出力，本欲將伊擢用；但柴大紀於林爽文等滋事之先，不能預為防範；且臺灣原設兵額一萬餘名，該鎮督率守城之兵，不過一千餘名，此外兵丁現作何用，並未據柴大紀奏及，實有應得之咎。所有福建陸路提督員缺，即著藍元枚調補。
二十二日（庚寅），上命軍臣機大臣傳諭常青、李侍堯曰：昨經降旨將任承恩革職拿問，黃仕簡撤回廈門。其水師提督員缺，即令藍元枚調補；所有陸路提督員缺，除柴大紀另看其如何奮勉、將功抵罪？其餘總兵郝壯猷、普吉保二人，現在臺灣帶兵打仗，尚屬黽勉；常泰雖未帶兵前往剿賊，然在漳州一帶，彈壓地方，亦為鎮靜有方；該鎮系股簡調之人，著傳諭常青、李侍堯於郝壯猷、普吉保、常泰三人內，察看孰為出力並才具堪勝提督者，保舉一人。一面將陸路提督印務令其署理；一面會同據實具奏，候朕簡放。
二十三日（辛卯），李侍堯奏言：柴大紀在諸羅咨請兩提臣撥兵協助，任承恩在鹿仔港又檄徐鼎士帶兵會攻，徐鼎士復以艋舺民人懇求留駐尚在未行各情形；是任承恩、柴、大紀等，非惟不能合剿大里杙，並諸羅、彰化間道路亦未疏通。又羅禮璋巡查至扈尾莊，被賊數千圍住，徐鼎士聞知，遣兵並力抵御，賊始退去。是徐鼎士亦未能即往任承恩處會合。看來，各提、鎮等彼此相待，坐廢時日，固不待言；而處處被賊牽掣，官兵不敷調用，加以相持日久，賊黨益多，兵氣漸餒，亦屬實情。而黃仕簡於二月二十七日續調澎湖兵二百赴臺灣，則南路又似有需添兵之處。常青至府城，即欲向北路會剿，看來已無兵可帶，亦必不能不請增兵。該處遠隔重洋，風■〈麻上骨下〉不常，動需時日；若俟常青咨會到臣，始行調集，往返又輒月餘。臣既確見實在情形，不敢稍有遲緩，致誤事機。昨據孫士毅札稱，已選兵四千，並將弁等亦密行揀派，而總兵陸廷柱曾任臺灣，情願帶兵前往。臣一面知會常青，一面飛咨孫士毅迅將預派之將弁兵丁，克日起程，一由廈門赴鹿耳門，一由蚶江赴鹿仔港。由廈門者，令陸廷柱帶往；查南路郝壯猷尚在鳳山，常青無大員同行，陸廷柱到時，正可資臂指之助；由蚶江者，令將備帶往，聽任承恩、普吉保等驅策；似於兩路俱有裨益，而兵事可以迅速奏功。再常青、楊廷樺俱於初六日戌刻，在料羅放洋。又南澳鎮系閩、粵兩省兼轄，向例委署總兵，閩、粵兩省督臣輪流派委。此次，陸廷柱帶兵前往臺灣，所有總兵員缺，輪屆閩省委署；閩省將領出征者多，無員可委，臣一並咨明孫士毅聽其酌量委員署理。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、孫士毅曰：臺灣初起事時，朕即不願任承恩前往者，恐二人不相統屬，未免有推諉觀望之事。因將李侍堯調補閩浙總督，並令常青前往臺灣督辦，以防緩不濟急。幸而事事預為布置，否則，該處止有常青一人，既不能分身前往，而黃仕簡、任承恩今竟如此因循貽誤，賊匪日久蔓延，設乘間別生枝節，致蹈從前朱一貴滋擾故轍，或竟如木果木之失事，尚復成何事體耶！今李侍堯果看出該提鎮彼此觀望，坐廢時日，賊黨益多，兵氣漸餒，不俟常青知會，即飛咨粵省令預派之將弁兵丁克日起程。籌辦甚為周到，動合機宜，頗慰朕懷。惟粵省預備之兵，既有四千名，恐陸廷柱一人不能照料，昨已有旨令梁朝桂赴閩、粵交界處所，聽候調遣。著孫士毅即飛紮梁朝桂速行前往，帶兵赴鹿仔港，勉力會剿。從前賊匪初起時，孫士毅調發弁兵前往策應，朕以本省兵力已厚，是以降旨諭令撤回。今復需徵調，雖似多一番往返之勞，然竟實受撤回之益。設使彼時粵兵早抵臺灣，不過分屬任承恩、黃仕簡二人帶領，仍派令零星打仗。該兵丁見閩兵不能得利，自必日漸氣餒，徒使有用之兵，亦歸無用。此番新調之兵，初抵臺灣，聽常青帶領，其銳氣方盛，正可資其生力，轉於軍務有裨。至黃仕簡、任承恩玩誤緊要軍務之罪，均應按律正法。但念黃仕簡年老又系病後，且伊從前辦事尚屬黽勉，姑貸其一死，令其退廢家居，自思咎戾；所有公爵仍加恩令伊長孫承襲。至任承恩之父任舉，前在金川陣亡，任承恩又現無子息，朕軫念前勞，不忍令捐軀殉忠者絕嗣，任承恩俟刑部照例定擬具奏時，尚可加恩貸其一死。但老師糜餉之罪，伊二人百身難贖。若使幸免餘生之人坐享豐厚，不足以示廢弛軍旅之戒。將來事竣後，所有多延時日糜費之軍需銀兩，均應於黃仕簡、任承恩名下追賠，以示懲儆。至常青於初六日放洋，現在早抵臺灣，務照節次所降諭旨，悉心籌畫，妥速督辦。
二十四日（壬辰），上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯曰：徐鼎士於上年十二月，即經常青、徐嗣曾派令帶兵一千五百名，赴臺灣進剿；乃該副將所帶之兵，屢稱因風阻滯，直至二月初旬始據稟報陸續前赴淡水，已不免遲延。及到鹿仔港，總未報其剿殺一賊。現經任承恩檄令帶兵會攻，復以艋舺民人懇求留駐，並未前往會剿。看來，竟系有心逗留，畏葸不前，藉詞支飾，不可不嚴行查辦。行軍之道，全貴紀律嚴明，信賞必罰。若將弁臨陣出征，心懷怯懦，惟恐遇賊接仗；而畏葸退避者，即可幸免無事，使人人效尤，則將弁兵丁，又孰肯奮勇直前致命效死耶！著常青即嚴查該副將，前赴臺灣曾否稽遲，及現在任承恩檄調，何以不行前往？若徐鼎士果有畏縮逗留，托詞規避之處，即應立行拿問，據實參奏；當按軍法從重辦理，俾在事兵弁咸知儆畏。並著李侍堯一體嚴切訪查，據實參奏。至柴大紀自派往諸羅以後，於剿捕一切不能如從前之出力，並著常青一並查奏。
二十六日（甲午），上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯曰：黃仕簡、任承恩於本月十二、十四等日奏到之後，迄今將屆半月，何以並未將剿捕情形，隨時奏報？況朕因黃仕簡畏縮不前，是以特派常青前往督辦。尹二人一聞此信，苟稍有人心，即當自知愧懼，趁常青未到之前，親帶弁兵迅速進剿，以冀將功抵罪。乃竟閱多日，並未將如何剿捕情形，具摺馳奏。可見伊二人竟系自甘頹情，觀望玩延，其貽誤之罪，更無可逭。著該督即將黃仕簡、任承恩於前次拜發奏摺後，此十餘日內，在彼辦理何事，何以並無一字奏及之處，據實查明參奏。
二十七日（乙未），李侍堯奏言：接到海防同知楊廷理稟稱，較臣所訪更為詳悉。所云現在兵數，合之則多，分之則少，尤覺切中窽要。並稱台郡與鳳山連界之水底藔等處，尚有莊大田等賊出沒焚掠，則南路之兵，似不能盡撤，致府城有單薄之虞。查臺灣合各路現有之兵，僅一萬三千有餘。看來，常青欲往北路會剿，祗能於府城及南路兵內抽調一千餘名；到諸羅後，再增柴大紀之兵千餘名，力量尚覺未厚。臣奏調粵兵內，檄令以二千五百名由鹿耳門進口，常青得此，庶覺軍勢壯盛。至任承恩處，旬日以來，久不得信。茲據該同知另稟，有鹿仔港船戶來郡，詢知二月十三賊匪來攻大營，任承恩、普吉保等大加剿殺，賊匪死傷無算等語。又有解餉之經歷鄒貽詩稟亦相同。但未見任承恩等奏報過境，想因風水不順，阻擱在途。臣謹抄錄原稟及所繪圖，一並進呈。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李堯侍曰：本日李侍堯奏到臺灣情形一摺，並抄錄海防同知楊廷理原稟。據稱賊匪滋事以來，大兵僅屬固守，皆以兵單難於遠捕為辭。如彰化早經恢復，而任承恩駐兵鹿仔港，普吉保駐兵埔心莊；諸羅收復月餘，而柴大紀駐兵城外；鳳山甫經收復，郝壯猷分駐四門靜守；黃仕簡駐守郡城，以致賊匪各路嘯聚。現在台灣之兵，統計一萬三千有餘，合之則多，分之則寡等語。該同知所稟各情形，早在朕遙度之中。可見兵力以分而見單，伊等貽誤，實由於此。昨經降旨將任承恩革職拿問；尚以黃仕簡年老有病，僅令革職撤回內地。今伊等如此玩誤，則二人厥罪維均，黃仕簡亦難稍為寬宥。著李侍堯一俟黃仕簡回廈門，即傳旨一並革職，拿交刑部治罪。至該提督等株守玩延，致令將弁等效尤觀望，不能早擒賊首，俾賊匪得轉相嘯聚，逼脅平民。其中不肖之徒，勢必與賊烏合，日積日眾，滋擾蔓延。昨經李侍堯奏添調粵兵四千名，一由廈門赴鹿耳門；一由蚶江赴鹿仔港等語。看此情形，常青處所有之兵，尚未免單薄，著傳諭李侍堯如粵兵尚未分路配渡，即檄令全赴鹿耳門，直抵臺灣府城，俾常青處兵力壯盛，足資調遣。如業經分路配渡前進，著常青於粵兵將抵鹿仔港者，亦即調來合為一處。常青親帶勇往將弁，徑赴大里杙賊巢，鼓勵弁兵務將首惡林爽文一鼓擒獲，其餘賊眾，不難撲滅淨盡。又閱該同知原稟內，現在府城、諸羅、彰化之間，各處皆有賊人屯集。常青經過地方，中途遇有賊匪抗拒，正可痛加殲戮，俾賊匪聞風膽落，路途無阻，直指賊巢。此事，惟仗常青遵照節次指示，悉心籌辦，紓朕南顧，不致復蹈黃仕簡、任承恩故轍也。其柴大紀、郝壯猷、普吉保因二提臣觀望，不無效尤，今二提臣已拿問，其柴大紀三人效尤之罪，且赦不問，令其效力帶兵贖罪。如伊等亦有畏葸觀望情事，或不可令其效力，即著常青據實參奏，毋得稍有徇隱。
同日，孫士毅奏言：赴惠、潮一帶海口，督拿竄犯、搜捕會匪途次，接准閩浙督臣李侍堯密札，臺灣賊匪尚多，南北兩路未能會剿，常青到彼或須酌量增兵，以期一舉蕆事。向知潮州、碣石二鎮兵尚可用，囑臣慎密預備。查來咨雖稱此次兵丁果否徵調，尚在未定；但既有酌量增兵之語，自應迅速預備，以便克期就道。臣一面密飭潮州、碣石水陸二標及附近各營，共挑足四千之數，迅即派定分起來潮。茲臣於三月初七日抵潮，提臣高■〈王〈艹佘〉〉亦巡查到此，一切預備事宜，現在會商妥辦。再閩省尚須集兵搜捕，似內地查拿會匪一事，尚宜慎密。臣與閩省現已彼此關會存記，俟一舉蕩平，再行從嚴辦理。又南澳鎮總兵陸廷柱統領官兵赴台，遺缺請以澄海協副將鄭元好護理。其澄海協員缺，請以廣海寨遊擊張天宿護理。又，香山協謝廷選、羅定協貴林、肇慶協官福，現亦領兵，請以左翼鎮遊擊黃錫侯護理香山協印務，督標前營參將新泰署理羅定協印務，督標水師營參將劉天爵兼署肇慶協印務。至查察惠、潮一帶沿海口岸汛地，尚屬整肅。臣俱面諭該管文武，密為偵伺，果有蹤跡可疑者，方許立時盤詰解究，不得一味驚擾，以致商民裹足。據饒平縣續獲會匪陳阿塔、余阿緒二名，余阿緒供系徐阿番勾引入會，其所傳暗號、歌訣，均與前獲之許阿協等大略相同。其供出夥黨，俱密為存記。至前此許阿協等供出閩省勾引入會之梁阿步、賴阿邊等，經李侍堯因該犯等堅不承認，解粵質審。臣俟該犯等解到，彼此畫一密辦。奏入，報聞。
二十八日（丙申），孫士毅奏言：此次密派官兵，俱已酌定起數，預為妥備。今定於三月十六日，即令頭起官兵自潮起程。每起二百五十名，間一日行走。自粵省黃岡入閩省詔安境，相去止數十里。自詔安至廈門、蚶江等處，亦止數日可到。照依李侍堯派定數目，以二千五百名赴廈門，一千五百名赴蚶江，配船渡海。臣與提臣高■〈王〈艹佘〉〉往來彈壓稽察，沿途派令惠潮道圖畢赫、潮州府孫泳、惠州府顧聲雷督率，經過之各州縣妥協照料，催趲前進；並多備火藥及裹帶一月口糧，俾資接濟。其弁兵應得分例，量為借給，俟將來閩省定有章程，再行畫一辦理。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、孫士毅曰：據孫士毅奏，是該省官兵全數在潮起程，已在四月中旬加以配渡放洋。計四千名陸續全抵臺灣，極早亦須至四月下澣。常青於三月初六日起椗放洋，不過初十內外，業抵臺灣。若必俟粵兵到日，始行進剿，則蕆事之期，竟需至五月，豈不曠日持久。著傳諭常青體察情形，若臺灣現有之兵，一經鼓勵，覺屬可恃，即擇其精壯者，親身帶至大里杙賊巢，痛加殲戮，將首逆林爽文擒獲；其餘附從，自紛紛瓦解，固屬甚善；如該處之兵，實不可恃，必須接濟，或俟粵省數起官兵到後，酌量足敷剿捕，即帶同前往，俾新舊間用；庶新到者勇氣方張，舊存者心有可恃，亦自必旌旆改觀。不可拘泥必待粵兵到齊，始行辦理，致再遲延。或臺灣現有之兵，其氣已餒，必須全仗粵兵到齊，方能前往剿捕之處，常青亦不可因有此旨，稍存輕率之見，務在相機妥辦，動出萬全，以副委任。至粵省未經起程官兵，著孫士毅即另行籌酌，令其並起行走，並先知會李侍堯預備渡船。其已入閩境官兵，著李侍堯飛飭沿途催趲前進。李侍堯即當親至廈門料理，隨到隨渡。至此事，總由黃仕簡、任承恩二人互相觀望，以致久稽蕆事，其罪實無可逭。孫士毅駐紮潮州，相距不遠，其於黃仕簡、任承恩玩誤之處，自必有風聞。著該督即將所聞據實覆奏，勿稍回護。