康熙二年癸卯（附永曆十七年。按永曆於康熙元年二月間被吳三桂追至緬甸，被弒已死，天下咸知。成功以路遙凶信未確為辭，仍存故朔，經遵守之，附稱永曆年號）正月，經將安平鎮交統領顏望忠鎮守。其承天府暨南北二路兵馬地方軍務，委勇衛黃安提調。十一日，經率周全斌、陳永華、馮錫范等大隊舟師，回廈門。諸將迎接，暨守各島將帥咸賀焉。獨伯泰在金門，稱病不至，經遣禮官鄭斌前往金門問病。斌回啟：『泰果得寒症未痊』。經密與洪旭謀曰：『吾伯稱病不來，必有覬覦之意。金、廈咫尺，如之奈何』？旭曰：『風聲勿露，他尚狐疑。容徐圖之，未可造次』。有報守崇武楊來嘉與泰時常餽送往來，情甚周密，經心愈疑。密召周全斌、洪旭計議曰：『吾伯有事在懷，難以自安。楊來嘉曾為北使，今無故親厚，其中決有通謀。將何策圖之』？全斌曰：『彼船隻倍多，未可輕舉。徐窺其便擒之；急，則變矣』。
三月，海澄有密獻城者，經欲親往接應，遂整舟師。泰偵知，疑為圖己，將眷口悉下船，出港口灣泊。有勸泰入廈門見經陳明。泰曰：『吾今日惟自救耳！若稱兵而入，適重吾愆』。又有勸其『如此終難了局，不如投誠』。泰曰：『先太師業已誤矣！泰豈再誤乎』？俱不聽。後海澄事覺，經不果行。泰仍收回金門，終不自安。經聞泰舉家在船情狀，心愈惶惑。全斌曰：『事久則變，不如用香餌法餌之，方可』。經曰：『何謂香餌』？全斌曰：『藩主可稱臺灣新創地方，無人約束，恐生意外之虞，欲眷口盡搬過臺安插，然後西向。而金、廈各島，暫交伯總制。安彼之心，再作計較』。經曰：『此計甚善』。遂鑄「金廈總制印」。
五月，率泰以前歲用反間之計無效，茲乘安輯投誠郎中賁岱之報，復再疏曰：『為馳報海上情形事。康熙二年四月，安輯投誠部臣差筆帖式同提臣差官馬天祿到省謁靖藩與臣。據筆帖式備云「現差林懷前去招撫偽鄭侯泰等。據云：必俟藩院字到，方為真實」等語。靖藩與臣密商：海上諸偽革面革心，難以憑信，總以遵旨登岸薙髮為憑。不妨奉揚朝廷浩蕩洪恩，以昭誠信。靖藩與臣隨各修剴切一札，付部臣來差轉齎去後。五月十一日，據偽建平侯鄭泰差偽總督楊來嘉、楊洪齎啟書赴靖藩與臣軍前。閱其書，說向化似殷，但以人眾，慮登岸安插難周之意。又據楊來嘉等口稱：「三侯遵照前旨登岸薙髮，面見藩院。仍回金門、廈門候旨」等語。臣等細思，三偽侯既已登岸，又欲仍回，語屬游移。矧今鄭泰率眾登舟，移泊金門，歸誠之心似切。其洪旭、黃廷等，或廈門、或銅山，未必即能齊心一同登岸。隨面諭楊來嘉等：「不必拘定取齊。如三侯一同登岸薙髮，固不失前議；抑或鄭侯先來，洪、黃二侯陸續而來，亦無不可」。總之，鄭泰既傾心向化，事事恪遵旨意，既已率眾登岸，何必又回廈門？若仍如此議論，不敢遽以入告。必須三侯帶領官兵前來安海地方上岸；或鄭泰先來上岸薙髮；其各官兵並百姓等，但要遵制薙髮，差驗明原住金門、廈門的，照舊暫住，候旨安插：方敢代為會疏題請，於投誠有功，皇恩浩蕩，自當不論爵賞，撫綏得宜。面諭楊來嘉，令其回去海上說明。訂以次月初旬，赴省回話。臣等一面申飭嚴防，一面整率兵馬，俟有的期而來登岸，毋論一旅、或全島、或陸續，隨到隨收，次第安插。謹將近日情形，會同合疏密題。若夫海上人情叵測，或變幻多端、或觀望未決，臣等所不及料者。但臣有聞必告，盡臣誼之當然』。
六月，經令禮官鄭斌、戶官吳慎齎印諭過金門與泰。且傳命曰：『先王新闢臺灣，甫一載即遭凶變。今雖底定，無人調度為憂，意決東行。諸島地方，煩伯總制』。泰喜受印，厚待斌，終未敢過廈稱謝。弟鳴駿不知其兄細隱，固請曰：『骨肉至親，受託土地重寄，何用如此遲疑，而貽笑於人』！泰稍回意。又報：『初四日，經頭程載黃安、楊祥、劉國軒等眷口船過臺』，而鳴駿力勸其行。初六日，泰往廈見經，經待之如常。語及成功，兩相慟哭，禮意倍厚；且囑其南北固守。泰無疑焉。初七日，經置酒邀泰議事，伏甲兵於內。半席，經擲杯於地，喝左右擒泰。泰言：『何罪』？經出其與黃昭書，泰無可答。經令將泰縊死。即遣周全斌督大熕船隨潮往金門，抄泰家。
鳴駿於是夜三更，得其親隨張益同水師鎮蔡璋逃回報信（璋即甲老，投誠，後官至粵東順德總兵），知兄泰被執，號哭曰：『吾負殺兄之名』！時蔡鳴雷回，急止駿曰：『事已至此！哭之何益？恐覆巢難望完卵，速收拾投誠；遲則周全斌統師至矣』！駿頓悟，謝曰：『非先生指迷，必遭毒手』。踉蹌舉家引舟遁。全斌至城仔角，知駿逸去，追之弗及；撫其餘眾，把險報經。鄭鳴駿稱建平侯、鄭泰子緒昌稱永勝伯，同忠靖伯陳煇、左武衛楊富、左虎衛何義、左鎮陳平、右鎮許雄、前鎮黃鎬、後鎮林宗珍、水師一鎮洪陞、二鎮蔡璋、三鎮曾和、四鎮吳泗、五鎮張治、參軍蔡鳴雷、雷子協吉（官九江道）、蔡協、黃良驥（官山東布政司）、陳彭、陳佳策（官淮安府通判）暨楊來嘉、陳遂等文武大小共四百餘員、船三百餘號、眾萬餘人入泉州港投誠。李率泰大喜，會同耿繼茂合疏題報。命下，授鳴駿遵義侯、緒昌慕恩伯，其大小文武各職有差。
七月，經以黃廷子為煇為思明知州。
八月，遷沿海居民入內地。
九月，臺灣揆一王欲在海外再覓一島安身，希圖恢復；但浪游載餘，無處可以托足。後聞成功死，通事李瑞獻策曰：『國姓已死，諸人不足畏；將船駕入福州港投清朝，請兵報仇，回復臺灣』。王大喜，聽其謀，將船悉入福州港，見耿繼茂、李率泰，哭訴始末，願為前矛，引攻諸島，然後借大師之力，共復臺灣故址。茂與泰許之，即調一應投誠官兵，會同紅毛夾板，平諸島。黃梧、施琅在石碼、海澄督造戰艦；馬得功、鄭鳴駿、陳煇、鄭緒昌、楊富、何義、楊來嘉等在泉港收拾戰船，以待會師進剿。
時有左右逢迎馬得功者語得功，以鄭侯海上簡練打造自己坐駕，桅舵航蓆，堅牢好駛。得功遂蓄懷中。將欲出軍之日，得功會鳴駿於船廠，大誇獎鳴駿坐駕不去口。駿會意曰：『若不棄鄙陋，奉讓何如』？得功謝之，將自己坐駕船與鳴駿換。得功遂先坐其船，往同安港巡視提調。
鄭經因鳴駿率其文武投誠，一時乏人。忽內地（時已遷斥，業設界限，故曰內地）偵報：『紅毛入福州港投靖藩、總督，願為先鋒引攻兩島，然後代彼攻臺灣各港；業整船隻，不日興師合擊』。經集洪旭、周全斌、黃廷、王秀奇等商議退敵之策。全斌曰：『紅毛在臺灣，當時先藩施德不殺，放彼歸國。今投耿藩，借兵報仇，亦是傷弓之鳥。斌願領熕船前往破之』。旭曰：『當此勁敵，非斌不可』。經令全斌督諸鎮分禦。斌曰：『不可。當差人入內地，探各港分配船隻，帶兵何人。然後設計禦之』。經遂從斌請，隨差偵者入漳、泉打聽。不數日，偵者回報：『紅毛已出福州港。提督自坐一號大坐駕，尾樓後寫「澄清海宇」四大金字；鄭鳴駿坐一號大熕船，尾樓後寫「雄鎮金湯」四大金字；楊來嘉坐二號大鳥船，尾樓後寫「寧海」二大金字；楊富坐一號大趕繒，尾樓後寫「海晏河清」四大金字；其餘各鎮營，悉分配船隻，即出泉州港。漳州、海澄之師系總督同黃梧、施琅統出』。經問全賦、洪旭：『如此各港齊出，當分兵禦之』？全斌曰：『海澄之師，必猶豫未敢前。泉州是會夾板合■〈舟宗〉而來，其勢雄銳。若破了泉州師，海澄各港自退。斌願領熕船二十只分配各鎮，敵夾板會泉州之師』。經令正兵鎮陳昇守高崎陸路；又令黃廷帶船二十只泊南山邊，禦海澄之海門；林順領船十只，在高崎一帶遊颺接應；楊祥領船十只，在遼羅一帶接應。旭曰：『昔先王破達素，悉空廈門，背城一戰。今亦當仿先王遺法』。經然之。以陳永華、馮錫范二人保護董夫人並諸宗室、鄉紳暨提鎮兵民眷船，悉於浯嶼灣泊。經與洪旭、王秀奇等率舟師在大擔、烈嶼觀敵、接應。
十月十九日，相遇於金門烏沙港。全斌以紅毛船大，必在深港。督其舟師，由邊而進，互相攻擊。忽楊富諸船至，斌首先直沖■〈舟宗〉內，富與戰，少怯。斌喝曰：『楊富叛賊，今日是汝死日』！逼之，富眾傷死殆盡。情急，從舵後扳肚帶下水（肚帶即船下勒肚）。馬得功見楊富船被奪，隨轉船來援。全斌望其尾樓後寫是「雄鎮金湯」四字，發令曰：『前面一船，乃是鄭開的，當為吾擒之』（開系鳴駿乳名，全斌曾受鳴駿誹，心恨之。今既對敵，欲報宿怨，故發令圍攻。不知駿船於出征時被馬得功換坐，是以馬得功遭難）。遂揮船合攻。得功四面受敵，火罐、藥矢咸盡，兵士傷死，僅存二、三；度不能免，恐遭擒受辱，遂投海死。全斌過船，問降卒，方知是得功。嘆曰：『何報者誤也！吾欲擒獐，乃中一虎。是此賊之未該死』。遂反船趕與夾板攻打。守高崎將陳昇遣人密獻款於黃梧、施琅，琅、梧許之，整舟師以待。琅謂梧曰『潮落矣，可督眾船出』！梧曰：『然』。琅將船百只先行，梧繼其後。黃廷見琅船出雞嶼，亦起碇帆發斗頭熕迎敵，矢石如雨，姻焰蔽天。奈風與水俱不順，即退。琅得勝，率其眾奪廈門；飛報李率泰，大隊接應。徐而守高崎陳昇亦至。林順正在高崎一帶禦敵同安各港船，忽快哨飛報『黃廷敗陣、陳昇投誠，廈門失守』，無心戀戰，出與全斌合■〈舟宗〉。
經見黃廷船失勢坐遁，欲令王秀奇督熕船往救。而水正退，風又逆。旭曰：『且浮碇；看水轉，必有風，方可進兵』。未幾，快哨報：『高崎守將陳昇投誠，廈門已失』！秀奇曰：『如此，即有風潮，亦徒費其勞。且暫退銅山，再作商量』。旭亦勸經下銅山。經從二人議，遂率諸船下銅山。而陳永華、馮錫范保護董夫人暨諸宗親、紳矜兵民眷口，亦到。獨全斌一旅敵住夾板、泉州、同安諸師，至，日將暮，二十船無一失者。知廈門失守，全軍從容退泊浯嶼。林順寄灣鎮海，金門亦破。夾板與諸船集廈門港，率泰方知得功陣亡，大慟哭。紅毛登岸，凡庵觀廟宇神佛諸像俱被損壞，以為鬼也；惟有達摩存之（東旭曰：莫訝人民遭難，豈知神佛依然！失意必定如是，地理故致播遷）。
二十六日，黃梧勸率泰，乘得勝，令夾板為前導，引大隊攻銅山，則鄭經可擒。率泰曰：『雖金、廈已破，奈昨日之役，提督新喪，彼師無傷。況「窮寇勿追」，追之則逸臺灣。諒彼此時人心風鶴，可差人到銅山，宣布朝廷德意，並四處招降，以散其黨羽。倘計窮受撫，亦免士卒勞苦；如再頑抗，移師未遲』。將所有夾板船隻盡停廈門，令梧與琅差人往鎮海、銅山招降。
鄭經知全斌擒得功，船又無失。遣鄭斌齎銀牌幣帛，往浯嶼犒賞，大加褒獎。令其暫守浯嶼，相機恢復廈門。耿繼茂、李率泰差官咸至銅山，傳宣朝廷德意招撫。又密通忠振伯洪旭，若生擒鄭經，許請封為同安侯，鎮守泉州，如海澄公樣。旭笑而郤之。經仍執高麗事例；若欲削髮登岸，雖死不允。送其差還。
康熙三年甲辰（附永曆十八年）正月，援剿右鎮林順原與施琅善，琅差蔡（徐？）媽持書招之。順統全鎮從鎮海投誠。
二月，忽報守南澳護衛左鎮杜煇勾通潮州鎮海將軍王國化從揭陽港投誠。洪旭見日報諸將叛去，謂經曰：『金、廈新破，人心不一，銅山必難保守。況王、院差官僕僕前來，非為招撫，實窺探以敵人心。今各鎮紛紛離叛，日報無寧晷。當速過臺灣！苟遷移時日，恐變起肘腋，悔無及矣』！經是之。令陳永華、馮錫范送董夫人眷口先行。然後請宗室暨鄉紳商議：如欲相從過臺者，速當收拾，撥船護送；若不願相從者，聽之。時有寧靖王、瀘溪王、魯王世子、巴東王諸宗室等同鄉紳王忠孝、辜朝薦、沈佺期、郭貞一、盧若騰、李茂春，悉扁舟從行；惟徐孚遠駕船歸華亭。馮澄世船至東碇外，有僕利其財，謀眾船，逼澄世赴水死，入泉州投誠（後甲寅之變，鄭經入據泉州，其僕尚在，被錫范所獲。范親剖其心肝，奠祭澄世）。
三月初二日，盧若騰至澎湖有微恙，不二日死。遺命題其墓曰「自許先生」。後人有詩吊之曰：『世外孤崖托老身，從來自許漢朝臣。十年後死非無意，三代完名信有真！避地寧為浮海計？絕周不作採薇人。殘黎在在同聲哭，想像閒時舊角巾』。經馳令周全斌、黃廷二人斷後。
經同洪旭、楊祥等初六夜放洋。初七日午，到澎湖。聞鄉紳盧若騰死，親往哭祭。遂與洪旭踏勘諸島。旭曰：『澎湖乃臺灣門戶，上至浙江、遼東、日本，下通廣東、交趾、暹羅必由之路，當設重鎮鎮守，不可苟且。倘被占踞，則臺灣難以措手足』。經然其議，就媽祖宮設立營壘，左右峙中置煙墩、砲臺，令薛進思、戴捷、林陞等守之，以四閱月更代。初十日，經率大隊過臺灣。
全斌接經諭：『同黃廷斷後』，思與廷、旭有宿嫌，恐過臺為其所嫉，遂遣心腹將沈吉送其子周智與率泰為質，泰許封伯爵。吉復命，斌統眾從漳浦鎮海衛投誠（吉字世貞，漳之詔安人。後征雲貴功，官河南參將）。黃廷在銅山接黃梧差陳克竣密書，虞臺灣新闢荒陬，水土不服，亦於是日從漳浦雲霄投誠。耿繼茂、李率泰合疏題請，封周全斌承恩伯、黃廷慕恩伯。
率泰知鄭經已遁臺灣，即移舟師到銅山。馳令各島暨沿邊百姓，盡移入內地。逢山開溝二丈餘深，二丈餘闊，名為「界溝」。又溝內築牆，厚四尺餘，高八尺（一丈），名為「界牆」。逢溪河，用大木樁柵。五里相望，於高阜處置砲臺，臺外二煙墩。二（三）十里設一大營盤，營將、千、把總率眾守護其間。日則瞭望，夜則伏路；如逢有警，一臺煙起，左右各相應，營將各揮眾合圍攻擊。五省沿邊如是。時守界弁兵最有威權：賄之者，縱其出入不問；有睚眥者，拖出界牆外殺之。官不問，民含冤莫訴。人民失業，號泣之聲載道；鄉井流離，顛沛之慘非常！背夫、棄子，失父、離妻，老稚填於溝壑，骸骨暴於荒野（有詩為證：東旭曰：『堂空野鶴呼群立，門蹋城狐引子蹲。墜鈿莫思悲婦女，路隅何處泣王孫』？『盜殘兵慘頻相連，一旦徒移意外傳。鳥雀啄場農事少，麥黃生土主人遷』。『屋殘鬼亦無家哭，煙冷鴉應忍饑過；計卻當年籌畫者，書生無淚代悲歌』。附紀：為書遷移本者泉人張雲章也。不三月，兩目遂盲）。
六月，荷蘭揆一王見諸島既平，徙百姓於內地，嚴立界限以守；而總督又班師回省，是無意渡海攻臺。一時情急，領諸夾板盡入福州港，謁耿繼茂、李率泰，陳其有功前導，用力爭戰，原約合師代彼恢復臺灣。今諸島既平，何不合師？便爾回兵，豈不失信？茂與率泰咸覆以『平諸島，原議合師；但進兵大事，出在朝廷，非我二人敢專也。前曾有約，自當代爾合疏題請。俟命下之日，然後可興師』以慰之。水師提督施琅以『鄭經遁臺灣，若不早為撲滅，使其生聚教訓，而兩島必復為竊據。當乘其民心未固、軍情尚虛，進攻澎湖、直搗臺灣。庶四海歸一，邊民無患』，詳請耿繼茂、李率泰。泰與繼茂見琅詳議妥確，籌畫有方；兼之紅毛又議其不合攻臺灣爽信，遂合疏請題進剿。
七月，鄭經分配諸鎮荒地，寓兵於農。又在承天府起蓋房屋，安插諸宗室暨鄉紳等。
八月，改東都為東寧，天興、萬年二縣為州。
揆一王守候無期，仍率夾板盡上浙江。順次普陀，登山入寺。見觀音菩薩、羅漢金相，詫曰：『鬼也』！開拔所佩劍砍壞。群居於內。十月，揆一王引諸夾板欲去舟山。船將出港，忽天昏地黑，雷電閃爍，暴風震雨，波濤淜湃，海中突出「鐵蓮花」，將荷蘭所有夾板刺沈於海，死無遺類（今鐵蓮花遺蹟尚存）。
十一月，部文到，允水師提督施琅統諸投誠官鄭鳴駿、鄭纘緒、黃廷、周全斌、楊富、陳蟒、楊來嘉、林順等進攻澎湖。琅差快哨，於海外尋揆一王夾板為先鋒。
十二月，北路土番阿狗讓反。鄭經遣勇衛黃安平復。
康熙四年乙巳（附永曆十九年）正月，鄭經率文武朝賀永曆於安平鎮。
偵哨回復施琅云：『夾板因上普陀山，獲戾觀音菩薩。菩薩顯聖，於出港日，突出鐵蓮花刺沈夾板，盡沒於海』。琅聞，嗟異之。遂在泉州、海澄二港，修造船隻，擇日興師。
二月，偵報：『施琅將船欲出攻澎湖』。鄭經會洪旭、黃安、陳永華、顏望忠、馮錫范、楊祥等商議。旭曰：『前者紅毛失守，因恃其港路紆迴，砲臺可恃，而不把守澎湖，致先王一鼓而下。今日紅毛已沒，諸將未曾經到此地；獨周全斌兩次進剿，暗曉情形。可速將赤嵌密築砲臺，設大熕船十只把守鹿耳門。再令一將，督舟師往澎湖禦之。澎湖固守，則東寧可以高枕』。錫范曰：『督熕船守鹿耳門者，非楊祥不可』。經從錫范請。第出禦澎湖，未有其人。顏望忠曰：『望忠受恩兩世，當此危急之際，敢惜微驅而不向前乎』？經大悅，撫忠背曰：『今日得公前去，余復何慮？到澎，當相地擇險，據要設備以待』！忠領命。經令洪旭抽各鎮屯田者十之三，又撥勇衛、侍衛各半旅，共萬有餘人，分配大熕船二十只、鳥船、趕繒各十只，合戴捷、薛進思、林陞、林應等舟師禦敵。又令劉國軒帶一旅守雞籠山，何祐帶一旅守大線頭。
三月，顏望忠至澎湖，就娘媽宮屯設大營；於左右峙各整砲臺，令戴捷、林陞二鎮守之。
四月，施琅見船隻已備，遂會藩、院，調諸投誠官鄭鳴駿、黃廷、鄭纘緒、何義、陳煇、楊來嘉、陳蟒、林順、楊富等兵分配，飛題報出師日期，將大隊舟師出銅山。十五日，開洋。是夜三更，至清水墘（即澎湖港），忽煙霧四合，颶風大作，狂濤疊至，橫湧沖擊。琅等舟師不能成■〈舟宗〉，各飄散靡定。天明，周全斌、陳煇、鄭纘緒諸船，或漂碣石、甲子、南澳、銅山者不一。斯役也，失船雖少，損壞甚多。琅等陸續仍收回廈門。具文申報，請藩、督院會題再請寬限：俟修葺船隻，然後興師。
五月，琅等悉回海澄。顏望忠列船澎湖，後偵知琅等船隻被颶風打散仍收回廈門，申文寬限；亦即報經。六月，經馳令薛進思同林陞守澎湖各島。調顏望忠所帶諸軍與戴捷等船隻班師回臺灣。經大犒賞。令勇衛、侍衛之半旅仍歸伍。其各鎮調撥之三者，仍歸屯所耕作。劉國軒、何祐等陸師亦令其回。
七月，勇衛黃安病故。經大悲慟，厚葬之，以其子為婿。
八月，以諮議參軍陳永華為勇衛（永華，浯洲人，陳鼎之子，同安學弟子員）。初，兵部侍郎王忠孝與談時事，大有經濟，遂薦於成功。功用之。迨至敗兩島，退守銅山，遁回臺灣。患難之際，與洪旭籌畫相從，剖心不貳。故鄭經毋論大小，悉諮之。其舉止翩翩，有輕裘緩帶之風。迨授任勇衛，益加心思，不惜勞苦。親歷南、北二路各社，勸諸鎮開墾：栽種五穀，蓄積糧糗；插蔗煮糖，廣備興販。於是年大豐熟，民亦殷足。又設立圍柵，嚴禁賭博。教匠取土燒瓦，往山伐木斬竹，起蓋廬舍，與民休息。以煎鹽苦澀難堪，就瀨口地方，修築坵埕，潑海水為鹵，暴晒作鹽；上可裕課，下資民食。華見諸凡頗定，啟經曰：『開闢業已就緒，屯墾略有成法，當速建聖廟、立學校』。經曰：『荒服新創，不但地方侷促，而且人民稀少，姑暫待之將來』。永華曰：『非此之謂也。昔成湯以百里而王、文王以七十里而興，豈關地方廣闊？實在國君好賢，能求人材以相佐理耳。今臺灣沃野數千里，遠濱海外，且其俗醇；使國君能舉賢以助理，則十年生長、十年教養、十年成聚，三十年真可與中原相甲乙。何愁侷促稀少哉？今既足食，則當教之。使逸居無教，何畏禽獸？須擇地建立聖廟、設學校，以收人材。庶國有賢士，邦本自固；而世運日昌矣』。經大悅，允陳永華所請。令擇地興建聖廟，設學校。於承天府鬼仔埔上，鳩工築豎基址，大興土木起蓋。
康熙五年丙午（附永曆二十年）正月，建立先師聖廟成（今臺灣府府學是也），旁置明倫堂。又各社令設學校延師，令子弟讀書。議兩州三年兩試，照科、歲例開試儒童。州試有名送府，府試有名送院；院試取中，準充入太學，仍按月月課。三年取中式者，補六官內都事，擢用陞轉。
三月，經以陳永華為學院、葉亨為國子監助教，教之養之。自此臺人始知學。
六月，謠傳水師提督施琅船隻修葺完備，業已咨請靖藩耿繼茂、總督李率泰，又欲出師進攻澎湖。鄭經令林陞遣偵探入內地細查飛報，以便備禦。
七月，偵報：『水師出船，日期無定』。忠振伯洪旭（字念藎）曰：『南風將過，西風迅烈，今歲決未敢東顧。但諸島失守，幸得東來。雖土荒蕪，賴復甫材幹，勤督開墾，集眾煮海，調度井井，業已就緒。茲又建聖廟、設學校，大興文教。將來之昌盛，可指日而待也。但文事武備，兩者不可缺一。慎勿以天塹足恃，遂爾偷安忘戰！況琅素抱韜略，心懷怨恨，加之周全斌兩次過臺，水務地方諳熟，必能自請東征。當勤訓練操演，一旦有警，便可禦敵』。經曰：『念藎言出金石，自當銘佩』！隨通行各鎮營：『凡農隙時，務教習武藝弓矢。春秋操演陣法』。旭曰：『地方已定，船隻第一緊要。況東來已有數載，諸熕船、戰艦悉將朽爛。速當修茸堅牢，以備不虞』。經是之，即檄南北路各鎮，著屯兵入深山窮谷中，採辦桅舵含檀，令匠補茸修造。旭又別遣商船前往各港，多價購船料，載到臺灣，興造洋艘、鳥船，裝白糖、鹿皮等物，上通日本；製造銅熕、倭刀、盔甲，並鑄永曆錢，下販暹羅、交趾、東京各處以富國。從此臺灣日盛，田疇市肆不讓內地。
八月，呂宋國王遣巴禮僧至臺貢問。經令賓客司禮待之，以柔遠人。巴禮僧求就臺起院設教（即天主教）。陳永華曰：『巴禮原名化人，全用詐術陰謀人國，決不可許之設教』。經笑曰：『彼能化人，本藩獨能化彼』。賜以衣冠，令巴禮僧去本俗服飾，穿戴進見；如違，梟首。巴禮僧更衣入，行臣禮。經諭：『凡洋船到爾地交易，不許生端勒擾。年當納船進貢，或舵或桅一。苟背約，立遣師問罪』。巴禮僧叩首唯唯，不敢提設教事。遣之歸。
忠振伯洪旭偶沾寒疾，經令醫調治，朝夕巡視。奈年老，憂勞過度，遂不起。大慟曰：『經何不幸，喪此元老』！親為治喪祭奠，擇葬盡禮。以其子磊為吏官、永華之姪繩武為兵官、楊英為戶官、葉亨為禮官、柯平為刑官、謝賢為工官、馮錫范為侍衛、劉國軒為左武衛；薛進思為右武衛、柯祐為左虎衛。
九月，陳永華安插已定，船隻整備，又加年豐；但寸帛尺布，值價甚高，皆由設法未稠，故不流通。啟經曰：『諸島沿邊，遷移業已三載；清朝亦知我們株守而無西意。然臺灣遠隔汪洋，貨物難周，以致興販維艱。當令一旅駐劄廈門，勿得騷擾沿邊百姓，善與內地邊將交，便可接濟，並無偵探邊事。且澎湖不用重兵把守，只留一鎮汛防，飛報可矣』。經曰：『此論誠是。第未知差撥何將』？華曰：『撥將即當撥兵，今日兩衛之軍，不可移動；分屯之眾，恐失農時。前有鎮海太武山江勝（乳名欽，漳浦人。紫面長鬚，勇略可人），聚集數百人，曾差親信江棟來納款，未曾啟請。藩主可用此人，令鎮廈門交通，庶免撥將調兵之煩』。鄭經允請，即以江勝為水師一鎮，駐劄廈門。勝接印劄，隨整船到廈。
時廈門有陳白骨、水牛忠等，招納亡命千人，侵掠沿邊內地。勝令人招之，不從。督兵與戰，勝失利，遁泊銅山。思難與敵，聞粵東之潮陽人邱煇（綽號「臭紅肉」），年少猛勇，糾眾出踞達濠，結茅為屋；造八槳船、■〈舟古〉艚，與蛋家（蛋家即同庚船）漁船交好，引港搶掠潮陽、揭陽、惠來、海豐、澄海、饒平一帶地方，乘潮往來，出沒無常，官軍莫禦，人眾強盛。遂率船往達濠依煇，訴告戰敗，請助一旅。煇曰：『當如命，安敢辭』？勝拜謝煇。朝夕盤桓，情誼相契，結為兒女姻。
十月，邱煇整船同勝師至廈門。勝從崎尾登岸，水牛忠、陳白骨共敵勝。戰未幾合，忽邱煇大隊就水仙宮登岸，突出圍擊。白骨同水牛忠大敗，搶船遁去。勝收其眾，大謝煇；煇仍回達濠。勝踞廈門，斬茅為市；禁止擄掠，平價交易。凡沿海內地窮民，乘夜竊負貨物入界，雖兒童無欺。自是，內外相安，邊疆無釁。其達濠貨物，聚而流通臺灣。因此而物價平，洋販愈興。
十二月，經撤守澎湖薛進思等兵回臺灣開墾。
康熙六年丁未（附稱永曆二十一年）正月，有河南人總兵孔元章在京候補，陳情願往臺灣招撫立功。奉旨：『準其馳驛入閩，與藩、院商配招撫』。
五月，元章至福建。航船過臺，傳宣朝廷德意招撫。經厚待元章，以『臺灣遠在海外，非中國版圖。先王在日，亦只差「薙髮」二字。若照朝鮮事例，則可』。元章回，水師提督施琅憤甚，上疏曰：『為邊患宜靖，逆賊難容，謹陳蕩平機宜，以效忠款，以奠永安事。竊照鄭賊負嵎海上，久阻聲教，致干剿討。遁竄臺灣絕島，恃險負固。雖戢翼斂跡；而蜂蠆有毒，沿邊將為不軌。堂堂天朝，萬國賓服，豈容餘灰以滋蔓患？日者朝廷廣開鴻仁，遣官招徠，德至寬大。茲總兵孔元章招撫回歸，只稱有「的確公議」。臣密詢押船官林元勳，渡載孔元章往臺灣，探賊中情形，未必歸誠實意。使果傾心向化，則海靖邊寧，無庸計論。今使命兩次到彼，並無的當偽官同來輸誠；惟聽口傳，豈可憑信？倘復頑梗如故，似難中止。臣荷恩深重，與賊仇不共戴，視此逆賊跳梁，能無扼腕！雖躬履險阻，身歷波濤，亦必滅此朝食。伏思賊黨盤踞於臺灣，沃野千里，糧食匪缺。上通日本，下達呂宋、廣南等處，火藥軍器之需、布帛服用之物，貿易備具。兼彼處林木叢深，堪於採造舟楫，以致窮島一隅，有煩南顧。為今之計：順則撫之，逆則剿之。若恣其生聚教訓，恐養廱為患！且此時經制船隻，尚堪遠駕過洋，舵梢現有可選。遲之數年，船隻久壞，再造則損內帑之金；舵梢撥散，召募安得慣洋之人？萬一蠢動，實費驅除。以臣愚見，不如乘便進取，以杜後患。夫興師所難，在於招兵、措餉、製器、造船。今欲大舉，所不庸計慮者。閩省水師官兵共一萬有奇，經制陸師及投誠閒曠官兵，為數不少，皆為防海而多設也；就水師中選撥精銳者，可得六七千；海澄公臣黃梧標下慣海並壯練者，可擇選二千有奇；乘投誠尚未撥散，內多有慣海舵梢及精銳者，可選擇數千。此數若未敷足用，就與陸師中酌選，湊共二萬，便可為勁旅，兵在精不在多也。閩省全轄，大小戈船共二百只，選撥一百七十只；小快哨一百只，選撥七十只；其餘留為防汛及載糧糈、傳報往來軍情之用。應再造大水艍船十餘只，以充前鋒；另造渡馬船二十餘只，便於配載。計此新造三十餘只之船，為費不多。其經制大小戈船，現在題請例應大修。伏乞敕部給此應修銀兩，發付修茸。不用溢額增加，舟楫業已堅牢。將豫備之兵糧船器，充東征之戰勝攻取，無煩徵召，不事蕩費。戮力討平，海甸永清，誠長便之舉也！惟是航海遠征，後先抵岸，各兵湊集，非親征訓練，臨時難以信恃。兵額既定，分撥八千為水，在船以接戰；一萬二千為陸，登岸以進取。臣將此二萬之師分為水陸，躬督擇練。加之數月，將得兵心；兵知將意，方可渡海遠征。至於選任將領，疇堪前矛？疇堪後勁？必其經歷戰功，身先士卒，夙有成效者，乃堪委任。臣於閩中經制及投誠將領，稔知有素。另俟命下之日，會議選撥定數，具冊報聞。臣矢志報國，敢遺餘力？第思任維艱而責綦重，伏乞皇上賜臣稍以便宜，得於軍中申嚴號令，庶膚功克奏。當密敕督、撫、提諸臣，會商妥確：催督修造戰船，備足糧餉，選調官兵，付臣整練完備，相機進取。居者行者各盡其力，則動出萬全。前次東征，兩阻風濤之險，逆賊雖未撲滅，人謀亦未允臧。投誠官兵眷口多在彼處，新附人心，參差未一。鳩烏合之眾以事敻海之表，其未至誤公者，誠賴國家之福。臣奉有成命，勉應擊楫，固逆知其難也。今臣思選撥將士，修茸船隻，操練習熟，紀律嚴明，成算在胸，故敢慮勝而動。蓋澎湖為臺灣四達之咽喉、外衛之藩屏。先取澎湖，勝勢已居其半。是役也，當剿撫並用。舟師進發，若據澎湖以扼其吭，大兵壓近，賊膽必寒，遣員先宣朝廷德意。如大憝勢窮，革心歸命；抑黨羽離叛，望風趨附，則善為渡過安插，可不勞而定。倘執迷不悟，甘自殄絕，乃提師進發，次第攻克，端可一鼓而收全局矣。但遠征外島，風信靡常，當假以歲月，不可限以定期。臣整備舟師，枕戈待時，或急據以掩襲，或慎重以制勝。奏捷遲速，雖難預定；然滿腔血誠，賊一日未滅，臣一日未安。籌度時勢，定當掃餘氛而拯黎元，義不可以賊遺君父之憂。且數年以來，沿邊江、浙、閩、粵，多設水陸官兵，布置錢糧動費倍增，皆為殘孽未靖之故。如臺灣一平，防兵亦可裁減；地方益廣，歲賦可望，民生得寧，邊疆永安。誠一時之勞，萬世之逸也。若以臣言可採，伏乞皇上敕部議覆施行。
十月，孔元章至京復命，以其無定局而中止。
十一月十六日，施琅「請剿疏」上。
康熙七年戊申（附稱永曆二十二年）正月初十日，奉旨：『渡海進剿臺灣逆賊，關系重大，不便遙定。著施琅作速來京，面行奏明所見，以便定奪。並召鄭鴻駿、鄭纘緒、周全斌、何義等入京，分陳煇、黃廷、楊富、陳蟒、楊來嘉等於各省屯田』。施琅接報，即欲登程；第分撥未定，志切進剿，又盡陳所見，密奏一疏曰：『密奏為遵旨盡陳所見，緣系克取海上情形面奏難盡，謹詳瀝披陳，仰祈睿鑑事。竊照鄭成功倡亂二十有年，恃海島為險，蔓延鴟張，荼毒生靈，故當時不得不從權折地，絕其派取之路。嗣而皇上廣開德意，招徠撫綏，漸散其黨。鄭成功疑懼，乃遁臺灣，以為兔窟。又幸天心厭絕，遂促其亡。康熙元年間，兵部郎中党古里往閩公幹，臣備將逆島可取之勢，面悉代復上疏密陳。荷蒙俞旨，仰藉天威，數島果一鼓而平。逆孽鄭經竄逃臺灣，負嵎恃固。去歲期廷遣官前往招撫，未見實心歸誠。從來順撫逆剿，大關國體，豈容頑抗而止？伏思天下一統，胡為一鄭經殘孽盤踞絕島，而折五省邊海地方畫為界外以避其患？自古帝王致治，得一土則守一土；安可以既得之封疆，而相割棄？況東南膏腴田園及所產魚鹽，最為財賦之藪，可資中國之用；不可與西北長城塞外風土為比。倘不討平台灣，匪特賦稅缺減，民困日蹙；即防邊若永為定例，錢糧動費加倍，輸外省有限之餉，年年協濟兵食，何所底止？又使邊防持久，萬一有懼罪弁兵及冒死窮民以為逃竄之窟，遺害匪淺，似非長久之計。且鄭成功其子有十，遲之數年，長成群強，假有一二機覺才能，收拾黨類，結連外國，聯絡土番，羽翼復張，終為後患。而我沿邊各省水師雖布設周密，然臣觀之，亦只區守汛口。若使之出海征剿，擇其精銳習熟將兵，實亦無幾。況後來慣者老、練者往，何可恃禦？臣蒙皇上逾格擢用，恩澤深重，分應圖賊以盡厥職。每細詢各投誠之人及陣獲一二賊夥，備悉賊中情形，審度可破之勢，故敢具疏密奏。蒙旨宣召微臣進京面奏，謹將臺灣剿撫機宜，為我皇上陳之：查自故明時，原住澎湖百姓有五六千人、原住臺灣者有二三萬人，俱系耕漁為生。至順治十八年鄭成功新帶水陸偽官兵並眷口，共計三萬有奇，操戈為伍者不滿二萬。又康熙三年間，鄭經復帶去偽官兵並眷口約有六七千，為伍操戈者不過四千。此數年來，彼處不服水土，病故及傷亡者約有五六千，歷年過來窺犯被我水師擒殺亦有數千，陸續前來投誠者計有數百。今雖稱三十餘鎮，多系新拔，俱非夙練之才，或管五六百者、或管二三百者不等。為伍賊兵，計算不滿二萬之眾，船隻大小不上二百號。分為南北二路，墾耕而食，上下相去千有餘里。鄭經承父餘業，智勇無備，戰爭匪長。其各偽鎮，亦皆碌碌之流，又且不相浹協。賊眾散處，耕鑿自給，失於操練，終屬參差不齊。內中無家眷者十有五六，豈甘作一世鰥獨，寧無故土之思？但賊多系閩地之人，其間縱使有心投誠者，既無陸路可通，又乏舟楫可渡，不得不相依為命耳。鄭經得馭數萬之眾，非有德威制服，實賴汪洋大海為之錮禁。如專意差官往招，則操縱之權在乎鄭經一人，恐無率眾歸誠之日。若用大師壓境，則去就之機在乎賊眾；鄭經安能自主？是為因剿寓撫之法。大師進剿，先取澎湖以扼其吭；則形勢可見，聲息可通，其利在我。仍先遣幹員往宣朝廷德意，若鄭經勢窮向化，便可收全績。倘頑梗不悔，俟風信調順，即率舟師，聯■〈舟宗〉直抵臺灣。拋泊港口，一股往北路笨港（蚊港）、海翁窟港（海尫窟港）口，或用招誘、或圖襲取，使其首尾不得相顧，自相疑惑，疑則其中有變。賊若分則力薄，合則勢蹙，那時用正用奇，隨機調度登岸，次第攻擊。臣知已知彼，料敵頗稔，率節制之師，賈勇用命，可取萬全之計。倘賊踞險固守，則先清剿其村落黨羽，撫輯其各社土番。窄狹孤城，僅容二千餘人。用得勝之兵而攻無援之城，使不即破，將有垓下之變，賊可計日而平矣。夫興師，惟慮募兵措餉。今沿邊防守經制及駐劄投誠閒曠官兵，皆為臺灣而設，聽臣會同藩、公、督、伯、提、鎮諸臣挑選調撥：慣海者，撥為舵梢；慣戰者，練為戰兵；擇其精銳有腳跟者，方可用充征旅，無事徵募動費之繁。此等兵餉，征亦用、守亦用，與其束手坐食於本汛，孰若簡練東征於行間？至修整船隻，就於應給大修銀兩內領修，可無額外動支。船隻未夠用，則浙、粵二省水師亦為防海設立，均可選用。仍行該督、提選配官兵，各舉總兵一員，領駕協剿。然遠征絕島，所謂浙、粵二省船隻海船，須用慣熟澎湖、臺灣港路舵梢數人，就於福建投誠官兵內挑選分配。如投誠兵中選配不足，則將投誠兵查其老弱者汰退，別募慣洋之人頂補糧額。因此現在兵額糧餉不須分外加增，無煩夫役挽輸。安配定妥，等候風期。毋論時日，風信可渡，立即長驅，利便之舉，誠莫過於此者。茲既調用浙、粵二省船隻，則臣前疏請造水艍船十餘只、渡馬船二十餘只二項，俱就於二省中船隻改修應用，可省新造之費。但水路行兵，出海水深，則用大船；進港水淺，則用小哨。今當新造小快哨一百只，以為載兵進港及差撥哨探之用。又當新造小八槳二百只，每大船各配一只，到臺灣臨敵之時可以盤載官兵，蜂擁而上。其小快哨每只新造只用價銀四十兩，小八槳每只新造只用價銀十五兩。二項共該用銀七千兩，為費不多。若臺灣一平，則邊疆寧靜，防兵可減，百姓得享昇平，國家獲增餉稅，沿邊文武將吏得安心供職，可無意外罪累；臣前疏故曰：「一時之勞，萬世之逸也」。臣荷國厚恩，職任閩疆水師，平賊報稱，分所宜然。且目擊遷民之困、心切父弟之仇，故靡刻不以滅賊為念，少盡臣、子之職。然航海遠征，調兵遣將，乃國家大事，出自皇上睿裁。其餘興師應行事宜，臣前疏已經奏明，仰祈睿鑑，俯賜全覽施行』。疏上，留中。
四月，部文到閩，催施琅進京，琅即進京陛見。授琅內大臣，裁水師提督缺，悉焚諸戰船。設總兵一員鎮守海澄，以馬化騏任之。次第催撥各投誠官兵，分配外省開墾。
六月，水師提標遊擊鍾瑞（原同郭義、蔡祿獻銅山投誠者）見琅留京，水師缺裁，而移駐信到，乃與中軍守備陳昇謀劫海澄，遣人出廈門通江勝。勝代瑞轉請於經。經接啟大喜，即遣統領顏望忠帶熕船十只到廈門，同江勝接應鍾瑞。瑞謀不密，業為陸路提督王進功所知，密召騎步，星夜來海澄擒瑞。瑞知謀洩兵至，情急棄妻子，只身奔出界外，登太武山放火。適有透越船，載瑞過廈門見江勝、顏望忠。忠知事不可為，同瑞過臺灣面經，陳其「負恩叛銅山」之罪。經曰：『此乃萬二、萬七奸謀，非爾所能左袒者。今誠心來歸，竭力相助，切勿疑二』！瑞叩首稱謝。經與瑞改其姓為金，名漢臣；授援剿後鎮。王進功知鍾瑞只身逸去，會藩院諱其謀叛，報瑞出禦海賊陣亡，蔭其二子守備。
廣東巡撫王來任巡視邊海，見流民顛沛，屢欲會疏開復，苦無同心。迨病危，嘆曰：『此表未盡，不但負吾民，且深負吾君』！遂書遺疏曰：『題為微臣受恩深重，捐軀莫報，謹將臨危披瀝一得之愚，仰祈睿鑑，臣死瞑目事。臣以一介庸流，荷蒙皇上不棄葑菲，簡拔茲任。才不稱官，事多叢脞。頃接邸報，蒙部院考臣不能興利除害，奉旨革職。臣負委托，實當其辜。臣接邸報之日，正臣沈痾之時。臣所患之病，在胃不得受食，茹則復吐。初擬尚可救藥，少緩須臾之死。不意病勢日篤，危在旦夕；生還闕下，無得望矣！伏念臣蒙世祖章皇帝豢養之恩，由通政司參議陞補參政，陞補西城監察御史。奉差巡視陝西茶馬，陞大理寺少卿、陞順天府府尹。康熙元年二月內，蒙皇上升臣勳襄撫治。適值會剿西山房縣郝堯奇等賊，奉旨，敕臣雇夫肩運糧草。爾時房竹一帶久為賊踞，路徑不通，民夫裹足不前。臣躬自開闢山徑，疏通河路，直抵上龕，再至砮石、安塘傳遞，始得轉輸接濟。又兼圖、穆兩將軍統領滿、漢大兵駐發進剿，夜以繼日，不遑安處。遇巖澗險峻之地，卒多步行。籌慮勞瘵，實傷心脾。及事竣凱旋，臣亦奉命裁缺，回京候補，即患病臥治數月，復蒙皇上補臣粵東，力疾赴任。自康熙四年八月十三日，受事兩年，錢糧鹽課等項，俱幸全完。地方民生利病，雖不能盡除；然臣曾陳六大害，請旨永禁。其有不便於民者，臣不憚殫厥心力，整剔而安全之。而民困若猶未甦者，皆短於才耳；而心則不敢自安也！臣自九月舊病復作，因當大計與京察而並舉，不敢入告。由是而病入膏盲，至此已追悔莫及矣。臣上有六旬之老母、下有黃口無知之諸孤，均不足念。惟臣自勳撫以至今日，虛縻大官之俸約四年有餘，受恩未報，死不暝目！臣在粵兩載，地方之情形，臣頗深悉。皇上孜孜求治，臣有真知灼見，至死不言，不幾仍負罪於地下乎？謹披瀝為皇上陳之：一、粵東之兵各宜速裁也：省會平藩甲兵與四翼總兵官，有城守都司兵丁，順德有水師提督兵，又有水師左右二路，與高、雷、潮、廉、饒、瓊等各鎮兵；潮州又有續順公兵，此外各州縣又有城守兵丁：是無地非兵。每年計費糧餉二百四十五萬，本省起存地丁鹽課雜稅共計一百二十餘萬，尚需外省協濟一百餘萬。是朝廷實有此疆土，不能有其賦稅，而且用他省之銀以養兵。且養兵不在沿海邊界，而盡在腹裏之地，兵多更無益也。臣謂國用耗蝕全在兵，而民生困苦亦擾於兵。省會之兵既有平藩雄師坐鎮，已得居重馭輕之勢。其餘九府，不過聲勢犄角，酌其要害，量設防守。如遇小盜竊發，城守一旅便可消弭。若山海巨盜，有平藩之師可以隨時進剿：是兵不貴多也。廷議不肯減兵，不悉地方情形。恐議裁兵，一旦有事，首尾不應，不肩其過。今粵東山海之伏莽已靖，所有者，不過朝聚暮散雞鳴狗盜之徒耳：兵實貴減也。一、粵東邊界急宜展也：粵負山面海，疆土原不甚廣。今概於邊海之地，再遷流離數十萬之民，每年拋棄地丁錢糧三十餘萬兩。地遷矣，又在在設重兵以守其界之地；立界之所，築墩臺、樹樁柵，每年每月又用人夫、土木修整。動用不貲，不費公家絲毫，皆出之民力。未遷之民，日苦於派答。流離之民，各無棲止，死喪頻聞。欲民不困苦，其可得乎？臣謂將原遷之界，急弛其禁，招徠遷民，復業耕種與煎晒鹽斤。將外港、內河撤去樁柵，聽民採捕。將腹內之兵盡撤，駐防沿海州縣，以防外患。於國用不無可補，而祖宗之地又不輕棄，更於民大有裨益也。如謂所遷棄之地兵雖少而禦侮之患甚大，臣思設兵原以扞衛封疆而資戰守，今避寇侵掠，慮百姓而資盜糧，不見安攘之策；乃縮地遷民，棄門戶而守堂奧，臣未之前聞也。臣撫粵二年有餘，亦未聞海寇侵掠之事。所有者仍是內地被遷之民相聚為盜。今若展其疆界，即他盜亦賣刀買犢耳。舍此不講，徒聚議以求民瘼，皆泛言也！一、香山之橫石磯口子宜撤也：當年遷立邊界之時，以香山不可棄，議設官兵防守此土。香山外原有澳彝，以其言語難曉，不可耕種，內地既無聚剳之地，況駐香山數百年，遷之更難，昨已奉命免遷矣。是縣與澳，皆為內地矣。所宜防者，防其通外海耳。當時奉行者，乃於橫石磯立一口子。食糧米計口而援，每幾日放一關。其一切用物，皆藉奉禁稽查，留難勒擾不許出。縣與澳共口數萬，斷絕往來生業，坐食致困，愁苦難言。若論其地未遷，則為界內之人，其橫石口子似宜免設，使其人得貿易於內，以通有無。惟於澳內設兵，防其通海接濟，庶民彝可以長活。若仍立口子，即有糧米出糶，彼地之人即絕生業，何處有銀買米？臣謂不過數年，則其人皆枯槅矣。以上三事，皆功令所甚嚴，諸臣之所忌諱。臣屬纊之謀，毫無所私；總以身在地方，目擊情形，為此仰體皇上子惠元元至意，以盡公忠一念之誠，不得不瀝血上言。臣雖生不能報國，死亦可以無憾矣。伏乞皇上敕部議施行』！是時四海無事，天子厭兵。閱王來任遺疏暨李之芳諫「勿遷移」疏，上惻然，深知邊疆遷斥流亡之慘，隨差都統特等巡視會勘。兩廣總督周有德同特等睹邊民執香跪接道路，喜皇仁之踊躍，見棲止失所，憫流離之顛沛，即去溪河樁柵，便民採捕資生。其近界外之民，準出開墾。隨具疏曰：『題為展界設防，既奉特旨，遷民望恩甚切，亟懇復業，早濡皇仁事。竊惟粵東沿海地方，設立邊界，將界外之民遷之界內。今蒙特遣都統特等前來會勘海邊，安設兵將，防守封疆。粵民聞之，遠近悅服。臣等自潮城抵惠、嘉，所過都邑，黃童白叟無不焚香頂祝。遷民千百成群，歡呼載道，擁臣等馬首號訴云：「自立界以來，盡失舊業，乞食無路。今聞皇恩開界安民。小民可望復業，有如甦生。但懇早開一日，早救一日之命」！立隨泣下，處處皆然。臣喜見其歡呼之情，又不忍見其愁苦之狀，隨加意撫慰，宣佈朝廷德意；莫不踊躍。臣思前此之界，原以絕接濟之弊。我皇上仁同天地、明見萬里，遷民失業，久在睿鑑之中。臣今身任地方之責，目睹流離之慘，若候會勘之後方請安插，恐時日尚緩，不能待命。臣歷行界外，一望青草，徑路阻蕪，即令民皆復業，力難一時開墾。又須早示招徠，預備牛種，需之歲月，方可資生。臣不得不陳情形，為民請命！伏乞皇上憐憫遷民望恩之切，敕下臣等勘過地方安設兵將後，一面即同該管府縣，查照遷民舊籍，給與前業，親行安插；不許豪強隱佔欺凌，亦不許無賴匪類影射混冒。及今急為料理，明春庶可耕種。遷民早還故土，即救旦夕之危，地方早得安靜，錢糧亦得起科。臣仍申飭郡縣，嚴行保甲，時加稽察。其有官兵設防於外，亦不患有奸人交通接濟之弊。至於無主荒田，列冊彙報，酌議屯兵，統候臣等會勘事竣另疏外，仰體皇上愛民之心，從地方起見，特先籲陳，伏乞睿鑑，採擇施行』。聖祖仁皇帝隨允周有德之請，並裁二路水師暨饒鎮等兵。
康熙八年己酉（附稱永曆二十三年）二月，奉旨展界，民賴復業。各省督、撫雖依例題請開復，然臺堡之禁未若粵地之便。王來任、周有德，粵之邊民感頌建祠，春秋祭祀。
六月，上復命刑部尚書明珠（滿洲人，後官拜相）、兵部侍郎蔡毓榮（後官雲貴總督）入閩，與靖藩耿繼茂、總督祖澤沛議撫，齊集泉州府。加興化知府慕天顏卿銜（顏字扶極，號鶴鳴，順治乙未進士，陝西靜寧州人，後官至總漕部院）同都督僉事季佺齎詔書往臺灣招撫鄭經。十二日到澎湖，守澎總兵劉憲忠、安撫司薛常霖將天顏等船移入雙頭港灣泊，飛報鄭經。二十二日，經差鑾儀陳慶駕大鳥船來接，因阻颶風，至七月初三日方到澎湖。初四日揚帆，初六日抵臺灣，經令協理刑官柯平、協理禮官葉亨延接館驛。平曰：『荒蕪海區，波浪險惡，有辱降臨。但此番敕書，定是孔元章有甚麼妝點處』？顏曰：『元章復命，力奏臺灣風景與內地無甚懸殊；且貴藩主向化之心有日，所以皇上大悅，特命內部重臣齎敕前來泉州，遣弟渡海，代宣德意，以安五省邊民。諸大人各有書致意』。平曰『苟能如老先生所言，則百姓幸甚』！著禮官都事黃策奉陪。平、亨持明珠等書回經。經雖禮待二使，而不肯接詔。惟開明珠書曰：『嘗聞安民之謂仁，識時之謂智。古來豪傑，知天命之有歸，信殃民之無益，決策不疑，委身天闕；慶衍黎庶，澤流子孫。名垂青史，常為美談。閣下通時達變，為世豪傑，比肩前哲，若易易耳。而姓名不通於上國、封爵不出於天朝，浮沈海外，聊且一時，不令有識之士為惋惜耶？今幸聖天子一旦惻然，念海濱之民瘡痍未復，其有去鄉離井，逋流海嶼，近者十餘年、遠者二十餘載，骨肉多殘，生死茫然。以為均在覆載之中，孰非光復之責？稅車閩甸，會同靖藩、督、撫、提宣諭宸衷，禮當先之以信，耑遣太常寺卿慕天顏、都督僉事季佺等聞於左右。閣下桑梓之地，無論聖天子痌瘝至意，所當仰體不遑；即閩之黃童白叟，大都閣下之父老子弟，而忍令其長相離散耶？況我國家與人以誠、待人以信，德意咸孚，遐邇畢達。是以車書一統之盛，振古無儔！窮荒絕域，尚不憚重譯來朝；閣下人中之傑，反自外於皇仁者。此豈有損朝廷哉？但為閣下惜之耳！誠能翻然歸命，使海隅變為樂土，流離復其故鄉；閣下亦自海外而歸中原，不亦千古之大快，而事機不可再得者乎？我皇上推心置腹，具有璽書。閣下宣讀之餘，自當仰見聖主至仁至愛之心。佇候德音，臨穎神往！……』云。
初七日，經大會文武，與天顏二使會議，曰：『本藩豈不能戰？因念生靈荼苦，故傚張仲堅遠避海外。一自癸卯東來，業已息兵。又何必深求耶？苟能照朝鮮事例，不削發、稱臣納貢，尊事大之意，則可矣』。天顏曰：『朝廷頻頻遣使招撫者，亦是憐貴藩忠誠，不忘舊君。若翻然削髮歸順，自當藩封，永為聖朝柱石。不然，豈寡樓船甲兵哉』？經曰：『先王在日，前後招撫者，亦只差「削髮」二字。本藩焉肯墜先王之志』？住旬日，各執意見，議未定。天顏欲其遣使報命，經令禮官葉亨、刑官柯平二人齎復明珠書曰：『蓋聞麟鳳之姿，非藩籠所能囿；英雄之見，非遊說所能惑。但屬生民之主，宜以覆載為心，使跂行啄息，咸潤其澤；匹夫匹婦有不安其生者，君子恥之。頃自遷界以來，五省流離，萬里丘墟！是以不榖不憚遠隱，建國東寧。庶幾寢兵息民，相安無事。而貴朝尚未忘情，以致海濱之民，流亡失所，心竊憾之！閣下銜命遠來，欲為生靈造福，流亡復業，海宇奠安，為德建善。又所傳「免削髮，不登岸」等語，言頗有緒。而臺諭未曾詳悉，唯諄諄以迎敕為辭。事必前定而後可以寡悔，言必前定而後可以踐跡。大丈夫相信以心，披肝見膽，磊磊落落；何必遊移其說？特遣督理行營兼管刑官事柯平、監軍兵部郎中葉亭等面商妥當。不榖躬承先訓，恪守丕基，必不敢棄先人之業，以圖一時之利；惟是生民塗炭，惻焉在懷。倘貴朝果以愛人為心，不榖不難降心相從，尊事大之禮。至通好之後，巡邏兵哨，自當吊回。若夫沿海地方，俱屬執事撫綏，非不榖所與焉。不盡之言，惟閣下教之！俾實稽以聞』。令天顏與季佺渡海入泉州。
顏與平議見明、蔡二位禮，天顏見其書，出語平、亨曰：『貴藩主書內有「麟鳳之姿，非藩籠所能囿」；人生天地間，惟昊天之子可云「不囿」。若貴藩主不囿於藩籠，是臺灣尚非其寄托也。又云：「英雄之見，非遊說所能惑」，此乃戰國之時，朝秦暮楚，非今日大一統之論也。茲九重之上，特布恩綸，遣大臣賫敕前來。余又以三品京秩啣命渡海，而以遊說視之，所謂擬人不於其倫也。至於「通好之後」句愈謬矣！夫兩大相偶，力敵勢並，始可謂之通好；通好者，議和之實。今我朝廷以四海萬國之尊，九夷八蠻，莫不來賓，而臺灣乃海外一隅，欲匹夫行抗，強弱之勢，毋論智愚咸知；今形於書內，是紙上甲兵，夫復何益？總之：今日之事不成，於朝廷無所損，成則於貴藩主有所益。而明、蔡諸大人是善體皇上之心，雖不深加過問，倘一朝上聞，則大事決裂，而不可挽回。大事不成，五省濱民，莫不歸咎於貴藩主，上干天和，端在此也』。平起謝曰：『老先生所教甚明，此掌椽者之過也』。天顏曰：『此姑置之。然明、蔡二位大人欽差入閩，雖公、督、撫、提見之，皆由角門而入，偏坐。汝二位報使，亦然』。平曰：『國有大小，使實一體』。執行客禮。如是數日未會，天顏乃設議於聖廟相見。柯、葉二人不敢抗，由角門而入。明珠大悅天顏有應變之才。柯平總執『朝鮮事例，不肯薙髮。世守臺灣，稱臣納貢而已』。議未成。明珠會耿繼茂、祖澤沛，許其「藩封，世守臺灣」題請。但既受封稱臣，豈有異其制、別其服乎？此是彼之使者，未通融耳。繼茂專書有曰：『國家欲延攬英雄，以安邊民，故不惜詔使前來。今既允藩封，予守臺灣，其侈已極！殿下既然稱臣，又何異制？大丈夫當誠來誠往，不必過於拘泥，徒費筆舌，僕僕於波濤之間也。……』云云。明珠合督、撫、提共書曰：『承臺教所示及使員所陳，並即上達宸衷。聖天子明見萬里，曲體其情。但以閣下為中國之人，不宜引朝鮮之例。閣下以荒外自居，朝廷以一體相待；九重至意，高厚何如？恭錄頒賜不佞等諭旨，閣下誠為捧繹，豈非大哉皇言，千載希遘者乎？夫稱臣納貢，既已遵國制，定君臣之義，譬猶父子。從無父子而異其衣冠，豈可君臣而別其章服？此薙髮一事，所當一意仰從，無容猶豫者也。況守臺灣，今恭蒙皇上不吝曲從閣下之孝，而尊一王之典制；閣下何不隨臣子之分？忠孝兩全，在此一舉；得失利害，決於片言！我皇上英明神武，事無輕發。今日之事，既允其留住臺灣，又許以高爵厚祿。聖主特出之恩榮，閣下以彈丸之地，躬逢其盛，而不以此時見機速斷，即循國制以副聖心，竊恐坐失機會，時不再來！不佞等披肝瀝膽，不惜盡言。仍遣太常寺卿慕天顏、都督僉事季佺，再渡海廣宣德意。願加三思，臨穎翹切』！仍令慕天顏、季佺同柯平、葉亨再往臺灣，勸鄭經遵制削髮。
經執不薙髮。天顏曰：『貴藩乃遁跡荒居，非可與外國之賓臣者比。今既欣然稱臣，又欲別其衣寇制度，此古來所未曾有。伏冀裁決一時，安享萬世』！經曰：『朝鮮豈非箕子後乎？士各有志，苟能如朝鮮例，則敢從議；若欲削髮，至死不易』。天顏見其辭嚴切，遂辭回。經復明珠書曰：『蓋聞兵刃乃不祥之器，其事好還。是以禍福無常倚，強弱無常勢；恃德者興，恃力者亡。曩歲思明之役，不佞深憫民生疾苦，暴露兵革，連年不休，故遂全師而退；遠絕大海，建國東寧，於版圖疆域之外別立乾坤。自以為休兵息民，可相安於無事矣。不謂閣下猶有意過督之，驅我叛將，再起兵端！豈未聞陳軫「蛇足」之喻與養由基「善息」之說乎？夫苻堅寇晉，力非不強也；隋煬征遼，志非不勇也。此二事，閣下之所明知也。況我之叛將逃卒，為先王撫養者二十餘年。今其歸貴朝者，非必盡忘舊恩而慕新榮也。不過憚波濤、戀鄉土，為偷安計耳。閣下所以驅之東侵而不顧者，亦非必以才能為足恃、心跡為可信也；不過以若輩叵測，姑使前死，勝負無深論耳。今閣下待之之意，若輩亦習知之矣。而況大洋之中，晝夜無期，風雷變態，波濤不側！閣下兩載以來，三舉征帆，其勞費得失，既已自知。豈非天意之昭昭者哉？所引夷、齊、田橫等事：夷、齊千古高義，未易冷齒；即如田橫，不過三齊一匹夫耳，猶知守義不屈！而況不佞世受國恩，恭承先王之訓乎？倘以東寧不受羈縻，則海外列國，如日本、琉球、呂宋、廣南，近接浙、粵，豈盡服屬？若虞敝哨出沒，實緣貴旅臨江，不得不遣舟偵邏。至於休兵息民，以免生靈塗炭；此仁人之言，敢不佩服？然衣冠吾所自有，爵祿亦吾所自有；而「重爵厚祿，永世襲封」之語，其可以動海外孤臣之心哉？敬披腹而言，仰祈垂鑑』！復繼茂書曰：『捧接華翰，有「誠來誠往，延攬英雄」之言，雖不能從，然心異之。殿下中國名豪，天人合徵，金戈鐵馬之雄，固自有在；然諄諄所言，無乃襲遊說之侈談，豈猶是不相知者之論乎？東寧偏隅，遠在海外，與版圖渺不相涉。雖泥落部曲，日與為鄰；正如張仲堅遠絕扶餘，以中土讓太原公子。殿下亦曾知其意乎？貴朝寬仁無比？遠者不問，以所聞見之事，如方國安、孫可望，豈非竭誠貴朝者？今皆何在？往事可鑑，足為寒心！殿下倘能以延攬英雄休兵為念，即靜飭部曲，慰安邊陲。羊、陸故事，敢不勉承？若夫疆場之事，一彼一此，勝負之數，自有天在。得失難易，殿下自知，亦毋庸贅也』。明珠、耿繼茂等知經恃波濤之險，未可招撫，遂同蔡毓榮進京復命。
九月，招撫之議不成。江勝據廈門，以不騷擾為事，輯和邊界；守將亦以寧靜是安。雖汛地謹防，而透越不時可通：有佩鞍穿甲追趕者，明是護送；即巡哨屢行，有耀武揚威纔出者，明使迴避。故臺灣貨物船料，不乏於用。時邱煇自踞達濠有年，橫行無忌，官軍無奈之何。所有擄掠婦女，悉系臺灣船隻販買，因而室家日多。煇欲以其眾歸鄭經，遺人到廈，謀之江勝。勝許為汲引，煇具啟投，勝為轉陳稱：『邱煇少年猛勇，船只廣多，兵士精壯。今踞達濠，實為粵東南面之勁旅。願投藩前，效力圖報』。經得啟，下六官酌議。陳永華曰：『招降納叛，自古皆然；況邱煇能糾眾備船，獨踞達濠。今傾心向化，舉眾來歸，理應收錄，庶可以鼓舞豪傑』。經是之，以為義武鎮。遣人齎印劄，到達濠授煇。煇集廣、惠亡命以相助，且善為交通接濟，貨物興販，而臺日盛。
康熙九年庚戌（附稱永曆二十四年）三月，鄭經以廈門、銅山、達濠諸島業有鎮將；而舟山、南日一帶守者系初附之將惠安人阮欽為，但其心未敢深信，況烏合而未經操練，當遣一將統之方可。陳永華舉原奇兵鎮黃應老練諳熟，堪為將以制之。經令應統柳索、呂勝、藍盛、楊正數健將，配船前來，與欽為協守。欽為見應等到，陽為交好，心實貳焉。每欲投誠，尚懼呂勝猛勇。值會約分船巡哨，欽為與其眾密計乘清晨勝起梳櫛，欽為讓勝先，勝又讓欽為先。欽為遂起椗帆，詐作拖流之狀，礙勝船。眾各執器械頂船，一槍刺死勝，並收其船，入泉州見提督王進功投誠。授部劄副將，移駐四川（後以平臺功，官南澳總兵）。
康熙十年辛亥（附稱永曆二十五年）沿海豐熟，而臺灣秋禾大收。鄭經飭諸島守將，勿得侵擾百姓，與邊將相安。
康熙十一年壬子（附稱永曆二十六年）正月，統領顏望忠、楊祥會啟：『願領兵船征呂宋，以廣地方』。馮錫范曰：『呂宋乃黎國埠頭，其地並無所產；況年已納貢桅舵。今若征之，有三失焉：一、師出無名，有失遠人之心。二、殘擾地方，得之不足為吾臂指。三、欲守之，有鞭長不及之勢。況年來安守，幸爾豐熟，豈可妄興無益之兵』？遂止其議。
康熙十二年癸丑（附稱永曆二十七年），廣東平南王尚可喜疏請「歸老遼東」，朝廷允之。平西親王吳三桂、靖南王耿精忠（忠，繼茂之子，茂於壬子歲死，忠系襲封）亦相繼奏請如平南王例；俱報可。
八月，精忠密與麾下諸將謀欲於遷行日反，密請漳浦人黃鏞（渾號「六匏朥」）為翻譯，賫書過臺灣通鄭經。其書略曰：『孤忠海外，奉正朔而存繼述；奮威中原，舉大義以應天人！速整征帆，同正今日疆土；仰冀會師，共成萬世勳業。……』云云。經大喜，隨整船隻，調撥各屯屯佃，歸伍分配。
十月，經舟次澎湖待之。時臺省言：『三藩並撤，供應浩繁，當漸次舉行』。部覆未上，而雲南欽差大臣與馬寶不睦，寶性暴，殺大人，禍及總督、撫、提，三桂遂舉兵反。長驅至楚，楚撫棄長沙。湖南郡縣，望風叛。報至京師，即停移兵平南、靖南二處。詔至，精忠與眾謀稍定，令鏞過澎湖止經。經亦以其愛嬖死，回臺灣。
浙江巡撫范承謨陞福建總督。抵任後，見閩地百姓無依；雖曰「開界」，而堡臺限守，嚴禁依然。遂上疏曰：『竊惟古今之時勢，有常必有變；人臣之謀國，有經必有權。茲當滇南告警，變起倉卒。一切關係疆場之事，有斟酌權宜、可濟時變者，則不得概執守經之說，以疏於事先而忽於未然也。臣就閩省目前情形，為我皇上陳之：閩人活計，非耕則漁。一自遷界以來，民田廢業二萬餘頃，虧減正供約計有二十餘萬之多。以致賦稅日缺，國用不足。而沿海之廬舍畎畝，化為遷外；老弱婦子，輾轉溝壑；逃亡四方者，不計其數。所餘孑遺，無業可安、無生可求，顛沛流離，至此已極！邇來人心遑遑，米價日貴。若不安插，倘飢寒逼而盜心生，有難保其常為良民者矣。我皇上停止海界之禁，正萬民甦生之會；而閩地仍生以臺寨為界，雖云展界墾田，其實不及十分之一。且臺寨離海尚遠，與其棄為盜藪，何如復為民業？如慮接濟透越，而此等遷民，從前飄流忍死，尚不肯為非；今若予以恆產，斷無舍活計而自取死亡之理。即釘麻油鐵、絲綢布帛，皆奸商、巨賈、勢豪、土棍有力者之所辦；窮民亦無此資本，何由而濟？如慮逼近■〈舟宗〉侵掠；夫海賊可以登岸之處不過數所，餘皆海潮湧入之小港，時湧時退，不能停泊。若設防兵，守禦要害，則寇亦無隙可乘。設立水師，原為控扼岩疆；未有棄門戶而反守堂奧之理。目今多事之時，海逆不無窺伺。伏乞皇上允臣相度形勢，應仍舊者，照舊防備；應更換者，奏請更移。務使將領不得偷安，自無以糧齎寇之憂、無透越接濟之弊。兵既衛民，民不失所，此扞外安內之要著也。從來富國強兵，莫有過於漁鹽之利。閩自禁海以來，利孔既塞，是以兵窮民困。目下青黃不接之際，追呼雖頻，輸將仍緩。兵丁乏授食之需，引領協濟。各省處處添兵、在在索餉，安能及期協濟乎？今惟有請照「木筏取魚」事例，容漁戶沿邊採捕。每十筏，聯一甲，行以稽查、連坐之法。遇開港之時，止許隨帶乾糧，不許多攜米榖等物。令就近將領，率防兵巡哨，督押漁筏，朝往暮歸，仍照編甲次序，灣泊內港，聚集一處，以便稽察。其採捕之魚，十取其一。以充國課。此項錢糧，或接濟兵餉、或借給遷民；如有盈餘，或存貯備修船隻。一舉而數善備焉。事有可行，臣則相繼設施；如不可行，決不致貽邊疆之患。此兵餉裕而國用自足，荒田墾而流離可輯，催科緩而人心共安矣』。
十一月，因雲南、貴州、四川三省及楚南有事，通行各直省督、撫增修武備。耿精忠心不自安，疑有所圖。況其部下惑於圖讖之語，有曰『七星再拜真天子（時福州火災，布政司直街七井，一望了然），分明火從耳邊起（火、耳，是耿字也）；殺盡三山牛出血（三山，福州別號也），身騎白馬軍中止』。……之句，以惑精忠。忠心動，意決。遂招集亡命，積蓄糧糗，私造器甲。范承謨窺忠有異志，業差人往河南聘進士王子玉、驍將王進（即王老虎）；又探尋河南充軍進士郭景汾，來閩備用。王進途次浦城，為精忠所知，差人截候，輿藏藩府，謨茫然也。
康熙十三年甲寅（附稱永曆二十八年）二月，精忠逆形頗露：部曲整齊，門守嚴謹。有勸承謨『不可同城，恐遭其害。當借出巡以避之，據延、建、汀、邵上游，號召七閩之師於峽西，可以制之』。謨曰：『若如此，是逼其反也，使彼有名』。不聽。三月十五日，各官應赴藩衙，謨欲託病不去。而巡撫劉秉政到署邀同往，謨不疑，偕行。甫入大門，砲響，甲兵突出執承謨。守備廖有功見有變，拔刀挺衛，獨力難支被殺。承謨遭擒，罵『負國逆賊』不去口，秉政直奔入府內。福州知府王之義、建寧同知喻三畏、閩縣知縣鞠維謙、侯官縣知縣劉嘉猷，一時失驚，慌忙無措。欲馳出避難，悉為甲兵砍死。時精忠有密令：『凡文武官員走入府內與不動身者，活！奔出者，斬』！故秉政奔入。遂反，令軍民剪辮，自稱「總統兵馬上將軍」。囚承謨於幽室，四環重壁嚴兵以守之。精忠復差黃鏞過臺灣，請鄭經會師，且以全閩沿海戰艦許之。『貴藩將水、吾將陸，江、浙唾手可得也』。
經得書，以陳永華留守東寧。令侍衛馮錫范督諸鎮船隻先行。經統左武衛薛進思，右武衛劉國軒同六官等，繼至廈門。
精忠以巡撫劉秉政為總制使，提學道張文韜為吏曹，陳望雷、廖廷雲為戶曹，金鏡、林日光為禮曹，蔣得宏、王子玉為兵曹（子玉號東珣，藩下參領也。好翰墨。薦高兆，號雲客，為樞密院博士。至乙卯，子玉卒，精忠乃用蔡紹儀為吏曹，即郭景汾也），李似桂、鄭章為刑曹，夏季旺為工曹，蕭震為福建承宣布政使司，呂應斗為兵備道。以其叔耿繼美為左將軍，星夜兼程趣浦城，奪踞仙霞關。以曾養性為左軍都督，出溫州。以叔耿繼善為宣威左將軍，星夜兼程趣邵武，奪踞五福、杉關。以馬九玉為饒騎將軍、江元勳為中軍都督、王進為左都尉、徐光武為中都尉、朱鴻弼為右都尉、福州城守副將王可就為前都尉、楊明為前將軍、郭秉興為總兵、原黃岩鎮總兵武狀元武灝為錦衣衛正堂。差官持令箭，於十七日到興化府，興化總兵馬惟興搶掠剪辮反。十八日，到惠安縣，守將提標前營守備郭維藩同知縣彭翼宸剪辮，劫城中百姓反。十九日，至泉州，提督王進功剪辮反，縱兵焚劫。郡中大亂，南、西兩街並譙樓，搜掠徹夜。次日，遣標員呂彪齎敕印，赴省納款。精忠授進功為平北將軍、何可化仍為興泉道、王者都仍為泉州知府。起南安知縣劉祐為行人司、用福州隆武舉人林之木為晉江縣。獨同安城守張學堯與晉江水師營李尚文約束所部，無犯百姓草木，亦剪辮反。泉屬諸邑皆下。
二十二日，到漳州府。海澄公黃梧時背生疽。汀漳道陳啟泰聞之，即單騎馳中軍吳淑署，商議守禦之策。淑曰：『有公臺在上，非弟所能主』。啟泰是之。馳見黃梧，梧曰：『兵民嗷嗷思亂，恐制馭不得』。泰會其意，知無同志之人。遂回衙，差役市棺二十二口，舁入衙內。將二子交託李倫，以為宗祧計。其妻、妾、眾女、嬖倖者，悉令其更衣自縊。有幼女哭不肯死，泰抱之上弔，且叮曰：『兒爾先走！爺隨後就來』。悉入於棺，虛一柩以自待。令傳漳州知府胡獻琛、同知張全、通判賈登科、龍溪知縣利在三等入，獻琛等以『時勢使然，奉勸老大人姑暫順從以待時』。泰笑曰：『大丈夫苟能竭力與有心人共事，是為臣子之職分也。既無同志之人，而又力不能禦，惟有各盡其事而已！本道無他，傳爾輩言別』。令人開川堂門，諸屬員見其棺橫滿屋，咋舌嗟嘆。泰從容自若曰：『諸君姑待之，煩為吾收殮』！望北叩頭起，以手中縐巾自縊，面不改容。胡獻琛等哭拜地下，為之收殮（泰字大來，遼東蓋州人。鄭經登岸，聞其忠貞慷概，令屬縣設祭。備儀仗鼓樂，禮葬於漳州東之坂。迨康熙丁巳年平復，聖祖仁皇帝賜祀其廟。越戊午，聖祖再行福、漳二府祀典。謚曰「忠貞」。蔭其二子，長汝器，官至安徽巡撫。（東旭評曰：從容盡節，慷慨成仁。甲寅殉難，惟公一人）。是日黃梧剪辮反，遣員齎印敕赴福州納款。
當吳三桂之將反，差祝治國、劉定先齎書二、札一、諭二，於二十五日到海澄見趙得勝。勝開三桂諭，有曰：『將軍臨行之時所陳言語，至今寤寐不忘。北方奸謀叵測，行調余等歸旗，內中未免有不善之處。特差該員祝治國、劉定先齎來耿藩書一封、鄭藩書一封、黃海澄札一封、興化總兵馬惟興諭一封，將軍斟酌鄭氏之書如何送出、耿藩之書如何送投，黃海澄之札不妨直與之，馬惟興將諭差人送去。速會馬惟興起兵，會師錢塘。耿藩顧戀不決，但渠甲兵不願北行，將軍一呼，自能相應，此機不可失。將軍勇略過人，毋庸余之籌瀆再酌也』。勝覽畢，大喜曰：『正逢其時！但鄭藩即欲到廈，不須渡海。且先往漳州何如』？治國、定先從得勝議，隨入漳州見黃梧。梧閱三桂書，有曰：『柯敞一疏議撤，所以不敢即撤者，以鄭人尚在耳。清朝非有真心愛公，公亦何必戀戀而愛清朝乎？趙將軍乃不佞心腹舊將，忠誠可以貫日月。當與之戮力同心，共伸大義，以享茅土……』云云。梧厚待治國、定先。亦即送二人抵福州見精忠。
四月，黃梧因前月署中被雷震，心不安，出居於橋仔頭墟園亭。入門少頃，雷從地又起，愈懼。不數日，背發疽，延諸醫不能治，而瘡大潰。梧忖不能免，令其子芳度拜中軍吳淑為叔父；曰：『耿藩復明，鄭賊寄寓，虎視眈眈，其實可憂！小子年輕，藉公念夙昔之交，善為照顧。余往九泉，亦瞑目矣』！淑頓首曰：『爵主安心，天必多相。苟有不幸，淑自當披肝瀝膽以扶公子，爵主毋多慮焉』！遂與度同拜。梧令左右腋淑先起。次日，梧疽疼發，難堪而死。淑恐城中乘虛有變，嚴整隊伍，令其胞弟潛、族弟智，文、友，分守四門。又令朱武、蔡隆、陳驥（即陳甲也）、賴陞等，斂兵守公署。又以黃翌、黃芳各帶親信健將，腋芳度左右，然後發喪。而耿精忠以平和公封梧印敕至，淑率諸將護芳度，拜襲受封，統領全軍。淑又教芳度出家帑招兵，收拾城池，製器甲、蓄糧糗。
海澄總兵趙得勝、漳浦總兵劉炎俱剪辮繳印敕反。精忠加得勝為威遠將軍、劉炎為定遠將軍（炎戊戌武狀元，由內侍出任汀協，後擢漳浦總兵），仍檄炎差員出接鄭經。炎隨遣胞弟煜往廈門接經。經雖優禮煜，煜見廈門瓦礫滿地、茅草盈野，船隻散處停泊，民居寂寥，心甚輕之。歸對炎曰：『海上兵不滿二千、船不過百只，安能濟事』？炎以其弟言報精忠，忠信之。即通行各沿海邊界，照前禁例：「寸板不許下海」！絕鄭經來往。
祝治國、劉定先至福州，見精忠。忠復書會師，令二人歸國。治國等仍回海澄，齎三桂書出廈門，見鄭經。有曰：『令祖舉全閩投誠，大有勳勞；橫遭俎醢此百世必報之仇也。令先王存心大義，九死靡他，誠大丈夫特立獨行！每言及此，未嘗不嘆為偉人也。己亥進圍金陵，徒以聲援不繼而還。欲揚先人之名、雪家門之恨，惟此時為然。殿下少承先志，練兵養威，知為觀釁而動。今天下大舉，正千載一遇，時不可失。殿下速整貔貅，大引舟師，徑取金陵；或抵天津，斷其糧道，絕其咽喉。此奇兵乘虛，乃捷奏萬全；復累世大仇，洩神人共憤，何快如之』！經厚賞治國、定先，答其書曰：『聞殿下忘家為國，不顧其子，欲伸大義於天下，不禁雀躍。既慶朝廷之光復，又喜所懷之不謬，故獻一言：自古成天下之大業，必先建天下之大義。以殿下之忠貞，而擇立先帝之苗裔，則足以號召人心，而感奮忠義。不佞所以區區道及，亦欲依日月之末光，早建匡復之業。枕戈待旦，以俟會師之舉爾』。遣監紀推官陳克岐、副將陳文煥同祝治國、劉定先往湖廣報命。經遂訓練士卒，修整舟師，密令黃興、楊信入泉、漳各處招集以為援。又差兵都事李德，駕船往日本，鑄永曆錢，並銅熕倭刀器械，以資兵用。戶都事楊賢回臺灣，監督洋船往販暹羅、咬■〈口留〉吧、呂宋等國，以資兵食。另諭與留守東寧總制使陳永華：『調土番暨佃丁六分之四，前來廈門聽用』。
福寧州總兵吳萬福聞精忠反，差官至，拒之，不放入城。遂整飭部伍，繕修城池，以便禦敵。但萬福平日貪克寡恩，部卒咸怨之。精忠知萬福拒使不從，遣曾養性統兵攻萬福。福登城督禦，其眾鼓噪殺福，迎性入。
於是全閩皆下。但精忠欲反時，慮漳、泉下游文武不服，故遣黃鏞渡海，請鄭經以作聲援。迨見不數日，馳數騎片檄，而得全閩。且曾養性出寇浙右，平陽總兵蔡朝佐剪辮反，應之，共屯兵飛雲渡，窺瑞安。守瑞安副將吳三畏（武狀元）斂兵守備，請救於溫州總兵祖弘勳。奈勳業與養性通，按兵不動。性據江劄營，密遣一旅從沙園渡江，犯溫州。祖弘勳聞提督塞白裏同黃岩總兵阿爾泰提師至北岸溪灶，遂令其眾鼓噪乏餉。六月朔日，集道、府、廳、縣登華蓋山大觀亭議事。弘勳曰：『行兵當以糧餉為先。今糧餉不足，眾譁然而起，誰能制之』？溫處道陳丹赤曰：『賊將臨城，戰則在公；餉則在我，再不致有一日缺食』。永嘉知縣馬玠曰：『提督現報屯溪灶，我們率兵民共守此城，俟賊勢稍衰，窺其隙而破之。至於糧餉，自當策應，毋煩鎮臺過慮也』。弘勳曰：『諸公有所不知：今三藩並舉，四方響應，識時務者當體天順人，立功業以垂不朽』。丹赤以手中扇指曰：『公出此言，豈不負朝廷委託封疆重任乎』？勳大怒曰：『豎子無狀』！左右揮刀斬丹赤手。從役林義出扶，被砍。馬玠呼曰：『似此，豈不反了』！遂遭殺。二公罵不絕口而死。玠姪穎姿、家人張亦寶出衛，俱遇害。府、廳諸屬，咸跪下，願從弘勳剪辮反，接養性入城。飛騎報喻三畏。畏計窮，遂降（丹赤字獻之，別號青城，辛卯科鄉薦。福州府閩縣人。丁巳恢復，以其事上聞。贈通政使，謚「忠毅」，建祠溫州府華蓋山，春秋祀之。而永嘉知縣馬玠不與焉。至康熙四十二年，聖祖南巡，詢當時事，方贈玠布政使司，謚「忠勤」。又御書「旌勞葵忱」四字扁額，賜建「雙忠祠」，合祀於華蓋山上。玠字奉璋，登順治甲午科鄉薦。陝西武功縣人。子逸姿，恩蔭江蘇布政。丹赤子一夔，恩蔭浙江運使）。養性大合其眾，寇黃岩。黃岩總兵阿爾泰亦剪辮反（按養性侵犯浙江，提督塞白裏接應蔡朝佐反，會同黃岩總兵阿爾泰，提師至溫州北岸溪灶地方。忽而祖弘勳反引養性過新橋，攻樂清縣。白裏恐截其歸路，退守寧波府。八月十九日，養性進屯海坑，又令水師張拱垣率船二百餘號，入泊海澳。白裏遣寧波城守遊擊任惟我同其本標左營遊擊王英，領兵往援。迨養性密通阿爾泰，泰亦剪辮反，遂進踞椒山、小梁山、蔡嶺、白塔山諸處，連營數十里，窺迫臺州，勢甚猖獗。時，隨征福建提督段應舉領師戰浮橋頭，失利，臺州危急。白裏率其中營遊擊洪元、前營遊擊胡鏖同王英、任惟我往援，屯師雙門，離臺州八十里，相拒。十月，鑲藍旗貝子王富喇塔提師至，兩相對壘。越次年乙卯六月，象山副將羅萬里反，合養性斷臺州、寧波糧道。七月十五日，富喇塔命副都統吳申、巴圖魯李爾塔布等八旗，集仙居縣。用王英計，假收毛坪，暗渡烏岩。於八月初八日奪涼坪，踞半嶺，救援臺州。（按：王英，本姓吳，泉之晉江人。投誠，隨標浙江，見知於提督塞白裏，保英為中營遊擊，屢立戰功。後召平閩，任同安總兵。題復本姓。繼從施琅平台有功，歷任提督，掛「威遠將軍」印）。又耿繼善同易明、朱飛熊、羅尚之等出江西，陷廣信、徽州二府。尚之陷徽州，驕悍橫虐，肆惡難堪；又強佔民間聘女。百姓憤甚，遂密請大師，乘夜入擊。尚之勢虛，棄城遁，出仙霞。江元勳有江山縣之捷，追至衢州府清湖。有行家毛念一者，凡藩院差官來往，悉住行中，因而精忠亦知其名。癸丑（去年）十月，精忠密諭毛念一，令其招集亡命，以作取仙霞關計，未免招搖。杭州將軍同知差夸蘭大帶騎兵五百，前來擒拏念一，時未知精忠之變。精忠慮杭州探知來奪仙霞關，即差耿繼美同江元勳領金槍手一千，限其十日兼程搶關。繼美駐劄浦城，江元勳督眾出關。至江山縣東岳廟前，遇我師。遠望手執排鎗，誤為紅棍，直沖而來。被元勳發槍攻打，傷失僅存二三。勳乘勢追至衢州府，未敢奪城，只踞銅錢嶺。後將軍喇哈達、都統賴塔提師到，奪回。元勳退屯九龍山，康親王駐劄金華府。元勳屢爭銅錢嶺，哈達與塔力禦之。後精忠又遣馬九玉至衢州，與元勳不睦。忠以中軍都督權交九玉，以右軍都督與元勳，召勳帶本部兵回閩，守興化拒鄭經。於是聲勢大振，有悔請經意。迨接劉炎啟云：『鄭氏附居廈門，孤懸海外，一片荒蕪。負犁既無其人，採樵又乏其山。兵不過數千，船僅數百只而已。藉舟楫以為居，乘波濤而剽掠，安能成其大事？當擯絕之，切不可與通往來！聚集亡命，擾我邊疆，為害不淺……』云云。精忠意愈決，通飭邊汛，不許往來。
經見精忠禁嚴，差協理禮官柯平入福州見精忠，責其背約。精忠謂平曰：『歸道爾主，各地自守，毋作妄想』！平回報，經大怒。令侍衛馮錫范督右武衛劉國軒、左虎衛何祐、戎旗一鎮林陞、戎旗二鎮施陞等，攻同安。時精忠差員請王進功入省，諮詢機宜，召同安城守張學堯協防泉州，又令水師遊擊華尚蘭守同安。故錫范至，尚蘭開城迎降。學堯聞報，自泉整旅反救不及。其眷口已送廈門，計窮亦降經。經授學堯為左先鋒鎮掛盪鹵將軍印。以同安知縣鄭麟彩有廉名，復知縣事。同人施鳳亦帥舟師來降，經授鳳為元宿鎮（鳳即施亥，後改名明良）。尋而施琅子施齊亦至，改姓王，名世澤，授為女宿鎮。精忠徵興化總兵馬惟興出仙霞關，以右都尉王進代之。又徵平和公黃芳度兵，度遣原同安總兵黃翌率步兵千人應命。復徵海澄威遠將軍趙得勝兵，勝不應調。精忠檄至，趙得勝虞有不測，差陳自良出廈門降經。經令宣毅前鎮江勝入海門，會得勝。表封得勝興明伯、左提督。經調劉國軒、何祐回，以鄭畛為思明知州，將同安、海澄二縣屬焉（按：經承父例，總兵以下皆自委任，如公、侯、伯及提督，必修表請封，然後出印諭）。
王進功至福州，謁精忠。忠禮待甚厚，撥中尉徐光武書室與居。周旋繾綣，總不令回泉。進功思忖忠意不善，必欲一網打盡。即密買鄉民，馳書夫人並子藩錫，囑其『謹防圖謀，速當為計！爾輩若在，吾可不死。爾輩若所為失算，則無噍類矣』。夫人與藩錫隨謀之總領王如虎。虎為夫人計，當傳五營商議，夫人是之。密傳五營兼管中營事葛天英、右營張漢相、前營魏其志、後營王耀，告以將軍來書意。天英等雖然陽許，心甚狐疑。適精忠羽檄徵五營兵將出仙霞關，文書疊至。繼報王進領兵即到，五營將領意方決，協力扶夫人。精忠以王進勇略夙望，將吳萬福眷口家資配之，以結其心，命鎮守興化，代馬惟興出仙霞關；因欲圖王進功，馳諭令其兼程抵泉，與城守賴玉謀抄進功家。王進隨率所部千人至，屯劄城內南教場，縱橫威福。朝夕與賴玉、戴國用、李尚文往來，計議甚密。葛天英等五營見進有覬覦意，亦督兵提防。如虎甲不離身，率所轄親隨，日夜護衛衙門。進與玉計：『五營兵馬繁多，難於下手』。又差人飛啟精忠。忠隨撥右都尉朱鴻弼帶騎兵五百、步旅一千，前來泉州接應。夫人聞報，隨請葛夫英等四位入內謀曰：『將軍被困在省，賴玉與王進二賊共相謀圖。今又報朱都尉領兵即至，其禍不遠。吾聞先發者制人，當速下手！不可遲延，坐受其害』。天英曰：『夫人毋慮，籌之熟矣。就在明早初一，英等上王進衙門回，同城守等順上夫人衙門，可令王領旗帶兵埋伏左右，以砲為號，先殺賴玉，然後分兵攻王進』。夫人許之。即令出，各自為備。王進接精忠檄，知朱鴻弼領兵將至。忙與賴玉議曰：『五營將士心大疑惑，恐朱都尉兵至必生變。當先下手為是』。玉曰：『兵無主帥，五營雖各調遣，亦是各自為備，無能為也』。進曰：『非此之謂也。形跡已露，若不速舉，必為所算。今朱都尉兵一二日必到，可於初二日與公合兵攻之』。玉曰：『可』。六月初一早，葛天英等上王進衙門回至南街，賴玉欲別英等分路回署。葛天英曰：『可到大衙門走走』。玉辭不去。天英正色曰：『將軍雖不在家，夫人、小主尚在，豈有不投手本之理』？玉聞天英言，揆於禮有缺，遂勒轉馬，同天英往提督衙門。藩錫知玉到，差人出請。玉等甫至二門，而外砲響，伏起，砍死賴玉，擒戴國用、李尚文等。即會兵分道攻王進。進聞賴玉被殺，五營兵至，隨令餘丁搬百姓椅棹門板諸物填塞各巷。親督所帶健勇，據南教場與戰。王如虎首先沖入，被王進一箭傷額，幾乎墜馬，眾軍趕上救回。其餘各將，緣督調乏帥而無號令，沖突相持，至晚按守而已。進登塗門樓，遙望泉港船隻如葉，疑請海師來合攻。是夜，以羊弔之點鼓，剪香長短而放砲，令軍士飽食，結束啣枚，開塗門逸去。朱鴻弼騎步兵將至，聞賴玉等被殺，王進逸去，其隊亦各散回。六月初二早，天英等知王進乘夜逃回省城，藩錫遂出戴國用絞於市，而將及李尚文。泉人感尚文聞變日束兵有法，並無擾害，齊赴轅門請救。夫人從民請，釋尚文。葛天英等恐王進往省必請師整甲復來，隨與夫人謀降鄭經，夫人許之。藩錫令監生吳公鴻往廈門納款投降。
耿精忠聞同安之失，繼報海澄復歸於鄭經。即遣馮國銓到廈見鄭經，索地請和。欲以沿邊海島屬經，不禁往來，通商貿易。經笑曰：『天下乃我太祖之天下，與爾主何干？況漳、泉系本藩父母之邦，又是爾主請本藩渡海，戮力匡勷，共扶明室，故本藩不惜跋涉，提師前來。豈墨跡未乾，遂爾背約？本藩蓄精銳，屢欲西問，恨未有便。以前日之全盛，尚欲與之爭衡吳越；今爾區區一旅，何足道哉』？國銓無以對。議不成，銓回省。
經接公鴻請，仍以江勝守廈門。令左先鋒鎮盪鹵將軍張學堯為帥，督角宿鎮華尚蘭、亢宿鎮施鳳、女宿鎮王世澤、戎旗四鎮馬成龍、戎旗五鎮高明等，從同安陸路進，會師泉州。經統侍衛馮錫范、左武衛薛進思、右武衛劉國軒、左虎衛何祐、宣毅右鎮吳世德、戎旗一鎮許耀、戎旗二鎮林陞、戎旗三鎮林定並六官等，從大擔，由泉州港而入。王藩錫聞經提師至，親率葛天英等五營甲兵，迎鄭經入城。經出示，稱永曆二十八年，安民。表封藩錫為錦衣衛指揮使，管理提督事務。以何可化、王者都、林之木仍居原職。用漳浦縣知縣喬甲觀為泉州府同知（甲觀，進士。漳浦知縣。與劉炎不睦，炎反，恐炎害，托往鄉徵糧，遂遁廈門依鄭經）。擢魏其志為大監督。以王如虎為提督前鎮、盧仁為提督中鎮、戎旗三鎮林定為泉州城守。其餘各官，照舊供職，次第陞擢。又令劉國軒、何祐等，督兵平七邑。
忽陳克岐、陳文煥同祝治國、劉定先使荊州，復同其禮曹錢黯回，呈上吳三桂書，略曰：『舉兵大義，進取情形，屢書已悉，不復贅及。茲五月十一日貴使陳文煥等到不佞軍前，獲讀華函，忠義之氣凜然，故國之思彌切！不佞積憤三十年，困心衡慮，有不可盡白於人者！殿下能洞見本懷，萬里精神，孰意其契合如此！先朝盛德，何日忘之？然藉擁戴以呼召人心，乃草創故智；不慎於始，後必終凶。項氏之於義帝、諸劉之於更始，可鑑也！使大勢既定，親賢自不乏人，與天下公議之。一德同心，宣化之例何必遜古人耶？倡義除暴，首當削號，故改為「周」。且列國即位改元，春秋正例，師古正名，竊附斯義耳』！經覽畢，嘆曰：『吳藩萌念已差！不但不能取信天下，號召英雄；實為後世羞耳』！厚待錢黯，令回報命。
平和公黃芳度，雖墨絰視事，少年勇猛，又能推心置腹，不吝獎賞，故士卒樂為之用。見同安、海澄二處歸鄭經，遂與吳淑謀曰：『鄭人原系世仇。今既逼近，未可與絕。當暫負屈交好，再作商量』。淑曰：『此論誠當』！遣黃恩齎啟往廈門修好，有曰：『芳度荷恩早世，依蔭今茲，宜負弩以前驅，敢乘塵而後至？緣罪在誅殛，非喪面不得自寬！即量加優容，然捫心安能無愧？既為天壤間無所逃之罪，竊比魚鳥之飛潛；自計百十口凡有生之年，總望雷霆之生育。進盡忠、退補過，豈敢比於事大之小國？生捐軀、死結草，冀稍圖乎贖罪之微愆』。經厚待恩。手復慰諭，有曰：『茲際光復，事屬而父。果能傾附，當棄前愆。…！』之語。時精忠以張全為汀漳巡海道。全從福省回，曾繞道抵廈門謁馮錫范，然後到任（四月時，經尚未到廈，故謁錫范），又與城守副將劉豹善。芳度疑全密有所謀，召淑議曰：『豹轄三營，同居一城。倘有外意，將奈之何？當急除之，絕去內患』！淑得令，越日黎明，率賴陞、陳驥、吳智、吳祿、吳友、翁火、孫許連、楊仁、許開、李英等攻其營。劉豹不及召兵，自率親丁，據門與敵。手刃十餘人，眾寡不敵，被殺。淑令割其首，而劫其家，妻、女、子婦俱溺園池死。並擒其左營遊擊程士然、海道張全，斬於市。芳度統其眾而轄之（附記：劉豹曾在四川，殺姜總兵一家投誠。姜最善一大師。是夜，師夢姜來囑曰：『我欲往福建漳州府平和縣黃家投胎報怨。煩師二十年後來相望』！師於甲寅正月間雲遊至漳，謁劉豹出。忽門外喝聲，避道旁。仰觀芳度相貌，與姜總兵無二。隨詢店主人：『此何官』？主人曰：『乃海澄公大阿哥黃變舍也』。師又問曰：『何處人氏』？答曰：『平和人』。師點首，隨到公府轅門打坐。適芳度出，見之，即延師入書室。談吐如舊識，又供午齋。送之出，依依攜手，至北街頭方別；況變舍素不喜僧，眾大異之。後豹果為芳度所殺。迨芳度被經磔於市，而師復至，立於臺畔，朗誦經懺。觀者問之，師以前事詳述，飄然而去。漳之人士多聞此段因果）。迨見經入泉州，勢愈熾，心甚憂之。吳淑曰：『鄭經之政悉出於馮錫范，當多賄賂，以結歡心。暫且歸附，徐作後圖』。度從淑議，密遣人致意錫范，願附門牆。范大悅，收納珠幣，許之。差者回覆，芳度方遣朱武齎印敕請降，並送錫范厚禮。范果為芳度說辭，經折矢為信，允其降，表封芳度德化公、加前提督，仍鎮守漳州。范答芳度鹿銃一百門。以葉亨為漳州知府。
潮州總兵劉進忠與續順公沈瑞同城。瑞年十一襲職，部議以瑞年幼，未諳軍旅，所有一切諸事，暫聽副都統鄧光明主決；俟長成日，交與瑞。光明秉權驕傲，薄視進忠，每事相忤。迨至甲寅正月，因吳三桂變，各自為備。光明全旗居南，而進忠與民居北。遂於城中立柵為界，日則開市；夜則關鎖，撥兵守禦。平南王尚可喜聞知，遣員排解者再；雖陽為好，陰各懷憤。至三月間，進忠心腹旗鼓楊希震從福州回，於念六日即聞精忠反。進忠以漳、潮接壤，恐有不虞，調兵操演。光明疑希震回，有成約，愈提防。進忠又以同城不睦，終非善計，託瑞表兄金四轉求瑞之姑為次子媳，則兩家可以釋然。瑞母許可；與光明言，明曰：『彼一匹夫耳！世爵之女，安肯與偶』？遂止。進忠聞之，心愈恨。光明結城守參將張善繼、領標左營兼管中軍遊擊事李成功二人，約於四月二十一日進忠父壽誕（先一夜必與父煖壽）無備，功同善繼欲率兵從北門金山抄進忠衙後放火殺出，光明砍柵相應。因謀不密，為進忠所知而預防。於二十日申刻，功與善繼上晚衙門，入川堂坐未茶，進忠喝：『擒之』！二人稱『何罪』？忠曰：『罪實無。汝印與兒子呢』？二人無以答（成功恐光明不信，遣其子並印為質），隨禁於幽室，令左右看守。是晚，進忠披甲督兵，加意備禦。光明令甲士飽食，選健勇餘丁，執利斧以待。守終夜，闇然不見火起。至天明，探知謀洩，張、李被擒。乘其方開柵，揮兵沖殺。進忠立斬成功首級，號令李雲、林天貴、張煇、蔡大茂、趙承業、曾成、洪經邦、劉玉、鄭廷選、曹應鳴、毛興等，分街與戰。又令楊希震砍城之北門，渡溢溪（今惡溪是也），奔分水關劉炎處請救（按：曾成後投誠。隨施琅平台澎，官碣石衛總兵。應鳴後投誠，征吳三桂有功，官山東總兵。又按：潮州雖設總兵，城守城禁以及城門鎖鑰悉系光明主收）。光明沖殺數十次，終在街衢艱於馳射，總不能勝。至晚各罷兵，取百姓椅棹木料堆列柵邊，防夜間沖突，以絆馬腳。二更劉炎兵至，登華架山，焚燬店屋，砲聲轟天。次早，從北門入城。光明勢孤，自縛同其義子岱、子于國璉，跟沈瑞露頂捧印敕，步行詣進忠轅門投降。忠以瑞年幼未諳，收其印敕，仍尊上座；親與光明解縛，罪歸國璉，令斬首。出瑞眷口於韓山，從劉炎往漳浦，聽精忠命，進忠遂剪辮反。精忠加進忠為寧粵將軍。其餘文武，照舊供職。
平南王尚可喜接潮州反報，隨飭提督嚴自明修備，訓練士卒。一面題請進剿。進忠知粵省整師，即遣人往精忠處請救。忽報同安、海澄二縣歸鄭經，繼報漳、泉亦降。忠思粵師將動，閩援已阻，如之奈何？亦遣葛天魁往泉納款。經表封進忠為定鹵伯右提督，加潮陽協鎮馬應龍為殄鹵將軍，黃岡協鎮武弘謨為破鹵將軍，馬興隆為潮州城守，蔡茂植為澄海鎮，江德中仍任惠潮道。黜知府魏魁祥、海防仇昌祚。用程鄉知縣王仕雲為潮州知府，鎮平知縣張弘算為海防，擢經歷童士超為海陽知縣。其餘原職視事（興隆即楊希震。收復後，被朱天貴所害。植字錫朋，澄海學生員。後投誠，任達濠副將。雲字望如，江南進士）。
尚可喜以潮州之變題報。奉旨著其征剿。可喜令次子將軍之孝同都統聶包督騎兵二千，到惠州會提督嚴自明調全省綠旗官兵合剿。七月，師至蔡潭，用遊擊高亮楨為先鋒，列營揭陽之新墟。
進忠聞粵師將至，與諸將商議禦敵。蔡茂植曰：『前日郝鎮被圍，因不守葫蘆山之故。今當豎柵葫蘆山，以作犄角』（葫蘆山近城之西北）。進忠然之。隨督眾拆西北南三隅民居，圍柵葫蘆山。自西至北，外開濠二道，深一丈，闊七、八尺。設立砲臺與城相顧（丁巳恢復，潮州總鎮一等侯馬三奇會提督侯襲爵，題請築城垣）。進忠知之孝等雲屯新墟，令李雲帶騎兵三百，每日瞭哨，伏部兵以待。之孝偵其有備，未敢突進。初十日，之孝差人與進忠說：『廣城王爺有信，亦欲剪辮。都是一家，明日班師』。進忠賞其使，尚在疑信間。十一早差李雲往探，果空其城，營壘尚在，寂無一人。詢之附近，云：『夜半去矣』。雲回覆進忠，忠亦以為是。迨至午刻，突見竹篙山兵馬雲集，砲聲不絕。進忠方知之孝詭計，從楓洋小路偷過。即斂眾守城。十四日，進忠令李雲、趙承業、林天貴、張煇、蔡大茂、洪經邦、劉玉等督眾六千，分隊而出，沖搶營盤。奈大雨傾盆，水深二尺許。之孝以兵營未固，恐乘雨沖突，不許騎步卸鞍甲。遠依岸林園圃埋伏，虛豎旗幟。而李雲等率眾沖入，見是空營，知中計，遂抽出。被之孝揮軍合擊，互相砍殺。雲等傷死千有餘人，收其眾，入城堅守。二十日，聶包謂之孝曰：『欲攻賊城，先當奪葫蘆山』。之孝是之。包率輕騎十餘匹，環視其可破之處，以便進攻。不虞城北金山上發一門冷砲，聶包傷死。之孝大悲慟，收殮。飛報尚可喜。喜嘆惜之。令固山王國棟督兵前來。
鄭經時方與耿精忠爭泉州，接劉進忠請救，即遣殿兵鎮楊奕、援剿後鎮金漢臣，航船進援。復遣宣毅右鎮吳世德來援。於八月初二日到，劄東面燕子山上（時之孝自北溪埏圍至南溪埏，其南中央有鳳凰洲系進忠據守，故東面一路尚可通往來）。
初四日，世德與進忠、漢臣約：『於二更渡河，三更劫營』。忠與漢臣各肅隊伍，出伏河邊以待。至三更將盡，不見世德至。時秋天氣涼，將士腹飢。漢臣會進忠，以世德不果來，遂抽其眾入城。世德於是夜宰豬羊犒賞，效甘寧法，挑選一百二十人執掌號，故失其更約。渡河，業已三更將盡。四更，至濠邊，偵者探回云：『闃無其人』。世德疑漢臣從別道先進奪其功；不然，豈有爵主相約，而不出兵之理？即著鄉導引路，越濠砍柵，喊殺掌號而入。國棟果無備，人不及甲、馬不及鞍，連失營盤十餘座，退至羊陂岡之孝大營盤，天色微曙，騎兵屯集山上，見賊夥無幾，齊下禦之。世德見無兵接應，遂不敢前。發令曰：『宜退兵！執掌號與失軍器者抬有傷軍士先行，餘徐徐而退，不可造次』！世德抖擻精神，奮勇接戰。退，則國棟揮騎兵進。世德按隊止，則騎兵亦各猶豫而止。城東守將趙承業，忽聞西南角有喊殺聲，馳報進忠。忠忙披掛率眾，開西門欲出應，世德退至濠邊，無失一人。國棟見有援師，亦即收兵。世德此役恨漢臣之賣己也。初六日，進忠移世德全師入城。
廣東巡撫劉秉權督師至潮，巡視諸柵，見東南水中央鳳凰洲一營截據。回謂之孝、國棟曰：『鳳洲若不奪，東路難圍。宜合攻鳳凰洲。固山汝督一旅禦城中出援，弟與將軍率所有之師，並取鳳凰洲』。之孝各自為備。劉進忠偵知劉秉權到，即會金漢臣、吳世德、楊奕諸鎮議曰：『秉權素有韜略，今統師至此，必奪我鳳凰洲。此洲若為所奪，則東路不可通。敢煩一位統兵出守，方保無虞』。進忠之言，意屬世德。奈世德因前劫營之役不接應，憤於懷，默而不答。俄而金漢臣起應曰：『弟願出守』。進忠遂揖曰：『公若去，弟誠有幸矣』！漢臣即帶所部眾並親隨一營鄭廷選、二營鄭添等，出據鳳凰洲。十六早，劉秉權乘天微明，率傾國之兵，渡河搶奪。然鳳洲沙地，豎柵難固。權督步兵以「不空歸」拋上，一拖即倒。漢臣與添等力戰死。廷選見勢不敵，忙向南洋脫去，鳳凰洲遂得。進忠見兵奪鳳洲，親督精銳騎步，出沖數十次，總為王國棟勁旅堵禦，不得救援。後見柵破失守，即斂眾入城。
續順公沈瑞聞之孝督兵至潮州，與詔安巨族沈家梓聯宗室（梓，進士起津之子。後瑞兵退黃岡，王一新率莊卯等攻其樓，家梓被殺）；又密結詔安遊擊邵良臣，欲據詔安縣相應。瑞提師至黃岡，詔安營兵偵知，盡披甲上城。良臣聞兵擅自登城，亦上敵樓喝曰：『蠻子可惡！未得吾令，敢擅專披甲上城』？大旗莊卯應曰：『賊兵業報到關，不得不披掛防守』。良臣愈怒，罵不去口。卯憤向前，眾兵從之，良臣遭砍，及其家丁王春等。都統張夢吉、宋文科提兵至，知良臣被殺，圍其城。雲霄營參將劉成良令千總王一新領眾來援。夢吉與文科抽回，據黃岡，進兵潮州。適鄭經又遣右虎衛陳寵航船從拓林登岸，遇文科兵於停福舖，大戰。寵少怯，退筆架山，而破鳳凰洲兵又到。寵無壕柵，不敢據守，即抽其眾入城。進城，急斷浮橋，遂困潮州。
王進自泉州奔回，駐劄興化府，飛報精忠；以孤軍深入，眾寡不敵為辭，請益兵同馬九玉取泉州自效。精忠許之，益騎兵三千、步兵二萬餘。又令兵曹王子玉同都尉朱鴻弼統兵一萬，由汀州入漳會劉炎師，克期合攻。王進得兵，聲勢大振。九月，隨率眾進屯惠安。然進素輕南兵，以泉州之役，孤軍城中，尚且戰終日而逸出；況今兵多將廣，益驕橫無忌，任眾焚掠。鄭經聞報，遣右武衛劉國軒為帥，統兵出禦。國軒嚴陣以待，相持逾旬。
忽吳三桂差禮曹員外郎周文驥齎解和書到，有曰：『頃接大章及錢黯回口述，知與耿殿下大有異議。耿殿下乃殿下唇齒之邦、輔車之勢，分兵速進，則兩相資也；持疑拒守，則兩相斃也。釋仇人而凌與國，忽遠慮而爭目前，利害相懸，奚啻什百？且大仇未滅，何以家為？以天下之大，犁庭漠北之勢，普天率土，皆我輩所並建；而寧於擒虎逐鹿之初，矰■〈矢敫〉未施，遂於門庭先分畛域，示仇人以隙耶？伏惟殿下，鑑我愚忠！不佞刻期定荊武，本擬誓師北渡；但念先朝，便當揚帆建業，期與殿下、耿殿下縞素三軍，展拜孝陵。一切大計，期賜指南者甚多。殿下智勇絕倫，當不待余辭之畢，而兩家早為親睦矣。將軍趙得勝，一生忠直，不佞之所深知。已諭其善為調停，務期兩地和好，速爾進兵，示義於天下後世非淺也』！經厚待文驥，送之福省見精忠。
十月，王進屢出騎哨，偵望國軒營壘。見軍威嚴整，未敢逼戰。退屯楓亭，列營二十餘里，作長蛇勢。軒聞進退兵，笑曰：『王進老無能為，非是矯兵，實懼敵也』。自率輕騎往覘，令大隊繼進。猝遇於塗領，戎旗一鎮許耀奮勇與戰，國軒督所鎮分股從中擊之，進大潰。至叮噹關復戰，耀抖擻再鬥。進不能敵，奔興化府。軒追至郭外，進閉城。軒仍引師還屯楓亭，報捷。以許耀首功，擢陞右虎衛。
十一月，經以漳州黃芳度既降，潮州圍久，而漳浦劉炎從中截據不附，又結連兵曹王子玉、都尉朱鴻弼師，欲從中興兵（按子玉與鴻弼統眾至平和，被德化公守將賴陞邀擊，故從間道抵漳浦合劉炎）；即令侍衛馮錫范為帥、興明伯趙得勝副之，督左虎衛何祐、宣毅前鎮江勝、宣毅右鎮許貴、前衝鎮洪羽、元宿鎮施鳳、女宿鎮王世澤、奎宿鎮鄭國選、戎旗一鎮林陞、戎旗二鎮林應等，由海澄進攻漳浦。得勝遣趙山到漳浦說劉炎，炎不聽。
耿精忠聞王子玉等兵敗於平和，乃遣蒲日興到泉州與鄭經修好；書曰：『日者諸藩建議之舉，原從中原大事起見，共圖恢復，以協天人。弟之所以勉力興師者，雖為吳王，亦以踐臺約也。今事當創始，而每有爭地爭城之釁！夫閩地縱是殿下父母之邦，亦先王世守之土也。前以恢復中原為重，故彼此曾有成言。今中原尚虛逐鹿，而釁端突起鬩牆，殊不可解。方今西北連兵，望救甚切，非我輩游移觀望之時。惟冀殿下俯念吳藩及弟前約，捐小忿而圖進取！勿使海內豪傑，謂我輩自相矛盾，怯公戰而勇私斗也』。經厚待日興而報書曰：『天下乃我太祖之天下。侈言天下，豈不羞乎？且請弟渡海者誰？令弟毋作妄想者誰？絕不與弟來往者誰？夫子有云：「人而無信，不知其可也」！「勇私斗而怯公戰」，弟亦不得已耳！如果欲修好，當踐前約』。精忠自知理短，又遣董一年、王世翰再來泉州修好。議未定，劉炎知鄭師由海澄而來，調雲霄營遊擊劉成良同中營遊擊馮友魁率眾守羅山嶺。
十八日，錫范師次不孝嶺。成良與魁列陣嶺下，與敵。錫范令何祐、江勝二將擊之，殺其千總杜養體、戎旗龍得雲等，大勝。祐、勝尾追過嶺，至打石山，又敗王子玉軍。直沖至北門，門幾不及閉。劉成良已從東門過渡，帶所部回雲霄矣。錫范督眾用天砲銃打入三門，悉落衙中，滾壞房屋數十間。炎母大懼，逼炎。炎無奈，請降。錫范報捷，經授炎前鋒鎮，掛蕩虜將軍印。另修書並幣帛，遣使到漳浦縣，令錫范親詣灶山，聘隱士張若仲並弟若化二人（若仲字聲玉，號決巒，庚辰進士。官益王長史。若化字雨玉，丙子舉人。官御史。甲申聞變，兄弟結茅隱於灶山，躬耕治圃，足不下山者三十餘年）。其聘書略曰：『天地閉而賢人隱，時固當然；龍彲絀而太公興，會亦無失。二位先生，強不變塞，智足周身。避亂何須遼東，養晦無煩土屋。先王雅相慕尚，不佞猶深景仰！紫色蛙聲相對，寧免窮民之哭；雲收霧罷乍開，應啟浴陽之顏。請同鴻冥以翩來，得就龍光而乞言。昔段干偃息，猶輔魏主；子房留侯，尚扶漢嗣。小子雖臧否之未知，先生其教誨之不倦可也』！二人竟以老辭，送錫范下山（東旭評曰：明月清風只自吟，高牙大纛非吾心）。
經擢趙得勝為總督，督諸軍救援潮州；錫范回泉州。劉秉權既得鳳凰洲，隨督兵渡河奪筆架山。會沈瑞、張夢吉、宋文科師，合困潮州。又令潮州知府閻奇英（原潮州府督捕廳，因解顏料入京方回，委任知府事）築砲臺河之上，下設柵二重攔之，並置鉤釣於水底，提防周密。因而焦勞太過，不五日得病死。王國棟於潮之西南用籧篨堆土遮衛馬士，上架大砲，日夜攻打。城崩百餘丈，進忠與陳寵、吳世德、楊奕等極力守禦，隨崩隨築。國棟架雲梯齊上，悉被葫蘆山上橫身砲所打，並城上大砲、火槍、火箭、火桶、噴筒齊下，死填溝濠，傷者不計。如此者三四次，城終不得破。迨報『漳浦已降，賊援將至』，國棟提騎步萬人，同嚴自明屯劄黃岡，出迎於石壁庵下。得勝令何祐、江勝、林陞三將出敵，祐奮勇爭先，連砍數人，國棟將高亮楨敗遁。棟遂棄黃岡，屯劄浮山。但以師老援強又虞城內劉進忠出而合攻，二十九日棄浮山回潮。得勝揮軍尾追，劄黃山坑。三十夜，之孝與國棟、自明等焚諸營盤，遁守普寧縣，連營新墟。
十二月初一日，潮州圍解，劉進忠出接趙得勝等軍。得勝師屯溢溪之後山，報捷。經得捷，調趙得勝提本部軍回，以劉國軒為劉進忠副。允留守東寧總制使陳永華薦，聘故明鄉紳癸未進士倪俊明（漳州人）、壬辰進士李其蔚（同安人）二人為參軍。以鄭省英為宣慰使，督錢糧；原昌密道吳慎為屯田道，清查屯田等租稅、爐稅、渡稅、酒稅、豬牙等項。又令各縣照臺灣事例，人有丁銀，每月每人五分，名曰「毛丁」；船計丈尺而納餉，名曰「樑頭」。以陳廷守督理泉州鹽務，馮錫圭督理漳州鹽務並雜糧，以給兵食。有永春縣馬跳寨呂華，見其剝削難堪，遂殺所差據寨。凡避科派者，悉往投之，用為羽翼。經遣中提督中鎮盧仁同後鎮張漢相統兵往剿，華設險守禦，不能破，傷失甚多。經又遣左武衛薛進思督兵合圍，未得下。
續順公沈瑞，當其與王國棟合兵圍潮，以其必破，故將全旗眷口於詔安搬出，隨安頓饒平縣。俟城開日，仍回鎮守。不意趙得勝一到，黃岡戰北，國棟撤圍遁去。瑞因眷口累，不得已遣人詣得勝軍前請降。勝許之，代為請經。時饒平土著人詹四，原饒鎮吳六奇標下為旗鼓，狡獪機智。恃族人多，境連大埔，諳熟可通；知瑞叔母系平藩尚可喜女，遂獻策於瑞曰：『海賊初到，潮郡方開，正歡喜倉忙之際，未暇及此。況固山駐劄新墟，計程不遠。可速差人星夜往省請兵，從大埔間道可達此，並會新墟之師，則潮州仍可圍困矣』。瑞用其謀，即差心腹將兼程抵省，見可喜。又令詹四招健勇充伍，修整城池砲臺，蓄積糧餉。進忠果以久圍新解，兵馬雲集，未暇旁掠諸縣。後用澄海鎮蔡茂植奪澄海縣、英兵鎮李虎奪揭陽縣、宣毅左鎮邱煇奪潮陽縣。進忠正在犒師之際，忽報沈瑞在饒平縣招集好漢，修整城池，必有異謀。忠即遣人往饒平請瑞來潮議事，並窺探虛實。沈瑞禮其差而虛應之。差者出，即薙髮據城，遣人往廣東催援。進忠接沈瑞據城報，令何祐督施鳳、鄭國選、馬成龍、李雲、趙承業、鄭廷選、洪經邦等先入攻圍。又慮新墟進兵，令中鎮陳璉、揭普鎮張朝瑞與水師鎮毛興守揭陽縣。楊奕率其部眾會達濠丘煇、將軍馬應龍等守潮陽縣。劉國軒等列營於桃山。以左鎮何鳴鳳、右鎮曹應鵠（後投誠，征雲貴功，歷山東總兵）同驍騎營張煇、領旗營劉承恩、親隨營楊樑等，守潮州府。自督林陞、江勝、林應、武弘謨、王世澤、王一新、劉成良、周鵬雲、朱纘、林天貴、蔡大茂、王繼邦等兵繼進，圍如鐵桶。用天砲銃打入，但城中池塘甚多，悉打落於水，不為害。進忠又令於西北、西南二角築臺駕砲，日夜不絕攻打。雲梯齊倚，悉被夢吉、文科督矢石藥桶擊打，不得上，方退，惟困守而已。夢吉、文科雖得一時獲安，但救兵不至，則將奈何？而又每每攻打，計絀待救。