順治十七年庚子（附永曆十四年）正月，偵者飛報：『將軍達素滿騎首程已到福州』。成功集諸提鎮、參軍議曰：『彼因江南之敗，欲乘我喘息未定，前來攻擊。候彼整船調兵，必於五月。斯時南風正盛，江、浙沙船未必敢出；惟慮粵東而已』。周全斌曰：『粵東船隻，六櫓、八櫓只好守港。若出汪洋，非彼所長。至於碣石之蘇利、南洋之許龍，雖然陽奉，亦戀棧之馬耳，豈敢離其巢穴？若漳、泉之師，分頭敵之，必可破也』。功曰『爾料誠當』。隨馳檄南澳忠勇侯陳霸，準備船隻，防敵蘇利、許龍。又另檄銅山忠匡伯張進出熕船於宮仔前遊颺，以作南澳援師；謹守八尺門砲臺，以備陸路渡江。
二月，成功令工官馮澄世兼工修整諸戰艦備敵，又調南北汛各提鎮到廈門聽令。
三月，將軍達素到泉州，會總督李率泰、提督馬得功、海澄公黃梧，就泉、漳各港之石碼、海澄造鳥船、熕船，搗剿兩島。又知會兩廣總督李棲鳳、碣石總兵蘇利、南洋總兵許龍、饒平總兵吳六奇。又調寧波、溫、臺各港船齊下。
時有總督旗牌張應熊密領率泰孔雀膽一枚往廈門與其小功弟張德。因德在成功處為廚子，謀欲乘其會諸將議事，要用點心時，一齊毒死。德雖喜富貴之陡然，奈心中終懷疑畏，遂將其事轉託徒弟王四。四大喜，許之。德隨告病在家等候。王四於成功會議取點心時，每欲下藥，則渾身寒戰。候捧者環立迫催，下之弗及，迨其取去則心安。如此者屢，四甚恐怖，乃歸告其父耀。耀大驚曰：『事主而害之，不忠也；受託而背之，不信也。寧為負信，不可不忠。覆宗滅嗣，豈可為之？宜速首無罪』！即同四持孔雀膽告成功。功曰：『吾乃天生，豈人能害』？重賞耀與四，即差護衛擒德全家。德到，低首無言，惟叩首稱『該死』！欲擒其兄應熊，供稱『已去三日矣』。功令發出教場，令武士萬箭射死。後應熊偵知，報率泰。泰嘆曰：『「謀事在人；成事在天」。果不虛也』。厚賞應熊。火催各港速整船隻，以候會剿。
四月，成功改建威伯右提督馬信為提督驍騎親軍，同忠定伯林習山守烈嶼。以輔明侯林察為水師總督，督中衝鎮蕭拱宸等往崇武，禦泉港水師。二十六日，報『泉港水師船二百餘號出到祥芝澳，陸兵登岸。其船傍山邊而行，來泊圍頭，兵仍劄營』。功隨差快哨馳令與林察，將所帶戰船回泊劉五店禦止圍頭水師，勿使入同安港。戎政王秀奇、楊朝棟總督高崎等處，宣毅左鎮黃安協同兄泰守金門城仔角，右虎衛陳鵬、遊兵鎮胡靖、殿兵鎮陳璋守五通、高崎，陸路援剿後鎮張志為水師應援，宣毅前鎮陳澤、宣毅後鎮吳豪守倒流寨，中衝鎮劉俊守蟹仔寨，智武鎮顏望忠守赤山坪，右衝鎮蔡祿守東渡寨，仁武鎮康邦彥守神前，後衛鎮黃安、左衝鎮郭義、前衝鎮劉巧、援剿前鎮林明往同安港游颺邀敵，閩安侯周瑞、忠靖伯陳煇、援剿右協楊元、援剿右鎮林順、正兵鎮楊富、護衛右鎮鄭仁泊南山邊以防海澄出來之師，前提督黃廷、右武衛周全斌、援剿左鎮黃昌率赶繒船十只，內裝硝、磺、棕、麻、火器之類，寄泊狗子嶼、劉石，以備燒船。著英兵鎮陳瑞保護家眷暨諸提督文武眷口。又曉諭廈門兵民婦女，撥水師洪善等船盡載過烈嶼、金門，而空廈嶼。功率陳堯策、劉國軒、洪天祐、戴捷、薛進思等在鼓浪嶼尾觀敵發令，撥洪旭在鎮海旗尾接應。
時總督李率泰正知會將軍達素、提督馬得功、海澄公黃梧、同安總兵施琅各港齊出師，合攻兩島。忽有偽鎮右虎衛陳鵬差人密款，奉令守高崎地方，欲放空砲，接五通師渡過廈門；廈門得，則成功遊魂易於撲滅。率泰納其降，即飛催粵師合擊。
五月初八日，滿漢官兵悉配在船，俱約初十日齊出。是日黃梧督諸船乘潮落出海門。功方遣陳堯策持令箭，坐快哨遍傳各鎮諸船不許擅自起碇！當看藩主帥船號砲連發，方許起碇迎敵。如違者斬！正傳到周瑞熕船，而海門師大至。堯策不及馳去，與瑞督眾戰。戰逾時，被火藥所焚，全船沉沒。繼至陳煇，煇揮眾死拚，損傷過半。煇見勢危情急，下艙發火。跳過船者，適逢艙中火藥沖起，燒死甚眾。餘卒疑為計也，咸不敢過，煇乘遲疑，砍斷碇索逸出。成功見周瑞船已焚沉，陳煇傷損棄碇；而黃梧率舟師雲至。功執旗劍顧問左右曰：『流平否』？左右答曰：『流已平矣』。成功曰：『流平則潮轉，潮轉則風隨之，速發火砲，俾諸船起碇迎敵』！遂連發三砲。諸船得令盡起，各發斗頭熕。功囑何義守坐駕，自下八槳快哨，來往催戰。時近午，潮湧風發，四處齊進。而鄭泰又命水師鎮蔡協吉率趕繪船二十只，從浯嶼繼進，合馬信、洪旭、黃廷、林順、周全斌等諸大船於鼓浪嶼後象鼻前，橫攻焚殺。梧船風不利，潮又逆，互相觸壞，眩吐昏迷，強立不定，遂潰，僵屍滿海。有船三只，見圭嶼，欲攏岸，舵公不允，眾疑有異心，殺之。登岸遙望，乃海中孤嶼，是絕地也。欲再下船，成功船已蟻至。無奈抽矢出刀，據岸拒之。功見有四百餘眾，遣馬信折箭為誓招之。諸人計窮，乃投刀矢降。後亦被成功溺於海。
其出同安港將軍達素、總兵施琅駕船趨高崎以應陳鵬約。但鵬謀投誠，全鎮部將悉僉名號；獨不通知其左營陳蟒，以蟒樸實故也。我師恃有約，船未到岸各爭先上。值蟒一隊站近水，見滿漢兵皆已棄船登岸，勢急，不俟號令，即率其所部向前。我師意為來迎，不防。蟒發砲，死者過半。殿兵鎮陳璋聞砲響，以為陳鵬發令，亦喊聲合擊。水師吳豪率船抄其後圍攻。所有先鋒船隻悉沈水陷於淖，十僅一、二歸而已。鵬愕然計左，亦揮領兵林雄、領旗協劉雄、前衝營劉俊，亦從東擊下。遂大勝，報捷。成功知陳鵬有謀，未敢聲破，恐其急變。反密遣洪旭前去稱賀，以安其心。旭得令，挑選健將二十猛，坐小快哨一只，由竹坑抵高崎，離有里許上岸。鵬左右報旭至，出接，見旭從者二人。旭又深揖恭賀，以得非常勳勞。贊其用賺兵半渡而擊之計，雖古名將不過是也；稱羨不絕口。鵬以為機關未洩，談笑自若，設筵款待。酒畢，旭告辭出，而不即行。停步營前，指其所擊之處，搖頭咋舌，稱其功真大焉。又說藩令概不許起碇，致閩安侯五軍之死。行三五步止，又大贊藩主料風起必從潮，主問潮平，發砲一戰，遂勝，真神算也。又行三五步停止，回顧鵬左右數十好漢佩大刀隨之。旭冷笑曰：『吾與爾鎮主交最厚，今日到營拜賀大功，不過爾鎮主見我遠來，步送江邊，未盡之談，再為繾綣。何用佩刀跟隨』？鵬聞說，亦笑，退其左右，只存管家一人而已。旭又行，又停步，又高談，如瀉瓶中之水，滔滔不竭。直賺至江邊，作揖相辭。而舟中二十猛士飛奔，擒鵬下船，駕駛而去。迨營中望見，欲趕來救，業到半江，軍士鼎沸。殿後鎮陳璋同刑官程應璠至營，出成功諭，僅數鵬通謀罪狀，與眾無干；軍乃安。旭解鵬至，成功問以縱敵渡江，若非蟒與璋，則今日之地已屬他人矣。鵬啞口。成功遂出鵬於教場，令寸磔以示眾。擢陳蟒為右虎衛，統其軍；何義為左虎衛，陳璋為宣毅左鎮。
六月，發諸鎮眷口並百姓婦女回廈門。偵報：『粵師吳六奇遣其左營馬嵩帶兵至潮州，劄於韓祠之左，為刺客所殺。蘇利、許龍船雖出港，見南澳有備，未敢進前；惟遊颺觀望。迨報閩師失利，亦各斂軍還』。成功雖喜大勝，終苦彈丸兩島，難以抗天下兵。集洪旭、馬信、黃廷、王秀奇、陳煇、楊朝棟、林習山、吳豪、馮澄世、蔡鳴雷、薛聯桂、陳永華等商議：若得有一處，方可以進戰退守。諸人無以應，但持南北固守為對。功曰：『吾聞臺灣離此不遠，意欲整師奪踞，何如』？吳豪曰：『臺灣前乃曠野，故太師曾寄跡其間；今為紅毛所踞。現築城二座：一在赤嵌、一在鯤身。臨水設砲臺，又打沈夾板數只，紆迴曲折於內港。凡船欲入者，必由砲臺前經過；若越此，則船必觸犯沈夾板而破。堅固周密，將二十餘載。取之徒費其力』。成功聞言，亦中止。
七月，成功遣兵官張光啟往日本借兵。
十月，將軍達素回京。成功欲整師下粵，報原浙江監國魯王殂於金門，令兵部侍郎王忠孝禮葬於後浦。
十一月，出使日本張光啟回稱：『上將軍以其前出兵損失，堅意不允；僅助銅熕、鹿銃、盔甲、倭刀而已』。
順治十八年辛丑（附永曆十五年）正月，徐孚遠從滇歸，而粵東路阻，趨龍門之安南，安南國王欲孚遠以臣禮見。孚遠說系天朝使者，守節不屈。國王亦懷成功威，不敢加害，禮重之，置船送孚遠回。見成功，陳說劉九皋、劉之清途中陣亡，惟周金湯與孚遠至永安見帝。帝命李定國出師，戰敗，孫可望投誠。帝被吳三桂所逼，議欲走緬甸。成功聞之，欷歔嘆息，而心愈煩。適臺灣通事何斌侵用揆一王庫銀至數十萬，懼王清算，業令人將港路密探。於元夕大張花燈、煙火、竹馬戲、彩笙歌妓，窮極奇巧，請王與酋長卜夜歡飲。斌密安雙帆並艍船一只，泊於附近。俟夜半潮將落，斌假不勝酒，又作腹絞狀，出如廁，由後門下船。飛到廈門，叩見成功。功問其來意，斌曰：『臺灣沃野千里，實霸王之區。若得此地，可以雄其國；使人耕種，可以足其食。上至雞籠、淡水，硝磺有焉。且橫絕大海，肆通外國，置船興販，桅舵、銅鐵不憂乏用。移諸鎮兵士眷口其間，十年生聚、十年教養，而國可富、兵可強，進取退守，真足與中國抗衡也』。遂出袖中地圖以獻，歷歷如指諸掌；並陳土番受紅毛之苦，水路變易情形。若天威一指，唾手可得。成功聞其言、觀其圖，卻如六月中暑得服涼劑，沁人心脾，滿心豁然。起撫何斌背曰：『此殆天之使公授予也！自當重報。汝勿揚聲，吾自有成算』。留斌於內，人莫知焉（評曰：誰料位將盡，翻然一著奇。深藏出意外，晝夜使人疑）。
成功既納何斌之言，又詳閱其畫圖，知水路不從砲臺前經過，胸中已有成算。次日，大會諸侯伯、提鎮、參軍等文武議事。功曰：『自攻江南一敗，清朝欺我孤軍勢窮，遂會南北舟師合攻。幸賴諸君之力，雖然已敗，但恐終不相忘。故每夜徘徊籌畫，知附近無可措足；惟臺灣一地離此不遠，暫取之，並可以連金、廈而撫諸島。然後廣通外國，訓練士卒，進則可戰而恢復中興，退則可守而無內顧之憂。諸君以為何如』？宣毅後鎮吳豪起身對曰：『前日藩主曾以臺灣下問，豪已經細稟；非豪之不用命，怎奈砲臺利害、水路險惡，縱有奇謀而無所用，雖欲奮勇而不能施，是徒費其力也』。功曰：『此常俗之見，不足用於今日而佐吾之一臂也』。黃廷曰：『臺灣地方聞甚廣闊，實未曾到，不知情形。如吳豪所陳紅毛砲火，果有其名。況船隻又無別路可逵，若必由砲臺前而進，此所謂以兵與敵也』。功曰：『此亦常見耳』。建威伯馬信曰：『藩主所慮者，諸島難以久拒清朝，欲先固其根本，而後壯其枝葉，此乃終始萬全至計。信，北人也，委實不知。但以人事而論，蜀有高山峻嶺，尚可攀藤而上、捲氈而下；吳有鐵纜橫江，尚可用火燒斷。紅毛雖桀黠，布置周密，豈無別計可破？今乘將士閒暇，不如統一旅前往探望：倘可進取，則並力而攻；如果利害，再作相商，亦未為晚。此信之管見也』。功曰：『此乃因時制宜，見機而動之論』。豪復執曰：『臺灣實豪屢經之地，豈不知其詳？既知其詳而不阻諫，徒附會其說以誤藩主大事，豪負罪多矣』。諸將議論不一。陳永華曰：『凡事必先盡之人，而後聽之天。宣毅後鎮所言，是身經其地，細陳利害，乃守經之見；亦愛主也，未可為不是。如建威伯之論，大興舟師前去，審勢度時，乘虛覷便，此乃行權將略也。試行之以盡人力，悉在藩主裁之』。楊朝棟亦倡言可行。功大喜曰：『朝棟之言，可破千古疑惑。著禮官擇日，命世子經監守各島。臺灣非吾親征不可』。議遂定。
是夜二更，成功禱天，效俗出聽背後言，以決征臺吉凶。忽聞一婦人唧譨曰：『國姓好死不死，留這一個長尾星，在此害人』。長尾星是吉兆，就於門上留一記號。次日，差衛兵到號處帶其婦人來見。婦人驚怖，魂不附體。功詢之，方知是出征兵眷。慰之曰：『莫怨藩主，此乃天也』。賞銀四兩、白麻五觔，令之去。即行檄南澳陳霸防備蘇、許二處。又撥郭義、蔡祿二鎮，帶本部兵士前往銅山，與張進協守，策應南來之師。又以參軍蔡協吉佐兄泰守金門。命洪天祐、楊富、楊來嘉、何義、陳煇，督船守南日、圍頭、湄州一帶，接連金門，以防北來之師。洪旭、黃廷、王秀奇、林習山、杜煇、林順、蕭泗、鄭擎柱、鄧會、薛聯桂、陳永華、葉亨、柯平等，又擢洪旭之子磊、馮澄世之子錫范、陳永華之姪繩武三人，共輔世子經，守廈門調度各島；時經年二十一。功自領馬信、周全斌、蕭拱宸、陳蟒、黃昭、林明、張志、朱堯、羅蘊章、陳澤、楊祥、薛進思、陳瑞、戴捷、黃昌、劉國軒、洪暄、陳廣、林福、張在、何祐（祐，渾號鑽子，漳州平和人。後投誠，征烏喇有功，官襄陽、梧州二處副總兵）、吳豪、蔡鳴雷、楊英、謝賢、李胤並其四弟襲，於二月初一日祭江興師，兵部尚書唐顯悅、兵部侍郎王忠孝、浙江軍門盧若騰、吏部給事中辜朝薦、右副都御史沈佺期、御史徐孚遠、光祿寺卿諸葛倬、監紀許國、進士郭貞一、林蘭友、蔡國光等並寧靖王、魯王世子、瀘溪王、巴東王暨留守各提鎮、參軍、文武郊餞東征。
初三日午刻，成功舟師齊出遼羅。是夜放洋。初四早，令人上桅看山。報曰：『澎湖山望見』。至未刻，抵澎湖，即收入娘媽宮；諸船悉到，無一失者。
初六日，功祭禱海岳，並巡視附近諸嶼。與眾將言曰：『臺灣若得，則此為門戶保障』。隨撥陳廣、楊祖、林福，張在等帶兵三千，留船十二只，守澎湖。
初七日，功下令曰：『本藩矢志恢復，念切中興。前者出師北討，恨尺土之未得；既而舳艫南還，恐孤島之難居。故冒波濤，欲闢不服之區，暫寄軍旅，養晦待時；非為貪戀海外，苟延安樂。自當竭誠禱告皇天並達列祖，假我潮水，行我舟師。爾從征諸提鎮營將，勿以紅毛火砲為疑畏；當遙觀本藩鷁首所向，銜尾而進』。
初八早，成功坐駕豎起帥旗，旁列五方，中懸龍纛。發砲三聲，金鼓震天。令洪暄引港船先面東而去，諸提鎮照序魚貫。至未刻，遙見鹿耳門。成功命設香案，冠帶叩祝曰：『成功受先帝眷顧重恩，委以征伐。奈寸土未得，孤島危居！今而移師東征，假此塊地，暫借安身，俾得重整甲兵，恢復中興。若果天命有在，而成功妄想，即時發起狂風怒濤，全軍覆沒。苟將來尚有一線之脈，望皇天垂憐、列祖默祐，助我潮水，俾鷁首所向，可直入無礙，庶三軍從容登岸』。祝畢，令人於斗頭將竹篙探水深淺。徐回報曰：『是藩主弘福，水比往日加漲』。成功復問曰：『加漲有多少』？曰：『加漲有丈餘』（評曰：舟速因風便，好如箭脫弦；於今又有水，凡事在皇天）。成功大喜，放砲、擂金鼓、打招旗與後面船隻好看跟蹤。又密令何斌坐斗頭，按圖紆迴，教探水者點篙，徐徐照應。轉舵揚帆，吶喊從赤嵌城而進（評曰：從來在將德，恃險終然寬；曲折百般計，今朝始見難）。成功即整隊登岸。斌請曰：『急圍奪倉廒，然後列陣進兵，恐其焚燬』。其守赤嵌酋長貓難實叮見成功大隊登岸，軍威赫耀，一面遣郎何機從鯤身請援，一面發砲。
初十日，成功令兵士每名草一束，圍屯赤嵌城。遣通事吳萬、李仲說實叮：『如不降，周圍放火焚之』！實叮懼，出降。功厚待之，令過安平說揆一王。成功克赤嵌城，加額曰：『此天哀吾，特賜此土以為安命』。命各鎮羅列安營（評曰：方除假面儺仍劇，未了殘棋局又新）。
揆一王當於元夕赴何斌之請，燈酒笙歌，酣樂達旦。斌雖乘月逸出，王以斌為困酒。迨次早覓斌無蹤，方知其遁，亦只疑其侵用，豈料引師奪國。十八日申刻，忽風雨驟至，潮水沖岸，聲振雲霄，聞者憚慄，直交子時方息。天明，王率諸酋長登城望海。影見一人幞頭紅衣，騎長鯨從鹿耳門游漾紆迴，繞過赤嵌城而沒。王與酋長面面相覷，稱異曰：『豈夢耶』？迨至三月初十日午後，遙聞鹿耳門外砲聲轟天，急集諸酋長登臺，持千里鏡照見許多船隻，旌旗飛耀。王笑曰：『唐人不知死活，敢犯吾境。著砲臺上火砲齊備，候船到時，接連而發，則無遺類矣』。歡笑自若。少頃，見首船轉頭向北而上，忽而回東，忽而轉北，從者悉依首船行，盡不從砲臺邊過。王顧左右荷蘭曰：『此港路從來泥沙淺汙，今日唐船何得無礙？豈不異哉』？一面令主砲者發砲，砲遠弗能及；一面令酋長黎英三帶兵落夾板出去截擊。迨至人齊，將申酉起風之時，正值潮起風發（臺地每於申酉時風甚大，今亦然）。俄而見大隊舟師已達赤嵌，兵士登岸列陣，軍威盛壯。王虞其逼城，將撥落夾板者吊起，即令黎英三從鯤身過援赤嵌。甫到三鯤身，遇郎何機，曰：「兵少難援，且回見王。此兵實天降，非傾國往救，安能禦敵』？王曰：『此從何來』？遂挑選排槍手，來日過赤嵌決戰。
成功早起，聞安平荷蘭擊鼓吹笛（即掌號）。功知欲出兵，傳諸將諭曰：『荷蘭無別伎，惟恃火砲而已。黃昭！爾可帶銃手五百名、連環熕二百門，分作三隊，前往鯤身尾，列陣以待，候他對攻。楊祥！爾可帶藤牌手五百名，從鬼仔埔後繞過鯤身之左，橫沖截殺。蕭拱宸！爾整銃仔船二十只，看彼隊伍將過七鯤身欲與我們交鋒，隨即搖旗吶喊駕駛，作過去攻城狀。彼兵見之，自然慌亂，不敢戀戰，破之必矣』。調撥已定，又令諸鎮列陣靜伏守候。荷蘭果行至七鯤身尾，方欲對壘，忽見赤嵌快哨搖動，欲過安平攻城，心遂虛。而楊祥領藤牌又到，跳舞橫沖。荷蘭愈慌，立陣不住，敗下，死者過半，退守其城。成功揮軍進圍，王死拒之。大砲時打，功亦不敢逼。雖督兵圍困，只鯤身硬路，其餘悉環水，而荷蘭又不時將百餘猛突出打銃，諸軍多被損傷。功令兵士斬竹作籧篨堆土環柵，七鯤身設立門戶，置砲臺以防之，於是軍稍安。
五月，黃安、劉俊、陳瑞、胡靖、顏望忠、陳璋等六鎮統船二十只至臺。功擢黃安為右虎衛。改赤嵌為承天府，楊朝棟為府尹。又設二縣隸之：一天興縣，以祝敬任之；一萬年縣，以莊文烈任之。
適世子經差兵部主事楊榮押送糧餉、軍器暨諸食物到臺，成功聞金廈各島咸寧；惟有謠傳東山蔡祿、郭義暗通黃梧，欲投誠。功隨發密諭，交楊榮回廈門與洪旭，令行單調二鎮帶全師過臺。『若遵令，則無他意；如遲延觀望，急除之』。旭接諭，差人往銅山傳藩令：『著二鎮帶本部兵，配所坐船隻，即往臺灣』。郭義遂整船欲東。蔡祿與其部將陳華、羅棟（華，漳之漳浦人，後投誠，官京口總兵；棟，平和人，後投誠，官重慶）謀曰：『不意藩令來如此之急』。華曰：『事已八九，豈可半途而廢』？棟曰：『恐二爺不允』！祿曰：『二爺是吾事。爾可速差人往海澄公處為要』！華曰：『今夜即去』。祿遂藏羅、陳二將於內，差人請義。義到，祿曰：『國姓信讒，以大兄之故（大兄指萬禮。前禮等同盟，以萬人合心，以萬為姓。萬禮即張禮，死南京。成功回廈，建忠臣廟享諸死者，以甘煇為首，次張萬禮。後有人怨禮，言其非戰死，是逃履水，忙不及去甲，溺死，豈可與陣亡將士齒？成功信之，遂撤去），懷疑我兄弟二人。我業已遣人投誠。我去，汝能保其無恙乎？不如俱去，何如』？義曰：『大兄雖不死於戰而溺於水，實亦沒於王事，非同謀叛者等。與汝我何干，而相疑至此』？祿一時無以答。其兄萬五（禮小功弟，即長林寺僧道宗也）擊榻曰：『君臣不可相疑，疑則必離。今者藩令來召，是疑之漸也。況臺灣新闢，荒涼之地，去者多不服水土；此決不可去。若召而不往，非臣子之禮，勢難兩立。七弟所見甚高，宜從之』。義意尚躊躇。道宗復迫之曰『自古，英雄棄暗投明；若當斷不斷，乃婦人之仁也』。義方決，祿即出陳華、羅棟二將，插刀立誓。即將船收回，聲言槓椇不堅，難以沖過橫洋，停泊修整燀洗。義、祿又將軍器密帶入城，欲謀並銅山，慮忠匡伯張進重兵，難於下手。
六月初一清晨，祿往關帝廟求籤，得第十七首，詩曰：『田園價貴好商量，事到公庭彼此傷。縱使機關圖得勝，定為後世子孫殃』。即喚廟祝張初向前諭曰：『本鎮欲奪一寨，不知此籤詩意，勝負如何？爾可解一解』。初接籤，讀完復曰：『依此籤意，隨去即得。稍遲，則有備無濟矣』。祿聞之，意遂決。傳陳華、羅棟並鍾瑞等率眾鬨說許龍兵上山。義、祿分據四門，劫隆武舉人忠匡伯張進衙（時有隆武丙戌科舉人林沃心在銅山，聞知道宗有「何物釋子壞長城，畏死何堪見乃兄」之句）。乃兄指萬禮也。（評曰：天意既如此，帝心怎奈何？一籤明說破，報應豈蹉跎）。進聞城中鬨，急傳親隨欲出。而門者奔報曰：『萬二、萬七反了！兵已圍城』。進忙懷其印，即從後門登山，向北而走。陳華尾追，進回顧曰：『爾不念夙昔乎？何相逼也』？華曰：『無他意，請本爵安民』。進曰：『吾將印交汝』。華得印便回。進欲越城，見無船隻停步，而祿又差羅棟至，進無奈回見二鎮，說之曰：『吾亦有心久欲投誠，奈無人為引。今既二公舉事，何不預知，使吾蔥忙？今若不棄，願與偕行』。祿、義大喜，隨出牌諭安民。進曰：『凡事尊讓之，可稱交善』。祿、義信以為然。初四日，進託病不出。祿促原察言司薛聯桂至，欲殺之。道宗衛救，祿雖陽許，而心未灰。桂懼，隨道宗住於九仙巖，朝夕不敢離。後同祿、義投誠，授江西督糧道。初六日，呂簇請進曰：『公既與二鎮合心獻城投誠，亦當整備，恐旦夕兵至，去無及矣』。進泣曰：『進海濱一匹夫耳！生逢亂世，受先帝恩重，位至伯爵。復荷藩主深信，共事恢復，委託土地之寄。今日失守，罪不容誅，尚有何面目與之同行再屈膝於他人』？簇曰：『公既如此，即當飛通世子，用計圖之』。進曰：『難矣！二賊用意深久，險阻必周。若他人謀洩，為禍愈慘，為丈夫羞』。簇曰：『然則坐以待斃乎』？進曰：『惟爾義俠可託，吾欲密置火藥數十桶環布臥室，請二賊入內議事，擲火與之偕亡。他兵無主必亂，爾然後按兵請救』。簇跪泣，受計。初七日，簇趨謂祿、義曰：『本爵恐廈門、南澳聞知，合兵前來，則甚費力。何公爺接應，至今未到，心甚憂焉。奈本爵忽染病畏風，尚有機密事不便傳述者，煩二位將軍入內計議』。祿、義聞請即行。將至府門，小鹿忽跳，遂躊躇未前，而請者又至。祿、義愈疑，隨詭答曰：『爾代吾轉覆本爵：原欲入內共商，適有緊急軍情難緩，俟明日來會未遲』。即反步回。簇急將語覆進。進嘆曰：『計不成矣，天也！吾盡吾心而已』。遂冠帶，揮呂簇等左右出。自投火藥，發霹靂如雷，黑煙滿天，而衙焚，忽進屍自天半下落於街。（評曰：開門誤揖盜，共事變為仇。無計堪鋤卻，從容願與休）。
初三日，鄭經接祿、義叛銅山報，即戒嚴，整船。初九日，又接張進賺計不成自焚信，遣黃廷、杜煇、黃元、洪天祐、何義、黃昌、楊來嘉等鎮，下銅山擒祿、義。南澳陳豹聞祿、義變，亦親督舟師會剿。祿、義知二處師動，於八尺門排渡通師過銅山。而海澄公黃梧同右路總兵王進功，督兵駐劄陳埭，令詔安營副將劉進忠帶兵過江接應祿、義（進忠後為潮州總兵）。
十九日，祿、義任眾搶掠，空其城，由八尺門投誠。黃廷合陳豹師登岸，遣將分道追弗及；惟謹守砲臺，安插餘民，飛捷報經。經令黃廷等回廈，陳豹仍歸南澳。以洪天祐同黃元相繼守銅山。
經自監守各島，仁慈儉卹，謙恭愛人；雖好學善射，但嚴毅果敢弗如厥父之風也。經聘尚書唐顯悅長子之女為妻，端莊靜正而不相得，故外多蓄狡童、騷婦為樂。時經四弟之乳母陳氏，年可二十六、七歲，雙眉如遠山淡掃，不施粉黛，光彩可人；且窈窕輕佻，語言丰韻。經見之，魂銷天外。然其母董氏家規嚴肅，未由接語。一日，經入內候母安，適從陳氏臥旁過。陳氏初起未妝，撥朦朧眼，嬌聲曰：『孝哉人子』！經遂停足窗外，曰：『好似睡起海棠初拭目、醉餘楊柳不勝衣』。陳氏嬌語答曰：『未逢恩寵先流盼，恐惹夢魂濕淚斑』？經逼近門首，以手招曰：『人眾非言語所。下午偷空到書院一話，何如』（評曰：野馬一時動，真難收住韁）？經請其母安出，廣稠之際，惟相視以目，傳情而已（評曰：徵笑傾人國，含情惹魂飛）。是日，經心不能主，如痴如醉。陳氏亦沾泥柳絮，欲逐春風，遂素服淡妝，下午託抱弟從眾於中堂，作匿影藏形之戲，互相躲避，各展其巧。陳氏乘便脫空至經處，經屏左右候之，急摟陳氏於懷，撫其背曰：『真可餐也』！藏於寶帳，共赴高唐之夢，恐人覺之急去。後愈狎暱，恍如佳偶；惟瞞成功一人而已。
是年，世祖章皇帝賓天，而今上即位，以明年為康熙元年，大赦天下。諸輔臣以閩疆連年用兵，傾費錢糧，而兩島何其未平？請旨切責總督李率泰與兵部尚書蘇納海。會海澄公黃梧一本，內密陳滅賊五策：『一、金、夏兩島彈丸之區，得延至今日而抗拒者，實由沿海人民走險，糧餉、油、鐵、桅船之物，靡不接濟。若從山東、江、浙、閩、粵沿海居民盡徙入內地，設立邊界，布置防守，則不攻自滅也。二、將所有沿海船隻悉行燒燬，寸板不許下水。凡溪河，豎樁柵。貨物不許越界，時刻瞭望，違者死無赦。如此半載，海賊船隻無可修葺，自然朽爛，賊眾許多，糧草不繼，自然瓦解。此所謂不用戰而坐看其死也。三、其父芝龍羈縻在京，成功賂商賈，南北興販，時通消息。宜速究此輩，嚴加懲治，貨物入官，則交通可絕矣。四、成功墳墓現在各處，叛臣賊子誅及九族，況其祖乎？悉一概遷毀，暴露殄滅。俾其命脈斷，則種類不待誅而自滅也。五、投誠兵官散住各府州縣，虛糜錢糧。倘有作祟，又貽害地方不淺。可將投誠官兵移住各省，分墾荒地，不但可散其黨，以絕後患；且可蕃眾而足國也』。廷議：遣兵部尚書蘇納海來閩勘遷。湖廣道御史李之芳聞之嘆曰：『自古養兵，原以衛疆土；未聞棄疆土以避賊也』。上疏曰：『為冒死條陳，乞俯卹民瘼，以固國家事。山賊、海寇，何代無之？但當制馭有方，使民獲寧宇；未聞堂堂天朝遷民避賊者也。夫遷民，事勢之至不可者，今竊為陛下陳之：聖朝仁政，以得民為本；萬民歸心，以輸納為先。五省沿海一帶，遭逆荼毒，正供、雜派輸將恐後。此足徵順民之大端，而深可憐憫者也。梁惠移粟，孟子短之。今詔諭欲徙五省沿海邊民，何以垂訓後世？此臣所謂不可者，一也。昔日明政不修，逆闖犯闕，北京淪沒。我期興仁義之師，驅除逆黨，救民水火，是以率土歸心，滿、漢一家。今中左彈丸之地，不思征討，遽遷以避，其如天朝體統何？所謂不可者，二也。鄭成功江南大敗，膽破心寒。今已遠遁臺灣，所有餘孽，或剿或撫，呼吸可定；況沿海皆我赤子，一旦遷之，鴻雁興嗟，室家靡定。或浮海而遁，去此歸彼，是以民予敵。所謂不可者，三也。周成王亦有遷頑民於洛邑，當得田宅以優養之、設庠序以教育之，使其民知禮義而無異心。今欲遷沿海一帶，當日出示，諭限數日，官兵一到，遂棄田宅、撤家產、別墳墓，號泣而去，是委民於溝洫也。為民父母，豈忍若是？所謂不可者，四也。江南薄土，一夫受田不滿三畝；一家聚食，尚捕魚買販以補不足。聖諭頒下，欲酌給田宅，安插移民。田宅無所措。當道者未有處置，惟催趕日促，使民而逃。貧者不過數日之糧，富者亦但數月之儲，逼處內地，無家可依，無糧可食。餓寒逼而奸邪生，不為海寇，即為山賊。一夫持竿，四方響應，其若之何？所謂不可者，五也。鄭成功前年欲撫時，求海濱二府駐防，文武官長聽其選擇，稅賦盡輸軍國之用，尚欲納東西二洋船餉數萬；時正以為不可。今五省之民，沿海已居其半，當道者不思制插安民，只欲盡以遷移，能使賊自斃乎？是賊未必能殲滅、未必能盡降；而國家先棄五省之地土、人民。所謂不可者，六也。江南魚鹽，為富強之資。沿海一帶，魚鹽之利何啻數千萬？土產之物，百倍其利。況乃日用之需，鹽更五穀之輔，一日無鹽，物將日腐。且土產年例解京，從此而止。所謂不可者，七也。夫郡縣內地，亦賴邊界以捍禦，故朝廷設邊界為郡縣藩籬，亦以衛民。今兵不守沿海，盡遷其民，移居內地；則賊長驅內地，直抵其城邑，其誰禦之？不如分守內地之兵，撥一半守邊界衛所，聯絡鄉民，以相助戰守，使賊不敢睨視邊界；如是則內地免守。所謂不可者，八也。當道者，不為深謀遠慮，操一朝之權，棄百姓過於反賊。萬一不順，問誰之咎？臣今愚忠，冒陳天聽，稍可濟元元之命，萬死不敢辭。或以臣言為可採，則臣死榮於生；倘以臣言無可用，雖不死何益於國？伏望頒除遷移之令、下哀痛之詔，使民沾恩惠、國享長寧』！疏上，留中（李之芳山東進士。甲寅之變，為浙江總督。江元勳犯衢州，實賴之芳。後拜相國）。
七月，張志、黃明縱管事楊高凌削土番，大肚番阿德狗讓殺高反。成功令楊祖征之。祖與讓戰，中標槍死。其鋒甚熾，欲出援荷蘭。功復令黃安、陳瑞二鎮往征。安設伏誘戰，遂斬阿德狗讓。撫綏餘黨，班師。
八月，揆一王盡出其眾，分水攻赤嵌、陸攻鯤身。功令黃安統眾禦陸，親統陳澤等左右戎旗配船合擊。鏖戰終日，黃昭獲夾板一、小艇三。荷蘭大敗，仍死守其城。
兵部尚書蘇納海至閩，斥棄海島，令黃梧拏諸大商賈，毀鄭氏之祖墳；惟安海「五馬奔江」水葬者，無處尋覓。挖起者，將大杉木鋸開兩邊，中鑿孔相連，將各屍合在內，用鐵箍箍上，外加封皮。沿途遞解，逢郡縣收獄。至福州，因差者橫肆無狀，威喝縣官。縣官惡之，以其未奉旨，通詳中止。
十月，鄭芝龍家人伊大器出首龍與子功不時書信往來，謀為不軌，遂收芝龍。尋而棄龍於燕市，並子弟共十一人。
十一月，成功令宣毅前鎮陳澤同右虎衛左協陳沖，駕小船數十只，內裝硝磺引火諸物，乘北風燒夾板。又令黃安督眾鯤身夾攻。揆一王分眾禦敵。夾板被燒三只，死傷甚多，王大煩躁。功見大勝，時荷蘭勢窘，功遣通事李仲入城說揆一王曰：『此地非爾所有，乃前太師練兵之所。今藩主前來，是復其故土。此處離爾國遙遠，安能久乎？藩主動柔遠之念，不忍加害，開爾一面：凡倉庫不許擅用；其餘爾等珍寶珠銀私積，悉聽載歸。如若執迷不悟，明日環山海，悉用油薪磺柴積壘齊攻。船毀城破，悔之莫及』。王與諸酋長聞之悚然，願罷兵約降，請乞歸國。仲出，覆成功。功允其降，許放歸國。隨將王庫銀兩、火藥、火砲照冊繳納；其餘諸物，悉聽其搬下夾板。
十二月初三日，成功縱揆一王回國。今安平鎮城樓，相傳內有紅毛火藥庫，不敢開，慮其暗用火石，恐一動便發也。後被朱一貴打開，內系銅熕、藥、鉛等項。功以荷蘭去，臺灣平，遂祭告山川神祇，改臺灣為東都。附紅毛城置第宅，居焉。
初六日，諸鎮兵詣成功轅門，告給發月糧扣克，用小斗。質實，殺府尹楊朝棟、知縣祝敬、斗給陳伍等示眾。以其叔芝莞之長子鄭省英為府尹。令黃安監守安平鎮，周全斌總督承天府南北諸路。自領何斌、馬信、楊祥、蕭拱宸等，帶銃手三百、牌手三百、弓箭手三百、大刀手二百，備具口糧十日，從新港、目加溜灣巡視。見其土地平坦膏沃，土番各社俱羅列恭迎（土番俗無跪，蹲下合掌，即跪之禮也）。成功錫以煙布，慰以好言，各跳躍歡舞。觀其社里，悉系斬茅編竹，架樓而居。雖無土木鞏固，實有疏林幽趣。計口而種，不貪盈餘；以布作幔，不羨繁華。誠三代以上人民也。由蕭壟、麻豆、大目降、大武壟、他里霧、半線各處踏勘而回。次日，大會諸提鎮、參軍議事。成功曰：『大凡治家治國，以食為先。苟家無食，雖親如父子夫婦，亦難以和其家；苟國無食，雖有忠君愛國之士，亦難以治其國。今上託皇天垂庇，下賴諸君之力，得有此土。然計食之者眾、作之者寡，倘餉一告匱，而師不宿飽，其欲興邦固國，恐亦難矣。故昨日躬身踏勘，揆審情形，細觀土地，甚是膏腴。當傚寓兵於農之法，庶可餉無匱，兵多糧足。然後靜觀釁隙而進取』。黃安曰：『開疆闢土，垂業萬世，諸將自當唯唯。但欲寓兵於農之法何如，願請指示』。功曰：『古者量人受田，量地取賦。至商雖變為井田，亦是九一之法，兵民無分。迨至秦，井田廢，兵民始分：民任轉輸，兵任征戰。後漢、唐、宋、元屢年征戰，兵甲蕃眾，籌餉者徒為仰屋；故善為將者，不得不興屯以富兵。如諸葛屯斜谷、司馬屯淮南、姜維屯漢屯、杜預屯襄陽，悉是兩敵相對，恐轉運維艱，土有饑色，故寓兵於農以備敵。若夫元之分地立法、太祖設衛安軍，乃天下已平，恐虛糜空乏，故以為農者七、為兵者三，寓農以散兵，非無故也。今臺灣乃開創之地，雖僻處海濱，安敢忘戰？暫爾散兵，非為安逸，初創之地，留勇衛、侍衛二旅，以守安平鎮、承天二處。其餘諸鎮，按鎮分地、按地開墾，日以什一者瞭望，相連接應，輪流迭更。是無閑丁，亦無逸民。插竹為社，斬茅為屋。圍生牛教之以犁，使野無曠土，而軍有餘糧。其火兵則無貼田，如正丁出伍，貼田補入可也。其鄉仍曰『社』，不必易；其畝亦曰『甲』，以便耕。一甲三十一戈二尺五寸（豪按：據高拱乾修臺灣府志及王禮修臺灣縣志，作一甲二十五戈），一戈東西南北四至長一丈二尺五寸。今歸版圖，亦以此為則，照三年開墾，然後定其上、中、下則，以立賦稅。但此三年內，收成者借十分之三，以供正用。農隙，則訓以武事；有警，則荷戈以戰；無警，則負耒以耕。寓兵於農之意如此』（評曰：創業農為本，安軍食必先；講求相寓意，海外有新田）。馬信諸鎮咸起謝曰：『藩主今日不惜辛勤，跋涉興師，開闢海外乾坤，創業以遺子孫，誠古來之未有也！今又寓兵於農，實萬世良法。自當凜遵而行』。即日貼分，各照地方領兵前去開墾（評曰：征誅當有兵，安韓可無耕；籌畫寓農計，開疆千古名）。
聖祖仁皇帝康熙元年壬寅（附永曆十六年）正月，成功分遣諸將屯田。忽報其父芝龍凶信，功頓足躃踊，望北而哭曰：『若聽兒言，何至殺身；然得以苟延至今日者，亦不幸之幸也』！令文武官員各掛孝。及知毀墓，向西切齒而罵曰：『生者有怨，死者何仇？敢如此結不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝屍，枉作人間大丈夫』！每與諸將言及五省沿海人民移徙內地，嘆曰：『吾欲留此數莖髮，累及桑梓人民！且以數千里膏腴魚鹽之地、百萬億眾生靈，一旦委而棄之，將以為得計乎？徒殃民而已！吾若不決志東征，苟徇諸將意，株守各島，豈不笑吾英雄為其束縛？今當馳令各處，收沿海之殘民，移我東土，開闢草萊，以相助耕種，養精蓄銳。俟有釁隙，整甲而西，恢復迎駕，未為晚也』。功在臺，令過於嚴，犯者，雖親信無赦。馬信諫曰：『立國之初，宜用寬典』！成功曰：『此知其一，不知其二。立國之初，法貴於嚴，庶不至流弊。俾後之守者，自易治耳。故子產治鄭、孔明治蜀，用嚴乎？用寬乎』？信服其論（評曰：海外偏安一小隅，有方立法庶無虞）。
二月，成功檄洪旭、黃廷同兄泰等，陸續載諸眷口過臺。
三月，成功以洪旭、祁闢等十人分管社事。時臺地初闢，水土不服，病者即死。故致各島搬眷，俱遷延不前。有偽言：『南澳陳豹不遵令，已密通平南王投誠』。功信之，隨手諭與經並洪旭等，令周全斌領大熕船五只過廈門，合杜煇、黃昌等師擊豹。豹聞之大驚，急集諸將議曰：『必有大奸人反間，如之奈何』？諸將曰：『請速遣人往辨』。豹曰：『辨不及矣』。諸將曰：『若不往辨，當整船禦之』。豹曰：『禦之，則情真矣。兩虎相斗，必有一傷』。諸將曰：『不辨、不禦，坐以就擒乎』？豹曰：『本爵自從平公數十載（平公指芝龍），一片肝膽，惟天可表。今既信讒而來，辨之弗能及，禦之非本心。此乃藩主相逼，自壞長城半面，非本爵背恩而去。爾等速收拾下船，舍此一塊土，入粵投誠，何如』？諸將咸應曰：『本爵所見極是』。豹遂率眾踉蹌下船，從虎頭門投誠。平南王尚可喜為之題請，封豹慕化伯。不數月，豹雙目俱瞑。全斌領舟師到宮仔前，知豹已去，惟空城而已。急追之，獲其子士鰲並家資，報捷於經。經令斌安插百姓，交護衛左鎮杜煇守，然後班師。經因私通陳氏有娠，生男子，跪報侍妾所出，並『陳豹已遁，南澳業令杜煇暫守』之啟。功大喜，頒賞臺灣諸將士暨留守金、廈兄泰並洪旭、黃廷、王秀奇等幣帛。而又加給其妻董氏金六錠、花紅六疋；子經四錠、花紅四疋；生母陳氏金二錠、花紅二疋。孫賞亦如之。
四月，兵部司務林英削髮為僧，從雲南逃至廈，過臺見成功。功問：『雲南皇上恢復如何』？英曰：『當時敗軍之際，李定國請皇上入峒烏。峒烏之車里、里角諸蠻雜處，不相統轄。我今臨之，必無所拒。安頓主於峒內，我諸將設禦於峒口。勝則六詔復為我用，不勝則境接交趾，召暹羅諸船入海，航船來廈尋藩主，合師進取。沐天波堅請：「當入緬甸。緬甸昔宣力於本朝，而本朝待之甚厚，素懷忠義。患難相投，必傾心相待。且竄處荒外，吳三桂未必相逼」。馬吉祥、李國泰咸助天波之議，皇上意決。定國跪泣奏曰：「臣不能挽陛下之駕，罪該萬死！請留太子、督臣等以牽制緬甸；則皇上可安寢於內」。上猶豫不忍。定國拜辭，謂天波曰：「明朝存亡，全擔在公，公其努力！願無生後悔，而追憶余言也」。於是皇上入緬甸。馬吉祥又請旨撤去戈殳，恐驚百姓。天波請留太子，入茶山調度兵馬，庶皇上在緬甸，外有盤羅之固、內有泰山之安。帝與后商，不允請。英見朝政出於奸輔馬吉祥、逆戚李國泰，故削髮為僧，逃回。甫至粵西，聞吳三桂師攻緬甸。吉祥等酬唱御營，出入無憚。緬人見君臣無禮，遂熾戰心；密通吳三桂，云已受辱』。成功頓足曰：『皇上何如此執迷，不從李定國之議』？馬信請曰：『皇上既然被難，理應掛孝，去朔』。功曰：『不可。路途遙遠，英亦耳聞，事蹟涉疑。今若以訛傳妄舉，倘後來聖駕若在，則將奈何？仍尊朔號。候有日西向詢其的確，然後佈告中外，推有德者立之』。信、英等咸曰：『藩主所見甚遠』。忽經差齎謝啟暨諸王、鄉紳賀啟至。功閱及尚書唐顯悅內有『三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不聞飭責，反加齎賞。此治家不正，安治國乎』？功登時氣塞胸膛。立差都事黃毓，持令箭並晝龍桶三、漆紅頭桶一，過金門與兄泰，同到廈門斬其妻董氏治家不嚴之罪，並其子經與所生孫、乳母陳氏。黃廷、洪旭、陳煇、王秀奇等，接令駭然。泰與毓、旭等相議曰：『主母、小主其可殺乎？然藩令到，又不得不遵。以我愚意，可將陳氏並孫殺以復命。至主母、小主，我等共出啟代為請罪。不知列位以為何如』？旭曰：『此金石至論，拜服！拜服』！隨將所議啟董夫人與經。經與董夫人曰：『此可於法兩盡』。遂出二人斬之，將頭付黃毓過臺報命。功不允，解所佩劍交黃毓，再來金門見泰，必當照令而行。泰躊躇，送毓先過廈門見經。經急將毓等拘禁，與旭等相議。報蔡鳴雷從臺灣來，經傳問臺信。鳴雷曰：『藩主誓必盡誅。如有違者，將及於監斬諸公。且有密諭往南澳與周全斌』（時鳴雷在臺有過失，恐成功見責，故給假來廈搬眷，因而設言嚇洪旭等人）。旭曰：『世子，子也，不可以拒父。諸將，臣也，不可以拒君。惟泰是兄，兄可以拒弟。凡取糧餉諸物，自當應付；若欲加兵，勢必禦之』。遂將此意通鄭泰。立遣援剿右鎮林順帶領兵船，出守大擔。適周全斌征陳豹回歸，黃廷慮其有受成功密諭為變。啟經：『先下手為強，全斌不可縱』！經然之。全斌入見，執交援剿左鎮黃昌監守。功接廈門諸將公啟，內有『報恩有日，候闕無期』之句，知金、廈諸將拒命。心大恚忿，即差洪有鼎持諭與周全斌，令其回師監殺。有鼎到南澳，船上銅山，聞全斌業已被執，不敢前。
五月朔日，成功偶感風寒。但日強起登將臺，持千里鏡，望澎湖有舟來否。初八日，又登臺觀望。回書室冠帶，請太祖祖訓出。禮畢，坐胡床，命左右進酒。折閱一帙，輒飲一杯。至第三帙，嘆曰：『吾有何面目見先帝於地下也』！以兩手抓其面而逝。左右報其弟襲暨黃安、馬信入視，信令出紅緞蓋之，然後通知各文武，祭奠舉哀（成功於戊寅歲年十五，補南安學弟子員。屢試極等，而兩赴鄉闈。至乙酉，年二十二，父芝龍引見隆武，賜姓名。丙戌，年二十三。秋九月，不從父投誠，潛匿金門。丁亥，年二十四。以只身而奉故朔，海島群雄，拱手聽其約束；五省移徙，避其鋒銳。且當敗軍喘息，又能鎮定強戰。繼而，開闢海外乾坤。至壬寅歲五月初八日逝，年三十九歲。屈指統眾共計一十六載，以忠義自誓，嚴治軍旅，推心置腹，臨陣身先。計策己決，賞罰無私，仇親兼用。噫！亦可謂人傑哉）！襲始治喪，差人往金廈報訃。
十三日，馬信以哭泣傷懷，染病死。一時臺中皇皇，諸將舉襲護理，以安眾心。襲心腹蔡雲、李應清、曹從龍、張驥四人謀曰：『護理不過數日而已，豈能南面自尊』？雲曰：弟承兄業，理之最正，但苦無援耳』！驥曰：『欲舉此事，當謀之有兵權者方可。先達主公，然後候吾探各鎮說之』。從龍曰：『此論誠是』。四人遂密告襲，襲歡然許之。驥即往黃安營中，見安曰：『世子亂倫，情急於勢，黨眾拒父。今幸藩主晏駕，可以無慮矣』。安曰：『年少舉動，是左右無人耳。虎雖惡，不傷其子，豈可率眾相拒』？驥曰：『如公所言，此乃不孝，烏可承統乎』？安曰：『此何說？子承父業，誰敢異心』？驥見安辭色嚴厲，知不可說，佯曰：『子承父業，理之正也。吾所言者，死恰其時，可以解釋父子相仇耳』。遂辭安出。往黃昭營中，見昭曰：『護理知公勤勞，令驥致意』。昭曰：『昭有何能？乃荷護理注存若是』。驥曰：『護理計臺灣戰功，惟公居最；恐世子不知耳』。昭曰：『世子遠隔，烏得而知』？驥曰：『藩主之死，死恰合時，可以免世子拒父之罪名』。昭曰：『觀其所行，真不堪為人上』。驥曰：『金廈、臺灣，業成水火』。昭曰：『然』。驥曰：『公握重兵，扶護理於臺，護理豈肯忘公乎』？昭曰：『護理，仁慈弟也。弟承兄業，未為不可。我非貪涎爵祿，亦擇主而事，候與中衝合謀』。驥曰：『此誠妙算，公當速行！吾歸，以公言報護理』。驥還回啟襲。襲割衣襟，令驥與昭結為姻婭，囑速通中衝舉事。是夜黃昭到蕭拱宸營中，對拱宸曰：『島中世子可治兵以拒父，臺灣獨不可承兄以繼統乎』？拱宸曰：『此亦公論。世子行既不正，護理仁慈，承繼大統，名正言順』。遂合謀。次早，密報襲。襲與曹從龍、蔡雲、李應清、張驥商議。從龍曰：『可假藩主遺言，數世子罪狀，命弟繼統，方可以服眾』。襲曰：『此計誠妙！你可速書遺意，付昭等行事』。襲即假成功遺言，出告四方。黃昭、蕭拱宸即扶襲為東都主，分兵拒經。其餘諸將，陰持兩端觀望。獨黃安心忿，陽為和悅，密遣人坐小哨以報經。請經速治兵過臺，遲則安固難動也。
十四日，經接訃音，隨欲設位掛孝。洪旭曰：『國不可一日無君，當先嗣位，然後發喪』。經從之。洪旭、黃廷、王秀奇等同諸文武修表達行在，請經就廈門嗣位，稱曰「世藩」。佈告各島、臺灣，方舉哀。十八日，又得提督建威伯馬信因哭泣過傷死報，經愈大悲慟，厚卹其家。
二十一日，報諸將奉其叔襲護理。六月初二日，接黃安密陳「黃昭、蕭拱宸二賊假先藩遺言，命襲為東都主，業分兵拒險」啟，經駭然。旭曰：『事久多變，速出周全斌勒兵過臺灣，正位』。經是之。出全斌為五軍都督，以陳永華為諮議參軍、馮錫范為侍衛，整兵欲東。
七月，總督李率泰（於五月二十七日從福省起程。六月初三日到泉）接效用總兵林忠暨沿海塘報，咸稱『成功在臺發狂身死』。隨飛請靖南王耿繼茂暨安輯投誠郎中賁岱、金世德等星馳抵漳，共商剿撫事宜。繼茂立差都司王維明、率泰差都司李振華同林忠前往廈門，諭以『朝廷誠信待人，若釋疑，遵制削髮登岸，自當厚爵加封招撫之』。經因而未果行。與伯泰、洪旭、黃廷、陳煇、王秀奇暨諸參軍會議，總欲傚朝鮮例：不削髮，稱臣納貢而已，復之。送林忠等回漳。
八月，繼茂、率泰復差林忠等再到廈門，諭：『欲其將所陷州縣等印信送還，並差員入漳酌議。齎本往京請旨』。經復與泰、廷、旭等密商議曰：『東寧初闢，先王■〈徙，阝代彳〉爾仙逝。茲又遭蕭、黃二賊構釁於內。藩院聞信，頻頻遣員招撫。順之，有負先王宿志；逆之，則指日加兵。內外受困，豈不危哉？不如暫借招撫為由，苟延歲月。俟余整旅東平，再作區處。諸君以為何如』？旭曰：『陽和陰違，俟靖內患，再作籌畫，藩主所見甚明。可令楊來嘉、吳蔭為使，將前日所得各州縣學印共一十五顆，付來嘉入漳報命』。茂與泰厚待嘉、蔭二人。泰啟茂曰：『海上屢執朝鮮例，遲延觀望。茲因成功已死，叔姪爭權，勢已搖動。其佐如鄭泰、洪旭、黃廷等，可用反諜計間之，使自相猜疑。然後剿撫兼用』。茂曰：『此誠妙論』。以所有侯伯印並送回諸印，將楊來嘉改作鄭泰、洪旭、黃廷之使，密獻兩島題報，倡揚以亂之。繼茂首肯而行。
九月初十日，繼茂疏曰：『為馳報海上輸誠情由，仰祈睿裁事。案據沿海鎮將塘報稱：「鄭成功在臺灣發狂身死，海上人心搖動」等情。隨經會同督臣具疏題報；一面分布間諜，庶可招徠。維時督臣先赴漳州，相機調度。臣嗣聞確信，於六月初八日，帶兵自省起行，冒暑驅馳。至泉州大盈，暫駐秣馬。隨準督臣差副將林忠赴臣軍前云：「海上鄭泰等，令偽總兵盧恩差人陳贊前來，據稱欲來投誠」等語。並接督臣手書，約臣面商。臣隨於七月初三抵漳州。初十日，偽爵鄭泰、洪旭、黃廷差偽中軍都督楊來嘉、吳蔭到漳謁見。據其來議，多有未諳，臣與督臣切直開示。遣發後，復差偽遊擊姚萬前來，求發的當官員到彼，願繳敕印歸順。臣與督臣並安輯投誠郎中賁岱、金世德會商，仰體朝廷德意，隨差臣下都司王惟明、督標都司李振華，同副將林忠前去廈門。諭以「我朝誠信待人，須盡釋疑慮，遵制薙髮，繳偽敕印，並造投誠各官兵、船隻、器械、人民戶口文冊，選差的員，一同進京，奏請定奪」。八月二十五日，差官回漳。據稱：「海上各偽官一時尚未薙髮，俟奉旨後，方行薙髮。其偽敕印，有現管事者未交，恐失印難以約兵。惟三偽侯先繳偽敕。其官兵、船隻、人民冊籍，先開總數。俟題請命下，方備造姓名繳報」。又據偽建平侯鄭泰、偽忠振伯洪旭、偽永安侯黃廷投到咨呈內稱：「為仰承德意，傾心歸命，披瀝真誠，恭祈疏請事……」等情；「先繳敕三道、現任伯爵銀印一顆、原封公爵銀印一顆、原取州縣銅印一十五顆。仍專差掛印都督楊來嘉赴闕待命，以彰歸命之誠。……」等情。臣因全文繁多，不便備錄。該臣看得：渠逆鄭成功竊踞海島，縱橫有年，思以臺灣為兔窟。一旦遽服天刑，宜乎人心悔過。臣等宣佈皇上德意，多方開導。今據偽侯鄭泰、洪旭、黃廷具文繳敕，差官投誠，此皆皇上寶籙誕膺，德威遐鬯，遂使四海望風，群情效順也。臣伏睹國家仁恩浩蕩，凡屬山海餘氛，果能真心向化，即擁一旅尺土來歸，均荷寵頒爵賞。今三偽侯以全海之兵民土地還之皇上，據其冊開：偽爵文武官員二千五百十六員、水陸官兵四十餘萬名、大小戰船五千餘號、海上軍民籍及流寓人口三百餘萬。果系真實，其功甚大！所有情節，具悉來咨中。現呈御前，必蒙睿覽洞鑑中。以安反側之心，而慰歸依之望，在廟堂自有碩畫，無候臣愚為之臆揣矣。事關至大，理合據詞奏聞。臣擬九月十二日，帶兵回省。謹題』。率泰之疏稱：『該臣看得：逆渠鄭成功倚海橫行，作孽多年。一旦天使殞亡，正致四海清平之日也。適當逆孽報殞之時，人心搖動之際，臣等仰體皇上德意，廣布招徠。今據偽建平侯鄭泰、偽忠振侯洪旭、偽永安侯黃廷具咨投誠，差偽都督楊來嘉赴闕待命。此實皇上天威遠震，廟算遐敷，使海島渠魁咸思歸心歸命者也。臣竊見大清開闢以來，凡山海梗化之徒，或率大眾輸誠、或獻一島來歸者，莫不錫之厚爵，委以地方。今三偽侯統率全海之眾，據其冊開：勳爵文武兵民、船隻器械，雖是總約之數，未知果否真實；亦可謂大夥輸誠，其功亦甚偉矣！所有來咨並原冊，進呈御覽，必蒙睿鑑。今皇上寶籙初登，率土賓服。茲偽侯鄭泰等聞風效順，皇上必不靳高爵厚祿，破格賞錫，慰其來歸之念，用安反側之心。庶氛侵得靖，海邦可寧矣』。同題送楊來嘉入京待命。隨檄水師提督施琅、左路水師總兵李長榮、右路水師總兵杜永和、福寧總兵吳果福、右路總兵王進功、同安總兵黃翠暨提督馬得功、海澄公黃梧，各按兵相機，密布間諜，以亂賊心腹。
鄭經亦乘招撫之暇，將金廈各島交伯泰、洪旭、黃廷、王秀奇等共轄調度。另馳諭銅山黃元、南澳杜煇謹防許龍、蘇利。並謂旭等曰：『先王開闢東土，以為進戰、退守；曾奈未遂所願而薨！余今欲整旅正位，而藩院又惓惓致意，故遣楊來嘉前去。回日果能息兵安民，無墜先王一片孤忠苦節，余無不唯唯是從』。旭曰：『歷計招撫，總差「削髮」二字。藩主東行克捷，則威聲復振。藩院雖智，萬難搖動。若楊來嘉果有的確旨意，準照朝鮮事例，旭等自然一面飛報，一面料理妥當。其各島防範，毋煩藩主過慮焉』。
十月朔日，經祭江。初六日，經同周全斌等舟師東去。
初七日午刻，經從澎湖收入娘媽宮。初八日，祭祀山祇，巡視諸島畢，即欲揚帆。永華曰：『凡事必先以禮，然後加兵，則師出有名。當藩主新喪時，國家無人，諸將請襲護理，彈壓軍民，亦未為非。今須先通知退避、迎接，看各官如何舉動，方可進兵。若不通知，驟然進兵，舉動慌張，亦非為人上所宜爾』。全斌曰：『陳參軍所言，誠為至論。不通知，是無故自生疑忌，亦非所以待親親以服眾心。況襲爺明系諸將公請護理，非其自專。雖據黃安片字，豈可全信』？經曰：『若非二公指示，幾乎舉動輕率，貽笑四方』。即令禮官鄭斌齎諭，往臺佈告『不日世藩親統六師，抵臺奔喪。如各鎮分屯守土者，就在本處設位』等語。斌到臺，諸將觀望，無敢言。獨黃昭、蕭拱宸二人出爭曰：『世子嗣繼大統，理之正也。誰敢背主易言？但世子奉命守國而亂倫，致先王大怒，賜死者再。又不能悔過自新，而反統兵據國，此自古以來亦未有是子，使先王日夜搥胸飲恨而死。既明知其子之惡，難居人上，故遺言傳位與弟，非諸將敢竊萌異念。況襲爺仁慈勇敢，先王愛惜，不離左右。今承兄遺命，承兄大統，亦是守先王之土地。煌煌遺言，誰敢逆之』？即將所假造成功遺言書付鄭斌，回澎湖復經。斌到澎，出其遺言，並陳黃昭、蕭拱宸二將拒命之言。全斌曰：『形已成矣，師出有名』。即命諸鎮整旅下船，出泊西嶼頭候風。經於十六日開駕東向。
黃昭、蕭拱宸既發鄭斌回，遂會蔡雲、曹從龍、張驥、李應清見襲議曰：『如今勢不兩立，鄭斌此去，世子必然整師爭位。但一不做、二不休，今既拒絕，全肩擔子悉在汝我二人。成則為功首；不成，乃罪魁也』。襲曰：『軍旅之事，全賴二公，再無敢忘今日』。昭曰：『觀諸將之心，實陰持兩端，未可重托。但世子諸將未諳地理，不足為慮。惟有周全斌一人，曾隨師來進剿，情形周知。大隊雖未必從砲臺前經過，然砲臺實系安平要緊，不可不預防。當此重任者，非曹從龍不可』。龍聞言，挺身出曰：『今日二公不惜身家而扶主，從龍又烏敢惜此微勞，而不謹守砲臺乎』？隨帶兵往守安平砲臺。昭曰：『安平一帶可以無慮矣。特全斌必從潦港、洲仔尾登岸，非我二人禦之不可。潦港，吾帶兵往守；洲仔尾，當仗蕭公前去』。拱宸毅然曰：『吾獨當之。兵法有云。：「半渡可擊」。將所有大小熕船盡數列於洲仔尾、潦港岸上。莫說一個周全斌，即有百十個周全斌，亦不能展其技也。另再將大小熕船，令吾左協李成同張驥督從鹿耳門，乘潮漲抄入合攻。他軍若不覆沒，想所存亦無幾矣』。昭曰：『此計更妙』。令蔡雲帶親隨五百人，同李應清在赤嵌一帶，監督諸鎮策應。昭與拱宸隨帶各本部將士，分守潦港、洲仔尾以待。
經舟師至鹿耳門，問全斌曰：『諸將士未曾經歷此土，地方情形有所不知。公同先王征戰，必然諳熟。今欲進兵，當從何條港路登岸』？全斌曰：『紅毛所恃者安平砲臺，今安平一路，船隻切不可從此入，黃昭必遣人把守。大隊仍從赤嵌那邊潦港、洲仔尾登岸』。經曰：『潦港、洲仔尾恐有備，將奈何』？全斌曰：『黃昭、蕭拱宸二賊，久經歷練，又從先王征戰臺灣，地方周悉，必能設險守固。但斌料護理軟懦，諸將咸系逼從，所恃蕭、黃二賊而已。二賊必不托人，定然自把守潦港、洲仔尾二處。今可差快哨齎命諭從安平而入，過赤嵌布告云：「叔姪至親，並無間言。因黃、蕭二賊陰謀不軌，乘先王賓天，遂從中構釁，假造遺言，離間骨肉，煽惑軍心。爾諸將士悉受先王數十年豢養，豈有相從作此背逆？明系脅逼之故，余自當相諒。亟宜悔過倒戈，生擒二賊！共扶王室，名垂竹帛」。一可以慰眾心，二可以亂此賊之心曲』。經從斌議，即差兵都事張宸齎諭，坐小快哨至安平，過赤嵌佈告。襲急問黃昭。昭曰：『此不過搖動軍心，何足介意？當嚴整部伍，以決勝負』。經船到港，不金鼓、不旌旗，寂然寄碇，一條鞭灣住。
十七早大霧蔽天，對面不見。全斌急請經治兵登岸。經曰：『如此霧，安可進兵』？斌曰：『此皇天默祐、先王神靈，故有此霧。黃昭機智勇略，提防必周，沿邊設砲，半渡而擊，安能登岸？今乘此霧，盡將隊伍分散而上，昭不及防。沈舟背水，此其時也』。經從之，因誓師曰：『今日諸將登岸背水一戰，誓無生還』。遂統兵銜枚而上。經立陣甫定，黃昭聞水聲人語，首先督眾奮勇而前，連砍數十，經眾大潰。適全斌至，大呼曰：『後面是水，大丈夫寧可死於戰，不可死於水。吾已將船棄擲，可速從吾前往』！全斌奪先破殺。諸軍聞之，悉反助戰，喊聲震天。黃昭身中流矢死，軍士無主，大亂。而霧遂消，天明日朗，已亭午矣。全斌疾呼：『世藩已到，黃昭已死，諸將速倒戈』！黃安向前曰：『此子，吾主之子，當往迎之』！經免盔相示，諸將悉解甲投戈，經撫慰之。全斌曰：『且漫慰問，急據大營，俟斌親收蕭賊』。經是之。全斌率諸將士敵拱宸。宸出敵，全斌高叫曰：『罪在蕭賊一人，與爾諸將士無干。悉解散，無得助虐』！宸軍聞之，果各星散，拱宸被擒。經令鄭斌請襲，襲至，相抱而哭曰：『幾為奸人離間』！待襲如初。即收蔡雲、張驥、李應清、曹從龍等，同蕭拱宸斬首示眾。其餘不問，眾大悅服。
經既靖內難，遂各安插。於黃昭營中，搜出伯泰交通書數封，悉系囑其扶襲拒經，金、廈他自為之。經藏而人毋知焉。仍以鄭省英為承天知府。
十一月，經同周全斌往南北路巡視撫綏。
十二月，楊來嘉從京回廈，報『必欲薙髮登岸』。洪旭仍令其鎮守崇武地方，遣員過臺啟經：『招撫不成』。