順治四年丁亥（附明桂王時在肇慶稱號永曆元年）正月，路振飛、萬年英誤聞何吾騶、黃士俊、蘇觀生、顧元鏡等，同隆武逃遁於粵東，辭成功欲泛海往就之。功曰：『先帝當日在汀州業已受難，故眾散。何能脫身至粵？恐是好事者假此為名，未可深信。但公既有所聞而欲去，余安可阻以失為臣子一片孤忠熱血』？遂令備資斧、船一只送之。時同行有北直進士朱昌時、原金山衛指揮使常壽寧等。後舟次粵之虎門，遇輔明侯林察，方云『是隆武之弟，何吾騶等共立為紹武。被兩廣總督佟養甲同總兵李成棟由惠州晝伏夜行，於去年十二月朔日破城，紹武被擒。非隆武也』。振飛等不敢前，復隨林察回廈門依成功。
二月，韓代奉貝勒世子命，統滿、漢騎步突至安平。鄭芝豹、芝鵬等懼兵威，不敢戰；斂其眾，挈家資、子女於巨艦，棄城出泊外海。成功生母倭婦翁氏手持劍不肯去，強之再四亦不行。大兵至，翁氏毅然拔劍割肚而死。成功聞報，擗踊號哭，縞素飛師前來。而韓代見船隻塞海，亦不敢守，棄之回泉。功殮其母，收整城池，與芝豹、芝鵬等守之。
四月，成功複合鄭彩、楊耿等眾，入海澄，破九都，攻漳平、龍岩等縣。孟全勝發都司王玉等進剿，大破之，彩仍遁廈。
德化縣未薙髮千人，號義師，扶鄖西王朱常湷，張存仁檄蔡應科堵截，遣羅成良剿平之。
張存仁遣都司倪鴻出舟山，招黃斌卿，卿不從。查卿興化人，遂拘其眷口，交撫院佟國鼎守。令人出舟山，再招之。又接定海總兵張杰報：松江提督吳勝兆交通魯王作叛情形，星馳與提督田雄提防。
宜春王朱義術從江西逃入汀州，用李芳泰計，結連新建王等眾數萬，據歸化、清源、延平諸邑。守汀總兵于永綬調兵分途堵截，陣斬議術。
七月，鴻逵見成功遠去，虞有鞭長莫及，書說成功曰：『凡事當先固本，而後求末。今汝安平彈丸之地，無長江險要可恃。倘韓代率大隊復來，一旦反救不及，將奈何？宜速回師，助汝一旅，合攻泉州，暫作安身。然後蓄兵養銳，窺其釁隙，舉兵旁掠』。成功令其族叔看守海澄石尾港（時成功年二十四歲）。
八月，從九都回。二十二日，會鴻逵師於泉之桃花山。鄉紳沈佺期、林喬升、郭符甲、諸葛斌等相率起兵應之（佺期字雲又，別字復齋，泉之南安人。癸未進士，屢遷都察院御史。後以醫行世，依成功，卒於臺灣。喬升，丙子舉人，屢遷光祿寺卿，泉之晉江人。符甲癸未進士，晉江人，南京主事；戰死，七日不變色，鄉人異而葬之。斌字士倫，監紀推官，泉之晉江人）。
泉州提督趙國祚，每輕視成功，率驍騎五百、步兵一千五百人，分為兩隊，一出塗門、一出東門，直沖營壘。成功令洪政、陳新二將統眾禦之。自辰至午，沖突相拒。鴻逵料不能勝，遣林順夾攻；功亦令余寬出奇兵截殺，祚兵遂潰。追至城下，鳴金收軍。成功每合鴻逵眾攻城，咸為溜石寨參將解應龍所援。成功請於鴻逵曰：『解應龍在溜石寨作犄角勢，此城難攻。叔父可督兵攻城，應龍必來援。姪遣水師一鎮桑一筠同杜煇暗襲其寨。另著郭新、余寬暗伏其寨中途，俟彼回救，齊起夾攻，擒之必矣』。鴻逵曰：『可』。隨掌號進兵。應龍果來援。至中途，忽流星馬飛報『賊攻寨甚緊』。龍即回師，伏起戰死。而溜石寨亦為杜煇所破，軍聲大振。國祚加意防禦，日夜巡督。城內已故鄉紳郭必昌之子顯欲為內應，謀洩。國祚差兵往擒，惟有空室，眾駭異。顯有愛姬春姊，利顯母黃氏珠珥，投國祚乞揀所藏皮箱一，願首告。國祚許之，遂指後園井中旁石是門。祚令人下扳開，果一大穴，全家在焉，共一十三口，收而殺之。春姊拾皮箱，亦為眾所殺；並累及原閣部黃景昉。又西門守將楊義與諸葛斌通為援，適國祚召義守東門，斌不知。是夜率眾臨城，斌與副將蔡參等全軍俱沒。祚於是夜禁益嚴，不敢喘息。功督砲環攻，又令洪政、陳新、余寬、郭泰等領眾架雲梯齊上。國祚百計禦之，不得下。漳州城守王進（渾號老虎，河南人。甲寅之變，從耿精忠為都府，被忠勒死）聞泉被圍，繼報溜石寨失，解應龍戰死。頓足曰：『城危矣，吾當往救』。漳州總兵楊佐阻之曰：『各有汛地，且未奉總督令，勝敗干系是誰擔之』？進曰：『公言差矣。賊今從中截殺，制臺之檄安能飛過？倘徒坐視，一旦城破，賊勢愈熾，吾城其能保乎？此謂唇亡則齒寒也。公善守城池！吾當往救』。遂將騎兵五百、步卒千人，分為三隊。『第一隊令總領旗趙英，同左哨千總楊得功，會同安營遊擊廉郎，聲言攻取安平。安平是彼巢穴，勢必回救。此傚攻魏救韓，以分其勢。吾自領一隊，相機而動。其餘一隊，著右哨千總李玉同、遊擊祁光秋作援兵』。先遣人稱『本鎮統領大師，合潮州援兵數萬，即日抵泉郡破賊解圍，並直搗其穴』之句。
成功聞報，見鴻逵曰：『王進接連潮師救援，不日即到。泉郡堅而未易破，倘以一旅扼五陵而攻安平，則首尾受敵』。鴻逵曰：『如此奈何？當且暫退』。成功曰：『安可退師？可令楊才、張進先去莿園守據。林習山與杜煇整備舡隻泊潯尾，以防不測。叔父可督林順、洪政等急攻其城，姪領郭泰、余寬據營五陵，作兩邊救援』。逵曰：『可』。王進至大盈，偵知各處聯營把守，大路不得進，進一時計絀。繼探有小路從南安縣出發，令遣人夫備草束接應。詐稱欲取安平，著楊德功董之。自帶馬步，乘夜由冷水井過何坑，出南安，突至泉州城下。與洪政戰，政敗。國祚於城上遙觀，知救兵到。以此亦四面吶喊，虛作相助勢。鴻逵心虛，急遁金門。而成功亦退安平，泉州圍解。入城，進見國祚，請救遲罪。祚謝曰：『非公來速，此城危矣』！進恐守成功乘勢取漳，即辭祚回師。成功因報鴻逵從潯尾遁，亦就不援。即將楊才等兵抽回把守五陵要口，自歸安平。後偵知王進僅以一千五百人解圍，甚追悔。隨喚洪政、余寬二將，領兵從小路埋伏青石宮；又令楊才、郭新二將，領兵埋伏莿園；另令張進帶兵接應。五將去後，不日回說王進已過二日矣。
本年，總兵李成棟奉命平粵，以李發代之，待傅冠亦如禮。十一月二十一日，冠與發對奕方罷，發閱文書，謂曰：『今部文到，欲收公』！冠欣然起曰：『早畢吾事，公之賜也』。遂整衣冠向南拜曰：『臣負罪無狀，死不足贖』！復回向西拜曰：『祖父暴骨，惟冠之辜，羞見先人於泉下』！取筆題壁曰：『白髮蕭蕭已數莖，孽冤何必苦相尋？拚將一副頭顱骨，留取千秋不貳心』。擲筆坐地，引頸受刑。令人執刀，無一應者。又懸賞例，亦不忍下。有從征知府李蘭友家丁張福出，受賞施刃，以冠首函寄汀州府獄，觀者莫不墜淚。是夜悲風震瓦，暴雨漲河。二十二日，家人傅國禎負骸藁葬於汀之羅漢嶺，與忠誠伯周之藩相對（公首在獄中，夜屢吐白光，同囚之有冤者多見之，祈皆驗。獄吏朝夕焚香祀之。忽一夜吏夢公辭曰：『兩年受爾殷勤，我欲還矣』。吏神其事，白於令。不數日，公之子果乞骸骨歸葬。已奉諭旨來汀，始得合身首殮之，遍體皆黃金色。有舊衣二件棄墓側，風雨經年，帛色尚如故。行道者傷而奇之，咸曰：『此相公衣也』。見者拜之，無敢動；後為寧化無賴子取去）。
紹武於前歲十二月在明倫堂講書，被李成棟率輕騎，間道晝伏夜行，砍門而入，紹武逾牆匿王應華家。俄而墜城出，為追騎所殺。蘇觀生題詩壁上云：『人皆受國恩；時危我獨苦。丹心佐兩朝，浩氣凌千古』！題畢自縊而死（觀生字雨霖，粵之東莞人，拔貢）。何吾騶、顧元鏡等降。
總督佟養甲安民畢，即令李成棟統騎兵到三水。王澄化退守峽口，王坤趨永曆西走。式耜奏曰：『土地乃祖宗之土地，守之則可以設計破敵，使英雄志壯。若輕棄而走，不但上負祖宗，且失天下志士之心』。永曆不聽，遂乘輕舟上西峽而去，從行者惟瞿式耜一人。成棟至肇慶府，進師梧州。永曆奔桂林，巡撫曹熠降。瞿式耜請建都設禦，令丁魁楚屯兵岑溪。成棟遣人招之，不肯降；乃伏兵與戰，矯敗退藤江；伏起，魁楚中箭死。成棟揮軍逼桂林，王坤請幸楚。式耜請駐全州，疏略曰：『半年之內，三四遷移；兵心民心，無不惶惑。我進一步，人亦進一步；我去速一日，人來亦速一日。若去而不守，愚者亦共知拱手送人矣。請以臣留守桂林』。永曆允請。李成棟師至，值焦璉自全州來，督兵合禦。成棟逼戰，璉奮勇沖陣，棟方退，桂林得全焉。
成功因攻泉不克，回安平。有原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎俱至，謁成功。功待以上賓，每事必諮之。又得海澄人甘煇，身材五短，猛勇絕群；漳浦人藍登，武藝精熟；南安人施郎，機略暢曉；與其弟顯貴及邱縉、林壯猷、金裕等朝夕操演部伍陣法。並令堆積糧餉於安平（騰字牧州，庚辰進士，金門人。雲字敬甫，庚辰進士，廈門人。鼎字尚圖，丁卯鄉薦，同安人。郎後執法太嚴，見怒成功，被收欲殺，計逸內地；為海澄公黃梧所知，遂薦於總督李率泰。泰保題副將，將「郎」換作「琅」字，事績詳見後）。
順治五年（附稱永曆二年）戊子夏五月，成功統林習山、甘煇等犯同安。守將遊擊祁光秋、協防遊擊廉郎合領騎步會九都鄉勇出禦。甘煇挺身出戰，守備王廷坐馬失腳，被斬，兵潰。成功揮軍至城下，光秋與郎急抽兵入城。與知縣張效齡議曰：『賊兵勢大，恐孤城難守。不如與公今夜乘其無備，開門遁去，然後請師恢復。公意如何』？齡曰：『食君之祿，守君之土，分所當然。今賊雖眾，吾當與公嬰城死守。漳、泉二處，必發兵來救。豈可棄城，以自取罪』？郎曰：『公所言者守經，弟所言者行權。賊兵勢大，水陸雲至，兵傷已過半。即有一二健勇，亦傷弓之鳥，是兵卒不足恃也。地方平坦，城垣低矮，一旦四面環攻，砲器火藥甚少，是城郭不足恃也。縱能禦之，而援兵遲至，倉廒無積，是糧又不足恃也。有此數難，當達權暫退，再作商量。弟豈不知食君之祿、守君之土耶』？效齡聞言，如夢方醒曰：『非公剖晰，幾乎誤矣』。約二更，即率騎兵各飽食，同效齡開西門遁。
百姓知文武棄城去，天曙，迎成功入城。功出令安民，不許騷擾，民賴以安。功以葉翼雲為同安知縣，勸諭追徵，以助軍需。陳鼎為教諭，傳告諸生，起義勤王。忽報輔明侯林察自廣東逃回，因與蘇觀生等共立紹武，曾禦永曆於三水，後共鎮虎門。廣東破，不敢歸永曆，仍回閩見成功，詳陳瞿式耜等擁立桂王始末。成功加額曰：『吾有君矣』！遂設香案望南而拜，尊其朔號。即修表，遣原隆武中書舍人江于燦、黃志高二人從海道入廣稱賀，並條陳時勢。即以邱縉、林壯猷、金作裕三將守同安，自領大隊舟師至銅山，候永曆旨，以便會合恢復。
提督趙國祚知同安陷，飛報總督轉題。奉旨遣佟鼐、李率泰、陳錦三大人督師恢復各處地方。七月初三日，檄到。邱縉等聞報，即與葉翼雲、陳鼎議戰守策。翼雲曰：『今新君登極，我藩主志存勤王。以一城托我等，自當竭力禦守。邱、林二將軍可督兵守大盈嶺，以扼泉師。金將軍守苧溪嶺，以扼漳師。翼雲等督民兵守城。一面通知本爵（即芝豹）出奇兵於五陵，從中截殺，以分其勢。一面飛請藩主回軍救援。不知諸公意下如何？金裕等應曰：『公籌畫得宜；謹聽尊命』。即出兵守要口。佟鼐督師至，邱縉、林壯猷列陣以待。被領旗黃有信率驍騎沖突，三大人同提督揮軍齊進。邱縉中五箭，林壯猷獨力難支，遂遁入城。金裕聞邱、林敗績，空守苧溪嶺無益，亦斂軍回；與翼雲、陳鼎分門死守。三大人於八月十六日曉夜攻擊，雉堞平地，城遂破。邱縉、林壯猷、金作裕各巷戰力竭死。翼雲當城未陷時，謂陳鼎、邱、林三將曰：『余今雖未死於君事，卻得死於明土，亦吾輩之幸也』。迨至被擒解見，從容自若，與陳鼎俱不屈被殺。三大人以城內堅拒，傷士卒甚多，發令盡屠戮，血滿溝渠，應「同安血流溝」之讖（附記：有泉州同安金門人陳諱世冑，渾稱「鱛仙」。善術數，語事多中，舉動似狂。於丙戌遊三山，途次興化，聞仙遊油潭里有王志章者，能刺陰陽事。人稱活閻羅。往見之，志章業已先知，置片紙於硯底，屬童子候之曰：『若世冑到，令自取視』。次日世冑到，童子語知。世冑讀至『鱛魚死半途。同安血流溝。嘉禾斷人種（嘉禾者乃廈門之別號），安海成平浦』之句，悚然。奔見成功，以志章言上、陳。功怪其妄，不納。冑辭歸，途次小盈嶺暴病而亡。功聞之，亦為之訝。至同安戮屠、血流溝渠，功頗信之。後踞廈門，凡有俘者，悉斷其掌放歸，以『嘉禾斷人種』，欲以壓「種」字讖也（泉腔：「掌」讀作「種」）。癸卯十月，總督李率泰破金、廈，提督馬得功戰死，請棄諸島，移民於內地；築限界守之，犯者無赦。而嘉禾果斷人種。安平地在界外，亦遂成平浦焉。其讖悉驗）。
八月，成功在銅山，整頓船隻，訓練士卒，候廣西永曆信到。忽接葉、陳、邱、林告急請援文，即整大隊舟師回救。奈北風盛發，難以駕駛，五日方抵金門。偵報同安已破，諸將戰死，葉、陳不屈被殺，全城屠戮。功痛哭遙祭，情動三軍，遂移師鎮海、銅山。漳浦守將王起俸謀降，事洩，棄家從舊鎮入銅山；成功受降，加俸總練使，同柯宸樞聯絡銅山等處，募兵措餉；詔安縣五都人林日灼鼓眾拒之。功令甘煇往征，日灼旋滅。
十月，江于燦、黃志高同太監劉玉賫永曆詔到，晉封成功威遠侯。功拜受畢，厚待劉玉。遂興師從雲霄白塔登岸。守雲霄將張國柱迎戰，被施顯貴所殺。遂率眾攻城。中軍守備姚國泰拒守。城陷，國泰巷戰，重傷被擒。功惜其忠勇，令醫治，用為監督。
粵東原大學士陳子壯、兵科給事中陳邦彥同起兵，船千艘，合攻廣東。因故指揮楊可觀、楊景燁為內應，謀洩被殺，懸首城上。邦彥戰死。子壯遁據高明，遣家人陳榮賫書赴成功處請救。又原兵部侍郎張家玉，會故南海指揮安弘猷、訓導張治亦起兵襲東莞縣，殺典史張元鼎，知縣鄭鋈自縊。李成棟聞報，率兵至，擊斬安弘猷。家玉走龍門糾眾，遣閩將楊可樑亦賫家書至。成功即整師欲從虎門入援。至靖海，聞二家俱遭難，乃止（子壯字集全，號秋濤，萬曆已未探花，東莞人。守高明六個月，城破，被執不屈，引頸受刑。同時受難刑部主事朱實蓮，字子潔，天啟辛卯舉人；邑庠生黃英元、旻元。家玉字賢子，東莞人，崇禎癸未進士。佟養甲遣巡道張元琳至其家勸薙髮，玉冠帶出見，不允。元琳去，玉遂與師林洊謀起兵破東莞。韓如琰自惠州來會師。成棟至，弘猷戰死，張治、張恂、尹斌咸自縊。玉祖母陳氏、黎氏赴水死。妻彭氏大罵被刃。玉又率龍門眾拔博羅，糧盡眾潰。玉復走十五嶺，集三萬餘人攻增城。成棟往援，揮騎沖突。玉陣亂，死戰，項中三矢，傷一目，赴水死。割其首，顏色不變。其師林洊被執在獄，臨刑吟詩曰：『願續當年李侍郎，遺言謝世報高皇。獨憐一片忠精骨，不死沙場死法場』！張恂字士和，壬子鄉薦。張治字臺玉，潮之程鄉人。安弘猷，字叔壯，靈壁人）。
李成棟奉總督佟養甲令，提師攻桂林。後合平南、定南、靖南三藩勁旅，直趨武岡。劉承胤令其弟承祖輔永曆從間道奔靖州。大學士吳炳被執，不屈死。三藩圍武岡，折矢招承胤，胤舉城降。部議以其放永曆西去，殺之。永曆自靖州奔柳州，得何騰蛟、郝永忠、盧鼎兵俱至防禦，始安。佟養甲督兵攻全州，何騰蛟率焦璉、郝永忠、盧鼎合滇師趙印選、胡一清分道夾攻，養甲遁。
永曆仍還桂林，諸帥不和，兵譁爭構釁。成棟偵知，乘虛潛師至北門。式耜守城，騰蛟召諸將合擊，棟方退師。棟負平粵有功，而恥受制於總督。偶演戲，其妻張氏見而笑焉。張氏系陳子壯之妾，成棟抄其家，見張氏美麗遂娶之。相從年餘，未見歡顏；今日之喜，必有由也。棟詰之，氏曰：『為見臺上威儀，觸目相感』。棟令人取冠服自穿，氏起取鏡照之。棟躍起曰：『真威儀可觀也』！遂萌反念。密屬標兵譁索糧餉，齊集教場，然後請養甲出城撫輯。甲不知是計，同棟行。甫坐下，眾兵鼓噪，同時剪辮，即飛書通粵西。巡撫耿獻忠亦剪辮，江西提督金聲桓同副將王得仁殺童巡撫，剪辮反，應之，共尊永曆朔。聲桓、得仁咸是左良玉部將，李成棟隸高傑標下，且交好，故片紙至即從。永曆命兵部侍郎萬翔、兵部職方司揭重熙監局鑄印，封成棟惠國公、養甲襄平伯、聲桓豫國公、得仁建武侯、獻忠兩廣總督。成棟遣原翰林院檢討蔡之俊賫表前往桂林，請駕幸粵。永曆下廷臣會議，未定。瞿式耜疏言有云：『駕若東幸，軍中將帥謂朝廷樂新復之土；而成棟亦有邀駕之嫌。號令既遠，人心渙散，臣恐不能制也』。遂不果行。之俊還報成棟，棟具疏再請曰：『天下乃太祖之天下。今日光復舊業，何為樂新土？陛下若欲中興，須親統六師，行間指揮，俾諸將士奮勇僇力；四方咸知有君，自當響應。豈可偏安粵西，優游度日，令天下豪傑寒心乎？此臣鰓鰓至計，非冀邀駕之功』。遂令原給事蒙正發，再往南靖請駕。永曆方至肇慶，李成棟率文武跪接如禮。永曆撫成棟背曰：『朕今日中興，全賴卿力，決不吝分茅列土之封』。棟叩首曰：『軍旅之事，毋煩陛下深憂，臣自當竭力前進。第運籌帷幄，策應糧餉，豈可乏人？必須元老方可，請召瞿式耜』。永曆允奏，隨加成棟子李元胤為錦衣衛指揮使，提督禁旅。棟復上疏，速當發詔通成功，連兵恢復。召式耜使者三四去，而式耜固辭；且連上五疏乞休，不允。成棟無奈，陛辭回粵，出師。詔至廈門，成功拜接，遂大整軍伍，令芝莞統舟師從虎頭門進。
順治六年己丑（附稱永曆三年）春三月，成功留黃廷、洪政守浦之羅山嶺，柯宸樞守盤陀嶺。自統兵馬下詔安，師屯分水關。修書遣楊乾生入潮州，通總兵郝尚久。久乃成棟健將、郝永忠族姪。前因總兵車任重殺惠潮道李光垣、知府凌犀渠、海陽縣桂岳等，橫苛肆虐，百姓怨望，成棟偵知，密令尚久聲言援漳，假道潮州，屯兵城南。時值元旦，尚久輕裘緩帶，從者僅數人，入城拜賀。任重接見，尚久禮益恭，尊為前輩；並陳閩省求救之切，祈為策應，夫役已備，刻即起行。任重許之。尚久見任重不為備，辭出。囑親信於寓所之轉灣抹角，虔禮款散其左右。藏甲兵於內，整部伍於營，約聽砲響，立即搶門。任重果不疑，出城回拜，中計被擒。並其眾，報成棟。棟會總督修養甲，題為潮州總兵。棟反，馳封尚久新泰伯，久遲疑觀望。迨乾生賫書至，尚久拒之。成功大怒，率眾欲攻潮州。值施天福引土著黃海如來見，海說成功：『潮州有備，急則難取。不如旁掠諸邑，以緩其心；然後反擊，一鼓可得』。功從之，分師旁掠。有海澄人陳斌（其掌有人之貳，人渾號為「大巴掌」。曾從永曆於粵東。師敗回海澄，與楊廣不睦，廣率眾圍之。斌負其三歲子於背，外掩以甲，腰插鐵斧，手執大力，突出殺，至城門，門閉不得出。一手持斧砍門，一手執刀禦眾。眾逼之，斌怒，刀起人傷，人無敢近，碎門逸去。其勇如此）率眾來降，成功授斌為後勁鎮，合擊許龍。時張禮踞達濠、霞美二寨，糧甚足。楊廣、朱堯、唐玉勸功舍龍擊禮，願為鄉導。功於是撤師攻禮。禮聞大隊至，棄二寨走青林，遣人乞降。功允之，授為援剿右鎮。又令黃山為帥，督諸軍從靖海破惠來縣，以汪匯為知縣、正兵鎮盧爵守之。黃山復破黃山寨。成功回揭陽，會鴻逵。聞逵沈死張禮，心甚憐焉；以其無罪遭殺，載其妻子歸安平府中，養之。
順治七年庚寅（附稱永曆四年）正月，成功至潮陽，知縣常望鳳投降。令洪旭督徵糧餉。和平寨不服徵，遣右先鋒鎮楊才往攻。才破其寨，屠戮無遺。才不日亦暴病死，成功以林勇代領其眾。陳斌引黃亮釆來降。
三月，以施郎為左先鋒鎮、弟顯貴為右先鋒鎮、黃廷為援剿右鎮、王秀奇戎旗鎮、甘煇親丁鎮。
四月，成功復至揭陽，攻新埠寨。寨長乞輸餉，許之。
五月，詔安九甲萬禮從施郎招，領眾數千來歸（禮即張要，漳之平和小溪人。崇禎間鄉紳肆虐，百姓苦之；眾謀結同心，以萬為姓，推要為首。時率眾統踞二都，五月來降）。
六月，成功引舟師擊蘇利，風逆，反師圍潮州。陳斌燒斷廣濟橋，日夜攻擊。尚久死守，乞救於漳鎮王邦俊。俊亦奉恢復浦、詔檄，隨統大隊騎步至長橋，把守羅山嶺。黃廷、洪政不戰棄城遁。俊安民畢，偵知守盤陀賊眾，據險扼守，不得進。邦俊以騎兵往來誘敵，令副將王之剛從盤龍小路度嶺，又令遊擊張勝由杜潯而過雲霄，合圍攻擊。宸樞分頭迎戰，至砲矢盡，全軍皆沒。邦俊復雲、詔，進師黃岡。成功得報，不恨浦、詔之失，大傷宸樞之亡。知救援至，遂退潮陽。黃亮釆乘虛同陳拔五、李英等叛攻行營。甘煇迎擊，斬釆父子與拔五等，方定。
八月，芝鵬至潮陽，說成功取廈門為家。成功曰：『彼船隻倍多，部將老練。取之不得，反結為仇』。芝莞曰：『建國（即鄭彩）遠行，惟聯在廈。邇來橫征暴斂，民不聊生，取之正當其時』。施郎曰：『征之未見為是，當設計圖之』。功曰：『試陳可圖之計』。郎曰：『聯乃酒色狂徒，無謀之輩。藩主可領四只巨艦，揚帆回師，寄泊鼓浪嶼。彼見船少，必無猜疑。其餘者陸續假為商船，或寄泊島美、浯嶼，或寄大擔、白石頭，或從鼓浪嶼轉入崎尾，或直入寄碇廈門港水仙宮前。藩主登岸拜謁，悉從謙恭，然後相機而動。此呂蒙賺荊州之計也』。功曰：『此計甚當！但吾欲善取之，庶免殺兄之名』（彩、聯與成功通譜，故稱兄）。芝莞曰：『不殺之，恐其部卒戀主；不如殺之為是。建成、元吉豈非親兄弟乎』？成功點首。選健將五百，令甘煇、施郎、洪政、杜煇四將統之，配船四只，其餘依計而行。成功於中秋夜舟到鼓浪嶼，聯方宴客於萬石巖，作徹夜歡。次早，成功登岸拜謁，聯尚宿酒未醒。迨起梳櫛畢，出會。成功曰：『師屢敗績，赧顏相見。倘吾兄見憐，以一旅相助，得片土棲身，終不敢忘大德』。聯曰：『吾弟何出此言？軍旅相助，分所當然』。隨留小酌，快談雄劇，終日無倦。成功辭出，見聯不為備，密令諸船陸續進港，與聯艦比。且約部署，聽砲為號，爭先過船。成功設酒於虎坑巖還禮，聯即赴席。是日投壺角勝，酣暢倍常，至戌刻，方掌燈回。途次半山塘，杜煇等伏起刺聯，取其首級匿之，飛報成功。功於巖頂放砲，即勒兵入城。佯搥胸頓足曰：『誰殺吾兄？仇不共戴』！哭甚悲哀。令兵守聯與彩宅門，云：『非吾令不許擅入』！出示曉諭，有人報說者，賞千金。並即安民，市井無驚。其諸將船業為施郎、洪政、甘煇等所困。知聯死，陳俸、藍衍、吳豪等咸歸焉。繼而彩將楊朝棟、王勝、楊權、蔡新等率全隊舟師來降。功以棟為義武鎮，勝為水師統總。舊將藍登來見，授為援剿後鎮。又遣洪政持書折矢出招鄭彩。當彩欲行時，曾囑聯曰：『國姓航船來往，宜備之』！聯曰：『少年乳臭，虛名而已，何足介意』？彩曰：『弟言謬矣，切不可以少年輕之！細觀調兵，甚有經濟』。聯掀髯大噱曰：『吾兄行兵半世，何作此懦想？兵船糧餉，勝彼十倍，彼安敢正視』？彩曰：『「饑虎不可為鄰」，吾提師遠出，弟當留心防範，切不可以為戲』！迨至接聯被殺之報，嘆曰：『是吾之咎，托非人也』！迨洪政至，彩曰：『吾年老氣衰，細觀諸子弟，能繼志者，大木耳（大木成功字）。吾願全師解付』。令弟斌同政回廈復命。成功大悅，遣官往接。及相見，歡愛如初。言及聯事，成功大慟。彩將兵船悉交成功。功見彩誠實，永無猜疑，待之甚厚。卒於廈門。
蘇利偵知功航船回廈，率眾攻破惠來。守將盧爵戰死，知縣汪匯不屈自刎。成功差洪政招閩安、銅山、南澳諸島，咸聽約束。功以輔明侯林察為左軍、閩安侯周瑞為右軍、定西侯張明振為前軍′平彝侯周鶴芝為後軍，自為中軍元帥，用蔡福為內司中軍鎮。每軍大小船一百號，凡有原鎮各分隸之。泉州人馮澄世（字亨臣，隆武舉人，有機略）、潘庚鍾（字道宣，壬午舉人，善謀策）、紀舉國（壬午舉人，同安人）、林俞卿（武舉人，漳州人）、林奇昌（隆武舉人）、蔡鳴雷（晉江人，庠生）、諸葛倬（字士年，隆武恩貢）、蔣德璟（薦授翰林待詔，遷光祿寺少卿）、薛聯貴（字忠達，乙酉舉人，廣東潮州海陽縣人，後投誠任江西糧道）、鄭擎柱（丁卯舉人，後投誠）、鄧會（福州人，後投誠，授太原知府）等為參軍。整備操演，以俟進取。忽黃文從廣西間道賫永曆詔至。因何騰蛟攻長沙，命馬進忠由益陽出，為李赤心所殺。騰蛟不屈死。又南昌破，王得仁伏誅，金聲桓赴水死。守贛將高進庫為前導，直趨信豐。諸將勸李成棟且退師，棟不允。相持，會久雨，多叛去。棟憤甚，命酒，痛飲大醉。水漲甚，左右挽之上馬。馬失足，人馬俱沈。三日水退，棟立泥中，始知其死。杜永和舉全粵投誠，廣西危迫，召成功舟師從虎門入，李定國督騎步兵由三水出合攻。成功謝恩畢，用原總兵黃斌卿將黃大振為援剿前鎮，守海壇；撥水師阮引、何德、陸師藍登等屬芝鵬，鎮守廈門；自率諸鎮，配船百餘號，南下勤王。
十一月，至潮陽。時施郎與陳斌不睦，功因未進師。有首黃海如通尚可喜，成功遣林習山襲殺之，宥其餘黨，分配各鎮，一時乃安。
順治八年辛卯（附稱永曆五年）正月，成功舟師回南澳。以蕭拱宸為中衝鎮，沈親為護衛右鎮。令洪政、施郎、陳壎、鄭文星等回廈門。
二月，成功引舟師至白沙湖，遇暴風，收入鹽州港。擢蔡進福為內司水師鎮，施舉為水師右鎮。
三月，至大星所，殺敗惠州援兵，攻其城，下之。時福建巡撫張學聖按泉郡，偵知成功往粵東，立咨駐泉中路總兵馬得功，統兵乘虛襲廈門。得功隨統轄騎兵，先從五通渡過。水師鎮阮引不戰而遁。芝莞聞報，席捲珍寶，棄城下船。島中鼎沸，成功妻董氏懷神主出，步行海濱，見船仔招之曰：『我董夫人也』！舵工林禮泊岸，背夫人落船。夫人曰：『那只船是莞爺的』？禮指以重載者是。夫人令泊其船。芝莞見夫人，忙請曰：『此戰艦也，不便居。請夫人到家眷船中，有人伏伺』。夫人知此船系芝莞積藏，識破機關；乃曰：『媳婦喜乘此船。今戰征時候，非此不可』。莞再三相強，夫人坐而不動。得功領五百餘騎往來馳騁，百姓奔竄石洞。原閣部曾櫻，人勸其出遁。櫻笑曰：『吾今日猶得正命清波，幸也！遁何處』？自縊死（曾櫻字二雲，江西人，丙辰進士。隆武亡，依成功。門人阮文錫、陳恭以僧龕抬下船，至金門王槐家收殮）。
張學聖與興泉道黃澍、原同安縣張效齡督大隊至，適潮大漲，遂登五通山。一望波濤萬頃，而島嶼孤懸海外，險地也。顧謂澍曰：『此乃絕地。我若過去，船隻不繼，緩急豈能飛渡？實用兵之忌』。即下山，引師返。得功知後軍已退，不敢坐鎮，走篔簹港，遇鄭鴻逵將楊杼素、吳渤與戰。得功奮勇，射死吳渤，杼素不敢迫。施郎聞知，率陳壎、鄭文星等從廈門港登岸追趕至，得功戰少怯。計窮，遣人駕小船見鴻逵曰：『雖彼此間隔，各盡其職；然亦無時不懸念公也。今得功奉令過島，未曾擾一草一木。奈欲退無舟可渡，得功必死於此。得功死，分所當然；但恐此島人民萬不能全耳。且公兄在京，眷口在安平，其能安乎？不如寬得功片刻，假渡而歸。一舉兩得，得功幸甚，即公亦幸甚。乞熟思之』！鴻逵動昔日之情，亦以為然，放鬆高崎守，假漁船數只，渡得功回泉（鴻逵初除天津撫院鄭宗周坐營，轉隸都督孫應龍麾下。登萊之役，應龍失機，逮系天津獄；復與大同巡撫張廷拱同事。未幾，與芝龍平紅毛功，勳蔭錦衣衛掌刑千戶。繼晉指揮使。癸未，授登州副將。甲申正月，曾應遴薦副將鄭鴻逵緩急可用；詔益兵三千，命鴻逵鎮守南贛。至弘光嗣位南京，檄守釆石磯，以右軍都督掛鎮海將軍印。時得功為標下守備）。
當得功渡廈時，都督鄭德、副將周王臣坐快哨，飛奔大星報成功。功即率大隊舟師於四月初一日到廈門，計得功已去五日矣。成功大憤鴻逵賣情，令一應鎮將不許赴鴻逵衙署，逵遂移師出屯金門之白沙。成功親歷各要口，親祭閣部曾櫻。改廈門為思明州，以鄭擎柱為思明知州。督民夫築砲臺數處，撥勁旅防守。將董氏所乘芝莞船積藏金銀，搬充軍餉。
初十日，成功大會文武，議廈門功罪。實施郎銀二百兩，陳壎、鄭文星銀各一百兩。芝莞以失機論罪當斬。莞欲辯；而成功已冠帶請旨，出隆武所賜尚方劍，斬莞示眾。諸將悚然。頃獻首階下，功令懸之街三日，方許收葬。並有『本藩鐵面無情。爾諸勳臣鎮將，各宜努力。苟不前進怯敵，本藩自有國法在；雖期服之親，亦難宥之』。諭阮引、何德各綑責五十，藍登姑寬其罪立功。吳勃遣知州致祭，厚卹其家。於是眾軍股慄，無敢犯。
鴻逵在金門，見成功舉動威嚴，執法無私，亦將船隻悉付之。擇白沙地方築寨，廣搆亭沼，藝植花木，額曰「華覺」；笙歌自娛（後患足疾。至丙申，王進功攻白沙寨，成功合芝豹往救，進功退。功移鴻逵居金門）。成功見鴻逵謝權歸隱，擢萬禮為前衝鎮，陳朝為後衝鎮。洪旭守廈門，族兄泰守金門，季叔芝豹同施天福守安平，張進代李壽守銅山；陳霸守南澳，拒南洋許龍、碣石蘇利（蘇利，粵之饒平東界人，流落海豐時，有閩之同安人蘇秦，渾號「大目公」，標掠海上。利與碣石衛民構釁，爭殺不休。民潛出海外請秦為援。秦糾黨飛船而入，合民擊利。利敗，秦遂入碣石。利依秦為裨將，所戰必勝。秦喜利同姓，益親信重。秦偶沾疾，利刺秦自代：明末「五虎亂潮」之一也。後雖投誠，心懷不軌。迨奉旨遷移入內地，利不遵，遂反；為平南王尚可喜用參將高亮福、守備高亮禎兄弟為前鋒，一戰而滅。考之碣石衛舊誌，花都司有記曰：『衛地二十五步，有強龍入海，必有隗囂、公孫述輩踞此二十秋』。計利興滅足二十載，時日無多寡，其應驗如此。亮福字玄素、亮禎字履初，海豐赤坡人。玄素當明季之時，潮民苦於縉紳，眾共舉劉公顯為首，玄素其次也。餘馬茂素、黃文錦、魯瑞、黃義、呂雲璧、傅君禎、曾十千等，為九軍。玄素投誠，授參將。許龍潮之澄海人，亦明末「五虎亂潮」之一，踞南洋橫行無忌。後投誠。迨遷移，奉旨入京，官內大臣）。
五月，成功見布置得宜，將師移於金門之後浦，操演陣伍，整頓船隻，以俟興師。
七月，太監劉九皋賫永曆詔航海至，成功跪接。宣讀請安畢，詢帝行在，方知駐蹕潯州。九皋又說：『去歲曹志建戰敗，新虎關失守；馬進忠又戰敗於瓜里，師退武岡州，桂林大震。督師于元華、滇鎮趙邦選、胡一清、焦璉在平樂，懷私情，按兵不前，以致全州不能守，嚴關亦失。十月，寧遠伯王永祚與胡一清俱乏餉，入桂林，榕江一帶咸空壁。留守瞿式耜，命趙邦選出城禦敵，選不遵，再促之，挈家去。楊國棟、馬養麟出小路，兵潰，一清亦奔竄。獨式耜危坐署中，總兵戚良勳率五騎至，勸式耜速出，再圖後舉，耜不允；曰：『汝去！汝去！我去不過多活幾日。自古及今誰不死』？揮良勳出。總督張同敞亦自靈州逃回，聞城空，惟留守在，入見式耜，曰：『將奈何』？耜應以『封疆之臣，當死封疆，子無留守責，盍去諸』！同敞願同死。耜回顧左右，惟一老兵而已。令老兵於城上召中軍徐高入，將敕印付之，令馳行在。遂張燈取酒，相向而飲。天微曙，數騎至，執耜與同敞去見定南王孔有德。德舉手問：『誰是瞿閣老先生』？耜曰：『余是也。欲何為？城既陷，惟求一死』。德曰：『吾斷不殺忠臣，先生何自苦』？耜曰：『天朝大臣，豈你所可說乎』？德曰：『本藩亦先聖苗裔，天命所在，豈有逆乎』？同敞厲聲曰：『你不過毛文龍下走耳，毋辱先聖』！德大怒，喝左右縛之。耜曰：『此官詹司馬張同敝，不可辱』！德笑而釋之，還其衣寇。二人堅請死，德令暫出別居，遣官勸之薙髮，二人不屈。又令為僧，曰：『為僧乃薙髮之漸。髮短命長，不為也』。絕粒。十一月十七日，受刑（給事中金堡已為僧，僧名「金釋」。上書定南王，請葬瞿式耜、張同敞。吳江楊藝，為具衣冠葬於北郊之原）。帝聞報，自梧州趨潯州。陳邦傳謀劫駕，帝遂冒雨而走，諸臣在後，多被劫掠。至南陵，從行者惟嚴起恆、王化澄、馬吉翔、龐天壽等。並議調孫可望、李定國，合師恢復。因此特差九皋從龍門渡海，來求藩主，督全師從虎門而入，攻粵東，以分其勢』。成功曰：『君父有厄，焉敢坐視』？即擇日整舟師行。甫趨過粵之表裏，遇颶風，船各飄散。成功收入潮陽港。篷索損壞，不果行，回師金門後浦。
左先鋒施郎從將曾德犯法當死，脫逃賂匿成功左右，郎偵擒之。功馳令勿殺。郎曰：『法者非郎敢私，犯法安能逃？使藩主自徇其法，則國亂矣』。促令殺之。但持令者乃德摯友，回而不述執法前言；徒詭說『爾欲以藩令脅吾，面叱殺之』之語。成功大怒。次日，傳諸將入船，令右先鋒黃廷收郎，並父大宣、弟顯貴，交林習山守於巨艦。習山令副將吳芳看之。是晚有到船訪郎者。曰：『命不保矣，隨登岸去』。郎急謂顯貴曰：『危在旦夕，兄弟豈可俱斃？弟年壯，速當計脫』！貴曰：『兄雄略勝弟十倍。且我有子，兄尚無嗣。吾與父當之，兄急行，勿多語，恐有漏洩』。郎起，佯喜語吳芳曰：『吾以藩主欲殺我，誰知欲令我備鎧甲。此易事也』。取酒與芳歡飲畢，懇芳曰：『伴我登岸，往見當事』。芳見郎舉動雀躍，又以父與弟在船，遂信焉。令人隨之登岸。郎曰：『大路恐遇人不便，由小徑行』。芳之隨者是之。至草仔垵，郎出鐵錐錐死芳之伴者三人，走匿曾厝垵石洞中。是晚，成功聞報大怒，綑林習山欲殺。拘吳芳妻子，令芳偵尋贖罪。二十一日出令，收大宣、顯貴，斬之。嚴禁船隻，曉諭搜索。郎匿數日，饑餓難當，乘昏，奔其部屬左營蘇茂署（時茂頂郎左先鋒鎮缺），茂方晚食。郎見激之曰：『聞藩主千金高爵購我，細思賢弟與我最厚，特來相尋，免被他人邀功』。茂曰：『茂雖不肖，豈肯賣鎮主以求榮乎？且公投生非投死也。茂雖死亦不肯為，公幸勿疑』！飭守門者秘勿揚，隨飲郎，藏之。次夜，令心腹備小船載郎去安平，投施天福依芝豹，求為排解。俄而成功知，往召，郎已逸內地。成功得回報，憤其叔父市恩放郎（郎於順治四年依成功，至逃，共住四年耳）。
五月，成功擢戎旗中協林勝為援剿右鎮。整大隊，領中提督甘煇、左先鋒鎮蘇茂、中衝鎮藍登、宣毅左鎮杜煇、援剿後鎮陳魁、左衝鎮郭義、右衝鎮蔡祿、後衝鎮林明、前衝鎮統領余新、奇兵鎮楊祖、智武鎮藍衍等，從南溪登岸。漳州總兵王邦俊率騎兵一千、步兵二千，列陣於磁灶以待。杜煇、藍登奮勇奪先，率眾用藤牌厝抵箭迎敵。騎兵不能勝，矢將盡，少卻。余新、楊祖出左，蔡祿、陳魁出右，合擊。邦俊勢孤，遂潰，入城堅閉不出。
六月，成功回廈。舊將黃興投見，授興中權鎮。平和人黃梧來歸，即授副將。以監督陳六御為北鎮，管騎兵。
九月，成功復率眾入攻漳浦。王邦俊來援，被甘煇所敗，追至馬口始收軍。提督楊名高接王邦俊「海逆猖獗」報，統興、泉各鎮營進剿。成功偵知，令藍衍、杜煇為先鋒，以蘇茂、郭義私過小盈嶺之左埋伏，楊祖、蔡祿銜枚伏於小盈嶺之右，聽號砲三聲，各抄出夾攻，使彼首尾受敵。又令甘煇、余新為監陣接應，陳魁、黃梧為救援。自領林明、劉巧、林勝等，登山頂觀戰。名高知成功兵屯小盈嶺，即以騎兵五百為先鋒，分步兵三千為二隊以應之；又以騎兵六百作二隊，為左右救援；自領騎步三千迎戰。時冬十一月，天氣嚴寒，名高謂諸將曰：『海賊赤腳，可乘今日凍慄擊之』。遂進，遇於嶺下，兩相交鋒，勝負未分。成功令林明發砲。明連發三砲，而楊祖沖出。高分兵接禦，蘇茂、郭義從後抄殺。高隊大亂，死者甚多。名高退回泉州。
十二月，成功乘勝旁掠諸縣。漳浦守將楊世德、陳堯策（字邦纘，系功之舊將）獻城投降。授世德英兵鎮，堯策護衛前鎮，林其昌為漳浦知縣。成功見士卒繁多，地方窄狹，以器械未備、糧餉不足為憂，遂與參軍等潘庚鍾、馮澄世、蔡鳴雷、林俞卿共會議。澄世曰：『方今糧餉充足，鉛銅廣多，莫如日本，故日本每垂涎中國。前者翁太夫人國王既認為女，則其意厚。與之通好，彼必從。藩主何不修書，竟以甥禮自待，國王必大喜，且借彼地彼糧以濟吾用。然後下販呂宋、暹羅、交趾等國，源源不絕，則糧餉足而進取易矣』。成功是之。令兄泰造大艦，洪旭佐之（旭字念盡，同安人）。以甥禮遣使通好日本。國王果大悅，相助鉛銅；令官協理，鑄銅熕、永曆錢、盔甲、器械等物。以原縣戶掾黃愷（號龍劍，有口辯材能）為徵餉官，以督徵泉、漳、福、興沿海地方，以資軍餉。阮駿、阮美自舟山來歸，令原船聽用。海澄守將郝文興遣人密款於成功。功允之，授興前衝鎮。
順治九年壬辰（附稱永曆六年）春正月初二日，成功乘潮大漲，航船直抵中權關。郝文興迎成功入城安民，以黃維璟知海澄縣事。有同安浯州人周全斌投謁（斌刀筆吏，有文武才。浯州，金門別號），功問恢復進兵策。斌對曰：『若以大勢論之，藩主志在勤王，必當先通廣西、達行在，會孫可望、李定國師，連■〈舟宗〉粵東，出江西，從洞庭直取江南，是為上策。奈金聲桓、李成棟已沒，廣州新破，是粵西之路未得即通，徒自勞也。今且固守各島：上踞舟山，以分北來之勢；下守南澳，以遏南邊之侵。興販洋道，以足糧餉。然後舉兵取漳、泉，以為基業。陸由汀郡而進，水從福、興而入，則八閩可得矣』。功大悅曰：『此誠妙論』！授全斌房宿鎮。初十日，功遣各鎮從江東入攻長泰。王邦俊率兵援之，相遇於溪西，俊失利。二十三日，俊復來援，敗回。
二月初三日，功督令攻城，遊兵鎮吳世珍奮勇先登，被砲打死，城不得下。成功密遣火器鎮何明鑿地道擊之。甫開鑿，報總督陳錦提兵至。
三月初七日，功移營江東。初十日，錦師札牛蹄山，相去僅五里。錦欲進兵，提標右營遊擊張玉諫曰：『海賊國姓，少年英勇，詭計甚多。現札江東，未可陡進。且踞守於此，遣人密通漳鎮，另調一旅，由長泰小路出，從中沖出，使彼首尾不顧』。錦喝曰：『皆是爾這班怕死的，虛糜君祿，養成禍胎。這樣蝥賊，何足掛齒？本部院前在小盈嶺一鼓破之。本該割爾頭以儆慢戰之罪；姑念用人，暫且記罪。如若再犯，決難輕恕』！錦實狃於同安之勝，不以成功為意（陳錦曾同佟鼐、李率泰為三大人，督提督趙國祚攻邱縉於小盈嶺復同安縣有功，是以擢福建總督）。
十三日，錦率諸軍沖營逼戰。功令蘇茂、林勝迎敵，杜煇、吳豪旁出合擊。錦軍大亂，退劄於同安之鳳尾山。羞慚憤怒，偶食不如意，大鞭撻其奴庫成棟。棟恨，夜攜匕首刺錦，割其首級，潛奔獻成功。功佯喜厚賞之。次日，會文武，令收棟。棟稱『無罪』。功曰：『爾殺主求榮，天下之大罪人也。本藩決不用此不義罪人』。令斬首示眾（有記錦於七月，誤也）。長泰守將李清聞錦失利被刺，十八夜棄城遁。功入城安民，以馮澄世為知縣。擢黃廷為前提督，黃山為後提督。
四月，成功督大隊出圍漳州，劄南院。凡各縣錢糧，徵解軍前。陳錦當被庫成棟刺死，將首級盜去，次早方覺，追之不及。眾軍無主，各星散回汛。撫提會題，又得漳州緊報，隨馳調浙鎮馬逢知（原名進寶，渾號金衢馬）率兵援漳。成功會諸將集議。甘煇曰：『逢知至，煇願領兵禦之』。功曰：『不然。凡行兵之道，豈可全恃勇力？當明彼此之情。今陳錦新喪，提調無人，撫提以素稱饒勇之逢知，著其前來，必以一當百。勿戰，縱之入城，然後圍之。城內多添人馬，糧食易竭。外調既遲，內勢窘促，破之必矣』。諸將拜服。即馳令『自萬松關以及龍江一帶，悉撤避。援兵至，勿阻他。但揚威而已，縱之入城』。逢知果恃勇猛，率精銳馬騎一千、步卒三千，飛馳至灌口、深青地方，無人敢敵，悉避之。待欲安營，忽四面搖旗吶喊，似逼戰狀，終夜如是，兵馬不敢卸甲。後路漫山遍野，連營屯劄；惟有往漳一路無阻。甘煇前來邀戰，逢知因一夜不寧，人馬咸倦，不敢戀戰，且敵且退，走入漳城。成功襲其後，仍將城圍困。馬逢知退入城，養精銳數日，領所帶精騎，開東門，直沖成功營壘。功令陳勝、陳斌、蘇茂、蕭泗四將迎戰，自領甘煇、周全斌、陳堯策、郝文興等四面雲梯臨城。逢知無心戀戰，棄陣回衙。邦俊出兵接應，死傷甚多；而外援遂絕，勢益危蹙。成功百計攻擊，晝夜不絕。逢知、邦俊悉力堵禦，功不能克。巡撫宜永貴先接塘報，屢稱馬逢知所向無敵，統兵入漳，以為圍解。迨後羽檄踵至，知成功用賺兵計，賺逢知入城，連逢知俱圍在內，攻打甚急。永貴遂集船二百餘號，傚擊魏救韓法，出攻廈門。功令甘煇為帥，督水師禦之。相遇於崇武，煇大勝，報捷。成功急攻城，逢知虞內變，將所帶之兵雜守陴堵，隨壞隨築。功屢犯，損傷甚多，而計亦拙。
八月，時值秋霖，張名振獻計曰：『離城三十里有鎮門者，兩山夾岸，可將木石塞滿，激水灌城』。功曰：『此計誠妙』。令甘煇、周全斌、陳堯策、陳斌等，督諸鎮監攻四門。自領張名振、黃廷、黃山、蕭泗等至鎮門，令兵士將大木於象鼻列柵過獅頭（漳城有獅、象把水口），用壞船裝石，沈水堆塞。奈溪流澎湃，終不能蓄水，塞此崩彼，徒費眾力，百姓遭苦。但城內人民繁眾，蓄積無備，客主之兵既多，倉廩之儲告匱，遂奪民食，至不敢舉煙。徐而各戶斷粒，金珠寶玩，賤加瓦礫；紙皮樹葉，尋取殆盡。弱肉強食，死亡塞戶。獨有一家，見城被圍，不能脫出，虞有奪食，將所剩米舂粉，做成塊，晒乾，疊起，外抹以泥。俟更深人靜，邏卒巡更過後，私敲一塊，煮爛如糊食之，得保焉。又有公姑餓甚，欲殺其媳食。媳知，逃歸母家。其父母問以歸之故，女述公姑意。父母曰：『吾生汝，且不得食，反與彼食』？隨殺其女食之。
九月，固山金礪奉命入閩，會新任總督劉清泰統滿漢官兵馳救漳圍。礪屯同安，與諸將議曰：『成功行兵有法。若以大隊齊進，恐墜術中。當分一旅，由小路出長泰，將步卒為先鋒，從中殺出。吾統騎兵從大路攻擊。彼師已老，能略挫其銳氣，則勢如破竹矣。此圍可解』。諸將服其論，依計而行。成功知金礪領兵至，攻愈急。令周全斌為帥，督蘇茂、吳豪、黃梧、楊祥等鎮前去禦敵。相遇於龍江之東。吳豪、黃梧首先沖陣砍殺，全斌率諸鎮應之。忽左右騎兵出，箭如雨下。全斌分兵而禦。正酣戰間，流星馬飛報，有兵暗渡長泰小路，抄出江東矣。斌驚為其所截，急鳴金收軍。礪飛捲而追，斌退陣亂，橋關悉為礪奪。成功知全斌敗，即令甘煇、陳堯策、楊祖、蕭泗等守關踞橋。甫至瑞香亭，接全斌軍，云關已失，煇不敢前，急報成功。功傳令撤圍，煇殿後，屯古縣（離潭三十里〔乙本作二十餘里〕，皆鄭姓所居）。金礪入城，見殘黎餓莩，令守道周亮工（字櫟園，江南進士）發府縣倉米，煮粥賑濟。但餓死者十有其三；而就賑者下咽立斃，又十有其七。枕籍街衢，橫列閭巷，發收骸骨，計有七十三萬餘眾，瘞三大穴：一碑「同歸所」、一碑「萬安所」、一碑「萬公所」。其收不盡、落溝陷阱及自埋者，不可勝計。
金礪休息數日，與馬逢知、王邦俊議曰：『郡圍雖解，而海賊現在古縣，尚有覬覦之心。倘再率眾由三叉河截踞江東橋，一隊從赤嶺港登岸，豈不復如前轍乎？當急除之，以復海澄。公宿將，與士卒同甘苦，仍守城池。俟吾統一旅之師破之』。逢知曰：『公妙算宜速行，莫使餘灰復燃』。
十月初三日，金礪督騎兵作三隊而進。成功令提督黃山領右先鋒鎮廖敬、護衛右鎮洪承寵、禮武鎮陳俸、親丁鎮郭廷等，率火攻迎之。是早西北風，凡火筒、噴筒、鳥槍、營砲，其煙被風回反陣中，軍士一時眼迷。礪乘勢沖殺，諸軍皆沒；非煇與廷力禦，幾無遺類。成功退屯海澄，仍以郝文興、王秀奇二將守之。成功出廈門，金礪回漳郡報捷。
順治十年癸巳（附稱永曆七年）三月，成功遣張名振率水師船二百餘號北上，陳煇等為援。
四月，金礪奉部文取海澄，劉清泰調水師出福、興二港合攻。成功令林察、周瑞、周鶴芝、阮駿、黃大振等前往海壇迎敵。察船泊湄州，遇颶風飄入興化港，被擒。二十八日，金礪全師出，劄祖山頭。郝文興飛報成功。功率大隊於五月初一日至海澄。令王秀奇、郝文興、陳堯策、萬禮分守鎮遠寨；甘煇、黃廷守關帝廟木柵，連接相應。就天姬宮起將臺，親登觀兵督戰。初三日，金礪率騎步數萬，連營與天姬宮相對，安火砲數百門，日夜攻擊不絕。木柵倒壞，士卒損傷。後勁鎮陳魁、後衝鎮葉章請成功令領兵沖營，功許之。初五日辰刻，魁等乘砲煙沖出。被金礪伏騎齊起，葉章奮勇沖擊，戰死。陳魁箭傷，全軍受困。甘煇、黃廷望見，急開柵，突圍救回。功令魁出載廈門醫治，以楊正暫統其軍。擢周全斌為後勁鎮。初八日，金礪督眾攻營壘，砲聲振天，城垣隨壞隨築。成功坐將臺，張蓋指揮。礪望見，令砲對臺齊攻。諸將見砲如雨點，勸功下臺。功曰：『砲避吾，吾豈避砲』？又勸功去蓋，功亦不允。甘煇情急，親掖功下。甫離臺數層，而座已被砲碎矣。礪欲攻城，悉為鎮遠寨所援。議不擊鎮遠，其城終難攻。隨往取鎮遠，王秀奇等死拒之。短牆皆陷如平地，士卒無可容身，奇令掘地窩藏之。功乘夜遣火器鎮何明率洪善等，將河溝邊盡掘地道，埋火藥，留藥心於外以待。礪將老弱者率民夫為勢攻擊；別選精勇二隊飽食，乘五鼓，聽營中號砲三聲，齊攻填濠，緣城扳柵。成功令按兵守禦。忽礪營建發三砲，郝文興請曰：『是欲臨城』！功不信。王秀奇曰：『果是號約，宜防備之』！甫傳令，而喊聲轟雷，雲集風擁，填平溝壕，齊倚登城，文興、秀奇、堯策、全斌等勒兵執斧木棍火桶火箭交擊，凡爭先登者，悉死城下柵邊。礪督後者再登時，東方將白。功令放地道，一聲霹靂，燒死無數。礪方退，又遇蘇茂、甘煇等截殺。礪弗敢停鞭，領師回漳郡。自是，海澄功守益固。十五日，成功回廈門，大賞有功將士：以甘煇為第一。
六月，監督池士紳奉成功令，以臘丸賫帛疏，由陸路詣廣西行在，報「殺陳錦、敗楊名高」捷；回同兵部侍郎萬年芳（江西人，崇禎兵部左侍郎）賫永曆詔至，晉封成功漳國公。功受封畢，仍遣士紳與年芳從海道進謝表，並請諸將會議恢復。功令馮澄世督修海澄城砲臺濠溝，以便出師。
七月，固山金礪回京。成功率船犯海澄，用土人楊廣為鄉導，攻烏丁壩。寨主陳鐵虎者善用兵，寨又堅固。功督諸將用力填壕，為飛彈傷足，遂退師。出港口見海水紅光閃爍，有大熕二門浮起。功急令撈之，名之曰「龍熕」；以副將楊廷統五百人翊衛。
八月，功屯揭陽。洪旭遣員報其父芝龍差李德來報，封「海澄公」勸其歸降。成功回廈。
九月，潮州總兵郝尚久差心腹將楊清時至廈門請救。成功惡其前至潮州通伊叔南安侯郝永忠，欲令其會師接李成棟，而尚久不從，致失機會。今一旦無故而殺道府，計窮請救，意不欲援。周全斌請曰：『倡義原當納降。雖尚久有前日之拒，今已悔過來歸，若不往救，恐失天下勤王之心』。功令陳六御為帥，統楊祥、江龍、黃梧、蕭泗、吳豪等鎮先入揭陽港，自督大隊繼進。但郝尚久自恃殺車任重有功鎮潮，而肆行無忌，百姓苦之（按順治六年，潮州總兵車任重殺惠潮道李光垣、知府凌犀渠並海陽縣桂岳等，橫虐百姓，李成棟遣尚久用計殺之）。惠潮道沈時、潮州知府薛信辰見其凌剝妄為，每事與抗，久心憤甚。迨報劉伯祿代之，尚久集諸將議曰：『本鎮屢建奇功，而守此城。前者國姓來通，本鎮若稍易念，則全粵去矣。今日太平，文官欺侮我們。況本鎮世受國恩，永曆現在廣西，舉義以應，豈不垂名萬世』？諸將唯唯，毋敢逆者。於三月十五日執沈時、薛信辰剪辮，會黃錦、鄒鋈、梁猶龍等，奉永曆朔，移新泰伯，踞潮屬各縣。惟吳大奇、許龍（龍，潮之澄海人，據南陽，橫行無忌，後投誡，奉旨入京，為內大臣）各治兵不附之（黃錦字綱菴，壬辰進士，南京禮部尚書。鋈字□□，辛未進士，官拜襄陽知府。猶龍字臨海，戊辰進士，福建參謀。俱潮州府人）。奉旨，以平南王尚可喜、靖南王耿繼茂、總兵劉伯祿、郭虎、班志等合剿。尚久偵知，虞城中有變，大興土木之工，於北之金山城頂再築一寨，高聳堅固。中挖兩井，深百丈，源通韓溪，可飲萬人不竭。又起蓋倉庫，堆積糧餉、薪炭、食物諸類，以作永遠計。平南王尚可喜、靖南王耿繼茂調高、雷、廉、韶以及南雄、肇慶等營暨饒平總兵吳大奇（奇字葛如，福建汀州人，海陽籍。明末踞大埔、程鄉、饒平等處，亦「五虎亂潮」之一也。後投誠，授饒平總兵，平潮有功，掛印加少傅銜）、碣石總兵蘇利、南洋總兵許龍，合圍潮州。尚久見圍緊援絕，惑信巫術。而巫者每降神語：『自當祐庇』。會天雨暴漲，尚久虞灌城，請於巫。巫者降神：『常用大鐵鎖數百觔鎖蛟龍，則安』。尚久立令製造鐵索。巫曰：『神退』。諸巫讓之曰：『何事不可言，而言此險語？汝當自下海，勿累他人』！鐵索成，尚久鳴鑼擊鼓，與諸巫送前巫者沈之江。頃而起，尚久見，令人救之，僥倖不死，愈深信惑，遂疏提防。親信領旗王安邦見尚久昏迷邪術，不親軍旅，忖其必敗，密遣人投降。約書悉投南門外關帝君袍袖裏，各以瞭哨往來相通。十一日，可喜督兵攻城。夜二更，從西南角雲梯上城，城中大亂。尚久知城破，急抽兵入寨。而大隊突至，門弗及閉。情急跳井，其子堯亦隨之下。潮州平。陳六御舟師甫至南澳，聞潮已破，不敢進援而還。
十月，原浙江監國魯王逃舟山，閣部熊汝霖與建國公鄭彩輔之。迨汝霖死，彩解權，周瑞等悉歸成功，兵微船少，而浙江舟師又出，張定國糾眾與禦，大敗。吏部尚書張肯堂、巡按朱天祐死之。魯王不敢守，與瀘溪、寧靖王及益王孫等航船至廈，遣黃門通知成功，成功集馮澄世、潘庚鍾、林俞卿、鄭擎柱、薛聯桂，鄧會諸參軍議接魯王禮。庚鍾曰：『魯王雖曾監國浙右，而藩主現奉正朔，均臣也，未可以監國言』。成功曰：『此是朝綱。且論今日相見之禮』。庚鍾曰：『相見不過賓主』。成功曰：『不然，若以爵位論之，魯王尊也；況經監國。若用賓主禮，是輕之。輕之，是綱紀紊亂矣。吾當以宗人府府正之禮見之，則合祖訓，於禮兩全』。諸參軍拜服其論，成功豎宗人府府正旗，請魯王相見，各安慰敘情。出，隨給屋請住，月送俸薪。又有鄉紳王忠孝（字愧兩，泉之惠安人，戊辰進士。初除戶部主事。至弘光，授紹興知府，擢副都御史。隆武升兵部侍郎，總督軍務，賜尚方劍，便宜行事。後依成功。至丁未歲，卒於臺灣）、張正聲（戊戌進士，泉之同安人，官兵部職方清吏司）、郭貞一（庚辰進士，泉之同安人，官都察院右副都御史）、謝元汴（字途野，癸未進士，粵之潮州揭陽縣人。永曆授為兵部給事中，尋削髮為僧）、辜朝薦（字在公，粵之潮州揭陽縣人，戊辰進士。崇禎朝，官兵科給事中。後依成功，至甲辰年卒於臺灣）、許璟（字得璟，戊辰進士，興化府人，官潮廣參議。依成功，卒於廈門）、唐顯悅（興化仙遊人，壬辰進士，官尚書。以長女孫妻功長子經。後依成功，卒於廈門）、張煌言（字玄箸，浙江鄞縣人，壬午進士）、李茂春（字正青，漳州龍溪縣人，隆武舉人。後依成功，卒於臺灣），蔡國光（字觀之，同安人，甲原進士）、林蘭友（仙遊人，辛未進士，官副都御史）、許吉璟（泉州人，癸未進士）、萬年英（薦漳浦縣生員劉玉龍有才學經濟，成功用之），其安插供給，與諸宗室禮同，悉以前輩重之，軍國事輒咨問焉。
成功遣李德回京，惟囑復以『不聽吾言，致有今日。然既誤之於前，本藩豈有明知故蹈，再誤於後乎』？德不敢復稟，遂行。功令甘煇督率諸鎮下粵之揭陽，以措兵餉，以足兵食。