永历与绍武的对立
1645年，当弘光皇帝的死讯传到边远的南方时，那里的许多官员，包括广西巡抚瞿式耜和两广总督丁魁楚在内，都赞成拥立朱由■，他是新近去世的桂王的儿子，按世系应继承福王。1643年，当张献忠的队伍侵犯湖广南部时，朱由■和他的父亲从他们的封地逃到广西梧州避难，1644年，他父亲在那里死去。朱由■和其他一些人把唐王看成一个专横跋扈的暴发户，认为他的称帝破坏了按次序继承的原则。但他们把他的登基作为既成事实接受下来，并作为隆武的臣属履行职责。但朱由■在袭桂王王位之后不久突然死去。
这样就剩下他父亲最小的儿子永明王朱由榔。［1］ 他22岁，生命的大部分在舒适的闲散中度过，直到张献忠的人马使他备受逃亡、被俘和差点被处死的惊吓。他好歹从湖广西南部逃到江西；后来被丁魁楚安置在肇庆。现在，由于他的兄长们一个接一个死去，他突然成了万历皇帝唯一活着的亲孙，明朝皇位的合法继承者。
当福建传来不祥的消息时，瞿式耜和其他官员试探出永明王愿意登基当皇帝。唯一表示坚决反对的，是永明王名义上的母亲王氏，她现在操纵她丈夫身后唯一继承人的全部事务。她认为永明王太年轻，没有经验，软弱，担负不起这乱世的重任，而广东现时又没有很多大臣，甚至连一支像样的军队也没有，无法组成一个政府并保卫它。
1646年11月初，丁魁楚接到隆武皇帝殉国的确实消息，问题就变得紧迫了。瞿式耜和丁魁楚强调国不可以一日无君，说服永明王于11月中旬在肇庆即监国位，肇庆曾是明朝一处封地的所在地，广东巡抚和两广总督的行辕也设在这里。［2］ 瞿式耜和丁魁楚成为新朝廷的大学士，湖广的主要官员被授以其他重要职位，各级武职则授与湖广、广西、四川和贵州的几十个将领。
先前，广东派出大部分有组织的武装力量去支援江西南部的防御。只留下少数难以控制的地方武装去对付（或参加）成群结队的土匪和海盗，自从1644年北京陷落的消息传到广东后，他们的活动就更加肆无忌惮了。接着在11月下旬，新监国得知赣州的义军已于12天前被清军击破，感到他和他的家室很不安全，就西去梧州。那里离清军的威胁较远而离广西忠于明室的军队较近。他不知道另一个威胁正在附近出现。
这个时候，一批隆武朝廷的官员陆续到达广州近郊。这些人中有几个曾与永明王的支持者有联系；但都感到他们不能全心全意参加那个政权，原因是个人的失意，他们做惯了大官，不屑做小官，或因肇庆集团对他们感恩戴德的隆武皇帝抱有成见。有的人还对这个新监国缺乏信心，特别是当他一看到危险，就那么轻易地离开广东之后。总之，当隆武皇帝的弟弟朱聿■于12月5日从海路到达广州后，人们抱着热烈的期望迎接他。几天以后，根据弟弟可以继承哥哥的原则，他在广州称帝，即绍武皇帝。这个政权最重要的一些官职，几乎全由广州本地人担任。
梧州的永明朝廷得知朱聿■称帝的消息时，立即决定永明王应回肇庆即皇帝位，认为他的大臣们的较高的威望和较广泛的权力最终能使他的朝廷得到普遍的支持。于是，1646年12月24日，监国永明王在肇庆成了永历皇帝，并匆忙在肇庆与广州之间的西江各战略地点设防。
武力较弱的永历朝廷企图进行谈判，结果他们的使者在绍武朝廷被杀。到目前为止，广州一直有广东土司的军队驻守，［3］ 是一个易于防守的地区，这个情况增加了绍武集团的信心，尽管他们自己的军队主要由不可靠的山贼和海盗组成，是被说服在官方的旗号下作战的。永历和绍武两军之间接连发生两次战斗：第一次，在1647年1月4日，被永历的兵部侍郎轻易赢了；但三天后的第二次，永历军队几乎全被歼灭。
两个朝廷的注意力和珍贵的人力物力，被用在这种自相残杀上，而双方更大的共同敌人却被暂时忘却了。正当绍武朝廷为庆祝他们对永历军队的胜利，在1647年1月20日举行正式的军事检阅时，广州却遭了浩劫：清军骑兵只遇到惊惶而无组织的抵抗。他们从福建的漳州一路赶来，没有被全神贯注于别的事情上的绍武朝廷所发觉。由于现在已不可能进行任何抵抗，首辅遂自杀；他的大多数同僚投降。绍武皇帝企图逃走但被抓住，跟当时聚集在广州的其他许多明藩王一样，后来被杀。［4］
当关于这场灾难的消息传到肇庆的永历朝廷时，最初的反应是怀疑；但接着而来的报告驱散了一切幻想。1月下旬，永历皇帝匆忙离开肇庆去梧州。从那里，他继续前往桂林，形成了一种望风而逃的格局。这个格局有效地排除了西南各地真正的地区支持的发展，特别是使广东的人民永远地疏远了。
清军初次突破两广
如此神速地侵入广州的清军，是两支军队的典型结合：可靠、有纪律的八旗兵小部队和不太可靠、纪律较差的前明军的大部队——他们在清军进入北直隶后就投降了。这一次率领清军的是佟养甲，他原是辽东的汉人，出生于镶蓝旗，最近跟随博洛出征浙江和福建。率领前明军的是李成栋，他自从1645年在徐州投降后，几乎不停地替清军打仗，平定长江三角洲地区，征服福建。
广州平定后，佟养甲和几百人留下，李成栋继续取肇庆，他从那里派出两支小分队，一支沿北江而上，一支南下雷州半岛，后者后来渡过海峡到海南岛。同时，李成栋领着他的主力沿西江去梧州，于3月5日到达。他从这里派出侦察队到广西中部和西北方向的桂林，1647年4月15日，清军小部队的一次突然袭击差点占领了桂林。
整个广东和半个广西在清军面前以惊人的速度沦陷。清军再次扩张得太快，这种局面在清征服过程的每一个阶段都重复发生。明朝政府的外部标志——官印、衙门、城墙、岗哨——是容易接管的，只要这些地区的明朝政府已经失去威信。清当局常常发现比这困难得多的事是恢复社会秩序，特别是因为各种破坏分子都与抗清复明的忠臣义士结盟，开始打出正统的旗号。
许多地方只是为了保存自己，自动武装和组织起来杀一切入侵者——满族人、北兵、义军、明官军、土匪或海盗。佟养甲知道，广东的平定有赖于恢复从广州经湖广至长江中游地区，特别是经江西至江南地区的贸易路线的畅通。那些现在在广东除了打斗和偷窃就无以为生的人，那时就可以找到建设性的工作。但这时佟养甲没有足够的人去完成这个任务。
由于李成栋驻在西边，三角洲地区的土匪和义军不久就看出广州的清军只能勉强守住城市，无法应付这个府其他部分的武装起义。于是，从1647年3月中旬直到11月底，著名的“广东三忠”（东莞的张家玉、顺德的陈邦彦、南海的陈子壮）领导了一系列短期的抗战。［5］ 他们无论与永历或绍武政权都没有密切关系，因此他们在这个期间的所作所为应看成是一般地为了恢复明朝，而不是特别为了永历王朝，尽管这对后者有利。
当这些抗战活动一开始，佟养甲就命李成栋立即回到广州地区，他于4月初到达那里。从那时起直到秋天，他被迫疯狂地从一个地区赶到另一个地区，镇压一次又一次起义。最后，他的军队优越的实力和组织占了上风。10月中旬，陈邦彦在清军围攻清远时被俘；11月初，张家玉在增城与李成栋军的一次激烈战斗中被杀；11月下旬，陈子壮在李成栋军占领高明时被俘。陈邦彦和陈子壮都在广州被公开地残酷处死。
这些爱国志士所以未能恢复明朝对广东中部的控制，是因为他们招募了许多土匪和海盗参加他们的战斗队伍；结果，他们在自己的家乡不能得到其他社会贤达的广泛支持。但是，通过迫使李成栋从梧州回救广州，并留在广东中部，他们成功地解除了永历朝廷受到的直接压力，从而帮助这个朝廷度过1647年的许多磨难，并生存下来。
流亡朝廷在广西和湖广东南
3月中旬，永历皇帝一行曾在桂林作短暂停留，广西巡抚瞿式耜的衙门即设在这里。鉴于离清军很近，朝廷继续往更远的地方迁移，于3月20日溯桂江至全州，这里是广西和湖广之间的门户。这次迁移也有正当理由。现在明朝人数最多的军队是在湖广南部和西部；如果能把长江中游地区（现今的湖北和湖南）从清廷手中夺回来，那么，这里比更南的任何位置更有利于进攻。
但是，湖广各部队的供应基地和他们之间的关系极不稳定。总督何腾蛟在逃出左良玉叛变引起的灾难后，面临一个压倒一切的任务，即把被搞乱了的湖广各部队组成一支军队：第一，张献忠进犯时，有五支明官军隐藏在偏僻地区，在这个过程中他们脱离了中央的指挥和供应；第二，有三支原左良玉的军队在江西向清军假投降后，反正回到湖广；第三，有一支从云南去支援南京的军队，但在途中弘光政权就垮台了；第四，李自成的残部，他们分裂成四支，每支都曾模棱两可地与清军进行谈判，后来接受了明朝方面的官职和头衔，先是从隆武朝廷，随后从永历朝廷。
湖广的政治和经济基础曾先后遭受张献忠和左良玉部队的破坏，不能承受这样大规模集中的军队，甚至在最好的情况下也不可能。现在，这些军队大多靠抢劫为生，甚至总督直接指挥下的军队也惯于用敲诈勒索的方式从已经一无所有的居民中榨取一点可怜的给养。各方面的镇将所关心的，主要是他们的指挥权不受侵犯，他们互相提防，只有在牺牲别人以加强自己的供应和防御的前提下，他们才听从何腾蛟的命令。
在朝廷，瞿式耜规劝说，皇帝一听到风声紧急就仓卒走避，有失去民心的危险。但因为皇帝已经去了全州，瞿式耜就劝告他安心留在那儿，准备一次“亲征”，经过湖广南部到武汉，他的莅临，会使湖广的军队团结起来，一致对敌。
但是，永历皇帝即将表现出他的两面性，这是他整个在位时期的特点。一方面，他不喜欢他的心胸高贵的大臣们要他勇敢、坚毅、有远见的劝谏。他怀疑他们的大言壮语，感到他们十分乐意让他置身于危险之中。另一方面，他心怀感激地投向任何一个军阀的怀抱，只要他看起来能保他和皇室的平安，唯一使他恼怒的，是这种保护常常强加给他种种限制。
这时，湖广最跋扈的镇将刘承胤说服皇帝于5月19日把朝廷从全州迁到湖广西南部他的驻地武冈。这样一来，皇帝不是去监督湖广的各镇将，而成了他们之中最受人憎恨的一个镇将的人质。在武冈，刘承胤和他的亲信大权在握，不可一世，用强硬手段把皇帝和他们所反对的大臣隔开。
整个1647年，清军在湖广的进展慢于广东。首先，为了与他们自己的宣传相一致，他们把进攻李自成残部列为首要任务，而李自成残部在何腾蛟的同意下，已经从洞庭湖向西和西北方向转移。其次，为了稳固武昌的后方，他们费了很大的气力平定义军和其他不顺从分子，这些人控制了湖广东北部的许多堡砦。因此，尽管北京在1646年9月就已宣布出征湖广南部，但孔有德直到1647年3月才占领长沙。尽管何腾蛟对清军这次进攻组织的抵抗十分无力，孔有德仍然感到情况令人沮丧。他没有立即打听出永历皇帝的下落，他的军队直到9月中旬才向武冈进发。
在武冈外围进行了几天保卫战后，刘承胤在9月23日准备投降，允许永历皇帝及皇室逃跑。带着少数互不团结的随行人员，主要在锦衣卫指挥使马吉翔的帮助下，永历皇帝一路历尽艰险，绕道逃回广西。1647年，许多留在广西的大臣加入暂时留在象州的皇帝一行。
由于广东中部的抵抗增强，所有的清军均已撤出广西。但到秋末，李成栋镇压了“三忠”，并于12月再次占领梧州，从而使肇庆的朝廷可能受到攻击。于是决定，皇室中的妇女应转移到相对安全的南宁，而皇帝则听从瞿式耜和其他人的劝谏返回桂林，他于12月30日到达那儿。
本来希望皇帝莅临桂林能促进几支湖广军队之间的合作，他们是在孔有德的推进面前退下来的，现在正忧心忡忡地挤在广西东北一隅。不幸的是，皇帝的到来只引来郝永忠的特殊请求，［6］ 他对其他将领的战斗能力没有信心。为了给继续撤退找一个合法的借口，他企图说服皇帝在他的护送下深入广西内地。在瞿式耜的坚持下，皇帝留了下来。但在1648年3月14日，郝永忠带着他的军队退到桂林，引起极大的混乱，并扬言清军骑兵已在附近。结果，瞿式耜被不守纪律的军队劫持，皇帝则在混乱中与郝永忠失散。后来，他向西南去南宁和他的家室团聚，瞿式耜设法回到桂林。尽管那座城市已被军队掠夺一空，但瞿式耜与何腾蛟仍能集合足够的军队打退清军在1648年4月14日对桂林的第三次进攻。
这时，发生了完全出乎永历政权预料的事，解救了这个危局。
金声桓和李成栋反正
金声桓自从1645年夏随左良玉军在九江投降阿济格，到1646年秋攻克赣州，他在清军平定江西的战事中是一个关键人物。金声桓在这个时期的副手和亲密同事是副总兵王得仁，原李自成部下一个将领。金声桓、王得仁与清当局的关系，表面看来不错，其实是互相猜疑的。
清廷不久就知道金声桓喜欢夸大他的功劳，而且只报喜不报忧；王得仁由于以屠杀和抢劫著名，也在及早清除之列。因此，清廷觉得金声桓不加掩饰的非分要求是难以容忍的放肆。金声桓作为一个“发号司令”的将领，从暂时掌管文武大权中尝到了甜头。但是，清廷没有正式任命他担当这样的职务，使他感到非常失望。他发现他们不仅不想让他插手民政，而且还降低他在军事上的地位，使他同这个省的其他投降将领没有区别。作为对他的让步，他最后被授予总兵，提督江西军务事，但是清廷派到江西来的两个上司——傲慢的巡抚和巡按使他恼怒。
因此，金声桓决定归顺明朝。但他迟迟不行动，要等到同江西的义军和湖广的永历朝廷作好秘密安排。但王得仁得知一个清廷官员已经控告他在平定江西时的恶劣行为。于是，在他自己队伍中的义军分子的怂恿下，他逼使金声桓摊牌。1648年2月20—21日，清廷的江西巡抚在南昌被执，巡按被杀。金声桓和王得仁打起明朝的旗号，派使者去找永历朝廷，报告他们反正的消息。
尽管金声桓的行动是出于个人动机，而且这个人也缺乏领袖的远见或才具，但他的反正产生了广泛的影响。不仅江西义军纷起，而且远在湖广西部和福建沿海的官员也重新归顺明朝。湖广北部结寨固守的抵抗者再度活跃起来，沿长江而下直到南京都有同情者攻击清军阵地。但在赣州这个要害地方，官员仍然忠于清廷。在讨论战略上的选择时，有人劝说金声桓趁清军不备，进攻南京。但在赣州和通往广东的关口仍受清军控制的情况下，金声桓担心他的后方不安全。他决定在进攻江南之前先攻下赣州。
但是，最重要的反应来自李成栋。他也是很久以来就对清廷没有慷慨报答他和他的部下而感到失望。（1648年6月，佟养甲被任命为两广总督，而李成栋只得到广东的一个较低的官职。）传说李成栋的反正不仅由于受了许多被他屠杀的义军的赤诚的感化，而且他最后决定归顺明朝是受了他的爱妾自刎的激发。［7］ 也许李成栋是一个天良未泯的人，我们只能猜测他心中想的是什么。最可靠的证据说明他的基本动机是，害怕金声桓和永历朝的将领在江西和湖广联合起来以后，他就陷于孤立，容易受到攻击。
总之，李成栋在1648年5月初同他最亲近的支持者商量好之后，胁迫佟养甲一起宣布归顺永历朝廷，也许曾威胁要杀掉佟养甲的八旗兵和所有采取满族生活方式的人。李成栋开始使用明两广总督的印信，又派人从梧州去南宁迎接永历皇帝还都肇庆。随后又送去一封书信，请求不要怀疑他是故设圈套。
但永历皇帝仍然没有赶紧返回广东。朝廷起初曾考虑瞿式耜所坚持的回桂林的意见，但后来又同意了李成栋的理由，即皇帝若不莅临，他既不能安定广东的民心，又不能保证该省的安全。由于金声桓和李成栋如此明显地扭转了朝廷的命运，人们感到皇帝应回到肇庆以表示鼓励。这样，皇帝一行终于在1648年9月下旬到达肇庆；他们在经历了一年的艰苦与屈辱之后，高兴地看到李成栋待他们十分丰厚。
在北方，这些事态发展震动了清廷。一支完全由旗兵组成的军队，在满族和蒙古将领的带领下，从北京直奔金声桓而来。此时金声桓和王得仁尚未攻下赣州，不得不匆忙撤退，回救南昌。他们刚来得及在清军于7月9日对南昌发动第一次预定的进攻之前重新进入该城。但到8月下旬，清军的这种进攻并不成功，于是准备围困这座城市，用饥饿迫使它屈服。
与此同时，清军从湖广南部的前沿阵地往后撤；在1648年一年中，何腾蛟和几个原来被困在广西东北部的将领，因此得以收复湖广南部许多地方。金声桓和王得仁曾向何腾蛟求救。但由于何腾蛟对所部将领并无多大实际控制权，不能从湖广东南部发动一次有效的陆地攻势进入江西西北部，因此援军一直没有到达南昌。南昌被围八个月之后，久已人相食，这时一些士兵秘密同意投降，清军得以在1649年3月1日攀登城墙入城。金声桓自尽，王得仁在战斗中被俘，并被处死。
同一天，在湖广中部，何腾蛟在湘潭被俘。六天后他在长沙被杀。接着在4月中旬，李成栋在江西南部涉水渡河时淹死。这是在一次收复赣州的艰苦战斗中被清军击败以后。何腾蛟的失败，是原左良玉部将领、李自成残部首领和他们名义上的上级湖广南部巡抚堵胤锡之间的一次争吵造成的。李成栋的失败，是因为清廷能接济与增援赣州，而李成栋一过梅关往北出了广东地界，永历朝廷就不能接济他。这样，三个几乎奇迹般地恢复了明朝的整个南方的人——金声桓、何腾蛟和李成栋，在1649年春一个月的时间之内，从历史舞台上消失了。
还都肇庆后的永历朝廷
回到广东后，朝廷的头一件事是封官进爵。这事的主要困难，是在分配官职和权力上要在两派人之间保持平衡，一派是在皇帝颠沛流离中的“扈驾元勋”，一派是跟随李成栋从广州来的“反正功臣”。但是不久，旧臣与新贵之间的矛盾就被更加典型的由同乡、师生和同寅关系形成的党派之间的矛盾所代替。为了生存和取得支配地位，一个党派必须在内廷、外廷和地方政府（这在永历时期就是各地将领控制下的机构）都有得力的成员。党派竞争的目标是获取官职，特别是内阁中的高级官职，从而影响甚至控制皇帝的行动。
形成了两个大党。占优势的楚党的核心成员在都察院（外廷）。它在太监和锦衣卫（内廷）中也有拥护者和同情者。此外，它还得到了地方的军事领袖（主要是李成栋，他现在是整个东南的总督，和瞿式耜，他任兵部尚书，负责保卫桂林）以及宰辅的支持。这一党的领袖，左都御史袁彭年、吏科给事中丁时魁，加上御史刘湘客、蒙正发和金堡，以他们在政治上的跋扈，被称为“五虎”。［8］
较弱的吴党从内廷获取支持：太监、外戚，特别是马吉翔，他作为锦衣卫指挥使，成了皇帝身边有影响的随从和大臣。这一党在地方上的主要支持者是庆国公陈邦傅，他不断地并经常非法地扩张他在广西的势力。外廷的拥护者大多是各部的低级官员，在大学士中有两人被认为是吴党。
各党的名称，来自各党领袖的原籍，这至少说明了一点，即为什么在一个岌岌可危的政权里，有那么多人得到了官职。他们远离沦陷的家乡，除去俸禄、当官的特权和政府官职提供的贪污受贿的机会之外，没有别的收入。这一点对爱国义士和投机者都一样。前者可能很少想到个人利益；他们追求高官是为了对抵抗运动进行领导。后者追求高官是为了俸禄和可能收到的“遗赠”。他们还希望，当他们将来有一天向清廷投降时，清廷能承认他们从前的官品。但楚党决非个个都是爱国义士，吴党也不都是投机者。
在朝廷留在肇庆的一年另四个月中，楚党始终保持优势。一部分原因是朝廷依赖李成栋，他手下的将领控制着广东，他的儿子控制着锦衣卫，他死后也如此。一部分原因是楚党置根于外廷的官僚机构，他们竭力评弹时政，参劾官吏。这种直言敢谏，特别是金堡严厉尖刻的言词，可能使皇帝和那些（特别是吴党中的）可以称之为“现实主义者”的人感到烦恼。但朝廷又需要以此来吸引大批真心实意的文官，因为可以通过他们在它名义上控制下的各省面前树立一个真诚政府的形象。换句话说，楚党代表了明朝的正统，而这是永历朝廷这时所最需要的。不幸的是，把太多的注意力集中在朝廷和高官身上，而对省的管理注意得不够。
在早年的颠沛流离中，锦衣卫马吉翔和其他与内廷有关系的人，亲自负责皇帝的安全，从而权势日增。他们在肇庆时也是这样。这种情况是永历皇帝胆怯的性格造成的。他对明朝统治结构的无知，使他把太监和马吉翔当作挡箭牌。他在耿直的朝臣向他提出的要求面前退缩。此外，某些楚党的批评是虚伪的或空洞的，因为由于与军阀勾结以施加压力，由于提拔私人和收受贿赂，他们也变成了他们所悲叹的贪污腐化的一部分。
有一个问题特别说明这个时期统治与政策讨论的情形：张献忠义子孙可望由于宣布拥戴明朝，并听从朝廷要他把大军部署在云南的安排，要求封他为秦王。“现实主义者”主张迎合军阀的虚荣心甚至他们的领土野心，只要这些能增强朝廷的防卫；认为皇帝的封赐可以把潜在敌人化为有价值的盟友。
但是，以给事中金堡为首的明制度的限制原则和朝廷尊严的捍卫者，激烈反对这种做法。首先，正如金堡指出的，明朝“祖训”不允许对异姓封王。其次，朝廷因这件尴尬事情在百官心目中受到的威望上的损失，肯定超过从一个臭名昭彰的土匪头子的军事支持中可能得到的补偿。不论封王与否，朝廷都不可能实际控制孙可望；但如果朝廷的态度坚决，孙可望也许知难而止，会自愿效忠并且服从。［9］ 金堡的奏疏博学雄辩，但也迂腐之极；它中止了对这个问题的公开辩论达一年之久，直到楚党失势。朝廷决定改封孙可望为景国公。
但有人在这件事情上采取越权行动。堵胤锡和陈邦傅出于不同的理由，主要是为了扩张自己的权势，各自伪造敕书，封孙可望为王。陈邦傅授他以他所贪图的秦王，堵胤锡授他以郡王的爵位。［10］ 当孙可望接到这些互相矛盾的封号时，大为忿恨，派人去朝廷要求说明。于是舆论哗然，交章参劾，过了几个月，朝廷才决定批准堵胤锡的说法，但对这件事的处置失当，已经把与孙可望的关系引向灾难性的后果。
引人注目的是，在这件事上，对两种做法没有任何认真的批评，而这在四年前的弘光朝是会受到严厉谴责的。这就是广泛授予文武官员以便宜行事的权力，使一些人可以像土皇帝一样行事，对武将封官进爵不是出于奖励他的突出功劳，而是为了确保他的忠诚。只有像陈邦傅那样明目张胆的要求（赐封浔梧等地给他世守）才受到强烈反对。
在这里指出其他一些对官僚权力的侵占，也许是有用的。武将现在对各种政治问题向朝廷上疏或直接对话，几乎跟文官一样自由，而没有引起异议。皇室成员充任各种次要职务；有些被正式批准为军队领导，也许因为现在正规的官僚不再视他们为无能的闯入者而瞧不起，反之，他们相应的能力和忠诚与其他人相比，现在特别有价值。
我们还发现没有关于财政的讨论，偶尔的披露也限于州以下的。户部尚书的任命是走形式，他们极少行使职责。在永历朝廷和它下面的任何省份之间，没有正规的财政联系，也没有做任何事情来建立这种联系。没有集中的后勤管理，各个将领各自为政，有的尚诚实守法，但大多数横征暴敛。临时国都设在哪里，朝廷的物质生活就仰给于控制该地的军阀，没有一个朝臣把这当作问题。
1650年2月6日，肇庆得知明守军在听到清军靠近时，放弃了广东北方的屏障韶州。两天后，皇帝离开了肇庆，去广西东部的梧州。
朝廷的西逃
1649年，永历朝廷已经失去了对湖广和江西的控制。更早一些，在1648年10月，满族郑亲王济尔哈郎奉命消灭李自成残部中最大的一股李赤心部。［11］ 但当他在1649年春在湖广南部开始进军时，发现推进他的军队并不难，难的是控制他已经通过的地方。而且，根本找不到真正的李赤心，他已经离开湖广，去了广西。经过1649年夏季，济尔哈郎的军队控制了湖广最南部的所有主要城市，但他们对这片领土的控制很不牢靠。
不过，济尔哈郎实际上并未被授权入侵广东或广西，他也没准备这样做。江西清军也仅限于占领南昌，解救赣州和消灭该省义军的活动。李成栋的军队在赣州附近崩溃后，清军只是守住梅关，没有进入广东。此外，在北方，清廷正在镇压另一起反叛。1649年1月15日，清军镇守山西大同的总兵姜瓖起兵反正，波及全省，包括靠近北京的一些地方。他最后被出卖，于10月4日被杀。
尽管如此，1649年6月28日，北京的朝廷以隆重的形式命令三个藩王——都是投降满清的汉人——孔有德、耿仲明、尚可喜出师征服两广。中间发生了一些耽搁，原因是耿仲明受到揭发，他的部下在军中藏匿逃人，罪当死，他在江西自尽。他的儿子耿继茂代领其众，出征才按原定计划进行。1650年11月，孔有德从长沙向南，致力于重新占领广西东北部，与此同时，耿继茂和尚可喜通过梅关进入广东北部。
这次进军，清军比以前审慎，集中在少数目标上。全州至桂林的通路仍有危险，在广东中西部，关键要地仍在永历军手中。1650年4月间，孔有德在去全州的通路上巩固了自己的据点，但他直到秋天才向前推进。耿继茂和尚可喜则迅速前进。在3月向广州进攻。进攻失败后，他们在疟疾流行的夏天准备好进行一次艰难的围攻。
永历朝廷一到梧州，党争重新开始。皇帝以严厉惩治“五虎”中的四虎来发泄他的怒气和怨恨。（袁彭年以策动李成栋反正有功得到赦免。）他们被锦衣卫逮捕并非刑拷打，金堡受刑尤酷，大腿折断。罪名是图谋不轨，其实都是捏造的。抗议的奏疏雪片般飞向朝廷，指出这不是惩治言官的时候，一些朝廷所依靠的重臣向皇帝挑战，要求也惩治他们，因为他们与被关押的四人有联系。到仲夏，陈邦傅的一个军事上的对手把他的一部分军队开向梧州，支持那些想释放关在笼子里的“老虎”的人，迫害才告结束。金堡和丁时魁被谪戍贵州，刘湘客和蒙正发用钱赎罪，削籍为民。
同时，吴党有了取代楚党的机会，但未成功。虽然吴党的支持者重新入阁，许多吴党人士得到提升，但他们缺乏结成新的党派组织以进行统治所需要的才能和凝聚力。现在朝中没有为首的人，丧失了任何可称为目标或方向的东西，朝臣间的辩论降至极为琐屑的水平。湖广的军队自从何腾蛟死后便缺乏统领，朝廷就让他们各自为政。这样，当清军耐心地从北面和东面逼过来时，永历朝廷和军队统帅之间的事情都由于内部纷争和政治原因而更加恶化了。
一件有趣的事反映出此时内廷的焦虑，这便是王太后和司礼太监庞天寿请求罗马教皇英诺森十世在精神上（如果可能也在政治上）给予支援。庞天寿和瞿式耜曾接受耶稣教洗礼，也许是他们把德国耶稣会士安德烈亚斯·科夫勒介绍给皇室的。随后，科夫勒给两位太后、皇后和永历太子施行了洗礼，取了教名，并在葡萄牙殖民地澳门寻求对朝廷的军事援助。但是，尽管他同皇室关系密切，对永历在政治上却看不出有什么影响。
在朝廷新近的一次逃亡中，实际上不是科夫勒而是他的助手波兰耶稣会士米歇尔·博伊姆跟随朝廷从肇庆逃到梧州。接着，博伊姆同意把老太后和庞天寿的两封信（写信日期为1650年11月1日和4日）带往梵蒂冈。这些信真诚地请求教皇为他们的灵魂和明朝的中兴祈祷，请求派更多的天主教教士来中国。到1658年，当博伊姆终于带着教皇亚历山大七世的一封在精神上鼓励但政治上含糊的信回到东京湾时，老太后已经死去，而永历朝廷也已经被迫迁往西南他所不能到达的地方。［12］
1650年秋末，清军突破明朝在广东和广西的防御。11月24日，尚可喜终于攻克广州，他使这座城市（它顽强地坚持了八个半月）遭受一次可怕的大屠杀。孔有德利用明朝将领之间的一次普遍分裂和全州的一次兵变，在11月27日占领桂林。瞿式耜和一个忠心的助手一起被执，拒绝投降，遂于下年1月被杀。12月2日，正当清军准备进入肇庆时，永历皇帝一行在仓皇逃往梧州的路上被抢劫，皇帝差一点被打算投降的明军所执。在西南250英里的南宁，重新组成一个缩小了许多的朝廷，进入它历史上的个新阶段。
［1］ 写史可法的书和文章很多。最新的是史元庆的《史可法先生年谱》[472]（台北，1979年）。
［2］ 彭普生：《李自成被害日期探考》[422]，《故宫博物院院刊》，3（1980年8月），第35—39页。
［3］ 几种权威资料说潞王没有正式就监国位。关于他7月1日就监国位的确实证据，见黄道周：《黄漳浦文选》[256]，陈寿祺编（1830年；重印，《台湾文献丛刊》，137，台北，1962年），第2卷，第161—163、282—283页，和祁彪佳（1602—1645年）：《甲乙日历》[69]（第1版，绍兴，1937年；重印，《台湾文献丛刊》，279，台北，1969年），第113页。又见张道：《临安旬制记》[40]（1885年序；台北，1967年重印），2。
［4］ 福王、潞王和“太子”于1645年10月被多铎带到北京。清廷为绝后患，借口在京明朝诸王与外地明大臣勾结，蓄意谋反，下令将他们一概处死，其中好像有潞王，这事发生在1646年6月和7月；《大清世祖章皇帝实录》[494]（1672年；1739年修订；重印，台北，1964年，载《大清历朝实录》）26，第10—11叶，一个典型的错误，是将潞王的潞字写错。福王据说死于1648年春。谈迁：《国榷》[498]（约1653年；北京，1958年重印），6，第6217页。
［5］ 江南从前是，现在仍然是长江下游地区的统称。从这个时候起到康熙朝初年，它也是省的名称，该省后来分为今天的江苏和安徽。
［6］ 李光涛：《洪承畴背明始末》[325]，见《中央研究院历史语言研究所集刊》，17（1948年4月），第277—301页。
［7］ 中山八郎：《中国的发辫问题——清初薙发令的施行》[406]，见《中国史研究》，5（1968年），第1—24页。
［8］ 根据现存的世系档案推算，这两个藩王的祖先分别是太祖第9子和第22子。见理查德·c.鲁道夫：《明监国鲁王之真墓》[441]，《华裔学志》，29（1970—1971年），第487—489页；陈燕翼（1634年进士）：《思文大纪》[60]（重印，《台湾文献丛刊》，111，台北，1967年），2，第2—3叶。这与《诸王世表》二、三中所记不同，见张廷玉等编：《明史》[41]（1736年；北京，1974年重印）。无论如何，朱聿键作为太祖的9世孙，被公认是太祖10世孙朱以海的长辈。
［9］ 严格地说，这条江仅在流入杭州湾的尽头一段称为钱塘江，但为方便起见，在这里将直到江西东北部的整条江均称作钱塘江。
［10］ 即浙江钱塘江以东和杭州湾以南地区。
［11］ 关于在绍兴即监国位的日期，原始资料的说法很不一致。见杨云萍：《南明鲁监国事迹的研究》[613]，载《中国历史学会史学集刊》，8（1976年5月），第34—36页。
［12］ 王葆心：《蕲黄四十八砦纪事》[552]（19世纪后期；1906重印；1966年台北重印），1。