明清两朝的内阁，是翰林院的延长。

朱元璋在洪武十三年（1380年）正月废除丞相制度，直接处理六部及其他大小衙门所递上来的公文，忙了九个月，终于吃不消。于是，从各省找来了六个老儒生（王本、杜佑、龚敩、杜敩、赵民望、吴源），创设所谓“四辅”：春官、夏官、秋官、冬官。王、杜、龚三人当了春官，杜、赵、吴三人当了夏官，秋官、冬官也由他们兼代。职务是与皇帝坐而论道，“协赞政事，均调四时”。这六人都是毫无政治经验的老学究，不曾能够帮得了朱元璋多少忙。不久，朱元璋腻了，换了几个人，依然不行，这四辅制度便在洪武十五年七月宣告结束。

但是，朱元璋仍旧需要几个有学问的人在身边，以便遇到问题好商量商量，于是便在洪武十五年十一月以翰林院检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，翰林院典籍吴沉为东阁大学士，官阶一律为正五品。（检讨是从七品，翰林学士是正五品，典籍是从八品。）吴伯宗是明朝开国以来的最早一个状元（在洪武四年考中的，当时还不曾有状元实授修撰的成例，而且修撰一职是在洪武十四年才设的），由从七品的检讨一跃而为正五品的武英殿大学士，可谓殊荣。宋讷在元顺帝时便已中了进士，被朱元璋任为从八品的国子监助教，是到了洪武十五年才刚刚被破格升为正五品的翰林学士，不久，调任为文渊阁大学士，官阶虽则一样，却也加了一个“大”字。吴沉的父亲在元朝当国子监博士，本人对经学尚有研究，在朱元璋的翰林院中先充从五品的“待制”（这官职于洪武十四年被取消），其后一降为正七品的编修，再降为从八品的典籍，却突然又被破格升为正五品的东阁大学士。

除了吴伯宗、宋讷、吴沉三个人以外，朱元璋也叫正二品的礼部尚书邵职，兼上一个正五品的华盖殿大学士的头衔。这一年不多久以后，他又任命年逾八十的崇德人鲍恂，年逾七十的吉安人余诠、高邮人张长年，作文华殿大学士。这三人是被征召而来的宿儒，都不肯作官，朱元璋只得放他们回家，到了次年，才有一个从上海来的全思诚，肯就文华殿大学士之任，但也只是当了一年左右，便告老回家了。

严格说来，这些洪武十五年、十六年的几位大学士，并未形成内阁。他们没有属员，没有专责，只是皇帝的顾问而已。当时帮助朱元璋看看公文，签注签注意见的，是翰林院与詹事府左右春坊的若干官吏。

明朝内阁制度的形成，是在明仁宗的时候。

朱元璋死后，建文帝把各殿各阁的“大学士”，改为“学士”，增加一个正心殿学士。正心殿的原名是谨身殿。

明成祖即位，把自己所信任的解缙等七个人，放在文渊阁，不称做文渊阁大学士，而分别以各人原职，“入直文渊阁”。直，是“值班”。这就好比是清朝的皇帝叫某些人在军机处“行走”。解缙与黄淮在“洪武三十五年”（即建文四年，1402年）八月，分别以翰林院侍读与编修的资格，奉到入直之旨。次月，侍讲胡广，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜与胡俨，也奉到入直之旨。十一月，解缙升为侍读学士，黄淮、胡广升为侍读，杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨，都升为侍讲。到了永乐二年四月，解缙又再升为文渊阁学士兼詹事府右春坊大学士，黄淮升为左庶子，胡广升为右庶子，胡俨升为左谕德，杨荣升为右谕德，杨士奇升为左中允，金幼孜不曾升。九月间，胡俨调任国子监祭酒，退出文渊阁，没有补上别人。从此，直到永乐之末，文渊阁的人数有减无增。

解缙在永乐五年（1407年）十一月失宠，外放为广西布政司的参议，黄淮升为右春坊大学士，同时候胡广也升为翰林学士兼左春坊大学士。黄淮在永乐十二年闰九月失宠下狱（到了明仁宗即位才恢复自由，出任通政使兼武英殿大学士）。胡广的运气好，在永乐十四年四月升为文渊阁大学士。

他是自从朱元璋去世以来，第一个文渊阁大学士。他死于永乐十六年五月。到了永乐十八年闰正月，杨荣、金幼孜二人也成了文渊阁大学士仍兼翰林学士。于是，文渊阁同时有两个大学士兼翰林学士，阁内此时只有三人。杨、金而外，另一人是杨士奇。杨士奇已在永乐十五年二月升翰林学士，其后在永乐十九年正月升左春坊大学士。

明仁宗在永乐二十二年八月即位，除了把黄淮释放出狱，任为通政使兼武英殿大学士外，又调整了杨荣、金幼孜、杨士奇三人的官职。他任命杨荣为太常卿兼文渊阁大学士，金幼孜为户部右侍郎兼文渊阁大学士，杨士奇为礼部左侍郎兼华盖殿大学士。次月，改杨荣为谨身殿大学士，加太子少傅衔；改金幼孜为武英殿大学士，加太子少保衔；杨士奇仍为华盖殿大学士，加少保衔（不是太子少保）。于是连同黄淮，四位大学士均有了实缺，与崇高的加官，不再是皇帝的顾问，而是事实上的宰相，有“点检题奏，票拟批答”之权了。明景帝以后，内阁的诰敕房与制敕房俱设“中书舍人”（秘书），使得六部“奉命维谨”。