這所謂旗兵，指明是健銳營、火器營，因為神機營已復由醇王親自管理，有專設的練兵人員，左宗棠不敢冒昧越俎。就是健銳、火器各營，他奏摺中亦先大大地恭維了一番，說是「八旗禁旅，拱衛神京，居重馭輕，有嚴有翼」，又說「健銳、火器各營，尤稱精練，材武之彥，多出其中，宿將名臣，指不勝屈」，但「承平日久，習成驕逸」，所以要「時加淬礪」。他的訓練辦法是：挑選十幾歲以上，三十歲以下，無頂戴的兵丁三千餘人，分為十營，由他的親軍哨官管帶，騎兵則與他的親軍馬隊，間雜編組，平時勤加操練，遇事隨隊出仗。
這個建議，不曾批准，因為八旗禁旅，由漢人管帶，是前所未有之事，但亦不便公然拒絕，只批的是：「另有旨。」便一直拖著。此刻卻是不能再拖了，這批人馬，已由左宗棠的部將王德榜、劉璈、以及他的營務處總辦王詩正率領，開到了張家口。
入朝以後的左宗棠，已經瞭解，八旗禁軍掌握在醇王手裏，訓練旗兵一事，要想實現，必須取得醇王的支持，這不是一時可以有成議的事，不妨先辦另一件大事。
這第二件大事，是左宗棠進京旅途中所作的決定。他由「太行八陘」的井陘入河北，過正定北上，沿途經順天府屬的房山、良鄉各處，發現水利不修，行旅艱難，與他道光十三年初次會試入都，以及同治七年剿捻軍行所見，大不相同，因而想到，可用軍工濬河開溝。左宗棠經營西北，原是採取西漢各將在邊境屯墾的遺規，所部官兵，對於興修水利，富有經驗，所以經過一番視察，回京立刻便擬稿上奏。
奏摺的事由，叫做「擬調隨帶各營，駐紮畿郊，商辦教練旗兵，興修水利」。他也知道，這番舉動，醇王那裏固須好好下一番工夫，而建議興修畿輔水利，等於指責直隸總督與順天府尹失職，管理順天府的萬青藜，可以不拿他放在眼裏，而看李鴻章，則成事不足，敗事有餘，不能不預加防備，便在摺尾聲明：「如蒙諭旨允行，臣惟當隨時與醇親王及直隸督臣、順天府尹詳為籌議，或同時並舉，或先後舉行，斷不敢固執成見。」至於移駐近畿，應該劃定防區，建築營壘，左宗棠亦特地建議：「應請敕交醇親王籌度，應於何地駐紮？」
這個奏摺是由慈禧太后裁決的：「著神機營王大臣，會同妥議具奏。」也就是聽憑醇王作主，所以左宗棠一退了朝，立即去拜訪醇王。
醇王好武，對於左宗棠原有傾心結納之意，但清朝的家法，親貴與大臣不能隨意交往，如今是有公事商談，名正言順，給了醇王一個極好的機會，自然不肯放過，降階相迎，禮遇優隆。
登堂入室，重新見禮，醇王請左宗棠「升匟」，並且推他上坐。國家體制所關，做客人的不敢僭越，坐了下首。
由於事先經過幕友切勸，左宗棠總算有所警惕，不曾大談西征的得意之事。在醇王推崇之下，謙虛了一番，隨即談入正題。
「八旗禁軍，身分不同，王爺帶兵，又是恩多於威，長此以往，不免長其驕佚之氣。不瞞王爺說，士兵總要習於勞苦，才能有用。我在西北這幾年，戰無不克，都得力於平時不讓部下游手好閒。譬如說──。」左宗棠突然頓住，警覺到自己這一「譬如」將會談不完，所以嚥了口唾沫，很吃力地勒住話頭，再加上一句：「王爺恕我直言。」
「說得是，說得是。」醇王很誠懇地答道：「從前文博川也是這麼說。同治初年，他帶神機營到奉天剿馬賊，打得很好，班師回京，只見神機營的官兵，一個個曬得漆黑，可是精神飽滿，跟在京大不相同。我很詫異，問他是何道理？他另有一番心得，說京城裏太繁華，不是練兵的地方。我想這道理也對，無奈我辦不到。」
「是！」左宗棠答道：「親藩儀制尊貴，王爺也不能經常帶兵到近畿宿營操練，再者，禁軍拱衛京畿，又不宜遠調。話說回來，神機營是王爺親自率領，一手培養，畢竟不同。我的意思，先從健銳、火營各營著手，練好了再挑到神機營來當差，讓王爺有得力的人好用。」
「這個打算很好。不過健銳、火器、護軍各營，年輕力壯的，差不多也都挑到神機營來操練了。」
左宗棠愕然。他對禁軍的規制，原未深考，只知道神機營等於醇王的親軍，不知道其他各營亦有官兵挑入神機營操練。這一來剩下老弱殘兵，還挑選些甚麼？
醇王卻又是一番心思，真的相信左宗棠練兵，有化朽腐為神奇的本領，期望他能將老弱殘兵，練成勁旅，所以接下來便以虛心求教的語氣說道：「季高，你那天有空？我請你去看看操。」
聽得這一說，左宗棠大為得意。神機營出操，只請皇帝校閱，漢大臣從未看過操，醇王的邀請，真正是殊榮了。
「王爺所命，某何敢辭？」左宗棠拱手答道：「王爺定了日子，請賞個信。」
「好的。我馬上叫他們預備。」說著，立即找來王府護衛，傳諭神機營左右翼長，預備南苑出操。
接著，又談了些八旗禁軍的裝備、駐地。提到左宗棠駐紮在張家口的親軍，移駐畿郊，要分配防區的話，醇王表示一時無從答覆，要問明了情形，再遵諭旨，召集會議，方能決定。
說到這裏，聽差進屋回說：「預備好了。」
是「西法攝影」預備好了。醇王一時高興，要合影留念，特地從護國寺大街找來照相館的好手，這時佈置停當，來請醇王和左宗棠去照相。
照相的地點是在「頤壽堂」外，屏門緊閉，門外正中陳設了兩椅一幾，花盆痰盂，色色俱備。醇王特地換了公服，與左宗棠合照了一張相。
鄭重將事地照完了相，醇王就在頤壽堂設宴款待左宗棠，一個是掬誠傾心，一個是刻意籠絡，當然談得投機異常。
左宗棠慣用英雄欺人的手段，見有醇王的撐腰，便預備大幹一番。原來已在天津和保定設立了「軍裝所」，接運從上海採辦來的軍械，轉輸西北，現在又要練旗兵、興水利，沒有顆大印在手裏，公事要請有關衙門代遞，縛手縛腳，深感不便，因而親自動手擬了個奏摺：
「臣前於正月二十七日到京陛見，二十九日欽奉恩旨：『大學士左宗棠著管理兵部，在軍機大臣上行走；並著在總理各國事務衙門行走。欽此！』天恩優渥，感悚莫名，惟臣上年檄調馬步隊伍，駐紮張家口聽調，及分設天津、保定軍裝所，均經奏明在案。所有該各營局文稟，應行批札，一切公務及分致各處信件，勢難停擱。而甘肅、新疆餉事，專盼各省及海關協解，向由臣經理，尚有經手未完事件。茲雖職任攸分，遇行應行咨札各件，仍難諉謝。應否由臣單銜借用兵部印封發遞，俾免延誤之處，伏候皇太后皇上聖鑒訓示施行。」
這個奏摺，表面看來，只是借兵部印封的小事，其實是雖已交卸了陝甘總督，而仍舊要管陝甘的事，成了「太上總督」。慈安太后不明究竟，召見軍機時，當著左宗棠的面，准如所請。於是左宗棠便像建牙開府一樣，用兵部的印封，指揮楊昌濬及劉錦棠，彷彿仍是陝甘總督。