事实上，当伯纳迪诺·德·门多萨写信的时候，西班牙无敌舰队还没有起航。虽然梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼已经拿到神圣的战旗，但直到1588年5月9日进入巴黎，装满最后一个桶后，最后一名士兵才登上船。1588年5月9日清晨，西班牙无敌舰队从贝勒姆附近向下游驶去，一路上没有穿过河口，只能抛锚等待。一阵阵大风猛烈地吹着海面，直吹到航道的入海口处。引航员告诉梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼，现在的天气不像五月，更像十二月。
1588年5月，大西洋沿岸出现异常天气，和占星家们预测的几乎一样。在诺曼底，埃佩农公爵让·路易·德·诺加雷放弃了建立政府计划，无功而返。百年难遇的冰雹摧毁了农田和果园，甚至砸死了田里的牛。在皮卡第，欧玛勒公爵查尔斯徒劳地进攻了布洛涅的城门。由于降水，道路变得泥泞不堪，小溪汇成了无法跨越的洪流。英格兰海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德和海军副指挥亨利·西摩勋爵一路颠簸，前往佛兰德斯岛。在这种天气状况下，即使是结实的尼德兰战舰也很容易陷进泥潭。帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞负责解决行军途中遇到的所有问题。此外，西班牙无敌舰队困在贝伦附近将近三个星期了。
与此同时，西班牙国王腓力二世给西班牙无敌舰队的总指挥下达了指示。伯纳迪诺·德·门多萨向西班牙国王腓力二世汇报说，英格兰舰队实力很弱——这是伯纳迪诺·德·门多萨根据攻击约翰·霍金斯军队的报告得出的结论。弗朗西斯·德雷克会在朴茨茅斯扩充军力。像所有人一样，西班牙国王腓力二世常常将英格兰舰队与弗朗西斯·德雷克的舰队相提并论。弗朗西斯·德雷克也许会拒西班牙无敌舰队绝战斗，或者在西班牙无敌舰队经过后，离开萨利，抑或在敦刻尔克附近，当西班牙无敌舰队与其他英格兰舰队交战时，从后方将西班牙无敌舰队赶走。西班牙国王腓力二世十分了解英格兰军队的部署情况。弗朗西斯·德雷克也许会等到西班牙无敌舰队登陆后再发起进攻。然而，在弗朗西斯·德雷克被打败前，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼必须保存自己舰队的力量。与帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞会合后，他可以酌情考虑在海上或在英格兰港口进攻英格兰军队。在此之前，他虽然不会逃避战争，但也没有主动挑衅。最重要的是，即使弗朗西斯·德雷克威胁到了西班牙海岸，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼也不能分心。
西班牙国王腓力二世喜欢预测西班牙无敌舰队可能会遇到的所有情况，并针对每种情况给出指示。譬如，他多次提醒梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼，英格兰舰队的速度比西班牙舰队的速度快，大炮射程也更远，因此，西班牙舰队要与英格兰舰队拉开一定距离。他似乎认为梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不了解英格兰舰队的情况。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不得不按照西班牙国王腓力二世下达的命令行事，采取近距离作战的战略。西班牙国王腓力二世唯一没有考虑到的是，如何操纵这场战争。但即使他的具体指示不符合实际情况，他的意图也十分明显。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼按照西班牙国王腓力二世的指示，准备在马盖特角与帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞会合，掩护帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞率军登陆英格兰，并为其提供供给。
现在，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼迫切希望离开贝伦。根据欧洲最有经验的战士提供的建议，西班牙无敌舰队已经做好相应的准备。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼根据其他将领的建议，按照作战和航海能力，以及地域和语言差异，重组了舰队。第一排舰船是两支强大的葡萄牙分遣队，主要由盖伦帆船组成，此外还有包括“弗洛伦西亚”号在内的十艘卡斯蒂尔战舰。但卡斯蒂尔大帆船比葡萄牙舰船小，并且装备不足。不过，从事西印度群岛贸易的四艘大船增强了西班牙无敌舰队的实力。两支葡萄牙分遣队通力合作。到达英吉利海峡前，作为梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的主要参谋，分遣队指挥官迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯登上了旗舰“圣马丁”号。雨果·德·蒙卡达指挥的四艘那不勒斯盖伦帆船也在舰队第一排。那不勒斯加莱赛战船是一种混合式战舰，结合了加莱赛战船和加莱桨帆船的优点，航行速度快，装备充足，可以通过桨控制航行。第二排舰队由四支分遣队组成，每支分遣队由十艘大型商船组成，武器配备充足。胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德负责比斯开船；米格尔·德·奥肯多负责吉普斯夸船；佩德罗·德·瓦尔德斯负责安达卢西亚舰船；马丁·德·贝特多纳负责从威尼斯、拉古萨、热那亚、西西里和巴塞罗那抽调来的舰船。除此之外，还有三十四艘轻快小船，包括扎布拉船、弗拉加塔船及用于侦察和调度的帕塔科船等。一些小船跟在大型战舰后面，但每支分遣队都由一艘小型帆船作为旗舰，担当舰队的屏风。最后一支分遣队由二十三艘乌尔卡船、“绿巨人”船、火船和供给船组成，不用参加战斗。在西班牙无敌舰队起航的最后一刻，四艘葡萄牙加莱桨帆船决定加入舰队，原因不明。总之，西班牙无敌舰队共有一百三十艘船。
在里斯本港等待起航的时候，我们已经对西班牙无敌舰队非常熟悉。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼起草了一份详细报告。报告中不仅包括各分遣队的任务，还包括每艘船的名字、吨位、武器数量、水手和士兵人数。在报告中，梅迪纳·西多尼亚公爵添加了每艘船上绅士冒险家的名字，以及跟随绅士冒险家登船的随从人数、炮手、医疗队、托钵僧和修士，共计一百八十多人，此外还有一份官员名单和每个分遣队的实力说明，各种小型武器和弹药的总供应量。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼自豪地指出，所有弹药质量上乘，炮弹数量达十二万三千七百九十枚，子弹和火绳数量不计其数。他还在报告中列出了饼干、培根、鱼、奶酪、大米、豆类、葡萄酒、油、醋、水等物资，以及成千上万英担水、无数条管子和铸件等。报告中的数据虽然并不精准，但足以证明西班牙无敌舰队比16世纪的任何一支舰队强大。即使西班牙无敌舰队的实力没有达到圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的预期，但通观梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的报告，西班牙无敌舰队依然是一支实力雄厚的舰队。在报告中，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼将西班牙无敌舰队称为“幸运的舰队”。但很快，一个更流行的称呼取代了“幸运的舰队”。由于西班牙人喜欢讽刺，因此，从那时起，这支舰队被称为“无敌舰队”。
16世纪80年代的腓力二世
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼起草的报告本来应该公开。时至今日，这份报告一直被称为“高度机密文件”。很久以后，英格兰人才得到这份报告。当时，弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士的间谍试图找到这份内容详尽的报告。出版报告时，编辑并没有修改报告中的内容。报告内容都是对西班牙无敌舰队的夸耀。在里斯本，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼起草报告十天后，西班牙无敌舰队依然停留在塔霍河。几个星期后，马德里出现了一份“官方修改版”报告，随后迅速传播到了罗马、巴黎、代尔夫特和阿姆斯特丹。新版报告中的物资单上加入了梭子、斗篷、鱼、饼干、鞭子、链条、炮烙架、钳子、架子和拇指螺钉等公众希望看到的物资。那些有进取心的出版商保留了文件的全部内容。如果再出现有关西班牙舰队的新谣言，他们就有理由印出新的传单。当然，除了花哨的修饰，后来的一些版本中也有一些印刷错误，但基本上为西班牙国王腓力二世和战事委员会提供了参考，并得到了马德里官方的认可。英格兰海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德和其他指挥官如果随身带有西班牙无敌舰队的作战计划，那么一定会招惹麻烦，因为这份计划很可能是西班牙人故意提供的。伯利勋爵威廉·塞西尔和马德里的战事委员会都有一份西班牙无敌舰队的作战计划。大家一致认为，这份作战计划的价值利大于弊。最终，他们也许会从这份计划中了解到西班牙国王腓力二世征服英格兰的决心。
与此同时，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼和其他人一样，对胜利充满自信。面对西班牙无敌舰队已经取得的成绩，他感到十分满意。他与各指挥官商议了分遣队之间的联系信号，安排了集结地点，并规定了起航命令和战事指挥的一系列信号。每艘船上都有经验丰富的水手，包括西班牙人、布列塔尼人、尼德兰人和叛变的英格兰人，他们都很熟悉英吉利海峡的情况。水手们编制了一系列航海指令，将其分发到每艘船上。航海指令中提到了寂静的泰晤士河河口北岸、不可信的爱尔兰人，以及从锡利群岛到多佛一带的主要珊瑚礁和危险地标，包括港口入口、水深、潮汐等。一切进展顺利。不久，西班牙无敌舰队收到了西班牙国王腓力二世的警示，称弗朗西斯·德雷克可能会使用一些计谋，舰队指挥官需要制订出相应的应对计策。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼自信地向西班牙国王腓力二世提交了一份专业、高效的计划，同时一位圣洁的托钵僧预言上帝会保佑西班牙无敌舰队获胜。专业、高效的计划和预言哪个会令梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼充满信心呢？无人知晓。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼率领的舰队已经做好与英格兰舰队交战的准备。舰船上新建的艏楼熠熠生辉，旗帜飘扬，甲板上挤满英俊的骑兵。士兵们看上去活泼勇敢。西班牙无敌舰队一定会所向披靡。
只要天气适合航海，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼就可以率领西班牙无敌舰队离开里斯本。1588年5月28日，由“圣马丁”号旗舰领航，葡萄牙分遣舰队经过了圣朱利安。1588年5月30日，海风断断续续，在逆风情况下，西班牙无敌舰队驶入大海。西北风呼啸着，舰船紧紧靠在一起，向埃斯皮谢尔角南部驶去，以便转换航道。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼很快意识到，舰船不应该紧紧靠在一起，因为“舰队中最慢的船决定舰队的航速”。许多大船行驶缓慢。1588年6月1日，西班牙无敌舰队在海上航行两天后，“圣马丁”号旗舰依然在罗卡角西南方向，距舰队约十五海里。在西班牙海岸调转航向并不容易。由于天气状况不佳，如果指南针受到大风影响，指针方向就会不断变化，一会朝东，一会朝南，一会朝西，一会朝北，或者转一圈后再次朝东。有时，海面上一点风也没有。在失去航向的情况下，西班牙无敌舰队漫无目的地漂流在大西洋上，船帆在广阔的海面上无助地摇摆。有时，突如其来的狂风也会让舰队失去航向。天气恶劣，从里斯本的罗克角到菲尼斯特雷角，西班牙无敌舰队足足行驶了十三天，行驶距离只有一百六十海里。
蜗牛般的航速令人气愤。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼一直担心作战计划，但现在还有时间修改计划中的不足。16世纪，西班牙无敌舰队可以在里斯本储存大量食物。但由于一整个冬天，西班牙无敌舰队一直没有起航，储存的粮食已经消耗了很多。于是，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼开始担心船员们的饮食问题。接管西班牙无敌舰队后，他下令舰队坚守一项原则，即到达沃特豪斯水滨前，先吃桶里或袋子里的食物。西班牙无敌舰队是否严格执行了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的命令，我们不得而知。随着1588年5月的临近，天气转暖，西班牙无敌舰队仍然停泊在港口。储存的食物开始腐烂，舰队面临危局。关键时刻，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼命船员们在葡萄牙近郊和马德里寻找食物，并下令只要供给到了，就立即送到里斯本港。他甚至四处乞求别人提供一些供给，无论什么都可以。在菲尼斯特雷角附近，运粮船将供给送到了舰船上。于是，西班牙无敌舰队在海上补充了供给。
整整四天，西班牙无敌舰队在菲尼斯特雷角附近寻找粮食。与此同时，一个新的问题出现。西班牙无敌舰队的所有分遣队中几乎都存在严重缺水的船。虽然一个月前的水桶都是满的，现在剩余的水还有很多，足以度过三四个月，但很多桶都是坏的，桶里的水开始变绿变臭。显然，从现在起，可食用的淡水越来越少。日常战事会议达成了一致意见，每支小分队的指挥官指挥舰船前往拉科鲁尼亚寻找供给，尤其是水。
1588年6月19日星期四，西班牙无敌舰队离开里斯本港已经有二十天。此时，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的旗舰发现了抛锚处。太阳已经落山，指挥官们一致认为，不能在黑暗中完成任务。因此，一部分航速较快的船从抛锚处的入口返回大海，停下不动，等待天亮再行动。天黑前，五十多艘船停泊在抛锚处，由一些水手看守。胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德小分队中的六七艘盖伦帆船、四艘加莱赛战船和一些轻快小船停泊在海岬外围。夜晚非常闷热，风向变幻无常。
1588年6月19日星期日午夜过后，西南风呼啸而来。在避风港口，一艘船的船锚被风吹开了，小船和盖伦帆船之间的链条也被吹断了。幸运的是，很多船停泊在开阔水域的背风向，在风暴来临前离开了。西班牙无敌舰队无计可施，只能逃窜，各分遣队很快四散开来。
1588年6月21日下午，风力减弱。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼派一些小船出去搜寻被风吹散的船。使者回来报告说，沿岸发现了十艘船，这些船已经驶入附近的维罗港。两艘大划艇躲避在希洪港附近。1588年6月22日，胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德带回了两艘盖伦帆船和八艘其他船。即便如此，形势依旧不乐观。1588年6月24日，两艘盖伦帆船和二十八艘主力船还没有找到，其中包括佛罗伦萨的盖伦帆船、一艘卡斯蒂尔加莱赛战船和胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德小分队中最好的两艘船。失踪的船上有两万两千多名士兵和水手，剩下的一万六千多名士兵中有很多人生病了，一些人晕船，一些人因吃了腐坏的食物生病。风暴过后，许多船受到重创，开始漏水。一些船少了桅杆，一些船少了锚，其他的船都有不同程度的损坏。
离开里斯本港后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼对自己的指挥能力越来越没有信心。西班牙无敌舰队的行进速度很慢，每天都会出现新问题，最大的问题是食物匮乏。每天都有人汇报食物腐烂无法食用。显然，很多桶里的食物和水都变质了，甚至桶的颜色也变成了绿色。看到这些，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼非常焦虑。舰队中的每个人都很迷茫，都想将眼前的问题解决掉，但唯一能得到的也许就是绿色的棺材。1587年，西班牙无敌舰队停泊在拉科鲁尼亚，在圣文森特角能看到弗朗西斯·德雷克舰队的篝火。虽然桶可以储存食物和水，但经过十二个月后，桶里的食物都成了冰冷的垃圾。
鉴于目前的局势，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼无奈地写了一封信。在信中，他向西班牙国王腓力二世提起了西班牙无敌舰队停泊在里斯本时，甚至更早时候一直存在的问题。他很怕之前的担心已经变成事实。乐观派也认为西班牙无敌舰队无法完成任务。虽然一切质疑都会不证自明，但西班牙国王腓力二世不应该在势均力敌的较量中冒险。现在，暴风吹散了西班牙无敌舰队，舰队遭受重创。形势严峻，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼完全有理由担心失散的船会成为法兰西或英格兰的猎物。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼继续委婉地写道，灾难发生在1588年6月，而6月是一年中最适合航海的日子，西班牙无敌舰队是按照上帝的旨意航行。经历了长达六个星期的挫折后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼觉得奇迹出现的可能性越来越小。他继续写道，舰队在风暴中失散，很多船受损严重。他在信中附了一张受损船的列表。疾病夺去了很多船员的生命，水和食物的供给情况比之前想象的更糟糕。鉴于上述问题，根据帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞的报告和实际情况，与1587年10月相比，西班牙军队的实力削弱了一半。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼请求西班牙国王腓力二世考虑是否与英格兰和谈，或至少将入侵英格兰的时间推迟一年。
没有人知道梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的信重点考虑了什么问题，或许是信中提到的勇气和智慧，或许是西班牙国王腓力二世回信中的盲目自信。对西班牙黄金时代的绅士来说，西班牙需要通过一场进攻获得解脱。然而，不论多么绝望，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼都要鼓起勇气指挥这场战争。除了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼，没有人敢向西班牙国王腓力二世直言不讳，认真分析战事。小心谨慎的西班牙国王腓力二世已经考虑过梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼提出的意见。此时，他什么意见也听不进去。西班牙无敌舰队只能“以上帝的名义向前冲”！在回信中，西班牙国王腓力二世不过是重复之前的命令。
西班牙国王腓力二世至少没有误导后来的历史学家。他并没有因一封信认为梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼是傻瓜或懦夫，或不适合完成入侵英格兰的任务。没有事实表明，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼困在拉科鲁尼亚时，西班牙国王腓力二世或西班牙大臣们对他产生了质疑。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼并没有和战事委员会谈论自己的担心。阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦加入战事委员会后，战事委员会开始讨论一些令人忧心的问题。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼认为，没有必要和经验丰富的老兵讨论已经发生的事。因此，他问战事委员会，是先去寻找失散的舰船，还是直接进军英格兰，抑或是留在拉科鲁尼亚等待失散的舰船归来。按照惯例，首先是梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的副官发言，然后按照军衔高低依次发表意见。战事委员会的成员几乎异口同声，都赞成第三个方案。大家认为最好留在拉科鲁尼亚，既可以休整舰队，又可以去寻找水和食物，同时可以等待失散的舰船返回。只有安达卢西亚分遣队指挥官佩德罗·德·瓦尔德斯提出了异议。他认为舰队应该立即前进，因为留在原地依然无法解决食物供给和腐坏问题，并且等待的时间越长，情况会越糟糕。佩德罗·德·瓦尔德斯的意见被详细记录了下来。此外，他给西班牙国王腓力二世写了一封私信。当时，海军的信函不会经过“中间渠道”。在信中，佩德罗·德·瓦尔德斯反复提到了自己的意见，认为自己的意见冒犯了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼。但他并没有暗示梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不称职或胆小怯懦。
风暴过后的一个月里，西班牙无敌舰队终于准备就绪。总体来说，为了休整舰队，耽搁的时间都是值得的。受损舰船都修补好了，几乎所有船都刷了一层牛油。此外，在比斯开湾，西班牙无敌舰队得到了饼干和咸鱼等补给。虽然补给量比预期的少，但至少有新鲜的肉、蔬菜、面包等船员们赖以生存的食物。船员们将剩下的食物储存起来，希望有了新鲜食物后，自己能不生病。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼采取了一些措施，在岸边为有发烧症状的水手寻找救治，从而遏制四处蔓延的流行病。士兵和水手们逐渐恢复了往日的战斗力。
最重要的是，失踪的舰船陆续返回，找到了主力舰队。两支舰队在英吉利海峡附近，一支舰队在锡利群岛和利泽德半岛之间。但奇怪的是，这三支舰队都没有看到英格兰舰队。另一支舰队乘北风回到了拉科鲁尼亚，途中看见了弗朗西斯·德雷克舰队的主力。总之，截至1588年7月21日，西班牙无敌舰队的实力已经恢复到两个月前的状态。虽然受损的舰船都修补好了，但梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼依然很担心漏水的船。在一定程度上，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼认为，西班牙无敌舰队目前的状况比在里斯本时更好。乘着凉爽的南风，西班牙无敌舰队向英格兰挺进。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼恢复了往日的自信。