“九·一八”事变前夕，郑振铎告诉顾颉刚，“沪上流言，北平教育界有三个后台老板，一胡适之，一傅孟真，一顾颉刚也”。三个老板都兵强马壮，各据一方，名扬全国学界。胡适有银子，是北大文学院院长，任中华教育文化基金会董事，掌握美庚款；傅斯年有机构，通过史语所一手抓胡适的美庚款，一手抓朱家骅、杭立武的英庚款；顾颉刚有成就，擅长办学术刊物，能出学术成果。
三位老板招揽“员工”的风格也各有千秋，“胡适凭名诱人，傅斯年借势挖人，顾颉刚以情动人”。傅老板与顾老板是北大同窗、新文化运动干将，并肩奋战在新潮社，一起筹备中山大学语史所、中央研究院史语所。令人惋惜的是，两人矛盾不可调和，相背而行。傅斯年霸气侧漏，先后与鲁迅、顾颉刚闹掰。
鲁迅负气出走中山大学
鲁迅对顾颉刚成见极深，势同水火，多次对顾进行嘲讽、攻击：“此辈的阴险性质是不会改变的，自然不久还是排挤，营私。”顾颉刚鼻红，俗称“酒糟鼻”。鲁迅在私人通信中，经常不厚道地以“红鼻”、“鼻”、“赤鼻”代称顾；甚至把顾恶喻为“梅毒”，称“与鼻不两立，大似梅毒菌，真是倒楣之至”。
鲁迅
1921年底，鲁迅在《阿q正传·序》中影射，“阿q”之名为“阿桂还是阿贵呢？”“只希望有‘历史癖与考据癖’的胡适之先生的门人们”将来考定。顾颉刚女儿顾潮在《历劫终教志不灰：我的父亲面包顾颉刚》书中回应，“这便是讥讽那年春天胡适著《红楼梦考证》而父亲助其搜罗曹雪芹家世等史料之事。”
鲁迅又在小说《理水》中，塑造一个可笑的“鸟头先生”，“鼻尖涨得通红”、“鼻子红到发紫”、“红着耳轮和鼻尖”，影射挖苦顾。所谓“鸟头”，由“顾”（顧）字拆分而来。据《说文解字》，“雇”是鸟名，“頁”本义是头。鲁如此憎恨顾，甚至以顾的生理特征反复进行人身攻击，主要缘由是涉及中国现代文学史一桩公案。
《中国小说史略》是鲁迅原创的史学名著，例如一针见血批评《三国演义》“欲显刘备之长厚而似伪，状诸葛之多智而近妖”。鲁迅去世之后，苏雪林恶毒攻击他。经常被鲁迅骂的胡适，依然公正地为鲁辩护：“自有他的长处。如他的早年文学作品，如他的小说史研究，皆是上等工作。”顾颉刚却认为，此书引用日本学者盐谷温《支那文学概论讲话》大意，却未注明，涉嫌抄袭，告知鲁迅的论敌陈源（按：笔名陈西滢）。陈如获至宝，1926年1月30日，在《晨报副刊·致志摩》中公开披露，指责鲁迅抄袭。
鲁迅极其愤慨，视为奇耻大辱，一直难以释怀。顾颉刚在日记中分析，鲁迅“妒我忌我”、他受鲁迅“排挤”的原因有四条，居首之条就是“揭出《小说史略》之抄袭盐谷氏书”。
2月1日，鲁迅发表《不是信》公开回应，“盐谷氏的书，确是我的参考书之一，我的《小说史略》二十八篇的第二篇，是根据它的，还有论《红楼梦》的几点，和一张《贾氏系图》，也是根据它的，但不过是大意，次序和意见就很不同。”
1935年12月31日跨年之夜，鲁迅重提此事：“‘男盗女娼’，是人间大可耻事，我负了十年‘剽窃’的恶名，现在总算可以卸下，并且交‘谎狗’的旗子，回敬自称‘正人君子’的陈源教授。”离世前44天又说：“我的怨敌可谓多矣，……让他们怨恨去，我也一个都不宽恕。”
1918年5月15日，周树人小说《狂人日记》在《新青年》第四卷第五号发表，首次以“鲁迅”为笔名。傅斯年在《新潮》上（按：发表时署名“记者”）称赞《狂人日记》，“诚然是中国第一篇好小说”。
“五四运动”前三天，傅斯年又在《新潮》上称赞，“《新青年》里有一位鲁迅先生和一位唐俟先生是能做内涵的文章的。……实在是《新青年》里一位健者。”其实，“鲁迅”、“唐俟”都是周树人的笔名。一般而言，周树人在《新青年》上发表小说，署名“鲁迅”；发表杂感和新诗，署名“唐俟”。
1919年4月16日，鲁迅回函傅斯年，自谦“《狂人日记》很幼稚，而且太逼促，照艺术上说，是不应该的”。同时对《新潮》办刊提出多条意见，如：纯粹科学的文章“不要太多”；最好是“对于中国的老病刺它几针”，“偏要发议论，而且讲科学”；“《新潮》里的诗，写景叙事的多，抒情的少，所以有点单调”。作为新文化运动中的猛将、战友，无论是鲁迅的“呐喊”，还是傅斯年的“新潮”，都有一个默契的共识：“想闹出几个新的创作家来，破破中国的寂寞。”
傅斯年恃才傲物，领袖欲很强。留学前，他相对收敛，对鲁迅以师礼恭之敬之，回函鲁迅，落款是“斯年敬复”。留学时，已流露出对鲁迅不敬，或者说鲁迅的光环，对他而言已不复存在。他致函罗家伦说，“盖尖酸刻薄四字，通伯得其尖薄（轻薄尖利），大周二周得其酸刻，二人之酸可无待言。”（按：通伯为陈西滢字，大周指周树人，二周指周作人）留学后，傅斯年回国任中山大学文科学长，羽翼未丰，就与中文系主任、教务主任鲁迅直接过招，正面冲突。1927年6月27日，顾颉刚在致傅斯年信中评论，傅在中大“以其纵横捭阖之才，韩潮苏海之口，有所凭籍，遂成一校领袖，虽鲁迅不能胜也”。
傅斯年在朱家骅的坚持下，不顾鲁迅的坚决反对，坚持要把鲁迅“向来瞧不起”、“眼中钉”的顾颉刚，聘为中大教授，“办中国东方语言历史科学研究所，并谓鲁迅在彼为文科进行之障碍”。1927年4月初，听到顾可能要来风声的鲁迅，就在中大扬言：“鼻来我走”、“顾某若来，周某即去”、“他来我就去”；同时抱怨“傅拜帅而鼻为军师，阵势可想而知”，“先前竟想不到（傅）是这样人”。
顾颉刚心中有数，他能顶住鲁迅的强压，进入中山大学，幸亏“骝先先生（按：朱家骅字）及孟真相待之厚”。他向胡适老师报告，“来粤后，孟真强我为史学系主任”；也自嘲在厦大、中大“到处受排挤，精神上没有一天安宁”，“我真不知道前世作了什么孽，到今世来受几个绍兴小人的播弄”。
鲁迅不仅与顾颉刚的矛盾难以调和，更与朱家骅、傅斯年和中山大学校方的政见分歧日益扩大。1927年至1928年，国民党用暴风骤雨的手段血腥“清党”，“对国民党的不同态度（傅斯年赞同，而鲁迅反对）使他们逐渐疏远”。时任中山大学教授何思源回忆：“我曾见傅斯年与鲁迅吵闹，傅大哭大叫。”
继蒋介石在上海发动“四·一二”清党之后，留守广州的李济深、李福林等发动“四·一五”清党。4月15日，中大学生被捕数百人。下午，鲁迅以教务主任名义召开营救被捕学生的紧急会议，说：“我们应当像是学生的家长，要对学生负责。希望学校把他们保出来。”
坐在鲁迅对面的朱家骅反对：“学生被捕，是政府的事，我们不要与政府对立。”鲁迅反驳：“‘五四’运动时，学生被抓走，我们营救学生，甚至不惜发动全国罢工罢市，那时候朱家骅、傅斯年、何思源都参加过，我们都是‘五四’时候的人，都是‘北大派’，为什么现在成百成千的学生被抓走，我们不营救呢？”朱家骅继续坚持：“那是反对北洋军阀，现在是我们自己的天下，教育要有领导地进行。”
紧急会议不了了之。4月18日，顾颉刚抵中大，火上浇油又刺激鲁迅。4月21日，鲁迅提出辞职。傅斯年随即因鲁迅反对顾入中大、学生抱怨他挤走鲁迅，也提出辞职。鲁、傅两人各自以辞职要挟中大，主持校务的朱家骅是“和稀泥”的高手：准许鲁迅请假离校；派顾颉刚携款到上海、北京为学校收购旧书避风头；又让学生表决鲁、傅、顾的去留。三人皆名师，“中大学生开会结果，主张三人皆留”。鲁迅负气未复职。
1927年5月30日，鲁迅在致章廷谦信中否认他离开中山大学和政治有关，指责顾颉刚、傅斯年“为攻击我起见，当有说我关于政治而走之宣传”，他对“因‘亲共’而逃避”等流言懒得一驳，“‘管他妈的’可也”。
但据当今的中山大学官网“学校概况·中大校史·掌校人·朱家骅”专栏披露，鲁迅来到中山大学，和政治密切相关。他受聘中大教授，是陈独秀之子、中共广东区委书记陈延年力挺。1926年8月，陈延年决定，恽代英、邓中夏代表中共广东区委，请朱家骅出面电报邀请鲁迅到中山大学“指示一切”。1927年9月27日，鲁迅与许广平离开广州，赴上海定居。
傅斯年与顾颉刚分道扬镳
一山难容二虎，尤其已有一“霸虎”。傅斯年评论，“史学的中央题目”，就是顾颉刚的“累层地造成的中国古史”，曾对罗家伦、姚从吾等研究史学的行家称赞，“颉刚是在史学上称王了”。又告诉中山大学的同学，“顾是北大文科十余年中毕业学生最能学问，最有成就之一人，我自己断不敢望。”
顾颉刚
作为《新潮》战友，顾颉刚曾对傅斯年说：“我在师友中，最敬爱的是你。……希望你有暇时再常常拿我教诲教诲，教我勉向正当的路上去。”又自称“是一个忠实的社员”，多次致函与傅讨论杂志的风格、内容。例如与傅共勉，“总希望我们的《新潮》杂志有真挚浓密的感情，去感动社会”；直言“这几期你同志希（按：罗家伦字）都倾向文学方面去，我有些失望”。
排挤走鲁迅后，傅、顾只共事七个月，就因性格冲突和学术分歧交恶。1928年，顾颉刚在给两人老师胡适的信中，多次表达对傅斯年的不满。“孟真为人，能读书，能办事，而太不上轨道”，“他的多材多艺适使他毁坏了自己。我们屡屡讽他，但他终不能听”。拜托胡适“请勿把我对于他不满的话告他，因为他的脾气太坏”。
4月29日，两人矛盾总爆发。顾颉刚当天日记写道：“予之性情有极矛盾者，极怕办事，而又极肯办事。孟真不愿我办事，又不愿我太管事，故意见相左，今晚遂至破口大骂。”1973年7月，顾颉刚又补记1928年4月29日两人恶语相骂的原委：“孟真乃以家长作风凌我，复疑我欲培养一班青年以夺其所长之权。予性本倔强，不能受其压服，于是遂与彼破口，十五年之交谊臻于破灭。”
8月20日，顾颉刚写五千字长信向胡适诉苦、告状，傅斯年反对他去燕京大学，“骂我忘恩负义”，甚至威胁“你若脱离中大，我便到处毁坏你，使得你无处去”。顾也不是吃素的，倔强地表明，“孟真对于我的裂痕已无法弥缝，差不多看我似叛党似的。我决不愿把身子卖给任何人。我决不能为了同党的缘故而把自己的前程牺牲了”；“一定要我在他的支配下过生活。结果不但支配无效，翻激起我回想在北大研究所时的甜梦，怨恨我的自由已为名缰利锁囚禁了！”
这封信是回复两天前收到的胡适来信。胡适在信中“疑我因骄傲致树敌”，似乎偏向傅斯年有理些，更让顾颉刚心里憋屈，堵得慌。他在当天日记中记载：“写适之先生信，约五千字，直陈两年中痛苦”；“耿耿此心，每不为师友所解，强予办事，失其故我，奈何！”
1929年2月，顾颉刚不辞而别，悄悄离开广州，来到北平。同年9月，被聘为燕京大学历史系教授，再分别致信戴季陶、朱家骅，辞去中山大学教授。傅斯年念念不忘这位才华横溢、不听指挥的同窗，一直想把他再网罗至麾下。
顾颉刚毫不动摇，好马坚决不吃“回头草”，3月25日请求胡适“劝孟真不必拉我，我非与孟真有意见，盖急欲在种种束缚中拔出此身也”。中间这句话言不由衷，也糊弄不了胡适，两个学生何止有意见？矛盾不可调和，已闹得一拍两散。
傅斯年不死心，趁10月10日与顾颉刚一起去陈建功家看滦州皮影戏时，劝顾回中研院史语所专任研究员，月薪四百元。顾依然拒绝，在当天日记中流露真实想法：“予既已脱离是非圈矣，何苦复投入耶！”
1931年，傅斯年又琢磨聘顾颉刚为北大教授，顾还是拒绝，并写信告诉胡适三个理由：一、听说孟真有意聘钱穆为北大教授，我问了钱，钱也愿意；二、我所能教的功课，钱都能教，而且钱的学问比我笃实；三、北大如请钱，比请我为好，因为我有流弊而他没有流弊。
傅斯年、顾颉刚这两朵“奇葩”爱恨交织，性格都有刚烈倔强一面，矛盾螺旋式深化。相互知根知底，性格缺陷也了如指掌，所以互掐极其情绪化，典型的“针尖对麦芒”。有时就像小孩子过家家一般，为日常琐事抠气，也会故意为对方“挖坑”。
傅斯年
顾颉刚铁了心不再和傅斯年在广州的史语所共事，摆脱傅的束缚和行政事务，只做中研院史语所特约研究员，一门心思留在美国人主办的燕京教会大学做学术、写专著。在教会大学教书、念书，不等于做亡国奴，更不等于卖国，这是常识。傅斯年怒了，写信给顾，故意找茬：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾在1931年6月12日的日记中反唇相讥：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辨也”；“中国学校聘外国教员亦多，岂此外国教员亦为作亡国之准备乎？”
六天之后，顾颉刚没憋住，还是要辨一辨。他在为燕京学生期末监考时，起草一封致傅的回函，开篇就抱怨“知我者莫如兄，不知我者亦莫如兄”，还新账老账一起算，宣泄不满：“弟生平从未受过此等气，眼前为之发黑。兄对我既如此，论理正当绝交”，“此事兄或忘之，弟则深记”，“弟非奴颜婢膝之流，决不会成洋奴”。
顾信中翻出的“老账”，被气得“眼前发黑”、“论理绝交”，就是一个接站的琐事，在旁人看来，并不严重。傅斯年从上海到北平，顾有感于他数月前曾长堤相送，“往而不来，非礼也”，自己到火车站迎接。
没想到傅斯年把他的好心当成驴肝肺，当着他和赵元任的面，提议次日一起到车站接清华教务长杨振声，谋个清华学校的职位。其实是拐弯抹角讥讽顾钻营，来接站有其他目的，想谋清华教职。因为傅本人是史语所所长，不会向清华求兼职；赵元任已是清华教授，无需向清华求职。顾当然听出傅的弦外之音，现场隐忍不发飙，却一直憋在心中，憋到6月18日，终于憋不住，累积怨气一并爆发。
6月18日这封监考时写的长信没有发出，相当于写了篇日记。原来是顾颉刚的原配殷履安“劝勿寄，免多口舌，（予）听之”。傅斯年却没完，6月24日向顾坦白交代，他6月12日写信，是想挑逗刺激顾回信。竟然没收到回信，出乎意料之外，不像顾“斗士”一贯的态度。顾在日记中承认，傅斯年“此诚知我，非履安之阻，固早如其所料矣”。
1941年，傅斯年因严重高血压症，在重庆中央医院住院，自己、友人都对病情不乐观，更不能动怒。顾颉刚前来探病慰问，这两个极其自负、极其倔强、极其急躁的“老板”，竟然在病房中，因争夺学者、人才而吵架，闹个不欢而散，关系更僵。
顾说气话，“非破坏北大不可”。傅也光火，你既然以破坏北大为目的，“今后不能不与之绝交”。6月18日，傅斯年还致函朱家骅，指责顾颉刚“近年负其名字之文，多出他人之手，编辑亦是人代为之”，“凡与颉刚共事，最后总是弄到焦头烂额”。
中研院首届院士提名
1943年8月22日，顾颉刚最信任的学生和助手赵贞信致函老师，谈及当年中山大学同人评论顾颉刚、傅斯年：“论居心之忠厚当推吾师，若任人之适当则吾师不如傅先生，以吾师每行煦煦之仁而傅先生则断制严厉而赏罚分明也。”
赵的个人之见，傅斯年、陈垣的问题在于，“彼数人皆量小、有私、好专”；顾颉刚的问题在于，“感情极易冲动，使所行之事未能恰当”，“既不能识人，又不能察势”，“小材大用，常材奇用”，“谦虚其外，倔强于中，恣情任性，直意孤行，致多方树敌，亲近解体”，“于爱之时，则任之必过，及其衰也，又恨之极甚”，“好大喜功之性情，今与昔同，故每立一业，创一事，必有一张许多人之名单，必有一个大而难成之计划”，最后这个计划又“打水漂”，被人讥笑。
一周之后，赵贞信又致函顾，感慨老师“颇受书生气之累，其得罪人之处，亦颇多意气用事”，“机权二字，吾师远不及冯芝生（按：冯友兰字）、傅孟真诸先生”。1943年9月7日，顾颉刚记下“良友之言，当铭座右”。
1946年12月16日，为庆祝次日的北大校庆和胡适生日，在南京的百余名教育界人士餐叙。傅斯年出席并致词，和顾颉刚握手时，不知有意还是无意，“摔转了头颈”。敏感而自尊的顾难以释怀，当晚10时在给续弦张静秋的家信最后，直呼其名痛斥：“傅斯年真不是东西”，“这个傲慢的人迟早要失败的，他失败之后必然又来趋奉我了”。
1947年5月，中央研究院开始遴选首届院士，胡适和傅斯年分别有一个推荐人文组候选院士的名单。温润谦和、广结善缘的胡适不提名自己，而在美国治病的傅斯年一点不矫情，当仁不让。他致信胡适，列出人文组21位候选院士名单，其中史学6位，在著名的“史学二陈”（陈寅恪、陈垣）之后，第三人就是“傅”。由此可见两者性情、为人、处事的差异。
傅斯年确实“霸”，但瑕不掩瑜，很多时候“霸”是基于公义、公心、公事。虽然傅、顾关系早已恶化，疏于往来，但在傅斯年的推荐名单中，不计前嫌，只论学术，依然提名顾颉刚，而且在“史学”中排名第四，在他本人之后。反而是胡适的推荐名单中，未提名顾颉刚。结果没有悬念，胡、傅、顾这“三个老板”，都当选为中央研究院首届院士。
客观而言，胡适、傅斯年在教育界、学术界形成了以他们为中心的派系、圈子，未“入圈”的学者容易被边缘化，学术资源、学术进步的空间小很多。幸好他俩的人品、眼光相当过硬，重才、识才、举才。以中研院首届院士提名为例，胡适提名院士17人，有14人当选；傅斯年提名院士21人，有19人当选。