沙皇悄然返回京都，没有举行隆重的欢迎仪式。彼得看过戈登之后，在他宠姬安娜·蒙斯那里小住几日，随后便到普列奥勃拉任斯科耶村去了。他不愿见到后妃，而她对与君王重续恩爱之情尚抱着一线希望。
沙皇返驾的消息次日才在首都传开。领主们来到普列奥勃拉任斯科耶，祝贺他平安归来。但这里发生了一件使祝贺者震惊的事：沙皇命令递给他剪刀并开始亲自动手剪掉领主们的胡须。曾指挥忠于政府的军队击溃了射击军的舍英，此时却成了沙皇注目的第一个牺牲者。罗莫达诺夫斯基那一把“恺撒大公”式的大胡子也未能幸免，然后沙皇依次剪掉其余领主的胡子。
过了几天，剪胡子手术又重复一次。这一次操剪刀的不是沙皇自己，而是他的侍从。在舍英家的宴会上，他一会儿跑到一个领主跟前，一会又跑到另一个领主跟前，剪光他们的胡子，引得众人哈哈大笑。这种改变俄罗斯外观的做法看来微不足道，但对彼得未来的统治，却起了相当重要的作用。
对胡须的崇拜是从东正教开始的。教会认为这种“上帝赐与的饰物”是俄罗斯人自豪的标志。彼得的同时代人阿德里安大主教把不留胡须的人比作公猫、公狗和猴子，他宣称剪胡子的作法是大逆不道的。
尽管剪胡子遭到指责，某些大胆的和追求时髦的人仍然冒险在彼得采取强硬措施之前把胡须剃了。但是宽阔密实而且完整的一部大胡子被认为是威严和端庄的表征。
罗莫达诺夫斯基公爵在得知领主戈洛文在维也纳身穿德国服并剃了胡须时，愤怒地喊道：“我不相信，戈洛文竟敢如此胆大妄为！”罗莫达诺夫斯基的胡须后来是沙皇亲自剪掉的。
剃须一举在宫廷实行起来毕竟要容易些。彼得把胡须上的变革视为政府政策的象征，并宣布剪胡于是全体居民的义务。
农民和市民顽固地反对这一政策。胡须成了因循守旧的象征，并以此作为反对革新的一种口实。
留须权可以花钱购买，富商留胡须要付很大一笔钱，即每年一百卢布；领主和官员每年要付六十卢布，而其他居民——三十卢布。农民每次进出城要付一戈比。有一种专门制造的金属小牌，作为缴纳胡须税的收条。留胡子的人把小牌挂在脖子上：它的正面画着短鬓和胡须的标记，同时写着“须税付讫”的字样。只有僧侣可免纳胡须税。
另一个在他看来应刻不容缓付诸实践的措施，涉及到了他的家庭生活。沙皇想要休掉皇后的决定早在出国之前就已考虑成熟了。他委托留在莫斯科的朋友们解决这个微妙的问题。劝她进修道院。叶芙多基娅没有听从劝告，这一点可以从沙皇和他在莫斯科的朋友来往书信中得到证明：“陛下信中命仟悔牧师列夫·基里洛维奇并臣办理此事，吾等均已尽力而为，任凭其自愿出走，唯娘娘乃生性倔强之女性，拒不听从劝告。为此再度致函忏悔牧师，请其劝说时采取较为强硬之态度”。彼得向罗莫达诺夫斯基公爵表了态，命其按斯特列什涅夫的主意行事。
政治审讯机关头子罗莫达诺夫斯基主持处理此项离婚事件，为此他在普列奥勃拉任斯科耶政厅设立了刑讯室。这都说明彼得无意一味说服对方接受离婚，还要来点硬的，然而可以断定，哪怕再倒霉皇后也决不改变主意的。
沙皇与王后是在 8月28日，即彼得回到莫斯科的第三天会面的。他们之间长达四个小时的谈话后人一无所知，但是从后来的事态发展来看，这次谈话没有使彼得达到预期的目的。叶芙多基娅仍然不愿听从摆布去落发为尼。如果她同意。那么就给她隆重送别。可是送别仪式并没有举行。因为三周以后，从克里姆林宫驶出一辆没有侍从的简朴的轿式马车，朝着通往苏兹达尔女修院方向开去，叶芙多基娅从此将更名改姓，脱下俗人的衣服，换成修女的长袍。修院还为这位名叫叶莲娜的修女准备了内修室。
彼得还强化了对射击军的侦讯，这同胡须上的斗争以及和叶芙多基娅离婚案相比，具有更重要的意义。
彼得和射击军有一种特殊关系，而且每次新冲突都加深了沙皇和他们之间的猜疑和故意。但问题并不仅在于射击军缺乏应有的训练和战斗力，而在于它本身组织方面所暴露出来的旧时代的痕迹。
在彼得眼里，射击军“不配称为军队，而是一群乌合之众”，这首先因为这批人不仅再三寻衅滋事，心怀叵测，阻挠他即帝位，而且还有弒君之心。这就是为什么彼得对射击军的仇恨日深，终至恨不得寝其皮而食其肉。沙皇成了这场冲突的胜者，他的专横独裁导致了血腥的结局：千百万名射击军士兵遭到残杀，射击军实际上己名存实亡。彼得获悉射击军哗变的消息时，正滞留维也纳，他当即给罗莫达诺夫斯基发去一封简短的信。全文如下：“ 6月17日来函已复。来信提及先皇伊万·米哈伊洛维奇埋下之恶种业已萌发等节，朕特命卿等绝不可手软，舍此火势将不可收拾也”。
“刻吾等从事之有益事业功亏一篑，弃之可惜，鉴于上述原因，朕率众人尽速返回，想此事亦为卿等始料所不及也。”
这封信短短数行，但言简意赅，彼得说明了射击军骚动的概况（按沙皇的意见来说这是在1682年从伊万·米哈伊洛维奇·米洛斯拉夫斯基家族播下的种子发展起来的），目的在于进行残酷的镇压。复信的口气说明，沙皇对射击军的仇恨已达顶点，并暗示，一俟回到莫斯科就准备最后解决他们的命运。
在莫斯科，人们向沙皇禀报了射击军骚动和对它的镇压，他亲自研究审讯材料，他知之愈详，不满情绪就越大。他认为，侦讯还浮在表面，对暴动参与者的惩治过于手软，审讯人员未能查明被他称之为米洛斯拉夫斯基埋藏下的“恶种”参与其事的目的。最令他不满意的是把那些骚动的发起者匆匆处死了。彼得认为，他们一死，此事也就死无对证了。
经过一番寒暄之后，气氛有所缓和，但一下子彼得的牛性子又上来了。他怒不可遏，指责大元帅舍英不该受贿以权谋私，使不少人无功受禄，得到升迁。沙皇气冲冲跑出大厅，询问门口的卫兵有多少人得到了提升并被授予官衔，然后拔剑出鞘。走了回来，一边用剑敲着桌子，一边向舍英大声喝道：“我要砸碎你的团队，扒下你的皮，说到做到！”这时，罗莫达诺夫斯基公爵，佐托夫和列福尔特赶紧跑过去劝慰沙皇，请他息怒，可是他举起剑就打，佐托夫的头上挨了一记，罗莫达诺夫斯基的手指被剑锋划破，列福尔特的背部也给剑打了一下。只有缅希科夫好不容易才使盛怒的彼得平息下来。
不过，沙皇发怒的真正原因不在舍英提升无功的人，而是因为他过早处死了射击军哗变的罪魁祸首。
彼得决定重新审讯，这一次他要自己一手抓，“这次我要从严审讯”，他对戈登说。他首先命令将全部叛军押送京都。他们总数是一千零四十一人。
从1698年 9月中旬开始，除星期日和节日以外，审讯一直没有断过。被彼得吸收参加审问的有他的数名亲信：“恺撒大帝”罗莫达诺夫斯基，他曾以普列奥勃拉任斯科耶政厅总监身份从事政治审讯；还有姆·阿·切尔卡斯基公爵，弗·德·多尔戈鲁基公爵，普·伊·普罗佐夫斯基公爵及其他高官显贵。射击军全部官兵的命运早在审讯结束前就已由沙皇预先决定了。
经查明，索菲娅参与叛乱一事铁证如山。最后，受审者被分成两组：一组是射击军士兵，其中二十个受审的人忍受了最残忍的折磨，对他们动用拷问架、火烧、木棍等刑具逼供，让他们互相对质，还对死不认罪者进行反复拷问。刑讯室里一片哀嚎之声。在另一组审讯室里关进了两位公主——索菲娅·阿列克谢耶夫娜和玛尔法·阿列克谢耶夫娜，还有担当索菲娅和射击军之间牵线人的亲信。两位公主周围的人也遭到和射击军一样拷打。索菲娅公主也没逃脱审问，尽管没有动刑。彼得不是单独到新圣母修道院来的，还带来了阿尔秋什卡·马斯洛夫和士兵瓦西卡·伊格纳季耶夫，以及池们的口供，即索菲娅写给叛乱头目的信。
从1689年事变以后索菲娅被囚禁在修道院之日起，彼得已有九年时间没见到他姐姐了。在这些年里，公主在修道院斗室里的生活还比较自由，不必遵守严格的生活制度：她有机会和外界接触，身边有女仆侍候，亲戚也可以给她送吃的来。这些细微未节的小事也表现了彼得的个性－－他无心去打落水狗。对这些人的命运他听之任之。不仅对索菲娅如此，即令对他出家修道的发妻，也是如此。他有意网开一面，好让她继续过世俗的生活。
姐弟两个都是说一不二的倔脾气，见面就吵开了。这次会见既没有达到相互谅解，被告也始终没有悔意，对质也不能奈她何。
索菲娅心里明白，彼得手里还没有抓到真凭实据，所以她一口否认她和士兵之间有什么瓜葛。可想而知，这场谈话可是唇枪舌剑，杀 气腾腾，并且双方是处于不平等的地位——一个扮演原告的角色，另一个则驳斥原告的指控，竭力表明自己的清白。审讯记录行文谨严，白纸黑字。索菲娅·阿列克谢耶夫娜回答皇帝的指控说：“你 所说的在调查中发现的所谓公主写的那封信，并没有发给射击军兵团，至于那些士兵说什么请公主还朝执政这也不是事实。”彼得叫来的见证人还提起另外一件事，说在各团里曾传诵过一封索菲娅通过女乞丐转递的信。索菲娅断然否认有这么一件事。
另一个姐姐也是由彼得亲自审问的。玛尔法·阿列克谢耶夫娜公主和索菲娅过从甚密，她被指控充当索菲娅和士兵的中间人，就是说，姐姐通过她将信转寄给射击军。玛尔法·阿列克谢耶夫娜仅仅承认，她将射击军到达莫斯科的消息告诉了索菲娅，但她坚决不承认有所谓传递信件这一说。
审讯尚未结束，已经开始行刑了。第一队士兵，总数二百零一人于 9月30日被处以极刑。上百辆大车，一辆接一辆，从普列奥勃拉任斯科耶向莫斯科缓缓行进，每辆大本上坐着两个手拿点燃蜡烛的射击军士兵。在波克罗夫大门旁，当着彼得、高级官吏和外国使节人的面，向射击军士兵们宣读了沙皇的判决书：兹判处“窃贼、变节分子、内战的祸首和叛乱分子”以死刑。犯人被分别送到首都各区，全部处以绞刑。
第二次大批处决是在10月11日。这次绞杀射击军士兵不仅用专门制作的绞架，而且被吊在白城碉堡枪眼里的圆木上。所有这一组被处死刑是因为他们曾在参与叛乱的四个团中服过役。
在 9月末和10月份，总数达到七百九十九人的士兵被处以死刑。其中半数以上是没有经过预审就处决了的。只有年龄在十四到二十岁之间年轻士兵才得以幸免，在惩罚之后将他们流放外地去了。沙皇和他的亲信们都参加了行刑。当彼得看到大臣们动作迟钝、犹豫不决地砍下叛乱者的头颅时，他流露出不满的神情。
首都长时间处于大屠杀的血腥气氛中。被处绞刑和车裂的尸体在五个月内部没有收拾干净。三个死人在苏姗娜（索菲娅公主落发后的称号）的内修室窗前有节奏地摆动着。死者的手里攥着信纸，暗喻那封由这位修女寄给射击军的信。
有关彼得在审讯和处决射击军的紧张时刻的心绪，我们可从外国人的记述中见到一斑。表面上，彼得似乎行若无事，但他内心的惴惴不安之情时而溢于言表。
对射击军的审讯结束之后，彼得于10月23日前往沃罗涅什。这是因为他放不下造船厂的事。在前两年，从阿尔汉格尔斯克调到沃罗涅什的费多尔·马特维那维奇·阿普拉克辛一直主持军舰制造厂的工作。造船专家（沙皇这样自诩）急不可耐地要检查一下造船厂的工作：生产进度，军舰上的武器和装备情况等等。
10月31日，沙皇来到沃罗涅什。眼前一派兴旺景象：昔日安静的小城此刻变成了繁荣的造船工业中心。这里，生产搞得热火朝天，操俄语和世界各地语言的专家随处可见。
这样庞大的造船工业，技术上的困难可想而知。造船厂缺少有经验的师傅。“这里找不到一个真正的帮手”——沙皇在1698年12月的一封信中这样抱怨说。军舰是用没干透的木材建造的，往往用木钉代替铁钉，因此，已造好的大多数船舰的质量很差。彼得亲自领导军舰的验收委员会。他在接收典礼上指出：“这些军舰船舷和甲板过高。”所以，在水中不可能保持平衡。另一个由外国人组成的委员会也同样发现了造船的领班，“缺乏工艺技能”……
然而，沃罗涅什制造的船只毕竟开创了俄国海军的光荣历史。在沃罗涅什，俄国第一批造船家取得了经验，阿普拉克辛就是在这里第一次不用步兵而用海员充实了海军的编制。
翌年，即1699年，国内发生了许多重大事件。其中两件是沙皇直接参与的，但文献上并没有翔实的记载。这里所说的是卡尔洛维茨会议，在大会上反土耳其的盟员国和土耳其进行了停战谈判。杜马书记普罗克皮·沃兹尼岑在会上维护了俄国的利益；毫无疑问，彼得事前嘱咐了参加会议的大使，但是谈判过程中的全部文件都是使节政厅起草的。1699年 1月14日，沃兹尼岑和土耳其人缔结的不是和约，而是停战两年的协定。
在同年一月份，颁布了关于实行城市改革的敕令——建立城市管理机构：在莫斯科设立市政厅，在外省设立地方自治局。不用说这个改革措施是由沙皇亲自倡导的，但他本人并未出面主持。
一开始，政府想从改革中获得直接利益：授予自治权的必须缴纳双份直接税，自治制度只准备在市民接受这一条件的城市实行。当得知市民拒绝接受必须付出如此高昂代价的自治制度时，政府不得不收回成命，不再征收双份直接税，但所有的城市因此必须统统实行改革，一无例外。
政府指出实行改革同手工业、工业以及商业繁荣的密切关系，若干年后这几项事业将提高国家收入，并将保障国家军事力量和经济力量日趋强大，此外还可望得到另外一项好处，那就是，根据改革实施条例，市政自治机关和地方自治机关将成为关税和酒馆税的责任征收者，这些税款的征收由过去的行政长官负责，改由选举出商人办理。这么一改，政府可按时收到税款，而且为此政府无需掏腰包应付各类开销。
有关彼得在这一年内的作为，有关文献均作了明确的记载。 2月，在新落成的列福尔特宫邸举行了一次滑稽仪式——“醉鬼大会”。在盛宴上，彼得同宽袖长袍的传统服式展开了第一次交锋。
出席宴会的显贵都身着传统的俄罗斯服装：绣花衬衫、鲜艳的绸缎上衣、外罩长袍，手腕上紧系着绣花袖套。长袍上面又套着一件又长又大的天鹅绒无袖袍。从上到下扣着一大排纽扣。此外还有高耸的天鹅绒面的帽子。逢到天气暖和他们来参加集会时，皮大衣换成了皮领大袍，这是一种用昂贵料子制作，长及脚跟的袍子，袖手肥大，带有四角可以折叠领子。
沙皇对这种碍手碍脚的锦衣绣服十分厌恶。在宴会上沙皇动开手了：他拿起剪刀就去剪他们的袖子。据当时目击者证实，他一边剪一边说道：“长袖子这玩意儿实在碍事，到处撞祸，不是拂掉了玻璃杯，就是蹭到汤里去；剪下来的袖头缝双靴子满够。”
人们不愿亲自下手剪短自己的长袍、无袖袍和皮领大袍、过了几个月，莫斯科人在克里姆林宫大门旁，在基塔城墙上，在秋多夫修道院附近，以及其它人烟稠密的地方，都读到了张贴的告示。为使告示不被撕掉，旁边站着卫兵，告示上写着沙皇的谕旨：“兹规定莫斯科和其它城市居民均应着如下的服装：匈牙利式男长服不得长于吊袜带衔接处，内衣要短于外衣，如此类推……”
十七世纪末，有两件互相关联的事必须抓紧解决：与土耳其讲和以及建立反瑞典同盟。彼得把主要注意力都集中在这两件事上了。
彼得把对外政策的大权操在自己手中，并在外交活动中作一些新的尝试。在没有外交部门直接参加的情况下，他同1698年来莫斯科签订反瑞典同盟条约的丹麦大使海因斯进行了私下会谈。沙皇没有急于举行正式谈判，而把建立同盟一直推迟到从卡尔洛维茨得到消息之后。可是，在卡尔洛维茨缔结的不是和约，而是短期休战协定。因此，彼得同丹麦签订的条约里，只承担了在签订和约或同上耳其长期停战之后一定出兵瑞典的义务。为了缔结和约，彼得派杜马书记叶美良·伊万诺维奇·马克兰英采夫去伊斯坦布尔，他们避开传统路线，不走陆路，而是乘军舰从海上前往目的地。这个计策是由沃兹尼岑向彼得提出的。沙皇采纳了这个建议，并且指示说气派要大些：大使的军舰应由沃罗涅什舰队护航开往刻赤。
1699年 8月 5日，十艘大军舰的分舰队从亚速起锚驶往刻赤。分舰队形式上由海军上将费多尔·阿列克谢耶维奇·戈洛文指挥，而实际统率者是彼得。“要塞号”军舰上有以乌克兰英采夫为首的外交使团，该使团的成员之一描写了俄国军舰在刻赤抛锚时，土耳其人那种惊恐失措的神情，“从土耳其人的面部表情可以看出，他们对武装得如此精良的分舰队意外来访，感到惊骇不已，但让土耳其人根信这些军舰是俄国制造的，而且舰上的海员全都是俄国人，那可不是件容易事。”
刻赤的土耳其当局执意不肯让俄国大使继续乘坐军舰向前航行，他们以在海上航行将遇到狂风巨浪为口实，但彼得丝毫不为所动，他命令“要塞号”取道帝都，并且鸣放礼炮向土耳其人宣布俄国海军的诞生。这次显示国威的行动收到了预期的效果，对乌克兰英采夫完成使命产生了积极影响。
彼得和分舰队一起返航亚速，然后首途回京。此刻首都有两个外交代表团正在等着他。这两个使团各有各的打算：卡尔洛维奇将军代表奥古斯都二世来访，目的在于签订反瑞典同盟条约；而瑞典大使则另有所图——企图强求俄国同它签订永久性和约。
这是一场复杂的外交赌博。必须对瑞典外交代表团保守萨克森选帝侯和丹麦国王代表谈判的秘密。为了麻痹瑞典外交代表团的警党性，这个代表团和彼得举行单独会谈时，表面上受到了尊重和礼遇。谈判承认了过去的俄国——瑞典条约。
欧洲的局势有利于俄国谋求波罗的海出海口的斗争，因为当时各列强正剑拔弩张，一场武装冲突眼看一触即发。西班牙国王查理二世身后无嗣，他之死便成了西班牙王位争夺战（1701——1714）的口实。法国以及和它对立的封建专制联盟的成员奥地利，还有许多海上强国——英国和荷兰，都卷入了这场争夺，企图染指西班牙王国在欧洲以及欧洲以外的广阔地盘。这样一来，东北欧的冲突反倒退居次要地位了。
于是北方联盟终成事实，只消等待来自君士坦丁堡的好消息。1699岁末，彼得又提出两项新规定：12月19日和20日命令规定，新的一年不从“创世纪元”起算，而从“耶稣降生之日”算起，也就是说，新年不是从 9月 1日始，而是从 1月 1日开始。亦即采用许多欧洲国家通用的历法。按照老的纪元， 1月 1日这一天是7208年又四个月，而按新历来计算则正好是1700年。
彼得兴致勃勃地参加了新年的庆祝活动。元旦，他命令步兵团开到红场，把二百门大炮集中到克里姆林宫前。鸣放礼炮一直持续了六无之久。沙皇亲自安排焰火，五彩缤纷的焰火，使首都居民惊喜不已。居民也参加了隆重的庆祝活动：大门装饰着云杉，松树和瓔珞柏的树枝。敕令责成领主和富商凡有小炮者，可在自己庭院鸣放数响；有火枪或其它小型枪枝可鸣放三响；有爆仗者随意燃放。在庆祝新年伊始的日子里，万众欢腾。在过去的一个世纪里，彼得在俄国完成了几件开创革新时代的大事：打通海上通路；着手建设海军；城市自治；禁止蓄长须、穿长袍，实行从 1月 1日开始起算的新纪元，革新涉及社会生活各个方面，但不难看出，目的只有一个，那便是使俄国欧化，把俄国提高到现代化国家的水平。
即将来临的1700年又将如何？能否保证已开始的改革继续进行、不受干扰？彼得苦苦思索着这个问题。在圣母升天大教堂里作祈祷的时候，彼得用他那沙哑的男低音，虔诚地唱着，恳求上天在新的一年里赐福于他。