令人惊异的是，朝廷对此重大情节竟不予审查，极力回避，只说胡、舒两氏“饰言”掩饰而了之。这些迹象不能不使人怀疑，两藩的藩下人几乎同时“背主”揭发，难道是巧合？是否受朝廷暗中指使？否则他们何敢如此大胆揭发赫赫的王爷！如，圣祖暗中指使康亲王杰书做精忠的工作，授意他进京“陛见”，目的就是调虎离山，至京捕抓处置！精忠当然明白，他为了表明自己对朝廷忠心不贰，决心悔罪，便毅然来京。很清楚，精忠来京，是圣祖施的一条欺骗之计。精忠的弟弟昭忠等起来揭发，也令人怀疑是否受了圣祖指使的朝廷大臣的“启发”？这同胡氏、舒氏揭发儿子的情节何其相似！至于逮捕他们的办法和手段，完全都是预谋策划好的。
种种迹象表明，朝廷对耿、尚的处置，是有预谋的政治谋杀，不是因一般刑事处死。处死一人即可，还得处死其子、兄弟，再扩大至他们的部属。这就说明圣祖及其统治集团是把尚、耿视为一股政治势力或政敌，从肉体上加以彻底消灭的！对他们的首要人物施以最残酷的刑法，正表明圣祖对他们痛恨的程度。尚之信托了其父尚可喜的荫庇，死得倒“文明”些。
这里，特别要提到，康熙四十一年（1702年），圣祖给尚之信平反：“上（圣祖）廉知公（尚之信）贞诚，特旨赐公妻子归宗完聚，仍赐田房、奴仆，服役养赡。公有未婚女五人皆特恩择配，复赐奴仆妆奁。”他的子孙至雍正朝皆为官。此事不见《清圣祖实录》和任何官书，却载于《尚氏宗谱》。试想，圣祖平反，如无其事，尚家人何敢在雍正、乾隆两朝续修此谱书时记载此事！仅此一事可以证明，当初圣祖杀之信，完全是出于统治集团的政治需要。
自康熙始，清朝统治者把这场动乱称之为“平定三逆”，“三逆”者，吴三桂、耿精忠、尚之信是也！至近世，又衍为“平定三藩”。这不尽符合历史事实，倒是充分反映了清朝统治者的立场和观点。公平而论，尚之信称不上“逆”，耿精忠叛了一年多又“归正”，则当别论。这场战乱从叛者方面说，自始至终，都是吴三桂集团在起主导作用，耿精忠仍视为胁从，有过一段叛迹。因此，正确的提法，应是平定吴三桂叛乱。今人所称的“三藩之乱”等等提法，都是不妥当的。
三藩以外的人，还有一个重要人物王辅臣，他的结局，也未能逃脱一死，不过死法不同而已。
据清官方史书记载，王辅臣系“病故”，未曾受刀斧之伐。其实不然。他这个人颇有政治头脑，当康熙二十年七月，清军正围困昆明时，圣祖下诏，令他随经略图海进京“陛见”，【《清圣祖实录》，卷96，25页。】他便料知此去凶多吉少，打好了主意。行前，他命人取出库中银两，各分成一封，多的达百两，少的也有数两，皆用字写明。剩余一两万两，放在库中，封上印条，留下账簿一册，记载银两、杂物等项及数目。他怕累及部下，将其余旧账目全部焚掉。然后，召集诸将吏亲随人员说：“你们随我很久，东西南北奔走，犯霜露，冒矢石，受了很多苦，现在我即将跟你们分别，你们都要远走高飞吧！”他根据每人功绩大小，各给一包银子，说：“愿归田的归田，愿入伍的，速投别的军镇，谁也不要说曾在我这里呆过。”众将吏都痛哭不止。辅臣催促说：“你们快走，我的事由我一人担当，不连累你们。从今天起，我们就永别了！”他的部属都被遣散了，还剩下数十人，日夜与他们饮酒。
八月二十九日，从汉中已来到西安，他照旧同门下人饮酒，饮到半夜，辅臣老泪纵横，对门下人说：“我起身行伍，受朝廷大恩，富贵已极，前迫于众人，做了不义事，又做不成，今虽反正，但朝廷蓄怒已深，岂肯饶我！大丈夫与其骈首僇于刑场，何如自己死去！可用刀自刎、自绳自缢、用药毒死，都会留下痕迹，将连累经略图海，还连累总督、巡抚和你们。我已想好，待我喝得极醉，不省人事，你们捆住我手脚，用一张纸蒙着我的脸，再用冷水噀之便立死，跟病死的完全一样。你们就以‘痰厥暴死’报告，可保无事。”门人们哭着劝谏，辅臣很生气，欲拔剑自刎，门人们这才同意，依其法行事。到天亮时，就以“厥死”上报，朝廷没有怀疑。【《广阳杂记》，卷4，187~188页，参见《清圣祖实录》，卷97，14页。】
辅臣如此死法，却是躲过了惩治。别的姑且不论，他杀害满洲重臣莫洛，正如精忠杀害范承谟一样罪大，甚至比精忠罪还重！但他“病死”了，朝廷也就放过了对他的人身惩治，令“停其世袭”之职。他的儿子继贞在父亲归降后，不仅官复原职，还被提拔为太仆寺卿。这时，既削辅臣的“世袭”，又罢免继贞之职，其家属归旗。【《逆臣传·王辅臣传》，卷2，16~17页。】由此可知，圣祖令辅臣进京陛见，是不怀好意的。他死后，其婿薛英等请携辅臣骸骨及家口回平凉。兵部不准，令将辅臣骸骨及家口一并送到京师。这不难看出，朝廷本意是把辅臣调来京师，准备拿问的。【《清圣祖实录》，卷97，14页。】比较起来，耿精忠、尚之信却看不清楚“狡兔死，良狗烹”的道理，辅臣倒有先见之明。早在奉命进京之前，辅臣随图海驻汉中，圣祖频频给他父子俩加官晋爵，他不但没有欣喜，却惶惶不安，越发疑惧朝廷此意不善，曾自缢死过一回，被救醒过来。直到这次叫他进京，便预感朝廷要跟他算总账，不会放过他，让他不得好死，这才决心以此死法，哄瞒朝廷，使各方都不受牵累。
祖泽清，是明末辽东明将祖大寿第四子，他据广东高州响应吴三桂，康熙十六年“归正”，次年又叛。尚之信奉命率部迎击，曾一夜驰行一百八十里抵高州，泽清携家口遁入山中。十八年四月，圣祖明示：凡属从三桂叛的各处大小官员，不管出于何种情况，只要归降一概宽免。惟祖泽清父子受国家厚养，前叛时以为出于不得已，而降后复叛，可知他们父子“甘心从逆”，情罪重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，务令各路大军搜山擒获。至八月，泽清和他的儿子祖良梗等被搜出，押送京师。十九年二月，父子都被凌迟处死，他的几个儿子的家口也都被籍没为奴。【《逆臣传·祖泽清传》，卷2，23~24页。】
从康熙二十年年底攻下昆明后，至次年二十一年五月，圣祖又逐批处决了吴三桂属下已投诚的将吏，他们是：
原任贵州提督李本琛，以“从逆”论处，判磔刑，他的孙子李象乾、李象坤和民籍亲弟之子李济善、李济民一律处斩；【《清圣祖实录》，卷100，14页。】
三桂任命的将军王公良、王仲礼、巡抚吴谠、侍郎刘国祥、太仆寺卿肖应秀、员外郎刘之延等，“即行处斩”。原任清镇远副将、受三桂封为将军、镇远伯江义，以“情罪甚重”凌迟处死。以上被处死者的首级皆“悬示”。他们各自的十六岁以上的儿子一并处斩，家产籍没，其妻及未及成年之子，查交内务府，其余一般人员可分发山东、河南、湖广、江西安插。【《清圣祖实录》，卷102，4页。】
胡国柱、王绪、李匡已自缢、自焚死，他们的家属投诚。圣祖以胡国柱三人“情罪重大，伊等子弟法难宽宥”，“悉行处斩，妻女、家口、财物籍没，送交内务府”。【《清圣祖实录》，卷102，5页。】
彭时亨、谭天秘先叛于四川，后投诚，复叛，“情急归降”，以“罪恶重大”，“即凌迟正法”，割首级示众。【《清圣祖实录》，卷102，18页。】
仅据清官方记录，满洲人获逆罪被处死的有三人：原任布政使成额、笔帖式书舒处以绞刑，笔帖式巴席因参与甘肃巴三纲之乱，又系满洲人，“情罪甚为可恶”，判斩首，立即执行。【《清圣祖实录》，卷101，8页。】
以上各案犯皆系要犯，而没有载入官方记录的被处决的“从叛”或“胁从”之人，又不知凡几！这从圣祖的原则规定，可以知道被处死的人非常之多。这条规定是：“凡逆属旧人，及副将以上，悉令进京；参将以下，分插四省。”（指河南、湖广、江西、山东四省）又补充规定，其云南或别省后投靠到藩下的，释放为民，免迁徙四省安插。这样做的目的，是因为他们都是“为逆贼济恶之人，务使离逆贼旧踞之地，斯根株清而萌蘖不复生也”【《八旗通志·蔡毓荣传》（初集）卷197，4609页、4612页。】。这就是“斩草除根”的意思。
三桂藩中，副将以上的将官，究竟有多少？尚难统计，估计不会少于千名。所谓“逆属旧人”，是指“吴三桂名下真正家仆旧人”，在云南或别省投靠来的人，不在此内。一句话，清朝视为危险的是从早年就追随三桂、与他共命运的那批人。如在辽东时期，或入关后，辽东人投到他门下而被收留下来的人。清朝还把“逆贼所属匠役人口”，也包括在这批人之内！他们因为跟随最久，与三桂已结成了共同的利益，这些人才是三桂的“真正家仆旧人”。他们“助逆”最多，但未曾领过兵，未同清军对抗过，一律处死，处分太过；如留在云南，惟恐不知何时故态复萌，放将这批人悉数迁移北京。他们的人数远比副将以上的人多。