然而，朝廷对此根本不予理睬，也不再调查。康熙十九年七月，朝廷即匆匆定议，并经圣祖批准，对尚之信及有关人员做出如下判决：“同谋者”尚可喜妻舒氏、胡氏从宽免死，并免家产籍没；尚之孝、之璋、之隆等都从宽，革职枷责。之信“不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾授亲王，从宽赐死”。其余如李天植、之信弟之节等都按律就地正法。原定让之信进京勘问，因而取消，就地处置。【《平定三逆方略》，卷53，10页，《清圣祖实录》，卷91，19~21页。】闰八月十七日，钦差奉命至广州，向之信宣读完旨意，赐一条帛，令其自尽。上午七时许，之信气绝身亡，葬于广州城西报资寺后山下。他的弟弟尚之节、长史李天植等人被押上刑场斩首。之信等人的妻子都籍没入官。【《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。】圣祖又指示，尚之信所有资财，用来充作军饷；过去属平南王的私市私税每年所获银两，不下数百万两，“当尽充国赋，以济军需”【《清圣祖实录》，卷91，21~22页。】。
尚之信一死，其平南王藩亦随之撤去。他所属的人员编为十五佐领，被分入“上三旗”（即正黄、镶黄、正白），令驻广东。还有三总兵标下官兵，留下其中两总兵的官兵镇广州，剩一总兵的兵员都裁去。【《清圣祖实录》，卷91，26页；卷96，22页。】康熙二十年冬，又将其“属下旗员，俱应撤还京师，另行安插”。【《清圣祖实录》，卷98，5页。】至此，富甲天下的显赫一时的平南王藩也不复存在了。
康熙二十一年（1682年）正月十九日，圣祖和他的议政王大臣们又讨论对耿精忠及其骨干分子的处理。议政王大臣们先拟了一个处分意见：将耿精忠包括他的儿子在内共十人应凌迟处死，同党黄国瑞等十九人应予斩首。
圣祖表示意见说：“耿精忠身造罪孽，应当极刑。其子等都处以凌迟，亦有可怜悯之处，可否改为斩首？”凌迟之法，将使受刑者在极度痛苦中慢慢死去，而斩首却来得痛快，一刀下去，人头落地，几无痛苦。这种死法当然比“凌迟”要好得多。皇帝毕竟与众不同，在此表示了他的大慈大悲，对手无缚鸡之力而待死的人给予了怜悯之情，将凌迟改为斩首。
可是，他的臣子们却不这样考虑。大学士明珠说：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言，耿精忠负恩谋反，且与安亲王书内，多有狂悖之语，甚为可恶。”他的意思很明白，仍维持原议。
圣祖持慎重态度，说“耿精忠等人，事关重大，着议政王大臣会同九卿、詹事、科道各部门官员共议”。
这种大范围地动员朝廷各部门官员议耿精忠罪，徒具形式。因为罪名已定，皇帝意图已是明显，谁敢给精忠说情？更没有人敢提出减刑。二十日，议政王等大臣会议，还是照圣祖已表示的意见做出判决：将耿精忠等分别“凌迟”或处斩。圣祖当即批准。名单如下：
革去耿精忠王爵，凌迟处死；其子耿显祚革去散佚大臣，处斩；
精忠部属徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振帮、蒋得、刘进忠等均凌迟处死；
判处黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖弘勋、陈仪、陈斌、吕八斩首。
以上各犯，立即行刑处决。
其中，耿精忠、刘进忠两人在处死后，割下首级示众。
在处理这一“逆案”中，仅赦免了田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷等四人的死刑，他们中有的是旗人，给予他的本主为奴；系民人的，要入官，给披甲新满洲为奴。【以上见《清圣祖实录》，卷100，11~13页。】
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不得进行，迫使朝廷宣布停撤。经过八年血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。其撤藩手段，不过是“擒贼先擒王”，分别把耿精忠、尚之信及其心腹逮捕处死，问题马上就解决了。
从已揭示的史料来看，我们有理由认为，圣祖对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了满族统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。
圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大“罪过”，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗致罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！
吴三桂被消灭后，耿、尚是必欲除掉的首要目标。平心而论，精忠、之信等“归诚”后，还是忠于朝廷的。精忠在沿海防剿台湾郑氏兵，夺回被占城镇，保住了海疆的安定。尚之信在广东、广西屡次征战，招抚，保固了广州及全省，在“归诚”前，已屡次密疏，要求朝廷进兵广东，他予以接应。即使暂时归名于吴三桂，不为所用，保固了广州不受侵害。祖泽清叛于高、雷州，他率部将其击败，立下了不少功劳。在逮捕他们后所加的罪状，多系不实之词，有的是望风扑影，甚至有的是无中生有。例如，尚之信的一个主要“罪状”就是他“投诚”后，在广州按兵不动，屡次征调他出兵，他以种种理由迟迟不行，其实，此言过分。
当时广州确实不安定，叛兵进逼广州，如潮州、雷州等处的叛军势力尚强，他有自己的王府的利益在，不肯轻离广州去广西，也是有的。甚至也可以说，不那么忍心打吴三桂，这点隐私就算存在，但从根本上构不成新的“叛逆”行为！在判处精忠时，大学士明珠把之信跟精忠作了一番比较，说了实话，一语泄露天机：他称“尚之信不过纵酒行凶，口出妄言”。毋须解释，此意甚明，他没有把尚之信列入“叛国”“犯上”之罪，用今天的术语来说，他是犯刑事罪：纵酒行凶，随意肆虐他人。按律来断，以他亲王的地位，断不至判死刑！因为扯不上“叛逆”，也就不能处死。圣祖本意是把他调来北京“对质”，却改变主意，匆匆处死了事。大概怕夜长梦多，处决亦可息事。
至于精忠，以参加叛乱而论，他陷得最深，给清朝造成的损失也不小。这一点，他犯下的“情罪”的确比之信重得多。既然业经圣祖亲自赦免，爵位恢复，而他本人却也恭顺，未尝不可以不给条生路。然而，当天下平定时，又来算总账、旧账。正如明珠所强调：“精忠负恩谋反，且与安亲王书内多有狂悖之语，甚为可恶。”事属以往，既往不咎，为什么此时又推翻已许下的诺言？况且他的这番论罪并无新的叛逆事实，却以“归诚”前的罪行为据，来决定其生死。我们从官方《实录》或档案中看不到他们“归诚”后所犯罪行的记录，仅是揭发人提供的简单而不明确的“事实”。这一切，都说明清朝必须让尚之信和耿精忠死，以绝后患，亦解“可恶”之恨！所以前列揭发精忠的那些具体罪状，多属似是而非，不足为据。如说，精忠与刘进忠“执手耳语”：“乞降非所愿。”试问：耿刘二人“耳语”，除了两人知道外，他人何能知之？徐鸿弼等作为藩下人揭发此条罪状，是怎样得知的？因此，类似的“罪状”，都无法令人信服！这才是欲加之罪，何患无辞！
他们被揭发，都是他们属下人甚至是他们的心腹干的。照情理说，他们随主人叛而叛，随主人顺而顺，已得朝廷大赦，彼此毫无损害，大家可以相安无事，他们没有必要再冒很大风险去告发自己的主人。结果，与人们的估计相反，这些人分别秘密地揭发，一告即准！须知，按以往成例，一个仆从人敢告王爷、亲王，是要犯重罪的！奇怪的是，连之信的生母与异母胡氏、舒氏也告发了自己的儿子！当她们明白真相时，急忙向朝廷申辩：此系王国栋伪造，假托她们的名义告发之信，不予承认。