在战争进行期间，圣祖为了分化、瓦解和孤立吴三桂，一再施以招抚之策，百般诱使“归正”。政策相当宽大，待遇相当优厚。不管谁在吴氏政权中任何种职务，犯有多么严重的“情罪”，只要放下武器，立即会得到极优厚的待遇，对以往之事，一概免究。圣祖表示，“朕决不食言”，可“昭之日月”。这些诺言，都行之于文字，载入件件诏书之中。可是，当战争胜负已成定局，特别是在攻下昆明之后，圣祖马上想到处置已降的吴三桂的党羽，时机已经来到。在他的指示下，朝廷开始甄别，以种种理由和口实，将已降的原属从叛的骨干分子逐一查出，定罪处死。举其要者，叙其原委，以明历史真相。

在响应吴三桂起兵的政治势力中，最重要的人物莫过于靖南王耿精忠了。他在福建起兵，给三桂以巨大的支援。至康熙十五年冬投降，圣祖既往不咎，免去一切处分，恢复其靖南王爵，他的属下人官职如旧，他主动要求随大军剿台湾郑氏之军，正合圣祖之意，要他“立功赎罪”。他在收复福建沿海被郑军占领的泉州、漳州后，驻守潮州。次年（康熙十六年）四月，精忠为表达自己的忠心，把自己的儿子耿显祚送入京师侍奉皇帝，实则是送“人质”，消除朝廷对自己的疑虑。

十一月，藩下参领徐鸿弼、佐领刘延庆、护卫吕应晹、典仪陈良栋、护军苏云会等人联名向兵部揭发精忠“归顺后尚蓄逆谋”的罪行五款：（一）违背康亲王杰书之命，不全部供出“奸党”人员；（二）暗中勾结“海贼”（指台湾郑氏），互通音讯；（三）曾与叛将刘进忠“执手耳语”，说：“乞降非所愿”；（四）暗令心腹储藏铅药，等待“异日取用”；（五）遣散旧兵归农，令他们各携武器走，不准留给征剿的清军。尤其是在投诚前杀死范承谟以灭口，足见其罪重大，兵部大臣以徐鸿弼等人揭发信上报给圣祖。

精忠的弟弟昭忠正在福州，他事先已得到徐鸿弼等人的揭发信，也将此事及时向圣祖做了报告。【《逆臣传·耿精忠传》，卷2，35页。】

圣祖扣留了上述报告，隐而不发。主要原因是时机不成熟，此时正征剿吴三桂，必须稳住已降但心怀疑惧的这批人，惟恐打草惊蛇，再生意外。还将影响到未降的人不敢来降。至十七年春，才令精忠从潮州回福州驻扎，令其弟昭忠携其祖父耿仲明骸骨还京。至秋，吴三桂去世，加速了吴军的崩溃，清朝形势顿时大为好转。圣祖开始考虑如何处理精忠。他虽然已降清朝，但圣祖仍把他视为一只猛虎，担心他留在福建如放归深山，不知何时会再出来作乱！他要把他擒住。可他不想鲁莽行事，他要一步步去做，不动声色。他先给康亲王杰书一封密信，说明他不撤精忠的王爵，是为了稳住他及其藩下之众。现在如下令让精忠来北京，又怕他生疑惧，“变生意外”。

圣祖授意康亲王可暗示精忠，让他自己主动提出进京陛见皇帝，他即可批准。这样做，不但连精忠，就是他的部属也不会生疑的。恰好康亲王也报告精忠的罪行，请求逮捕处死。圣祖不赞成，说“逆党”“归正”的不止千万，如将精忠马上处死，其属下或其他余党可能要寒心，如果他能自请来京，那么一切都会顺利、平安无事。他要康亲王“当加意开导”他。其实，圣祖的这番话也不是心里话，他自有打算，不便过早地告诉他，免得他坏了自己的部署。

康亲王杰书做了一番工作，精忠料知躲不过，于康熙十九年三月上疏，请求入京觐见。圣祖立准，命马九玉为福州将军，管辖靖南王藩下部队。精忠到京不久，其弟阳忠、聚忠又联合揭发了精忠叛逆罪行，请求予以严惩。他们一再要求惩治自己的兄长，一则划清界限，免使自己受连累；一则很可能已了解圣祖和朝廷的意图，及早上疏，变被动为主动。

精忠这只“虎”已入笼中，惩治的时机已经成熟。于是圣祖批准了昭忠兄弟的请求，连同以前扣留未发的揭发材料一并交给法司进行审问。精忠极力分辩，自陈他“归顺后，绝无叛志”。然而，从圣祖到朝廷必欲惩治，已是既定方针，他的分辩有谁去听一句！法司即以所揭发的事实定成叛逆罪，议决严处：应革去精忠王爵，与其子耿显祚及骨干分子曾养性等人俱应凌迟处死，家产籍没。圣祖打算等把所有逆党要犯捉拿到京时再“核议”，暂时把精忠看押起来。这时，他采取措施彻底解决耿藩的问题：迁移精忠的亲属归旗，原属精忠的旧部在浙、闽当官的都还京；马九玉也被解除职务归本旗。这一措施，便把耿藩从组织上彻底瓦解，不复存在了。【以上见《逆臣传·耿精忠传》，卷2。36~37页。】

就在耿精忠被授意进京“陛见”时，即康熙十九年三月，尚之信的护卫张永祥、张士选也赴京“首告”之信“谋叛事”。世祖与议政王大臣密议：命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东，调查之信的罪状。同时携张永祥、张士选同回广东，秘密询问都督王国栋、之信的弟弟副都统尚之璋。国栋也参与揭发之信的事件。他曾表示，他可以将之信逮捕。圣祖很信任他，即委以此任。揭发尚之信的还有他的两个母亲舒氏、胡氏、总督金光祖等人。此时，之信正在广西平叛，他要求撤还广州。圣祖指示，宜昌阿等抵广州后，可详察具体情况，如应撤还，即报告说广州“不可无之信”，可以将他一人调还广州。嘱宜昌阿不要过多株连，如发生意外，可“酌便行事”。宜昌阿等钦差按上述旨意，离京南下。【《平定三逆方略》，卷51，1~2页。】他到广州后，发现城内无满兵，便在半夜密调赖塔部满兵二千入广州，以防意外。

尚之信对朝廷密谋逮捕他一概不知。这时他还在为平叛效力，提议会同镇南将军舒恕所部从贵县（广西贵县）、他同总督、提督两臣由浔州（桂平）水陆进取武宣（广西武宣）。圣祖批准了他的进兵计划。【《平定三逆方略》，卷51，5页。】之信很快夺取了武宣。

圣祖表面上批准之信进兵武宣，而暗中指令“密图擒拿”。宜昌阿至广州即设计逮捕他。【《清圣祖实录》，卷90，17页。】宜昌阿与王国栋等密谋，密令总督金光祖、提督折尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜选等赴武宣逮捕之信。之信毫无思想准备，当金光祖等宣读“圣旨”，之信“即下马解胄，自系铁组”，被带回广州监禁起来。之信不服，上疏自辩。圣祖一时不忍下手处置，命将之信押解京师对质询问。

之信被囚，权势已失，其藩下都统王国栋便擅自行动，查封王府库藏，“恣取资财，肆行无忌”。藩下长史李天植等愤愤不平，勃然大怒：“国栋陷身旗奴，要不是先王（指可喜）赏识，破格提拔，岂能有今天！如今他既不替公（之信）辩白冤屈，又不遵旨将公送入京师听候勘问，却如此恣意妄为，是将图谋不轨。”他与心腹计议，将忘恩负义之人王国栋杀死。这件事，之信事先一无所知，因此也就不存在他跟李天植等密谋杀害王国栋的问题。【以上见《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。】清官方却作了这样的记录：“尚之信谋益急，令其弟尚之节等阴纠党羽，诱杀王国栋，欲为乱。”【《清圣祖实录》，卷90，19~20页。】此系诬辞，不足为信。王国栋刚被杀，暗中监视尚之信的赖塔趁机出兵，将尚之节、李天植等参与其事的人一并逮捕。

尚之信的本意，既然自己被人告发，就应遵从圣旨“本身就法”。他坚信“媒孽之诬”是蒙蔽不了皇上的圣明的，他“见天（指圣祖）有日”，一切都会分辩清楚的。他正在被监禁，不想也不可能干出谋杀王国栋而“欲为乱”的蠢事来。他认为，这不但救不了他的命，相反只能伤害他。当他听到王国栋被杀的消息，不禁愕然，长叹不已，他认为这是“倒行逆施”，帮了倒忙，只能加重他的罪过。【《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。】

在赖塔、宜昌阿审讯李天植等人时，他们一口咬定此事与尚之信毫无关系，是他们自己所为，自认责任和后果由他们来负。还有舒氏、胡氏也翻供，称：“之信无谋叛迹”，前揭发他的那份奏疏，都是王国栋伪造的，借她们的名义写的，她们根本就没有揭发过自己的儿子，也不知有这么回事。