清军夺取了武冈，截断了辰龙关的后路，吴军更加惊慌。
康熙十九年（1680年）初，大将军察尼向辰州发动了进攻。他指挥清军从间道袭破辰龙关，于三月十三日抵辰州城下，吴军不守，争先逃窜，知府傅祖录献城投降。守辰州地区的吴将帅都放下武器，各率所部投顺。【《平定三逆方略》，卷46，10页。】计有：
“援剿右将军”杨宝荫标下军官28员、兵士1 531名；
“定北将军”杨有录标下副将许龙、石恩2员、兵士1 961名；
“亲军后将军”祖述舜标下五营总兵官肖伏成、尹宗儒、何可量、柳应春、库大有等5员、“戎旗”副将石虎、“援剿总兵官”侯登甲等所部兵士共2146名，还有游击、守备官舒明申等44员、千总和把总共17员；
“水师左将军”周珍标下“戎旗右营”参将陈长、中营领兵都司陈贵、左营游击郑昉、右营游击吴际圣等“食俸领兵官”39员、“食全俸随征官”96员、候补文职兵备道周其泽等8员，总共军官143员、兵士3060名、家属1254名；
水师“右将军”标下中营副将吕贵原带随征都司、守备陈灿等3员、兵627名；
辰州总兵张敬先标下参将郭海龙带兵950名；
辰州水师副将刘顺等带兵400名。
以上，各级军官294员、兵士11 201名。【《明清史料》丁编第10本，982页。】辰州不战而降，吴军损失之重，于此可见一斑。
清军得了辰州，继续向南进军，攻破了沅州（芷江），吴应期、胡国柱等败走贵阳。“枫木岭、辰龙关一经开辟，则滇、黔势同破竹。”【《明清史料》丁编第10本，979页。】通路已经打开，清军便势无阻挡地直取云贵了。
湖南全境恢复，吴军残部都已溃退到云贵去了。清军的下一个战略目标，立即指向了云贵！
在扫荡湖南残余吴军，追逐吴应期、胡国柱之际，圣祖料到了四川叛军必然闻风震慑，便不失时机地发动了对四川叛军的总攻击。
对四川的总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年（1679年）六月二十五日，圣祖敕大将军图海速取兴安，平定四川。八月，图海分四路进兵：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官程福亮为后援，驻守旧县关等处；将军必力克图、提督孙思克由略阳进兵，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等地；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进，延绥总兵官高孟为后援，驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山进兵。图海请定于九月四日四路并进，后改为十月初二日，先取汉中，圣祖则命将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。【《平定三逆方略》，卷46，11~12页。】
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已经威镇西北，所部绿旗兵皆精锐。圣祖把最难征剿的四川交付他们去攻取，并让他们打头阵，满洲兵继其后而进。圣祖在给张勇的敕谕中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时岂有满兵助战哉！”【《平定三逆方略》，卷47，15页。】他用的还是入关前清太宗所定“以汉攻汉”的政策，让强健敢战的陕西汉将士去平定四川，而满兵仅是“助战”。
早在进剿四川及武冈、辰州前，圣祖曾给三桂的核心人物王屏藩、胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应期等人各写了招抚的谕旨。圣祖强调：“背恩反叛之罪在吴三桂”，你们都是“附和之人”。朝廷愿意赦免和保全你们，同他人一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。【《平定三逆方略》，卷47，17~18页。】圣祖想错了，王屏藩这些人非同他人可比，他们与三桂结成了密不可分的联盟，在反清的根本立场上完全一致，采取了毫不妥协的态度。即使三桂已死，他们始终坚持到底，直至彻底失败而罢休！他们不投降，圣祖的政策是，那就把他们全部消灭！
在图海的统率下，清兵冒着寒冷，四路并进。王屏藩拥众数万于兴安、汉中等地，实力相当雄厚，吴之茂据守松藩（今仍名）地区。十月下旬，王进宝部克武关，二十七日追剿叛军，直抵汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清兵收复汉中府。【《平定三逆方略》，卷48，3页。】赵良栋部恢复徽州，败叛军于巴都山，收取略阳。圣祖催令湖广提督徐治都率舟师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐会师，协力进剿。不久，图海报告，清军收复兴安，吴军总兵王永世率众献城降。
平定兴安、汉中后，圣祖马上发出命令，诸路兵马进川作战，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年一月初，赵良栋率一万一千人，直逼成都，而王进宝已于去年十二月分兵三路，进逼保宁。两将军一路势如破竹，进展迅速。良栋部于八日至绵竹，叛军“劲武将军”汪文元迎降。十一日，至成都郊区，叛军巡抚张文德率文武官员二百余人迎降，清兵入城。王进宝一路遇到了叛军的顽强抵抗。王屏藩、吴之茂、陈君极等人都坐镇保宁。王进宝部进至保宁城二十里地方，占据孔道安营。正月十三日，王屏藩出动二万余人向清军进攻。进宝分兵迎战，大败叛军，追至锦屏山，破叛军营垒四座。叛军退至宝桥，清兵再次发起攻击，夺桥斩关，一拥而入城。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身死。其余如吴之茂等三人及总兵郭天春等十七名将官被活捉。圣祖命将王屏藩、陈君极的头割下，并同被俘的吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物解送北京。【《平定三逆方略》，卷50，6页。】
三月，这一行囚犯押解至京，圣祖马上作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为三桂旗下属员，圣祖赦免一死，命他赴云贵招抚，以赎其死罪。【《平定三逆方略》，卷51，6页。】
再说四川的战事。继克保宁之后，王进宝部于同年正月十八日抵顺庆（南充），叛军知府彭天寿携众出降。于是，蓬州、广安州、合州、西充、岳池、营山、渠县、邻水、仪陇、遂宁、蓬溪诸州县相继而定。【《平定三逆方略》，卷50，10页。】
提督徐治都部也取得了重大进展。康熙十九年二月一日，恢复夔州，守将刘之卫、总兵瞿洪升等出降。十三日，据守云阳的谭洪以及“左将军”谭天秘到徐治都军门投降。【《平定三逆方略》，卷50，11页。】十六日，另一部清军至重庆，没经战斗，守城文武将吏出城迎降，达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县随之而降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等各派人至清营缴印投诚。【《平定三逆方略》，卷51，1页。】
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂置不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将率师入川。趁此清兵大胜，吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。当王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全入清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云贵又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。