三月初三日，在宣平县前坞地方，田万候率清军同精忠大将冯公辅展开激战，直抵宣平县城外，追耿军于宣平大旗口地方，冯公辅伏兵杀出，作殊死斗，清军也以死中求生之望，全力抗击。这一战从早一直战到中午，始将耿军击败，耿军弃营而逃。此役双方死伤都很惨重。同月，精忠大将马九玉部于衢州与清将副都统喇哈胡图、总兵官王廷梅等激战，耿军被击败，死千余人。【《清圣祖实录》，卷53，22~23页。】

清军在浙江的战略意图，备齐舟师，消灭台州耿军，“再酌机宜，共图进取”【《清圣祖实录》，卷53，14页。】。但是，到了四、五月之交，无论在江西，还是在浙江战场，争城夺地更趋激烈，得而复失，失而复得，呈现出反复拉锯的状态，特别是一些战略要地，成了双方反复争夺的主要目标。

清军夺取浙江处州后，耿精忠因失去一战略之地而深感不安。四月，他命总兵官徐尚朝率部由处州东南的温州，骑都尉连登云由处州西南的龙泉、松溪（今仍名）两路进兵，必欲将处州夺回。清军拼死力固守，击退了耿军的进攻，精忠的意图未能如愿。【《清圣祖实录》，卷54，2页。】

浙江衢州为浙江通往江西、福建一门户，与它东面的重镇金华甚近，仍被耿军占据。五月初，清军分路东进，意在取金华。清军在大埂余村、上路源（均在衢州附近）、峡口（衢州北）、汤溪（金华西侧）、周、黄塘等处奋力阻击，暂时挡住了耿军的攻势【《清圣祖实录》，卷55，5页。】。

农历五月的江南，已是炎夏季节，对北军不利。耿军分守各处要隘，实力尚强，清军很难迅速进入福建。圣祖指示：时当炎热，安亲王岳乐酌量留兵固守江西建昌处要隘，率大军暂回南昌养马，等到秋凉，或取湖南，或攻福建，候旨意再行动。将军额楚、副都统席布应速平定广信（江西上饶）叛军，临分水关（江西与福建交界处），阳为进兵，断仙霞后路，吸引住叛军注意力，而康亲王杰书即命将军赖塔等攻取仙霞关，或者杰书与额楚等兵两路并进，夹攻江西与浙江交界的江山县（属浙江，今仍名）叛军。互为声势，等待机会，进取福建。【《清圣祖实录》，卷55，10~11页。】仙霞关位江西、浙江、福建三省交界，属浙江省境，为进福建之咽喉。圣祖时刻关注此处，寻找机会，欲从此处突入福建，只要降服或消灭耿精忠，其他各处叛军可不战而瓦解。所以，圣祖不以别处为意，而专注于尽速入闽。

由于清军暂时后撤至南昌休整，耿军趁机发动了新的大规模进攻。闰五月，耿军又攻陷了浙江武义县，各路叛军互相应援，威胁金华。浙江总督李之芳与“平南将军”赖塔亲自指挥，拼力给叛军以一定的杀伤。【《清圣祖实录》，卷55，22页。】清军紧急增援，在宣平、武义两县大王岭、东陇隘口、上套寨、下五塘等地屡败叛军，招抚其头目一百三十余人、兵士一万余人。【《清圣祖实录》，卷55，30页。】耿军三路进攻处州，企图夺回，被清军击败，清军乘势收复松阳县（处州西）。严重的是，乐平（今仍名，位饶州东）诸处耿军乘隙进攻饶州，再次攻陷，直接威胁南昌。圣祖急令岳乐速回南昌固守，居中调度，分兵收复饶州。【《清圣祖实录》，卷55，23页。】将军希尔根奉命夺饶州，于闰五月二十六日进至余干（今仍名，位饶州南）大败耿军，二十九日至饶州，耿军已于前一天晚上逃跑，清军重新收回饶州。【《清圣祖实录》，卷56，2页。】

已退据天台的曾养性已于三月间协同大将祖弘勋率总兵八人、骑兵六千余、步兵数万，进据台州附近，在南至长石岭，北至三江，延袤数十里的地带，连屯二十五营，深沟高垒，暗排炮火地雷，与清军隔江相对。另派遣大将朱飞熊、都督张恭万、许英率总兵四员、水师万余、舟船三百余艘，泊于城东小梁山下。清将傅喇塔组织清军万余人马进击，由仙居凉棚地方抄山路从背后袭击叛军，在茂头地方，将朱飞熊斩杀于阵中。养性退据茂平岭，据险阻清军。清军初得仙居，即议决取黄岩。但养性据此岭，恰好挡住清军进黄岩之路。清军无法前进。【《逆臣传·曾养性传》，卷2，40页；参见《清圣祖实录》，卷56，3~4页。】经侦察，已探明有土木岭可以通过，北走茂平岭路程更近。从台州至黄岩计三百里，不能骑马的路，有四十里。耿军以此处险要，没有派兵守卫。傅喇塔与杰书密商由此进兵。迟至八月初，副都统纪尔他布统率福建提督段应举满汉官军，从土木岭间道突袭，出茂平岭之背，耿军大为惊惧，无心恋战，纷纷逃窜，清军乘胜趋黄岩。曾养性被迫放弃营寨，退入城内拒守。傅喇塔挥军围城，养性不敢久守，乘夜突围，败走温州而去。八月十日，剩余耿军自知守不住，逃跑不及，开门迎降。地处沿海要地的黄岩落入清军之手。【《逆臣传·曾养性传》，卷2，41页；参见《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（五），454~456页；《清圣祖实录》，卷57，9页。】十二日，清军又向温州进军；太平的耿军献城投降。

十三日，清军继续追击，恢复大荆寨城。二十日至乐清，耿军已逃得无影无踪，清军安然进城。原来，曾养性尽将叛军撤往温州、青田两处固守。清军在乐清暂歇，于三十日起兵，从山后小路抄袭，于九月三日至永嘉上塘地方，与曾部三万余水军遭遇，展开了空前规模的大战，从早晨一直鏖战到傍晚，双方均无退缩之意，都发挥出最大的战斗力，拼命攻击对方。终于，清军占了上风，阵斩耿军将官六十余员、兵一万有余，击沉耿军船九只，俘获副将以下官三十五人、共五百余人，缴获的其他军用物资多如山积！清将称此役“大战大胜，从古所仅有”。至十九日，清军直取青田县城。一个月之内，清军连夺四城，创造了优异的战绩。【《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（五），486~487页。】

江西的局势，在经过短暂的反复之后，从五月下旬，清军开始取得进展。副都统朱喇禅在江西北部、临近湖北的武义县（今仍名）击败耿军；都统觉罗画特从江西东部重镇建昌出击，攻克新城县（黎川）。【《清圣祖实录》，卷55，27页。】将军额楚亲自督率进攻广信，沿途不断击败耿军，收复万年县，继续向东进军，至弋阳（今仍名），耿将蒋德弘率五万兵马坚守，总兵柯升以五千人马从广信赶来应援，另立六营，企图以重兵阻击清军，使之不得达广信。额楚率满洲兵与土默特蒙古兵奋战优势的耿军，歼灭二万余人，突进至城下，耿军已逃跑，广信剩空城一座，遂为清军所得。【《清圣祖实录》，卷55，27~28页。】此后，清“定南将军”希尔根等以招抚之策，先后招降了泰和、龙泉、永新，庐陵等县叛军头目二百七十余员、兵士与家口六万五千六百余人；还在景德镇等地擒斩叛军参将以下十余员、歼灭八千余人，进而恢复浮梁、乐平二县。【《清圣祖实录》，卷56，19~20页。参见《文献丛编增刊》（五），418~420页。】但是，清军在个别战役也严重失利。清军攻克建昌后，欲一举扫荡盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东，临福建省境）。因为天气炎热，人马困乏，丧失警惕，误中耿军埋伏，死伤惨重，副都统雅赖等将官战死阵中，清军被迫退回新城。【《清圣祖实录》，卷56，17页。】福建方面，清海澄公黄芳度仍坚守城池，受到郑经兵猛攻，持续一个月有余。康熙十四年十一月二十日城陷，芳度与家属全部被害，漳州也被郑兵攻占。【《清圣祖实录》，卷59，11~12页。】

清军个别地方和战役的失利，并不影响整个战局的顺利发展。随着江浙两省各处战斗的不断进行，逐渐向各大战略中心地点扩展，战争的结局亦取决于双方在这些地区的最后胜负。