战斗结束后，莫洛的标兵和运粮兵还有两千余人，均被辅臣收降。七日，辅臣率叛兵自宁羌州撤至沔县（今陕西勉县西侧）。莫洛余部两千余人不愿参加叛乱，纷纷逃窜，所剩无几。辅臣感到势孤，便从沔县北上略阳驻守。【《清圣祖实录》，卷51，19页。】定西大将军董额随莫洛之后，撤至沔县，才得知辅臣叛变，急忙退保汉中，迅速向朝廷奏报。他此时还不知道莫洛死活下落，至于辅臣为何叛变，他也一无所知【《清圣祖实录》，卷51，7页。】。
王辅臣叛变，大概是圣祖没有想到的事吧！消息一传来，他十分震惊。他无法想像，前不久辅臣还揭发了三桂的煽诱，逮住其使者，遣其子入京报告，如今其子还在京师，那么，辅臣为何突然叛朝廷呢？虽然已很快得知莫洛已死及辅臣兵变经过，至于兵变的内幕，他尚不知。圣祖急忙召见辅臣的儿子王继贞，一则告诉其父谋反的消息，一则想从他那里得到点信息。圣祖劈头就是一句：“你父亲反了！”继贞尚能镇静，也许他还没有反应过来，便回答：“我一点也不知道。”圣祖就把陕西方面的奏报出示给他，继贞神情突变，吓得浑身战栗，口噤不能言。圣祖从容地说：“你不要害怕，朕知你父忠贞，决不至于做出谋反的事。大概是经略莫洛不善于调解和抚慰，才有平凉兵哗变，胁迫你父不得不从叛。你马上就回去，宣布朕的命令，你父无罪，杀经略莫洛，罪在众人。你父应竭力约束部下，破贼立功，朕赦免一切罪过，决不食言！”【《广阳杂记》，卷4，186页。】
圣祖把继贞放回，赦免其父之罪，即已确定了对王辅臣的基本方针，力争招抚，和平解决。这时，圣祖深知，王辅臣兵变，已对时局产生重大影响，他对大学士们说：“今王辅臣兵叛，人心震动，丑类乘机窃发，亦未可定。”反映了他内心忧虑重重的沉重心情。由于王辅臣叛变，他甚至打算亲临荆州，指挥作战。【《清圣祖实录》，卷51，7~8页。】可见这一事件的严重性，已直接危及他的整个战略。事情很明显，陕西一乱，与四川叛军会合，北进中原，长驱北京，而清军云集荆州，北方空虚，从而进一步加剧了清朝的危机。但圣祖仍然相信王辅臣不会背叛他，很可能为叛兵裹挟所至，宁愿招抚，省去兵戈，对朝廷有利。
圣祖在放走王继贞之后，又派遣科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，选择干练人员，或亲去辅臣处，或派他人代替，向辅臣宣布朝廷旨意，招其归顺，并尽快“安抚乱兵”。【《清圣祖实录》，卷51，13页。】与此同时，圣祖在军事上不能不严加防备。首先加强省会西安的兵力，以“保固秦省”。他把调往兴安等处的兵马改调到西安，令他们“星夜奔赴”，不得迟误。他犹感兵力不足，但“京师禁旅，遣发颇多”，已无兵马可调，他决定再调蒙古兵。他指示兵部：“秦省重要”，令理藩院员外郎拉笃祜等三名官员速征鄂尔多斯调蒙古兵三千五百人，调归化城土默特兵七百人，皆赴西安驻守备征。【《清圣祖实录》，卷51，8~10页。】
至康熙十四年（1675年）正月，归化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吴喇忒三部计七旗兵已启行，鄂尔多斯因天寒马瘦，先行备装，等待调发。【《清圣祖实录》，卷52，14页。】圣祖很担心驻守广元（四川广元）、保宁的清军遭到辅臣叛军攻灭。为保证这支生力军安全地撤离，顺利撤至汉中，特遣驻北京的八旗兵（每佐领三名），“速催起程”，赴西安协守。进驻西安的各支大军，酌置留兵守西安，其余全部赴定西大将军董鄂军前，接应广元、保宁的清军撤回汉中。【《清圣祖实录》，卷51，13~14页。】
继上述指令发出之后，圣祖发现陕西兴安州（今安康）实为一战略要地，便对议政王大臣等人说：此地“西近汉中，北接潼关，东南直逼郧阳（湖北郧县），最为要地”。他迅速命令副都统穆舒浑、已任命为云贵总督的鄂善、副都统希福等率兵，包括增援的蒙古甲兵，“驰赴兴安”，共同防守汉中各处战略据点。【《清圣祖实录》，卷51，16页。】
圣祖紧急部署完毕，又加紧对辅臣进行招抚。在派出苏拜招抚专使之后，即十二月二十三日，圣祖再给辅臣发出一道长篇敕谕，大略内容是：
近据总督哈占奏称：进剿四川，军中噪变，你所部溃乱，朕闻听此信，“殊为骇异”！朕思你自大同归属英王阿济格，后归于正白旗，世祖知你赋性忠义，才勇兼优，特把你提拔到侍卫之列，继而命你随经略洪承畴进取滇贵。你果然不负期望，竭诚尽忠，大建功勋，因而晋级总兵，宠任优渥。及至朕即位，以你为勋旧重臣，疆所依赖，特提升你任陕西提督，召你进京陛见，当面询问，益加知你天性忠贞，献计略超群，朕心深为喜悦。特赐作密谕，至今言犹在耳，想你还能记得吧！
去冬（康熙十二年）吴逆叛变，所在人心怀疑观望，实在不少。你独首创忠义，揭举逆札，擒捕逆使，差遣你子王继贞驰奏。朕召见你子，当面询问情况，愈知你忠诚纯正笃厚，果然不负朕，知疾风劲草，于此一现！其后，你奏请进京觐见，面陈方略。联以你一向忠诚，深为倚信，而且边疆要地，正需你弹压，因此未让你来京。经略莫洛奏请率你入蜀。朕以为你与莫洛和衷共济，彼此毫无嫌疑，故命你同往再建功勋。直到此次兵变之后，面询你子，始知莫洛对你心怀私隙，颇有猜嫌，致有今日之事。这是朕知人不明，使你变遭意外，不能申诉忠贞，责任在于朕，你有何罪！朕对于你，“谊则君臣，情同父子”，任信出自内心，恩重于河山。以朕如此眷眷于你，知你必不负朕啊！至于你所属官兵，被调进川，征戍困苦，行役艰辛，朕亦悉知。今事变起于仓促，实出于不得已。朕惟有加以矜恤，并无谴责。刚刚发下谕旨，令陕西督抚，招徕安排，并已遣还你子，代为传达朕意。惟恐你还犹豫，因之再特颁发一专敕，你果真不忘累朝恩眷，不负你平日的忠贞，幡然悔悟，收拢所属官兵，各归营伍，即令你率领，仍回平凉，原任职不变。已往之事，一概从宽赦免。或许经略莫洛，别有变故，亦系兵卒一时激愤所致，朕并不追究。朕推心置腹，决不食言。你切勿心存疑虑畏惧，幸负朕笃念旧勋之意。【《清圣祖实录》，卷51，19~21页。】
圣祖的这道敕谕，如其说是谕旨，不如说是他个人给王辅臣的私人信件，写得异乎寻常地心平气和，娓娓动情。回忆他与辅臣之间的一件件、一桩桩事，充满了浓厚的情谊，就是心肠再硬的人读了这些话，也不能无动于衷！全篇无一句指责辅臣的话，相反，他把这场事变的责任自己全部承担过来，自责没有知人善任，事先并不了解他跟莫洛之间的嫌隙，而莫洛之死，或许是他别有变故，惹起士卒一时激愤所致，这些都与辅臣本人和士卒毫无关系。所有过犯，一概宽免，不予追究。只望他回心转意，不辜负以往君臣间的情谊和朝廷的重托。直到最后，圣祖也没有说一句威胁的话。相反，在字里行间不免流露出乞求之意。这是前所未有的。在这里，圣祖表现了政治家的恢弘的气度，极大的耐心。在圣祖看来，当此危机的时刻，追究莫洛至死的罪责已无任何实际意义。最紧迫的是，要尽一切努力消除由于辅臣叛变所造成的政治危机，权衡利害，他宁肯牺牲莫洛，甚至不惜乞求，千方百计把辅臣重新争取过来，是符合清朝根本利益的。
王辅臣为什么突然叛变，在事实真相未予澄清之前，的确是个谜。不久，辅臣给圣祖上了一道奏疏，申诉兵变起因，真相才得以大白于世。这是康熙十四年（1675年）正月十五日，他写了一份自我剖白的奏本，派遣莫洛部属原任郎中祝表正携带，代为转达，把他的儿子王继贞留下不遣返北京。祝表正至京，呈上奏本，兵变经过才一目了然。事情是这样的：