（三）圣祖视荆州为最重要的战略要地，前已派硕岱率精锐防守，犹感不足，再派多罗顺承郡王勒尔锦为“宁南靖寇大将军”，总统一大批满洲八旗和部分汉将开赴荆州。圣祖特给兵士颁赏，原定凡出征兵士每人白银十两外，此次再增加十两；委署章京的护军校、骁骑校以下，护军、拨什库、甲兵、弓匠以上，各赏银二十两，铁匠等夫役人员也各给银十两。【《清圣祖实录》，卷44，16页。】圣祖用重赏来鼓励他们勇赴前线。
（四）以山东兖州地近江南（江苏、安徽）、江西、湖广；山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，为适中之地，分别集结部队，“秣马以待”，随时调遣或应援各邻近地区。这一新的部署，缩短和节省军队从北京南下的时间，将士免受长途奔波，鞍马劳顿之苦。圣祖特命副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领兵驻太原。【《清圣祖实录》，卷44，17页。】
（五）为适应平叛的需要，命直隶各省巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。【《清圣祖实录》，卷44，17~18页。】
在采取军事措施、布置兵力的同时，圣祖又连续采取如下政治措施：
（一）下令停撤平南王、靖南王两藩。圣祖各给两王一道手诏，给靖南王的手诏内云：“朕闻云南作乱，靖南王相应固守地方，不必搬家。平南王亦如之。”立即召还前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣梁清标、陈一炳回京。【《清圣祖实录》，卷44，14页；参见《爝火录》附记1卷，965页。】
（二）原三桂属下文武官员，以及现仍在直隶各省，无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，“概不株连治罪，自今以后，各宜安心守职。无怀疑虑”。【《清圣祖实录》，卷44，16页。】
（三）为防止内外沟通，圣祖听信议政王大臣会议的意见，将三桂子吴应熊“暂行拘禁”，待“事平”再作处置。【《清圣祖实录》，卷44，17页。】廷臣们怀疑应熊及属下官员对三桂谋反可能知情。所以采取防范措施，也是必要的。
（四）向各重要军镇通报吴三桂反叛，指授方略，多方安抚和鼓励他们守御地方。圣祖非常重视陕西省情，因为该省距京师甚近，又控驭西北边疆，它的存在对京师的安全至关重要。因此圣祖特给陕西总督哈占、提督张勇、王辅臣发去紧急谕旨：要他们注意发现三桂散布的“伪札、伪书”，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。他称赞他们是朝廷攫任的“股肱之臣”，捍御边疆，绥辑军民，惟他们是赖。圣祖此举，实为思想政治动员之一策，极力笼络他们实心任事，为朝廷效力。【《清圣祖实录》，卷44，19页。】圣祖的这一对策，在以后的平叛中日益显示出重大作用。
（五）具有重要意义的一项政治措施，是在十二月二十六日采取的，即正式下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告。全文如下：
逆贼吴三桂，穷蹙来归，我世祖章皇帝（顺治）念其输款投诚，授之军旅，赐封王爵，盟勒山河，其所属将弁崇阶世职，恩赉有加，开阃云南，倾心倚任。迨及朕躬，特隆异数，晋爵亲王，重寄于城，实托心膂，殊恩优礼，振古所无。讵意吴三桂，性类穷奇，中怀狙诈，宪极生骄，阴图不轨，于本年七月内，自请搬移。朕以吴三桂出于诚心，且念其年齿衰迈，师徒远戍已久，遂允所请，令其休息，乃敕所司安插周至，务使得所。又特遣大臣前往，宣谕朕怀。朕之待吴三桂，可谓礼隆情至，蔑以加矣。
近览川湖总督蔡毓荣等疏称，吴三桂径行反叛，背累朝豢养之恩，逞一旦鸱张之势，横行凶逆，涂炭生灵，理法难容，神人共愤。今削其爵，特遣宁南靖寇大将军统领劲旅，前往扑灭，兵威所至，刻期荡平。但念地方官民人等，身在贼境，或心存忠义，不能自拔；或被贼驱迫，怀疑畏罪，大兵一到，玉石莫分，朕心甚为不忍。爰颁敕旨，通行晓谕，尔等各宜安分自保，无听诱胁，即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父子兄弟亲族人等，见在直隶各省，出仕居住者，已有谕旨，俱令各安职业，并不株连。尔等毋怀疑虑，其有能擒斩吴三桂头，献军前者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁，及兵马城池，归命自效者，论功从优叙录。朕不食言，尔等皆朕之赤子，忠孝天性，人孰无之！从逆从顺，吉凶判然，各宜审度，勿贻后悔。地方官即广为宣布遵行。【《清圣祖实录》，卷44，18~19页。】
圣祖的讨吴谕旨，核心内容，阐明了朝廷同吴三桂毫不妥协的原则立场和准备实行的各项政策。谕旨一反以往对三桂的无限赞扬，大张挞伐和声讨。例如，过去一向称赞他开关迎降为“归诚向化”，实为明智之举，而今则说他“穷蹙来归”、“性类穷奇”，心怀“狡诈”云云。通篇谕旨，一笔勾销三桂为清朝夺取全国政权所建立的不世之功；相反，不厌其烦地说明自顺治以来两朝给予他的隆礼厚恩，斥责他背恩反叛。公平地说，清朝没有亏待他，给予的酬报无以复加。但对于撤藩一事，以圣祖为首的清朝统治集团没有说实话。声称是三桂自请撤藩，朝廷为照顾他年迈齿衰，不忍心让他久驻遐荒，故允其所请。这都是冠冕堂皇的话，骨子里却对三桂日益猜忌，不予信任，时刻想撤他的职，削他的权。一旦撤藩成功，三桂接受朝廷的安排，下一步将如何处置无兵无权的三桂？事情远没有发展到这一步，我们还不能做出肯定的回答。但有一点可以肯定，如三桂撤藩后能安分守己，尚能过得去，倘有差错，后果可想而知。
吴三桂在他讨清的檄文中，大谈他当年委曲求全借兵复仇的壮举，反复申明当时跟多尔衮订有立明太子的协议，谴责清朝违背诺言，阴谋夺取了全国政权。对此重大问题，圣祖讨吴的谕旨不曾道及一字，干脆加以回避。这就叫“王顾左右而言他”！
圣祖所持的立场，必欲将三桂置于死地，悬赏要三桂和他的核心成员的头颅。可以看出，圣祖和他的心腹大臣对三桂痛恨的程度！由此，我们便推断出，在撤藩前朝廷对三桂已经是又怕又恨。所以，三桂一叛变，圣祖毫无招安、劝谕之意，却持异常强硬的态度，企图趁机把他彻底消灭。“刻期荡平”，颇有灭此朝食之慨，恰恰反映了圣祖急欲消灭吴三桂的基本思想。
圣祖与吴三桂互讨的谕旨、檄文，各持一端，遇有于己不利之事，则避开辩论，而以自己有利之处攻击对方的短处。这才是：一旦翻了脸，历史事实也随之而翻！这也恰恰是历代封建统治者政治斗争的伎俩，是没有多少信义可言的。所谓原则、真理，只有符合其自身的利益时才是有效的！我们不会为双方的振振有词所困惑，而是依据历史唯物主义的原理，总能分清他们各自的是非的。
圣祖讨吴檄文，与上述军事、政治各项措施及其政策，都是在圣祖接到党务礼、蔡毓荣的报告后，仅仅六天（十二月二十一至二十七日）之内做出的，而且都是由圣祖亲自裁定，其中不少是他自己提出来的。政策性的规定和措施，一经确定，圣祖立即付诸实施。大胆、果断、迅速、沉着，体现了年轻的皇帝圣祖的思想风格。这大概是三桂始料不及的吧！事实表明，他把圣祖估计得过低了。他认为，只要他一起兵，就会使朝廷、圣祖惊慌失措，手忙脚乱。他想错了。圣祖临事不慌，在紧急状态下，却能有条不紊地进行部署，当机立断，异常迅速地采取果断措施，足以应付眼前突然发生的事变。
从军事上说，圣祖所采取的政策，反映了他的战略思想：以荆州为重点，加强其防御，抵挡叛军的正面北进；以四川、陕西为侧翼，派八旗兵进入四川，其目的是预防叛军经四川进入陕西，威胁北京；以兖州、太原为南北东西的中继站，集结兵力，随时听调出击。广西方面，授孙延龄以兵权，固守防地，以牵制叛军的北进。这些措施，初步构成了圣祖的战略防御体系，基本符合此时的形势需要。