折尔肯等钦差出发后，圣祖很快确定了云贵督抚提督人选。九月一日，调宁夏总兵官桑额出任云南提督。四日，下令调陕西总督鄂善为云南总督。【《清圣祖实录》，卷43，11页载：“调陕西提督桑峨为云南提督”；《平定三逆方略》，卷1，13页载：“宁夏总兵官桑额提督云南军务”。两书所记，略有不同。今从《实录》】此为善后之策，弥补吴藩撤后的空缺，避免造成已稳定的局势重新动荡。后因三桂起兵，鄂善与桑额均未到任。另外，圣祖特批三藩官兵启程前，每人预发六个月俸饷，以示关怀。【《平定三逆方略》，卷1，16页。】
圣祖对三藩同撤问题，已作了方方面面的指示，考虑得颇周密，措施也无不当。各部衙门和有关官员都奉明旨积极照办。可是，圣祖和廷臣们却没料到三桂和他的谋士正加紧策划起兵抗拒撤藩……
圣祖撤藩，触动并损害了三藩的根本利益，其中，三桂受到损害最大，圣祖为维护国家利益，保持爱新觉罗氏的一统天下，不能不牺牲三藩的利益而在所不惜。三桂的利益受到触动，他是很不甘心的。他的属下抵触情绪是很大的。所以，撤藩令一下，“全藩震动”，人心沸扬，【《四王合传·吴三桂传》】三桂“反谋益急”。开始，三桂对朝廷抱有不满的情绪，顾影自怜，自感年迈，无所作为，还没有决心起兵抗拒。但他周围的一群核心人物，无论如何也不能心甘情愿地俯首听命，而且撤藩触发了民族感情，本来已渐泯没的反满思想由此而死灰复燃了。他们感到满族统治者不可信，撤藩是对汉族士大夫阶层的一次打击。一种民族的压抑感，自然地勾起人们对故明的怀恋，对清朝厌恶甚至痛恨，因而对撤藩问题持强硬立场。三桂的侄儿、女婿纷纷向他进言：“王威望，兵势举世第一，戎衣一举，天下震动！只要把世子（指吴应熊）世孙（指吴世霖）想法从北京弄回来，可与清朝划地讲和。这就是汉高祖（刘邦）‘分羹之计’也。如果就迁于辽东，他日朝廷吹毛求疵，我们只能引颈受戮！不如举兵，父子可保全！”【《平滇始末》，1页。】
三桂闻听此言，心中疑惑不决。他反复权衡利害，想不出万全之策。既要做忠臣，又要保住在云南的权势，已属不可能。如果撤到辽东，失去兵权，真像他的侄、婿说的那样，有朝一日，朝廷会以任何借口把他斩草除根，那时手无缚鸡之力，岂不是白白送死！他一想到这里，不由得全身不寒而栗！他发觉自己的思想正向与朝廷武力对抗的可怕道路上急速滑去。他感到除了走这条路，再无他路可走。
这时，还有一事使他不能立即下决心，这就是他的长子吴应熊和长孙吴世霖尚在北京，掌握在朝廷手中。他如起兵，他们将有杀身之祸，吴氏岂不是断了根！三桂的夫人张氏为此劝阻他不要谋反。三桂不由得老泪纵横，向胡国柱哭诉说：“只恨应熊还在北京，怎么办？”胡国柱建议，秘派人至京，把长子与长孙一并搬取来云南。三桂说，等他们回到云南后再议。
三桂派心腹李恕、张镳赴京召还吴应熊。【关于派人回京召应熊事，《平吴录》说派去的人叫鲁虾，《庭闻录》则说李恕、张镳二人，今从之。】
吴应熊的志趣和想法正好与父亲相反，他想“终守臣节，保全禄位”，反对父亲起兵。平时，他曾不止一次地规劝父亲谨守臣节，不可妄为，以免引起朝廷疑忌。康熙十一年，三桂六十寿辰，有一个姓黄的赴昆明祝寿。应熊怕他游说父亲蓄逆谋，特派人前去阻拦。行至镇远，遇到了他，告诉他不要去昆明。三桂闻听此事，也不让他来，这位姓黄的只好回去了。显见三桂还是听信儿子的劝告的。但事到如今，他不能再听从儿子的话了。应熊知道父亲下决心以武力抗拒撤藩，已无可挽回，自己是否去云南，徘徊不定。他舍不得丢掉禄位，不忍心背着妻子去云南，只是天天暗暗哭泣。李恕与张镳见应熊无意南下，时间紧迫，不允许他久等下去，便密带了应熊的庶子吴世璠匆匆奔回云南。据《平滇始末》记：吴世璠是被“设谋隐匿，顾乳媪窃载至滇”。
吴世璠安然回到昆明，三桂稍得安慰，开始考虑起兵。他估量了全国的形势，对比了双方力量，以为自己的才武天下无二，他所据有的云南，“地险财富”，他的亲军和各镇的将卒都是“百战之锐”，一向得到他们的拼死搏战，在外省还有他培植的党羽，如起兵，他们会“无不从命”。自开国以来，三十年间，朝中诸宿将多半去世，健在的人为数很少，没有一个敢和他相匹敌的，而且圣祖还是一个乳臭未干的少年，不足担当大事。客观条件对他有利，他自感胸有成算。【《庭闻录》，卷4，14页。】
三桂的侄、婿建议他再跟老谋深算的方光琛筹划。平时，三桂待他甚厚，每有余暇，他们就在一起校射、评论世务，很是融洽。三桂第一次找他时，没有明说起兵；第二次谈话，才说出自己的意见。方仍然沉静地没露自己的看法。至第三次，天刚亮，方还没起床，三桂又登门征求大计。方见三桂反意已决，这才起来，慷慨陈述，指出福建、广东、湖北、河北、山西、四川等省，可传檄而定，其余战胜攻取，易如反掌！三桂细听他对形势的分析，顿时兴奋异常，欢欣鼓舞，密任命他为学士中书给事，将他安排在自己跟前，赞划大计。【《平滇始末》，2页。】三桂决计起兵。
九月七日，折尔肯一行抵达昆明东的归化寺。庄民们请命，要求留三桂于云南。折尔肯大怒：“吴王自请移家，你们谁敢说保留！”他命有司逮捕为首的人。【《庭闻录》，卷4，15页。】这些庄民是否受三桂指使，给朝廷施加压力，不得而知。但他们的请愿，至少说，是符合三桂的愿望的。三桂恐藩下将士思想准备不足，不敢仓促行事，不得不容忍钦差大臣发号施令。于是，他明面上恭恭敬敬地拜受朝廷的撤藩诏令，但暗中加紧策划。
吴三桂跟夏国相、胡国柱、吴应期等曾设计两种起兵的方案。一是在云南就地起事；一是在搬迁途中，“至中原，据腹心，以制指臂，长驱北向，可以逞志”【《四王合传·吴三桂传》】。前一方案，以云南为根本，可进，可守；不足的是，从云南往北进攻，至北京，尚待时日，肯定要经历一个漫长的艰苦作战，才能达到目的。如北方起兵响应，可补其不足。后一个方案，行至中原起兵，占据腹心，一举可至北京，较易成功。但将云南交出，失去根本，倘事有不测，进退失据，将陷入危险境地。还有，家属随带，途中不易安置，一经起兵，就要打仗，家属就成为很大的负担。比较之下，以前一方案较为稳妥。【《四王合传》载，三桂率部北迁，行数日后，始举兵叛清。考《庭闻录》、《平滇始末》、《平吴录》及清官方史书，如《清圣祖实录》等书，皆记其起兵是在云南，即未出昆明，较为准确。】事实上，欲行至中途起兵，实为三桂之一策，但没能实行。
大计已定，三桂的主要将领已得到等待起兵的命令，还要激励下属将士与他同叛。一天，他设大宴，大会诸将。酒过三巡，三桂起身讲话，先叹了一口气，说：“老夫与诸君共事垂三十年，今四海升平，我辈已无所用了。我们将远行，不知圣意如何打算，今天与各位尽欢，叙故旧之情，不知异日能否再相见？……”说到这里，三桂说不下去了，却引动诸将的感情突变，都忍不住哭了起来，顷刻宴会上弥漫着一种悲凉的气氛。三桂的话，引起了诸将的共鸣，他们感到自己的命运同三桂已紧紧联系在一起了，表示一切惟三桂之命是从！