面对云贵两省的经济困难，吴三桂也不能坐视不管。他还是采取某些措施，整顿当地财政，以为恢复之计，为国家征加税收，对他也是有利的。
顺治十八年八月，朝廷下达土地派征税收的命令，考虑到云贵“系新辟地方，无旧案可查”，不知两省土地确切数目，特命在现征田地内，仍照其他各省每亩派征一分之数征收，然后将数目记册报户部。【《清圣祖实录》，卷4，9页。】的确，云贵两省究竟有多少土地，朝廷没有掌握实数。据康熙四年四月云南巡抚袁懋功报告：康熙三年全省开垦荒地二千四百五十七顷。【《清圣祖实录》，卷15，10页。】七月，贵州巡抚罗绘锦疏报：康熙三年分，贵州各府已开垦田一万二千九百余亩，“照例起科”纳税。【《清圣祖实录》，卷16，2页。】以后，两省历年均有所增加。倡导开垦荒地，是朝廷的一项重要经济政策，显见三桂也执行了朝廷的这一政策。有了土地，百姓耕种，才能征税，增加国家与地方的财政收入。
三桂在克平江后，向朝廷建议，当地百姓粮差，仍照旧例征派；至于酋长的私庄，应征钱粮，请编入元江府“赋役全书”。【《清圣祖实录》，卷4，10页。】十一月，他又提出临安府属枯木、八寨、牛羊、新县四处编征粮米，差拨各项，户口食盐银两自顺治十七年为始，编入蒙自县“经制全书”。【《清圣祖实录》，卷5，10页。】康熙二年五月，三桂为便于流通，请求颁给康熙钱式，在云南“开鼓铸”制钱。【《清圣祖实录》，卷9，8页。】
战后，农民恢复农业生产仍然存在很大困难，遇有困难情况，三桂给予具体帮助。在平定水西（贵州黔西）后，三桂看到内地百姓恢复生产无资，特请命朝廷准于发放军中饷银三万余两，买耕牛、种子散发给他们，又发下军前用米一万五千石，赈济贫民，以便督令他们乘时耕种。三桂的这一善举，很符合朝廷抚恤兵民之意，自然获得批准。【《清圣祖实录》，卷15，14页。】
吴三桂在云贵采取的某些应急措施，对恢复当地的农业生产，特别是为朝廷重建和巩固对这一地区的统治，不无积极意义。但从根本上说，他所做的一切，不过是力图巩固他在云贵的政治地位，扩大其统治势力。他要的是他的一支庞大的军队，保证他本人及其属下的豪华的生活的需要。因此，他一面时时伸手，向朝廷索要大量饷银钱粮。三桂藩属将弁每年靡费俸饷百余万，附近各省供不应求，又转征江南等省，一年需二千万两，一有不足，就“连章入告”。索要钱粮，如有余，也不请朝廷稽核。【《逆臣传·吴三桂传》，卷1。】另一方面又利用他的权势和特权，广殖货财，千方百计聚敛财富。
经营土地是农民的根本生计，也是封建国家的基本税收来源。三桂及其藩属人员包括兵丁虽都有数千两、数百两，到几两的相差悬殊的俸禄，也将赖土地为其生活与生财之资。三桂移驻云南时，马上向朝廷索要土地。顺治十七年五月，他以云南“地方荒残，米价腾贵，家口无资”为由，向朝廷索取原明朝黔国公沐天波的庄田，拨壮丁二千人，每人给地六日（一日土地合六亩）。兵部、户部议每丁给地五日。世祖当即批准【《清世祖实录》，卷135，7页。】。沐天波庄田共七百顷，合七万亩，变成了三桂的“藩庄”。耕种七万亩地，需壮丁二千人，另给他们每人五日地，为其家口之资。这些壮丁共得地一万日，折合成亩，为六万亩，加上“藩庄”地，总数达十三万亩。这就是说，这么多土地被三桂和为他服役的部分庄丁所占有。三桂手下各将领照样给地，其数量之巨，又不知多么惊人！
三桂有六万军队，家口随带，必以土地为生活保障。按前估算，五丁出一甲，壮丁人口为五万，再加上老幼妇女，总数约在十万左右。他们也需要土地来养活自己。三桂为他们请地，康熙六年闰四月，圣祖下诏，决定圈拨云南府属州县、卫所地，给三桂所属兵丁。土地一经被圈占，原主百姓就得离开，另迁往他处开垦。圈地是清军入关后采取的一项很不得人心的政策。这些新贵从关外来到新占领的地区，为了取得土地，就用强制的手段，随便圈占看中的农民的土地为己有，致使大批农民丧失生计，激起农民的强烈不满和反抗。
满洲新贵圈地主要在京畿地区实行，至顺治末已明令禁止，直到康熙八年下诏，才永行停止圈地。但朝廷为满足三桂及其所属将官与士卒对土地的需要，迟至康熙六年还批准三桂在云南圈地，给当地本已穷困的农民又带来了新的灾难。第二年，康熙七年（1668年），云南巡抚袁懋功不得已出面为民请命。他向朝廷呼吁：“滇服极薄，百姓极贫，今一旦驱往别境，穷困颠连，不可尽伏。”他提出一项变通办法：仍让百姓耕种原田，可“照业主例纳租”。他的意思是，农民免其迁移，地仍归原主耕种，只向欲圈占农民土地的藩下将士纳租就行了。实际上，是把有少许土地的农民降为佃农，把三桂的兵丁将吏视为业主。此项解决办法已照顾到两方面的利益，为朝廷所接受，表示同意实行。【《庭闻录》，卷4，“开藩专制”。】
由于朝廷干预，三桂被迫停止圈地。可是他仍以放牧、狩猎为由，强行征用民地，强夺其产业。他把昆明三百里内作为刍牧的场所，“其外为奉养之区者三百余所，其道路之所费，岁时畋猎征求，又不与焉”。他与其部属铲除民人坟墓，夺占民房，奴役其妻孥，“荐绅士庶及于农民商贾惴惴焉，唯旦夕之莫保”刘坊：【《天潮阁记》，“云南序”，卷5。】。三桂任意圈地，不断增设庄田，他的“勋庄棋布，管庄员役尽属豺狼”！又“勒平民为余丁，不从则曰：是我逃人”，以法律加以惩处。【《庭闻录》，卷4。】三桂和他的将吏，及至兵士，都成了云南的大中小地主！
据目前所掌握的很不完整的材料，可以确认：三桂统治云贵时期，赋税是很重的。明朝统治时期，云贵的赋税已经“过重”。明初，沐氏（指黔国公沐天波的先人）镇滇，置设卫所，驻军三分守城，七分为屯田，即“征租以养军”。还拨出土地，名为“官田”，给将吏等官作为俸食，其土地听任“招佃收租”，每亩征租自两斗至四五斗不等，较民赋每亩三、四至五、六、七、八升不等高出十数倍。这种办法，是“以军养军”，不是由国家粮仓供给，如同佃民向田主纳租。三桂镇滇后，明时的军官，“裁为废弁”，兵士的家属改为编民。但三桂“暗握边权”，按明时的租额，相沿至被平定之前，积欠税额很多，每年将未完成的征税的官员“册报题参，降革罚俸”，勒限严催不已。【《八旗通志·石琳传》，卷196，4590页。】这就是说，三桂按明时非正式的过重税额征收，农民的负担是很重的。
三桂意犹未尽，仍在过重的赋税的基础上，实行“按地加粮”。【《八旗通志·蔡毓荣传》，卷197，4608页。】清初，按土地肥瘠不同，划分为若干等，规定了不同的税额。云南全省，只有河阳县（澄江）上等田每亩征米八升一合，为全省最重粮额。三桂不遵规定，任意加粮。如开化府（文山）“僻处万山，界连交岗”，仅有耕地七百五十九顷三十五亩六分，不照民田规定的税额，每亩纳米高达一斗六升三合，共收税粮一万二千八百石四斗五升三合。其税额比河阳县上等地还高出一倍！蒙自（今仍名）等州县，在清入云南前，每亩税额不过一、三升，及至改成府治后，骤然又加了重税。再如元江府（今仍名），“地皆崎岖山谷”，耕地更少，朝廷免于丈量。每年从这里仅办米一千九百三十石一升，地亩银才只有二百二十两一钱九分，附带征收花斑竹、差发两项税，共银六百二十一两一钱七分，征商税银三十五两二钱。清兵入云南后，官兵驻防，运粮不继。三桂在应征收的额粮之外，新增米四千七十石二斗一升；“地讲银”五千五十三两二钱三分六厘；收茶税银一千六十四两八钱，等等。元江地区已屡遭残破，“茕茕孑遗”，如何能承担骤加数倍之粮！因之“荒残愈甚”。