毫无疑问，“平西藩下”的都统、副都统及其所属武官，都是他的亲信，是他的军队中最重要的将领。其中还有他的亲属，如吴应期是他的侄儿、夏国相是他的女婿。有一部分早在辽西时已成为心腹将领，如杨珅、吴国贵等都是，这些人，跟三桂有着密不可分的特殊关系。三桂就是通过他们，掌握着一支强大的正规部队，牢牢地控制着对云贵的一切权力。
不仅如此，三桂还选拔文职人员，出任云南从省到地方的各级官职。他们是：
湖广（湖北、湖南的合称）上湖南道副使胡允为云南布政使司参政，分守金沧道；
刑部郎中李煊为云南布政使司参议，分守洱海道；
四川重庆府知府何毓秀为云南按察使司副使管参事，分守临元道；
湖广辰州府知府苏弘谟，为云南按察使司副使、清军驿传道；
安陆府知府马逢皋，为云南按察使司副使，分巡临安兵备道；
永州府知府同知吉允，为云南按察使司佥事，分巡水利道；
四川保宁府同知纪尧典，为云南按察使司佥事，分巡金腾兵备道。
另外，调补四川川西道副使田萃祯，为云南按察使司副使，分巡洱海道；陕西关西道副使蔺一元，为云南按察使司副使，分巡曲靖道。【《清圣祖实录》，卷143，7~8页。】
以上新提升的九名官员，均系文职官员，兼管地方监察与军事。这些官员，都是从湖南、四川、北京、山东、江苏、安徽等省调来的。也是经吴三桂提名后，由朝廷提升任命的。他们跟三桂有无隶属关系，是否是三桂的亲信，尚缺乏史料证明。这里面，有两种可能，其一，确有部分人早与三桂有隶属关系，三桂提拔他们为己所用，便从外省罗致到自己门下；其二，虽无隶属关系，可通过他的部下的介绍和引荐，或三桂以个人所见，以为值得信赖的人，都招来云南，厚殖个人势力。
实际上，三桂已操纵了云南军政官员的任免权。这与中央集权制是相抵触的，朝廷却允许他自主其事，给予毫无保留的支持。然而，朝廷中部分大臣已看出三桂自主任免官吏，有违国家体制。就拿三桂提升胡允等九人的事来说吧。四川道御使杨素蕴首先提出异议，他上奏说：“臣阅邸报（即内部情况通报），见平西王恭请升补一疏，以副使胡允等十员，俱拟升云南各道，并奉差部曹，亦在其内”，他表示“不胜骇异”！并指出，“用人”是“国家之大权，惟朝廷得主之”，这一法规，从古至今，也不曾改变过。他举出在此之前任经略的洪承畴，虽“奉有吏兵二部不得掣肘之旨”，但在选用人时，也仅以军前效力显著，或经略五省中“人地相宜”，资历与俸禄相当的，酌量题奏。可是却从未听说从其他省中提取完全不相干涉的人，以及现任京官的到云南任职。三桂竟“公然坐缺定衔”！
三桂在疏请提升胡允等人的奏文中，曾写道：用人“求于滇省，既苦索骏之无良；求于远方，又恐此驭之不速”……三桂的意思是说，在云南选人，苦于选不出更优秀的人物；求诸远方，又担心不能尽快前来，恐有误地方事。对此，杨素蕴予以驳斥，他说，就按他的意见论，如湖南、四川等离云南近些，犹可“计日受事”，而山东、京师、江南等处，“距滇南万里”，如果这还不算“远”，不知何地为“远”？
杨素蕴指出，三桂“用人”权，是皇上临时给予“便宜”行事权，不过就近调补官员，不致误地方事。如果全国官员，不分内外，不论远近，都可随便择取，那么用人权怎能统归于吏部，名正言顺？云贵新经开辟，治理乏人，其部属才品为三桂所知，亦可先行具题，奉皇上圣旨后，令吏部照缺补授，犹不失“权宜之中计”。但三桂自行拟定人选提升，无异于吏部，这不是轻视国家制度而亵渎国体吗？
杨素蕴写到这里，进一步强调，三桂擅自用权将带来严重后果，说：“夫古来人臣忠邪之分，其初莫不起于一念之敬肆。在该藩（指三桂）历有年，应知大体，即从封疆起见，未必别有深心，然防微杜渐，当慎于机先。”他请求皇上以“天语”申饬，令该藩嗣后惟力图进取，加意绥辑，一切威福大权，俱宜禀命朝廷，则君恩臣谊两得之矣。【杨素蕴的奏言，详见《清世祖实录》，卷142，18~20页。】
杨素蕴的奏疏，不幸而言中，为后来的事变所证实，可谓有先见之明！可惜，他的警言并没有引起世祖与朝廷大臣的重视。此时三桂受到朝廷的宠幸，正依赖他保守南疆，对他并无明显疑心，杨素蕴的奏言岂能打动朝廷的心？仅将他的奏疏交有关部门存档而已。结果，三桂所拟用的胡允九人，都如数批准。杨素蕴奏疏中，提到三桂拟用胡允十人，而世祖批准的却是九人，显见删去一人，可能漏载。
三桂得知杨素蕴弹劾他，深为恼火，立即上疏反驳，摘录其中“防微杜渐”等词语，“请旨诘问”杨素蕴，作出解释。杨素蕴遵旨回奏：“臣官御使时，见平西王吴三桂题补方面官，不论内外远近，一例坐缺定衔，有碍国体，是以具疏驳正，至于防微杜渐等语，原属概论古今通义，未尝专指该藩。臣与该藩素不识面，有何嫌隙？不过据理而陈，非别有意见。”【《清圣祖实录》，卷5，12页，参见《逆臣传·吴三桂传》，卷1，11页。】虽然说得有理，朝廷不敢开罪吴三桂，就处罚杨素蕴，借口回奏“含糊巧饰”，欲给以降职，另调他用的处分。杨一气之下，掷官回了陕西的宜君故乡，“闭门不出”有十余年，直到三桂叛清后，才重新被起用。【《清朝先正事略》，卷5，“郝雪海中丞事略·附杨素蕴传”。按：清官方实录在记载此事时，删去了把杨打发回家的史实，惟恐在这个问题上有失世祖的面子。】
正处在上升阶段的吴三桂，连朝廷对他也得谦让三分，一般大臣岂能动他一根毫毛！
一方面，三桂将自己意中人从外省调来充实力量；一方面，又把自己的亲信派往其他各省任职。他直接给吏兵两部批文，令某为某地官，授某为某参将、游击，如吏兵两部选用云南、贵州文武官员，与三桂意见不合，必须撤回，只能任命他选用的人，包括选送到外省去，名曰“西选”，即平西王选用的官员。康熙五年十月，兵部不得不向圣祖提出，把选用云贵武职官员的权力交给三桂掌握。兵部抱怨说：当兵部推选出新任命的云贵武官，还未到任，而三桂另已推出人选，以致兵部推选的新官员只好中途返回，造成往返苦累。兵部明知管不了云贵的武职官员的事，干脆不管，便请求“照吏部例”，将此两省武职员缺，“悉听该藩题补”，如无可补之人，由三桂题明，然后兵部给予确认。执掌朝政的四辅臣表示同意，年幼的圣祖皇帝自无疑议。这样，兵部仿效吏部，把它对云南的用人权统统交给了三桂，他可以随心所欲地把自己的人安插到全国各地，所谓“西选之官几满天下”，大概并非是夸张之语。它足以反映三桂权势之大！
三桂还通过垄断地方科举权，把他的藩属子弟选入为官。仅举一例：康熙五年，云南乡试，他的属下中举的达163名。三桂深感满意，不禁自夸：“藩下子弟彬彬多文学之才。”主持考试的官员和地方大吏，皆迎合三桂之意，连那些乳臭未干的少年孩童，“未入棘院”，也把他们的名字列榜署名。【《庭闻录》，卷4。】这些藩属子弟，在三桂的庇荫下，得以飞黄腾达，无不感恩于三桂，抱以感激之情。在他叛清时，他们都成了他的积极追随者。
出任云贵的总督、巡抚等封疆大吏，一切指令出自朝廷，三桂本不敢过于专擅。但这些大员们都慑于三桂位高权重，无不“改容加礼，惟恐得罪藩府”【《四王合传·吴三桂传》，见《荆驼逸史》】。三桂自觉受之无愧，发号施令，他们就惟命是从。他想名正言顺地控制两省的督抚大员，特请命朝廷下令督抚受他“节制”。朝廷毫不迟疑地立即应允。为便于控制，三桂分拨他们的驻地。原先分设贵州总督，驻安顺，云南总督驻曲靖，后合并为云贵总督。康熙五年正月，三桂建议应驻贵阳。【《清圣祖实录》，卷18，8页。】在此之前，还提出，云南提督移驻云南永昌府，贵州提督移驻安顺府。【《清圣祖实录》，卷5，6页。参见《逆臣传·吴三桂传》，卷1。】对这些要求，朝廷没加考虑就同意了。