永历一行受到三桂的良好待遇。永历下属，不管大小官员、男女，都给马乘用。给永历进餐，都用金碗，他和母亲、妻子都给鲜服铺盖，内宫宫女及妻妾都各给一套衣服。
十二月十日，三桂下令离缅甸班师。【三桂班师日期，各书多载十二月九日，而《庭闻录》，卷3、《清圣祖实录》，卷6载，三桂报捷书记为十二月十日，今从之。】次年，康熙元年（1662年）三月十三日，吴三桂携永历并大军回到昆明。三桂把永历安置在世恩坊原明崇信伯李本高宅内【［明］刘茞：《狩缅纪事》，20页，浙江古籍出版社，1986年版。】，派兵严守，每天进餐，奉送衣物，生活用品更倍于前。
十、晋封亲王
吴三桂擒获永历后，以他和爱星阿的名义，将此事的详细经过，写成一长篇奏疏报捷，驰送北京。康熙元年二月二十六日，圣祖接读报捷书，高兴异常，当即批示：“览王等奏，大兵进抵缅城，伪永历及其眷属，全获无遗”，“伪巩昌王白文选逃奔茶山，大兵尽夜追及……全军归降”。此事“具见王等调度有方，将士同心戮力，克奏肤功，朕心深为嘉悦。在事有功官兵，著从优议叙”【《清圣祖实录》，卷6，9~10页。】。
圣祖还是一个才九岁的孩子，其见识和处理问题的能力不可能达到如此程度，这都是索尼四辅臣的意见，不过是以皇帝的名义写成谕旨颁发。以圣祖的名义颁发的这道谕旨，对三桂、爱星阿多方赞赏，可以说，完全反映了朝廷重臣的共同心情。
接着，圣祖又对礼部说，擒获永历是一件大事，这都是“仰赖天地、祖宗眷佑，克集大勋，捷音布闻，神人胥悦”。指示礼部官员，“应行祭告典礼，尔部速行察例，择吉具奏”【《清圣祖实录》，卷6，10页。】。
三月一日，圣祖又指示礼部：平定永历是“天下之大庆”，要“昭告中外，咸使闻之”，要求礼部就此事“速议”。【《清圣祖实录》，卷6，11页。】
三月十二日，“以伪永历朱由榔就擒”，告祭世祖；同一天，遣官告祭天地、太庙、社稷、福陵（太祖）、昭陵（太宗）。【《清圣祖实录》，卷6，14页。】
同一天，圣祖驾临太和殿，王以下文武百官“上表朝贺”，又“颁昭天下”，把三桂、爱星阿进缅擒永历之事布告全国，最后写道：“念永历既获，大勋克集，士卒免征戍之苦，兆姓省挽输之劳，疆域从此奠定，闾阎获宁干止。是用昭告天下，以慰群情。”【《清圣祖实录》，卷6，15页。】
永历逃亡缅甸，白文选等仅拥有万余人（包括家属），其力量已微不足道，对清朝构不成严重威胁。开始，它本不在意。但是，永历的存在，至少在政治上还象征明朝并没有完全灭亡，那么，清朝对全国的统治就不是完整的，不能视它为天下共主。而永历的被擒获，清朝就成为全国惟一合法的统治者。所以，清灭永历残余势力，在军事上并无重要价值，但在政治上的影响却是巨大的，具有深远而广泛的意义。通过进缅擒永历，又使它的邻国缅甸受到震慑，并置于清朝的势力范围以内，这是清统治者并没有料及的事！清朝统治集团正是在这个意义上对此事大加渲染，把它当作国中头等大事，并采取各种形式，加以宣传，目的是绝明朝故旧遗老和反清势力复明之念，可收安定人心、巩固统治之效。
清朝统治集团越是重视和广为宣传擒永历之事，就越是提高三桂的威望和地位；同时，也越加显示出三桂的功劳之大，因而表现出三桂对清朝的忠诚已达到何种程度。三桂对永历的处置更博得朝廷的一片欢心。
吴三桂擒获永历和他的眷属，一举荡平南明的最后一个政权，朝廷为之振奋，忙于各种庆祝活动，对三桂的赞扬不绝于耳。这些，都不在话下。
此时，可怜的永历和他的母亲、妻子都被严密拘禁在遥远的昆明。三桂给予了他们良好的待遇。永历头戴“马鬃瓦楞帽”，身着“纯绢大袖袍”，腰系“黄丝带”，“举止有度”。【《庭闻录》，卷3。】他身材魁伟，体态丰满，相貌堂堂，年方38岁，显出一副英气勃勃，加上那一身朴素而颇讲究的衣着，仍不失皇帝的风度。【《小腆纪年附考》，卷20，21页。】他被囚禁在室内，经常端坐不动，不管谁来送饭，或有人来观看，他都无动于衷，一概不问。有一名士兵看后，不禁赞叹：“这才是真皇帝呢！”【《庭闻录》，卷3。】
当然，外人是不准随便进去看永历的，能看到他的，首先是一些卫士。吴三桂见了他一次面，受到故主的谴责，胆战心惊，再也不敢见了。永历曾几次想见三桂，三桂并无意见他。永历的户部尚书龚彝置办了酒肴，准备进献永历，守卫的士兵不允许。龚彝厉声说：“他为吾君，我为其臣。君臣之义，南北相同，我只求见一面，为何阻我？”守卫的士兵请示三桂后，才被准许进去。龚彝把酒宴摆好，请永历出来，向他行跪拜礼后，恭恭敬敬把酒端上，永历本不喜欢饮酒，此时处境，一见酒，顿时痛哭不已。龚彝伏在地上痛哭流涕，再劝酒，永历勉强饮了三爵（盛酒的容器），龚彝再拜不止。突然他从地上一跃而起，用力将头触地，头破而死。永历一下子惊呆了，稍清醒，扑到他的尸体上，悲痛欲绝，几乎昏倒……
永历和他的母亲，妻子已成了吴三桂的阶下囚，是生，是死，他们既无法知道，更无权决定。在度日如年的日子里，只有悲哀和眼泪伴随着他们。然而，最后的命运很快地降临到他们面前！
据有些史书记载，清军中有一甲喇章京军官，暗中联络满人，准备劫持永历，逃往陕西，奉为君主，“以成不世之功”。处事不慎，走漏消息，三桂、爱星阿非常惊慌，迅速逮捕密谋起事的十一人，把他们以最残酷的磔刑处死。为防止再生事变，三桂加速对永历的处置。【《狩缅纪事》，20页；《行在阳秋》，卷下，304页；《庭闻录》，卷3。】
如何处置永历，毫无疑问，三桂个人不敢也不能自作主张。处置永历是一件要事，必须由朝廷来决定，他只能执行。奇怪的是，清朝官方史书对此重要问题却没有记载，只有个别史书仅记：“仁皇帝（圣祖）命恩免献俘。”【《小腆纪年附考》，卷20，21页。】照清朝以往的做法，凡俘获或投诚的明宗室人员，一律解送北京，给予适当安置。目的是防止明朝的这些后裔留在地方为反清势力所利用，煽惑闹事。只有坚持明朝立场，与它为敌的，一经擒获，无不就地正法处决。清兵进关后，收降了不少宗室人员，也处死了一大批。其中，清对明宗室至关重要的人物是不会轻易放过的。
清入北京后，有“朱三太子”案，出现了真伪太子，这使朝廷很不安。如果崇祯帝的太子真的还在，对它是一个潜在的危险。因此，它以假冒太子之罪名，把已被认出的太子也给杀了。至今，此事成了难解之谜。清兵下江南，破弘光政权，把立为皇帝的福王杀了。隆武政权的唐王朱聿键兵败被擒，没有解往北京，也是就地汀州（福建长汀）处死。永历政权的皇帝朱由榔维持时间最长，在云贵达十四年之久，颇得人心。现在已被擒获，留此人物，已属无益，可能还给刚刚立足的清政权造成威胁。根据它以往的政策，可知清朝统治集团不会对永历实行特赦的。但此时形势与擒福王、唐王时有所不同。
在消灭了这两个政权后，永历已远逃缅甸，大陆形势趋于稳定，而一经把他擒获，危险消除，为了笼络人心，留下永历一条命，也是可能的。尽管官方史书不载清朝对永历及亲属的处置意见，并不能说它没有做出相应的决定。这是绝对不可能的！也许清朝统治集团感到屠杀手无寸铁，又无缚鸡之力的永历母子不是什么光彩之事，因此，在它所修的所有官方史书包括《实录》中，有意回避，漏载此事，只记擒获永历及其亲属，绝笔不提朝廷的处置意见，亦不书永历死事。【《清圣祖实录》，卷6、（蒋氏）《东华录》等书，在康熙元年二至四月记事条下，均失载。连私家著述的某些书，似为避讳，亦不载。】实际上，决定永历命运的，还是吴三桂起了相当重要的作用。
擒获永历后，吴三桂跟内大臣、定西将军爱星阿等曾讨论过如何处置永历。爱星阿提出，应献俘北京，由朝廷处置。三桂认为不妥，他说，从昆明至北京路途遥远，地方还不那么安静，万一途中被劫，谁也负不了这个重大责任。他主张奏请朝廷，就地处决。【《庭闻录》，卷3，《狩缅纪事》，20页。】三桂这样考虑，不无道理。平定云南后，全国形势趋于平静，但仍有抗清的势力存在，如李定国正在寻找永历，在两湖、四川交界处，抗清的武装力量继续活动，特别是暗中的反清势力包括个人，也没有完全停止活动。把永历从昆明解往北京，很难说万无一失。