三桂这篇奏疏，洋洋千余言，既形于辞色，又讲求实际，尤其是“三患二难”说，更具说服力，读来顺理成章，使人强烈感到，进兵缅甸，消灭永历，势在必行。
在云南基本平定后，兵部曾密令三桂等追入缅甸，剿除永历，“以靖根株”，特指示洪承畴“相机布置”。承畴目击云南“凋敝景象”，当地土司及降卒“观望”，人心不稳，不可操之过急。再说，大军如穷追进缅，惟恐李定国等号召土司、降卒复叛，袭清军之后，后果不堪设想。因此，他主张“先安内，乃可剿外”，今秋冬（顺治十六年）暂停进兵。三桂的这道奏疏，也透露了他与承畴持同样的意见，曾向朝廷作了解释。朝廷议政王大臣会议，同意了他们的意见，暂停进兵。【《贰臣传·洪承畴传》】
但从这道奏疏中，又明显地看出，在此之前，即在暂停进兵之后，三桂改变主意，力主进兵缅甸，已有进兵缅甸一疏，内中引用世祖对前一疏的批示即是明证。【《逆臣传·吴三桂传》载此疏内称：“前者密陈进兵缅甸事，奉敕曰：‘若势有不可，慎勿强……’”显见在此疏之前，已有一疏，但各书均不见载。】这道奏疏，不过重申了前疏的意见，并提出了他的更为具体的用兵方略。他计划用兵包括征用当地土司的士兵十余万、征用战马六万余匹。诸凡兵士粮饷、马匹、草料、运输费用，共用银两百二三十万余两。这个数字，对于财政相当困难的朝廷，仍然是一个沉重的负担，也就是说，在原有支出云南军费的基础上又增加了新的开支。三桂的这一长篇奏疏就是请兵请饷。费用浩繁，不能不引起世祖和廷臣们的慎重考虑。
世祖读过此疏，没有马上表态，命议政王贝勒、大臣及户、兵两部“速议”，拿出意见来。【《清世祖实录》，卷134，20页。】
过了七天，四月三十日，议政王大臣及户、兵两部将会议结果上报世祖：“平西王吴三桂疏言，永历在缅，伪王李定国借以蛊惑人心，相应进剿，其现在云南满洲官兵，听该藩与各都统商酌率往。至于兵马钱粮，所需甚多，不惜措处维艰，亦万难即运至滇。目前应用草料，敕该藩设法措办，务使兵民两利。再查户部拨给云南十七年八分兵饷银三百三十万两，已经催解，其已解到者，听该藩支给进征兵丁，其未解到者，仍严饬各督抚星夜解往，以为接济。”【《清世祖实录》，卷134，22页。】
大臣会议的意见，明确地表示，同意进剿缅甸，但同时也指出，最大的难处是兵马钱粮，不能满足三桂所开列的数目。他们提出解决的办法，首先责成三桂“设法措办”，再是户部已调拨本年度大部分饷银，作为接济，此项银两也由三桂负责支给进征兵丁。
世祖接到这份报告，没有做出批示，却很快命学士麻勒吉、侍郎石图，前往云南，同三桂“面商机宜”。
朝廷内外，关于云南撤兵与进剿，却有不同意见。浙江道监察御史季振宜认为：“云南宜先守御，而守御专任平西一藩（指三桂），应分该省之满兵驻扎湖南，相机接应。”【《清世祖实录》，卷136，5页。】把满洲八旗兵撤到湖南，其意是减轻云南的粮饷负担，也减轻了朝廷的财政压力。都察院上奏，说：“云南旗兵，粮饷不足，请以一半暂驻，一半撤回，可省军需数万。”如果三桂兵力因此而减弱，可把靖南王耿继茂部由广西移到贵州驻防。【《清世祖实录》，卷137，11页。】还有，此前户部也认为，云南应撤兵，裁减部队。议政王大臣会议，都逐一地否决了他们的建议和意见，坚持认为：“滇逆未靖”，驻守云南的所有部队，“不便议撤”。【《清世祖实录》，卷137，11页。】又说，广西是要地，贵州地方险窄，靖南王不便移藩至贵州。【《清世祖实录》，卷137，18页。】
三桂留兵不撤及进兵缅甸之议，由于得到了议政王贝勒、大臣们的一致坚决支持，终获世祖批准，即使靡费军饷，耗资巨大，但为江山永固，也在所不计了。后来，乾隆皇帝对三桂请兵进缅事做过这样的评论，他说：“立意殄灭由榔（永历），‘三患二难’发自三桂；檄缅甸，李定国，降白文选，皆出自三桂之筹划。然其筹划岂实为我国家哉！三桂之必欲灭由榔，实犹近日之阿睦尔撒纳之必欲灭达瓦齐，则彼之为宣力，皆所以自为也！”【《小腆纪年附考》，卷20，15页。】
顺治十七年八月，在学士麻勒吉、石图同三桂密筹，并返回报告后，世祖颁布命令，授内大臣爱星阿为“定西将军”，率部往征李定国，与吴三桂“相机征讨”。【《清世祖实录》，卷139，16页。】爱星阿，姓舒穆禄氏，满洲正黄旗人。他的祖父就是赫赫有名的清朝开国勋臣扬古利。顺治八年，世祖为追念扬古利的功勋，授予他领侍卫内大臣职。在批准吴三桂请兵入缅灭永历时，特命他与三桂共同进征。同时，又命都统卓罗、郭尔泰、逊塔、署护军统领毕立克图、护军统领费雅恩哈、前锋统领白尔赫图等随征。【《清朝先正事略·爱星阿传》，卷2，17页。】世祖指授爱星阿等凡事要“会议而行”。如与三桂一处，“一切事务，俱用王印行，若不与王同处，即以尔印行”。以下内容，同以前的敕谕一样，强调军纪，执行朝廷既定政策。【《清世祖实录》，卷139，16~17页。】
这一命令是颁给爱星阿的，但同时也向三桂下达了进军的命令。三桂还没接到这个命令，又上了一份奏报，请兵剿贵州土司。据他们的情报，贵州水西（黔西）土司安坤“久蓄异谋”，最近听说杀牲畜祭鬼，“将为不轨”。马乃土司酋长龙吉兆兄弟，“私受李定国伪敕”，修造武器，“逆行已彰”。乌撒土司安重圣“亦反侧叵测”。他想要“先发制人”，“乘其未动，早为剿平，以清肘腋之患”。以此来“伸国威者也”。【《清世祖实录》，卷139，22页。】
征伐之令出自天子，须请示朝廷批准后方可用兵。本来水西等土司已归降，三桂却说他们欲图谋不轨。所列证据，还看不出有“谋反”的明显迹象。三桂都要“先发制人”，对这三个土司大张挞伐，再次征剿。三桂的目的，不过是制造“敌情”，给世祖和廷臣们造成一个印象：云贵的形势又有反复，不仅云南不安定，连贵州也岌岌可危，以此来催促朝廷准他用兵。廷臣们并没有认真核实“敌情”，仅听他之言，即建议从其所请，令其“悉心筹划，相机歼剿”。世祖也马上批准了。【《清世祖实录》，卷141，3页。】三桂又取得了用兵权，在贵州、云南边境一带再一次展开了大规模的军事行动。
过了不久，顺治十八年三月，吴三桂送来了战报：“擒获龙吉兆，克平马乃土司。”【《清圣祖实录》，卷2，4页。】此次战役，历七十余日才破其寨，将龙吉兆、龙吉佐兄弟一并擒获。三桂对兄弟俩进行了审问：“为什么要谋反？”兄弟两人说：“我受（明）国恩三百年，仗义守死，何名为谋反？”三桂厉声斥问：“难道不怕死吗？”兄弟俩倔强地说：“我两人尽忠而死，难道不贤于你不忠不孝而生吗？”两人同声斥骂不止。三桂大怒，命割去舌头，然后斩首处死。【《小腆纪传·龙吉兆传》，卷35，351页。】
吴三桂镇压了马乃土司，朝廷把它改名为普安县，设知县一员，分设土司巡检，准令世袭。【《清圣祖实录》，卷2，4页。】这次军事活动刚刚结束，三桂全力准备进缅。
九、计擒永历
顺治十八年（明永历十五年，1661年）正月初七日，世祖于养心殿病逝，年仅24岁。这个年龄，刚步入人生风华正茂、精力旺盛之期，却不幸早逝，是人们所不曾料到的事。他6岁即位，在位18年，亲政尚不及10年。他的生命的确过于短促。然而，这位青少年天子颇有作为。前期，有其叔父多尔衮辅政；后期，独立主政，在很短的时间基本完成了对全国大陆的统一，革旧立新，制度初备，为清朝的长治久安打下了一个良好的基础。他与多尔衮开创一统局面，在清史中占有重要地位。