以三桂守云南，实在是朝廷的最佳选择。一次，世祖对吏、兵二部发出指示，说出了他的想法，他说：“云南远徼重地，久遭寇乱”，而今刚平定，“必文武各官，同心料理，始能休养残黎，辑宁疆圉。至统辖文武军民，尤不可乏人”。惟三桂是最合适的人选，“今思该藩忠勤素著，练达有为，足胜此任”。表明世祖及廷臣对三桂的绝对信任。【《清世祖实录》，卷129，9页。】三桂追随清朝这么多年，未犯有大的过失，凡所到之处，总是旗开得胜，或反败为胜。汉中“为三秦门户，四面皆冲”，特命三桂镇守，对付四川、陕西、湖北诸地的农民军余部和南明的军事威胁，阻止他们向北发展。
他自顺治五年直到十四年出征贵州，镇守汉中近十年，稳定了局势，强有力地阻止了反清力量的进攻，并且不断地消灭他们。连陕西巡抚张自德也赞三桂镇汉中，“三方安堵”。他担心三桂“一旦移镇于滇，秦省（陕西）虽有三标、四旗六镇之兵，然屡经抽调，在在空虚”，而反清的残余部众还在“蠢动”，他深感忧虑。【《清世祖实录》，卷18，8页。】看得出来，三桂镇汉中，地方军政官员皆以他为保障，现在他一调走，失去一威望人物，兵力大为减少，他们不能不提心吊胆。显见三桂无论在军队，或是在地方，已形成很高的威望，产生了广泛的影响，即使他的敌人，一听三桂的名字，也有几分胆寒！世祖和廷臣们完全了解三桂的情况，正是利用他的威望和实力来镇御更为难守的云南！
为了加强云南的防御力量，世祖又选择了一批干练将吏同三桂共守云南，特给他们晋级升职。他们是：总兵官右都督张勇，加职为左都督；辰常总兵官、左都督杨明遇为太子太保；总兵官左都督南一魁为太子太保；剿抚四川右路总兵官、都督同知马宁与湖广左路总兵官、都督同知张国柱为右都督；署剿抚四川左路总兵官沈应时为署都督佥事；广西全州总兵官刘应志为都督佥事；湖广祁阳总兵官、益阳总兵官“马鹞子”（王辅臣？）为署都督同知；管经略前营火器副将王永祚为团练火器总兵官。【《清世祖实录》，卷128，9页。】这些人后来大都成了三桂的骨干将领。
五六月间，世祖向三桂等出征将领颁赏，向云贵两省百姓拨银赈济。世祖在给户兵二部的指示中说：大兵三路进征云贵，跋涉险阻，长驱直入，经历寒暑，朝廷深表关切，“特加恩赉，用示慰劳。”他规定，赏给三桂与多尼蟒袍、蟒褂、帽、腰带、玲珑刀、小刀、手巾、荷包、靴袜等各一套，另有玲珑撒袋各一副、弓箭俱全、玲珑鞍辔马各一匹，各赐世祖穿用的“御用衣一领”。给他们两人的赏格最高，以下罗托、多罗贝勒尚善、赵布泰等主要将官依次减等。其余诸将应赏马匹、袍服、弓、刀等物，不分品级大小，责成多尼按功劳多少“酌量给与”。【《清世祖实录》，卷126，17~18页。】
云贵两省经此次战乱，百姓流离，田园荒废，粮食奇缺，加之大军驻此，生活必需品无不短缺，引起物价腾贵，每斗米价格高达白银三两！【《清世祖实录》，卷126，11~12页。】朝廷已了解到，“两省地方，生理未服，室庐残毁，田亩荒芜，俯养天资，衣食艰窘。”于是，采取应急措施，特发“内帑银”三十万两。其中，以十五万两“赈济两省真正穷民”，另十五万两由经略洪承畴收贮，接济三路大军的饷需。世祖指令户兵二部立即派可靠的人员将这三十万两白银送到洪承畴军前。【《明季南略》，卷15，481页。】
朝廷命三桂守云南，又迅速采取上述各项措施，很快安抚了人心，局势也日趋稳定起来。南明残部进退失据，走投无路，络绎不绝地前来昆明向三桂投诚归降。
三桂刚回到昆明，四川乌撒军民府土知府安重圣、云南景东土知府陶斗、蒙化土知府左星海、丽江土知府木懿等及各土州县降清。【《清世祖实录》，卷126，22页。参见《庭闻录》，卷3。】
闰三月十八日，南明延长伯朱养恩、总兵龙海阳、副将吴宗秀原受李定国之命，守四川，而今南明大势已去，他们带领三千人，从四川嘉定，出建昌，千里迢迢来云南归降。【《清世祖实录》，卷125，30页。】
白文选部将王安等从建昌来降，献出白文选的“荡平大将军”金印。
据三桂给朝廷的报告，清军攻克昆明后，南明庆阳王冯双礼与德安侯狄三品等逃到四川建昌卫。三桂再三招抚，双礼拒绝，而狄三品暗中接受，并按他的密计，将双礼逮住，连同他的“庆阳王”金印、“大将军”金印、金册、敕书一张、一并献给三桂。【《清世祖实录》，卷125，30页。】随同狄三品投降的，还有将军艾承业、张明志、丁有才、总兵冯万保等人及所率两千人马。朝廷得报，少不了大加夸赞三桂“筹划周详”，还表彰狄三品投诚“可嘉”；同时，赦免双礼死罪，解京另行安置。不久，朝廷以擒冯双礼之功，赐封狄三品为“抒诚侯”，原总兵冯万保为都督同知。【《清世祖实录》，卷127，9页。冯万保，如《庭闻录》写“冯”为“陈”。】
四月十一日，原明副将孙崇雅、游击陈报国、郭之芳、张玉、叶世先、张应虎等，携部队两千余人，自南甸来降。
五月十六日，原明叙国公马惟兴、淮国公马宝与将军塔新策、李贵、焦宏曹、贺天云、曹福德、单泰征等人携众4337人、马1471匹，从澜沧江以外前来投降。已故汉阳王马进忠之子马自德也降了三桂。
二十八日，原明公安伯李如碧、宜川伯高启龙，总兵刘镇国、都督佥事王朝钦，各率2000余人、马3000匹，从丽江边外来降。继他们之后，怀仁侯吴子圣、孟津伯魏勇袭、永昌侯张应井、岐山侯王会、总兵杨成、赵武、邓望功、万致元、王敬、韩天福、王朝兴、旷世宰、胡九鼎等率众4115人降。
还有，南明永历政权东阁大学士张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、大理少卿刘泌、兵科都给事胡显降清。【以上参见《庭闻录》，卷3。】
在四川南部，尚残存部分南明军事力量。清兵乘云贵之胜，进取川南。据三桂奏报：总兵杜子香及属下一批官员等都缴印扎投降，叙州、马湖二府平定。【《庭闻录》，卷3；参见《清世祖实录》，卷132，2页。】
八月初，将军都督杨国明率众千余人降。下旬，扬武伯廖鱼率兵600、马150匹降。
九月末，将军杨武、刘启明率官吏90人、兵3 896人、马2 200匹、象4头从腾越边外来降。还有陈建、郝承裔等也来投降。
南明永历政权维持了14年，终于垮台了，在永历与部分臣属逃亡缅甸后，它留在云贵或四川的余部如水之归海，纷纷投向清政权，表明永历这个小朝廷已经土崩瓦解，极少有再生之可能。
“滇黔虽入版图，而伏莽未靖，征调犹繁。”【《清世祖实录》，卷131，13页。】李定国等还留境内，继续从事抗清活动，他的影响还在，仍有极少数人忠于南明，坚持不降，甚至降而复叛亦有之。这给三桂带来点小麻烦。不久，便发生了沅江叛清事件。
沅江土司那嵩、那焘父子接受李定国的指令【《清世祖实录》，卷130，11页，将那嵩写作“那松”。】，暗中联络已降清的高应凤、朱养恩和石屏总兵许名臣、土司官龙赞扬，及其以东的各土司，他们“歃血钻刀”准备起事。据三桂得到的情报：李定国已将妻子送往沅江府作人质，将金银财物抬送沅江，并令沅江、普洱诸土官由临安（云南建水）出兵，等清兵出边进剿永历时，乘其空虚，就来“抢云南”。那嵩等认为，云南粮食到九月就吃尽，清兵“马匹粮草俱无”，是支持不下去的，便决定九月起事。三桂得此情报急速上奏朝廷。世祖下令：由三桂与都督卓罗等必于九月内“行兵进剿”。【《明清史料》丙编第2本，93页，“户部题本”。】果然，顺治十六年九月，高应凤、许名臣杀了石屏知州官，奔元州，那嵩便趁机举兵反清。