李定国败退，回到昆明，请求永历帝撤离。事关重大，军情紧急，永历召集诸臣举行会议。已去世的刘文秀部将陈建把文秀去世前留下的遗疏呈上，请永历赴四川，另辟根据地。刘文秀在遗疏中说：“臣精兵三万人，在黎（平）、雅（州）、建（昌）、越（州）之间，窖金二十万，臣将郝承裔知之。臣死之后，若有苍粹，请驾幸蜀，臣妻操盘匜，臣子御羁靮，以十三家（指郝摇旗等农民军余部）之兵出营陕、洛，庶也转败为功也。”【《小腆纪传·刘文秀传》，卷30，370~371页。】太仆寺正卿辜延泰支持刘文秀遗疏的意见，主张退至四川，“开荒屯练”，作恢复之计。中书金公趾极力反对，坚持说入川不利。

定国也持不同意见，说：“蕞尔建昌，何当十万人之至？不加入湖南之峒，乌车里，里角诸蛮不相统摄，我今临之，必无所拒。安跸峒内，诸将设御于峒口，胜则六诏复为我有，不胜则入交阯，召针罗诸船，航海至厦门，与延平王（指郑成功）合师进讨。”

有人对此提出异议，说：“清兵乘胜踰黄草坝，则临沅、广南道路中断；且丧败之余，焉能整兵以迎方张之敌乎？”

原明黔国公沐天波又提出新的建议：“自迤西达缅甸，其地粮糗可资，出边则荒远无际，万一（清）追势稍缓，拒大理两关之险，犹不失为蒙段也。”

大臣马吉翔、李国泰都赞成沐天波的意见。

李定国不敢再争论，哭着请留下太子督师，以牵制缅甸。永历犹豫，不忍心把他的儿子留在危险之地。议论结果，基本听从了沐天波的意见，不愿离开云南，只想离昆明暂避。【以上见《小腆纪传·永历下》，卷6，72页。】李定国只好安慰永历：“前途尚宽，今暂移跸，卷土重来，再图恢复未晚。”【《爝火录》，卷28，926页。】

在撤离昆明前，李定国发出布吉，通知城内外百姓躲避兵祸：“本藩在滇多年，与尔人民情均父子。今国事颠危，朝廷移跸，势难同尔等偕行，恐清兵一至，杀掠淫污，猝难逃避。尔等宜乘本藩未行之时，各速远避，毋致自误贻戚。”

百姓从布告中才知道局势危急，清兵不久即将入城，无不惊慌失措，“城内外哭声鼎沸”，都在收拾东西逃命。

十二月十五日，百官扈从，诸将护卫，永历与大军全部撤离昆明，奔永昌。庆阳王冯双礼决定留下，对定国说：“某与公俱生于滇，公辅帝西行，图后再举为其难者，某愿死守会城（昆明），与城存亡！”定国涕泣，跟他诀别。【《滇粹》，“李定国传”，57页。】

随同永历撤走的还有城内外成千上万的百姓。李定国在布告中已清楚地说明，他们不能伴驾同行，让他们自行逃往安全之处。可是，当永历撤离时，男女老少百姓都跟随永历一起撤走，定国只好同意。加上马步军队，达数十万人，孩子哭，妇女喊，还有老人不时地发出痛苦的呻吟声，令人揪心难以忍受。永历君臣与兵民出城，向西撤去。李定国亲自率军殿后，以防不测。“国势既摇，人心思叛。”定国部将艾能奇之子艾承业纠集狄等人，在一座大寺中埋伏精兵，企图劫持定国北逃，送清军献功投降。但他们看到定国严队殿后而行，似乎早有准备，不敢下手，才免去一场流血之变。

数十万百姓、兵马西撤，拥塞道路，日行不过三十余里。兵士乏食，取之民间，所到之处，百姓都已逃避。连永历吃饭也成了问题，不能顿顿饱餐。行路艰难，没有足够的食品，不少人因饥饿与疾病倒在路上……才出昆明，不过几十里左右，刚到碧鸡关（昆明西，今仍名），路窄，人马更加拥挤，“哭声震地”。永历忍不住命令停车，站起身来，手扶沐天波，回头眺望昆明宫阙，一行热泪滚涌而出，带着凄苦的哽咽声说：“朕行未远，已见军民如此涂炭，以朕一人而苦万姓，诚不若还宫死社稷，以免生灵惨毒！”说完，放声大哭。天波极力劝说宽慰，正巧定国也飞骑赶到，请永历继续前进，安慰兵民之心。永历这才止住了哭声，重新坐下，驾车御夫一声吆喝，数匹健马昂首嘶鸣，拉着车子小跑起来……【《爝火录》，卷28，927页。】

对于永历政权来说，充满灾难而不幸的一年过去了，在颠沛逃亡中迎来了新的一年——顺治十六年（永历十三年，1659年）。正月初一，正值元旦之日，永历和他的文武将吏逃到云南的西部永平（今仍名）。不言而喻，元旦佳节给这些逃亡的人们能带来什么欢乐呢？

正月初三日，吴三桂与其他两路军浩浩荡荡开进昆明城。【杨陆荣；《三藩纪事本末》，卷3，69页。】中华书局，1985年版。南明卫国公胡一青、提学道徐心箴、光禄寺卿黄复生、提督刘之扶、土司总兵龙世荣等一批将吏向清军投降。清兵云集，大肆抄掠降众和明逃亡士兵，“无所不至，滇民水深火热”。【《明季南略》，卷15，478页。】

清三路军统帅会师昆明，不想给永历以喘息之机，很快会商下步军事行动。商定出兵日期，决定信郡王多尼驻守省城昆明，以征南将军赵布泰领中路人马，继续追剿。正月初八日，三桂移师罗次县（昆明西北的金水河，今称绿汁江之东侧），准备出击。但为加强军事进攻的实力，多尼也遣自己所部参加追剿，而他也很快地投入了军事行动。

永历君臣在崎岖的山间小路上继续西逃。初四日，至永昌（云南保山），不见清兵追击，就在这里安顿下来。【王夫之：《永历实录·李定国传》，卷14，135页。】李定国请求允许他坚守永昌东北的重镇大理，作为永昌的后备。永历批准了他的请求。定国到达大理不久，白文选率溃兵自霑盖撤到这里，列阵大理城外的下关，余众尚有万余人。定国率数百骑兵迎接。文选一见定国，不胜愤激，一边流泪，一边斥责他：“人主（指永历）以全国全师恢复宗社之重任，付托于公，一旦至此，谁执其咎？公于罗（遮）炎河因先走矣，其见无数万人民抢天呼地，悉锋刃之惨戮乎？”定国忍不住大哭：“事既如此，夫复何言！惟本此孤忠，死而后已，以报君父，以结此残局。”定国如此悲痛，文选不忍心再斥责，便收住了眼泪，说：“帝行矣，请公先行，文选留后。”于是，定国又回到永昌。大理北有一玉龙关，正当通永昌的要道，文选率残部驻守这里断后。【《滇粹·李定国传》，57页。】

永历在永昌暂时得到喘息，便下了一道“罪己诏”，自责其过失。定国自知指挥失误，致有此惨败，主动上缴永历赐予他的统帅之权的“黄钺”，请求给予削秩降级的处分。永历不同意，说：“是国之祸，王何罪焉！”【《小腆纪传·永历下》，卷6，72页。】

二月初二日，多尼令三桂自罗次出师，贝勒尚善领兵随征，征南将军赵布泰于同日从昆明出师。九日，三桂与赵布泰会兵于镇南州（云南南华），在镇南州西北的普淜（洱），与明总兵王国勋部激战，王国勋战死，楚雄全郡被清兵攻陷。十五日，三桂与赵布泰挥军进至玉龙关，击败白文选、张先璧、陈胜所部，斩杀明兵4000余人。获“巩昌王”金印1颗，生擒总兵吕三贵，获象3只、马140匹。【《清世祖实录》，卷125，28页；参见《三藩纪事本末》，卷3，69页。】文选败退，由河木和（澜沧江东岸，永平南），经右甸（昌宁），又退至镇康州（镇康北），进入缅甸境内的木邦。三桂部占领了大理。

李定国闻玉龙关失守，急派总兵靳统武率四千兵马保护永历迅速撤离永昌，十八日，逃至腾越（今腾冲），沐天波、马吉翔等随行，文武官员尚有400余人。【《小腆纪传·永历下》，卷6，73页。《爝火录》，卷29，称：“时从官文武约千余员”。参见《三藩纪事本末》，卷4，70页。】

三桂率部紧追不舍，追至澜沧江，明溃兵烧毁铁索桥，吴军与赵布泰等部扎筏过江。十八日，进入永昌，永历已逃走三天，也于这一天到达腾越城。三桂在永昌城安抚未逃民众，未加抢掠，就严师出城，尾随永历君臣之后，继续向西追击。但贝勒尚善予撤永昌守门兵丁，致使军士入城伤残百姓，副都统傅喀俘掠良民，纵兵扰害永昌百姓。事后，尚善、傅喀，及有关的都统巴思汉、胡沙等都分别受到降职、罚俸等处分。【《清世祖实录》，卷138，12~13页。】