原来，农民军以相当的规模进攻河南怀庆地区，是李自成组织的一次反攻尝试。从时间上说，李自成此举为时稍晚。还在他撤到山西时，河南、山东原明降官和地方士绅纷纷举兵反正，截杀农民军。李岩曾主动请兵两万赴河南，重新组织力量，镇压原明降官和地方士绅的叛乱。河南是李岩的家乡，他在这里颇有影响，如果他真能成行，很有可能稳定那里的局势。这在当时未尝不是一个值得重视的建议。李自成不但没予理睬，反而对他的动机产生了怀疑。他听信了牛金星的谗言，竟设谋在布下伏兵的宴会上把李岩给杀了。【《平寇志》，卷13，203页。】目前，学术界关于李岩是否实有其人尚存争论。笔者以为，否认李岩一说，证据尚嫌不足，难以信服。李岩一死，刘宗敏、宋献策等人愤愤不平，引起起义军内部文武不和，士气更加低落。李自成退到山西，未作停留，也没有进行必要的防御，就匆匆奔陕西，返回到西安驻扎下来。
李自成自山海关败退，直至固关为止，虽然遭到了一连串的失败，其实力还相当雄厚，占地广阔，管辖山西、陕西、甘肃、宁夏、湖北、河南部分地区，还有数十万军队。凭借这些实力，是可以同清军抗衡下去的。李自成回西安后，重新进行军事部署，准备反攻。现今保存的少量档案，留下了这方面的记载。据清大同总兵姜瓖获得大顺永昌元年七月初七日发出的行牌“晓谕事”，内称：“今报长安（西安）二府田（即田见秀）、绥德、汉中高（一功）、赵（光远）从西河驿过（黄）河，统领夷汉番回马步兵丁30万；权将军刘（宗敏）统兵10万过河，从平阳（山西平阳）北上。”又报“皇上（指李自成）统领大兵350万，七月十二日从长安起马，三路行兵，指日前来。先恢复剿宁武（山西宁武）、代州（山西代县）、大同、宣府等处，后赴北京、山海（关），剿除辽左（即辽东、今辽宁省境），至叛逆官兵尽行平洗，顺我百姓无得惊遁。”清将从这个行牌所载内容，已看出李自成“妄图复逞”。
上述这份档案，的确反映了李自成已做了反攻的部署。为先声夺人，在兵力数字上尽量夸大。清朝也认为是“虚声恐喝”，却不敢掉以轻心，疾呼：“严加防守，力为进剿，固不可一日缓也。”【以上见《明清史料》首本第1本，73页。】
李自成虽然做了新的部署，并没有实现。在失去了山西后，他仅在怀庆地区展开了局部反攻。一度得势，但当多铎率大军抵怀庆后，农民军不足抵御，就撤退了。多铎率清军从孟津（河南孟津）渡黄河，经陕州（河南陕县），直驱潼关二十里外驻扎。
当李自成得知清军南北两路夹击的消息时，已感到自己腹背受敌，陷入被动局面。原先的部署被打乱，他便与刘宗敏率部出西安，北行至洛川县，稍事停留，他在对清军的两路进攻作出估计。这时，吴三桂与阿济格军进展缓慢，短时间还不能来此，而潼关方面的形势却异常危急，这才决定赶往潼关增援。
潼关战斗于十二月二十九日打响，刘宗敏首战失利，延至次年即顺治二年（1645年）正月，李自成几次进战，都被多铎部击败。这时，李自成得到北路清军已向西安推进的消息，被迫撤回主力，回师西安。守潼关的农民军将领马世耀被迫投降。清军于正月十三日，一举占领了潼关。【《清世祖实录》，卷14，1~2页。】这次战役是一次战略性的决战，经过十余天的激战，农民军再次遭到了失败。潼关一失守，西安失去屏障，已岌岌可危。
多铎率部于十六日离潼关，仅两天，便于十八日抵达西安。而李自成自料西安不能守，已于十三日焚宫室撤出西安，出兰田口，奔商州而去。西安遂为清军占领。【《清世祖实录》，卷14，3页。】当多铎占领西安时，还没见吴三桂、阿济格部一个人影呢！连多铎也不知他们已到了什么地方。吴三桂同阿济格、尚可喜军的战略目标是，出大同，渡黄河，会同蒙古兵，取陕北的榆林、延安，击陕西农民军之背。在途经宣府、大同时，把这两城镇的降兵尽数随征，“搜刮无遗”，兵力已达八万顺治元年十二月十三日宣大总督吴孳昌启本，原件藏北京第一历史档案馆。【转引自顾诚：《明末农民战争史》，284页。】。
但是，他贻误了进军时间。本来，他先奉命出征，却落在了后出征的多铎后边。因为他擅自出边，“至土默特、鄂尔多斯地方，枉道索取驼马，复转入边，以致逗留”。在多铎先取西安时，阿济格与吴三桂部“未知尚在何处”。为此他受到多尔衮的严厉斥责。【《清世祖实录》，卷14，8页。】阿济格略定宣府（宣化）和大同，招降唐通后，本应传令边外蒙古兵前来会师，他率所部则挥师南下，迅速渡黄河，当不误进军时间。可他擅自出边，进入内蒙古的土默特、鄂尔多斯游牧地，随意索取当地驼马，然后转而入边，这一往一返，把时间都浪费在路上了。
迟至年底，他才率师由山西保德州（今保德）结筏渡黄河，进入陕北地区，大顺军正迅速瓦解。新任命的保德州总兵官、降将唐通招抚了河堡营、唐家会下营、黄甫川、清水营、木瓜园、孤山镇、永兴、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳县）等处农民军余部，皆归服清朝；【《明清史料》丙编第5册，497页。】新任命的榆林总兵官、降将王大业，差人招抚了自响水至宁塞等十一营堡，“俱倾心迎降”。惟有榆林守将高一功，是李自成的心腹大将，“坚拒相抗”，拒不投降。【《明清史料》丙编第5册，469页。】榆林是陕西重镇，李自成令高一功镇守，企图阻止清军南下。这时，阿济格、吴三桂一时攻不下，眼看又误行期。“因西安事大”，他不敢滞留。十二月三十日，委派随同出征的大同总兵姜瓖为总督，率领唐通、王大业等降将继续围攻榆林，他自统大军南下。
唐通等自绥德赴榆林附近的双山堡，给高一功写了一封信，向他约战。顺治二年正月十二日，派人送去。十四日，高一功被迫撤出榆林。当天晚上十时左右，唐通率部直抵城下，天亮时，进入榆林城。十六日，姜瓖、王大业也来到这里，安抚百姓。数日间，返回城的男女不下一两万人【《明清史料》丙编第5册，497页。】。安抚妥当，唐通奉命赴西安。
阿济格、吴三桂离米脂，南下绥德，直趋延安。李自成侄儿李锦率部坚决抵御，与清军相持不下。正在这时，高一功率部撤到延安，同李锦汇合，坚守延安。清军采取分道进逼，农民军无法支撑。坚守了20天后，被迫突围而走。延安为清军占领。由于在榆林、延安受阻，也是阿济格延缓进军的一个客观原因。
多尔衮斥责阿济格“逗留”缓进，对吴三桂却无损伤。因为阿济格是主帅，掌握一切战守之权。多尔衮也明白，他任命自己的长兄为帅，那些随征的汉官将自然听命于主帅。所以，朝廷只能批评阿济格，而不能涉及吴三桂等人。
尽管阿济格所部误了进军时间，毕竟给西安的农民军造成了腹背之患，由于该路的清军日益临近，李自成感受到了两路夹击的沉重压力，在西安已无法立足，他被迫决定撤离西安。这就给多铎部迅速占领西安创造了条件。
到二月间，多尔衮才接到阿济格发来的战报，据称：自入边，“八战皆捷”，攻下陕西州县4城、投降的38城，共获白银千两，马3290匹、460余只骆驼。【《清世祖实录》，卷14，14页。】
攻下西安后，清朝统治集团欢呼“大业已成”，即令多铎迅速整装，照原定计划，向江南进军，对南明弘光政权展开总攻击。征剿农民军残部的任务交由阿济格完成，指令他“务期剿除，以赎从前逗留之咎”【《清世祖实录》，卷14，8页。】。
阿济格自知已犯军律，奉诏后，不敢怠慢，会同吴三桂等，尾随李自成，紧紧追赶。三月追入河南，李自成拔营南下，奔向湖北，抵襄阳，进驻武昌。【《绥寇纪略》，卷9，45~46页。】此城本为新封不久的明将宁南侯左良玉的藩地，李自成来攻取时，他恰好率领本部人马离城，顺江东下，赴南京“清君侧”，讨伐福王的心腹大臣马士英。这场乱子是由辨识真伪太子引起来的。当自成入北京时，确实把太子俘获，后带往山海关，及至被吴、清联军击败后，太子的下落就无人知道了。