万历三年神宗忽然问起左右的人来：“张先生底父母还在吗？”“先生底父母已经七十几岁了，”大家说，“还是好好的。”
神宗高兴得很，吩咐准备赏赐，一面亲笔写信给居正：
闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心喜悦。特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两；又玉花坠七件，彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐：咸宜钦承，著家僮往赍之。
大致是万历五年夏间，文明病了，有时连走路都困难，居正准备请假省亲，偏偏神宗大婚的问题来了，后来婚期决定在万历六年三月，居正看到暂时走不得，索性定在大婚以后再行回去。他在给王之诰的信上提起：“老父顷患甚剧，今虽暂愈，然闻动履尚属艰难，桑榆暮景，风烛可虞。颛拟主上大婚后，乃敢乞身。（“乞身”二字不可信。文集十《先考观澜公行略》作“拟俟大礼告成当请告一省觐，”语较翔实。）今定婚期于来岁三月，则陈情之举，当在夏初矣。遥望此期，以日为岁，奈何？”（书牍九《答司寇王西石》）
文明这一年七十四岁，疾病缠绵，（敬修《文忠公行实》言“不谓一日晨出登王粲楼，蒙犯霜露，寝疾十有一日，遂卒。”与居正《答王西石书》不合。）终于在九月十三日逝世了。那时从江陵到北京，交通困难，九月二十五日，居正才得到讣闻。内阁同僚吕调陽、张四维奏明神宗，神宗颁赐御笔给居正说：
朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日了，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如里！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付托，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（见奏疏六《闻忧谢降谕宣慰疏》）
神宗赐银五百两、纻丝十表里、新钞一万贯、白米二十石、香油二百斤、各样碎香二十斤、蜡烛一百对、麻布五十匹。两宫皇太后也是照样赐唁。二十八日礼部奉圣旨，文明“著照例与祭葬，仍加祭五坛，”身后恤典，一切从厚。
但是重大的问题来了。明代内外官吏人等有丁忧的制度，在遇到承重祖父母，亲父母底丧事，自闻丧日起，不计闰，守制二十七月，期满起复。英宗正统七年令，“凡官吏匿丧者，俱发原籍为民”；十二年令，“内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复”。“丁忧”指亲丧二十七个月中，必须解职的事；期满而后，照旧做官，称为“起复”。在二十七个月中，由皇上特别指定，不许解职，称为“夺情”。夺情之事，平常很少见，但是在军队中，尤其是在作战的时候，原谈不到“丁忧”，这一类的事，古人称为“墨绖从戎”，又称“金革之事不避”。在宗法社会里面，政治就是教化，官吏就是师长；主持教化的师长，在教忠、教孝的社会里，自己先行履行对于亡父、亡母的义务，不能不算是一种合理的行为。
居正照例咨行吏部，题请放回原籍守制。吏部随即奉到圣旨：
朕元辅受皇考付托，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕著，不必具辞。（见奏疏六《乞恩守制疏》）
居正九月二十五日得讣，这道不许守制的上谕，也在九月发下，一切都是四、五日间之事，没有回旋的余地。本来居正夺情的事情太严重了，居正身后，经过神宗十年到四十八年这个很长的阶段，一般人因为后来神宗对于居正的反感，无从追求正确的结论；等到神宗死后，讨论可以自由的时候，夺情底经过已经成为长远的过去，时日不清楚了，事实不清楚了，伪造的根据，曲解的现实，到处作祟。于是夺情的是非，遂成为一个谜。
据说第一个主张夺情的是户部侍郎李幼孜，冯保主张夺情，居正也有意夺情，因此造成夺情的局势。其实幼孜第一个提出这个呼声，只提出时代底要求，而造成这个时代要求的，却是居正本人。
自从隆庆六年六月，居正当国以来，这五年三个月的时间，整个国家安定了。政治上了轨道，经济有了把握，太仓粟支十年，太仆寺积金四百余万；北边的俺答屈服了，土蛮虽然没有屈服，但是不断地溃败，解除了东北方的威胁；内阁里面，安静到没有一点波浪，更是嘉靖、隆庆以来没有的现象；这一切是谁底大功？居正去了，这个局面，交付那一个？徐阶七十五岁了，高拱更和冯保结下生死大仇，都谈不到回朝，在野的还有那一个干练的大臣？吕调陽是一个忠厚老实的人，他自己没有大的抱负；张四维也许还有些才气，但是资历太差，而且也没有人望，在朝的又交给谁？居正固然有三个主人，但是慈圣太后和冯保，都说不到自己掌握政权，明代根本没有太后临朝和宦官执政（王振、汪直、刘瑾、以及后来之魏忠贤、皆未直接掌握政权。）的前例；至于神宗，这时才十五岁，慈圣太后还把他当小孩看待呢，更说不到自己负责。一切的形势竟造成居正非留不可的局面。这一个局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大学士丁忧起复，不是没有故事的。成祖永乐六年六月杨荣丁优，十月起复。宣宗宣德元年正月金幼孜丁忧，随即起复。四年八月杨溥丁忧，随即起复。景帝景泰四年五月王文丁忧，九月起复。宪宗成化二年三月李贤丁忧，五月起复。这都是故事。五人之中，惟有李贤是首辅，而李贤所处的时代，是一个太平的时代，成化二年，宪宗已经二十一岁，即使李贤丁忧，也还和现在非留不可的局面，有些不同。这一切，慈圣太后、神宗、冯保，连同居正也都看到。
不许守制的上谕下来了，居正再行上疏请求，自称“是臣以二十七月报臣父，以终身事皇上”，但是语气并不十分坚定，他甚至说：
臣闻受非常之恩者，宜有非常之报。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有余年，受先皇顾托之重，荷圣主倚毗之专，无论平日所承，隆恩异数，超轶古今，即顷者闻忧之日，两宫圣母为臣悯恻，圣心感动，为臣凄惋，慰吊之使，络绎道途，赙賵之赉，充溢筐篚，又蒙皇上亲洒宸翰，特降玺书，中间慰借之勤笃，勉喻之谆切，尚有溢于圣言之外者。臣伏而读之，一字一泪，虽旁观近听之人，亦无不伤心酸鼻者。夫自古人臣，以忠结主，商则成汤之于伊尹，高宗之于傅说，周则成王之于公旦，汉则昭烈之于诸葛亮，其隆礼渥眷，辞命诰谕之文，载在史册，至今可考，固未有谦抑下巽，亲信敬礼，如皇上之于臣，若是之恳笃者，此所谓非常之恩也。臣于此时，举其草芥微躯，摩顶放踵，粉为微尘，犹不足以仰答于万一，又何暇顾旁人之非议，徇匹夫之小节，而拘拘于常理之内乎？且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为；不幸而相值，难以并尽，则宜权其尤重者而行之。今臣处君臣、父子，两伦相值，而不容并尽之时，正宜称量而审处之者也。况奉圣谕，谓“父制当守，君父尤重”，臣又岂敢不思以仰体，而酌其轻重乎？（奏疏六《乞恩守制疏》）
无疑地，居正是在考虑应否守制的问题了。十月初二日奉圣旨：
卿笃孝至情，朕非不感动，但念朕昔当十龄，皇考见背，丁宁以朕属卿，卿尽心辅导，迄今海内乂安，蛮貊率服，朕冲年垂拱仰成，顷刻离卿不得，安能远待三年？且卿身系社稷安危，又岂金革之事可比？其强抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委托之重，勿得固辞。（见上）
奉旨以后，居正上《再乞守制疏》，十月初五日复奉圣旨：
览奏，词益哀恳，朕恻然不宁。但卿言终是常理，今朕冲年，国家事重，岂常时可同？连日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，犹以为远，矧曰三年！卿平日所言，朕无一不从，今日此事，却望卿从朕，毋得再有所陈。（见奏疏六《再乞守制疏》）
神宗甚至和吕调陽、张四维说起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的请求，已经成为僵局，居正只得再从旁面提出，他说：
仰窥皇上之心，不过以数年以来，举天下之重，尽属于臣，见臣鞠躬尽瘁，颇称意指，将谓国家之事，有非臣不办者。此殆不然也！夫人之才识，不甚相远，顾上用之何如。臣之不肖，岂真有卓荦超世之才，奔轶绝尘之力，惟皇上幸而用之，故臣得尽其愚耳！今在廷之臣，自辅臣以至于百执事，孰非臣所引荐者？观其器能，咸极一时之选。若皇上以用臣之道而用诸臣，诸臣以臣心之忠而事皇上，将臣平日所称圣贤道理，祖宗法度，此两言者，兢兢守之，持而勿失，则固可以端委庙堂而天下咸理。是臣虽去，犹未去也，何必专任一人，而使天下贤者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二岁，素婴多病，昨有家人到，致臣母意，嘱臣早归。田野之人，不知朝廷法度，将谓臣父既没，理必奔丧，屈指终朝，倚间而望，今若知臣求归未得，相见无期，郁郁怀思，因而致病，则臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝养两宫，何不推此心以及臣之母乎？（同卷三《乞守制疏》）
神宗底圣旨又下了，他说：
朕为天下留卿，岂不轸卿迫切至情，忍相违拒？但今日卿实不可离朕左右。著司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修，驰驿前去，营葬卿父；完日，即迎卿母，来京侍养，用全孝思。卿宜仰体朕委曲眷留至意，其勿再辞。（见前）
这道圣旨，由内阁传下，神宗再命司礼监太监何进带去亲笔谕旨：
谕元辅：朕以幼冲、赖先生为师，朝夕纳诲，以匡不逮。今再三陈乞守制，于常理固尽，于先帝付托大义，岂不鲜终？况朕学尚未成，志尚未定，一日、二日万几，尚未谙理；若先生一旦远去，则数年启沃之功，尽弃之矣。先生何忍！已有旨，特差司礼监官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，来京侍养，以慰先生孝思，务要勉遵前旨，入阁办事，岂独为朕，实所以为社稷，为苍生也。万望先生仰体圣母与朕惓惓恳留至意，毋劳又有所陈。（见同卷《谢降谕慰留疏》）
这时御史曾士楚，给事中陈三谟都上疏，请留居正了。吏部尚书张瀚奉上谕慰留居正，连忙和左侍郎何维柏商议。
“丁忧守制，”维柏说，“是天经地义的事，迁就不得的。”张瀚底宗旨决定了，索性给他一个不理。吏部司官们和尚书说，请他复奏，张瀚只是一味地装糊涂。他说：
大学土奔丧，应当加恩；这是礼部底事，和吏部有什么相干！
皇帝夺情的诏书屡次下来了，官员们正在纷纷请留居正，张瀚只是捶着胸膛叹息，他认为从此以后，纲常扫地，对于奉命慰留居正的上谕，始终置之不理。给事中王道成，御史谢思启上疏弹劾张瀚、何维柏，其结果张瀚勒令致仕，维柏罚俸三月，一切都是十月初的事。
夺情的局势既成，居正没有回旋的余地，他只有承认了。他说：
凡朝士大夫，见者闻者，无不恫切叹颂，皆以大义责臣，谓殊恩不可以横干，君命不可以屡抗，既以身任国家之重，不宜复顾其私。臣连日枕块自思，且感且惧，欲再行陈乞，恐重获罪戾。且大婚期近，先帝之所付托，与国家之大典礼，莫此为重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，虽居田里，于心宁安？用是茹忍哀悰，不敢再申前请，谨当恪遵前旨，候七七满日，不随朝，赴阁办事，随侍讲读。（同卷《乞暂遵谕旨辞俸守制预允归葬疏》）
他提出五个条件，（一）所有应支俸薪，概行辞免；（二）所有祭祀吉礼，概不敢与；（三）入侍讲读，在阁办事，俱容青衣角带；（红袍玉带为吉服，故言青衣角带。）（四）章奏具衔，准加“守制”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同来京。条件提出以后，奉圣旨：“卿为朕勉出，朕心始慰，这所奏，俱准。归葬一节，还候旨行。”（见前疏）
居正夺情之事，虽然是局势造成的，但是造成这个局势的，何尝不是居正？张瀚勒令致仕的时候，居正还没有承认在阁办事，但是他已经推荐王国光继任吏部尚书了。他和国光说：“铨衡重任，非公不足以当之。比时孤方乞归，然不敢以去国之故，而忘谋国之心，故敢以公进。然公之忠亮，实素简于帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以为用舍也。”（书牍九《答太宰王疏庵》）在苫甴昏迷的当中，居正何尝有一日忘去政权？居正称道伊尹，（文集十一《杂著》）也许他看上伊尹以天下自任的那一点，但是以天下自任，正是热中政权的一个解释。
从居正十九年没有看见文明一面的事实看来，父子之间的感情，委实已经生疏了。居正和文明中间，无论在志趣上，在事业上，都看不出一些共同的场所。十九年的日月，三千里的距离，在父子之间，造成最大的隔阂。居正当然知道丁忧只是二十七个月的请假，在这个时间以后，随时可以起复。但是起复只是一个理论。徐阶致仕了，陈以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重来以外，其余没有一个再看到北京的城阙。政权正和年光一样，是不轻易回转的。居正自从二十三岁举进士以后，经过三十一年的政治奋斗，才取得现在的政治地位，他怎能不留恋呢？
明朝的故事，首辅去位三日以后，次辅便把座位，从内阁的右边迁到左边，翰林院后辈和内阁僚属都穿红袍到内阁道贺。这一次他们穿红袍到内阁来了，大家向次辅吕调陽道贺。调陽是一个老实人，他虽然没有把座位移到左边，但是居然接受大众底道贺。一切增加居正底恚忿。他认识自己还没有去位，人情已经变了，将来当真去位，那还了得！夏言、严嵩对于当日的政权，都曾经支付血腥的代价；以后徐阶、高拱，也都经过最大的危险。现在会不会需要自己偿还这一笔血债！
留恋、畏惧，这两种强烈的情绪，占有居正底胸中。但是最大的原因，还是他舍不得当时的国家。在自己当国的五年三个月中间，整个明朝，已经从困顿的状态中解放出来，成为富强的国家；自己去位以后，会不会重行回到困顿中去？这一切，只为了一个十九年不曾见面的父亲，代价未免太大了。居正觉得李幼孜底语句还在自己耳朵里响着：
皇帝冲龄，天下不可一日无相公，相公怎样忍得回去守制呀！
这样他才决定辞俸守制的办法。万历八年他在奏疏中说过：
臣又查得前代典礼与本朝律令，凡夺情起复者，皆居官食禄，与见任不殊。故先年大学士杨博、李贤等，皆从服中升官考满，以事同见任故也。今臣乃辞俸守制，皇上原未夺臣之情，臣亦未尝于制中起复，比之诸臣，事体原自不同。（奏疏九《辞考满加恩疏》）
居正辞俸守制，但是神宗没有让他枵腹从公的道理，所以万历五年十月传旨：
元辅张先生，俸薪都辞了。他平素清廉，恐用度不足，著光禄寺每日送酒饭一桌，各该衙门每月送米十石、香油三百斤、茶叶三十斤、盐一百斤、黄白蜡烛一百支、柴二十扛、炭三十包，服满日止。（见奏疏六《谢内府供给疏》）
居正曾和顺天巡抚陈道基谈起当日的心境：
唁贶再临，又辱别谕云云，敢不敬承雅意。但孤暂留在此，实守制以备顾问耳，与夺情起复者不同；故上不食公家之禄，下不通四方交遗，惟赤条条一身，光净净一心，以理国家之务，终顾命之托，而不敢有一毫自利之心；所谓或远或近，或去或不去，归洁其身而已。此孤之微志也。（书牍九《答蓟镇巡抚陈我度言辞俸守制》）
“辞俸守制”是居正发见的名辞，但是一般人目光中，只看到他不奔丧，不守制，怙权贪位。居正曾经谈到“圣贤道理，祖宗法度”，这句话更引起他们底反感。《论语》是一部家喻户晓的书，那一个不曾读过？在宰我提出要把三年之丧更行缩短的时候，孔子生了大气，《论语》里还记着：
宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然后免于父母之怀。夫三年之丧，天下之通丧也。予也，有三年之爱于其父母乎？”
孔子底逻辑，认定小孩在出身以后的三年中，全靠父母底爱护，因此在父母身死以后，应当守制三年，报答父母底恩爱。现在居正照旧入阁办事，还说什么守制，照旧赐酒赐饭，还说什么辞俸？一切只是名辞底簸弄，还谈什么圣贤道理？最可恨的是负着言论责任的御史、给事中，现在不但不曾弹劾，反而陈请慰留，甘心成为权门底鹰犬！一般人正痛恨着。
万历五年十月初五日，天上发见彗星，从西南方直射东北，苍白的色采，象一道几丈长的白虹，从尾星、箕星，越过牵牛，一直扫射到织女星。这真是一个很大的变异。不错，荀子曾经说过：“夫日月之有蚀，风雨之不时，怪星之党见，是无世而不常有之。上明而政平，则是虽并世起，无伤也；上暗而政险，则是虽无一至者，无益也。”（《天论》）但是荀子底话，一般人不一定读过，他们看到的只是这个非常的大变。彗星出见以后，神宗下诏修省。修省是一种反省的工作，皇帝要百官修省，百官当然也可以请皇上修省。第一个上疏的是翰林院编修吴中行，他说：
居正父子异地分睽，音容不接者十有九年，一旦长弃数千里外，陛下不使匍匐星奔，凭棺一恸，必欲其违心抑情，衔哀茹痛于庙堂之上，而责以讦谟远猷，调元熙载，岂情也哉？居正每自言圣贤义理，祖宗法度。宰我欲短丧，子曰：“予也，有三年之爱于其父母乎？”王子请数月之丧，孟子曰，“虽加一日愈于已。”圣贤之训何如也？在律，虽编氓小吏，匿丧有禁，惟武人得墨衰从事，非所以处辅弼也。即云起复有故事，亦未有一日不出国门而速起视事者。祖宗之制何如也？事系万古纲常，四方视听，惟今日无过举，然后后世无遗议，销变之道无逾此者。
中行隆庆五年进士，是居正底门生，上疏以后，进谒老师，连同底稿也递上了。
“这一道奏疏，”居正愕然地问道，“已经奏上了吗？”“没有奏上以前，不敢和老师提起的，”中行说。
中行上疏的第二天，居正另外一个门生，隆庆五年进士，现任翰林院检讨赵用贤上疏：
臣窃怪居正能以君臣之义效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日，臣又窃怪居正之勋望积以数年，而陛下忽败之一旦！莫若如先朝杨溥、李贤故事，听其暂还守制，刻期赴阙，庶父子音容乖睽阻绝于十有九年者，得区区稍伸其痛于临穴凭棺之一痛也。国家设台谏以司法纪，任纠绳，乃今哓哓为辅臣请留，背公议而徇私情，蔑至性而创异论，臣愚窃惧士气之日靡，国事之日淆也。
用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝又联名上疏了。中行、用贤上疏请令居正奔丧归葬，事毕回朝；艾穆、思孝则请令居正回籍守制。他们说：
陛下之留居正也，动曰为社稷故。夫社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安？且事偶一为之者，例也，而万世不易者，先王之制也。今弃先王之制而从近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆颜就例矣，异时国家有大庆贺，大祭祀，为元辅者欲避则害君臣之义，欲出则伤父子之亲，臣不知陛下何以处居正，居正又何以自处也。徐庶以母故辞于昭烈曰，“臣方寸乱矣。”居正独非人子而方寸不乱耶？位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世？臣闻古圣帝明王劝人以孝矣，未闻从而夺之也；为人臣者移孝以事君矣，未闻为所夺也。以礼义廉耻风天下犹恐不足，顾乃夺之，使天下为人子者皆忘三年之爱于其父，常纪坠矣。异时即欲以法度整齐之，何可得耶？陛下诚眷居正，当爱之以德，使奔丧终制以全大节，则纲常植而朝廷正，朝廷正而百官万民莫不一于正，灾变无不可弭矣。
北京御史、给事中请留居正的奏疏来了，南京御史、给事中请留的奏疏来了，南京尚书潘晟也上疏请留了，偏偏居正底门生和刑部两个属官上疏请令奔丧，甚至请令守制。这是为的什么？是反动的势力，还是另外有什么陰谋？居正正在痛恨和愤慨。外边的风声愈来愈紧张了。从严嵩时代起，凡是攻击辅臣的，常得廷杖的处分，高拱时代不是也准备廷杖言官吗？一切都在人们底记忆中。居正在七七以内，本来没有入阁办事，他在出处方面，原有周旋的余地，神宗要留居正，便不能不给居正满意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是满足居正的办法。然而廷杖是怎样一种处分呢？受刑未毕，随即死在廷中的故事，大家也还记得。血腥又荡漾起来。
礼部尚书马自强晋谒居正，居正匍匐在孝帏里面。自强极力为中行等解释，他说这一群少年人，固然是年少气盛，冒昧无知，但是他们只是为的国家，并不是有意攻击首辅；他说皇上盛怒之下，惟有居正上疏，为他们营救，才可免去一场大祸。自强真有些黯然了。
“居丧之中，管不了外面的事，请马尚书原谅罢，”居正匍匐着回答。
翰林院的官员们一齐上疏救援了。侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一桂、田一俊、李长春，修撰习孔教、沈懋学都具名，但是这一次上疏，只是石沈大海，一点影响也没有。眼看吴中行等四个都要受刑了。他们焦急的了不得。新科状元沈懋学想起居正底儿子嗣修，他写信给嗣修，请他和居正说情，一连去了三封信，但是嗣修不敢向居正说。懋学惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡讲学的吗？和他谈一些纲常之道，一定可以生效，因此懋学又去信了。幼滋底答复只是这几句：“若所言，宋人腐语，赵氏所以不竞也。张公不奔丧，与揖让、征诛，并得圣贤中道，竖儒安足知之！”居正最初请求守制，现在简直是有意不奔丧，从被动成为主动，甚至认为圣贤中道。幼滋这一番言论，更引起一般人底不满。
廷杖底执行更加迫切了。翰林院掌院学士王锡爵约齐十几位翰林院同僚，拜访居正。居正托辞不见，眼看又成僵局。锡爵急了，一直奔到孝闱前面，他又向居正疏解了。他为吴中行等辩护，他请居正申救。
“圣怒太严重了，说不得，”居正说。
‘即是圣怒严重，”锡爵侃侃地说，“也是完全为的相公。”
居正伏着叩头道，“大众要我去，偏是皇上不许我走，我有什么办法？只要有一柄刀子，让我把自己杀了吧！”（见王世贞《首辅传》卷七。又《明史纪事本末》卷六十一云，居正屈膝于地，举手索刃，作刎颈状，曰：“尔杀我，尔杀我”。《明史稿·张居正传》云：居正至引刀作自刭状，以胁之。《明史·王锡爵传》言居正径入不顾。今按世贞与锡爵往还甚密，言较可信，其余则传闻之辞也。）
锡爵骇然地退出了。就这样决定吴中行等受杖的命运。十月二十二日行刑。中行、用贤各杖六十，杖毕，拖出长安门，再用门板抬出北京。中行已经气绝，幸亏中书舍人秦柱率领医士把他救活，大腿上的腐肉割下几十块。用贤是一个胖子，总算受得起，但是大腿上割下来的腐肉有手掌大，后来他底妻索性把这块肉风干，留给子孙，作为传家的教训。在他们两人逐出北京的时候，日讲官右庶子许文穆送给中行一只玉杯，上面镌着几行字：
斑斑者何卞生泪，英英者何蔺生气，追追琢琢永成器。
用贤所得的是一只犀角杯，上面也有几行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
艾穆、沈思孝所受的待遇更惨了。廷杖八十以后，手足加了镣梏，收监三日，再得到充军的处分，艾穆遣戍凉州，思孝遣戍神电卫。艾穆、平江人，在湖南、湖北没有分省以前，和居正算是同乡。居正痛切地说：“从前严分宜（严嵩，分宜人）当国的时候，没有同乡对他攻击，如今我比不上严分宜了。”他回想到门生和同乡都向自己攻击，真有些感慨系之。
气量宽宏的大臣，遇到这个局面，用不到愤激，更谈不上廷杖，争是非本来是很平常的，为什么要流血呢？但是明朝的政局，本来不是一个心平气和的局面，居正也不是一位气量宽宏的大臣。他总以为这样便可以压抑当时的舆论，偏偏中行等四人血流满地，气息仅属的形态只激起了一个志士底愤慨。这是万历五年新科进士，观政刑部的邹元标，后来嘉宗天启年间一位有名的大臣。元标看到廷杖以后，随即上疏：
陛下以居正有利社稷耶？居正才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。其设施乖张者：如州县入学，限以十五、六人，有司希指，更损其数，是进贤未广也；诸道决囚，亦有定额，所司惧罚，数必取盈，是断刑太滥也；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通也，黄河泛滥为灾，民有驾蒿为巢，啜水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕：“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言：“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者：不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也’，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之“非常人”哉？
奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道：“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过：“大臣和言官不同：言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了：
朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群奸小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩奸罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党奸怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称：
今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心：但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道：“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
居正底眼泪落下了，他说：“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群奸小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说：“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说：
承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以陰鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：
治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。
万历六年到了，大婚改在二月，筹备的程序，着着进行。正月间司礼监文书官邱得用口传圣旨，奉圣母慈谕；“这大礼，还著元辅一行，以重其事。”又说；“忠孝难以两尽，先生一向青衣角带办事，固是尽孝；但如今吉期已近，先生还宜暂易吉服，在阁办事，以应吉典，出到私宅，任从其便。”大婚便得钦定问名纳采使两人：按当时的资望，正使当然是英国公张溶，副使便是居正。慈圣皇太后赐居正坐蟒、胸背蟒衣各一袭，吩咐自正月十九日起，吉服办事。不料户科给事中李涞上疏，认为居正有服，不宜参加吉礼，请求改命。神宗随即谕示居正：
昨李涞说，大婚礼不宜命先生供事。这厮却不知出自圣母面谕朕说，先生尽忠尽不的孝。重其事，才命上公元辅执事行礼。先生岂敢以臣下私情，违误朝廷大事。先朝夺情起复的，未闻不朝参居官食禄，今先生都辞了，乃这大礼亦不与，可乎？看来今小人包藏祸心的还有，每遇一事，即借言离间。朕今已鉴明了，本要重处他，因时下喜事将近，姑且记着，从容处他。先生只遵圣母慈谕要紧，明日起暂从吉服，勿得因此辄事陈辞。（见奏疏六《请别遣大臣以重大礼疏》）
这是正月十八日的事，经过一度疏辞以后，居正暂从吉服，照常办事。
穆宗逝世以后，慈圣皇太后一向住在乾清宫，对于神宗，尽监护的责任。现在大婚期近，皇太后退居慈宁宫，一面谕示神宗：
说与皇帝知道，尔婚礼将成，我当还本宫，凡尔动静食息，俱不得如前时闻见训教，为此忧思。尔一身为天地神人之主，所系非轻。尔务要万分涵养，节饮食，慎起居，依从老成人谏劝，不可溺爱衽席，任用匪人，以贻我忧。这个便可以祈天永命，虽虞舜大孝，不过如此。尔敬承之，勿违。（见奏疏六《乞遵守慈谕疏》）
同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕：
皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称：
兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊：尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说：
“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
“圣母慈谕的是，’神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说：
卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说：
夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说：
朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调陽、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批：“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调陽病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕：
朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道：
“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说：“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说：‘一日、二日万几，’一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说：“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道：“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱：
相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
四月十六日，张文明下葬，地址在太辉山。会葬的官员有司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘，这两位是钦遣经营葬事的；有礼部主事曹诰，这是谕祭的；还有护送居正回籍的尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书；地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞，抚治郧襄都御史徐学谟及司、道等官。一切都很煊赫，也许这一位不第秀才、荆州府学生可以瞑目罢。
四月眼看过去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三岁的老母，经不起暑天的跋涉，只得请求宽限，准备八、九月间，天气凉爽，扶侍老母，一同赴京。这一来可把神宗急坏了，神宗一面吩咐内阁拟旨，着太监魏朝留待秋凉，伴送张母入京，仍着居正务须于五月下旬，回阁办事，一面另下手谕：
谕元辅张先生：自先生辞行之后，朕心日夜悬念，朝廷大政，俱暂停以待。今葬事既定，即宜遵旨早来，如何又欲宽限？兹特遣锦衣卫堂上官，赍敕催取。敕到，即促装就道，以慰惓惓。先生老母畏热难行，还著太监魏朝将先生父坟未尽事宜，再行经理，便候秋凉，护送先生老母同来。先生宜思皇考付托之重，圣母与朕眷倚之切，早来辅佐，以成太平之治，万勿耽延，有孤悬望。先生其钦承之。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还南，整个的政府机构停止下来，神宗吩咐拣重要的公事，送到江陵，其余都待居正入京处理。次辅吕调陽感觉到有些难堪，从前有过伴食中书，自己不成为伴食大学土吗？因此他索性请了病假，难得到内阁办事。例行公事由张四维处办，稍关紧要的公事，都送到江陵，听候居正决定。得、得、得！从北京到江陵的大路上，正有无数的公文，在马背上送来送去。
三月间，辽东又报大捷了，这是所谓“长定堡之捷”，捷报一到北京，神宗高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗底保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。神宗和内阁提起慈圣太后底话：“赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平日加意运筹，卿等同心协赞之所致也。”（见奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）四月十一日，神宗派兵部差官把上谕送到江陵，他还说起：“著兵部马上差人，星夜前去与张先生看，将一应叙录，比前再加优厚。”（同上）同时吕调
陽等四位大学士底信也来了，内阁底题稿，辽东底捷报，都送给居正看。这一次真是一个惊天动地的大捷，怪不得神宗高兴。事情是这样的。鞑靼的武土们，大致是七、八百人罢，带了牛羊向辽东边界象风暴一样地冲过来。他们口口声声说是投降。谁相信！鞑靼底诡计多得很，这一定是诈降。辽东副总兵陶成喾看定以后，一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去。这一次的鞑靼真无用，象割草，象切菜，杀、杀、杀！一共杀去四百七十几个鞑靼，陶副总兵底刀柄溅满了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少数的敌人，哭丧着脸，狼狈地抱头鼠窜，这才点验人头，三百，四百，斜斜的鞑靼眼，半睁半闭地在血泊里瞧着长定堡底青天。最奇怪的是自己底部下一些损伤也没有！自古以来，有过这样的胜仗吗？这才把陶副总兵乐得忘去了杀人底疲倦。经过几次申报以后，现在这些公文完全在江陵张府底案上。
居正沈吟了，皇上已经告谢天地祖宗，还有什么说的！他上疏说：“窃照辽东一镇，岁苦虏患，迩赖圣明加意鼓舞，屡奏肤功。乃今以裨将偏师，出边遏剿，斩馘至四百七十余级，而我军并无损失，功为尤奇。况当嘉礼美成之会，两月之间，捷报踵至，而今次所获，比前更多，此诚昊穹纯祐，宗社垂庥，我皇上圣武之所致也。”（奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）皇上要他从优叙录，他只有从优拟议。陶成喾升官，辽东总兵李成梁升前世袭指挥佥事。蓟辽总督梁梦龙，辽东巡抚周咏升级，兵部尚书方逢时，和左、右侍郎也加俸加级，连带内阁大学士吕调陽、张四维特加武荫，马自强、申时行特加文荫，其余照例升赏的大小官员，尚不在内。四百七十几位鞑靼武士啊，你们不是枉死的了，你们那半开半闭的眼睛，会从血泊里看到别人得了这么多的赏赐！
但是这一次的胜仗，未免胜得太容易，太离奇了，居正总有些不放心。他一面函嘱蓟辽督、抚查究，一面函询兵部尚书方逢时。他给逢时说起：
辽左之功，信为奇特，伏奉圣谕俯询，谨具奏如别揭。但细观塘报，前项虏人有得罪土蛮，欲过河东住牧等语，虽其言未可尽信：然据报彼既拥七、八百骑，诈谋入犯，必有准备；我偏师一出，即望风奔溃，骈首就戮，曾未见有抗螳臂以当车辙者，其所获牛、羊等项，殆类住牧家当，与入犯形势不同。此中情势，大有可疑。或实投奔之虏，边将疑其有诈，不加详审，遂从而歼之耳。今奉圣谕特奖，势固难已，但功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也。（书牍十《答本兵方金湖言边功宜详核》）
居正在奏疏里留着一句：“虽其中有投降一节，臣未见该镇核勘详悉。”这是一个活着。明朝是监察权高于一切的时代，辽东有巡按御史，未经核勘以前，其实算不得定局。辽东巡按安御史一经查实，随即函告居正，这才明白真相。鞑靼七、八百名武士是真的，他们因为得罪土蛮，所以携带牛、羊，拚命东奔，准备向朝廷投降，却想不到遇着一位杀人不眨眼的陶副总兵，给他们一个死不瞑目。但是怎么办呢？天地祖宗都谢过了，恩赏一直荫到大学士底子、孙，难道都要推翻。居正还准备息事宁人，但是口口声声，抱怨吕调陽等底糊涂。他和蓟辽督抚说起：
向者南归，奉圣谕辽东大捷，命孤拟议恩赏，比时心窃疑之，曾以请教，随具一密疏入告，及孤入朝，则业已处分矣。近得安道长（即巡按御史）一书，据其所访，则与小疏一一符合，何当事诸公之不审处，一至于此也！今大赉已行，固难追论，但赏罚劝惩所系，乖谬如此，殊为可恨。谨录疏稿及安君书奉览，幸惟秘存。（书牍十《答边镇督、抚》）
这是万历六年居正还朝以后的事。不久，给事中光懋上奏，指实陶成喾杀降要功，请求治罪，并请将大学士，兵部尚书、侍郎及蓟辽总督、辽东巡抚、总兵恩赏一并剥夺。这真是一个有力的奏疏，事情已经揭开，当然只有彻查。居正立即函致巡按御史，切实说起：
去岁，承示长定事，鄙意以其事已成，可置勿论矣，不意该科又有此疏，已奉旨并勘。今惟当据实分别真伪，以俟宸断，量其虚实大小，以为予夺厚薄。明主悬衡鉴以裁照，决不致有枉抑也。辱示事情，一一领悉。去岁之事，不谷到京，闻人言啧啧，不独执事言之，今虽欲曲隐，而人之耳目，可尽涂乎？近日彼中督、抚书来，又言执事云，见不谷奏对稿中，有投降等语，不敢具核册，须使人密探而后行者。此必执事畏诸人之怨恨而托之不谷以自解也。然执事有纠察之责，为朝廷明功罪，慎赏罚，何嫌何畏，惟当核实，作速勘明，则公谕自昭，人心自定矣。（书牍十《答辽东安巡按》）
经过居正底支持以后，安御史底奏疏来了，一切和光懋底话一样。兵部尚书和蓟辽督、抚还在设法隐饰，但是事情已经隐饰不来了。最后的结果，内阁、兵部、督、抚、总兵底恩赏一齐革除。居正在万历七年曾经说起：“赏、罚明当，乃足劝惩，未有无功幸赏，而可以鼓舞人心者！”又说：“近日辽左虚冒功级，虽督、抚、大将，已降之恩皆追夺。”（书牍十一《答总宪吴近溪》）经过这一番振饬，鞑靼武士们可以瞑目了。
居正这一次的作风，真有些操切，莫说已降之恩一概革夺，似乎不近人情，最初报捷的梁梦龙，题请的方逢时，拟旨的吕调陽等，不感觉难堪吗？这里有的是内阁多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的门生，然而居正顾不得，在为朝廷整饬纲纪的前提下面，居正不顾私人底关系。国家赏罚倒置，还成什么国家，居正在这方面，当然有他底决心。
话又说回来了，在文明葬事既毕以后，居正又匆促地准备入京。从前人说：“身在江湖，心在魏阙”，正是居正这时的心境。御史周友山给他的信上，说他“恋”。居正坦然地答复道；
孤之此行，本属初意，今荷圣慈特允，获遂夙行，所谓求仁而得仁也。他何知焉？兹奉翰示，“恋之一字，纯臣所不辞。今世人臣，名位一极，便各自好自保，以固享用。”至哉斯言，学者于此，能确然自信，服行勿失，便可为天地立心，为生民立命，为万世开太平，非切见该闻所可规也。（书牍十《答宪长周友山》）
“恋”是不肯放弃。在古代的政治术语上，不肯放弃成为一种罪恶，所以骂人久于禄位，说他“恋位”，“恋栈”。在“恋”字底意义，经过这样地转变以后，政治界最高超的人生观，便是那优游不迫，漠不关心的态度。做小官的说是“一官如寄”，做大官的便想“明哲保身”。至于国家的事，倘使有人在那里切实负责，那么，骂他一声“恋位”，背后也可以指手划脚，诅咒“俗吏”；倘使没有人负责，那么，也好，天下事自有天下人负责，风雅的官长们不妨分韵赋诗，何必管这么多的俗务？居正对于“恋”字，直认不讳，正在那里提倡当时政治界的一种新人生观。
在辞别老母和吩咐司礼太监魏朝护送太夫人秋季入京以后，居正又从江陵出发了。从此以后，他再没有看到江陵。三十二人的大轿，在五月二十一日，仍向北京开拔。但是夏天的道路，经过婬雨以后，更不易走，眼看五月底入京的限期无法遵守，居正只得再请宽限道：“臣已于本月二十一日，更服墨缞，星驰就道。伏念臣违远阙庭，已逾两月，今恨不能一蹴即至，仰觐天颜。但臣原籍去京师，几三千里，加以道途霖潦，每至迍邅，哀毁余生，难胜劳顿，今计五月中旬之限，已属稽违，私心惶惶，不逞宁处。除候到京之日，伏藁待谴外，谨先奏知，以仰慰圣母、皇上悬念。尤冀圣慈曲垂矜悯，特宽斧钺，稍假便宜，俾孱弱之躯，获免困仆，裂肝碎首，杀不敢辞。臣无任惶悚陨越之至。”这一奏疏上去，神宗下谕：
览奏，知卿已在途，朕心慰悦。炎天远道，宜慎加调摄，用副眷怀，便从容些行不妨。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还京的行程，因此从容下来。路过襄陽，襄王出城迎接；以后再过南陽，唐王也同样迎接。明朝的故事，臣民遇见藩王，都行君臣之礼，但是现在不同了，只行宾主之礼。从南陽向北，不久便到新郑。居正再去访问高拱，这一次高拱更颓唐了。居正到京以后，还去过一次信：
比过仙里，两奉晤言，殊慰夙昔，但积怀未能尽吐耳。承教二事，谨俱祗领。翁第专精神，厚自持，身外之事，不足萦怀抱也。初抵京，酬应匆匆，未悉鄙悰，统容专致。（书牍十四《答中元高相国四》）
这是他们最后一次的见面了。所说二事，大致是指高拱立嗣，和身后请求恤典的事。高拱底暮年真凄凉，六十几岁的人了，连嗣子还没有确定；身后的恤典，一切还得仰仗自己的政敌。立嗣是高家自己的事，恤典毕竟要由居正维持，在这方面，居正没有忘去多年的交谊。
从新郑北上，渡过黄河，六月十五日未时以后，居正到达北京郊外真空寺，神宗已经派司礼监太监何进在那里赐宴。本来在居正上疏请求宽限以后，皇上固然盼切，内阁、六部、都察院、各寺、六科，连同南京部、院、寺、科，联名请求催促居正还朝。现在果然到了，皇上派员设宴，两宫皇太后也派管事太监赐银八宝，赐金钱、川扇，赐点心、果饼、鲜果、清酒。何进口传圣旨：
若午时分进城，便著张先生在朝房伺候，朕即召见于平台。若未时分进城，著先生径到宅安歇，次日早，免朝召见。（见奏疏七《谢遣官郊迎疏》）
十五日来不及入朝，居正回宅安歇。第二天十六日是早朝的日期，上谕免朝，神宗到文华殿，仍在西室召见居正。
“臣以前者蒙恩准假葬父，”居正叩头道，“事竣，臣母老，未能同行，又蒙圣恩，特留司礼监太监魏朝，候秋凉伴行。臣一门存殁，仰戴天恩，不胜感切。”
“先生此行，忠孝两全了，”神宗说。
“臣一念乌鸟私情，若非圣慈曲体，何由得遂？感恩图报之忱，言不能宣，惟有刻之肺腑而已，”居正说。
神宗安慰居正说，“暑天长路，先生远来辛苦。”
居正叩头谢恩，一面又请求违限之罪。
神宗把请罪的事搁下，只说“朕见先生来，甚喜。两官圣母亦喜。”
“臣违远阙庭，倏忽三月，”居正慨然地说，“然犬马之心，未尝一日不在皇上左右。不图今日重睹天颜，又闻圣母慈躬万福，臣不胜庆忭。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。经过一度停顿以后，神宗又问，“先生沿途，见稼穑何如？”
居正奏明往来道路所经畿辅，河南地方，二麦全收，秋禾茂盛，实丰登之庆。
神宗又问道，“黎民安否？”
“各处抚、按、有司官来见，臣必仰诵皇上奉天保民至意，谆谆告戒，令其加意爱养百姓。凡事务实，勿事虚文。臣见各官兢兢奉法，委与先年不同。以是黎民感德，皆安生乐业，实有太平之象，”居正说。
“今边事何如？”皇上又关心地问道。
“昨在途中见山西及陕西三边督、抚、总兵官，俱有密报，说虏酋俺答西行，为挨落达子所败，损伤甚多，俺答仅以身免。此事虽未知虚实，然以臣策之，虏酋真有取败之道。夫夷、狄相攻，中国之利，此皆皇上威德远播，故边境乂安，四夷宾服。”居正又在下面叩头称贺了。
神宗说，“此先生辅佐之功。”
居正看定这是一件重大的事件，所以愈说愈高兴，连古代那些圣王之道，都说上了，语句中间，也越发文绉绉的。他说：“虏首若果丧败，其运从此当日衰矣。但在我不可幸其败而轻之。盖圣王之制夷狄，惟论顺逆，不论强弱：若其顺也，彼势虽弱，亦必抚之以恩；若其逆也，彼势虽强，亦必震之以武。今后仍望皇上扩并包之量，广复育之仁，戒谕边臣，益加恩义。彼既败于西，将依中国以自固，又恐乘其敝而图之。若我抚之，不改初意，则彼之感德益深，永为藩篱，不敢背叛，此数十年之利也。”
神宗听到这一篇议论，很高兴地点头道，“先生说的是。”停了一下以后，又说，“先生沿途辛苦。今日见后，且在家休息十日了进阁。”
居正叩头称谢，神宗赐银一百两、纻丝六表里、新钞三千贯，还有两只羊、两瓶酒，连带茶饭一桌，烧割一分。神宗又差司礼太监张宏，引导居正到慈庆宫、慈宁宫叩谢两宫皇太后。
居正回内阁办事之先，第一还得办自己底事。在居正葬父的时候，湖广的大官都来会葬，偏偏湖广巡按御史赵应元没有到。应元自称出差已满，正在襄陽和新任巡按郭思极办理交代，所以不能来。理由尽管举得出，但是居正总有一点不舒服。应元巡按事毕，照例当回都察院听候考察。明朝是一个重视监察权的时代，巡按御史当然有巡按御史底本分；但是中期以来，把这个听候考察的故事，视为具文的，不止一人，在逐渐松懈的局面下，这并不是意外。应元告了病假，回籍养病，没有回院。都察院左都御史陈炌是主管官，负有整顿纪纲的责任，立即提出弹劾，认为托病规避，应予罢斥。应元随即受到除名底处分。这是居正还朝以前的事。但是问题来了。据说这一次陈炌提出弹劾，受了佥都御史王篆底指使，王篆是居正底门客，平时和应元不睦，现在更要讨好居正，以致挑逗出这一个局面。于是事情又集中到居正身上。户部员外郎王用汲上疏攻击陈炌，但是主要的对象还是居正。他说：
陛下但见炌论劾应元，以为恣情趋避，罪当罢斥，至其意所从来，陛下何由知之？如昨岁星变考察，将以弭灾也，而所挫抑者，半不附宰臣之人：如翰林习孔教则以邹元标之故；礼部张程则以刘台之故；刑部“浮躁”，独多于他部，则以艾穆、沈思孝而推戈；考后劣转赵志皋，又以吴中行、赵用贤而迁怒。盖能得辅臣之心，则虽屡经论列之潘晟，且得以不次蒙恩；苟失辅臣之心，则虽素负才名之张岳，难免以“不及”论调。臣不意陛下省灾塞咎之举，仅为宰臣酬恩报怨之私；且凡附宰臣者，亦各借以酬其私，可不为太息矣哉！孟子日，“逢君之恶其罪大。”臣则谓逢相之恶，其罪更大也。陛下天纵圣明，从谏勿咈，诸臣熟知其然，争欲碎首批鳞以自见。陛下欲织锦绮，则抚臣、按臣言之；欲采珍异，则部臣、科臣言之；欲取太仓光禄，则台臣、科臣又言之：陛下悉见嘉纳，或遂停止，或不为例。至若辅臣意之所向，不论是否，无敢一言以正其非，且有先意结其欢，望风张其焰者，是臣所谓逢也。今大臣未有不逢相之恶者，炌特其较著者尔。以臣观之，天下无事不私，无人不私，独陛下一人公耳。陛下又不躬自听断，而委政于众所阿奉之大臣，大臣益得成其私而无所顾忌，小臣益苦行私而无所诉告，是驱天下而使之奔走乎私门矣！陛下何不日取庶政而勤习之，内外章奏，躬自省览，先以意可否焉，然后宣付辅臣，俾之商榷，阅习既久，智虑益弘，几微隐伏之间，自无逃于天鉴。夫威福者陛下所当自出，乾纲者陛下所当独揽，寄之于人，不谓之旁落，则谓之倒持；政柄一移，积重难返，此又臣所日夜深虑，不独为应元一事已也。
用汲这次奏疏，完全是对准居正的。在他上疏的时候，居正还没有回朝，内阁诸人，吕调陽在病假中，张四维拟旨，用汲革职为民。居正六月十五日入京，十六日召见，事后会见张四维、马自强、申时行，知道事情原委，这才调出用汲原疏细看。不看犹可，看了增加不少的愤慨。居正随即上疏请求鉴别忠邪。他指明用汲微意所在，只在居正一人；他说用汲底本心，只在离间君臣；他甚至说用汲请皇上独揽乾纲，只是要皇上为刚愎自用之秦始皇，谗害忠良之隋文帝。然后他慨然地说起：
夫国之安危，在于所任，今但当论辅臣之贤不贤耳。使以臣为不肖耶，则当亟赐罢黜，别求贤者而任之。如以臣为贤也，皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶？先帝临终，亲执臣手，以皇上见托，今日之事，臣不以天下自任而谁任耶？羁旅微贱之臣，一旦处百僚之上，据鼎铉之任，若不得明主亲信委用，又何以能肩知负重，而得有所展布耶？况今各衙门章奏，无一不经圣览而后发票，及臣等票拟上进，亦无一不请圣裁而后发行，间有特出宸断，出于臣等智虑所不及者：今谓皇上漫不经意，一切委之于臣，何其敢于厚诬皇上耶？臣自受事以来，排赤心以尽忠帝室者，神明知之矣。赖我皇上神圣，臣得以少佐下风，数年之间，纪纲振举，百司奉职，海内之治，庶几小康，此市人田夫，所共歌颂而欣庆者也。今乃曰，“人人尽私，事事尽私，”又何颠倒是非一至此耶？然用汲之言如此也，而意不在此也，其言出于用汲也，而谋不止于用汲也。缘臣赋性愚戆，不能委曲徇人，凡所措画，惟施一概之平；法所当加，亲故不宥，才有可用，疏远不遗；又务综核名实，搜剔隐奸，推炌善良，摧抑浮竞；以是大不便于小人，而倾危躁进之士，游谈失志之徒，又从而鼓煽其间，相与怂恿撺嗾，冒险钓奇，以觊幸于后日，为攫取富贵之计，蓄意积虑，有间辄发；故向者刘台为专擅之论，今者用汲造阿附之言。夫专擅阿附者，人主之所深疑也，日浸月润，铄金销骨，小则使臣冒大嫌而不自安，大则使臣中奇祸而不自保。明主左右，既无亲信重臣，孤立于上，然后呼朋引类，借势乘权，恣其所欲为，纷更变乱，不至于倾复国家不已。此孔子所以恶利口，大舜所以疾谗说也。臣日夜念之，忧心悄悄，故敢不避烦凟，一控于圣明之前，遂以明告于天下之人：臣是顾命大臣，义当以死报国，虽赴蹈汤火，皆所不避，况于毁誉得丧之间！皇上不用臣则已，必欲用臣，臣必不能枉己以徇人；必不能违道以干誉；台省纪纲，必欲振肃；朝廷法令，必欲奉行；奸充之人，必不敢姑息，以挠三尺之公；险躁之士，必不敢引进，以坏国家之事；如有捏造浮言，欲以荧惑上听，紊乱朝政者，必举祖宗之法，请于皇上，而明正其罪。此臣之所以报先帝而忠皇上之职分也。尤望皇上大奋乾断，益普离明，大臣之中，有执法奉公如陈炌者，悉与主持裁断，俾得以各守其职业而无所畏忌，则国是不移而治安永保矣。臣诚不胜怀忠奋义，愤发激切之至。（奏疏八《乞鉴别忠邪以定国是疏》）
奏疏上去以后，奉上谕：
朕践祚之初，方在冲幼，赖卿受遗先帝，尽忠辅佐，以至于今，纪纲振肃，中外乂宁，此实宗社之灵，所共昭鉴。惟是奸邪小人，不得遂其徇私自便之计，假公伺隙，肆为谗谮者，累累有之。览奏，忠义奋激，朕心深切感动。今后如再有讹言侜张，挠乱国是的，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始终辅朕，仅臻于盛治，用副虚己倚毗至怀。（同上）
居正这次上疏，是一篇独裁者政治立场的宣言。居正有综核名实，整顿纲纪的决心；同样也有修明庶政，安定内外的能力：然而居正采取的政治路线，在当时不是平常的政治路线。他曾经希望穆宗实行独裁政治，现在付诸实行，独裁者便是他自己。居正底路线，实际是从一般的君主政治走向独裁政治，但是对于这一点，居正自己没有意识到。他只觉得这是“报先帝而忠皇上之职分”。其实他那种“皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶”的口吻，从神宗听来，未必怎样悦耳。当然，十六岁的皇帝，谈不到和居正争权，但是事态正在逐日地演变，神宗也正在逐日地长大。独裁者和君主底对立，成为必不可免的结果。假使万历十年，居正不死，我们很难推测他底前途，而居正一死，神宗立即成为他底最大的敌人，从政治关系看，正是最易理解的现象。这一切，在万历初年，神宗、居正都没有看到；而刘台、王用汲这一流人只觉得居正太专擅了，希望神宗给他一些应有的制裁。
九月间，居正母赵夫人入京。司礼太监魏朝一直伴送到京，神宗又命司礼太监李佑出郊慰劳，随即护送赵夫人直至居正私宅。两宫皇太后都派宫中管事太监一同慰劳。不久以后，皇上和太后底赏赐颁下了。皇上赐金累丝镶嵌青红宝石长春花头面一副，银八宝豆叶一百两、红纻丝蟒衣一匹、青纻丝蟒衣一匹、红罗蟒衣一匹、青罗蟒衣一匹、里绢四匹、甜食二盒。仁圣皇太后赐金累丝首饰一副、织金闪色纻丝六表里、荤素盒八副。慈圣皇太后赐金累丝镶嵌青红宝石珍珠花头面一副、珍珠宝石环一双、红罗蟒衣一匹、青公丝蟒衣一匹、红绸蟒衣袄儿、绿膝襕裙一套、青纻丝蟒衣袄儿、绿纻丝暗花裙一套、银八宝豆叶三包、每包二十两、荤素盒八副。居正感激涕零，在上疏称谢的时候，说起：
惊传闾巷，荣感簪绅，实臣子不敢觊之殊恩，亦载籍所未闻之盛事。欲酬高厚，惟当移孝以作忠，苟利国家，敢惜捐躯而碎首。（奏疏八《谢赐母首饰等物疏》）
赵夫人年龄太高了，而且疾病连绵，没有入宫叩谢，仍由居正至会极门叩头代谢。（见奏疏八《谢两宫圣母疏》及《文忠公行实》）王世贞说神宗和皇太后慰谕居正母子，几用家人礼，假如赵夫人入宫，这是很可能的待遇。
居正底感激，在书续中常时流露。五年十月，他和致仕的王崇古说起：
别来一岁中，奔命驱驰，忧瘁万状，重蒙圣主垂念乌鸟私情。老母入京，又荷两宫圣母慰问勤惓，赐赉优渥，夫士感知己之分，一饭之恩，犹欲以死酬报，况如不肖者，将何以仰答圣恩于万一乎？自是当永肩一心，矢死靡他，虽举世非我，亦有所不暇顾矣。（书牍十《答王鉴川》）
在居正归葬、入京的中间，曾经两次和高拱会晤。到十月间，高拱死了。隆庆六年和万历之初，政治界的三大人物是徐阶、高拱和张居正。徐阶是前辈，隆庆元年，年六十四岁，他已经开始感觉到政治生活的厌倦，所以不久便致仕了，剩下高拱、居正。他们是多年的朋友，六年的政敌。在能力方面，他们正是敌手，在性情方面，他们也许有一些不相同，但是这仅是很几微的一点，在大体上，他们是一致的。这样的两个人物，倘使在同一的局面里，他们必然会从摩擦而冲突；但是在不同的局面里，他们也许会从了解而倾慕。隆庆六年六月以后，高拱失败了，他好比一匹负伤的猛兽，回到草莽间呻吟，他那部《病榻遗言》，对于居正加以攻击，原在意中。但是居正对于高拱的情感，从隆庆六年到万历六年，正在不断地移转，道过新郑的访问，流露出内心的好感，在他目中只看到一位二十年的旧交。现在高拱死了，居正写信给他底弟弟，谈到恤典的事：
三十年生死之交，一旦遂成永隔，刺心裂肝，痛何可言？犹幸比者天假其便，再奉晤言，使孤契阔之悰，得以少布，而令兄翁亦遂长逝而无憾也。今嗣继既定，吾契且忍痛抑哀，料理家事，至于恤典诸事，须稍从容，俟孤于内廷多方调处，俾上意解释，孤乃具疏以请。旦夕有便，当告之贵省抚、按，托其具奏报也。（书牍十四《答参军高梅庵》）
高拱底嗣子务观确定了，恤典还没有把握。居正是高拱底政敌，但是居正始终没有仇视高拱。仇视高拱的冯保，也还有转圆底余地：最困难的是这一位“十岁孩子”。居正所谓“多方调处”者指此。最后决定由高拱妻张夫人上疏请求恤典，果然神宗拒绝了。
居正这才委婉上疏；
看得高拱赋性愚戇，举动周章，事每任情，果于自用，虽不敢蹈欺主之大恶，然实未有事君之小心，以此误犯天威，死有余戮。但伊昔侍先帝于潜邸，九年有余，犬马微劳，似足以少赎罪戾之万一。皇上永言孝思，凡先帝簪履之遗，犹不忍弃，况系旧臣，必垂轸念；且当其生前，既已宽斧钺之诛，今值殁后，岂复念宿昔之恶？其妻冒昧陈乞，实亦知皇仁天复，圣度海涵，故敢以匹妇不获之微情，仰干鸿造也。……夫保全旧臣，恩礼不替者，国家之盛典也，山藏川纳，记功忘过者，明主之深仁也：故臣等不揣冒昧，妄为代请，不独欲俯存阁臣之体，实冀以仰成圣德，覃布鸿施，又以愧死者，劝生者，使天下之为臣子者，皆知竭忠尽力，以共戴尧舜之君也。（奏疏八《为故大学士高拱乞恩疏》）
神宗批道：“高拱负先帝委托，藐朕冲年，罪在不宥。卿等既说他曾侍先帝潜邸讲读，朕推念旧恩，姑准复原职，给与祭葬。”（见前疏）这一次所得的葬，只是“半葬”；在祭文里面，还带着不少的贬词。（《明纪》卷四十）居正和高梅庵说起：“元翁恤典，甚费心力，仅乃得之，然赠谥尚未敢渎请，俟再图之。遇此一番应得之例，续请根基，定于此矣。”（书牍十《答参军高梅庵》）半葬是由国库担任葬费底一半，居正特为函嘱河南巡抚周鉴从速发出。（书牍十《答河南周巡抚》）等到葬事有了头绪，梅庵又请居正为高拱作传，作墓志铭。居正说：“仆与元老交深，平生行履，知之甚真，固愿为之创传以垂来世。墓铭一事，虽委微命，亦所不辞，谨操笔以俟。”（书牍十《答参军高梅庵》）这几句话，透出居正对于高拱的情感。