德宗光绪元年，春三月，命大学士陕甘总督左宗棠督办新疆军务。初，同治元年六月，陕西回民滋事，围攻省城，并扰同州、蒲城。命皖豫督师胜保移军往讨。十月，胜保覆军，逮京赐自尽，以别州将军多隆阿代之。至二年二月，甘肃回民攻陷固原、平凉、宁夏、灵州。五月，西宁花寺回民勾结撒纳番人〈（即抱䍐羌人）〉，攻扑丹噶尔城，戎、循一带骚然。及多隆河提兵入陕，驱剿陕回几尽，将移讨甘回，以盩厔未破，亲督军攻下之。多隆阿受伤旋卒西安将军都兴阿继起视师副以提督雷正绾五月正绾会提督陶茂林军攻克平凉滇回蓝二顺袭犯西安省城副都统穆图善会同巡抚刘蓉等扑灭之时浩罕为俄罗斯所灭其别部胖色提（译言营官阿古柏收馀众保安集延适布鲁特酋思的克等滋扰新疆喀什噶尔南路回民金相印迎阿古柏出山攻陷喀城据之次第侵夺南八城阿古柏遂自称帕夏译言王也）提督业布冲额率师讨之败绩六月溃兵归至乌鲁木齐参将索焕章胁之反据汉城推陕回阿浑（译言师长妥得璘为主称淸真王焕章手刃提督进围满城陷之都统平瑞阖门死哈密吐鲁番呼图壁库尔喀喇乌苏相继失陷事闻褫常淸职授明绪伊犁将军以保恒署乌鲁木齐都统命穆图善率师出关四年五月肃州回民占据嘉峪关并陷州城五年正月安集延攻陷伊犁九城塔尔巴哈台回民复起找参赞锡霖武隆阿等据城守命西安将军库克吉奉督师新疆北路塔尔巴哈台参赞德兴阿副之八月罢总督杨岳斌以宗棠代之并督陕甘军时西捻数万扰秦中陕回甘回数十起众至百万横行腹地两省几无完土宗棠上议进兵陕西必先清关外进兵甘肃必先清陕西驻兵兰州必先清各路然后饷路常通师行无梗又定计先捻后回及七年西捻既平宗棠七月入觐询西陲帅期对以五年奏绩十月还西安定三路平回之策令提督刘松山由绥德取花马池直捣金积堡老巢为北路道员周开锡由秦趋巩讨巩昌河狄之回为南路而自与署抚刘典督诸军尽驱陕回入甘为中路遂破回巢数百十二月松山收抚镇靖堡至靖边县土匪董福祥之父世有乞降旋福祥亦降
八年二月雷正绾会道员黄鼎攻拔董志原老巢四月陕西平进兵甘肃诸路迭战皆捷八月松山克灵州
九年正月攻金积堡之马五寨松山阵亡宗棠以其兄子锦棠代统其军东自吴忠至灵州堡寨四百五十馀西自洪乐至峡口堡寨百二十馀尽平十一月克金积堡擒马五马条于是回酋马化龙自投乞抚宗棠命并其父耀邦磔之
十年三月署将军金顺提督张曜平宁夏
十一年二月收河州三月循化撒纳番人归诚十一月锦棠克西宁大通俘马寿
十二年九月宗棠督提督徐占彪等军攻克肃州磔悍酋马文禄等关内肃淸惟白彦虎𨓜出关外捷闻擢宗棠大学士仍留总督任而以乌鲁木齐都统景廉督军新疆金顺副之至是召景廉来京命宗棠代之仍副以金顺旋任金顺为乌鲁木齐都统
二年春正月因出关饷需紧迫允左宗棠借洋款一千万两先是以东南海防为急有议弃关外地者宗棠力持不可然军食奇绌各省协饷不继前后至借洋商民商一千数百万两随时以协款抽偿经营一载士饱马腾诸军遂次第出关 秋七月三品卿衔西宁道刘锦棠收复乌鲁木齐新疆北路略定督师左宗棠驻军肃州今诸军抵安西后分道递进汉中镇谭上连为前锋宁夏镇谭拔萃继之陕安镇余虎恩又继之皆听锦棠节度四月锦棠出嘉峪关闰五月次巴里坤进驻古城时回酋马人得据乌鲁木齐白彦虎据红庙子土回马明据古牧地锦棠以阜康当敌冲距古牧才百里宜先据之乃轻骑赴济木萨约金顺移屯阜康城自屯城东之九营街增调徐占彪接防巴里坤张曜军助屯哈密以厚哈吐之防彦虎闻之自红庙移据古牧安集延遣𦆑回助之六月锦棠围古牧阿古柏遣将阿托爱率骑来援锦棠令余虎恩马队击败之遣步军分攻山垒南关皆下阿托爱弃马遁锦棠后以开花礟攻城克之守兵六千殱焉趋抵乌垣城东安集延土回𦆑头皆宵逸遂收复乌鲁木齐迪化州及其王城王城妥得璘据乌鲁时所筑也锦棠遣诸将分追至盐池阻戈壁而返于是昌吉呼图壁玛纳斯北城守兵皆遁阿古柏所遣援兵五千至达坂闻败不敢进新疆北路皆平惟玛纳斯南城未下 九月金顺等攻克玛纳斯南城北路既清宗棠檄金顺攻玛纳斯南城久不下咨湘军助剿时锦棠驻军乌桓遣道员罗长佑与总兵谭拔萃黄万鹏董福祥等十一营赴之至是会攻玛纳斯南城克之掘妥得璘尸戮之俘其元帅海玉马受马有才等并其悍党殱焉
三年春三月刘锦棠张曜等攻克达坂吐鲁番托克逊三城先是阿古柏据托克逊筑三城自卫托克逊者噶孙营也北守达坂拒锦棠乌垣南守吐鲁番拒张曜哈密白彦虎于小虎据南山小东沟锦棠趋小东沟彦虎等先期走金口峡锦棠复追及之彦虎小虎并入托克逊玛纳斯南城既克自后大雪封山诸军不能逾岭而南阿古柏等乘暇移达坂新城两山闲以大通哈（译言大总管）爱伊德尔呼里守之吐鲁番故有满汉两城阿古柏次子海古拉又日役万夫造王府规模雄阔上年冬阿古柏令彦虎与马人得守吐鲁番海古拉守托克逊爱伊德尔呼里守达坂自居喀喇沙尔为中权策应至是冰解锦棠自乌垣攻达坂张曜自哈密西进先遣提督孙金彪与徐占彪会师盐池趋吐鲁番锦棠抵达坂城内引湖水卫城泥深及马腹提督余虎恩陶生林副将夏辛酉等马队掠过深淖列城左山冈提督谭上达谭和义戴宏胜等马队列城复山阿降将总兵崔伟等马队承其弥缝敌人方卧未觉也天明雾收城中望见大惊发西洋枪礟下击自卯至午不绝围师少伤亡屹立不为动锦棠策马周览城濠坐骑中枪踣易马而前令各营筑垒掘濠以困之复傍城东筑礟台敌骑番进赴援皆败总兵侯名贵舁开花礟三寘礟台连环轰击城中人马碎裂群夺门走诸军遮之不得出锦棠使人呼曰缚异装者有赏于是大小头目自爱伊德尔呼里以下肝色提六人玉子巴什（译言哨官）六人及管理执事什长之类悉致麾下无一脱者遂克达坂城进驻白杨河闻嵩武军（张曜所部）已至吐鲁番遣罗长佑往会战彦虎遁去人得诣嵩武军降遂收复吐鲁番满汉两城锦棠急驰百里抵托克逊海古拉亦先遁𦆑回二万馀皆降锦棠遂入城于是托克逊三城皆下 夏四月阿古柏自杀自吐鲁番告克南八城门户洞开阿古柏在库尔勒日夜忧泣不知所为白彦虎益掠人畜焚村堡胁𦆑回同奔𦆑回皆怨阿古柏又遇𦆑回虐达坂释归之众数千强半为阿古柏所戮馀悉禁锢之怨毒中人深人人思报复之阿古柏知人心已去遂饮药死海古拉淹其尸水中三日始出裹香牛皮舁之西行将达库车伯克胡里使使截之半途杀海古拉安集延所呼小帕夏也阿古柏据托克逊后群下尊为毕调勒特汗有子四人长哎哥即伯克胡里充库车伯克非所爱次哎都噜股鲁即海古拉有宠于阿古柏欲立之次引上胡里充阿克苏伯克次迈底胡里充吐鲁番伯克海古拉既死伯克胡里保南境而王其下称新帕夏库尔勒诸回推彦虎为守彦虎驻开都河西岸觊入俄罗斯 秋九月刘锦棠复新疆南路东四城是年七月锦棠先遣提督汤仁和等自托克逊进兵总兵董福祥张俊等自阿哈布拉沿途置哨垒张春发继之自由闲道趋进期会师曲惠八月诸军集曲惠提督余虎恩出库尔勒之背锦棠趋开都河彦虎壅河水溢百馀里以遏之锦棠率马步绕淖行碱地纡折达开都河东彦虎先期走库车遂于是月朔收复喀喇沙尔城虎恩收复库尔勒城锦棠蹑敌至库车彦虎遁遂复库车九月至拜城回目买卖提托呼达等出降锦棠留总兵方友升镇抚而自履冰夜行趋铜厂与敌遌敌列阵河岸拒战锦棠亲鼓之敌骑皆靡积尸塞河水为之不流复促所部乱流而渡至上铜厂敌分两路迎拒锦棠亦张两翼击之副将夏辛酉总兵张宗本提督谭愼典以马队冲其右提督席大成戴宏胜贺长发以步队继之提督黄万鹏总兵崔伟毕大才副将禹益长禹中海李金良游击马殿林以马队冲其左总兵张俊胡登花以步队继之而自率马队亲兵居中调度及战马步并力夹击敌两路皆溃擒斩无算遂引军西渡戈壁驰薄阿克苏守城回目率回民十馀万迎降遂复阿克苏既侦知安集延各酋走叶尔羌彦虎走乌什诸军趋乌什攻克之遂复乌什彦虎遁黑利黑斯（厄鲁特种）追至阿他伯什阻戈壁而返是役一月中军行三千馀里下南疆东四城兵威大震远人慑服 冬十一月三品京卿刘锦棠克复南路西四城南路东四城既复阿古柏长子新帕夏伯克胡里据喀什噶尔犹保西三城而和阗伯克呢牙斯图反正乘𨻶围叶尔羌伯克胡里引兵击败之遂据和阗而喀什噶尔满汉兵弁守城者使使迓锦棠军安酋阿里达什保回城以攻汉城约白彦虎来助伯克胡里乃弃和阗走英吉沙尔并入回城是月锦棠分三路进军余虎恩督黄万鹏及总兵桂锡桢等军逼喀城伯克胡里阿里达什及彦虎分路遁入俄罗斯遂克喀城斩其元帅王元林副元帅白彦龙生擒陕回于小虎及其元帅马元旋锦棠收复叶兰羌英吉沙尔董福祥亦复和阗于是南疆西四城皆下俘故帕夏阿古柏妻妾及其子引上胡里迈底胡里并两少子二女三孙诛之于小虎马元及迎阿古柏入喀之金相印父子磔于巿诛悍党千百六十人新疆悉平是役不及一月连复四城廓淸二千数百里捷闻晋宗棠二等侯锦棠二等男其馀诸将给奖有差
四年冬十月通政使刘锦棠大破安集延布鲁特于玉都巴什安酋阿里达什自俄境纠布酋阿布都勒哈玛出奈曼谋袭喀什噶尔锦棠亲击于玉都巴什大破之奈曼回目库弥什设伏杀阿里达什以献阿布都勒哈玛走投俄属那来地方
五年春正月刘锦棠大破布鲁特安集延于乌帕尔阿布都勒哈玛入俄后复紏居留俄境之安酋爱克木汗条勒及阿希木汗条勒哎买提和卓（二人兄弟为张格尔弟玉素普之孙）于上年十二月再谋内犯尽胁希布察克各回部称为阿古柏复仇是月已至乌帕尔近边锦棠闻警定四面兜剿之策遣方友升进乌帕尔谭愼典进玉都巴什张俊胡登花石蕴玉进乌鲁阿提董福祥张宗本督同总兵田九福夏辛酉进无胡素鲁克而自率罗长佑等向博斯塘特勒克遄进径捣敌巢比至敌大队已趋乌帕尔袭营提督段柏溪张复良李云照参将刘必胜外委何俊分三路抄击大破之敌军折回博斯塘特勒克锦棠督军迎击谷口汤彦和张春发等设伏谷中及战长佑将中友升将左杨金龙将右分三路冲入敌阵敌败不支分为二股一冲谷口冀归巢伏起大股尽殱一由谷外西走长佑等追至卡拉阿尔提爱克木汗条勒阿布都勒哈玛已出黑子里达坂还阿来俄境矣其在乌鲁陌提等处者为诸军擒斩净尽综计是役阵斩阿希木汗条勒哎买提和卓回酋买卖提及斯拉木三人又安兵七百有奇布兵千四百有奇擒斩胖色提十有七玉子巴什六十有奇生俘及夺获犹无数捷奏入京颁赐锦棠上方诸珍物馀优奖有差 夏五月命侍郎崇厚出使俄罗斯与议收还伊犁事初俄人乘中国有事先后诱胁哈萨克布鲁特种人归附又攻夺浩罕三部而浩罕属安集延亦随风而靡至同治十年五月俄人借口于伊犁回变时俄商被害者众使其将军科哈夫士克以兵据伊犁及光绪三年中国收复吐鲁番拟进兵南路时侍郎郭嵩焘出使英吉利英人恐安集延为俄人所并或为中国所灭皆将不利于英其驻华使臣威妥玛因为安集延缓颊以扶持保护立国为辞事下左宗棠宗棠上疏为揭破其隐谓安集延非无立足之所何待英人别为立国即欲别为立国则割英地与之或即割印度与之可也何乃索我腴地以示恩且言英人阴图为印度增一屏障公然强我于回疆撤一屏障此何可许我愈示弱彼愈逞强势将伊于胡底臣奉职边方惟有勉及驽钝不顾目前成败利钝图之现在南路之师拟于八月中旬九月初旬分起进发前闻英人遣使安集延臣已驰告刘锦棠张曜善为接待如论及回事则以我奉命讨侵占疆土之贼以复我旧土地他非所闻如欲议论别事请向肃州大营彼如来营臣自有以折之诏如所奏行迨东四城告克时议以伊犁久为俄据恐难遽复诏宗棠统筹全局宗棠覆奏略称重新疆所以保蒙古保蒙古所以卫京师若新疆不固则蒙古不安匪特陕甘山西各边时虞侵轶防不胜防即直北关山亦将无妄眭之日况俄人拓境日广由西而东万馀里与我北境相连仅中段有蒙古为之遮阂徙薪宜远曲突宜先尤不可不预为网缪又言英人为安集延说者虑俄之蚕食其地于英有所不利俄方争土耳其与英相持我收复旧疆兵以义动设有意外争辩在我仗义执言亦决无所挠屈疏末复力言地不可弃兵不可停非速复腴疆无从着手遂进规西四城并克之宗棠欲更收伊犁而俄人以代收代守之名为种种要索至是朝命崇厚赴俄与议条约 冬十二月撤崇厚归国革职逮京下之狱先是崇厚奉使至俄与俄人布策订立新约十八条一俄愿将伊犁交还中国二中国收还伊犁后愿明降谕旨赦宥伊犁民人前罪三凡伊犁民人迁入俄界者俄国待之如己民四俄国民人旧日在伊犁所得之家产仍归其有五伊犁作何归还应由中国谕左宗棠等俄国谕考甫曼等互商六俄既归还伊犁中国愿给俄国银五百万卢布从立约后一年内陆续淸付七伊犁既还中国当以可西河之西及丽山之南之地以至于底克斯河尽让与俄八相议将大城交界稍为更改九交界既由二国官员勘定后应立界竿以昭信守十除喀什噶尔及库伦两地已照先立和约俄国立有领事外今议定在嘉峪关科布多哈密吐鲁番乌鲁木齐库车各地各再设立领事十一领事与中国地方官有互商事件其文移悉用平行华官待领事以客礼十二凡蒙古天山南路天山北路等俄啇货物往来俱不必付税十三凡所议设有领事官之地方并立一通商局并在张家口一律设立十四凡俄商贩运货物至张家口嘉峪关天津汉口等处者可遇同州府西安府汉中府各路其将中国货物运入俄国亦由此路行走十五此约自从两国御允后五年内不必更改十六俄商已愿另立低茶之税此事当由中国总理衙门核定十七按照先立之约凡有民人牛只奔逸过界总由地方官出力寻还若实在无踪亦不必由地方官赔偿十八此约既立经俄皇签名后一年内由中国皇上盖用御宝送至俄京至是咨送回国朝野骇然修撰王仁堪庶吉士盛昱洗马张之洞交章论劾佥谓此举偿俄人兵费银二百八十万两割伊犁西界数百里与俄又割南界数百里跨天山以隔南八城并开口岸多处其他损失权利者尤多在俄人索之可谓至贪至横而崇厚许之可谓至谬至愚于是撤崇厚回国褫职逮治而令廷臣疆吏会议万全之策崇厚旋定为斩监候
六年春正月命一等毅勇侯太仆寺少卿曾纪泽出使俄罗斯商改收回伊犁条约崇厚与俄所议条约既经中外大小臣工会议诸多窒碍难行诏纪泽自英赴俄将收还伊犁条约再行商改 秋七月召左宗棠来京以刘锦棠督办新疆军务张曜帮办军务杨昌浚护理陕甘总督先是以崇厚与俄所议伊犁条约中多所不便诏下宗棠议宗棠疏陈当先之以议论委婉而用机次决之以战降坚忍而求胜拜折后宗棠即分兵进取伊犁奏以精河一带为东路伊犁将军金顺主之自阿克苏沿特克斯河为中路广东提督张曜主之自乌什经布鲁特为西路帮办军务刘锦棠主之复分遣谭上连军屯喀什噶尔谭拔萃军屯阿克苏陶鼎金王福田等军屯哈宻为后路声援四月宗棠发肃州舁榇以行五月抵哈密俄人亦增兵守伊犁纳林河别以兵舰翔海上冀震撼京师于是天津奉天山东皆警乃召宗棠入京备顾问以锦棠代督军张曜副之昌浚权总督 命曾国荃督办山海关防务时闻俄人将于八九月闲调拨兵船来华封闭辽海以为挟制之信故有是命并命鲍超幕勇驻扎天津山海关两处适中之地 命释崇厚于狱因曾纪泽奏近闻外闲议论以中国将崇厚问罪有关俄人颜面恐因误会而起嫌疑未免有妨睦谊云云谕令即行开释
七年春正月曾纪泽与俄人定约于圣彼得堡纪泽抵俄与其外部大臣格尔斯及前驻华公使布箂啇订条约二十款专条一又陆路通商章程十七款卡伦单一成计改前约者七端一归还伊犁南境二喀什噶尔界务不据崇厚所定之界三塔尔巴哈台界务照崇厚明谊（同治三年事）所定两界之闲酌中勘定四嘉峪关通商仿照天津办理西安汉中两路及汉口字样均删去五松花江行船至伯都讷专条废去六添设领事仅于吐鲁番添设一员馀俟啇务兴旺时再议添设七天山南北路贸易纳税事改均不纳税为暂不纳税此外添偿卢布四百万圆奏入奉旨允准收还伊犁事遂结时中外交称纪泽之能而纪泽深自谦抑奏称此次俄人轻弃已得之权利全由俄土战后财殚力竭其君臣雅不欲再启衅端故得从容商改和平了结若议者以为俄强大之国尚不难遣一介之使取已成之约而更改之执此以例其馀则中外交涉更无难了之事斯言一出将来必有承其弊者