穆宗同治九年，夏五月，天津人民殴毙法国领事，焚毁教堂。命曾国藩驰往查办。基督教自唐建中二年始入中国，所谓大秦景者也。及元至元二十七年，罗马教徒若望·高未诺来使于元，得元廷许可，布教北京，建礼堂。迨明正德十二年，日耳曼人路得创立新教，曰‘耶稣教’，奉罗马教者，多幡然从之。其流行中上之教会，势亦因之不振。时有西班牙人罗耀拉，目睹旧都中衰，结合同志，设耶稣伊德社，欲转入东洋，力为传布，以再兴旧教于中国。于是义大利人利玛窦泛海东来，以万历八年至广东，二十八年入北京，倡天主教。朝官徐光启、李之藻辈习其说，又从之译受《乾坤体义》、《几何原本》、《测量法义》诸书行世，以是见重于神宗，令得于京师内外，崇建礼堂。利玛窦卒，德意志人汤若望继至，承其业，明廷使当司天之任。明鼎革，若望归命新朝，世祖优礼之，使掌钦天监，尊为‘通玄教师’。自治暦之外，凡外交通译及测量境土事，悉以任之，并许其设堂京师，自为传教。故至康熙初年，天主教盛极一时，全国信徒不下数十万。而此辈久居中土，绘图测境，消息灵通，遂萌觊觎之渐。及乾嘉两朝，屡次下诏严禁，其势渐微。自道光二十三年，白门和议成，传教载入条约。二十五年，复徇法人之请，通商各口，皆设天主教堂。入内地传教之人，地方官皆优待保护。自是，法人以天主护法自居。在本国则逐之主政教分立之说，在中国则袒之，以为侦探我政俗，攫取我利益之机关，而中国教堂之祸，从此始矣。咸丰八年，广西西林知县张鸣凤处治法国传教之马神甫，领事诉于北京，禠鸣凤职。同治元年，湖南、江西拆毁教堂，各知县革职，并勒限赔修及严惩倡首之人。同时，贵州杀害教士文乃尔等，巡抚田兴怒至于遣戍。六年及八年，四川殴毙教士冯弼乐、李国两案，皆惩犯赏银，而教民杀死平民，及奸掳焚杀首恶王学鼎、张添兴等虽已议罪，终不到案。其司铎覃辅臣纠众杀毙团民赵永林二百馀名，地方官不能查办，民人愈加忿激，仇教之事，遂纷然以起。是年四月，天津有匪人迷拐人口，并传言有挖眼剖心等事。据获犯武兰珍供，为天主教民王三所使。时崇厚在津办理通商，与法领事丰大业等商定，令道、府、县带同武兰珍赴堂，指勘所历地方房屋，与原供不符，亦即带犯归。旋闻有民人在教堂口角争，殴正在派并前往弹压。忽丰大业汹汹来署中，向崇厚施放手枪，并向知县刘杰放枪。击死知县仆从一名。于是民人奋起，群殴丰大业致死，并焚毁教堂，拆毁仁慈堂等处，杀伤教民及贞女数十人，又误杀俄国商人三名，误毁英美两国讲堂各一所。天津大扰，直隶总督曾国藩时在病假，朝命驰赴天津查办。 六月，曾国藩奏筹办天津教案情形，请将误毙俄商及误毁英美两国讲堂，先行议结，从之。时法人籍端要挟，联英美以迫政府，其欲甚奢。国藩知法人难以理喻，倘四国协以谋我，更难于对付，因请将俄商及英美讲堂各项交涉，先行设法议结，不与法人牵混。诏令会同崇厚妥为商办，以免轇轕。 命崇厚出使法国，以成林办理通商事务。时英法水师提督已在大沽请示国主，北京政府闻之，深恐决裂，特派遣崇厚前往法都为道歉使。 曾国藩奏，查明津案大概情形，所有挖眼剖心之说，多属虚诬，请旨通饬各省以释群疑，允之。国藩抵津后，研讯教民迷拐人口一节，王三虽经供称授药与武兰珍，然尚时供时翻，亦无教堂主使确据。至仁慈堂，查出男女一百五十馀口，逐一讯供，均称其家送至堂中豢养，并无被拐情形，至挖眼剖心，当国藩初入津郡，士民拦舆遽禀，不下数百馀起，及亲加推问地，无一能指实者。询之天津城内外，亦无遗失幼孩控告之家，而民间纷纷言有眼盈坛，由陈大帅自带进京。大帅者，俗间称陈国瑞之名也，时以记名提督，奉召入京，统领神机营，又崇厚专弁到京，亦向总理衙门称连是说，并有人奏津民焚毁教堂，由堂内起有人眼人心等物，呈交崇厚收执，且闻现已消灭等语。而国藩则谓杀孩坏尸，采生配药，野番凶恶之族尚不忍为，而谓欧西文明各国肯出此残忍之行，以理决之，必无是事。况眼珠若至盈罐，则堂内必有千百无目之人，何无一人见在？即云残害，其尸具又将何归？即仁慈堂之设，其始意亦与中国育婴堂、养济院略同，专以收恤穷民为主，每年所费银两甚巨。彼以仁慈为名，而反受残酷之谤，宜其忿忿不平也。至人民之所以猜疑生愤，其原因有五：一堂门终年扃闭，过于秘密，外人莫能窥测底蕴。又堂中皆有地窖，津民未经目睹，但闻地窖深邃，各幼孩幽闭其中，往往被留不出。前任江西进贤知县魏席珍之女贺魏氏带女入堂治病，久而不返，其父至婉劝回家，坚执不允，因谓其有药迷丧本心。一仁慈堂收留无依子女及疾病将死之人，又彼教有施洗之说。施洗者，其人已死，教主以水沃其额而封其目，谓可升天堂。津民见其收及将死之人，闻其亲洗新尸之眼，已堪诧异。又由他处车船致送来津者，动辄数十百人，但见其入而不见其出，不明何故。一堂中院落即多，或念经，或读书，或佣工，或医病，分类而处，虽母子之间往往终年而不相见。一是年四五月间，堂中死人过多，其掩埋又多以夜，或有两尸三尸共一棺者。一日河东丛塜，有为犬所发者，一棺二尸，天津镇中营游击左宝贵等曾经目睹死人皆由内先腐，此独由外先腐，胸腹糜烂，肠肚外露，由是浮言大起，加以平日熟闻各处檄文揭帖之言，已信为实，而又积此种种疑窦，群怀恚恨。迨至拐匪牵涉教堂，府县赴堂查讯，领事对官放枪，众怒乃不可遏矣。国藩既查明以上根源，遂奏请明降谕旨，通饬各省，俾知从前檄文揭帖，所称教民挖眼剖心、戕害生民之说，均系谣传，布告天下，咸使闻知，一以雪教堂之冤，一以解士民之惑，并请将津人致疑之端，宣示一二，其行凶首要各犯，及乘机抢夺之徒，已饬属捕拏严惩，并调保定铭军三千人，驻扎静海，以资弹压。另片奏请将道府县三员革职治罪，均奉旨照准，并飭令神机营统领记名臬司陈中瑞，赴津听候查问。　命毛昶熙前往天津，会同曾国藩查办事件，丁日昌帮同商办，李鸿章酌带所部，驰赴近畿一带驻扎。初，国藩闻始教案，立意兴崇厚分谤，不奖士民义愤。盖以粤捻初平，宜坚持和局，不宜与邻邦构衅。又虑四国合纵败约，变不测，京师震惊，于是力主和平办理，为教堂昭雪挖眼剖心之诬，以平其心。其焚毁各国教堂公馆，复提款兴修，俄国误伤三人，均给与抚恤。而法使罗淑亚肆意要挟，除惩犯若干人外，必令府县官及陈国瑞三人议抵，国藩力拒之，疏言府县官实无大过，送交刑部已属法重情轻。至陈国瑞不在事中，仍复曲徇所请，飭令来京备质。彼若立意决裂，虽百请百从，难保无事。且外国论强弱，不论是非，若中国有备，和议当易定。已令记名臬司丁日昌统带张秋铭军九千人，拔赴沧州，以资防御。并函商督办陕西援师。湖广总督李鸿章酌带郭松林等，克日驰赴近畿一带抌扎，并疏言善全和局，以为保民之道；备御不虞，以为立国之本。诏嘉纳之，而津民不知此义，遂以怨崇厚者怨国藩，内之又为政府顽固党所掊击，呼为卖国贼，白简纷纭，举国欲杀。旅京湖广会馆，且将国藩匾额，拔除摧烧之。于是，崇厚惧事决裂，奏国藩病势甚重，请罢免，而以鸿章代之。诏促鸿章迅赴京畿，并寄谕沿江沿海各督抚，严行戒备。　八月，调曾国藩为两江总督，李鸿章为直隶总督。时曾国藩办理津案，已有眉目，拟于是月二十三日先行奏结。而鸿章自保定行次上书，言：“天津滋事各犯，正法八人，与议罪二十馀人，办法不为不重。若杀戮太过，实为外人永远之患，尤非各国厚待中国百姓之心”云云。总理衙门大韪之，于是奏请饬鸿章迅赴津任。适国藩续奏至，中有：“此案棘手甚多，碍敷据守常例，不得不变通办理。见讯明各犯，拟办正犯者十五人，拟办军徒者二十一人。将来第二批奏结，或再办首、从犯各数名，或与法人订定扺偿实数，由总理衙门核定行知……”等语。疏入，大忤政府意，有旨责具拘泥，谓：“此案衡情定罪，惟当以供证为凭，期无枉緃岂能豫为悬拟，强人就案？”随有旨，饬鸿章迅速赴津，会同国藩、崇厚督饬办理。 九月，以天津疏防民教起衅，革职知府张光藻、知县刘杰，发往黑龙江效力赎罪。正法滋事人犯二十人，军徒二十五人。光藻等逮京后，刑部拟以遣戍军台奏，上命从重改发黑龙江。陈国瑞讯与津案无干，著免议，其滋事人民冯瘸子等十五名，及续获之刘二等五名，即行正法。小锥王五等二十一名，及续获之邓老等四名，分别发配安置。曾国藩办案归结后，即著来京陛见；李鸿章著仍驻天津，筹办弹压、抚绥各事宜；崇厚著即克期放洋，前往法国，表明惋惜。