万历二十一年二月，京察竣；三月己未，刑科给事中刘道隆论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方司郎中杨于庭，台省交谪；而吏部曲为解，仅议一职方主事袁黄非礼。上责吏部回奏，尚书孙鑨言：『淳熙，臣乡人；安贫好学，非有先容之助。于庭，任西事有功，尚书南星亦言之，臣不忍以功为罪。且既命议覆，自有异同，惟各原其心，求归于当。若知其无罪，以科道之言而去之，眛心欺君，臣不能为』。上以不引罪，夺俸三月；考功郎中赵南星镌三秩，调外；淳熙等并罢。刘道隆以不指名，亦夺俸。鑨乞休，不许。鑨复奏曰：『人臣之罪，莫大于专权；国家之祸，莫烈于朋党。夫权者，人主之操柄；人臣所司，谓之职掌。吏部以用人为职，进退去留属焉；然必请旨而后行，则权固有在，不可得专也。今以留二庶僚为专权，则无往非专矣！以留二京职为结党，则无往非党矣！臣任使不效，徒洁身而去，俾专权结党之说，终不明于世，将来者且以臣为口实，又大罪也。因请乞骸骨归』。先是，内计去留，先白阁臣，鑨及南星力矫之，王锡爵不悦。鑨既被谴，都察院左佥都御史王汝训、通政使魏允贞、大理寺少卿曾干亨、礼部郎中于孔兼、员外郎陈秦来、主事顾允成、张纳陛、贾岩、国子助教薛敷教俱论救，礼部郎中何乔远、主事洪启睿复合疏言之。孔兼、允成、敷教俱谪外。甲子，礼部员外郎陈泰来疏曰：『臣通籍十七年，四历京察部权，自高拱、张居正以来，尚书惟张瀚、严清、选郎惟孙鑨、陈有年颇能自立，余则唯唯吶吶，滥觞于杨巍，而扫地于刘希孟、谢廷釆。今复借拾遗荧惑圣怒，即去时之故智。将来必挈权以阿阁臣，而后为不专权；必植党以附阁臣，而后为不结党』。上怒，降泰来。癸未，左都御史李世达请宥泰来等，不听；南星、淳熙、于庭、黄各削籍。四月辛丑，吏部尚书孙鑨罢。
九月，吏部右侍郎赵用贤罢。先是，用贤为检讨，生女三月，中书舍人吴之佳约以币。及用贤谏张居正夺情削籍，之佳为御史，过吴门，用贤往饯，不为礼，因反币；终字女蒋氏，之佳子镇亦他娶，不相及也。用贤负气节，素不为王锡爵所善，镇讼之；罢用贤，之佳亦降。户部郎中杨应宿议赵用贤绝婚非是，行人高攀龙申救，得罪诸臣，语侵阁臣，指应宿为谄谀。应宿遂讦攀龙，并及吏部文选郎刘四科、赵南星、顾宪成等；锡爵封应宿疏上。闰十一月甲午，行人高攀龙上言：『大臣则孙鑨、李世达、赵用贤去；小臣则赵南星、陈泰来，顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩斥；近李桢、曾干亨复乞归，选司孟化鲤又削籍矣。中外不曰辅臣不附己，则曰近时不利用正人；果谓出于圣怒，则诸臣自化鲤而外，未见忤旨，何以皆至罢斥也！皇上有去邪之果断，而左右反得行其媚嫉之私；皇上有容言之盛心，而臣下反遗以拒谏之诮：为圣德累不小』。丙申，都察院左都御史孙丕扬核杨应宿激而镘骂、高攀龙疏而易言。命降应宿湖广按察司经历、攀龙揭阳县典史；仍谕建言诸臣：『事事艰难，不求理财足兵实政，乃诬造是非！部院公论所出，今后务持平核实』。
二十二年五月丁亥，吏部推阁臣王家屏、沈鲤、陈有年、沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部右侍郎邓以赞、少詹事冯琦，不允。初，阁臣王家屏以谏册储，罢归。至是，上谕有「不拘资品堪任阁臣」语。吏部遂以家屏等名上。上览不怿，下旨诘责，以宰相奉特简，不得专擅。吏部尚书陈有年争之，以为冢宰、总宪廷推，自有故事。王家屏为相有名，若宰相不廷推，将来恐开快捷方式；因乞骸骨。上命驰驿还籍，以孙丕扬代之。辛卯，以沈一贯、陈于陛为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。调文选郎中顾宪成、给事中卢明陬、逯中立先后疏救；上益怒，宪成削籍，谪明陬、中立按察司知事。甲午，礼部郎中何乔远奏救宪成，谪广西布政司经历。先是，国本论起，言者皆以早建元良为请。政府惟王家屏与言者合，力请不允，放归。申时行、王锡爵皆婉转调护，而心亦以言者为多事。锡爵尝语宪成曰：『当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之』。宪成曰：『吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳』！遂不合。然时行性宽平，所斥必旋加拔擢。一贯既入相，以才自许，不为人下。宪成既谪归，讲学于东林，故杨时书院也。孙丕扬、邹元标、赵南星之流，蹇谔自负，与政府每相持。附一贯者，科道亦有人。而宪成讲学，天下趋之；一贯持权求胜，受黜者身去而名益高。此东林浙党所自始也。其后更相倾轧，垂五十年。
二十三年秋七月己卯，巡按直隶御史赵文炳劾吏部文选郎中蒋时馨幸进鬻爵，下廷议；尚书孙丕扬代时馨辨。丙戌，时馨削籍。时馨贪黩，初知新喻，调嘉鱼，迁南京大理寺评事；故为敝衣冠，从邹元标讲学。历考功、文选二司。及被劾，请廷质，且曰：『戎政兵左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此吕，避察不得，又求少宰，不得；遂同谕德刘应秋、大理右少卿江柬之等诋李三才授赵文炳冀陷太宰而代之』。上怒其渎辨。甲午□逮故浙江海道副使丁此吕。蒋时馨既斥，孙丕扬为衅由此吕，沈思孝以此吕建言不宜察；丕扬遂上此吕访单：贪婪赃迹，虽建言无幸脱理。命逮下岳。对簿之日，承服朱砂床具等累累，丕扬遂与思孝交恶矣。八月，沈思孝言孙丕扬庇属负国，丕扬乞休；不允。十一月丁丑，工部员外郎岳元声言：『言官攻言官、大臣攻大臣，不若俱罢之』。
二十四年八月癸亥，大学士张位乞罢，不许。时吏部尚书孙丕扬乞休疏二十上，言权官坐谋，鹰犬效力，义难再留；以位党丁此吕、沈思孝也。上责丕扬无大臣体，宜协恭，毋相抵牾。闰八月，吏部尚书孙丕扬、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罢。
二十七年五月丁已，以光绿寺卿李三才为都察院右佥都御史，巡抚凤阳。
二十九年九月戊午，礼部尚书兼翰林院学士沈鲤、朱赓兼东阁大学士，直文渊阁。时廷推九人，上已点朱国祚、冯琦；而沈一贯密揭二臣年未及艾，曷少需之，先爰立老成者。赓得入。鲤先任礼部，与申时行左，请告，上不许；吏科都给事中陈与郊因疏劾鲤，鲤求去益力。上私语曰：『沈尚书不晓我意』；遂有是命。
三十一年夏四月，楚王华奎与宗人华越等相讦，章下礼部。初，楚恭王隆庆初废疾薨，遗腹宫人胡氏孪生子华奎、华璧；或云内官郭纶以族人如綍奴产子寿儿及弟如言妾子尤金梅所出，并入宫，长为华奎、次华璧。仪宾汪若泉尝讦奏，事下抚按；王妃坚持之，乃寝。华奎既嗣楚，华璧封宣化王。华越素强御，忤王。越妻又如言女，知其详，越遂盟宗人二十九人入奏：『楚先王风痹不能御内，乃令宫婢胡氏诈为身；临褥时，抱妃兄王如言子为华奎、又抱妃族王如綍舍人王玉子为华璧，皆出于妻恭人王氏口。王氏如言女，故知之。二孽皆不宜冒爵』。章入，通政司沈子木持未上。六月，楚王劾宗人疏亦至，事下部。礼部右侍郎郭正域曰：『王奏华越事易竟；华越奏王非恭王子，乱皇家世系事难竟。楚王袭封二十年，何至今始发，而又发于女子骨肉之间？王论华越一人，而二十九人同攻王，果有真见出真情否？王假则华越当别论，王真则华越罪不胜诛』。沈一贯以亲王不当勘，但当体访。正域曰：『正域江夏人，一有偏徇，祸且不测。非勘则楚王迹不白，各宗罪不定；王迹勘，各宗罪不勘，人于何服』？时正域右宗人，而辅臣沈鲤又右正域；户部尚书赵世卿，仓场尚书谢杰，祭酒黄汝良皆谓王非假，一时阁部互相龃龉，给事中姚文蔚劾郭正域故王护卫中人，修怨谋陷王；都察院左都御史温纯劾御史于永清、给事姚文蔚，刺及沈一贯。九月己已，刑科都给事中杨应文、给事中钱梦皋各劾郭正域、梦皋并及次辅沈鲤，俱不报。上卒以王为真，而正域罢去。寻楚府东英王安烼、武冈王华增、江夏王华暄等请复勘假王，不听。时票楚事皆朱赓，二沈引嫌不出。
十一月，妖书事起，沈一贯疑郭正域为之，钱梦皋遂直指正域，且及辅臣沈鲤。陕西道御史康丕扬将例转，内监贾忠贞语丕扬，乘妖书可免，丕扬遂起而佐之，后归狱皦生光，得解。
三十三年春正月，考察京官。时主察当属吏部左侍郎杨时乔，辅臣沈一贯惮其方严，请以兵部尚书萧大亨主笔。疏上，上以时乔廉直，竟属之。时乔与都御史温纯力持公道，疏上，留中。三月辛已，吏部趋计疏，中旨『留被察给事中钱梦皋，御史钱一鲸等复论京察科道不称职者甚众，岂皆不肖；必有私意，朕不得无疑』（？）。盖以一贯私人被诘责也。时乔、纯言：『察处科道：万历二十一年，科七人、道七人；二十七年，科五人，道九人。今议处科四人、道七人、皆参众矢公，而圣谕严切。臣等无状，宜罢』。上不问。南京总督粮储尚书王基以拾遗自辨，上特留之。夏四月，刑科给事中钱梦皋复论楚事，请削前侍郎郭正域籍；弁言左都御史温纯党庇工科给事中锺兆斗例转，亦诬奏纯；纯乞休。大理少卿徐宗浚、吏科都给事中侯庆远、御史孔贞一等皆论梦皋违禁妄辨，吏部左侍郎杨时乔亦言之；俱不报。五月，候补职方郎中刘元珍劾沈一贯遍置私人，蒙上箝下；钱梦皋妄奏求容，士林不齿。一贯、梦皋皆疏辨，梦皋谓元珍为温纯鹰犬；降一级，调极边。六月，吏部员外郎贺灿然言：被察科道与温纯皆当去。南京吏科给事中陈良训、御史萧如松、朱吾弼各论王基、钱梦皋、锺兆斗必不可留；沈一贯结近侍，阳施阴设。秋七月，兵部主事庞时雍直攻沈一贯欺罔误国；于是，太子〔□〕保都察院左都御史温纯致仕，钱梦皋、锺兆斗各避疾，京察始得奏。寻谪贺灿然、庞时雍，夺朱吾弼俸，拾遗南京户部尚书王基免。时有布衣在一贯坐，梦皋戏之曰：『昔之山人，山中之人；今之山人，山外之人』。布衣应声曰：『昔之给事，给黄门事；今之给事，给相门事』。识者噱之。
三十四年夏六月，吏科给事中陈良训、御史孙居相劾沈一贯奸贪，大学士沈一贯、沈鲤并致仕。一贯连岁乞休，疏八十上，始允。鲤居位四载，尝列天戒民穷十事，书之于牌，每入阁，则拜祝之。或谗鲤为咀呪，上命取观之；曰：『此非咀呪语也』。妖书事起，危甚，赖上知其心，得无恙。及放归，得旨不如一贯之优，各赐金币，鲤半之。出都日，犹有谗其衣红袍阅边者，中官陈矩为解乃已。孙居相夺岁俸，陈良训镌三级、调外。
三十五年五月，以礼部左侍郎李延机、南京礼部右侍郎叶向高为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁；又谕朱赓召旧辅王锡爵。时顾宪成移书向高言：近日辅相以模棱为工，贤否溷淆；引张禹湖广为戒。延机故出沈一贯门，人多疑之。给事中王元翰、胡忻、曹于汴、宋一韩、御史陈宗契等交章劾延机；廷机故清介，而攻之者诋为辇金奥援，御史叶永盛极辨之。延机伏阙辞，不允；上下旨切责元翰等。
秋七月，总督漕运李三才请补大僚，选科道，用废弃。其论废弃曰：『诸臣祗以议论意见一触当路，永弃不收，总之于皇上无忤。今乃假主威以锢诸臣，又借忤主之名以饰主过，负国负君，莫此为甚』！参政姜士昌赍表入京，奏别遗奸、录遗逸；遗奸指王锡爵、沈一贯、朱赓。又曰：『古今称廉相，必称唐杨绾、杜黄裳；然二贤皆推贤好士，惟恐不及，而王安石用之驱逐诸贤，竟以祸宋』。时李廷机有清名，故士昌规及之；赓、廷机上疏辨，降士昌广西佥事。御史宋焘论救，谪平安州判，加谪士昌兴安典史。
三十六年五月，礼部主事郑振先劾辅臣朱赓、李廷机大罪十有二，指一贯、赓、廷机为过去、现在、未来三身，布置接受，从风而靡。上以其诬诋，谪普安州判。
九月，先是王锡爵辞召，手疏言：『皇上于章奏一概留中，特鄙弃之如禽鸟之音，不以入耳；然下以此愈嚣。臣谓君父至尊，必自立于无过之地。请幡然降旨，尽除关税，召还内差；散内库之有余，济边储之不足。天下必欢呼踊跃，以颂圣德。留中章疏亦自有缓急，如推补九卿以吏部、都察院为先，庶官以科道为急。科道考选久停，与其故裁抑，留不肖以塞贤者之涂；孰若稍疏通，简新进以决旧日之壅。此今日揽权上策也』。时疏甚密，而都御史李三才钩得之，泄言于众，谓锡爵以台省为禽兽。于是，南京户科给事中段然首论锡爵与朱赓密揭擅权乱政，不报。起孙丕扬太子少保吏部尚书。
十月壬戌，起吏部文选郎中顾宪成为南京光禄少卿，辞不至。丙寅，工科给事中何士晋劾锦衣卫左都督王之桢为辅臣爪牙心腹，极宜显斥；礼科给事中张凤彩、刑科给事中萧近高、给事中张国儒交章纠王锡爵、朱赓，国儒言台省五十余人共纠朱赓奸状，而尚书赵世卿典媚之。俱不报。
十一月壬子，朱赓卒于官。赓性淳谨，同乡沈一贯当国，善调护，故妖书、楚狱，其祸不蔓。赓卒，廷机当首揆，言路益攻之。廷机决计不出，叶向高独相，而攻廷机者未已也；遂移居演象所之真武庙。乞放凡五年，至万历四十年始得请，寒暑闭门，无履迹。
三十七年春二月丙寅，御史郑继芳劾工科右给事中王元翰贪婪不法；元翰亦奏辨继芳为王锡爵、申时行吐气。初，给事中王召徽善汤宾尹，营入阁甚急；尝语元翰曰：『公语言妙天下，即一札扬汤君，汤君且为公死，世间如汤君可恃也』。元翰辞焉。绍徽衔之，因嗾继芳摭元翰。
夏四月，吏科纠擅去诸臣。初，工科给事中孙善继拜疏竟去，刘道隆继之，王元翰、顾天峻、李腾芳、陈治则各先后去；命削善继籍、道隆等各降秩。时南北科道互相攻讯，至不可问。户科给事刘文炳请召邹元标，不报。
十二月乙丑，工部主事邵辅忠论总督漕运李三才结党遍天下，前图枚卜、今图总宪；四岳荐鲧、汉臣谀莽，天下之大可忧也。时三才需次内台，辅忠首劾之，继以御史徐兆魁；三才奏辨。工科给事中马从龙、御史董兆舒、彭端吾、南京工科给事中金在衡交章为三才辨，俱不报。三才负才名，初为山东藩皋有声，民歌思之；抚淮十年，方税珰横甚，独能捕其爪牙，以尺棰毙大盗。三才多取多与，收采物情，用财如流水；顾宪成之左右誉言日至，宪成信之，亦为游扬。三才尝宴宪成，止蔬三、四色；厥明，盛陈百味。宪成讶而问之，三才曰：『此偶然耳！咋偶乏，即寥寥；今偶有，故罗列』。宪成以此不疑其绮靡。至是，挟纵横之术与言者为难，公论绌之。
三十八年五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才，不报。前吏部郎中顾宪成遗书叶向高，谓『三才至廉至淡谟，勤学力行，为古醇儒，当行勘以服诸臣心』。时给事中金士衡、段然力保三才；给事中刘时俊、兵部郎中钱釆争之，纷如聚讼。
三十九年二月戊子，总督漕运李三才免。
三月，吏部尚书孙丕扬纠御史金明时倡言要挟逃察，命下都察院议处。初，明时巡关，劾宝坻知县王淑汴——吏部右侍郎王图子也。及临京察，知不免，遂先发攻王图；御史史记事论之，明时奏辨。主事秦聚奎言：『明时论王图在去年十二月，丕扬论明时在今考察一日，而卒之明时挠察之疏杳于无闻。大臣结党欺君，天下大势趋附秦人；今之丕扬，非复昔之丕扬矣』！于是吏科都给事中曹于汴、御史汤兆京、乔允升俱以挠察论聚奎，丕扬奏参聚奎，并以汤宾尹等七人访单送内阁，阁臣叶向高疏如丕扬指；金明时以不谨免，寻以辨疏犯御讳削籍。四月庚辰，计疏下，命秦聚奎闲住，南京国子监祭酒汤宾尹、郎中张嘉言、主事徐大化、御史刘国缙、王绍徽、乔应甲、岳和声降调有差。五月，给事中朱一桂、御史徐兆魁疏称：『顾宪成讲学东林，遥执朝政，结淮抚李三才倾动一时；孙丕扬、汤兆京、丁元荐角胜附和，京察尽归党人』。不报。翰林院修撰韩敬疾去。敬先师事汤宾尹，在礼闱越房拔为第一。敬有时名而好纵横之学、恣色货之好。时攻宾尹，因及敬。
四十年二月癸未，吏部尚书孙丕扬挂冠，出都。
四十一年二月辛丑，御史刘延元劾光禄寺少卿于玉立依附东林，风波翻覆，宜显斥。不报。十月，礼科给事中元诗教言：『今日之争，始于开户；门户始于东林，东林倡于顾宪成，刑部郎中于玉立附焉。宪成自贤、玉立自奸，贤奸各还其人，而奔竞招摇，羽翼置之言路、爪牙列在诸曹，关通大内，操纵朝权。顾宪成而在，宁愿见之哉』！末刺及叶向高，向高奏辨。
四十二年八月癸卯，大学士叶向高致仕。十一月，御史刘廷元参李三才占厂盗皇木，结交内侍起官；御史刘光复、给事中宫应震等交章论之。命给事中吴亮嗣往勘，亮嗣报其实；下三才舍人于理。三才寻削籍。
四十五年三月京察，革刑部主事王之寀职为民，窦子偁、陆大受皆被斥。时叶向高既去，方从哲独相，庸庸无所短长。吏部尚书郑继之主察，徐绍吉、韩浚佐之。之寀初争挺击，为韩浚所纠，部处坐以贪污。子偁、大受有清操，持论与之寀合，亦被逐。时上于奏疏俱留中，无所处分；惟言路一纠，其人自罢去，不待旨也。于是台省之势，积重不返，有齐、楚、浙三方鼎峙之名。齐为元诗教、韩浚、周永春，楚为宫应震、吴亮嗣；浙为刘廷元、姚宗文，势张甚；汤宾尹辈阴为之主。宾尹才名而淫污，辛亥京察被斥；至是典竣，韩浚以问乡人给事中张华东，华东曰：『王之寀论甚正，何为重处之』？浚惊愕不语。
四十六年十二月，主事邹之麟夺职闲住。之麟负才名，附给事中元诗教、韩浚，求转吏部不得，遂讦奏诗教、浚，又擅离任，被斥。
四十七年十二月，会推阁员，礼部左侍郎何宗彦以吏科给事中张延登不署名，不得预；御史薛敷教、萧毅中、左光斗、李征仪、倪应春、彭际遇、张新诏等交章惜之。而礼科都给事中元诗教、兵科薛凤翔又屡驳，具如延登指；各归责于辅臣元从哲，从哲奏辨。俱不报。先是，国本之论起，庙堂益相水火。上颇厌恶之，斥逐相继；持论者益坚，乃一切置之高阁。方从哲独相七年，上喜其无能而安之；山东赵焕为冢宰，诗教又从哲门人，故其势尤张。已而邹之麟倡言：张凤翔为选君，必以年例处姚宗文、刘廷元；齐、浙遂离。之麟既被黜，其友夏嘉遇、魏光国、尹嘉宾、锺惺皆有才名，俱改用；而嘉遇素洁清，亦与众共摈。赵兴邦为兵垣，仍入礼闱；之麟、嘉遇遂纠之，并及诗教。言路合疏纠嘉遇，兴邦遽升京卿；御史唐世济助嘉遇攻兴邦，而元、赵之势衰。时廷议所喧持者唯禁道学一事，吏治、边防俱置不理。
泰昌元年（即万历四十八年也）八月己酉，起邹元标为大理寺卿。科臣惠世扬上言：『君子小人之进退，关系国家之治乱。然小人不退，则君子不进』；吏部尚书周嘉谟奏列建言得罪诸臣王德完等三十三人，于是、王德完、孟养浩、锺羽正、满朝荐等悉起部寺诸官。
壬戌，以侍读学士刘一憬、韩爌为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁；仍谕内阁：特召旧辅叶向高。初，光宗践祚，逾月崩，未及用向高等；熹宗既即位，乃遣行人征之。
十一月，结事中惠世扬遇灾陈言，因参大学士孙如游荐高攀龙、刘宗周、孙居相、刘策、王之寀、陆大受等。
十二月，大学士方从哲致仕。从哲以红丸、移宫二案，台省交章论之；至是，归。
天启元年春正月，兵科给事中杨涟予告回籍。涟以移宫一案，御史贾继春侵之，涟因乞归。御史马逢皋上言：『杨涟何罪？无罪即功。功在安社稷，罪在攻大珰；罪珰未诛，而发珰罪者先作楚囚，君子退、则小人进矣』！二月，御史周宗建上言：『国家之治乱，由于议论之公私。皇祖戊申以后、沈一贯未败之时，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则沈鲤可逐、郭正域可芟、察典可坏，大狱可兴；时则有钱梦皋、康丕扬为之首。庚戌、辛亥之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则大贪之淮抚可保、极险之铨佐可阿、直节可摧、清流可放；时则有史记事、徐缙芳等为之首。壬子、癸丑之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则学差可摈、考选可排、吏兵之诸事可日试以为尝、考察之把持可一纲以无阱；时则有元诗教、赵兴邦为之首：有如今日三咨并下，君子进庸矣。而臣窃为先事之虑者，以用人言之：如所引董应举、高攀龙、史孟麟、李邦华、熊明遇、魏云中等二十余人，类皆磊落奇才。如必借此相引，积横之贪邪，亦思梯架于月旦；穷凶之丑类，尚留春梦于余灰。将朝廷大公之盛举，翻作臣下市德之私缘：臣之所谓不得不虑也。以移宫言之：如方震孺、毛士龙等十有余章，阐发既明。在科臣，杨涟洁志远嫌，不难听召用于他日；台臣，贾继春质心爱主，何妨付定论于国人！若复侈谈羽翼、追忆几筵，欲扫疑端，愈僧滋蔓：又臣之所谓不得不虑也。臣请约言之：铨除在真品，毋容夹杂以同升；朝论在舆评，毋轻出言以佐斗：国家要以边事为首务，毋自起室内之戈！今日终以君德为大本，毋徒为将顺之节』！
三月，起刘宗周礼都主事、王之寀刑部主事、高攀龙光禄寺丞。
八月，给奉圣夫人客氏地。以陵工成，命叙录魏进忠；御史王心一、马鸣起、吏科给事侯震旸、倪思辉、朱钦相等先后纠之，降调有差。
二年春正月，起吏部郎中赵南星为太常寺卿。
三月，礼科惠世扬疏参辅臣沈漼借募兵之名为护身之术，阴使其党晏日华潜入大内诱刘朝等练兵，再见江彬之事；外戚郑养性厚募死士，有违祖制。不听。御史侯震旸亦以劾漼，调外。六月，刑部尚书王纪奏劾『辅臣沈漼巧能移人主之视听、力足倒天下之是非，交结权党、诛锄臣士；黄台瓜词已赋，同文馆狱将兴』。又曰：『臣指其蔡京，而漼不肯受；试取惠世扬、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏一一读之，则京之为京，隐括于此矣』！上以烦言责之。漼寻予告回藉，纪革职为民。
八月，以杨涟为太常寺少卿。
兵科给事朱童蒙疏劾都御史邹元标、副都御史周从吾建坛讲学、醵金立院之非。标等上疏自理，上优诏答之。工科给事郭与治复劾内有「比拟妖贼」诸语，上责其狂悖，夺俸。于是元标、从吾五疏乞休；元标即移家出城，遂予告驰驿去。翰林修撰文震孟上言勤政讲学之实，留中；庶吉士郑鄤疏促之，俱降调。太仆少卿满朝荐上言：『国事颠倒』，成于陛下者十之一、二，成于当事大臣者十之八、九』。疏入，除籍为民。
十一月，以赵南星为都察院左都御史。
十二月，以顾秉谦、魏广微为大学士，入阁办事。
三年二月，夺御史周宗建俸。南京御史徐世业劾宗建保举熊廷弼，宗建疏辨，词连郭巩，有『结交宫闱、献媚进忠』之语；中旨切责。
冬十月，以杨涟为右佥都御史，协理院事。
四年二月，推南京吏部尚书邹元标，中旨以衰老罢之。
夏四月，吏都尚书赵南星上言：『吏部四司，惟稽勋司一人，余司皆二人；以稽勋事寡也。然今日之稽勋皆储为文选、考功之用，宜就近推补司官，不拘资格，一省不妨二人』。引陆光祖调吏部吕坤、黄克念等同邑同司之例为言，上从之。于是南星调职方司、郎中邹维琏为稽勋，主外察。维琏与原任主事吴羽文皆江西人。羽文遂拘旧事求去，维琏亦不敢履任；刑科傅櫆疏侵之，羽文求去益坚，维琏亦上疏力辞。櫆复疏以佥都御史左光斗、吏科都给事魏大中交通故内监王安、中书汪文言；诏下言于狱，严讯之。光斗上疏自理，大略为：『櫆之意不利于稽勋有邹维琏、铨司有程国祥、吏垣有魏大中，故欲一网去之』；且指其冒东厂理刑傅继教为兄弟，布置窟穴。大中亦上疏辨；得旨：命大中赴任供职。御史袁化中、给事中甄淑相继为光斗辨。大学士叶向高请骸骨，疏曰：『臣十八疏乞归，皇上谓时艰主忧，臣即去何安！顾臣罪戾多矣，即如科臣傅櫆所论汪文言，实臣具题。左光斗、魏大中之善文言，尚属暖昧；而臣之用文言，则事迹甚明。臣取罪之故，当听公论；不敢妄辨，以滋纷纭。耿耿愚忠，窃谓言官之讦奏，衅不可开；驾帖之拏人，渐不可长。惟皇上罪臣一人而稍宽其它，于以释宫府之嫌、消缙绅之祸』。上慰谕留之。已而大中既莅任，复传旨诘责：大中、櫆情事未明，何得赴任？櫆乃上言明旨不宜二三，中旨恐开旁窃、纠近臣以自解。
七月，大学士叶向高予告回藉。向高再入相，政移忠贤；同事者更希意阿旨，向高动即掣肘。杨琏二十四罪疏上，忠贤恨刺骨；御史林汝翥忤珰，群珰围向高第索之。向高知时不可为，发愤决去；疏三十三上，后得请。
左都御史高攀龙纠劾贪污，御史崔呈秀落职回籍。呈秀巡按淮阳，有狼藉声；吏科都给事魏大中发其馈遗，攀龙因考察劾罢之。已而，呈秀以魏珰义子起用。
冬十月朔，有事太庙，辅臣魏广微不至；魏大中纠其无礼，指称惟奢安不拜正朔。广微深衔之，上疏自辨。御史李应升复疏纠之，谓广微不可见乃父于地下；广微见疏恚甚。广微父，魏允贞也；尝为谏官，得罪阁臣去。降吏科都给事魏大中、吏都员外夏嘉遇、御史陈九畴三级，调外。吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙乞罢，许之；给事中沈惟炳疏救不允，亦调外。时推山西巡抚，南星以太常卿谢应祥沈静有为，欲以处之，言于员外夏嘉遇。嘉遇述其意于湖南道御史袁化中，化中深然之。及化中途逢大中，告以故：先是，应祥令嘉善，大中知其才守，遂会推焉。陈九畴有私恨，遂言应祥昏耄，大中以门墙私之；互相奏辨。有旨会勘；吏部坐台臣论人失实上，中旨以朋比切责之，降大中等。于是南星、攀龙皆引罪去；大学士韩爌力救，不听，引疾归。已而刑部尚书乔允升、吏部侍郎陈于庭、都御史杨涟、左光斗、太常卿谢应祥、部属张光前、邹维琏、科道袁化中、许誉卿等一时尽黜，部署皆空。户科给事中陶崇道上言：『诸臣各执成见，不无异同；尤望皇上尽入陶镕，化其畛域。而天语频烦，责以朋比；彼此之互异既章，水火之情形立见。虞廷黜陟，不过贤奸；唐，宋末流，可为殷鉴』！疏入，降调。
十二月，起徐兆魁为吏部左侍郎，朱童蒙、郭允厚、李春煜太仆寺少卿，徐大化、吕云鹏、孙杰大理寺寺丞，霍维华、郭与治、杨维垣等皆科道。以御史梁梦环追论，复逮汪文言。自是罗织靡已，杨涟、魏大中相继毙于狱。御史蕃疏劾辅臣朱国祯。时韩矿既去，魏广微未得为首辅，嗾蕃劾之。
五年秋八月，御史张讷请废天下书院，杀熊廷弼。初，杨、左事起，以移宫为案；但属杨、左，与顾大章等无与也。已复改为封疆；周朝瑞曾疏荐廷弼，而顾大章与杨维垣相疏辨，与杨、左又无与也。乃以封疆牵入移宫，于是一网尽矣。
七年八月，上崩，无嗣，遗命以信王入继大统。诛魏忠贤、客氏，其党相继伏法。
冬十月，吏科都给事中陈尔翼上言：『东林余孽遍布长安，每欲因事起衅，忧不在小；乞敕下厂卫严缉禁之』。上曰：『群臣流品，先帝澄汰已分。朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，毋事揣靡形影，以滋争竞』！
十一月，户部员外王守履劾崔呈秀荐旧辅韩爌；上以韩爌清忠有执，下所司知之。
崇祯元年春正月，翰林院编修倪元璐上言：『臣入都，邸抄凡攻崔、魏者，必引东林为并案，一则曰「邪党」、再则曰「邪党」；夫崔、魏而既「邪党」矣，向之劾忠贤、论呈秀者，又邪党乎？虚中言之，东林则亦天下之才薮也。其所宗主者，大都秉清挺之标，而或绳人过刻；树高明之帜，而或持论太深。此之谓非中行则可，谓之非狂狷则不可。且天下之议论，宁涉假借而必不可不归于名义；士人之行已，宁任矫激而必不可不准诸廉隅。自以假借矫激深咎前人，而彪虎之徒公然毁裂廉隅，背叛名教矣！连篇颂德，匝地生祠。夫颂德不已，必将劝进；生祠不已，必且嵩呼。而人犹宽之曰「无可奈何」。嗟乎！充一无可奈何之心，又将何所不至哉！议者能以忠厚之心曲厚此辈，而独持已甚之论苛责吾徒，亦所谓悖理者矣！今大狱之后，汤火仅存，恩纶酌用。乃任事诸臣犹以「道学封疆」四字持为铁案，深院报复；臣窃以为过计也。水落石出，正人相见。既属崔、魏之异已，即可化牛、李为同心。况年来借东林以媚崔、魏者，其人自败，不须东林报复；若其不附崔、魏又能攻而去之者，其人既已乔岳矣，虽百东林乌能报复哉！臣所谓方隅未化也』。与杨维垣互出疏相往复，上是其言。时元璐屡言事，大学士来宗道常曰：『渠何事多言？吾词林故事惟香茗耳』！时谓宗道清客宰相。
五月，御史袁宏勋劾大学士刘鸿训：『一入黄扉，扬扬自得；悏旬之闲，革职闲住无虚日。其最可异者，杨所修、贾继春、杨维垣夹攻表里之奸，有功无罪；而诛锄禁锢，自三臣始。且军国大事未暇平章，惟亟毁「要典」，谓水火元黄，是书为祟。今毁矣，水火元黄息耶？战耶？未毁以前，崔、魏借之以空善类；既毁以后，鸿训又借之以殛忠良以暴易暴，长此安穷』！镇抚司佥书张道浚亦讦攻鸿训；工科给事中颜继祖争之，且言道浚出位乱政，非重创不止，御史史范、高捷相继弹鸿训，鸿训寻以事罢归。
十一月庚申，会推阁员吏部侍郎成基命、礼部侍郎钱谦益等。礼部尚书温体仁讦谦益天启初主试浙江，贿中钱千秋，不宜枚卜。上召廷臣及体仁、谦益于文华殿，质辨良久。上曰：『礼仁所参神奸结党，谁也』？曰：『谦益党与甚众，臣不敢尽言；即枚卜之典，俱自谦益主持』。吏部给事中章允儒曰：『体仁资浅望轻，如纠谦益，欲自先于枚卜也』！体仁曰：『前犹冷局；今枚卜相事大，不得不为皇上慎用人耳』！允儒曰：『朋党之说，小人以陷君子，先朝可鉴』！上叱之；下锦衣卫岳，削籍。礼部以钱千秋试卷呈，上责谦益，引罪而出。旋回籍，除名为民；下千秋于刑部。周延儒曰：『自来会推，会议皆故事，仅一、二人主持，余无所言；即言出而祸随之矣』！上大称善，遂停枚卜，卒用延儒。延儒力援体仁，明年亦入政府。初，延儒以召对称旨。至是枚卜，谦益必欲得之，而虑以延儒同推，势必用延儒，遂力扼止之；不知上果意在延儒，不推适滋上疑耳。于是党同之疑，中于上者深；体仁发难而延儒助之，谦益不知也。忽蒙召对，谦益自为枚卜定于此日；及入见，方知有体仁疏。体仁与谦益廷辨，体仁言如涌泉，而谦益出不意，颇屈。
二年春正月，定逆案，召廷臣于文华殿。先是，御史毛九华劾礼部尚书温体仁有媚珰诗刊本；上问体仁，体仁谓出自钱谦益手。御史任赞化参体仁疏，其语亵；上不怿，谪赞化于外。御史吴甡言：『因温体仁前削章允儒，降房可壮、瞿式耜，今又斥任赞化，班行无色；乞召还言官』。不听。
三年五月，左谕德文震孟上言：『吕纯如罗织诸贤，今藉奥援，思借边才起用。吏部尚书王永光假窃威柄，年例变乱祖制，考选摈斥清才』。疏入，命指实具奏。永光有清执，东林以其异己，给事中张国维、御史毛羽健等交劾之；俱不问。至是，震孟再纠之。
四年春正月，翰林院编修黄道周疏救钱龙锡，调外。初，定魏、崔逆案，辅臣钱龙锡主之。袁崇焕之狱，御史史范力谋借崇焕以报龙锡，因龙锡以罗及诸臣，周延儒、温体仁主之，欲发自兵部，而尚书梁廷栋不敢任；又上英察，不能遽起大狱也。道周疏上，延儒意稍解。时大学士韩矿亦被劾，归。
二月，给事中葛应斗纠御史袁宏勋、锦衣卫都督同知张道浚通赂窃权，命下理。宏勋受参将胡宗明、主事赵建极贿，嘱于兵部尚书梁廷栋、吏部尚书王永光，宏勋、道浚皆永光所任也，俱论戍。刑科给事中吴执御论永光诲贪崇墨，永光罢。
五月，释故大学士钱龙锡狱，戍定海卫。龙锡出狱，周延儒即过之，极言上怒甚，挽回殊难；龙锡深德之。未几，温体仁至，龙锡因述延儒语；体仁曰：『上固不甚怒也』。于是，闻者谓体仁质直而延儒伪，亦体仁之巧于挤延儒也。嘉善钱士升为龙锡门生，闻体仁语，颇多之而轻延儒；体仁遂与相结。
五年春正月，刑科给事中吴执御奏荐黄克缵、刘宗周等，御史吴彦芳奏荐李瑾、李邦华等。上以其朋比悉之，下彦芳、执御于理；坐上书不以实律，杖为城旦。
六年三月，刑科都给事陈赞化劾大学士周延儒招权纳贿、游客李元功借势威人：『延儒尝语去辅李标事云：「上先允放，余封还原疏，上即改留，颇有回天之力。今上，羲皇上人也」。此是何语？岂徒小人之轻泄乎！至指借停刑以罔贿利，此固通国所共闻也』。且引刑科给事李世祺为证，世祺亦奏延儒有此言。不问。户科给事中朱文焕亦劾延儒重荷国恩，毫无补救。六月，大学士周延儒罢。始，温体仁与延儒深相结纳，延儒力援之以进。至是，体仁将夺其位，太监王坤疏攻延儒，体仁无一语相助；于是，陈赞化屡纠延儒，即「羲皇上人」一语穷究不已。体仁知上意，凡与延儒为难者必阴助之，而助延儒者皆诎；延儒放归。
七年三月，召大学士何如宠入朝；在道屡引疾，不许。刑科结事中黄绍杰奏言：『从来君子小人不能并立，如宠徘回赡顾，则次辅温体仁当知所自处矣！自体仁为相，水旱洊臻，盗贼满路；燮理固如是乎？秉政既久，窥旨必熟。中外诸臣承奉其意，用一人则曰「此与体仁不合也」，行一事则曰「此体仁所不乐也」。凡此，皆召变之由。乞命体仁引咎辞位，以回天心、慰民望』。上责其率妄，调外。
八月甲戌，召廷臣于平台，问谁堪冢宰、总宪者？令各给条对。吏部左侍郎张捷曰：『臣之所举；与众不同』。上许之。勋戚在殿西室，文臣在殿东室。捷旁皇四顾，大学士王应熊目属之；诸臣觉其异，及问所荐，则前兵部吕纯如也。时诸臣或举郑三俊，勋戚亦如之。或举唐世济，捷曰：『总宪世济可，冢宰非纯如不可』。俄入奏，力言纯如之长。诸臣以纯如列逆案，不可；刑科给事中姜应甲言之尤力，捷失色。上问温体仁，对曰：『谢升可』。上是之。应熊故善用延儒，而纯如又与延儒善者，故体仁阴持之。给事中范淑泰、吴其来交章劾王应熊、张捷同谋党附，计翻逆案。乙亥，召南京吏部尚书谢升为吏部尚书，以唐世济为左都御史。
八年夏八月，刑部主事吴江、给事中何楷、宋学显、御史张缵曾各劾大学士温体仁，并及王应熊。初，流盗陷中都，巡抚扬一鹏、巡按吴振缨被劾；而振缨，体仁乡人，曲庇之。时何吾驺亦与应熊不合，钱士升力剂其间，得解。
秋七月，进少詹事文震孟为礼部左侍郎兼东阁大学士。震孟讲「春秋」称旨，既而以疾告，不允。温体仁语之曰：『行相君矣，何避也』！至是，出特简，入政府。
十一月，大学士何吾驺、文震孟罢。初，吾驺、震孟在直，欲以工科给事许誉卿补南京太常卿；温体仁与吏部尚书谢升难之，升遂疏纠誉卿。震孟自恃特简，于体仁无所依附，尝与体仁论庶吉士郑鄤当迁除，大拂体仁意。至是，票升疏，止欲夺誉卿俸；体仁不肯，震孟作色掷笔曰：『即削籍无害』！体仁夕揭上，而吾驺、震孟朝罢矣。誉卿击珰有直声，沈沦谏垣，十年不调；至是，削籍。震孟有时望，入相仅三月；而龃龉同官，不竟其用。逮庶吉土郑鄤。鄤继母，大学士吴宗达女弟也；鄤薄于宗达，宗达尝揭其杖母、蒸女。震孟既忤体仁，体仁并忽郑鄤，即以宗达所揭入告，下狱。
九年二月，吏部尚书谢升疏救陈子壮，不听。先是，子壮以论宗秩事下狱。巡按苏松常镇御史王一鹏奏荐周延儒等，以滥及废籍，责之。
夏四月，大学士钱士升罢。初，温体仁深结士升；其入相也，体仁凡有所为，必力皆体推之。如用家冢谢升、总宪唐世济，皆体仁意而士升成之。体仁逐文震孟，颇引士升为主，士升亦助体仁。至是，体仁并欲去士升。因福建右卫经历吴鲲化讦奏士升弟士晋，即拟严旨，仍嘱林焊毋泄言，欲借弟以逐其兄也；士升遂引归。
五月，逮滋阳知县成德，下锦衣岳。德性刚激，出前大学士文震孟之门；至是，连章攻温体仁，凡十上，尽发其奸状。母张氏伺体仁舆出，辄道诟之。德移狱刑部，戍延绥。
秋七月，国子祭酒倪元璐免。元璐与同邑左庶子丁进不合，嗾诚意伯刘孔昭讦奏也。
十一月，下左都御史唐世济于狱。世济以边才荐故兵部尚书霍维华；上谓维华逆案，世济蒙蔽，下刑部狱。明年正月，霍维华戍殁。
十年春正月，常熟章从儒讦奏前礼部右侍郎钱谦益、科臣瞿式耜。疏上，温体仁修部逮之，下刑部狱，几殆。谦益尝作故太监王安祠记；曹化淳出王安门，愤其冤，发从儒阴谋，立枷死；谦益等寻得释。
二月，逮巡按山西御史张孙振。初，提学佥事袁继咸守官奉公，自书卷外无长物，孙振贪秽不职，诬奏之，贡士卫周祚等讼其冤，命并孙振逮讯。
三月，陆文声陈风俗之弊，皆原于士子；太仓庶吉士张溥、前临川知县张釆倡复社，以乱天下。命南直提学御史倪元洪核奏，元洪因极言文声之妄；上责其蒙饰，降光禄寺录事。溥、釆为古学以相砥砺，天下靡然乡风，不为政府所悦；故朝论多苛及之。时苏州推官周之夔亦讦奏溥等树党挟持。
夏四月，兵科给事中宋学显、贵州道御史张盛美俱例转湖广河南参议。抚宁侯朱国弼劾温体仁私左都御史唐世济逐学显、盛美，上不听。又劾体仁受霍维华赂，令唐世济发端；上慰谕体仁，夺国弼侯爵，世济亦戍边。
六月，大学士温体仁引疾免，赐金币，遣行人吴本泰护归，体仁在事，诸臣攻者无虚日，体仁与举朝为仇，其庇私党、排异己，未尝有迹；但因事图之，使若发自上者，而主柄阴为所假。上竟不之疑。
八月，以薛国观为礼部左侍郎兼东阁大学士。
十月，定东宫官，属右谕德项煜、编修杨廷麟让左谕德黄道周。阁臣以道周意见偏，上疏有「不如郑鄤」之语，寝之。刑科给事中冯元飙言：『道周忠足以动圣鉴，而不能得执政之心；恐天下后世有以议阁臣之得失也』。不听。已而道周疏劾杨嗣昌夺情，谪外。
十一年八月，南京户科给事张焜芳论前巡盐两淮御史史范侵帑三十余万，命逮范下刑部。先是，巡盐御史张锡命忧去，遗课二十一万；范摄事，尽入其家。检讨杨士聪攻之，范诿锡槖命。时锡命卒，子沆奏辨；大学士钱士升拟旨罪范，王应熊曰：『史太仆大有才，未易攫也』。拟上，上果不听。至是，范复奏辨，又发张焜芳朋党状，焜芳夺官。
十二年六月，以左懋第、袁恺、阴润、蔺刚中、范士髦为给事中，詹时雨、李近右、汪承诏、张绪论、杨四重为试监察御史，吴昌时等并各部主事。昌时首选吏部疏上，上自手定先后，示不测；昌时谓薛国观所为，恨之。
八月，庶故吉士郑鄤磔于市。先是，中书舍人许曦讦奏鄤不孝渎伦，与温体仁疏合；法司定罪拟辟，上命加等。鄤初选庶吉士，有直谏声，文震孟、黄道周皆与之游。当时欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重；而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。
十三年夏四月，巡抚江西右佥都御史解学龙荐举布政司都事黄道周；上以道周党邪乱政、学龙徇私，俱逮下理，廷杖论戍。户部主事叶廷秀请宽之，并杖削籍。监生涂仲吉上言：『黄道周通籍二十载，半居坟庐，稽古着书；一生学力，止知君亲。虽言尝过戆，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦。此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也。昔唐太宗恨魏征之面折，至欲杀而终不果；汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。皇上欲远法尧、舜，奈何出汉、唐主下？断不宜以党人轻议学行才品之臣也』！通政司格之不上。仲吉并劾通政使施邦曜遏抑言路，再救道周；上怒，下狱杖之，论戍。
六月，大学士薛国观免。初，国观以温体仁援，得入阁。同官六人皆罢，独国观秉政至首辅，上颇向用之。至是，因拟谕失旨，下五府九卿议处，致仕。刑科给事中袁恺再疏劾之，言国观纳贿有据，并及尚书傅永淳、侍郎蔡弈琛等；遂下镇抚司讯。初，上召国观，语及朝士婪贿，对曰：『使厂卫得人，朝士何敢黩货』！东厂太监王化民在侧，汗出浃背；于是专侦其阴事，以及于败。国观既削籍，吏部尚书傅永淳、南京吏部尚书朱继祚并免，下左副都御史叶有声于狱，以通贿国观也。时株连颇众。十二月，国观奏辨，不听；命入京即讯。十四年春正月，故大学士薛国观奏辨刑科给事中袁恺诬劾出于礼部主事吴昌时之意。上不听。
（十四年）夏四月，召前大学士周延儒、张至发、贺逢圣入；至发辞不出，逢圣不久以病归。初，延儒既罢，丹阳监生贺顺、虞城侯氏共敛金属太监曹化淳等营复相。至是，得召用；主事吴昌时之力居多，延儒德之。
六月，故刑部右侍郎蔡弈琛在系上言：『去夏六月，同邑诸生倪襄贽于庶吉士张溥之门，归语知县丁煌，夸溥大力，可立致人祸福；因言及臣旦夕必逮。未几，而王陛彦果劾臣矣。一里居庶常，结党招权，阴握黜陟之柄，岂不异哉』！上令丁煌指证，下倪襄于岳。既而弈琛亦劾张溥，并及故礼部侍郎钱谦益。
八月辛亥，故大学士薛国观赐死，诛中书舍人王陛彦，各籍其家。初，国观以王陛彦通赂免官，命伺其邸；则王陛彦至，执下狱。陛彦为吴昌时甥，临刑呼曰：『此舅氏所作；我若有言，即累名教矣』！时国观事发于东厂，佥云昌时实启其机。
十二月甲子，戍黄道周、解学龙。初，刑部尚书刘泽深拟道周瘴戍，再奏不允；因上言：『道周之罪，前两疏已严矣，至此惟有论死。死生之际，臣不敢不慎也。自来论死诸臣，非封疆则贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封疆、贪酷之失，而有建言蒙戮之名；于道周得矣，非我皇上覆载之量也！且皇上所疑者党耳，党者见诸行事，周道具疏空言。一、二臣工始未尝不相与也，今且短之，继而斥之；乌有所谓党，而烦朝廷之大法耶！去年行刑时，忽奉旨停免；今皇上岂有积恨于道周？万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟上』。上从之。
十五年夏四月，宥马士英，起兵部左侍郎兼右佥都御史，提督凤阳。士英初抚宣大，以总监王坤论罪；至是，故太常少卿阮大铖为营救，得起用。
八月，召还黄道周，仍任少詹事。时周延儒承上眷最深，凡上怒莫能回，延儒能谈言微中。先是，道周在狱，人谓必不可救，延儒以微词解之，得减放；至是，上偶言及岳飞事，叹曰：『安得将如岳飞者而用之』！延儒曰：『岳飞自是名将，然其破金人事，史或多溢辞；即如黄道周之为人，传之史册，不免曰「其不用也，天下惜之」』。上默然。甫还宫，即传旨复官。
十六年三月，改礼部仪制主事吴昌时为吏部文选主事，署郎中事。昌时好结纳，通司礼太监王化民等，欲转铨司；吏部尚书郑三俊尝以问乡人徐石麒，答曰：『君子也』。三俊遂荐于上。盖石麒畏昌时机深，故誉之，而三俊不知。例转给事中范士髦等四人、御史陈荩等六人。故事：例转科一、道二，文选主事吴昌时特广其数，意胁台省为驱除地也。夏四月，河南道御史祁彪佳劾吴昌时紊制弄权，山东道御史徐殿臣、贺登选各疏参之。
五月，吏部尚书郑三俊以荐吴昌时引咎罢，大学士周延儒放归。给事中郝絅复劾吏部郎中吴昌时、礼部郎中周仲琏窃权附势，纳贿行私；内阁票拟机密，每事先知。总之，延儒天下之罪人，而昌时、仲琏又延儒之罪人。御史蒋拱宸、何纶交劾之。七月乙卯，上自讯昌时于中左门，拷掠至折胫乃止。征延儒听勘；延儒先荐大学士王应熊，途中密语，令先抵京；上遣缇骑趋延儒入，侦知之；罢应熊。寻诛昌时，赐延儒死。初，延儒再召，时庶吉士张溥、马世奇以公论感动之，故其所举措，尽反前事；向之所排，更援而进之。上亦虚己以听。溥既殁，世奇远权势，不入都。延儒左右皆昌时辈，以至于败。