承应元年壬辰（永明永历六年、鲁监国七年、清顺治九年），正月，永历驾在安隆（明史稿、行在阳秋）。成功攻海澄，降城守郝文兴，授左都督（郑成功传）。二月，清师破嘉定入钦，永和以琼州降。四月，清杀孙元允（行在阳秋）。成功转攻长泰。中提督甘辉与清王进勇并冠两军（明清斗记曰：「甘辉，漳州人，生而顈悟，猛勇绝伦，善骑射，学兵法而通四夷事；弘光中，仕郑氏为提督征讨诸军事）；适相会，亲挺战，自巳至午，胜败不决。两军止战而观，惊以为神。既而两军共逼，于是解去。王进入长泰据城，辉日夜攻弗克。清浙闽总督陈锦来援，辉迎击走之；复攻长泰，遂陷之。进遁去，保郡城；漳属邑悉降。进，绰号老虎，清范承谟称其能，荐为闽将；后从耿精忠叛于清。五月，金衢总兵马逢知援长泰，战少利，突入郡城。成功筑堤镇门山，灌城以水（郑成功传）。七月，陈锦复来援长泰，其奴刺锦而归成功（郑成功传、三朝实录）；成功赏其功，既而曰：「仆戕主而赦之，是天下无刑也」！终杀之（郑成功传）。八月，芝龙请清主曰：其祖父坟墓在福建，留继母及子弟各一人于其地，妻妾及二子搬取来京；清主许之（三朝实录。按芝龙前妻娶本邦者既死于兵，此所谓妻者，盖继室也）。十月，成功围漳州城，凡六阅月（三藩纪事作「七阅月」，误），城中食尽，人相食，枕藉死者七十余万人，间存者气息仅相属，虽悲泣无泪。有一士人饥死，邻舍儿窃食其肉，肠中皆故纸，字画隐隐可辨。周亮工作诗纪实，酸楚凄痛。至是，清金固山来援，成功解围，遣柯朋接战；成功久顿坚城下，师老粮乏，朋败。遣陈凤、周全斌，皆败。成功将退，犹不彻中军盖，是以大崩，收兵保海澄（郑成功传。按名家诗人小传曰：「周亮工以谋解清漳之围，人惊为神施鬼设）。清主有意招抚，谓「芝龙既降，子弟何忍背父兄，此必地方官不体我意，行事乖张所致；成功等虽有心向化，无路上达。若成功等来归，就用之海上，不令必赴京」。令芝龙作书遣使谕成功及鸿逵；且敕其浙闽总督刘清泰曰：「俟芝龙家人回信到闽，成功等悔罪归顺，一面奏报，一面遣才干官一、二员到彼审察事情，归顺称实，赦罪授官，置原任地；若执迷不悟，尔即进剿」（三朝实录）。
二年癸巳（永明永历七年、鲁监国八年、清顺治十年），正月，永历驾在安隆（明史稿、行在阳秋。明清斗记曰；「是月，清主遣将陈某为福建军门，成功共战于角尾所，陈部下兵杀陈而降；清主再遣海利王为军门，成功迎击而大败之」）。二月，先是马得功之袭厦门也，略夺成功家资；至是，刘清泰奏清主曰：「日者抚臣张学圣、道臣黄澍、镇臣马得功垂涎于成功金穴，窥其它出，潜师往袭，悉攫其家资，以致郑逆索偿修怨，海郡沦陷；三臣罪固难遁」。清主敕褫学圣、得功等职，下之刑部（三朝实录）。四月，郝尚久复以潮州内附（行在阳秋）。五月，金固山攻海澄，城坏百余丈；成功亲立雉堞，左右死者山积，指挥自若，益治军，遂不能破。既而矢炮雨下，成功呼曰：「天尚佐我乎」！俄而下息，炮碎其座。一日，空炮频发，成功曰：「敌将逼城」。勒兵令各持斧，令曰：「敌至方斫」。清兵果跳濠登城，一卒速挥巨斧，众从之，随斫随落，濠为之平。固山宵遁，澄守益坚；以卒为都督。是时，滨海骚扰，馈饟不给，令黄恺主饷。恺小有才，然招权贪财，民不聊生，成功收杀之。郑氏兵兴以来，军律肃然，兵士无淫略，故孺子妇人至与军行争道。军饷或乏，乞索富家，不需之小民（郑成功传）。是月，清主封芝龙为同安侯、成功为海澄公、鸿逵为奉化伯、芝豹为左都督（三朝实录、郑成功传）。成功不从；芝豹奉命与嫡母颜氏共入京。成功乘招抚机，上陆纵横福、兴、泉、漳间。九月，清攻潮州，尚久乞援于成功，成功遣兵救之；既而尚久疑不纳，潮终破（郑成功传），尚久死。十月，清陷吴川县（行在阳秋）。是月，芝龙言清主曰：「前者奉招抚鸿逵、成功之命，臣即遣人贻书传圣意，成功不奉命受封」。于是，清主令议政王贝勒大臣确议以闻。十一月，清主敕谕成功曰：「朕惟闽海奥区，兵戎重寄，置资勋冑，以靖封疆。尔成功乃我朝世袭同安侯郑芝龙之子，曩大兵下闽，芝龙首倡来归，虽经叙录，未称报功。缘睿王疑心轻听，不计周全恩养，以致尔疑惧淹留，迹寄海中，情甘化外。朕念父子大伦，慈孝天性，父既为功臣，子岂愿为仇敌？但道阻且修，尔心无由上达。前者李德等持尔家书至，朕令细询口语，悉尔至情，朕恻然念之。推心置腹，何分新旧。即使海隅底定，防镇亦必需人；与其别择他人，岂如任用尔等！朕因加之封爵，畀以事权，聿同开国之功，特赐承家之庆。兹封尔为海澄公，挂靖海将军印，照例食俸。因尔兵卒房地原在泉、漳、惠、潮四府，即命驻此四府地方，止将四府水陆寨游营兵饷，拨尔部官兵，不足不别补正额；钱粮仍行解部。其管民文官俱听部选，尔原辖武官听尔酌量委用；姓名官衔，开册送部，即将归顺官兵数目，详开奏闻。海上诸寇，尔须相机防剿，洋船往来，俱着管理，稽察奸宄；收取课税，交布政司解京。地方官计、民间词讼、钱粮等项，俱系有司职掌，有督抚管理，尔不得干预。尔膺此宠嘉、受兹信任，务殚心竭力以图报称。海滨宁谧，惟尔之功；如果建有殊勋，仍加懋赏。山河带砺，垂于永久；忠孝两全，身名俱泰，岂不休哉！尔其钦承之，毋替朕命」。又曰：「朕临御天下，思与百姓休息，底于太平。有负固不服者则兵之，其有输诚国家、矢忠宣力者爵赏之，曷有靳焉。尔父郑芝龙首先投顺，忠诚可嘉！特畀侯爵，世世延赏。封尔为海澄公，洎尔叔（？）一门恩荣。朕岂惮于用兵如此哉？但以为力服明威，何如布恩示信。尔不祗承敕印，尔仍遣李德等来，尔父持尔书入告。朕览书，内有「君择臣、臣亦择君」之语。尔来投诚，正是择君；朕破格委任，正是择臣。君臣一心，至诚相待，何有不信之处？又曰尔父为贝勒所绐，屈抑数年。尔父在睿王时果有猜疑看守之事，朕亲政以来，优厚大臣，加升尔父官爵，同旧人前列，恩礼罔间，想尔亦已悉知之。又曰「一攻一议，二三其令」。但固山奉命在先，刘清泰招抚在后，及尔差人一到，即令彻兵（按固山围澄，不克遁去，而此云令彻兵者饰言也），何尝失信？又云畀以三省，海寇总令管理防剿，并非沿海地方。前敕甚明，岂可援以为请？又云三府屯兵，并辖三省沿海地。原敕止有泉州等处，并未有三府之说，此传言之误。尔言一府未足屯兵，未为不是。又云「岛上诸绅，藉没已尽」；道、府、县视为奇货，或亦有之；诸人果非叛逆，有司何得执问？既系叛逆，穷究党与，亦未为过。又云：「公为五等上爵，充总兵官，尚在提督之下」；似为有理，故命尔挂靖海将军印。又云：「用人莫疑，疑人莫用」；朕固不疑，故授以封爵，委尔以海上之事；如有所疑，岂敢加封委任？又云：「父亲致力于内，儿尽力于外，付托得人，地方安静」；此言殊不合理。朕再三宣谕，不愿加兵，为地方频年兵火之苦，又为尔家父子间隔之情，尔即多所词说，皆所不计。朕念尔兵卒众多，一府难以安插，钱粮委难支给，仍益以漳州、潮州、惠州三府并泉州四府驻札，即将四府水陆寨游营兵饷拨给尔部下官兵，不足不别补正课；钱粮仍行解部。管民文官俱听部选；尔原辖武官听尔遴选委用，仍将姓名职衔具题造册送部。开洋船只，尔得稽察；收纳课税，送布政司解部。朕待尔推心置腹，毫无猜疑。尔受兹敕谕，便当安插兵丁，防剿海贼，所辖将士，严行约束，勿使侵扰百姓；上以报朕委任之意，下以全尔等归命之忠。尔能积德累劳，仍有懋功懋赏。主臣相得，垂诸史册，岂不休哉」（三朝实录）！
三年甲午（永明永历八年、鲁监国九年、清顺治十一年），正月，永历驾在安隆（行在阳秋）。先是，孙可望以钱榖供给行在，而以其终不可倚赖，窃谕李定国以兵来迎；可望知之，至是逼杀朝臣十四人（明史稿）。三月，名振率舟师侵崇明南沙嘴、寿兴沙等所，与清赵光祖等战，失利。五月，清福建提督杨名高奏清主云：「成功虽云就抚，而接诏不开，衣冠如旧；且纵兵焚掠，侵扰延、建，情甚叵测」。清主下事兵部知之。六月，芝龙请和硕郑亲王济尔哈朗等曰：「次子世忠与成功谊切手足，若令与使臣同到成功处，谕以君恩、责以父命，巽言婉导，彼必欣然向化」。济尔哈朗议而奏，清主可之（明清斗记曰：「是夏，成功攻清许良于广东海防南洋岛，破之）。七月，清主谕成功曰：「自古识时俊杰，遇推诚待人之主，披肝效顺，矢忠勿二，方能建立事功，身名俱泰；未有猜疑观望，可称识时知命者。朕承皇天眷佑，奄有万方，海陬一隅，何难偏师戡定。但闽峤苍生皆吾赤子，不忍勤兵。又念尔父郑芝龙投诚最早，忠顺可嘉，故推恩延赏，封尔公，给与敕印，俾尔驻扎泉、漳、惠、潮四府，拨给游营兵饷，养尔部下官兵。朕之推诚待尔，可调至矣。尔自剃发倾心，义不再计。今据尔疏奏，虽受敕印，尚未剃发，冀望委畀全闽；又谬称用兵，屯扎舟山，就近支给温、台、宁、绍等处钱粮：词语多乖，要求无厌，乃复以未撤四府官兵为辞。尔尚未归诚，岂有先撤官兵之理！尔若怀疑犹豫，原无归诚实心，当明白陈说；顺逆两端，一言可决。今如遵照所领敕印，剃发归顺则已；如不归顺，尔其熟思审图，毋贻后悔」（三朝实录）。清主复遣叶、阿二员招抚成功，成功不从。清遂幽芝龙、芝豹于宁古塔（郑成功传。本书云：「置芝龙于高俎」，今从三朝实录顺治十二年文。高俎，地名，而未详其所在）。是月，清议政王贝勒大臣会议：「郑成功屡经宽宥，遣官招抚，并无剃发投诚之意；且寄伊父芝龙家书，辞语夸张，肆无忌惮，不降之心已决。请敕该督、抚、镇整顿兵马，固守城池，勿令逆众登岸，骚扰生民；遇有乘间上岸者，发兵扑剿」。从之（三朝实录）。成功攻漳州，降清守将刘国轩、朴世用等，十邑皆下；乘势略泉州属邑，泉州帅城守（郑成功传）。清主命世子济度为定远大将军，同多罗贝勒巴尔楚浑等统大兵讨成功。清福建巡抚佟国器奏：「成功袭破漳郡，连陷各邑，复围泉州，警连兴化。夫海贼与陆地不同，扬帆所至，随所可犯；贼众亿万攻围，孤城单弱可虞。请迅发满洲大兵荡剿，并敕广东、南赣督抚调发潮州水师直抵厦门，与闽师首尾夹击，海氛可靖矣」；下议政贝勒大臣会议（三朝实录）。时成功兵势大盛，分所部为七十二镇，以中左所为思明州（长崎夜话草曰：「成功志期恢复，州号思明者，寓思明室之意也）。立储贤储材二馆、察言宾客二司，设印局、军器诸局。令六官分理庶政：以壬午举人潘赓昌兼吏、户二官，丙戌举人陈宝钥为礼官，世职张光启为兵官，浙人程应璠为刑官，丙戌举人冯澄世为工官，以邓会知州事。奉监国鲁王、卢溪王、宁靖王居金门，凡诸宗室，颇赡给之。礼待诸缙绅避乱而至者，军国大事时咨询焉；王忠孝、卢若腾、沈佺期、辜朝荐、徐孚远、纪许国等皆其选也。凡有所便宜封拜，乃朝服北向，遥拜帝座，疏而焚之。其所施为，鼓动一世（郑成功传。按卢溪王失传。宁靖王、忠孝、若腾、佺期、朝荐详台湾县志。孚远，文人，与陈子龙结几社；及松江败，遁入于海，见明史）。鲁王后欲复航海，舣于南日山，遭风没于海。南日山在莆田东南滨海，与琉球相望（明史）。初，清入兖州执王，王时年尚幼，诡称牧儿，清兵疑而刃之，三击不中，清人异而不害，得脱。及清兵渡江，马士英、方国安欲执王为贽而降清，然所遣将病俄发，不省人事，王得单骑逸。及台州航海，清兵追及，海中忽有龙升天，清兵没溺，王复免。然至是天命不遂矣（粤游纪闻。按明史稿三王传及三藩纪事鲁藩条云：「顺治十一年甲午郑成功奉王居金门。初至礼待甚恭，既益懈；王积不能平，成功衔之。未几，王将往南澳，成功使人沈之海中」。而据舜水文集，朱之瑜有丁酉岁报鲁王书疏；丁酉，顺治十四年也。考之明史沈宸荃传曰：「鲁王监国擢右佥都御史，已而事破，宸荃弃家从王海外，又从抵厦门、金门；后舣舟南日山，遭风没于海」。然则甲午以后，王尚无恙，至丁酉后，航海而漂没也。明史稿、三藩纪事恐系一时之讹传。且成功以忠义自许，岂有此事哉？黄斌卿之据舟山，结沈王子于海，世或讹传而为成功事欤）？
明历元年乙未（永明永历九年、清顺治十二年），正月，永历驾在安隆。前年改州为府。成功遣众侵仙游（郑成功传）。二月，芝龙窃通信成功及鸿逵，佟国器夺书具疏以闻；清主封下兵部密议（三朝实录。明清斗记曰：「是月，成功将取揭阳，资粮榖，据要害，发舟师攻之。揭阳守却尚文战败遁去。成功使宣毅镇吴爷、义武镇陈义等守之）。五月，成功遣洪旭、陈六御攻舟山，清守将降，令六御守舟山。旭又招降清台州镇马信、宁波镇张宏德（郑成功传）。陈其纶应成功，聚兵大柏山，与清兵战，不克而死（三朝实录）。六月，成功破安平镇及惠安、同安、南安三邑（郑成功传）。七月，成功奉书于本邦幕府曰：「洲同瞻部，就一水以判东西；境迩蓬莱，连三岛而橐天地。域占为雷之位，光拂若木之华。百篇古文，蚤得嬴秦之仙使；历代列史，并分上国之车书。道不拾遗，风欲追乎三代；人重然诺，俗尤敦于四维。恭惟上将军麾下，才擅擎天，勋高浴日：铸六十五州之刀剑，雌雄为精；服五百一郡之版图，砾沙皆宝。文谐丹府，屡有表使至金台；释辅儒宗，再见元公参黄蘗。虽共临乎覆载，还独奠其山河。成功生于日出，长而云从，一身系天下安危，百战占师中贞吉。叨世绩之赐李，恩重分茅；效文忠之祚明，情深复旦（「旦」恐「土」之误）。马嘶塞外，肃慎不数余凶；虏在目中，女真几无剩孽。缘征伐未息，致玉帛久疏。仰止高山，宛寿安之在望；溯洄秋水，怅沧海之太长。敬勒尺函，稍伸丹悃；爰赉币篚，用缔缟交。旧好可敦，曾无赵居任于今复往；中兴伊近，敢望僧桂梧如昔重来。文难悉情，辞不尽意；伏祈鉴照，毋任翘瞻（华夷变态）。十一月，清定远大将军庶子王入闽，成功避之岛（郑成功传。按据三朝实录，庶子王，济度也）。
二年丙申（永明永历十年、清顺治十三年），正月，永历驾在安隆。孙可望谋移驾；李定国执可望家眷，护跸走云南（参取明史稿、行在阳秋）。庶子王略沿海（郑成功传），败成功所留兵于福州府属高齐、泉州府大营、惠安县海港，焚毁船只（三朝实录。明清斗记曰：「成功以其兵势渐盛，将陷福建而取南京。三月到福建，攻其城，城坚不拔，成功创意制攻城具木城。其制迭木而成砦寨堞墙形，下施车轮，令旋转自由，中设炮，乘夜窃以之逼敌垒，虏军大困」。按木城制见武备志，盖成功遵旧制而加新意也）；遂攻两岛，暴风坏舟，分兵攻鸿逵于白沙，皆弗克而还（郑成功传）。四月，清都察院左副都御史魏裔介上疏，言「天下民生所以不安者，以云贵有孙可望、海上有郑成功。郑逆出没海上三十余年，我欲捣其巢穴，恐水师少而未练，宜择知兵大臣沿海防御，坐而困之；庶荡平有期矣」。下所司议。至明年，定水战跳船升赏例（三朝实录）。五月，成功令苏茂、黄梧攻揭阳，不克。成功素不释然于苏茂尝纵施琅，至是以师行失律斩茂焉。六月，成功将北略，克日解缆，留粮食于海澄，分兵护其诸门。黄梧在东南，茂部将苏明在北。黄梧恐以茂故获罪，窃图降清；而以知明亦有所惧，就明而饮，微言诱之（郑成功传）；斩总兵华栋，率众薙发，以海澄县降。清主遣梅勒章京翁受等入城安抚（三朝实录）。清主以梧为海澄公，驻漳州；明亦得官。梧遂发郑氏坟、害亲党、杀漳商（郑成功传。和汉合运曰：「是月，成功与清兵大战于泉州」。明清斗记曰：「成功攻清提督马得功于泉州，成功战败几危，而以谋杀得功）。十月，庶子王班师。甘辉闻海澄之乱，进攻取蓄积归，遂奉成功破闽安镇，逼福州，转略温、台等郡（郑成功传），平阳、瑞安俱陷，全浙震动（三朝实录）。
三年丁酉（永明永历十一年、清顺治十四年），正月，永历驾在滇都（行在阳秋）。舟山之将陷也，朱之瑜豫来本邦；无几，又之安南。安南酋召见之，之瑜长揖不拜；酋大怒欲杀之，之瑜执礼不屈。酋知其伟人，欲臣之，亲贻书，期以太公、陈平佐周、汉之任；之瑜固辞。酋又数咨询时务，之瑜劝之以削平大憝，铭勋复辟在于指顾间。国人始皆憎之瑜，欲乘机下石；后翕然敬爱焉。鲁王尝欲召还之瑜；监国九年三月敕谕玺书，是月附日本船而达安南。文曰：「尔矫矫不折，远避忘家。阳武之椎，尚堪再试；终军之请，岂竟忘情？予梦寐求贤，延伫以俟。恢复事业，当资尔节义文章」！之瑜谢表有言：「臣此时已促装，拟于廿一日往暹罗，亦辗转以求达也。因暹罗更在西南，诚恐主上未察臣苦心，疑为营私背旨，故捧敕惊惧，即止不行。虽臣无节义文章之重，足副主上梦寐延伫之求；至于犬马恋主之诚，回天衡命之志，未尝一刻少弛也。静候夏间，附船前去日本，复从日本方达思明。所以纡回其道者，臣之苦衷，不便明言」（舜水文集）。三月，故镇海将军定西侯鸿逵病卒于浯州，成功回岛。寻遣将城福州峡江牛心塔，令陈斌、林铭、杜辉等守之。清兵来攻，铭、辉弃回，斌降而被诱杀。甘辉、周全斌等攻宁德，满帅阿克襄身体雄伟，勇冠三军，率兵逆战；辉躬搏而获首，首重钧余（郑成功传。按明清斗记载：「翌年四月，甘辉与清阿克商战，克商恃勇战死」。「克襄」、「克商」，恐非别人，传闻之异也）。八月，议政王贝勒大臣奏：「芝龙等所幽宁古塔，地近江海。贼船有水之地，无所不至，芝龙禁后恐有疏虞，应各用铁链三条，手足杻械，令章京兵丁严加看守」。清主从之（三朝实录）。十一月，孙可望降于清，清封为义王（行在阳秋、三朝实录）；后从清主猎，被射杀（行在阳秋）。
万治元年戊戌（永明永历十二年、清顺治十五年），正月，永历驾在滇都（行在阳秋）。三月，清师三路向云南（明史稿）。六月，清师取湖南。七月，明李定国秉黄钺出师（求野录）。永历遣使晋成功延平郡王（行在阳秋系八年甲午七月）、甘辉崇明伯、万礼建安伯、黄廷永安伯、郝文兴庆都伯、王秀山祥符伯、张煌言兵部左侍郎，余各赐爵有差。使还，使徐孚远随入滇。孚远为交趾所获，要以臣礼，不屈而还（郑成功传。按黄廷尝仕隆武为都督副将，见明季文字。张煌言，举人也，见明史）。成功决意议大举，先取金陵。部署诸将：以黄廷为前提督、洪旭为兵官、郑泰为户官留守；令力士全身披挂铁甲，但余两目，甲画以朱碧彪文，执大刀，立行首，斫马足，号曰「铁人」，视者以为神兵，左虎卫陈魁统之。甲士十七万、习流五万、习骑五千、铁人八千，凡号八十万。弋船八十，扬帆北上。至浙江，攻陷乐清等州县；次羊山，暴风破舟，泊滃州理楫（郑成功传。和汉合运曰：「是岁九月，成功复请援兵于本邦」；他书所不载，故不取焉）。十月，三路清兵俱集。十二月，七星关失守，定国连败遁走，永历奔永昌（明史稿、三朝实录）。
二年己亥（永明永历十三年、清顺治十六年），正月，永历驾在永昌。以从臣多叛，决意入缅（明清斗记曰：「三月，成功舟师攻台州，台州都督马信出兵而战。信长兵略，成功军数失利；成功以诡计败之，信出其意外，知不可敌，终降。成功攻梧州（？）、安海，皆陷之）。五月，缅人迎而驻驾于孟城外赭硁，茅庐竹城，从官草次，缅人置兵防之（明史稿、求野录）。是月，成功至崇明，诸将请先取崇明为老营，不听（郑成功传。按金陵之役，明清斗记说与成功传稍有异同，而颇有如得其实者，姑记概略以充参考。其说曰：『成功奉永历敕，谓甘辉曰：「吾久图恢复，而志愿未达，今既奉敕，何得迁延；将速取金陵，以定南都如何」？甘辉曰：「王者之道怀近柔远，至德可以服人；至今日之事，四海糜烂，民既坠涂炭，何遑从容拟议，速发兵敌王忾」！于是成功决意出师。六月，至定海关，俟云南援，徜徉山水之间。七月，登岘石山，山深而寂，有一祠，云锁烟蔽，成功怅然赋曰：「黄叶古祠里，秋风寒殿开，沉沉松柏老，暝暝鸟飞回。碑帖空埋地，社阶尽杂苔。此地到人少，尘世转堪哀」。破定海，遂至崇明关大战，守将李某、副将王老豹败走；成功遂夺关，清兵走保镇江城。城临江，成功欲济而攻，无舟；全斌曰：「万里长江，何有涸竭之日，臣稍谙水性，先从斌始」。驱从兵三千乱流而济，众军从之，遂飞渡长江，乘势陷城；令全斌守城。成功遂议攻南京石头城。甘辉曰：「南直人物殷繁而田亩少、米粟乏，故所漕船舰，填塞浦口。今据浦口，裁抑漕运，充吾兵食，镇压要地，以固根本，见机而动，南京在掌中」；成功不肯，曰：「兵贵神速，不如速出兵，掩彼无备」。遂发兵攻石头，破郛，清兵退守本城。成功攻破聚宝、通济二门，逼正阳门；甘辉、万礼擒操江，城旦夕将陷。时北京援兵二十万俄至，成功兵疲不能敌，终败绩』。成功之诗，世不多传，本藩藏其所自书诗曰：「礼乐衣冠第，文章孔孟家；南山开寿域，东海酿流霞」。其诗不书题，盖似贺本邦人诗，书法亦飘逸可爱。观此二首，亦可以知其槩略）。七月，清主命内大臣达素、固山额真索洪纛、章京赖塔等征剿成功（三朝实录）。成功至焦山，与诸将议曰：「瓜镇为金陵门户，须先破之」。乃令程应璠领右提督马信、前锋镇统领余新等进夺谭家洲，遣材官张亮督善泅者斩断滚江龙，进踞瓜洲上流，焚夺满洲木城。指挥既定，成功与中提督甘辉、左提督翁天佑、先锋镇杨祖直捣瓜洲。清操江朱衣祚、城守左云龙背港而阵；战未合，张亮已断滚江龙，对岸夹击，成功麾军大进。右武卫统领周全斌直破其阵，身中五矢，气弥锐，斩云龙；衣祚遁去。正兵镇韩英夺门登城树帜，全斌继入，鏖杀城兵。后提督万礼绕出洲后，歼残兵。以左镇刘猷守瓜洲、监纪推官柯平为江防。张煌言、杨朝栋、袁起振进取芜湖，遂涉扬子，趣镇江。清管效忠驰而攻，不动，留步兵守银山、骑兵当大路。成功及夜夺据之，阵而待明。清兵攻之雨射，成功发炮，佐以鼓，屋瓦悉震，清兵殊死战，郑兵益奋，清兵遂大败，效忠仅得逸，清镇江守将高谦、知府戴可进等降。成功登京岘山大飨士卒。令全斌、黄昭等守镇江，属邑皆下；煌言、朝栋招抚江南，起震、徐长春招抚江北，芜湖清兵皆遁。甘辉曰：「瓜镇为南北咽喉，但坐镇此，则山东之师不下；据北固，则两浙之路不通，南都则不劳而定矣」。不听；率师薄金陵，檄四方。八月，至观音门，以黄安总督水师，守三汊河口。成功由凤仪门登陆，令诸舟列碇于江东门外，亲率骑兵逼城下，规壁垒（郑成功传），造木栅，移诸将，安设大炮、地雷、云梯，欲以久困之（三朝实录）；与五亲军屯岳庙山，留前锋镇、中冲镇于狮子山。甘辉进曰：「兵贵神速，彼未备，其势可乘矣；守御既固，恐难拔」。不听。退而叹曰：「此行吾不知死所」。既而清兵千骑薄前锋镇，镇将余新击败之；新遂轻敌不设备，军士捕渔饮博，纵观优戏。清副将梁化凤侦知，穴城出凤仪门，衔枚复簿新营；新不及甲，仓皇出拒，遂就擒。成功闻炮声，急令翁天祏驰援，不及。清兵既败余新，以步卒数千捣成功中坚，骑兵数万绕山后，前后夹击，成功大败；前冲锋蓝衍、行军司马张英、后提督万礼、左武卫林胜、左虎卫陈魁、副将魏标、朴世用、洪复、督理户官潘赓昌（按本书脱「昌」字，今据前文补之）、锺仪卫等皆率部下力战阵殁，惟左右提督、右虎卫、右冲锋、援剿后镇军独全。成功麾军急退。甘辉且战且走，至江，骑相属者纔三十；杀敌数百，马踬被执不屈，死最烈矣。九月，还师攻崇明不下，正兵镇王起凤伤炮死。十月，还岛，哭甘辉而后入；曰：「我从辉言不及此」！建祠祀死事者，以辉为第一（郑成功传。明清斗记曰：「令甘辉、万礼长子继其家，其余死事者皆安慰其家）。先是，朱之瑜数来往海外，备尝艰苦，窃图恢复。至是，成功将大举，故去岁招之而至厦门。而明末风俗颓败，蔑如礼法；之瑜至，先见成功部下将吏、寄居荐绅率袭明末敝风，佻达自喜，屏斥礼仪以为古气、以为骨董。之瑜知大事难成，在其营中，与成功舳舻相接，避不相见。事败后寄书规成功云：「远近传闻，藩台不以推贤进士为务，则是兴复之志不坚，而立业之基不广。志切兴复而弃贤才，是涉大川去舟楫也，何以济哉！故遂慨然欲从思明复来贵国，因敲冬敲春，时有不测，拟于夏间附舟；后藩前有三、四故交遣舟来迎，亦缘虏与盗充斥思明，故至盘石。闻林门亦有洋船，僻不得达。一入营中，遂住其舟樯。去驻数月间，虽日与藩台舻舳相衔，谊不以一刺通名字；或有美言劝行，瑜必婉辞谢却，自安愚分而已。六月初七、八入南京，兵围瓜洲，十七早即破城，满夷断胫折股，虏马截伤惊驰，浮尸积野蔽江，束手就缚，远近称快，欢哄若雷。逆虏扼江而守，列炮如星，马玉老擐甲直冲，一鼓登陴；虏骑所称彍悍骁雄者，歼夷略尽。大酋管效忠最为桀黠，喙息鼠窜，惟恐不前。廿三日镇江开门纳降，市肆不易。然而纪律时有未严，上情不能下究，有识蚤已忧之。从陆无救焚之策，候风有师老之虞，藩台似谓虏在目中，徒使英雄顿足耳。七月初八、九至南京，其下骄而不戢，涣而不萃；中有一、二要人刚愎贪忌，狃于小胜，不用上命。舍其瑕、攻其坚，不离之使分，反慢而使合。徒效姚苌之覆羗羯，不念苻坚之溃合淝：遂尔一败至此，虽死何足以赎罪（按「纪律未严」、「其下骄而不戢」，盖指余新轻敌不设备就禽之类也。「一、二要人刚愎贪忌」者，成功令六官分理庶政而不得其人；乘军旅殷繁，收敛以富私家，而兼官吏部、（户部潘赓昌等此时从军，盖指此类也）！上游则豫章江黄，迤北则淮阳庐凤，蒿目以待王师拔于水火；输粮运米，会同有绎；送印纳款，惧于后期。民心思汉之诚，于兹大验。一旦辜负之若此，真可大恸。令退守舟山、浙、闽，意在重来；若能自怨自艾，深思前过，则转败为功，直唾手间耳。幸总督忠靖伯陈灿老老成持重，镇定周详；提督马玉老雄豪激烈，吐气吞胡（按据此文，成功部下陈灿、马玉盖铁中铮铮者，而成功传不载二人事，他无所考）。况复谦雅和衷，刚柔相济，分陕犹兴，文武同心，岂不足以复高皇哉！瑜欲附船仍还贵国，往见主者马玉老，一见奋辞，责成大义；瑜十五年间关困苦，原有本情，遂乏一时权宜之说。暂留旬月，约以明夏，复过长崎。不独羊裘钓鱼，无可相助为理，即画荻城合州，何能仰答余大将军也」（舜水文集。此书本集为寄安东守约书。而先辈考云，此书称「藩台」者，非称守约。据围瓜洲、降镇江、至南京而大败及总督忠靖伯陈灿老等语，盖寄郑成功书也。今从先辈考定为与成功书。又按成功所贻舜水之书，世或传之，其大意谓恢复之事，不忘寝食；乞兵于日本，共期报效，勿背旧日之约。而其书真伪未审，故不取焉）。
三年庚子（永明永历十四年、清顺治十七年），正月，永历驾在缅孟坑城外（行在阳秋）。五月，清主命将军达素、总督李率泰发满、汉大兵讨成功。大船出漳州，小船出同安，令广东降将许隆、苏利等会岛上。成功以陈鹏督诸部守高崎，遏同安之师；郑泰出浯州，遮广东之师；自勒诸部扼海门，当漳州之兵。令陈尧策传令诸将，碇海中流，按军不动。令未毕，适风利，漳船俄迫海门，诸将相顾失措；清兵乘之，闽安侯周瑞偕尧策战死焉。日向午，风转东，郑师得上流，泰旋师来会。成功亲手旗而兴，以巨舰横击；风大涛立，北人眩晕不能军，流尸蔽海。同安船师指高崎，陈鹏约降，饬所部勿动，清兵恃应舍船争进；副将陈蟒不与谋，麾其属兵曰：「事急矣，当决一死」。与殿兵镇陈璋合击，清兵陷于淖，死者十七、八，获首领哈喇土星。成功诛鹏，以蟒代之。苏利等后至，见两路败衄，不战而去。达素还福州，自杀。竟成功之世，终不能覆岛焉（郑成功传。明清斗记曰：「是役也，清降将徐耀亦诱陈崎，窃谋叛通信；及战海澄，北兵大逼成功船，成功殆危，诸将苦战得胜。事平，夷耀、崎三族）。六月，清浙江监察御史季振宜上书辨云南转饷糜费曰：「当先守御」；且曰：「郑逆为闽、浙、江南三省重患，今大兵入闽，捣其巢穴。夫彼之巢穴，固不止厦门、舟山等处，而船即其巢穴也。闽、浙造船，且勿论其累民，而我之兵马乘风破浪，不顾万死以前驱，则性命全寄于篙师水手之手；倘逆贼奸细阳为应募，而我兵入其彀中，风水腾涌，弓刀莫施，可不为寒心哉！臣以为闻、浙、江南亦当先守御而后征剿」。清主谓：「奏内事情，关系重大，议政王贝勒大臣详察会议」。翰林学士折库纳疏陈八事，其一辨会议得失。八月，清主命都统宗室罗托为安南将军，统领大兵剿成功；遣内大臣爱星阿为定西将军，领大兵讨李定国。江南提督马逢知与成功交通，清主遣刑部侍郎尼满于江南，查审情实。九月，清江宁巡抚朱国治上疏：「郑逆未靖，欲破狡窟，先度形势；贼众负险坐待，我师远涉风涛，其劳逸不同；贼众熟识海险，我师弓马驰骋，其素习不同；我船较之贼舰大小悬殊，其次取器用不同。臣谓以守寓战，且海边江口多设墩堠烟炮，使贼势困孤，众心必变，乘间攻之，自能擒魁献馘」。清主下议所司（三朝实录）。是月，李定国与白文选入缅关疏请迎驾，不果（行在阳秋）。十二月，清山西道御史余缙言：「浙西三面环海，而宁波一郡尤孤悬海上，往时以舟山为外藩，设师镇守，俾贼不敢扬帆直至，策至善也。迩来行间诸臣多倡捐弃之议，倘形胜之地，逆贼一旦据而有之，非近犯宁波，则远窥江左；应设一忠勇之将，重其事权，随机措置，更徙内地之兵增益营垒，以固疆圉。至杭、绍两境相对处，地名小门，其间江流甚溢，若于此严设防戍，安置炮台，令贼舟不能溯江入犯，则会城永无风鹤矣」。疏下部议（三朝实录）。
宽文元年辛丑（永明永历十五年、清顺治十八年），正月，永历驾在孟坑城外。二月，文选又窃疏永历迎驾，永历玺书答之曰：「不五、六日，设浮桥而速去矣」。及期，缅人觉而断浮桥。大学士马吉翔、司礼监李国泰挟驾自重，从官或谋杀二人夺驾，事发觉，吉翔等诬奏杀之（行在阳秋）。
成功自金陵丧败，地蹙军孤，永历蒙尘南裔，声问不通，存亡难详，然犹仿天佑、天复故事，奉持正朔，将迁地谋恢复。先是，芝龙去台湾后，本邦边民出没海上，递番据台；而红毛来借地于本邦人，不可，绐曰：「愿假之纔牛皮大，千金不惜」。许之；红夷乃丝剪牛皮而连绵，规画城地里许，曰：「是一牛之皮也」。遂据台地（郑成功传。按清尤侗外国竹枝词咏吕宋曰：「当年失国一牛皮，何处天生金豆枝」？自注曰：「佛郎机以黄金求地如牛皮大盖屋，王许之，乃剪牛皮相续为四围，求地称此，筑城居之，遂灭吕宋」。其事与荷兰夺台湾相类，盖彼此传闻之异耳）。与本邦人约，岁分输鹿皮三万（香祖笔记）。红毛筑安平、赤嵌二城（郑成功传），以夹板船为犄角；虽兵不满千，南北土酋皆畏，听其约束（香祖笔记）。设市于镇城外，与商贾交易，杀土人不服者（郑成功传）。往年日本甲螺郭怀一谋逐荷兰人，事觉，怀一被杀于欧汪。欧汪在凤山县界。此时日本甲螺何斌亦与红毛酋长有隙（香祖笔记），走厦门，为成功盛陈「台池沃野千里，为四省要害，横绝大海，实霸王之区」；且言其可取状。诸部皆难其险远，成功大喜何斌言。三月，扬帆至鹿耳门，门水浅沙胶，纔容数武；此时水适涨丈余，成功得便，战舰衔尾而进。红夷大惊，以为自天而下。成功引兵登陆，攻赤嵌城（参取郑成功传、台湾纪略），逼其酋归一堡；归一死守，攻之不克，环七鲲身逼之（郑成功传、香祖笔记）。五月，缅酋弟莽猛白弒兄代立，窃挟异志，杀武臣沐天波、马吉翔等凡四十二人，惟存永历及宫眷（明史稿、行在阳秋）。八月，定国再攻缅，将迎驾，复为所败（明史稿）。成功铜山将郭义、蔡禄降于清；劫张进，进不从而自杀。十月，清主弃市芝龙及其子孙在京者，杀无孑遗。命迁各省沿海居民，以绝郑氏应接（郑成功传）。莆田黄献臣着武经开宗，尝称芝龙曰：「我闽之有郑飞虹也，胸罗数万甲兵，气吞八九云梦；东南半壁，倚为长城。念楚、广、闽、浙烟水之区，乃鲸、鲵、鲛、鳄潜踪之薮。散家赀巨万，炼精卒数千。依水作营，鼓声偕涛声而夜发；临渊布阵，旌影合帆影以星驰。剪红夷群凶，褫天骄之魄于风霾，千里鱼虾收浪；歼大帽洞寇，犁夜郎之庭于雷击，五路草木飞花。出不意而擒魁奇，驱水深火热之惨；因敌谋而诛锺进，得随机应变之神；置死地而灭刘香，妙亡地能存之用。洪兵备忠肝义胆，当与先世之绩共勒千秋；康巡抚拚死获生，实籍将军之功永垂百世。十余年养兵，不费公家一粒；四五郡凋敝，全资搬运诸艘。大将军自保成功，拟修炼沙门，仿赤松遗意；圣天子轸恤民隐，重干城锁钥，舒南顾之忧。历数古今名将，靖国难、建奇勋，代不乏才；至若自给兵糈，解君忧、苏民困，千古一人而已！先生战功未易殚述，聊掇一二以励后学。自此而忠贞益笃，与国咸休，则在将军勉之耳」。其说在芝龙未降清之前，而颇寓规箴（武经开宗）。芝龙所著兵书有经国雄略云（华夷变态）。十一月，吴三桂入缅甸境，通信于缅酋，使送驾出降。十二月，文选降，缅酋遂内叛，挟永历及太后、后妃、太子如三桂军；三桂以驾南还（行在阳秋）。李定国数谋迎驾，兵少粮乏而不果；及三桂执帝，定国愤郁致病而死（求野录）。是月，成功复攻赤嵌城（郑成功传）；红毛势穷，以十余艘决战。成功用火攻，尽焚之（香祖笔记。明清斗记云：「红毛列大舰五艘于岸头以御之，成功兵自战舰铳窗入，战而夺之。红毛船是交易日本之船也，故一艘遁至长崎」。又曰：「红毛乞援于咬■〈口留〉吧。咬■〈口留〉吧兵将谋谓，捣厦门虚以救台湾，遂攻厦门；厦门守将洪旭等击而走之」）。纵火于城板，归一终不降。成功使告之曰：「台湾，吾先人故地；地归吾，珍宝诸物我无贪之，汝悉载去」。于是，归一降，送之还国。就居其城，改台湾为安平镇、赤嵌城为承天府，总曰东都。设府曰承天，县曰天兴、万年；土酋皆受约束。既而闻清迁界令下，叹曰：「沿海幅员上下数万里，尽委而弃之，令吾无得兹一块土，英雄无用武之地。然田庐为墟，坟墓无主，寡妇孤儿望哭天外，我如之何！但收拾余烬，息兵休农以俟时至，犹未晚也」。于是制法律、兴学校、计丁庸、养老幼，台人大安（郑成功传）。
二年壬寅（永明永历十六年、清圣祖康熙元年），正月，永历驾在滇都（行在阳秋）。是月，清主殂，谥曰章皇帝，庙号世祖；遗诏立皇子玄烨为皇太子，释服即帝位，改元康熙，是为圣祖仁皇帝（三朝实录）。二月，或谮忠勇侯陈霸于成功云，贰于清；成功令全斌讨之，霸不战而降于清（郑成功传）。四月，三桂尝令八旗将士等护永历。八旗将士三千将夺驾起兵，事发觉，三桂令人绞永历及太子，并杀八旗将士。是时忽大风霾，黄雾弥天，雷电交作，空中有二龙蜿蜓而逝，滇民无不悲悼焉（求野录）。初，魁楚、式耜等之推戴王也，太妃王氏曰：「吾儿仁柔，非拨乱才」。魁楚等固请而许之（明史稿）。每清兵至，王数出避，式耜苦谏不听；式耜蹉跌而死，中兴之业终不成矣（明季遗闻）。五月，成功病卒于台湾，年三十九。清郑亦邹曰：「自世祖章皇帝王天下，东南夏肄，所在除灭。成功起自诸生，当日落虞泉，而犹屈疆海外，欲遂鲁阳之志。数十年之间，窃号永历，违命倡义，旌旃所指，关河响动，明室遗民，未或非之。夫河东赐姓，犹留虚号，天水高庙，亦拥空名，成功非踵事增华者耶」。台人以成功弟袭为护理（台湾纪略，「袭」作「世袭」）。成功尝令其子经居厦门，经颇耽声色，与乳媪奸生子；成功治家严正，闻之大怒，遣使谕郑泰杀经。诸部惊谓：「成功病革，必乱命，不可从；然子不可拒父，臣不可拒君，泰之于成功为兄行，兄拒弟可也」。克期将举事；未发，成功殁。时清靖南王耿继茂、总督李率泰以成功死，遣人贻书于经招谕。经复书云：「日在鹭、铜，多荷指教。今承惠书，益赐谕诲，所言尚是游说之后谈也。思东宁偏隅，与夷落为伍，僻在海外，与版图渺不相关，何必足问。至贵国宽仁无比，远者不弃，其或然乎？然如方国安、孙可望等，岂非竭诚贵国者乎，而今何在？阁下倘以延揽英豪、休兵息民为念，即共饬部曲，互安边陲；羊陆故事，敢不勉承。若夫疆场之事，一彼一此，胜败之数，自有天在；得失难易，阁下自知；何烦予言」。泰窃包藏异心，与洪旭等议谓：「连年兵革，徒苦人民，不如往台；为桑梓计，且权与清通好」；谓之经，经议照朝鲜事例而与清交。令杨来嘉启清，清主不报。经以全斌为五军都督、陈永华为咨议参军、冯锡范为侍卫，帅师往台。黄昭、萧拱辰奉袭拒经。台之诸部，窃持两端。十一月，昭会诸部攻经，大雾画冥，经众将溃；全斌力战，经射昭殪，而雾适消、日明，昭众惊乱散去。经遂入台，收杀桂应菁、曹从龙，余寘不问，待袭如初（郑成功传）。经遂嗣位。复至厦门，以翁天佑为转运使，任以厦门政；始建庙宇、兴市肆、设街衢（台湾纪略。按本书迭书「癸卯岁」三字，而经嗣位条标癸卯岁者，衍文也）。