彭龟年字子寿，临江军清江人。他七岁时父亲去世了，彭龟年很孝顺地侍奉母亲。彭龟年生性聪明、卓异，读书能解释清楚其中主要的意思。当他长大后，得到程氏的《易》一书并认真阅读它，以致废寝忘食，彭龟年时常请朱熹、张木式解答疑难问题，他的学问大大提高。彭龟年考中乾道五年(1169)的进士，被授予袁州宜春尉、吉州安福县丞之职。郑侨、张木匀铸钱之案，连及士大夫一起向朝廷推荐他，彭龟年拜为太学博士。
殿中侍御史刘光祖因为指责带御器械吴端，被改任太府少卿，彭龟年上疏乞求恢复他的职位，并写信给宰相说：“祖宗时曾改换官员的差遣及任职以增强台谏官的勇气，没有听说调换台谏官以维护宠臣私利的。”彭龟年兼任魏王府教授，升为国子监丞。由于侍御史林大中的推荐，彭龟年被任命为御史台主簿。又改任司农寺丞，升为秘书郎兼嘉王府直讲。
光宗曾亲自参加郊祀，正值暴风雨之际因而生病了，大臣们很少得以觐见。时间过了很久，光宗的病好了，但仍对孝宗疑心重重，担心孝宗废他的皇位另立新人，于是光宗不去朝拜孝宗住处重华宫。彭龟年写信责备赵汝愚，并上疏说：“寿皇侍奉高宗，完全遵守为人之子的要求去做，这是陛下所亲眼目睹的事实。况且寿皇今天只有陛下一个儿子，圣上的恳切之心，不言而喻，特别是遇到要去重华宫的日子，陛下有时延迟行动，而寿皇不得不降旨免去陛下去重华宫的礼节，是为了替陛下开脱，使人们不能因此私下议论陛下，寿皇内心并非不希望陛下去拜见。自古人君处理骨肉亲人间的事，多不与外臣商量，而与小人商量，所以与亲人之间的不满情绪一天天加深，彼此的疑心、距离一天天增大。今天两宫之间万万不要出现这样的结果。然而我所担心的是，朝外没有韩琦、富弼、吕诲、司马光这样的忠臣，而小人之中，已有任守忠掌握了大权，希望陛下裁断、明察。”
彭龟年又说“：使陛下亏损去重华宫拜见寿皇之礼仪，都是左右小人离间的罪过。宰相、执政与侍从只能从中拉拢父子之间的感情，调和陛下与重华宫的关系；台谏只能根据父子之间合宜的道德责望人主。至于二人间误会的根源，坚固而难以根除，宰执、台谏却未曾有一句话谈及此。今天内侍中离间两宫的人固然并非一人，只有陈源在孝宗时被重重得罪，最近又被提拔重用，外人都说离间的关键一定从陈源开始。应立即显示朝廷威力加以裁决，首先驱逐陈源，然后迅速登上銮车，前去认错，以向孝宗谢罪，使父子之间融洽，宗社长久，这不是很好吗？”过了不久，光宗到重华宫朝拜孝宗，都城的人欢欣鼓舞。不久，彭龟年拜官起居舍人，他进宫谢恩，光宗说“：这个官职是用以等待有才识的人，想想除了你没人可以胜任。”
彭龟年记述祖宗之法著成《内治圣鉴》一书进呈给皇上。光宗说：“祖宗家法很好。”彭龟年说“：我这本书主要是为了防止宦官、宫中妇女得宠后弄权，多有请托，这些人如果看到，恐怕不能让皇上经常阅读。”光宗说“：不至于这样。”过了一天，彭龟年上奏道：“我所居之官职，主要职责是记述君主的言行，皇上不到重华宫问安，如此之事记下的有数十次了，恐怕难以向后人交待。”皇上下旨去玉津园，彭龟年奏道：“皇上不尊奉三宫，而独自出去游宴，不合礼仪。”又说：“陛下误把我充任嘉王府讲读官，正是想要我们教给嘉王君臣父子之道。我听说有身教，有言教，陛下凭借身教，我通过言教来教育嘉王，言教怎比得上身教有效。”
绍熙五年(1194)五月，孝宗生病，后疾病逐渐严重，彭龟年连续三次上疏请求与皇上对话，没得到回音。恰好皇上上朝，彭龟年不离开班位，伏地叩头久久不停，鲜血浸入..甓。光宗说：“我一向知道你忠诚耿直，有什么话想说？”彭龟年奏道“：今日之事没有能大过拜见寿皇的。”光宗说：“我一定会去。”彭龟年说：“陛下屡次答应我，一进宫后就又不遵守诺言。言行不一致，我实在痛心。”同知枢密院余端礼说“：在宫殿前的台阶上叩头，委婉地表现出恳切之情，做臣子的做到这个地步，为了什么？”皇上说：“我知道了。”
孝宗驾崩，宁宗受禅即位，当天晚上召人对话，宁宗皱着眉头说：“以前只听说我可能被立为王储，谁知立即就登上了皇位，我竭力推辞未得到恩准，至今内心还震惊、害怕。”彭龟年奏道：“这是关系到国家宗社之事，陛下怎能推辞，今天只须尽人子之责诚心地事奉父亲。”于是拟定起居札子，乞求每日呈上。彭龟年又与翊善黄裳一同到南内朝拜，于是制定拜见泰安宫光宗的礼仪，请求提前一天进宫上奏，率领百官恭请。宁宗朝拜泰安宫，到宫前时卧室门已关闭，于是奏上拜表就退出了。
当时，大臣们议论想另建泰安宫，而光宗没有迁移宫殿的打算。彭龟年说：“古人披荆斩棘建立王朝，还能发布政令，况且重华一个宫殿难道还不够用吗？陛下住窄处，太上皇住宽处，天下百姓，定会体谅陛下的。”于是停止建筑宫殿。彭龟年升为中书舍人。刘庆祖已遥领承宣使之职，由于他是太上随龙人而失去这一官职，彭龟年呈上奏章，宁宗批示：“可以记下贯彻施行。”彭龟年奏道：“我并不是为刘庆祖惋惜这一官职，是为朝廷惋惜这种做事的方法。‘可以记下施行’，这是近代有弊病的法令，如果它可行，我就记下了，如果它不可行，怎敢由于皇上的再次命令而就记下呢？”宁宗曾说“：退朝后无所事事，恐怕自己滋生怠惰之情，非要多读书不可。”彭龟年奏道：“君主的学问与书生的学问不同，只要能虚心纳谏，遵善改过，这是圣学中的第一大事，并不在多少。”
一天，皇上书写了朱熹、黄裳、陈傅良、彭龟年、黄由、沈有开、李山献、京镗、黄艾、邓马日十个人的姓名给彭龟年看并问：“这十个人可以充当讲官吗？”彭龟年回答“：陛下如果招来一世之杰出人物如朱熹等，才不负众望，不可以专任潜邸的学官侍讲。”不久彭龟年拜官侍讲，改为吏部侍郎，又升兼侍读。彭龟年知道形势将会变化，正值暴雨雷鸣出现，于是极力陈述小人窃权、号令不按时传达的弊端。彭龟年被派遣充当金国吊祭接送伴使。
当初，朱熹与彭龟年约定共同论斥韩..胄的奸邪，正巧彭龟年接待来使，朱熹一人因为上疏论斥韩..胄被罢黜，彭龟年听说此事后，附会朱熹的奏书说：“当初我约好与朱熹一同反映此事。今天朱熹已经被罢，我也应该一同被贬。”皇上没有接受。等到彭龟年从金回朝后，见韩..胄主持政事，权势比宰相还大，于是彭龟年分条列举他奸邪的事例，说“：进退大臣，更换言官，都是初期执政最关大体的事。有的事大臣们不可能知道，而韩..胄知道，他假托皇上的声势，窃取权力作威作福，不把他贬去必定成为后患。”皇上看到彭龟年的奏章很惊骇“：韩..胄是我的心腑，我对他信而不疑，不想他如此行事。”皇上批示下达到中书，让韩..胄到一祠观任职，很久以后才又重新回到朝廷。
彭龟年上疏请求去职，皇上诏令韩..胄任宫内祠观官，彭龟年任地方官，以焕章阁待制身份任江陵府知府、湖北安抚使。彭龟年请求一祠观职务，庆元二年(1196)，由于吕蓒的指控，彭龟年被革职；以后他三次被除名，被勒令停职。嘉泰元年(1201)，彭龟年恢复原职。被起用为赣州知州，以有病为由辞去，拜官集英殿修撰、提举冲佑观。开禧二年(1206)，以待制宝谟阁之职退休，不久彭龟年死去。
彭龟年的学识很纯正，议论简明正直，对善恶是非，辨析很严格，他爱君忧国的诚信，先见之明的见识，敢言的气魄，都是人们所难以做到的。晚年他已经清闲下来，悠然自得地生活，几乎不为世人所知。自从对伪学有禁令后，士大夫很少有不改变做学问的方向的，彭龟年对关中张载、洛阳程氏之书更加沉湎，把居处的匾额题为“止堂”，著《止堂训蒙》，始终如一，坚持自己的立场。他听说苏师旦执杖符节，说：“这是韩氏的阳虎，其必祸害于韩氏。”等彭龟年听说朝廷将要发兵时，他说：“韩氏的灾祸大概会从此而起了吧。”彭龟年所著书有《经解》、《祭仪》、《五致录》、奏议、外制。
韩..胄被杀后，林大中、楼钥都向皇上报告彭龟年的忠心，宁宗诏令赠他为宝谟阁直学士。章颖等请求换个名称，皇上赐给彭龟年谥号“忠肃”。皇上对章颖等人说：“彭龟年忠心耿耿可嘉，应该得到谥号。如果人人如此，一定能使君主处于无过错的境地。”不久，皇上加赠彭龟年龙图阁学士，又提拔了他的儿子彭钦。