刘宗周，字起东，山阴人。他的父亲刘坡是一个童生。他的母亲章氏怀他五个月时他父亲死了。生下宗周后，家里酷贫，章氏把他带到外祖父家里养育。后来因为宗周的祖父老而且生病，他回去侍候，挑水砍柴，煮药烧粥。但是宗周身体虚弱，母亲常常忧念他，放不下心，终于生了病，又因为家里穷，忍着不治疗。万历二十九年(1601)，宗周考中进士，他的母亲死在家里了。宗周奔丧到家，在中门外搭了一间居丧的白泥屋，天天在里边哭自己的母亲。脱下丧服后，朝廷选派他当行人，宗周请求回家赡养祖父母。祖父母下世后，中间过了七年宗周才赴京候补。他的母亲因为贞节扬名于朝廷。
当时朝廷里边有昆党、宣党跟东林作对。宗周上书说：“东林是顾宪成讲学的地方。高攀龙、刘永澄、姜士昌、刘元珍都是贤人。于玉立、丁元荐为人清白，心口如一，有国士的气度。那些大臣指摘他们的人品是可以的，争论意见的短长就不应该；攻击东林也可以，偏袒昆党、宣党就不应该了。”这下党人大肆吵闹，宗周只好请假回乡去了。
天启元年(1621)，朝廷起用宗周为仪制主事。宗周上书说：“魏进忠引导皇上搞什么骑马射箭，表演戏剧，让奉圣夫人出入自由。一下子就赶走三名谏官，罚一名谏官，这都是从宫廷中直接传下圣旨，这样发展下去，进忠势必会指鹿为马，蒙骗皇上，对百官享有生杀予夺的权力，控制国家政权。现在东西方都正用兵，皇上怎么能把天下交由宦官主宰呢？”进忠，即魏忠贤，见到这篇奏疏后大怒，扣了宗周半年官俸。不久宗周认为国家有法不行，上书请求杀掉崔文升惩办他谋害皇上的大罪；杀掉卢受，惩办他私相勾结的罪行；杀掉杨镐、李如桢、李维翰、郑之范，惩办他们丧师失地的罪行；杀掉高出、胡嘉栋、康应乾、牛维曜、刘国缙、傅国，惩办他们弃城逃跑的罪行；赶快起用李三才为兵部尚书，选用群众公认的名贤丁元荐、李朴等，诤臣杨涟、刘重庆等，以便振奋天下英雄仗节殉义的气概。熹宗严厉批评了他。后来，宗周历任光禄丞、尚宝丞、太仆少卿，又请病假回乡去了。天启四年，宗周起复为右通政，到京城后看到魏忠贤差不多把东林党人赶尽了又坚决辞官不做。魏忠贤批评他矫揉造作，悲观厌世，就剥夺了他的官籍。
崇祯元年(1628)冬季，朝廷召宗周担任顺天府尹，宗周推辞，朝廷不允许。第二年九月宗周来到都城，上书说：
“陛下励精图治，昼夜不停地工作，这是好事。但是急于告功，不免见小利而求速效，这样怎么会达到唐尧、虞舜那样的政治局面呢？
“现在朝廷渴望收取速效的不是军事吗？假如真能把驻守当成上策，选派精兵，节约军饷，整顿朝廷的刑政，拿出威信给敌寇看看，不消几年，敌寇都会望风束甲了。可是陛下现在锐意中兴，命令部队刻期出塞，试图消灭敌寇。当此国家三空四虚的关头，竭尽国家的财力供应缺饷的军队，军队就会越来越骄横；集结全国的兵力想博取一次胜利，但是想战而不能。这是谋略的失误。
“现在朝廷斤斤计较的小利不是国家财政吗？陛下关心民众疾苦，把人民的困苦很当一回事，可是另一方面因为财政匮乏，一时间所讲求的都是敲剥百姓积聚钱财的事。正额赋税供应不足，又摊杂派。科罚不足，又加火耗。天下的水旱灾荒，一切都不管不问。对农民的剥削一天天严重起来，下边的人忍气吞声，直至卖妻鬻子，应付摊派。地方官府把搜括当成尽职，安抚百姓的政事中断了；上级部门把催征租税作为考核标准，正常的官吏升降的规定失效了。想靠这些使国家的府库里堆满钱财是不可能的。
“功利之心产生后，朝廷里的事务一天比一天苛刻。事事纠举就会纠不胜纠，人人指摘就会摘不胜摘，于是名与实紊乱了，法令越来越严明，近来朝廷对脏吏的惩罚特别严厉，从辅臣而下，判处重刑的有十多人，可是贪污受贿的风气并没有全部消除，因为用来引导百官的方式不妥当。贾谊说过：‘礼用来事先防范，法令的使用在事实既成之后。’现在朝廷对所有受到牵连及被指为贿赂的官员即使冤情已经明了，还要交给法官议处，法官们牵强附会，深文巧诋，断绝了天下人改正错误的机会。于是这些官吏越发学得厚颜无耻，伪装出一副忠实的外表欺骗陛下。士人的节操越来越堕落，官场的歪风越来越厉害了，陛下又怎么去一个一个地考察他？
“此外陛下所以一个人在上边劳心积虑，是因为没有引进贤人君子加以信用。陛下所称赞并且予以委任的，大多是些奔走钻营、惹事生非的人，把检举他人当成精明，把揭发隐私当成正直，以能言善辩作为自己的才干，这样又怎么能得到贤人加以使用呢？好不容易得到几个，对他们太求全责备，有时因为一点短处就舍弃了他的长处，要求太苛刻了，有时因为一点点过失就伤害了他。
“此外陛下所谋划的事务，经常出于大臣们意料之外，不免有自以为是的思想。臣下救过不暇，进谗言的人借此进行离间，猜忌臣下的事端于是由此兴起。皇上如果只仗着自己的聪明办事，使臣下无自己的忠心，那么皇上的耳目不免有时要壅闭的；只仗着自己的英明决断办事，使大夫、国人都不能认定自己的意见，那么皇上的意见不免有时与实际不符。刚刚还对一个大臣传旨贬处，把他的奏章压在宫中，为什么不几天又高兴地对他加以隆重起用呢？几十年来，因为门户之争朝廷杀了天下多少正人君子，现在还要蔓延不已。陛下如果想打击君子来平息小人们的怨气，任用小人之私来彰明君子的公德的话，过去的覆辙就会再现于天下。
“陛下求取太平的心操之太急，慢慢地滋生了功利之心，功利之心不止，又转而使用刑名之术；刑名之术不止，又流变为猜忌臣下；不断地猜忌臣下，就慢慢地积为壅蔽，不解下情了，这正是人心中危险的正在潜滋暗长而不自知的因素。陛下假如能平心静气，站在中间立场看看两头，不做声地纠正这些错误思想，使自己思想方面所表现出的都是仁义的成份，用仁爱来化育天下，用道义来纠正万民的思想行为，从朝廷扩展到四海，到处都看得到仁义教化，那么陛下可以说一日之间就成了尧、舜一样的圣人。”
庄烈帝认为这些话迂腐、阔略，不敷实用，但对他的忠诚深表赞叹。
不多久，都城受到围攻，庄烈帝没有上朝，大臣的章奏多被扣在宫中，不予答复，传一道圣旨要准备八百只布袋，宦官们争先恐后地进献骡马，又命令百官进献马匹。宗周说：“这一定是有人用迁移的主张说动了皇上。”于是他来到午门叩头谏言说：“国势的强弱全看人心的安危如何。请陛下出宫到皇极门来，召见百官，明确宣告我朝的宗庙、陵园都在这里，除固守京师而外没有别的打算。”宗周趴在地上等候回答，从清晨一直趴到黄昏时分，宦官出来传过圣旨才回去。当时米价飞涨，宗周请求罢免了京师九座城门的商税，修整商业网点，安置贫民，由官府煮粥养活老人和病人，严格推行保甲法，京师的人心才稍稍安定一些。
当时中央和政府的大臣很多人被关进了监狱，宗周上书说：“国事发展到这一步，这些大臣们负有责任，无法逃脱，陛下自己也应当分担些责任。过去夏禹、商汤逢灾罪己，他们的国家就得到勃兴。过去皇上老是因为一些事情而当面怀疑群臣，群臣都在怀疑之中，日积月累，结成了暗疾，有识之士为此忧心忡忡。现在陛下应当开示诚心，把这看成解救国难的根本，经常到便殿里去召见士大夫，把起草诏令的权力交给阁臣，把各项事务交给部、院去办，把政事的议决权交给言官，如果事情办不好，再另外安排人，不要束缚大臣的手脚促成他们的罪责。过去朝廷把文官像小鸡一样束缚着，把军队的武将当成了骄子，逐渐地形成恩威错置的局面。后来看文武百官都不值得信任，于是专门用那么一两个太监，京城外边一步步地安排了太监。自古以来没有让宦官领兵而不耽误国家大事的。”又弹劾了马世龙、张凤翼、吴阿衡等人的罪状，触犯了庄烈帝的意思。
三年，宗周因病在假，曾上过一篇关于祈求上天永保国运的道理，这篇奏疏说：
“取法上天最重要的事情莫过于重视人命，因而刑罚应适当应公平。陛下喜欢用重刑制约臣下，逆党要杀，封疆失事也要杀。一切错误，重的杖死，轻的贬出，朝署中一半人都沾了罪徒的边。不过最伤害国体的莫过于皇家监狱了。副都御史易应昌因为平反一事被打进监狱，法司总把拷问当成忠直，所以天下到处是些苍鹰乳虎。希望陛下体察上天好生之心，首先废除皇家监狱，并且宽恕易应昌。这是祈求上苍永保国运的一种办法。
“取法上天最重要的事情莫过于厚民生，因而赋税征收应当放宽期限，应当减轻。现在往年的拖欠要征收，还有来年的租税要预征。这样接连不断地追着收缴，乡村里贫困破产，贪吏更加成了百姓的大害。贵州巡按苏琰被监司揭发运送所谓的‘行李’，就是一个例子。抚抚贪图货财，更不必说下边的小吏了。吮吸百姓膏脂的贪官污吏，已经是遍布全国了。希望陛下体察上天好生之心，首先免除新饷，并且严厉整顿官方人员。这是祈求上苍永保国运的又一种办法。
“但是天子是上天的宗子，辅臣是宗子的家相，陛下设置辅臣，大多由自己特别选拔。我也希望他们体察陛下的好生之心，不要驱除异己，给朝臣制造大案，酿成国家朋党作奸的祸害；不要贪图宠利自以为成功，引导人主一味追求富国强兵，酿成国家土崩瓦解的危局。”
周延儒、温体仁看到奏疏不高兴了，就用当时正在求雨而宗周假称生病为由，把他指斥为傲慢，激起庄烈帝的怒火，然后起草了一篇圣旨质问他，并命令他讲一讲足兵、足饷的办法。宗周规划好了回奏上去，延儒、体仁无法争论了。
此后宗周在担任京尹时，政令一新，在打击豪强方面尤其坚定。宦官向他讲的事他一概不答应，有时宦官甚至还辱骂他，宗周却照原样治事，毫不妥协。武清侯家里的仆人殴打儒生，宗周把他痛打了一顿，给他戴上木枷送到武清侯家门外。有一次宗周外出看到戏子们携带的大竹箱，就把它在交通要道上给烧掉了。他对独户、下等贫困户的优恤却极周到。在位一年，宗周请病假还乡，京师的百姓为他罢市致意。
八年七月，内阁缺人，庄烈帝命令吏部推举在籍的大臣补缺，吏部把孙慎行、林轩及宗周三个人的名字报了上去。庄烈帝传令有关部门催促宗周入朝，宗周坚决推辞，庄烈帝不允许。宗周在第二年正月入都，慎行当时已经死去，宗周就和林轩两个入朝。庄烈帝问人才、兵食及流寇猖獗的事情。宗周说：“陛下追求太平的心思太急，用法太严，发布的政令太繁琐，对天下士人的任免太轻率。诸臣怕被问罪，一味掩饰过错，不肯尽心办好政事，因此有人但没有人才的用处，有饷但没有兵饷的用处，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本来是朝廷的赤子，招抚的办法恰当，他们就会还乡当他们的百姓。现在应该赶紧把收拾人心当成大本，收拾人心的办法首先是宽待地方官员。对地方官员的惩罚重，吏治就会败坏，吏治败坏民生就会困苦不堪，盗贼正是由于这个原因才越来越多。”庄烈帝又问他兵事，宗周说：“抵御外侮以治理好国内为基础。国内的政治治理好了，远方的敌寇自然会归顺。大禹为王时，朝廷干羽舞动有苗氏便被感化了。希望陛下运用尧舜那样的心肠，推行尧舜那样的政治，这样天下自然就太平了。”宗周回答完以后赶紧退了出去，庄烈帝回头对体仁讲，认为他的话迂腐，就让林轩辅政，宗周另派用场。不久宗周被授官工部左侍郎。过了一个月，宗周上了一篇《痛愤时艰疏》，其中讲道：
“陛下决心坚定地追求太平，可是二帝三王治理天下的办法却没有抽出时间来讲求，政治举措的先后次序还有很多不得要领的地方。陛下首先专注于边功，因而那罪大恶极的总督就进呈五年恢复失地的说法，这成为后来失事的祸胎。己巳年(1629)那些战役，大臣对国事的谋划不善，朝廷开始产生了轻视士大夫的心理。从此以后让近侍充当耳目，把心腹派到了大将身边，治国的方法崇尚刑名。政体趋于繁琐，天下事一天天败坏下去以致到了不可挽救的地步。东西厂和锦衣卫负责纠察，揭人隐私的风气盛行起来了，官僚士绅一经打入皇家监狱，朝廷里廉洁的操守就给磨灭了。人人救过不暇，欺君罔上的风习变得厉害了；事事取决于皇上独断，谄谀的风气就越来越得到滋长。法律不由刑部长官执行，犯法的人就越来越多。皇上自行颁发圣旨处理各色案件，每年亲自判几千起案件，应有的、好生的德意泯灭了。刀笔吏起草诏令，天子的话变得轻慢，对臣下琐屑的事故都要惩治，政体就受到伤害。对地方官吏的处罚取决于钱谷的征收，因而地方上官越来越贪婪，吏越来越横暴，田赋越欠越多。对百姓的敲剥多了，民生病苦，严刑搜刮已经都不起作用了，盗贼却一天天产生。任用了总理，下边官员的作用变小了，派遣了监视，封疆大吏的责任感变淡了。总督、巡抚手中没权，武将就越发胆怯，武将不守法纪，士兵也越来越骄横，武将胆怯，士兵骄横，朝廷的威严和命令就是对总督、巡抚也不起什么作用了。朝廷限期要他们平贼，他们就天天杀害平民百姓来报功，于是天下生灵涂炭，民不聊生了。原以为有一天老天会启发陛下，裁撤对总督的委任，重视郡守县令的人选，停止征兵买马，束缚酷吏的暴行，实施维新来教化天下，而且将会和重臣们一道洗心涤虑，开诚相交，不料君臣之间和洽相待是这样地困难。得到一个文震孟却因为一句话把他给罢了官，使大臣之间失去了和衷共济的情谊；得到一个陈子壮却因为他过于戆直被问了罪，从而使朝堂上敢表示不满意的风尚荡然无存。这些对于国体、人心的关系可不是浅显的呀！
“陛下一定要体察上天生长万物的心来表示对上天的敬仰，而不要只靠刑法来制约人；一定要想到遵守祖宗借鉴古人立下的制度来表示对祖宗的顺从，而不能轻易改变祖制。要以简要发号施令，以宽大培养人才，以忠厚培植国脉。发布政令要施行仁政，收取天下已经涣散的人心。而且要让太监回到宫廷中担任他应有的洒水扫地的劳役，惩办懦弱军将违反法令的死罪，慎重掌握宗室子弟改任别职的办法。然后派遣廷臣带着宫廷使用的库银巡行郡国，充当招抚使，赦免那些无罪而流亡的百姓，在险要的关隘处驻扎官兵，实行坚壁清野政策，允许造反者在走投无路的情况下返回自己的家乡，这样除贼首杀掉之外，还可以不杀一人而结束这场战争，哪里用得着兵威相加呢？”
这篇奏疏递进去以后，庄烈帝恼火得很，指示阁臣再三起草严厉的圣旨批评宗周。每次起草好送上来，庄烈帝都拿起他的奏疏复读，站起来走几个来回。后来怒气消了，颁布圣旨质问宗周，说大臣议论国事应当体谅国家的难处，考虑当前的实际情况，不应当像小臣那样把敢于归过于朝廷当成名气大，不过还是称赞了宗周为人的清直。
当时太仆寺缺少购马的钱款，朝廷发布诏书表示有愿意捐款的收下，体仁及成国公朱纯臣往下很多人都有所捐助。朝廷又决定停办明年元旦的朝觐仪式。宗周认为大臣捐款、停办朝觐是国家的大耻辱，庄烈帝虽然不高兴，心里称赞他的忠诚，更加想重用他。体仁担心他受到重用，就收买山阴人许瑚上书评论宗周，说他道学有余，才干不足。庄烈帝认为许瑚是宗周的同乡，对他的了解应该是真实的，就停止了重用宗周的想法。
这年秋天，宗周三次上书才得以请假回乡。走到天津时听说京师受到攻打，就停下来养病，十月里战事稍微平息一些，宗周就上书说：
“己巳年(1629)的事变，误国者只是袁崇焕一个人。小人借此争着发泄门户之间的怨恨，把异己者都当成崇焕的同党来办罪，天天捏造流言蜚语，逐渐把这些人都排挤掉了。从此以后小人进用而君子退出了，宦官掌了权而朝臣越来越被疏远了，对文臣的惩罚一天天增多，欺君罔上的行径越来越厉害，朝政一天天败坏，边防的情况越来越恶劣。今日之祸，实际上是己巳年以来逐步酿成的。
“像张凤翼那样失职于兵部的人，朝廷却让他专职负责征战，怎么能让王洽死而心服？像丁魁楚等人那样失事于边境的人，朝廷却责成他戴罪立功，怎么能让刘策死而心服？各兵镇过来的勤王部队，争先入卫的有几个人，却没听说哪个因为逗留不前受到指责，怎么能让耿如杞死而心服？现在用二州八县人民的生命换来了敌人饱食而去的结局，廷臣们却一个个像无可治罪的样子，又怎么能对得起韩火广、张凤翔、李邦华等等被贬被罢的大臣呢？我因此方知道小人祸人祸国是没有止境的。
“过去唐德宗对群臣说道：‘别人总讲卢杞奸邪，我倒很不觉得他奸邪。’群臣答道：‘这正是卢杞所以是奸邪的原因。’我经常反复地思考这句话，觉得它是一切时代辨别奸邪的要领。所以说：‘大奸类似忠诚，大佞仿佛真诚。’陛下不加明察使用这样的人，就会把天下的小人都聚集起来呆在朝中，而自己还不觉得。
“至于现在刑政方面最荒谬的事，如成德只是一个傲慢的小吏，朝廷却用赃罪把他充了军，怎么能严肃惩治贪污的政令呢？申绍芳做了十多年监司，朝廷却用莫须有的借口把他给刺配充军了，怎么能显示抑制钻营的法典呢？郑曼阝的案子是因为有人诬告而受到的制裁，怎么能发扬劝人守伦常的教化呢？这几件事，都是因原任辅臣文震孟而引发，也还是过去驱除异己的那老一套，可是廷臣没人敢出来说话，陛下也无从得知这一切。唉！八年之间是谁在掌握国家政权，把事情弄成了这样！我无法替首辅温体仁做解释了。古人说：‘是谁栽下的祸根，至今仍作梗害人？’我看说的就是体仁。”
奏疏递上后，庄烈帝大为恼怒，体仁又上书猛烈诋毁，于是宗周被罢官为民。
十四年(1641)九月，吏部缺左侍郎，朝廷推荐的人不能让皇上称心如意，庄烈帝上朝后叹着气，对大臣说：“刘宗周清正敢言，可以充任。”就这样任命了他。宗周两次辞谢推不掉，才上路赴朝，路上进呈了三篇答刂子：一是《明圣学以端治本》，二是《躬圣学以建治要》，三是《重圣学以需教化》，共几千字。庄烈帝以口气婉转的诏书回答了他。第二年八月宗周还没来，庄烈帝就提拔他为左都御史。宗周极力辞谢，庄烈帝传出圣旨催促他进朝。一个月后，宗周到文华殿里参见，庄烈帝问他都察院的职掌何在，宗周回答说：“在于端正自己进而端正百官。都察院长官务必使自己心中所存的一切念头往上可以对得住君父，往下可以经得住天下士大夫的质问，然后百官才会取法、模仿他。使大臣守法，小臣廉洁，朝廷的规矩严肃，都是都察院长官的职责，不过严格要求巡方是其首要的事务。巡方得人，吏治就会清明，民生也就顺遂了。”庄烈帝说：“卿努力干，不要让我失望。”于是宗周上书分别讲了树立道德规范，端正职守法规，强化典章制度，清除暗藏奸人，惩治官吏邪行，整顿吏治六件事，庄烈帝高兴地采纳了。不久宗周弹劾御史喻上猷、严云京并且推荐袁恺、成勇，庄烈帝都听从了他。后来上猷接受李自成的重要职务，最终受到世人的唾骂。
冬季十月里，京师受到攻打。宗周请表彰为国死难的卢象升，并追究、诛杀误国奸臣杨嗣昌，逮捕骄横不法的大将左良玉；防守山海关以准备反攻，防守潞安府以提防敌兵偷渡，防守通州、津门、临清、德州以准备南下。庄烈帝没能完全听取他的意见。
闰十二月三十日，庄烈帝在中左门召见廷臣。当时姜土采、熊开元因为谈论国事被打入皇家监狱，宗周约请九卿一同营救他们两个。入朝后听说皇上下了密旨要把他们两个置于死地，宗周大吃一惊地对大家说：“今天要全体出动，空署争取，一定要把他们改送到刑部方能罢休！”等进去回答提问时，御史杨若桥推荐说西洋人汤若望精通火器，请求皇上加以召试。宗周说：“边臣不讲求战守、屯防的办法，专门想依靠火器。近来城邑沦亡，难道是没有火器造成的吗？我们用火器制服别人时，别人得到了也可以制服我们，没看到河间是被别人用火器给打下了吗？国家大计，应当以法纪为主，大帅骄横不法，援兵逗留不前，怎么对这些反倒姑息迁就，在这里干纷纷扬扬毫无益处的事呢？”接着讨论督师、巡抚的去留问题，宗周请先拿掉督师范志完，并且说：“十五年来，陛下处理事务不得当，导致了现在的败局，不追查祸害的起因，改弦更张，想运用一些得过且过的政治手段来弥补目前的漏洞，并不是长治久安的办法。”庄烈帝变了脸色，问道：“过去的无法追悔了，善后措施又该怎样呢？”宗周答道：“在于陛下开诚布公，同天下人的好恶一致，听取国人的意见决定取舍，进用贤才，开通言路，逐步与天下一道再造乾坤。”庄烈帝问：“目前烽火在京郊燃烧，敌兵未退，况且国家败坏已极，应当怎么办才好？”宗周说：“加强武备一定先要求练兵，练兵一定要首先选将，选将一定要首先选择贤能的督师、巡抚，选择贤能的督师、巡抚一定要首先吏、兵二部用人得当。宋代大臣说过：‘文官不爱钱，武官不惜死，天下就会太平了。’这句话可说是对现在的讥刺。现在议论人才只看才干、名望，不问操守如何，没有操守不检点而遇事敢前、军士惧怕他的权威的道理。如果只把议论流畅、举动豁达当作才干，那么这种人为自己博取爵位、才干是有余的，要求他为国家成事立功就不行了，用这种人对于成败有什么裨益呢？”庄烈帝说：“国家在解救危难之际，用人不能不先看才干后看操守。”宗周说：“前人国家破灭，都是因为将官贪婪、放肆才造成的，所以从解救危难的目的出发，用人更应该先看操守后看才干。”庄烈帝说：“大将别有才干，不是仅仅有操守就能指望他成就战功。”宗周说：“别的且不一一说，就比如说范志完操守不检点，手下的大将偏裨无不是因为贿赂进用的，所以一经交战，三军解体。由此看来，看人还是要以操守为主。”庄烈帝态度缓和了，说：“朕已经知道了。”接着让宗周站起来。
宗周于是站出来进言说：“陛下正在下诏书求贤，姜土采、熊开元二位大臣就因为说话被问罪。我朝没有言官打进锦衣诏狱的事例，如果说有是从他们两个才开始的。陛下度量卓越，妄诞的像我宗周，戆直的像大臣黄道周，尚且得到了戴罪委任的大恩，这两位臣子怎么就这么不幸运，得不到皇上的饶恕？”庄烈帝说：“道周有学问有操守，跟他们不好比。”宗周说：“他们两个实际上是不如道周，但是朝廷对待言官应当有个体统，他们的话可用就用，不可用可放到一边去。就是他们有应得的惩罚，也应当交给法司去办。现在突然把他们打进锦衣狱，毕竟有害于体统。”庄烈帝恼火得很，责问道：“法司、锦衣都是刑官，何公何私？另外惩罚一两个言官，怎么就损害了国家体统？如果有贪赃枉法、欺君罔上的奸人，难道都可以不问吗？”宗周说：“锦衣官都是些膏粱子弟，哪里懂得什么礼义，只是听宦官指使。就是陛下自己要问什么人贪赃枉法、欺君罔上的罪，也不能不交给法司来办。”庄烈帝十分恼火地说：“这样偏袒的人哪配担任宪职！”过一会儿又说：“开元这篇奏疏一定有人在背后主使，我怀疑就是你刘宗周。”金光辰争论这件事，庄烈帝怒喝了他一通，命令连带他一同讨论处分。第二天，命令把光辰贬官三级调出朝廷，宗周剥夺职务，由刑部加以定罪。阁臣压下命令暂时不宣布，把原来的圣旨又捧回到庄烈帝面前恳求，营救宗周，才免予定罪，把他罢官为民了事。
宗周回去才两年，京师就失守了。他徒步带着武器去到杭州，责成巡抚黄鸣骏为庄烈帝发丧，出兵讨贼。鸣骏告诫他要镇定一些，宗周勃然大怒，说：“君父死于不正常的事变，先生在地方上专门带兵，不想到枕戈待旦，泣血同悲，激励同仇，只是想借口镇定做退避的打算吗？”鸣骏支支吾吾说不出什么。第二天，宗周又催促他，鸣骏说：“发丧一定要等接到哀诏才成。”宗周说：“嗨！这是什么时候，想从哪里接到哀诏呢？”鸣骏于是在杭州为庄烈帝发丧。宗周问出兵的日期，鸣骏却说：“武器还没有备齐。”宗周叹气说：“唉！和这种人在一起能干什么呢？”于是与原侍郎朱大典，原给事中章正宸、熊汝霖召募了义师，正打算出兵，福王在南京监国，把宗周起复原官。宗周因为国家的大仇未报，不敢接受官职，自称草莽孤臣，上书谈论时政说：
“现在的大事除非讨贼复仇，否则就无法表白陛下渡江南下的雄心；除非毅然决策亲征，否则就没法振作天下人忠勇义愤的气概。具体讲来有以下几件事：
“第一，占据战略要地以便图谋进取北方。江南不能成为偏安之地，请进图收复江北。凤阳号称中都，往东可以扼守徐州、淮州，往北可以控制河南，往西可以照顾荆州、襄阳，往南又离南京城不远，请在那里驻扎陛下亲征的部队。对各级官吏的任命，都暂时自称行在，以便稍稍使臣子保存自己想回避的负罪的心态。从凤阳逐步向北推进，我想陕西、山西、河北、山东一定会有响应号召而起兵勤王的人。
“第二，加强建立藩屏以便帮助镇压逆贼。淮州、扬州几百里地方，过去设置了两员大将，没能平定战乱，反而争先南下，以至于把江北偌大一块土地拱手让给了贼寇。督漕路振飞坐守淮城，很早就用船把家属送到了远处，这简直是在提倡大家逃跑。于是镇臣刘泽清、高杰据说都把家属安顿到了江南。按照军法，临阵脱逃的应予斩首，我认为这么一个抚臣、两个镇臣都该斩首。
“第三，慎重进行封爵奖赏以便严肃军心。请朝廷分析一下各个将帅的封赏，看哪个是该封的，哪个是滥封的，属滥封的轻则可以收回侯爵，重则可以剥夺伯爵。如果说左良玉将军是因为收复失地而得到封侯，高杰、刘泽清临阵败逃也得到封赏，那么又有哪一个不应当封赏呢？武臣的封赏滥了，文臣也就跟着滥，朝廷里的封赏滥了，宫廷里的宦官也就跟着滥。我真担心天下人知道这些后就会离心离德。
“第四，清查原任官吏以便树立人臣的规范。北京失陷后，原任官吏中有接受伪官背叛朝廷的，有接受伪官后又逃出来的，有在任职地方逃出来的，有奉使命而逃出来的，法律对这些人应一概问罪，不能赦免。朝廷应对这些人赶快加以辨别、定罪，以便警告以后的臣子。
“至于接受伪任后南下的官吏，他们在忠顺与逆反之间徘徊不定，这样的人是大有人在，他们一定会制造一些邪说蛊惑人心，这种人尤其应当斩除净尽。”
又说道：
“当贼兵进入陕西流入山西逐步打到畿南时，周围地区人心惶惶，可大江南北像太平没事的样子。那么两三个总督、巡抚在这里却没听说过他们派一兵一卒过去，以壮声援，贼兵因而得以长驱直入打下皇宫。坐视君父危亡而不救，这是封疆诸臣应予诛杀的第一条理由。皇上驾崩的消息已经确定无疑，诸臣假如愿意奋戈而起，决一死战，赎免前罪，就应当星夜出动。可是他们却在那里仰声息于南京，争着空谈固守的策略，丢掉在地方上的兵权，抢夺辅立新君的大功，这是封疆诸臣应予诛杀的第二条理由。新君登基之后，本应该一天不耽搁，马上派遣北伐的军队，要不然，就应当立即派一名使节，从小路上北进，给河北父老发布檄文，召来塞上的名王，哭祭宗庙，安置先帝的灵柩，寻访诸王。再不然，可以起用福建大将郑芝龙，用海军进克直沽，九边总督再合谋共奋，事情或许还可以成功。可是诸臣不想到这些，这是满朝文武谋国不忠，应当诛杀的第三条理由。过去因罪被罢的大臣，朝廷酌情予以平反，本应当借先帝遗诏的名义进行，现在却一概使用新天子的名义。关于诛除阉党的案子，陛下与先帝的诏书前后冲突，这样势必要把那些穷凶极恶的坏人们都平反才罢休，这是满朝文武谋国不忠，应予诛杀的第四条理由。我认为现在办罪，应当从朝廷内外不称职的诸臣开始着手。”
福王命令接受他的奏章，交付史馆收存，朝廷内外因此受到了震动。马士英、高杰、刘泽清恨透了，更加想要杀掉宗周了。
宗周接连上书请假得不到回复，就抗言上书弹劾士英说：
“陛下从淮州一带起家当天子，事实上是老天给的大命，可是有人因为随从的一点点功劳就入内阁，进中枢，接受官衔世荫，似乎可以心安理得地接受这些，这个人不就是士英吗？从此李沾侈言辅立新君的功绩向廷臣挑战，刘孔昭认为功赏不均跟吏部长官大发怒火，朝堂上相互吵闹喧哗不已，一群小人们于是翩然而起，粉墨登场。假借懂军事的名义，逆党也可以死灰复燃了；放宽反正的门路，逃臣也可以拉来任职了，因而阁部诸臣逐渐都要申请弃官还乡去了。朝廷里边正忙于制造党论，哪有功夫算计河北的贼寇；立国的纪纲已被破坏殆尽，怎么考虑灭敌复国的策略。高杰是一个逃将，可是朝廷把他奉若赤子，慢慢就有尾大不掉的忧患了。淮州、扬州出了事，朝廷不难考虑派抚臣道臣过去向他们道歉，可是这样怎么能不长其桀骜？说到头来他们是靠着士英的庇护才如此。刘泽清、黄得功过去都有各自的驻防区域，可是他们像下棋一样把它抛到一边去，在那里斗鸡一般气势汹汹地争夺地盘，以至于朝廷把江北分划成四个兵镇来安置他们。这样做怎会不启其雄心？说到头这件事是由高杰引发的。京营自祖宗以来都是由勋臣来主持，兵部侍郎辅佐勋臣，陛下开国伊始，就任命了宦官卢九德，对这件事士英不能推卸他应有的责任。”
福王用口气婉转的诏书回答他，同时催促他赶快入朝。
士英大为恼火，当天就写下奏疏要辞职，又在朝廷里扬言说：“这位刘公自称草莽孤臣，不署新天子给他的任命，明明表示他不向天子称臣嘛。”他的私党朱统翷于是弹劾宗周上书请皇上移驻凤阳：“凤阳是监狱所在地，他想把皇上当作有罪的宗室子弟安置到那里，然后与史可法一道拥立潞王。他们的部队已经潜伏在丹阳了，应该紧急加以防备。”另一方面泽清、高杰一天到晚策划怎样杀掉宗周，找不到办法就派了十多个刺客过去刺杀。宗周当时在丹阳一天到晚正襟危坐，不曾懒散过。先后过来的刺客都不敢下手就离去了。黄鸣骏入觐，部队开到京口跟江防部队相斗杀，士英以为统翷的话是真的，也怕得要死。于是泽清上书弹劾“宗周暗中阻挠收复失地，想杀掉我们这些人，激起将士们变心，给天下百姓带来灾殃”。刘良佐也写了一篇奏疏说宗周极力压制“三案”，充当门户首领；提出要皇上亲征，企图像晁错那样自己担任留守；像司马懿那样关闭城门不让皇上进去。良佐的奏疏还没发布，泽清又写一篇奏疏，并署上高杰、良佐及黄得功的名字交了上去，说道：“宗周劝皇上亲征，试图谋害君父，想把陛下安排到烽火连绵凶多吉少的地方去，居心何在？这件事不是宗周一个人的主意，而是姜曰广、吴生生等人共同策划的，曰广为人心雄胆大，拥立陛下并非他的本心，所以暗中勾结死党，想剪除忠臣以后强迫陛下迁移到别的府城去。假如吴生生、宗周入都，我们就立即渡过长江，到朝廷里当面抨击这帮奸臣，实行《春秋》所讲的讨贼的大义。”他的奏疏递上后，满朝文武吓了一大跳，福王传发指示要大家团结一心，共渡时艰。宗周迫不得已，就在七月十八日入朝。当初，泽清的奏疏公布后，朝廷派人抄了一份送去给高杰看，高杰说：“我们武人怎么能干预朝政呢？”得功也上书辩解说：“我事先根本不知道。”士英却把得功的奏疏压下不往上送。史可法气愤不平，派使者过去一个个质问各镇将帅，大家都说不知道。可法就把情况如实报告了福王，这下泽清等人为之沮丧。
士英已经忌恨宗周，越来越想排挤掉他，就推荐说阮大铖懂军事，福王传令让大铖穿上官服进见。不多天，从宫中传出特旨任用大铖为兵部添注右侍郎。宗周说：“大铖的进退关系到江南的兴亡，老臣不敢不争他一回。皇上假如不听，我也要还乡去了。”奏疏递上去后福王不听，宗周就告老还乡，福王传下诏令允许他乘坐官方车马回乡。宗周即将动身前上书讲了五条建议：一是勤问政事，不要因为沉湎于眼前的享乐忽略了远大抱负；二是振举王法，不要因为皇上对臣下的开恩损害臣子们应守的法度；三是明定国事，不要让邪气压了正气；四是端正治术，不要把刑名摆到教化前头来；五是巩固国本，不要因为外患酿成内忧。福王用语气委婉的圣旨回复说知道了。
第二年五月，南都覆亡了。六月，潞王投降，杭州也失守了。宗周正在吃饭时听到这个消息，把桌子都给推倒，失声痛哭起来，从此就开始绝食。他移居到城郭之外后，有人用文天祥、谢安的故事劝说他，宗周说：“北都的事变发生时，我可以死，也可以不去死，因为身在乡间，还有希望看到国家中兴。南都的事变发生时，是主上自己放弃了自己的江山，我还认为可以死，也可以不去死，以便等待国家后继有人。现在我们浙江也投降了，老臣不死还等什么呢？如果说我不在官位上，不应该与城共存亡，难道不应该与国土共存亡吗？这也就是过去江万里自杀的道理了。”出去辞别祖墓回来，船经过西洋巷时，宗周投入水中，水浅没死成，船夫把他扶了上来。宗周前后绝食二十三天，开始还喝点茶水，后来十三天里滴水不沾，像往常一样跟弟子们进行学术问答。闰六月八日，宗周绝食身亡，终年六十八岁。
宗周早年从许孚远那里接受学业。后来又进入东林书院跟高攀龙等一起讲习。冯从吾首善书院的讲会，宗周也参加过。浙江自从王守仁以后，心学一传为王畿，再传为周汝登、陶望龄，三传为陶..龄，都掺杂了禅学的内容。..龄在白马山讲学，提出了因果说，离王守仁的思想更远。宗周对此很忧心，修建了一所证人书院，召集志同道合的人在一起讲习。快死的时候，宗周对自己的学生说：“治学的关键在于心中的立诚，主敬是立诚的外部功用。能主敬心中就能立诚，立诚就合乎天性了。良知学说很少不流入禅学。”宗周在官位上的时间不多，他侍奉君主不把表面的服从当成恭敬。他入朝做官时，即使一个人呆在暗室里，都不敢把脸朝南坐。无论审判大案，还是讨论大事，或者是阅读圣旨，他都要退后几步，拱手站立很久才敢进行。有时请了病假，就徒步回到家里居住，布袍粗饭，乐道安贫。一旦接到朝廷的召唤他马上就上路，有时连衣服、帽子都不等穿齐戴好。学者们把他称为念台先生。他的儿子叫刘氵勺，字伯绳。