刘奋庸，洛阳人。嘉靖三十八年(1559)的进士。授任兵部主事。不久改任礼部兼翰林侍诏，侍从穆宗裕邸。晋升员外郎。穆宗即位，因旧恩，提升他为尚宝卿。此后，藩邸的旧臣相继被授予权柄获任用，唯独刘奋庸长期没升迁。

大学士高拱也是过去的讲官，再度被启用负责事务，专横恣意，刘奋庸很厌恶他。隆庆六年(1572)三月上奏称：

“陛下做了六年皇帝，朝纲好像被振兴调治，而大柄逐渐转移；仕路好像被肃清，而积习依然如故。百官刚刚翘望皇帝励精图治，而陛下的精神意志渐渐不如当初。我怀念在藩邸的旧恩，道义上不忍沉默。谨慎地条陈五件事，等待皇帝的英明决断。

“一、保重圣体。陛下之躯，是天地人神的主宰，必须志气清明，精神凝定，而后才可以临案几。希望皇帝凝神定志，忍耐抑制性情，不要逞一时的欢娱，不要依从无涯的欲望，则能长保无疆的幸福。

“二、总揽大权。现在官府议论的，百司奉行的，不是没有奉行皇帝旨意，而是这中间的依从与违背的缘故，陛下可曾独断过吗？国家事务的更变，人才的任用与舍弃，不一定全出于忠诚的谋划，未必尽与公论相和协。我希望陛下亲自掌握大权，所有庶府的建议，内阁大臣拟定的旨意，特意留下详加审阅，时常做出独断，则臣子们不能预测，使国家的权柄不致旁落。

“三、谨行俭朴的美德。陛下继位以来，下令提取的银两不下几十万两，寻求珍奇异宝，制作鳌山的明灯，御用器皿，全部镂金雕玉。生财很艰难，靡费却没有法度。希望陛下审察内宫的空耗财资，思虑小民的艰苦，不做无益的事，不看重奇异的东西，则国家的资财充盈，百姓生活安乐。

“四、阅览奏章。大臣的谏言，怎么会都恰当？陛下一概置之不阅，不是担心白耗忠良献纳的诚意，而是担心篡权的奸人充塞，自此形成势力。希望陛下留神奏章，屈尊容纳谏言。谈论君德的，就反省自己的修养；谈论朝政的，就使它促成善治。听从劝谏的人既然见此行事，那么进谏的人就更加乐于效忠。

“五、任用忠良正直的人。近年进谏的人，或者因为辅佐政务，或者因为节约开支，或者因为推荐贤良摒弃不肖之人，这些都是无自身好处却勇于提议的事；不像望风承旨，大肆攻击以便替他人泄愤，迎合权贵，相互举荐提拔结成朋党之徒所能比拟。希望陛下宽恕他们狂愚的罪过，嘉奖触怒陛下的人的忠诚，给予相应的职位，以便形成士气，则每天听到正直的规劝，裨益不少。”

奏疏呈入宫中，皇帝只答复知道了，却没有发怒。攀附高拱的人说刘奋庸很久得不到提升，不满而讥讽，因此交相诋毁他。给事中涂梦桂弹劾刘奋庸动摇国策。遇上给事中曹大聎也弹劾高拱的十条罪状，皇帝贬责了他。于是给事中程文奏称高拱尽忠报国，是万世的依托，刘奋庸与曹大聎渐渐捏造奸谋，陷害元辅，诛杀他们都不够抵罪。奏章一起下达吏部。高拱刚刚掌管吏部事务，表面上请求对两人从宽处置。皇帝不答应，最后将曹大聎贬为乾州判官，刘奋庸贬为兴国知州。涂梦桂、程文都是高拱的门生。涂梦桂极力诋毁刘奋庸，程文则极力称颂高拱，他们又详尽列举曹大聎奏章中的话代高拱剖析，士人在议论中都鄙视他们。

刘奋庸被贬官两个月后，神宗即位，于是被提升为山西提学佥事。再晋升为陕西提学副使。因病请求退休，而后去世。