周尚文，字彦草，西安后卫人。幼年读书，就粗略通晓大义。多谋略，精通骑射之术。十六岁时，承袭指挥同知。屡次出塞作战有功，晋升为指挥使。
安化王蜫钅番造反，周尚文遏止黄河渡口，俘虏叛贼丁广等人，被推举掌管卫事。关内回贼四起，倚靠南山为根据地，周尚文依次平定他们。御史刘天和因弹劾中贵廖堂被下诏狱，事情牵连到周尚文。拷掠令其引罪，刘天和、周尚文始终不承认，很久才将他释放。之后，守备阶州。周尚文设计擒住叛番，晋职署理都指挥佥事，充任甘肃游击将军。
嘉靖元年(1522)周尚文改任宁夏参将。不久晋为都指挥同知，任凉州副总兵。御史巡视庄浪，猝然遇上敌寇。周尚文急分军保护御史，而自己则带领麾下射击敌人，敌寇这才逃遁。他曾经追击敌寇而到塞外，敌寇来的更多。周尚文军只到一半，他们的部下都感到恐惧。周尚文于是从容下马，解鞍背崖力战，所杀敌人与自己部队所受创伤相当。他的部将丁杲来支援他，敌寇才退去。周尚文受伤过重，于是告归家乡，不久又被起用为故官。吉囊多次踏冰侵入内地。周尚文筑墙一百二十里，用水浇墙，结冰后滑溜不能上。冰化开则让力士持长竿铁钩，钩杀渡河的敌人。
九年(1530)周尚文被提升为署部督佥事，充任宁夏总兵官。王琼筑边墙，周尚文督其役。而且疏渠开屯，军民得利。敌寇抢掠西海，经过宁夏，巡抚杨志学提议发兵半路拦击敌人。周尚文不听从，被参劾而解除职务。
过了很久，周尚文被起用为山西副总兵。敌寇从偏头关向岢岚进发，周尚文转战三百里，攻破敌贼，但自己和儿子周君佐都受伤，朝廷赐他银币。不久他以总兵官的身份镇守延绥。敌寇侵犯红山墩，周尚文力战击败敌人，又受到赏赐。吉囊又大举抢掠清平堡，周尚文受到夺俸的处分。
周尚文很有将才，负气桀骜，所到的地方都与文官相争逐。文官又往往挫折他，所以他们的关系总是处理不好。巡抚贾启弹劾周尚文老而执拗，兵部请求将他调到甘肃。皇帝不允许，夺去他们各自的俸禄。巡按张光祖说他们两人必定不能共处，于是革除周尚文的任职，也贬去贾启的官俸级别。吉囊大举侵入，抵达固原。刘天和这时已为总督，激励周尚文立功。周尚文在黑水苑攻击吉囊，杀他的儿子叫小十王的人，获首级一百三十多。于是任周尚文为都督同知。
二十一年(1542)周尚文因为有人推荐而被任用为东官厅听征总兵官兼佥后府事。严嵩任礼部尚书，他的儿子严世蕃任后府都事，很骄横。周尚文当面叱责他，准备上奏弹劾他，严嵩道歉，严世蕃才得幸免。严嵩调严世蕃为治中，以回避周尚文，而对周尚文恨之入骨。这年秋天周尚文以总兵官的身份镇守大同，请求朝廷增加粮饷和马匹。兵部说周尚文的陈请超过限度，正被诏书切责，而周尚文与巡抚赵锦不和洽，周尚文乞求退休，没有得到许可，他们天天相互构陷。御史王三聘请求调移周尚文镇守其他地方。朝廷讨论说：大同地处敌人要冲，周尚文借此逃避，不应当堕入他的计谋。于是让赵锦任甘肃巡抚。吉囊数万骑兵侵犯前卫。周尚文在黑山与他交战，杀掉他的儿子满罕歹，追到凉城。斩俘敌人甚多，周尚文晋升为右都督。不久，敌寇由宣府直逼畿甸，出大同关塞而向北去。周尚文半路拦击他们，稍有俘获。后敌寇又大举侵犯鹁鸽谷，准备南下。周尚文在阳和防备，派遣骑兵四出攻击敌寇。敌寇逃遁，朝廷赐敕奖赏慰劳他们。
总督翁万达建议修筑边墙，从宣府西的阳和到大同的开山口，延袤二百多里，由周尚文负责。于是加筑阳和以西到山西丫角山，共四百多里，敌台一千多个。开拓屯田四万多顷，增加军士一万三千多人。皇帝为嘉奖他的功劳，晋升他为左都督，加封太子太保，永免边屯之税。叛人充灼召小王子侵犯边关，周尚文侦察获得他的间谍，被加封太保，荫子锦衣卫世职千户。一直到明朝结束，总兵官加封三公的人，只有周尚文一人而已。
起初，俺答和吉囊诸子强盛，诸边关年年受到他们的祸患，大同尤为突出。自从周尚文到大同镇守，和总督翁万达、巡抚詹荣规划边防战守，百姓有数年没有受到敌寇的侵扰。周尚文以好处招来叛人，孤立敌势，归者不断。二十七年(1548)八月，俺答在五堡旁埋伏军队，引诱指挥顾相等人出关，将他们围在弥陀山。周尚文急督副总兵林椿、参将吕勇、游击李梅和自己的两个儿子周君佐、周君仁出塞援助，才得解围。顾相与指挥周奉，千户吕恺、郝经等人已经阵亡。周尚文转战，到达野口，敌伏兵突起。周尚文殊死作战，斩敌人的长官一人。相持一个多月敌人才退去。周尚文设立埋伏，杀敌人的殿后士卒而归。周尚文三子都因罪戍边，到这时因父功而获得释放。俺答数万骑兵侵犯宣府，翁万达檄令周尚文在曹家庄大破敌军，录功，周尚文兼为太子太傅，赐赏有加。这一年周尚文死去，享年七十五岁。
周尚文清廉俭约爱护士卒，得战士死力。善于用间，知道敌人内部详情，所以作战总是有功。自从嘉靖二十年(1541)后，俺答频频侵扰边关。宿将王效、马永、梁震都已先死，只有周尚文还活着，他的威名最盛。严嵩父子图谋倾轧陷害周尚文。但周尚文功高，皇帝正凭借他来抗御强敌，谗言才不得起作用。等到周尚文死后，不按礼给予他抚恤，给事中沈束言说这件事。严嵩激怒皇帝，将沈束禁锢在诏狱。穆宗即位，才赠周尚文为太傅，谥号武襄。