庄烈愍皇帝，名叫朱由检，光宗第五子，生于万历三十八年(1610)十二月。其母贤妃刘氏，早已去世。天启二年(1622)被封为信王。天启六年(1626)十一月，出居信邸。
天启七年(1627)八月，熹宗病危，召信王入宫，接受遗命。二十四日，朱由检即位。大赦天下，以第二年为崇祯元年。九月二十一日，追加其生母贤妃刘氏谥号叫孝纯皇后。二十四日，停止用刑。二十七日，册宫妃周氏为皇后。
十月初一日，祭享太庙。二十日，南京发生地震。十一月一日，将魏忠贤安置于凤阳。五日，撤回各边镇镇守内臣。六日，魏忠贤上吊自杀。十日，减免天启年间被逮捕处死诸臣赃物，释放其家属。三十日，黄立极辞官退职。十二月，前南京吏部侍郎钱龙锡、礼部侍郎李标、礼部尚书来宗道、吏部侍郎杨景辰、礼部侍郎周道登、少詹事刘鸿训全部为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。魏良卿、客氏子侯国兴全部诛杀。
崇祯元年(1628)正月十九日，下诏内臣没得到命令不得跨出禁门。二十日，尊熹宗后为懿安皇后。二十四日，斩戮魏忠贤及其同伙崔呈秀尸体。二月三日，禁止奏章杂乱冗长。二十一日，亲临经筵听讲经论史。二十五日，禁止群臣与内部侍卫交往通好。三月八日，葬胐皇帝于德陵。二十二日，施凤来、张瑞图辞官退职。二十四日，追封并抚恤死于冤案诸臣。
四月二日，赐刘若宰等进士及第及不同出身。三日，袁崇焕为兵部尚书，领导蓟、辽军务。十九日，指挥卓铭请求开矿，皇帝不许。五月九日，李国木普辞官退职。十日，烧毁《三朝要典》。十四日，裁减各部添注官员。二十一日，祈祷雨。二十五日，恢复外官长久任职及推举连坐之法，禁止官吏私下摊派。六月，魏忠贤同伙冯铨、魏广微革职。十三日，许显纯被诛杀。二十三日，来宗道、杨景辰辞官退职。
七月十四日，在平台召对廷臣及袁崇焕。二十三日，浙江大风雨，海水暴涨，淹没数万人。二十四日，海盗郑芝龙投降。二十五日，宁远发生兵变。巡抚都御史毕自肃自杀。八月七日，下诏不要在盛暑季节祈祷凉爽，当天白天在文华殿与各位辅佐大臣讨论政事。九月十日，京师发生地震。
十月十一日，刘鸿训停职，不久派遣戍边。十一月二十六日，在南郊祭天。十二月十日，韩火广又入阁。
这年，革除广宁及蓟镇塞外各部赏赐。各部饥荒，请求朝廷平价卖粮，没得到同意。陕西饥民对加赋摊派十分痛苦，到处抢劫作乱，分别抢掠..州、延安。
崇祯二年(1629)正月二十日，隆重祭奠先师孔子。二十一日，确定逆案，从崔呈秀以下共六等。二月二日，祭祀社稷。四日，皇长子朱慈火良降生，赦免天下。三月二十二日，蓟州发生兵变，官吏安抚平定。
四月九日，裁减驿站。闰四月八日，流贼侵犯三水，游击高从龙战死。二十八日，在北郊祭地。五月初一日，有日食。十六日，讨论修改历法。六月五日，袁崇焕在双岛杀掉毛文龙。十日，因天旱很久，居文华殿行斋，命群臣修身反省。
八月十二日，总兵官侯良柱、兵备副使刘可训在红土川击斩奢崇明和安邦彦，平定水西贼乱。二十二日，熹宗神牌附祭于太庙。九月二十六日，杨镐被弃尸示众。
十月二十七日，大清兵进入大安口。十一月初一日，京师戒严。四日，山海关总兵官赵率教在遵化战死。五日，大清兵进入遵化，巡抚都御史王元雅、推官何天球等战死。六日，总兵官满桂入京增援。七日，吏部侍郎成基命为礼部尚书兼东阁大学士，参与军国大事。召前大学士孙承宗为兵部尚书中极殿大学士，去通州视察军队。八日，袁崇焕入京救援，临时住蓟州。九日，宣府、大同、保定兵相继入京救援。征调天下镇巡官入京勤王。十九日，大清兵逼进德胜门。二十二日，在平台召见袁崇焕等人，袁崇焕请求入城后休整军队，皇帝不许。兵部尚书王洽被下狱。十二月初一日，再次召见袁崇焕于平台，下锦衣卫狱中。四日，总兵官祖大寿兵败，东出山海关。五日，孙承宗移师驻扎山海关。十日，告诉廷臣进献马匹。十七日，派中官督促满桂出战，满桂和前总兵官孙祖寿全部战死。由总兵官马世龙领导援军。二十二日，钱龙锡罢官。二十三日，山西援兵在良乡溃败。二十七日，礼部侍郎周延儒、尚书何如宠、侍郎钱象坤同为礼部尚书兼东阁大学士，参与国家重大事务。
崇祯三年(1630)正月四日，大清兵攻克永平，副使郑国昌、知府张凤奇等死于战火。六日，掩埋京师城外暴露尸骨。八日，大清兵攻克滦州。十日，逮捕总督蓟辽都御史刘策下狱处死。十五日，禁止抄传边境情报。韩火广辞官退职。二十二日，兵部右侍郎刘之纶败没于遵化。这月，陕西各路总兵官吴自勉等率师入京增援，延绥、甘肃兵败西逃，与流寇会合。二月十日，立皇长子朱慈火良为皇太子，大赦天下。三月二日，李标退职辞官。二十八日，流寇侵犯山西。
四月六日，因天旱很久，居文华殿行斋，告诉百官修身反省。二十八日，流贼攻陷蒲县。五月十二日，马世龙、祖大寿各军进入滦州。十三日，大清兵向东退回，永平、迁安、遵化相继收复。六月五日，流贼王嘉胤攻陷府谷，米脂人张献忠聚众响应。十一日，授与宋儒邵雍后裔《五经》博士。十三日，礼部尚书温体仁、吴宗达一起兼东阁大学士，参与机要事务。
八月十六日，杀袁宗焕。九月三日，逮捕钱龙锡下狱。
十月十八日，停止用刑。二十一日，巡抚延绥副都御史洪承畴、总兵官杜文焕在清涧打败张献忠。十一月十七日，又在怀宁打败张献忠。十九日，山西总兵官王国梁追击张献忠于河曲，官军溃败。十二月一日，增派田赋充当军饷。十四日，流贼攻陷宁塞。
这年，乌斯藏入朝进贡。
崇祯四年(1631)正月五日，流贼攻陷保安。二十三日，御史吴生生赈救延绥饥民。二十五日，在文华殿召对内阁、九卿、科道及入觐两司官员。命都察院严格考核巡抚御史。二月八日，流贼围攻庆阳，分兵攻陷合水。三月三日，副将张应昌等击败流贼，庆阳解围。九日，总督陕西三边军务侍郎杨鹤在宁州招抚流贼，其他流贼佯装投降，不久又反叛。十五日，赐陈于泰等进士及第及不同的出身。
四月七日，祈祷雨。十八日，下诏廷臣分条陈述当时政事。这月，延绥副将曹文诏在河曲攻打流贼，王嘉胤兵败而死。五月初一日，步行到南郊祈祷。七日，遣钱龙锡戍边。六月五日，钱象坤辞官退职。
七月二日，总兵官王承恩在..州打败流贼，降服贼首上天龙。八月二日，总兵官贺虎臣在庆阳击败并斩杀刘六。六日，大清兵将祖大寿围困于大凌城。十五日，何如宠辞官退职。九月九日，内臣王应朝、邓希诏等监视关、宁、蓟镇兵粮及各边抚恤赏赐之物。二十三日，逮捕杨鹤下狱，处罚戍边。洪承畴总督三边军务。二十六日，太监张彝宪总理户、工二部钱粮，给事中宋可久等相继进谏，皇帝不听。二十七日，山海总兵官宋伟等救援大凌，但才到长山就遭到失败，监军太仆少卿张春被捉拿。
十月一日，有日食。二十八日，祖大寿杀副将何可纲。二十九日，祖大寿从大凌脱身而归，进入锦州。十一月十七日，太监李奇茂监视陕西茶马，吴直监视登岛兵粮、海禁。文武百官合力奏书进谏，皇帝不听。二十三日，孙承宗辞官退职。二十四日，在文华殿召对廷臣，多次询问军国事务，言语涉及内臣，皇帝说：“各位大臣若是诚心做好份内之事，朕又何需此辈。”三十日，流贼罗汝才侵犯山西。闰十一月二十六日，陕西降贼再次反叛，攻陷甘泉，杀参政张允登。二十八日，登州游击孔有德率师增援辽州，到吴桥反叛，攻陷陵县，接连攻陷临邑、商河、齐东，屠杀新城军民。十二月八日，济南官军在阮城店与流贼相战，官军溃败。九日，因大陵筑城引起事端，削夺孙承宗官职。这年冬天，延安、庆阳降大雪，百姓饥荒，盗贼趁机大肆作乱。
崇祯五年(1632)正月三日，孔有德攻陷登州，游击陈良谟战死，总兵官张可大死。巡抚都御史孙元化、副使宋光兰等被捉，不久放回。十三日，孔有德攻陷黄县。二十八日，总兵官杨御蕃、王洪率兵攻打孔有德，在新城镇失败。二月一日，孔有德围攻莱州，巡抚都御史徐从治誓死固守。十三日，孔有德攻陷平度。三月五日，兵部侍郎刘宇烈领导并监督山东军务，征讨孔有德。
四月七日，刘宇烈在沙河失败。十六日，徐从治受伤而死。这月，总兵官曹文诏、杨嘉谟连续在陇安、静宁打败孔贼。流贼逃奔到水落城，平凉、庄浪平民跟着逃去，贼势更加壮大。五月九日，参政朱大典为佥都御史，巡抚山东。十四日，礼部尚书郑以伟、徐光启一同兼任东阁大学士，参与机要事务。六月，京师下大雨。六日，孟津黄河决堤。
七月五日，太监曹化淳领导京师军政事务。七日，孔有德假装投降，引诱擒捉登莱巡抚都御史谢琏，莱州知府朱万年死。二十三日，孙元化被丢尸弃市，逮捕刘宇烈下狱，遣送戍边。八月九日，洪承畴在甘泉打败流贼。首领白广恩投降。十九日，朱大典领导援军救援莱州，前锋参将祖宽在沙河打败流贼。二十日，莱州解围。二十八日，官军在黄县大败孔有德，进而围困登州。九月二日，海盗刘香侵犯福建。这年秋天，陕西流贼进入山西，连续攻陷大宁、泽州、寿阳，其余部分从黄河以北侵犯怀宁，攻陷修武。
十一月四日，刘香侵犯浙江。
崇祯六年(1633)正月十一日，曹文诏节制山西、陕西诸将征讨流贼。十五日，副将左良玉在涉县攻破盗贼军，流贼逃入林县山林中，饥民争先恐后跟着逃往山中。二十八日，派使者分别监督直隶欠交赋税。当月，曹文诏多次打败山西流贼。二月十日，左副都御史王志道被革职。十一日，流贼侵犯畿南。二十六日，总兵官陈洪范等攻克登州水城。二十九日，孔有德逃到海上，山东平定下来。三月二日，命令曹文诏等将在三个月之内平定流贼。
四月八日，免延安、庆阳、平凉新旧辽饷。十一日，总兵官邓王巳、左良玉征剿河南盗贼。五月十四日，太监陈大金等分别监督曹文诏、张应昌、左良玉、邓王巳军队。二十一日，孔有德及其党徒耿仲明等航海向大清兵投降。二十二日，河套部侵犯宁夏，总兵官贺虎臣战死。六月初一日，太监高起潜监视宁、锦兵饷。五日，郑以伟死。二十日，周延儒辞官退职。二十四日，延绥副将李卑增兵征剿河南。三十日，太监张彝宪请求催促拖欠赋税一千七百余万石，给事中范淑泰进谏，皇帝不听。
七月十四日，大清兵夺取旅顺，总兵官黄龙死。二十三日，改曹文诏镇守大同，山西巡抚都御史许鼎臣请求留曹文诏征剿流贼，没得到允许。八月十日，曹文诏相继在济源、怀庆打败流贼。九月二十一日，南京礼部侍郎钱士升为礼部尚书兼东阁大学士，参与国家机密大事。
十月九日，徐光启死。十一月五日，礼部侍郎王应熊、向吾驺并兼礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，下诏保定、河南、山西会兵征剿流贼。二十四日，流贼渡过黄河。二十七日，攻陷渑池。十二月，连续攻陷伊阳、卢氏，分道侵犯南阳、汝宁、逼进湖广。
当年，安南来朝进贡。
崇祯七年(1634)正月二日，广鹿岛副将尚可喜向大清投降。设置河南、山、陕、川、湖五省总督。以延绥巡抚陈奇瑜兼兵部侍郎为五省总督。三日，总兵官张应昌渡过黄河，在灵宝打败流贼。五日，流贼从郧阳渡过汉水。六日，侵犯襄阳，连续攻陷紫阳、平利、白河，向南进入四川。二月二十一日，攻陷夔州，大宁各县全部失守。二十七日，耕种謖田。二十八日，张献忠突袭商、洛，共十三营流入汉水以南。这一月，赈救登、莱二州饥荒。减免欠交赋税。三月初一日，有日食。十八日，赐刘理顺等进士及第，出身各有不同。十九日，张应昌在五岭山攻击流贼，官军溃败。二十四日，流贼从四川到湖广，副将杨世恩追击于石河口打败流贼。山西从去年直到本月没下雨，民间大发饥荒。
四月，流贼从湖广到卢氏、灵宝。十八日，发放钱币赈救陕西、山西饥荒。五月十一日，副将贺人龙在蓝田打败流贼。六月十七日，总督侍郎陈奇瑜、郧阳抚治都御史卢象升在上津会师，征剿湖广流贼。二十日，沛县黄河决堤。这年夏天，官军围剿高迎祥、李自成于兴安车箱峡达两月之久。高迎祥、李自成因弹尽粮绝，佯装投降。陈奇瑜受降，让他们出险关。待高迎祥、李自成再次反叛时，攻陷所经过的州县。张应昌从清水追击，失败。
七月八日，大清兵攻入上方堡，到宣府。十一日，下诏由总兵官陈洪范据守居庸关，巡抚保定都御史丁魁楚等镇守紫荆、雁门。十七日，京师戒严。二十六日，大清兵攻克保安，沿边诸城堡大多没有守备。八月，分别派遣总兵官尤世威等支援边境。十五日，宣大总督侍郎张宗衡节制各镇援兵。闰八月一日，流贼攻陷隆德、固原，参议陆梦龙赶赴救援，失败而死。四日，大清兵攻克万全左卫。七日挥师出塞。十九日，李自成将贺人龙围困于陇州。九月七日，盔甲厂发生火灾。二十一日，洪承畴解陇州围。二十七日，因流贼聚集于陕西，下诏调河南兵进入潼、华，湖广兵进入商、洛，四川兵由兴、汉，山西兵出蒲州、韩城，合力征剿李自成。
十月二十七日，湖广兵救援汉中，副将杨正芳英勇战死。十一月二十八日，逮捕陈奇瑜下狱，论罪戍边。乙酉日，洪承畴兼处理五省军务。这年冬天，陕西流贼分别侵犯湖广、河南，李自成攻陷陈州。
这年，暹罗入朝进贡。
崇祯八年(1635)正月四日，李自成攻陷上蔡，连续攻陷汜水、荥阳、固始。八日，洪承畴出关征剿流贼。十日，张献忠攻陷颍州。十五日，攻陷凤阳，焚烧皇陵阁殿宇，留守朱国相等英勇战死。二十一日，徐州援兵赶到凤阳。张献忠进攻庐州。不久，庐江、无为相继沦陷。李自成趋兵归德，与罗汝才进入陕西。二月，张献忠攻陷潜山、罗田、太湖、新蔡，应天巡抚都御史张国维击退张献忠。十三日，因皇陵失守，逮捕总督漕运尚书杨一鹏下狱，不久弃市。十六日，总兵官邓王巳在罗山打败流贼。三月，曹文诏在随州打败流贼。
四月，张献忠从汉中侵犯平凉、凤翔。八日，郑芝龙打败海盗刘香，刘香兵败自杀，余部全部投降。十二日，洪承畴会师于汝州，分部诸将防守豫、楚要害之地。二十六日，四川兵在樊城发动兵变，邓王巳自杀。二十七日，洪承畴从西边返回，驻扎灵宝。五月二十六日，吴宗达辞官退职。六月十一日，官军在乱马川与流贼相遇，官军失败。十四日，副将艾万年、柳国镇在宁州襄乐与李自成相战，兵败而死。二十八日，曹文诏追击李自成，在真宁湫头镇遇到伏兵，奋力相战而死。
七月二十六日，少詹事文震孟、刑部侍郎张至发同为礼部侍郎兼东阁大学士，参与军国大事。这月，张献忠突袭朱阳关，总兵官尤世威惨遭失败。张献忠遂进入河南。八月，李自成攻克咸阳，将领高杰投降。十五日，下诏撤回监视总理内臣，只有京师营兵及关、宁保持原来一样。二十四日，卢象升总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务。九月四日，洪承畴监督副将曹变蛟等在关山镇打败李自成。李自成向东逃去，与张献忠会合。十五日，官军在沈丘瓦店失败，总兵官张全昌被捉。二十五日，王应熊辞官退职。
十月三日，下诏责罚自己，避居武英殿，减少膳食，不兴音乐，表示与将士同甘共苦。九日，户部尚书侯恂请求严格征收新旧欠交赋税，皇帝采纳了他的建议。十四日，李自成攻克陕州。十一月四日，何吾驺、文震孟辞官退职。十四日，祭祀天于京师南郊。总兵官祖宽在汝州攻破流贼。十二月二日，驻兵于凤阳。九日，卢象升、祖宽在确山打败李自成。十二日，左良玉在阌乡打败流贼。十七日，流贼侵犯长江北岸，围攻滁州。二十九日，老回回诸贼从河南侵犯陕西，被洪承畴打败于临潼。
这年，安南、暹罗、琉球来朝进贡。
崇祯九年(1636)正月八日，总理侍郎卢象升、祖宽救援滁州，大败流贼于朱龙桥。二十一日，前礼部侍郎林钅干以原官兼东阁大学士，参与机要事务。二月，前副将汤九州在嵩县与流贼战斗中战死。山西大饥荒，人相残食。十日，宁夏饥荒，发动兵变，杀巡抚都御史王楫。兵备副使丁启睿抚安平定宁夏。十六日，以武举人陈起新为给事中。三月，卢象升、祖大乐征剿河南流贼。高迎祥、李自成分部进入陕西，余部从光化进入湖广。赈救南阳饥民，免山西受灾州县新、旧二饷。
四月十四日，钱士升辞官退职。五月九日，下诏赦免协助作乱诸贼。愿意归附的，护送其回乡，官吏安排职务；愿意随军效力的，有功一样记录在案并赏赐。十三日，延绥总兵官俞冲霄在安定攻打李自成，失败而死。李自成侵犯榆林，被贺人龙打败。三十日，免畿内五年以前欠交赋税。六月二日，林钅干死。十一日，吏部侍郎孔贞运，礼部尚书贺逢圣、黄士俊，均为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十六日，总兵官解进忠在淅川安抚流贼，被杀害。
七月二日，内臣李国辅等分守紫荆、倒马诸关。八日，成国公朱纯臣巡视边关。十一日，下诏各镇星夜兼程赴京救援。十七日，大清兵进入昌平，巡关御史王肇坤战死。二十日，巡抚陕西都御史孙传庭在銩稨捉拿流贼首领高迎祥，押送京师杀害。二十一日，告诉廷臣帮助军饷。二十二日，兵部尚书张凤翼领导援军，高起潜为总监。这月，大清兵进入宝坻，接连攻克近畿州县。八月二日，收集勋戚文武诸臣马匹。二十四日，卢象升入京救援，临时驻扎真定。二十五日，唐王朱聿键起兵救援京师，勒令其回到封国，不久废为庶人。本月，大清兵出塞。九月二十日，改用卢象升总督宣府、大同、山西军务。
十月四日，工部侍郎刘宗周因谈论内臣及大学士温体仁被革职。十三日，张献忠侵犯襄阳。二十五日，命令开银、铁、铜、铅各矿。十一月七日，减免山东五年以前欠交赋税。十二月，大清兵出征朝鲜。
当年，洪承畴在陇州打败李自成，李自成逃往庆阳、凤翔一带。暹罗入朝进贡。
崇祯十年(1637)正月初一日，有日食。六日，老回回诸贼直趋长江以北，张献忠、罗汝才从襄阳侵犯安庆，南京大为震慑。二月四日，派使者监督直隶省欠交赋税。二十七日，贼军进攻潜山，被总兵官左良玉、副使史可法在枫香驿打败。这月，朝鲜向大清兵投降。三月十二日，赈救陕西灾害。十八日，赐刘同升等进士及第、出身各有差别。二十五日，官军救援安庆，在丰家店惨遭失败。
四月九日，大清兵攻克皮岛，副总兵金日观奋力战死，总兵官沈冬魁败走石城岛。二十四日，天旱，清理刑狱。本月，洪承畴在汉水以南征剿流贼。闰四月四日，命令群臣自己廉洁，爱护平民，以使上天回心转意。长江以北流贼分别侵犯河南，总督两广都御史熊文灿为兵部尚书，总理南京、河南、山西、陕西、四川、湖广军务，驻兵郧阳征讨流贼。五月十一日，李自成从秦州侵犯四川。六月十一日，温体仁辞官退职。当年夏天，两畿、山西大旱。
七月，山东、河南蝗灾，平民饥荒。八月十四日，吏部侍郎刘宇亮、礼部侍郎傅冠均为礼部尚书，佥都御史薛国观为礼部侍郎，一同兼东阁大学士，参与机要事务。二十五日，检查城防情况。九月十一日，左良玉在虹县打败流贼。二十六日，洪承畴在汉中打败流贼。二十八日，李自成攻陷宁羌。
十月二日，李自成从七盘关进入西川。八日，攻陷昭北、剑州、梓潼，分兵直趋潼川、江油、绵州，总兵官侯良柱战死，于是攻克彰明、盐亭各县。十六日，逼近成都。十一月十六日，因星宿变化命令修身反省，要求讲直话。十二月九日，黄士俊辞官退职。二十九日，洪承畴、曹变蛟增援四川，住于广元。
这年，安南、琉球入朝进贡。
崇祯十一年(1638)正月十三日，洪承畴在梓潼打败李自成，李自成回师陕西。二十三日，裁减南京多余官员。二月十日，改河南巡按都御史张任学为总兵官。三月十五日，贺逢圣辞官退职。这月，李自成从洮州出番地，被总兵官曹变蛟追击失败，李自成再次入塞。率军到西和、礼县。
四月八日，张献忠在谷城假装投降，熊文灿受降。十五日，张至发辞官退职。十六日，火星逆向行驶，告诉廷臣修身反省。五月初一日，在中左门策试考选官。六月二日，安民厂发生灾害，城垣被毁坏，万余人受伤。十一日，孔贞运辞官退职。二十四日，兵部尚书杨嗣昌、户部尚书程国祥、礼部侍郎方逢年、工部侍郎蔡国用均为礼部尚书，大理少卿范复粹为礼部侍郎，一同兼东阁大学士，参与机要事务。杨嗣昌仍然掌管兵部。这月，两畿、山东、河南大旱，起蝗虫。
七月四日，少詹事黄道周因谈论杨嗣昌父丧未辞官守孝一事，贬为按察司照磨。八月八日，因多次出现灾害和异常情况，居永寿宫行斋，告诉廷臣修身反省。二十三日，傅冠辞官退职。二十八日，停止用刑。罗汝才等从陕州侵犯襄阳。九月，陕西、山西天旱饥荒。二十二日，大清兵进入墙子岭，总督蓟辽兵部侍郎吴阿衡战死。二十四日，京师戒严。
十月四日，卢象升入京救援，皇帝在武英殿召对他。五日，招买马匹。卢象升、高起潜分别领导援军。这月，洪承畴、曹变蛟大败李自成于潼关南原，李自成只率骑兵数人逃走。十一月十日，大清兵攻克高阳，退职大学士孙承宗战死。三十日，罢免卢象升，准其带罪立功。刘宇亮自己请求视察军队，得到同意。这月，罗汝才投降。十二月十二日，方逢年停职。卢象升在巨鹿兵败而死。二十日，孙传庭为兵部侍郎监督援军，征调洪承畴入京守卫。
当年，土鲁番、琉球入朝进贡。
崇祯十二年(1639)正月一日，因时事艰难多难，拒绝朝臣庆贺。二日，大清兵进入济南，德王朱由枢被活捉，布政使张秉文等死。十日，刘宇亮、孙传庭会师十八万人于晋州，但不敢前进。十九日，改洪承畴镇守蓟、辽二州，孙传庭总督保定、山东、河北。二月七日，刘宇亮停职。大清兵引兵北回。三月九日，出青山口，共深入内地二千里，经历五个月，攻下畿内、山东七十余城。十九日，加上孝纯皇太后谥号，诏告天下。
四月二十一日，程国祥辞官退职。这月，左良玉攻击降贼首领李万庆。五月八日，礼部侍郎姚明恭、张四知、兵部侍郎魏照乘均为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。九日，张献忠在谷城起兵反明，罗汝才等相继起兵响应，一举攻克房县。十九日，孙传庭革职，不久被逮捕入狱。六月，畿内、山东、河南、山西天旱，起蝗虫。二十三日，抽调各镇精兵进行训练，又增加练兵粮饷。
七月十七日，左良玉征讨张献忠，在罗猴山失败，总兵官罗岱被活捉处死。熊文灿被革职，不久逮捕下狱。八月八日，下诏诛杀边境失事巡抚都御史颜继祖，总兵官倪宠、祖宽，内臣邓希诏、孙茂霖等三十三人，全部弃市示众。十四日，减免唐县及其他四十州县去年田租的一半。二十七日，大学士杨嗣昌率军征讨贼军，总督以下全部听其节制。
十月初一日，杨嗣昌在襄阳誓师。十一日，左良玉为平贼将军。十三日，《钦定保民四事全书》修成，颁布于天下。十一月二十八日，在京师南郊祭祀天。十二月，罗汝才侵犯四川。二十四日，下兵部尚书傅宗龙于狱。
当年，琉球入朝进贡。
崇祯十三年(1640)闰正月三日，赈救真定饥荒。六日，赈救京师饥民。二十一日，赈济山东饥荒。二月初一日，在东郊祭日。七日，总督三边侍郎郑崇俭在太平县玛瑙山大败张献忠，张献忠败走归州。二十七日，因长时间干旱，征求直言。三月三日，祈祷雨。五日，大风沙，下诏清理刑狱。七日，罢免各镇内臣。十七日，赐魏藻德等进士及第、出身各有不同。十九日，赈救畿内饥荒。二十八日，减免河北三府欠交赋税。
四月七日，逮捕江西巡抚佥都御史解学龙及他推举的黄道周。二十八日，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官兼东阁大学士，参与机要事务。五月，罗汝才攻打夔州，石石主女土官秦良玉连续战退罗汝才。四日，在北郊祭地。三十日，姚明恭辞官退职。六月初一日，总兵官贺人龙等分路追击罗汝才，罗汝才兵败，移师大宁。二十日，蔡国用死。二十一日，薛国观停职。
七月初一日，畿内捕捉蝗虫。十日，发放钱币赈救遭受蝗灾州县。十二日，左良玉及京师营兵总兵官孙应元等在兴山大败罗汝才。罗汝才败走巫山，与张献忠会合。八月二十五日，赈救江北饥荒。九月，陕西官军将李自成围困于巴西鱼腹山中，李自成因逃走幸免。十五日，张献忠攻陷大昌，总兵官张令战死。不久又攻克剑州、绵州。
十月六日，熊文灿被斩首示众。十一月，杨嗣昌进军重庆，十日，在南郊祭天。十一日，南京发生地震。十二月初一日，严格抄传军事机密禁令。五日，张献忠攻陷泸州。九日，逮捕薛国观。这月，李自成从湖广到河南，饥饿农民争先恐后跟随李自成。连续攻陷宜阳、永宁，杀万安王采..，攻陷偃师，声势大震。
当年，两畿、山东、河南、山西、陕西天旱，蝗虫大起，人相残食。
崇祯十四年(1641)正月五日，在京师南郊祭谷。十三日，总兵官猛如虎追击张献忠于开县黄陵城，官军溃败，参将刘士杰等战死，张献忠遂挥师东下。二十日，李自成攻下河南，福王朱常洵被杀，前兵部尚书吕维祺等死。二月四日，下诏因时事艰难，灾害多次出现，悲痛得自己责罚自己。停止执行今年刑狱。所有罪犯全部减等定罪。五日，张献忠攻陷襄阳，襄王朱翊铭、贵阳王朱常法一同遇害，副使张克俭等战死。十三日，李自成进攻开封，周王朱恭枵、巡抚御史高名衡抗拒迎战李自成，李自成退却。二十日，张献忠攻陷光州。二十四日，在乾清宫左室召见阁臣、九卿、科道。命驸马都尉冉兴让等赏赐钱币金银，赈救河南受难宗室。三月初一日，杨嗣昌从四川回京，到荆州死去。十日，祈祷下雨。二十一日，洪承畴会合八镇兵于宁远。二十二日，逮捕郑崇俭下狱，不久弃市。
四月七日，大清兵攻锦州，祖大寿奋力拒守。十四日，总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书，率军征讨贼军。五月六日，范复粹辞官退职。从狱中释放傅宗龙，任命他为兵部侍郎，总督陕西三边军务，征讨李自成。十四日，在北郊祭地。六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广旱灾，起蝗虫，山东盗贼大起。
七月五日，李自成攻打邓州，杨文岳、总兵官虎大威打败李自成。二十八日，洪承畴增援锦州，驻军于松山。这月，临清运河干涸。京师大发瘟疫。八月二日，援兵与清军激战于松山，阳和总兵官杨国柱溃败战死。八日，赐薛国观死。十八日，重新建成太学，隆重祭奠先师孔子。二十一日，总兵官吴三桂、王朴从松山逃跑，其他军队在夜间全部溃败。这月，左良玉在信阳大败张献忠。九月四日，傅宗龙率师住新蔡，与总督保定侍郎杨文岳会师。六日，与贼军相遇，贺人龙全军溃败，傅宗龙被围困，文岳逃往陈州。十一日，周延儒、贺逢圣再次入阁。十八日，封皇子朱慈炯为定王。十九日，傅宗龙突围而出，直奔项城，被活捉处死。贼军屠戮项城及商水、扶沟。二十五日，李自成、罗汝才攻陷叶县，守将刘国能战死。这一月，官军在英山望云寨打败张献忠。
十月初一日，有日食。十一月四日，李自成攻陷南阳，唐王朱聿镆遇害，总兵官猛如虎等战死。十二月，李自成连续攻陷洧川、许州、长葛、鄢陵。二十三日，解学龙戍边，黄道周戍边。李自成、罗汝才合力攻打开封，周王朱恭枵、巡抚都御史高名衡誓死拒守。
崇祯十五年(1642)正月十三日，孙传庭任兵部侍郎，统领京师军队救援开封。十五日，杨文岳救援开封，李自成领兵南陷西华。十八日，减免天下崇祯十二年以前欠交赋税。这月，山东贼军攻陷张秋、东平，抢劫漕运船只。太监王裕民、刘元斌率兵会合兖东官军征讨平定。二月八日，赈救山东愿接受抚恤乱民。十三日，总督陕西都御史汪乔年暂住襄城，途中遇贼军，贺人龙等逃奔入关，汪乔年被围困。十七日，襄城沦陷，汪乔年被捉拿处死。十八日，大清兵攻克松山，洪承畴投降，巡抚都御史丘民仰，总兵官曹变蛟、王廷臣，副总兵江翥、饶勋等死于军火。这一月，由孙传庭总督三边军务。三月，李自成攻陷陈州。八日，魏照乘辞官退职。十日，祖大寿以锦州向大清兵投降。二十二日，李自成攻陷睢州、太康、宁陵、考城。二十三日。封皇子朱慈火召为永王。二十七日，李自成攻陷归德。当年春天，江北贼军攻陷含山、和州，南京戒严。
四月二十四日，李自成又包围开封。二十六日，谢升革职。五月一日，孙传庭入关，诛杀贺人龙。六日，张献忠攻陷庐州。十九日，王朴弃市示众。六月十日，贺逢圣辞官退职。十五日，张四知辞官退职。十六日，下诏天下停止用刑三年。二十一日，詹事蒋德瞡、黄景窻、戎政侍郎吴生生均为礼部尚书兼任东阁大学士，参与军国大事。二十二日，诏孙传庭出关。兵部侍郎侯恂督领左良玉军队增援开封。二十四日，因一起推举阁臣之事，下吏部尚书李日宣六人于狱，贬官戍边各有不同。二十六日，在京师北郊祭地。这月，筑祭坛亲自祭祀死去的文武大臣。山西总兵官许定国增援开封，在沁水溃败，宁武兵在覃怀溃败。
七月一日，左良玉、虎大威、杨德政、方国安四镇兵在朱仙镇溃败。八月十三日，安庆发生兵变，杀都指挥徐良宪，后来官军平定兵变。二十八日，黄道周从戍所释放出来，恢复其原来官职。三十日，兵部尚书陈新甲下狱，不久弃市。九月十五日，李自成决黄河堤灌于开封城。十六日，开封城垣倒塌，淹死城民数十万人。二十二日，孙传庭率军赶赴开封。二十四日，凤阳总兵官黄得功、刘良佐在潜山大败张献忠。
十月二十四日，孙传庭在郏县被张献忠打败。孙传庭引兵入关。十一月一日，援汴总兵官刘超占据永城谋反。四日，发放钱币赈济开封受灾宗室兵民。六日，大清兵分路入塞，京师戒严。命令勋臣分守九门，太监王承恩监督检查城防。下诏推举能率军守京大将。十二日，征调各镇兵入京救援。十四日，大清兵攻克蓟州。二十一日，蓟镇总督赵光..提调援军。二十二日，张献忠攻陷无为。二十三日，辽东督师侍郎范志完入京救援。闰十一月七日，下诏责备自己，征求直言。十六日，大清兵南下，畿南郡邑大多没有守卫。二十一日，起用已废除将领。这月，李自成攻陷汝宁，前总督侍郎杨文岳、佥事王世琮宁死不屈英勇而死。十二月，大清兵直捣曹、濮，相继攻下山东州县，鲁王朱以派自杀。四日，李自成攻陷并占据襄阳。左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前进，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州。二十八日，焚烧献陵。
崇祯十六年(1643)正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死。二十五日，张献忠攻陷蕲州。二月初一日，有日食。五日，范志完、赵光..会师于平原。三月十七日，李自成杀害罗汝才，合并其部众。十九日，命令大学士吴生生率师征剿李自成。二十四日，李自成攻克武冈，杀岷王朱企..。张献忠攻陷黄州。
四月四日，周延儒自己请求率师出征，得到皇帝允许。二十八日，大清兵北回，与官军战于螺山，总兵官张登科、和应荐兵败，八镇兵全部溃败。这年，刘超讲和。五月初一日，张献忠攻陷汉阳。十日，周延儒回京师。十四日，修撰魏藻德为少詹事兼东阁大学士，辅佐军国大事。十六日，吴生生停职。二十五日，周延儒停职。三十日，张献忠攻陷武昌，楚王朱华奎被沉于长江。在籍大学士贺逢圣等死。六月一日，下诏减免直省残破州县三饷及一切常赋二年。十七日，逮捕范志完下狱。二十四日，雷电震坏奉天殿上兽吻，命令修身反省。
七月六日，在中左门亲自审讯范志完。二十四日，亲自在中左门审讯前任文选侍郎吴昌时，允许周延儒旁听调查。二十八日，禁止朝廷大臣私下谒见阁臣。京师从二月到本月发大瘟疫，下诏释放轻刑罪犯，发放钱币治疗疾病，掩埋五城外露尸骨。八月初一日，左良玉收复武昌、汉阳。五日，献忠攻陷岳州。二十五日，攻陷长沙。二十九日，攻陷衡州。九月五日，张献忠攻陷宝庆。八日，黄景窻辞官退职。十日，孙传庭收复宝丰，进住郏县，击败前来迎战的李自成。十九日，张献忠攻陷永州，巡按御史刘熙祚战死。二十日，赐杨庭鉴等进士及第，出身各有不同。二十一日，孙传庭因缺乏军粮引兵退去，李自成追击，大败孙传庭，孙传庭只好以残兵退守潼关。这月，凤阳多次发生地震。
十月初一日，祭祀太庙。六日，李自成攻克潼关，杀督师尚书孙传庭。李自成接连攻陷华州、渭南、临潼。命令官吏用赎罪换得的财物充当军饷。八日，李自成屠戮商州。十日，张献忠攻陷常德。十二日，李自成攻克西安，秦王朱存枢投降，巡抚都御史冯师孔、按察使黄..等被杀。十七日，张献忠攻陷吉安。十一月四日，李自成攻陷延安，继而迅速攻下凤翔。十二日，在南郊祭天。二十一日，吏部侍郎李建泰、副都御史方岳贡并兼东阁大学士，辅佐军国大事。二十三日，范志完、赵光扌卞弃市。吴生生到金齿戍边。二十七日，李自成攻陷榆林，兵备副使都任、在职总兵官尤世威等被杀。宁夏、庆阳相继被攻克，韩王朱....被活捉。十二月二日，张献忠攻陷建昌。五日，周延儒犯罪被赐死。七日，张献忠攻陷抚州。二十一日，李自成北渡黄河，攻陷平阳，山西州县相继兵败投降。二十四日，李自成攻克甘州，巡抚都御史林日瑞、总兵官马火广等被杀死。二十六日，左良玉收复长沙。
这年，暹罗、琉球、哈密入朝进贡。
崇祯十七年(1644)正月初一，大风沙，凤阳发生地震。十一日，李建泰自己主动请求筹集军饷、治理军队征讨李自成，得到皇帝同意，二十六日，巡幸正阳门楼，为李建泰出师送行。南京发生地震。二十七日，工部尚书范景文、礼部侍郎丘瑜同兼东阁大学士，参与机要事务。本月，张献忠攻入四川。二月二日，李自成攻陷汾州，别部攻克怀庆。七日，攻陷太原，活捉晋王朱求桂，巡抚都御史蔡懋德等被杀。十三日，下诏责罚自己。十四日，潞安陷落。十六日，讨论京师城防。李自成进攻代州，总兵官周遇吉奋力相战，因缺乏粮食，被迫退守宁武关。十八日，李自成部另外一大将攻陷固关，进攻畿南。二十日，派内臣高起潜、杜勋等十人监视各边境及近畿各要害位置。二十三日，真定知府丘茂华杀害总督侍郎徐标，向所属降兵传达檄文。二十五日，李自成兵临漳德，赵王朱常氵臾投降。二十八日，下诏天下救援京师。命令文武百官上奏战守事宜。左都御史李邦华、右庶子李明睿请求南迁，让皇太子去江南抚慰军队，皇帝都不允许。二十九日，陈演辞官退职。李自成攻陷宁武，周遇吉奋力战死。三月二日，李自成兵至大同，总兵官姜瑰投降，代王朱传火齐遇害，巡抚都御史卫景瑗被活捉，自杀身亡。三日，李建泰上奏请求南迁。四日，在平台召见文武百官，把李建泰的奏书拿来给他们看，庄烈帝说：“一国之君应该为国而死，我是否打算前往？”李邦华再次请求让皇太子去江南抚慰南京军士，没得到允许。蒋德瞡辞官退职。五日，封总兵官吴三桂、左良玉、唐通、黄得功为伯。六日，征诏各镇兵入京救援。七日，总兵官唐通入京守卫，命令他同内臣杜之秩据守居庸关。十日，太监王承恩负责城守防备。十一日，李自成到宣府，负责监视宣府的太监杜勋投降，巡抚都御史朱之冯等被杀。十五日，唐通、杜之秩向李自成投降，李自成于是便挥师进入居庸关。十六日，攻陷昌平。十七日，李自成开始攻打京师城，京师营兵全部溃败。十八日傍晚，京师外城陷落。当天夜里，周皇后死。十九日拂晓，内城陷落。庄烈帝吊死在万寿山，王承恩与其一同吊死。死时衣襟里留有遗书，遗书写道“：我因无德，干犯天怒，降下这场大灾，然而这都是各位大臣害了我。我死后无脸见祖宗，自己去掉冠帽，用头发盖住脸面。现在任凭盗贼分裂，但不要伤害百姓一人。”从大学士范景文以下死去数十人。二十八日，贼军迁庄烈帝及皇后棺材于昌平，昌平人开启田贵妃墓安葬庄烈帝及皇后。明朝到此灭亡。
当年四月，大清兵在山海关打败李自成。五月，清兵进入京师，用皇帝安葬礼节安葬庄烈帝，命令所属臣民穿丧服三天。谥号叫庄烈愍皇帝，陵墓叫思陵。
评论：庄烈帝继承神宗、熹宗之大业，慨然有为。即位之初，决策机智，铲除奸贼叛逆，天下向往太平。可惜大势已去，败势难救。在朝廷则有门户纠纷，在边境则将士骄横懒惰。四处兵荒马乱，流寇大起。最后到了不可挽救的地步，真可谓不幸。然而，在位十七年，不沉溺于声色，忧勤惕励，竭力治理国家。临朝浩叹，慨然思非常之才，但因用非其人，政事每况愈下。于是又信任宦官，并将其分布安置于各要害位置，举措失当，致使朝廷制置脱离常轨。即使乞求时来运转，但还是身遭不幸，这难道不是天运使他这样么！等到他命归黄泉，妖贼流寇被全部清除，庄烈帝因此才得加谥号建陵墓，且典礼比较优厚隆重。此乃圣朝(清朝)盛德远扬千古，也可因此知道庄烈帝虽遭受灾难而未被侮辱其身，真是亡国之义烈。