由此还可以见到公羊学的另一个重要理论：三科九旨。
所谓三科九旨，三科就是三大段，就旨每大段又分三小段，我们可以想像一本书的内容一共分为三章，每章又分为三个小节，一共就是三章九小节。
第一章的三个小节是："新周，故宋，以《春秋》当新王"，是谓一科三旨；第二章的三个小节是："所见异辞，所闻异辞"，所传闻异辞"，是谓二科六旨；第三章的三个小节是："内其国而外诸夏，内诸夏而外夷狄"，是谓三科九旨。--可最后这个"内其国而外诸夏，内诸夏而外夷狄"明明是两个小节？！不知道古人是怎么算的。
还有另外一个说法。孔颖达引宋氏《春秋说》注："三科者，一曰张三世，二曰存三统，三曰异外内，是三科也。九旨者，一曰时，二曰月，三曰日，四曰王，五曰天王，六曰天子，七曰讥，八曰贬，九曰绝。时与日月，详略之旨也；王与天王天子，是录远近亲疏之旨也；讥与贬、绝，则轻重之旨也。"
一个三科九旨，两种解释，谁说的对呢？徐彦当初就很有辩证思想了，说：两个都对，都阐释了《春秋经》义理的一个侧面，爱挑哪个挑哪个好了。（1）
其实，这两种解释虽然表达方式不同，主要意思却大致无二，都是在总结《春秋经》的"书法"，大略而言就是：详略有别、亲疏有别、内外有别、褒贬有别。详细内容先不细说，单说一下其中有关"三统"的内容，也就是何休那一科三旨所谓的"新周，故宋，以《春秋》当新王"。
"新周"有两解，传统意见说"新"字通"亲"，"新周"就是"亲周"，证据可见《史记·孔子世家》说孔子作《春秋》"据鲁，亲周，故殷"，《史记索隐》推测说：孔子当时周（2）王室势力薄弱，孔子特地表现出亲周的态度，告诉大家别忘了头顶上还有个周天子呢。
（1）[汉]何休/解诂，[唐]徐彦/疏《春秋公羊注疏》：问曰：《春秋说》云"《春秋》设三科九旨"，其义如何？○答曰：何氏之意，以为三科九旨正是一物，若总言之，谓之三科，科者，段也；若析而言之，谓之九旨，旨者，意也。言三个科段之内，有此九种之意。故何氏作《文谥例》云"三科九旨者，新周故宋，以《春秋》当新王"，此一科三旨也；又云"所见异辞，所闻异辞"，所传闻异辞"，二科六旨也；又"内其国而外诸夏，内诸夏而外夷狄"，是三科九旨也。○问曰：案宋氏之注《春秋说》："三科者，一曰张三世，二曰存三统，三曰异外内，是三科也。九旨者，一曰时，二曰月，三曰日，四曰王，五曰天王，六曰天子，七曰讥，八曰贬，九曰绝。时与日月，详略之旨也；王与天王天子，是录远近亲疏之旨也；讥与贬绝，则轻重之旨也。"如是，三科九旨，聊不相干，何故然乎？○答曰：《春秋》之内，具斯二种理，故宋氏又有此说，贤者择之。
（2）《史记·孔子世家》：乃因史记作春秋，上至隐公，下讫哀公十四年，十二公。据鲁，亲周，故殷，运之三代。《索隐》：亲周，盖孔子之时周虽微，而亲周王者，以见天下之有宗主也
董仲舒《春秋繁露·三代改制文》也说过类似的话："故《春秋》应天作新王之事，时正黑统，王鲁，尚黑，绌夏、亲周、故宋……"清代公羊家孔广森推翻旧说，认为新周是个地理称谓：周平王东迁之后，本来住在王城，后来周敬王避难搬到了成周，这个成周也就是"新周"，这种称谓上的变化就如同郑国搬迁之后把新的落脚点叫作"新郑"一样。（1）
但孔广森这个解释虽然在义理上有所革新，可至少在语法上有点儿说不过去。
再说"故宋"。传统意见大意是说，宋国是殷商之后，"故宋"就是把宋国当故人那样对待。宋国在周代确实地位特殊，如果按五等爵的制度，它是五等爵中最高等级的公爵国，而且被允许在国内保留殷商的正朔，被周天子以客礼对待；孔广森对这个解释照旧持质疑态度，说：什么"故宋"，翻遍《公羊传》，根本就找不到这个词！（2）
（1）[清]孔广森《春秋公羊经传通义》卷六：周之东迁，本在王城，及敬王避子朝之难更迁成周，作传者据时言之，号成周为新周。犹晋徙于新田谓之新绛，郑居郭郐之地谓之新郑云耳。
（2）[清]孔广森《春秋公羊经传通义》卷六：治《公羊》者，旧有新周故宋之说。新周虽出此传，实非如注解，故宋传绝无文，唯《谷梁》有之，然意尤不相涉。是以晋儒王祖游讥何氏黜周王鲁，大体乖硋，志通《公羊》，而往往还为《公羊》疾病者也。
再说"以《春秋》当新王"。前边有了新周的周，有了故宋的宋（殷商），按"三统"理论来看，第三个统该是谁呢？也就是说，周代的下一个朝代是什么朝代呢？
这问题好像很简单：周朝后边是秦朝。但很多公羊家可不这么看，他们认为周朝之后的这个新朝代就是《春秋经》里的鲁国，而孔子本人正是三统中的一统，甚至孔子本人就是《春秋经》这个虚拟的新朝代里的无冕之王（素王）。
"以《春秋》当新王"，还有"托王于鲁"、"托隐公以为始受命王"，这和董仲舒所谓的"王鲁"大略都是一回事。如果《春秋经》真是孔子写或编的，如果《春秋经》真有这层意思在，那么，说孔子大逆不道、心怀僭越，还真不算过分。
难道，大圣人孔子竟然是一个叛乱分子？而且，叛乱分子写的书也很可能是煽动叛乱的书吧？煽动叛乱的书也可能成为圣经吗？
退一步说，就算"素王"这个头衔是后儒封的，并没有经过孔子本人同意，但"王鲁"无论怎么解释都是目无周天子的，可这岂不是和孔子一贯"尊王"的政治理念悖离了么？就算眼睁睁看着周道日衰，难道就可以另立炉灶、再竖大旗了么？
公羊义理在这点上还真是没少受人责难的，也没少刺激过保守派、激励过改革派，但这条义理却很可能是从一个错别字上诞生出来的。--《史记·孔子世家》说孔子作《春秋》"据鲁，亲周，故殷"，用的词不是"王鲁"而是"据鲁"，《史记索隐》的注释是："言夫子修《春秋》，以鲁为主，故云据鲁。"答案很朴素，因为孔子是鲁国人，所以写书的时候以鲁国为本位，比如称呼鲁国为"我国"，这是再自然不过的事情。回过头再来看看《公羊传》，其中既没有"以《春秋》当新王"的提法，也没有"王鲁"这个词，看来这概念怕是董仲舒、何休他们自己搞出来的。可是，这二位都是当世儒宗，总不能为了义理正确而不顾证据和逻辑吧？
及至现代，陈思林考证这个问题，认为这是被错别字害的："王鲁"原本应该是"主鲁"，而"主鲁"就是以鲁国为主、鲁国本位的意思，也即司马迁所谓的"据鲁"。在古代文献里，（1）"主"和"王"两个字很容易讹误，这一点之差，便凭空生出了一条春秋大义。
（1）陈思林：《〈春秋〉和〈公羊传〉的关系》，《史学史研究》1982年第4期。
如果这样的话，这则春秋大义的发展脉络就是：先是"据鲁"或"主鲁"，"以我们鲁国为'主'"，然后因为错别字的关系变成了"以我们鲁国为'王'"，然后又变成了"以鲁隐公为第一任接受老天爷新一轮委任的新王"，然后又变成了"以孔子为王"，以三统理论来看，就是"三统轮流转，今年轮到鲁隐公（或者轮到孔子）"。