天顺思钟同之忠，复召其二子来京。荫其长子钟启入监，即升知县；次子迪升为通政司知事。又即转升章纶为左侍郎。亦荫一子章立入监，后升为鸿胪主簿。即日召还被谴陕西定羌驿驿丞廖庄至京。上亲自慰劳，即升为吏部左侍郎。复论迎复之功。又加石亨、曹钦等俸二百石，仍升徐有贞特进光禄大夫、上柱国、武功伯，兼文华殿大学士掌文渊阁事。又有旨拿前景泰升都督广西、佩征西将军印、上易储疏弑兄逆贼黄(王厷)。旨未下，早有人传报与(王厷)。(王厷)自知罪大恶极，服毒而死。及旨下，(王厷)已死。复有旨命本处抚按协同三司等官，勘验实落，开棺枭首断尸，籍没，以警示天下。广西总兵武毅等，见朝廷戮(王厷)尸，籍没家产，皆举手吁天，曰：“苍苍果有报应也！”
石亨、曹钦等以迎复之功，常直入内殿，并带从人出入，无人敢阻。一日，石亨领千户闻达、卢旺、彦敬三人侍上于文华殿侧。上问曰：“此三人何人也！”亨对曰：“臣之心腹人也。臣每有机密，必与之谋。如迎请陛下之事，三人亦有功焉。”上复问曰：“见居何官？”亨对曰：“二指挥，一千户耳。”上曰：“俱升为都指挥。”亨复奏曰：“蒙圣恩加一‘都’字甚好，但不能朝暮同臣出入，乞再加‘锦衣’二字，更感天恩。”上即允奏。三人授职，即谢恩而出。当时有识者，论石亨力奏三人为锦衣卫官，恐有弹劾石亨辈者，即发落锦衣卫来，是生死之权在其手也。
自此以后，石亨求请升迁官职，殆无虚日。冒报功绩千余人。杨增、杨海仍复前职。杜山、郭亨皆升一级。石亨威权日甚。其侄石彪倚亨势妄为不法之事。当有大同巡抚年富见彪倚势冒功减粮，无不妄为。年富平素刚直，先年见石亨妄冒不法，即劾论之。今复劾彪。早有人报知石亨。亨大怒，即来见曹吉祥说知，吉祥即按住年富之本。亨反令石彪诬奏年富。亨又见徐有贞，浼有贞票旨拿年富到京，有贞初因石亨构党之时，彼此回护，凡事皆从之。后亨每每强勒行拿，或保升官职太甚，已就有些拒却。至于年富，又与有贞交厚。一一不肯从亨。石亨见有贞不从，便怒。有贞不得已勉强顺从，只得行票旨去拿年富，两下就有些参商。年富到京，有贞不发富于锦衣狱，恐亨暗伤。乃发富到刑部狱中，待上问起，有贞那时好奏明放走。上亦屡见石亨行事过妄，心中不悦。
一日，因朝见太皇太后，太后问曰：“皇帝复位两月矣，怎不见于谦有手札进上奏事？”当日上杀于公之时，虽有内官传言进宫，太皇太后未知真实。因上进宫来朝，特问于公时，上以实对。太皇太后闻言嗟呀半晌，乃曰：“于谦有大功于我国家，为何就令致死？当时皇帝蒙尘，若无于谦，我国家未知何如？此必有奸人误皇帝耳。”太皇太后不觉泪下，左右惨然，上亦为之动容。太皇太后又曰：“于谦有大罪，只宜放归田里，何忍置之死地？”嗟叹不已。上无辞而出。
自此以后，凡石亨辈有事奏启，上皆留心裁察。当时石亨诬奏年富阻挠军机，上遂留神。不问有贞，贞乃亨党。上故不问，而问李贤曰：“卿知年富何如人？”李贤答曰：“臣久闻此人行事公直，在边能革除宿弊。”上闻贤言，顿悟曰：“此必是石彪为年富阻挠行事，今反奏耳。”贤叩曰：“圣心明见。”上即亲书旨下，放年富出狱，着致仕回去。明日，石亨见上自敕回年富，因随机与曹吉祥等，固请尽罢各边诸处巡抚关提督军务等官，其意欲无拘束，恁他设施。
本年五月初九日，有御史张鹏、杨瑄等适河间府饮马还京，一路亲见石亨、曹吉祥家人倚势占夺民田，乃上章劾奏，乞加禁约。上览奏，谓有贞曰：“御史敢言，实为难得。”当时有贞与石亨贪功，一时诬陷于公。后来见众纷纷怜公之死，有贞亦悔，渐渐与石亨疏了。所以上顾问有贞，有贞含糊不答而出。上见有贞不答，心中甚怒。复问李贤。贤答曰：“御史敢言，实乃尽忠效职。陛下宜命户部复实来说。”于是旨下户部查勘，时御史张鹏偕十三道御史，又合章劾石亨等“固宠擅权，冒滥官爵，强预朝政，掠美市恩，易置文武大臣，以彰其威。布满心腹将吏，假施其德。出于门者显爵，逆其意者重伤。纵家人占夺民田，压有司多收亡命。中外寒心，上下慑俱。不早斥罢，将来之事，不可料也。臣等备员言职，责有所归。不敢缄默，谨具以闻。”即有小人潜以此事报亨。亨疑有贞、李贤主使，遂与曹吉祥、曹钦等泣诉于上，曰：“臣等出万死一生，迎复陛下。今有贞与李贤反加排陷，唆使十三道御史，诬劾臣等，必欲置臣等于死地。且张鹏原是张永之侄，故结党诬臣，欲与张永报仇。”上见亨等恸哭不止，不得已，乃命收张鹏、杨瑄等于都察院狱中，仍命究主使之人。法司少怠不究。石亨复劾都御史耿九畴怠职，不究主使之人。于是锦衣卫承亨风旨，拷讯两御史并鹏、瑄甚急，遂词连有贞、李贤。上因怒有贞前日含糊不答之故。遂降有贞、李贤俱为参政。
越二日，上有旨独转李贤为吏部左侍郎。有贞降为广东参政。石亨犹虑上有日思贞取回，乃激曹吉祥、曹钦曰：“当时我等合有贞迎复上皇，只望他为我心腹，如今反行事多拗住。吾想在内惟公等，在外惟吾。观有贞唆使御史劾奏之意，必欲尽致吾等于死。”曹吉祥曰：“只索与他一毒手便好。”亨曰：“他如今虽降广东参政，异日上必思他，取他回来。”吉祥曰：“为之奈何？”亨曰：“上尝待有贞甚厚，无事不密召有贞私语，我等皆不得闻。后来我特央心腹小内相探知几件，今何不将几件密事令人奏上，上必愈疑有贞。那时我与公等乘机讪谤，上自然震怒，害之必矣。”吉祥等笑曰：“甚善。”但议何人写本，何人呈进。石亨思量半晌，曰：“有。我闻有贞门下教授马士权性秉忠直。有贞欲害于少保，土权谏不可，有贞不听。然每事必与之商，不如今人诈作马士权写本。一面使一人类给事中李秉彝者，昏夜持本进上。那时公等在内接之，多加谮毁之语于上前，不怕有贞不认罪而成狱矣。”
计议已定，果然捏成一疏，令一貌类李秉彝者，待昏夜持上。曹吉祥特令一小太监接之。问曰：“大人何官？”其人曰：“给事中李秉彝也。”小监持进，亨又贴飞语淤禁内。上览本，果然震怒，即命拿李秉彝付法司拷问。
李秉彝实不知情，抵死不肯承认。朝廷捕匿名者甚急。亨等见上怒，乃与吉祥等共谮曰：“有贞见陛下待之薄，有本不允。今又降谪广东，愈加怨望。臣等访得匿名谤本，皆是有贞心腹马土权为之，故灭其迹。不然，匿名内某事李秉彝何由而知。陛下试思之。”上问疏，亨指其某事。上心动，乃曰：“此语独朕与有贞言者。”亨即复谮曰：“朝廷禁内，谁人敢进。有此诽谤之语到此，必是前日有贞因降职，直入内廷谢罪之时，延挨在此，候上驾临谢罪，意图陛下俯留。后见不留，故将飞语贴此，并匿名同进。非有贞而谁？”
上闻言，首肯者三，深信之，急命捕有贞下狱。亨与吉祥又奏曰：“有贞宣泄内廷之语，并造言诽谤朝廷，陛下必亲鞫方见真情。若赴法司，必然回护。”上果允奏亲鞫。
未及五更，即令鸣钟击鼓。上御便殿，命官校于狱中独取有贞鞫问。锦衣卫闻达、卢旺等又是石亨心腹，特将诸般刑具排列，专候上命加刑。当夜，官校奉旨即到狱中独取有贞。有贞见未及五更，朝廷坐殿来拿，大惊曰：“吾命休矣！此必是石亨辈谤我，陷我於死地也。”口中说，心中想曰：“今日命在旦夕，不行此法，如何脱得此难。”官校催促，一齐拥至午门。
有贞一头走，一头急急作法。即叫：“取水来我吃，我要一大盆水吃。”官校即取一盆水来。有贞念念有词，连吃了两碗。便叫：“少住一住。”官校促曰：“上等久，不敢迟延。”有贞口中复念念有词，人皆不晓何意。有贞念毕，又取水含了一口，朝天一喷，又朝着随人摆列火炬处一喷。有贞又捱一回而行，行不五、六十岁。少刻，烈风卷地而起，即时闪电交加。有贞被官校押进到丹墀下时，只见雷电大作，雨似倾盆，冰雹如石块打下。押随官校，多被打伤。殿中烛炬，俱被狂风吹灭，殿瓦打碎甚多。上亲见天变，心中动疑徐有贞之事，遂不究问，进宫而去。
众官校见驾回宫，急带有贞出避於五凤楼下。京城平地，水高数尺，大树吹倒数十余株。曹吉祥门首多年老树，尽皆吹断。石亨等见天大变，亦各恐惧，不敢再求鞫问。其时都城人民，见西北角上隐隐然如牛如猪之物，喷噀冰雹。有贞得异书，奉斗斋，当时有识者曰：“此魔霾支大法也。”朝廷见天变，乃发徐有贞於狱，戍张鹏、杨瑄於边卫。