樊子盖字华宗，庐江人。祖父樊道则，梁朝时任越州刺史。父樊儒，侯景之乱中逃奔齐国，官至仁州刺史。
樊子盖出仕齐国，历任东海、北陈二郡太守，员外散骑常侍，封爵富阳侯。周武帝平定齐国，授樊子盖仪同三司、郢州刺史。隋文帝受禅，樊子盖以仪同之职兼领乡兵，后又任枞阳太守。平定陈国之战，樊子盖以功加授上开府，改封上蔡县伯，历任辰、嵩、齐三州刺史，转任循州总管，文帝允许他遇事不待上奏，自行裁断处置。开皇十八年(598)，入朝奉献岭南地图，文帝赏赐给他良马和杂物，增加统领四州，令回归任职之处，派遣光禄少卿柳謇之在灞上为樊子盖饯行。
隋炀帝即位，樊子盖转任凉州刺史，改授银青光禄大夫、武威太守，以善于理政闻名。大业三年(607)，樊子盖入朝，加授金紫光禄大夫。大业五年，炀帝车驾西巡，将要进入吐谷浑。樊子盖因为那里多有瘴气，奉献青木香，用以防御雾气和露水。炀帝回来后，对樊子盖说：“人们都说公清廉，肯定像这样吗？”樊子盖说“：臣怎么敢称清廉，只是小心谨慎不敢受贿而已。”炀帝于是赏赐给他食物一百多斛，加授右光禄大夫。樊子盖说：“希望能够侍奉陛下。”炀帝说：“公侍奉朕只是侍奉一人罢了，把西方委托给你，则是一人可敌万人，你应该明白朕这种心意。”大业六年(610)，炀帝在陇川宫避暑，又说想要巡幸河西。樊子盖渴望炀帝的车驾，希望炀帝巡幸武威郡。炀帝知道后，下诏书慰问劝勉樊子盖。这一年，樊子盖在江都行宫朝见炀帝，炀帝说“：富贵之后不回乡，真正是穿着华丽的衣服夜间行走，谁人知晓？”于是敕令庐江郡设置三千人大会，赏赐米和麦子六千石，让樊子盖拜谒祖坟，宴请家乡父老，当时的人都为樊子盖感到光荣。回京后任户部尚书。这时，处罗可汗和高昌王来通好，炀帝又任樊子盖检校武威太守，接应二藩王。辽东之战，樊子盖兼领左武卫将军，出兵长岑道。后来因在宫中担任警戒没有成行。加授左光禄大夫。这一年，炀帝回到东都洛阳，命樊子盖为涿郡留守。
大业九年，炀帝又临幸辽东，命樊子盖留守东都洛阳。适逢杨玄感叛乱，兵临城下，樊子盖派遣河南赞务裴弘策迎击，反而被杨玄感打败，遂将裴弘策斩首示众。国子祭酒杨汪略有不恭，子盖又要杀他。杨汪拜求，磕头流血，很久才释免他。于是三军无不惊恐，将吏没有人敢仰视。杨玄感每次都是选择精锐部队攻城，樊子盖缓缓地设置防备抵御，攻城部队一到就被打败。碰巧来护儿等救兵来到，杨玄感才解围而去。樊子盖诛杀的人总计达万人。又任检校河南内史。炀帝车驾到高阳，樊子盖追到炀帝的行所，炀帝慰劳他，拿他和萧何、寇恂相比，加授光禄大夫，封爵建安侯，赏赐给他歌女五十人。炀帝对他说“：朕派遣越王留守东都，是用来显示皇家枝干坚如磐石，国家大事，最终是委托给公。特别应该持重，有五百兵士卫护而后才出，这就是用勇士重重阻隔的意思。若有无赖之人欲谋不轨，就可诛杀之，凡是可以施行的，就不要劳动形迹了。如今为公另造玉麒麟符节，用来代替铜制兽状符节。”又指着越王和代王说“：如今我就把这两个孙子委托给你和卫文升了。应该选择忠贞善良德行高洁品格端正的人教导他们。”于是赏赐给樊子盖良田和宅第。
大业十年，炀帝车驾回东都洛阳，对樊子盖说：“杨玄感造反，是神明故意用来显示公的赤胆忠心。分颁王圭玉，晋封爵位，应该有良策。”当日晋封樊子盖爵位为济公。说的是樊子盖功劳济于天下，只是给他设立名号，而不是有这样一个郡国。后来，和苏威、宇文述一起在积翠池陪炀帝宴饮，炀帝亲自用一只金杯给樊子盖斟酒，说：“良算嘉谋，等待公然后才会出现，就把这个金杯赏赐给公，用来作为长久的瑞兆。”
大业十一年，跟从炀帝车驾到雁门，被突厥兵围困。炀帝想挑精锐骑兵突出重围，樊子盖和来护儿劝谏，流着泪说：“希望陛下暂停辽东之战，以抚慰众人之心。皇上亲自出去安抚，厚加勋位，人人自然奋勇，突厥兵之围不足以为忧虑。”炀帝听从樊子盖的建议。后来援兵赶到，突厥兵才离去。纳言苏砘追论勋位太重，应该加以斟酌。樊子盖执意奏请不应失信。炀帝说“：公想收买人情吗？”樊子盖默默不语，不敢对答。
樊子盖跟从炀帝车驾回东都洛阳。这时，绛郡盗贼敬..陀、柴保昌等人拥兵数万，汾、晋二地之民深受其苦，诏令樊子盖进兵征讨。当时人力物产富实，樊子盖不分善恶好坏，将他们集中在汾水北村坞全部焚烧。百姓十分惊恐，相继成为盗贼。对那些自首的人，不论年龄大小，一概活埋。樊子盖拥有数万兵马，一年多仍然不能破贼，诏令征回京师。樊子盖又领兵打击宜阳之地的盗贼，因疾病而停止，死于东京。炀帝悲伤很久，对黄门侍郎裴矩说“：樊子盖临终时有什么话？”裴矩答道“：樊子盖病得厉害的时候，深恨雁门被围之耻。”炀帝听说后甚为感慨，命令百官前去吊唁，追赠开府仪同三司，谥号曰景。安葬时，送葬的有一万多人。武威郡的百姓官员听说樊子盖的死讯，没有不叹息悲痛的，立碑颂扬其德行。
樊子盖没有别的权术和谋略，统领军队很谨慎稳重，不曾有过失败，莅临官位明于审察，属下没有敢欺瞒他的。严厉残酷。缺少恩惠，杀戮武断，临死的时候，见到断头鬼纷纷前来索命，成为厉鬼云云。