德宗光緒元年（一八七五）正月諭：臺灣後山亟須耕墾，所有從前不準內地民人渡臺各例禁，著悉與開除。其販賣鐵、竹兩項，並著一律弛禁，以廣招徠（東華錄）。
諭：沈葆楨奏履勘琅■〈王喬〉形勢，擬建城設官，即著照所議（同上）。
管帶福靖左營遊擊王開俊入剿臺灣內山獅頭社番，遇伏陣亡；守備周占魁、楊舉秀、千總楊占魁及勇丁九十三名隨同戰歿。請旨交部從優議卹。前哨遊擊李玉貴、左哨千總李長興未能策應，均按軍法，分別懲辦。
二月十三日，沈葆楨抵安平，檄飭各營悉聽提督唐定奎調度。定奎議以生番恃密箐深林為藏身之固，我進彼隱、我退彼見，與中原之剿髮、捻回不同；欲殲豺狼，必翦荊棘。因定進剿之路，一出南勢湖、一出刺桐腳，招土勇千餘人為鄉導，督飭各軍將山腰汙萊概行翦薙；自南勢湖至刺桐腳止，開路寬三十餘丈、直三千餘丈。刺桐腳迤北兇番日出要劫，或百餘人、或數百人，均經格鬥槍斃數名，始退；銘中副軍、中前軍亦陣亡數名。
三月三日，又開路三里有奇；至竹坑山下，地勢回旋，為竹坑、獅頭往來必由之道。八日，仍督將士前行伐木，繞至竹坑山之後，其地曰竹坑埔，距刺桐腳十里，溪廣山高，竹坑社在其東南，阿栽米息、中心崙在其正東，內、外獅頭社皆在溪北；令左軍左營管帶陳有元築壘扼之。南勢湖一路，亦開通三里有奇，派管帶銘字中軍左營梁善明駐之。自入山步步為營，非唯磚石無所取資，即版築亦難咄嗟立辦；因購麻袋數萬，挈之以趨，遇敵則攻，得險即守，就地囊土立壁，不日而成。竹坑布置就緒，循大龜紋溪向內、外獅頭等社開路；社番登高瞭望，百十成群。二十五日，正在伐木，突有兇番二百餘人蜂擁截路。張光亮、章高元麾隊迎戰，鏖鬥逾時，陣斬十餘名、槍傷十數名而散。乘勝入砦，焚其草寮五、六十區。詢諸土人，蓋龜紋所屬之本武社也。南勢湖經提督王德成等沿途開通，每日兇番四、五百人截路，互有殺傷，焚其沿山草寮百餘所。社番堅築石臺，為久踞計。
四月一月，定奎登絕頂，見內獅頭社正面懸崖如削，無徑可通；仍飭各營循龜紋溪而進。至三日，又廓清三里有餘。張光亮正覓路上山，相度營址，忽兇番二、三百人突起莽中，短兵奮擊；副將馬加銀遊擊張賢扶均受傷，勇丁亦受傷六名。南勢湖，派副將劉朝林營於獅頭山背、去外獅頭社僅二里訪聞，大甘仔、力周、式濫等社萃居外獅頭社，壘石牆、插鹿角、建望臺、樹哨旗以守，兵勇陣亡受傷者亦數十名。十五日，定奎面授各統帶機宜。十六日，自督親兵正營及左營、右營進剿內獅頭社。自卯至已，破其砦，抄出福靖左營旗幟十餘面，抬砲、番桿、刀斧、火藥、鴟芋等件，焚其草寮二百間。提督周志本暨副將劉朝林等剿外獅頭社，自卯至辰，連破五卡。巳時，攻克外獅頭社，抄出刀斧、火藥、鴟芋與內獅頭社相埒，焚其草寮一百餘間。隨於前後溪壑，覓得白骸甚夥；千總郭占鰲指為王開俊及勇丁等捐軀之地，以木匣殮之。二十日，營務處田勤生帶隊巡山，派縣丞李際泰同勇丁至內獅頭社，見密箐中有首級絡於竿杪，急為解懸，負回營次；經定奎飭郭占鰲及其舊部兵勇等環視，咸稱確系前遊擊王開俊之首。即備木匣裝送郡城，交故員家屬收葬。五月九日，番目等率散番五十餘人到營乞降；定奎傳譯曉諭利害，均給衣履諸物，各跪戴而歸。十二日，枋山民人程古六又帶內、外龜紋等社番目及散番百餘人到營乞降；定奎示約七條：曰遵薙髮、曰編戶口、曰交兇犯、曰禁仇殺、曰立總目、曰墾番地、曰設番塾。以龜紋社首野艾向為諸社頭人，拔充總社目統之。所統番社，如有殺人，即著總目交兇。如三年之內，各社並無擅殺一人，即將總目從優給賞。其獅頭社餘孽，探悉竄伏何社，即由何社跟交，不許藏匿。野艾及各番均願遵約。竹坑社更名曰永平社、本武社更名曰永福社、草山社更名曰永安社、內外獅頭社更名曰內外永化社；脅從各社，均許自新。惟獅頭罪大惡極，漏網者不許復業，以昭炯戒。所有內、外永化社，即著總社目另招屯墾；於枋寮地方先建番塾一區，令各社均送番童三數人，學語言文字以達其性、習拜跪禮讓以柔其氣。各番無不帖服（以上沈文肅奏議）。
沈葆楨奏修築臺郡城垣，工程完竣（東華錄）。
五月十一日，福建巡撫王凱泰由省東渡。十七日抵臺，公同參酌，奏請臺北擬建一府三縣：查艋舺當雞籠、龜崙兩大山之間，沃壤平原，兩溪環抱，村落衢市蔚成大觀；西至海口三十里，直達八里坌、滬尾兩口，並有觀音山、大屯山以為屏障，且與省城五虎門遙對，非特淡、蘭扼要之區，實全臺北門之管前淡水同知半年駐竹塹衙門、半年駐艋舺公所，相去百二十里；由竹塹而南至大甲溪尚百餘里，由艋舺而北至滬尾、雞籠各數十里，命盜等案層見疊出，往往方急北轅，旋憂南顧。擬創建府治，名之曰臺北府；自彰化以北，直達後山，胥歸控制，仍隸於臺灣兵備道。其附府一縣，南劃中櫪以上至頭重溪為界，計五十里而遙；北劃遠望坑為界，計一百二十五里而近：東西相距五六十里不等、方圍折算百里有餘，擬名之曰淡水縣。自頭重溪以南至彰化界之大甲溪止，南北相距百五十里，其間之竹塹即淡水廳舊治；擬裁淡水同知，改設一縣，名之曰新竹縣。自遠望坑迤北而東，仍噶瑪蘭廳舊治疆域，擬設一縣，名之曰宜蘭縣。雞籠一區，以建縣治，則其地不足，而通商以後，竟成都會；且煤務方興，末技之民四集，海防既重，訟事尤繁。該處向未設官，亦非佐雜微員所能鎮壓；若事事受成於艋舺，則又官與民交困。應請改噶瑪蘭通判為臺北府分防通判，移駐雞籠。向設南、北兩路理番同知，南路駐府城、北路駐鹿港。今內山開闢日廣，番民交涉事件日繁，舊治殊苦鞭長莫及；請將南路同知移紮卑南，北路同知改為中路，移紮水沙連，各加「撫民」字樣。凡有民番詞訟，俱歸審訊；將來升科等事，亦由其經理。又請改臺地營制，統歸巡撫節制，以一事權。仿淮、楚軍營歸併，以五百人為一營。將南、淡、嘉義三營調至府城，合府城三營、安平三營為一支，專顧臺、鳳、嘉三縣；其北路協副將所轄中、右兩營，合鹿港一營為一支，專顧彰化一帶；艋舺、滬尾、噶瑪蘭三營為一支，專顧淡、蘭一帶。千總以下，即由巡撫考拔；守備以上，仍會同總督、提督揀選題補。臺灣鎮總兵撤去「掛印」字樣，並歸巡撫節制。以鎮標中營遊擊隨總兵移駐安平，臺協水師中、右兩營都司改為鎮標陸路左、右兩營都司。原設鎮標左營，改為撫標左營，隨巡撫駐臺。其撫標兩營仍駐省，改左營為中營，以中軍參將領之。原設臺協水師左營遊擊，改為臺灣北路左營遊擊，歸北路協副將管轄。另片奏：學政事宜向由巡臺御史兼理，乾隆十七年御史裁撤，所有歲、科兩試改歸巡道考校，其達部事件呈福建學政轉咨。今巡撫來臺，所有臺屬考試，請以巡撫兼理。皆得旨准行（沈文肅奏議）。
諭沈葆楨：臺灣南路剿番攻克各社，淮軍艱苦出力，准其擇尤保獎，以示鼓勵（東華錄）。
七月，淮軍十三營全數凱撤，分三次內渡；其病困不能登舟者約近二百人，留參將程曾郁為之調護，俟病愈派便船載之歸伍。提督羅大春患瘧痢，奏明賞假兩個月；病勢轉增，遂請開缺，調福寧鎮總兵宋桂芳來臺代為經理一切。沈葆楨升任兩江總督，二十二日內渡；臺灣事宜，均歸福建巡撫節制（沈文肅奏議）。
十一月，以丁日昌為福建巡撫。
二年（一八七六）三月，召李鶴年入覲，以文煜兼署閩浙總督。
四月，文煜、李鶴年、丁日昌奏：臺郡安平口三鯤身地方建造洋式砲臺，本系知府凌定國、副將周振邦監督辦理；一切工料，均歸凌定國經管。臣日昌先經訪聞凌定國有侵吞工料銀至巨萬情事，即於二月飭令臺灣道夏獻綸認真查辦，並諄屬其不可含糊徇隱，代人受過。旋據夏獻綸稟覆：督同臺灣府周懋琦、臺防同知孫壽銘前赴安平查點，大小工人數目均有短小，所給工價亦較冊報有減；凌定國撥有勇役、廚子、火夫，仍每日提用小工二十人。洋人轎夫已在巡洋項下開銷，則又混稱在內。凌定國經手領過銀十二萬九千四百餘兩，內有浮開短給之項，計應退銀一萬四千三百七十七兩零。尚有磚瓦灰土及各項雜料並無細數呈出，其中尚未知侵吞若干。至安平碼頭，另歸周振邦管理，均未呈出細數。經提集管賬謝斌等嚴訊，均諉凌定國及其弟定邦經手；而傳訊凌定邦，又皆諉凌定國。相應請旨，將凌定國即行革職，澈訊追究（以上東華錄）。
九月，丁日昌奏：臺灣吏治黯無天日，牧令能以撫字教養為心者不過百之一二。其餘非性耽安逸，即剝削膏脂，百姓怨毒已深，無可控訴；往往鋌而走險，釀成大變。臺灣所以相傳「無十年不反」之說也。所有貪酷各員，如彰化縣朱幹隆、嘉義縣楊寶吾等均已先後據實嚴參在案。時以候補縣何鑾在彰化格斃著匪林位新立巨功，飭其就近接署嘉義縣篆；詎何鑾到任後，收受書吏稅契陋規，不惟不肯酌減，且欲多增。查嘉義稅契浮收至重，新官到任，書吏必有點規，從前四、五千圓，近來竟加至一萬餘圓。而書吏轉攫之於民者，又不啻倍蓰。以致一官新至，勢必稅契四出，雞犬不寧。楊寶吾前因催收稅契，釀成命案，甫經查辦，而何鑾復敢尤而效之。若不認真嚴劾，民困何由得甦？相應請旨，將何蠻先行革職，仍飭夏獻綸澈底確查，再加嚴辦。從之。
十二月，袁保恆奏：福建之臺灣，地雖僻處海澨，而物產豐富，加以民番偪處，區畫尤難；非專駐大臣，鎮以重兵，舉其地民風、吏治、營制、鄉團，事事實力整頓，未易為功。若以福建巡撫每年駐臺半載，恐閩中全省之政務，道里懸隔，而轉就拋荒。臺灣甫定之規模，去住無常，而終為具文，甚非計之得也。查直隸、四川、甘肅各省，皆以總督辦巡撫事，可否移福建巡撫為臺灣巡撫，常川駐守，經理全臺；其福建全省事宜，專歸總督辦理？似於臺灣目前情形，不無裨益。上諭：議奏。
三年（一八七七）五月諭：福建新設臺北府知府員缺，准以江蘇海州直隸州知州林達泉試署（以上東華錄）。
六月，閩浙總督何璟奏：福建巡撫一缺，在各省中最為清苦；近以東渡臺灣，諸多繁費。查閩省自司道以至各府、縣皆有津貼一款，臺灣道、府更有加增，而撫臣辦公獨未籌及經費，誠恐將來公事棘手。仰墾俯准於省城釐金項下，每月開支經費銀千餘兩，為巡撫辦公渡臺經費。得旨：每月開支經費銀一千五百兩，戶部知道。
諭何璟等：所有臺灣府未完同治十年分供粟三萬九千一百七十一石及未完糯米易榖十五石零，均按數一體蠲免，以紓民力。
四年（一八七八）四月，以吳贊誠署理福建巡撫。
六月，何璟等奏：本年四月間，臺灣府城突被風災，巡撫行署及北城垛口暨內外民房等處，多有坍塌傾折情形，並傷斃兵民。
五年（一八七九）四月，何璟等奏：臺灣北路地方遼闊，前經奏請添設府縣。嗣於光緒三年又經奏准將淡水同知一缺裁汰，噶瑪蘭通判一缺改為臺北府通判，移駐基隆；其噶瑪蘭舊治改為宜蘭縣，即以原設之通判衙署作為縣署，縣中公事均由臺北府勘轉。惟議設之淡水、新竹兩縣，事屬草創，頭緒紛煩，未能同時並舉。請將淡水、新竹二縣暫由臺北府兼攝，俟艋舺所屬之地辦有規模，再行分別添設，以符原議在案。復查臺北淡水廳轄，自彰化縣北界之大甲溪直抵基隆三貂嶺下之遠望坑止，計地三百四十五里有奇；其中滬尾、基隆均屬通商海口，華洋雜處，事務繁多，命盜等案層見迭出。前因淡水同知不能兼顧，故請區分改設一府三縣；旋議將新竹、淡水兩縣由府兼攝，系出一時權宜。察看情形，必須分設淡水、新竹兩縣，方足以資治理。刻下艋舺地方考棚民捐民辦，業經告成，學額已分一府三縣奏請添設，明春即應考試。臺北府衙署，年內計可完工，諸務均已次第興辦，設縣尤不可緩。其距艋舺十二里新莊地方原有縣丞一員，現艋舺既設府縣，新莊縣丞應即裁撤，改為臺北府經歷，兼管司獄事務；淡水縣應添設典史一員，新竹縣即將竹塹巡檢改為新竹縣典史，宜蘭縣即將噶瑪蘭羅東巡檢改為宜蘭縣典史。又臺灣北路理番同知原駐鹿港，旋因內山開闢日廣，番民交涉事件日多，經奏請將北路同知改為中路，移紮水沙連；奉旨允准，現在該同知業已移紮。鹿港亦為巨鎮，商賈輻輳，且須稽查海口，距彰化縣城二十里，該縣不及兼顧；查有彰化縣南投社縣丞，堪以移紮鹿港。其南投社地方逼近內山，亦須佐雜彈壓；查臺灣縣巡檢駐紮羅漢門，近來該處安靜，以羅漢門巡檢移設，即作為彰化縣南投巡檢，衙署仍舊，毋須另建。似此一為轉移，地方實有裨益。下部議奏。
以勒方錡為福建巡撫。
六月，以穆圖善為福州將軍。
七月，臺灣防務需人，何璟奏調前福建布政使降調道員陳士杰；允之。
六年（一八八○）六月十九、二十等日，臺灣、臺北兩府猝被颶風大雨，溪水陡漲，淹沒民田，並傷死人口多名。
七月，何璟等奏：臺灣匪徒劉參根以漏網餘孽潛匿多年，輒又糾眾滋擾。本年五月間，經臺灣鎮總兵吳光亮等派兵往捕，膽敢率眾抗拒。各兵勇奮力合剿，拿獲正法；餘匪一律殄除。
十月，調岑毓英為福建巡撫。
七年（一八八一）五月，臺灣地震，福建地震。
七月，何璟、岑毓英奏：臺灣地方孤懸海外，日本窺伺已久，不早籌整備之方，則戎心易啟；惟有隨時親往履勘，認真經營。該處情形，其北開闢未久，尤關緊要。而赴臺輪船向來由羅星塔出五虎口，繞道廈門、澎湖，必須三十六箇時辰，始能到岸；設遇風狂浪大，顛簸耽延，日期更難預定。若改由五虎口經赴臺北，只須九箇時辰即抵基隆，甚為妥速；而由基隆至臺灣府城，亦不過旬日可至。臣等再四籌商，擬即以北路為渡臺正路，並咨商船政大臣黎兆棠撥大輪船一號，長為渡臺之用。毓英擬將積牘清理完竣，定於閏七月十三日即行渡臺，由臺北至臺南沿途查看，應如何整頓，咨商臣璟妥為籌辦。前奉旨准調黔省安義等營練軍二千人，臣毓英已飭藩司匯撥行裝、行糧、夫價等銀，並檄行記名提督何秀林等分起管帶，陸續前來；俟到閩後，擬以二百名留為護兵，以二百名駐紮五虎口，其餘一千六百名均分紮臺灣。
十一月，岑毓英奏澎湖前遭颶風，被災甚重。現查各島饑民，共有八萬餘丁口，先後運到米糧不敷分散；籌由省城增廣倉義榖項下借提陳榖二萬石，運往接濟。
岑毓英奏：本月初一日，復行渡臺籌辦撫番事宜，並督修城池、砲臺、河隄工程。
八年（一八八二）四月，臺灣地震，福建地震。
五月，以張兆棟署福建巡撫。
九月，臺北大雨颶風。
九年（一八八三）三月，以張兆棟為福建巡撫（以上東華錄）。
是年，臺灣道劉璈因臺地孤懸海外，兵餉接濟為難，請以借用洋款為辭，將全臺口岸定以年限，暫質與他國；或以澎湖一島，倣照香港、澳門例賃與他國。全臺煤礦務，皆可包採納稅。各國中以德國為最宜，為暗中乞援之一法。未准行（無暇逸齋文鈔）。
十年（一八八四）閏五月諭：前直隸提督劉銘傳，著賞給巡撫銜，督辦臺灣事務；所有臺灣鎮、道以下各官，均歸節制（東華錄）。
法提督孤拔率兵船來福州馬尾，有佔據地方為質、索賠兵費之說（清史紀事本末）。
督辦臺灣事務劉銘傳二十四日抵基隆，查勘砲臺形勢；商令總兵曹志忠，在外海口門社寮兩山對峙之區，各築砲臺一座，別建護營一座。二十五日，即有法人兵船一灣泊基隆；詢所由來，答以遊巡海口。二十八日，駐臺北府城。奏臺灣孤懸海外，非兵船不能設守。閩省派輪船四隻，永保、琛航在臺北裝煤載貨，萬年清、伏波專備臺南調遣，俱赴閩、滬，尚未回防。查船政局有澄慶、登瀛洲、靖遠、開濟四船，均撥赴兩江。目前臺防需船，較他處為倍急。請飭下署兩江督迅飭該兵船來臺，以後餉需當由閩臺籌給。奉旨：江南防務亦殊吃緊，暫緩調撥（劉壯肅奏議）。
法艦至基隆購煤，劉銘傳飭封煤窯（東華錄）。
六月朔日，何璟、張佩綸等電報法全力注閩，已進八艘，請飭援應牽制（同上）。
是日，又有法兵船巡泊基隆，半日即去；而前次所到之法船，仍泊不行。適新調提督章高元率毅勇五百自臺南至，因飭紮近基隆砲臺；提督蘇得勝佐之。十二日，運砲委員游學詩雇德商萬利輪船至滬尾，令將雷砲由萬利船運布基隆；法兵酋堅阻，不許卸載，仍回滬尾。十四日，續來法兵船四，直逼基隆。法酋李士卑斯遣告蘇得勝、曹志忠，稱和議不成，限期已屆；隨帶戰書告示，定於翌晨攻擊砲臺。劉銘傳十五日馳赴基隆，法人已於辰刻開砲。臺上祇存洋砲五尊，當門一面，不能從旁還擊。章高元、蘇得勝各帶百餘人潛伏砲臺牆外溝中，敵砲猛攻不息，竟毀砲臺前壁，火藥房亦被轟毀；營官姜鴻勝率軍退出，傷亡弁勇六十餘人。十六日卯刻，法兵四、五百人，半在曹志忠營北山上築營；餘二百人直薄曹志忠之壘，仍用輪船炸砲助攻。曹志忠一面飭守本營，親督王三星等率隊二百人出戰。銘傳令章高元、蘇得勝率隊百餘人襲其東，已革遊擊鄧長安率親軍小隊六十人擊其西，所持後膛槍皆能命中，擊倒山巔擁纛之法酋二人與山下法兵頭一人，一鼓登山；法兵奔潰，奪獲洋槍數十桿、帳房十餘架，並獲二纛，斬首一級。法兵傷亡百餘人。捷聞，奉旨：發帑銀三千兩賞給出力兵勇；查明尤為奮勇者，傳旨賞給。基隆濱海各營暨曹志忠營均飭移後山；其八斗煤礦，派營官楊洪彪督拆機器，移至山後，並將煤礦房屋一並燒毀（劉壯肅奏議）。
諭軍機大臣：據彭玉麟電報，請飭彭楚漢就近募勇助閩防。本月十五日，臺北基隆砲臺被其攻佔，殊堪髮指。閩防萬緊，著穆圖善等傳知彭楚漢迅速募勇成營，預籌戰守。漳、泉兩郡之人強悍可用，宜切實訓練，以資得力。並著卞寶第、彭祖賢傳知程文炳，或選帶湖北防營、或另募新勇，剋日乘輪船由長江順流而下，至江西會商潘霨與前調江西陸兵合力前進，赴閩應援。所需餉項，著卞寶第等力籌撥濟，並與曾國荃會商撥給軍械。
張之洞電奏，請飭南北洋替派數艘帶水雷艇合力援閩。諭：著李鴻章、曾國荃、吳大澂、陳寶琛迅速電商定議。
七月十日、十一日，基隆法船迭開砲，臺勇憑山為障，開砲還擊，始退泊口外。十四、二十等日窺滬尾；孫開華，李彤恩將前備堵口石船接連沉塞。法人日以一兩船欄泊滬尾，遇船即搜，以絕援應。基隆口門仍泊三船。
諭：何璟著來京，另候簡用。閩浙總督著楊昌濬補授；未到任以前，著張兆棟兼理。
電諭李鴻章：閩需洋砲甚亟，著速購德國大砲十尊、次砲二十尊，解閩應用。
諭：大學士左宗棠，著授為欽差大臣，督辦福建軍務；福州將軍穆圖善、漕運總督楊昌濬，均著幫辦軍務。三品卿銜翰林院學士張佩綸，著以會辦大臣兼署船政大臣。詹事府少詹事何如璋，著來京。
諭：左宗棠奏籌議援臺一摺，著照所議，南洋派兵船五艘、北洋派兵船四五艘在上海會齊。楊岳斌帶八營由漢口搭輪船赴滬，即統領各兵船赴閩；先至廈門探明法船情形，繞至鹿港等處登岸，相機援剿。李鴻章、曾國荃即將兵輪派定，並知左宗棠、楊岳斌遵照（以上東華錄）。
八月十二日，基隆突至八船，並前泊共十一船。十三日黎明，法兵千人自口外西山登岸；營官畢長和等接戰，陣斬法一酋，臺勇傷亡逾百。忽報滬尾法船五艘直犯口門，砲臺新壅泥沙，被砲即毀，陣亡砲勇十餘人。劉銘傳以基隆無兵可分，滬尾又當基隆後路，離府城祗三十里，乃夜率各營自基隆趕回淡水，立派曹志忠等馳救滬尾。十六日，法人又到三船，通計八艘；孫開華等晝夜率軍分伏海濱。二十日清晨，法船忽散。孫開華決其必登岸，親督龔占鰲等設伏各處。部署粗定，法人砲轟數百響，煙塵漲天，炸彈如雨；復以小輪分道駁兵千人猝登岸。孫開華、李定明、范惠意分途截擊，章高元等自北路迎戰。法兵各執利鎗，自辰至午，鎗聲不絕。臺軍拔短兵截殺，李彤恩所募土勇張李成一營繼之。孫開華斬執旗法酋，奪旗銳入，斬馘二十五級（內有兵酋二人），槍斃三百餘人，法人大潰。臺軍追至海岸，法兵溺海者更七、八十人。法船急護敗兵，開砲亂擊；自傷小輪一隻，並遺格林砲一尊，俱獲以歸。捷聞，奉旨賞給帑銀一萬兩。法踞基隆附近之暖暖等處，地皆相接，始則派夫修壘，不從則侵掠隨之；暖暖武舉王廷理、周玉謙募勇三百人，與深澳等處各董練丁，憑險堵禦。彰化郎中林朝棟募勇五百人助剿，新竹郎中林汝梅募勇二百人協守新竹；卿銜林維源捐洋銀二十萬元（先繳十萬元）、月米三千石折價計銀，暫資兵食（劉壯肅奏議）。
曾國荃奏：籌撥勇營餉項渡臺，交楊昌濬由江西陸路入閩。
曾國荃等電報：官軍十七日復基隆，五路圍剿，斃法兵甚多，奪獲鎗砲多件。奉諭：聞法人僱土人驅赴前敵，多被殄戮；著劉銘傳曉諭居民，引以為戒，勿為敵誘。
九月，李鴻章電傳劉銘傳初三日由廈門轉電略云：初二日，法又到船六艘，在臺北者不下二十隻。二十八日，法四船擾臺南，澎湖存亡無信，富紳多舉家逃走。土勇已募五千餘，無器械，不受約束；不能禦敵，徒索餉鬧事。土匪四起，軍士疫癘不止，日有死亡，能戰者不足三千人。敵勢甚大，日內必有惡戰。傳同將士惟拚命死守，保一日是一日。現在洋火藥巳缺、食鹽無來，百姓擾亂，餉路亦阻。臺局不堪設想，可為痛哭云云（以上東華錄）。
十四夜三鼓，曹志忠率隊欲趨獅頭嶺襲取九弓坑敵營。甫至山下，即砲傷四十餘人；曹志忠知有嚴備，收隊退回（劉壯肅奏議）。
以劉銘傳為福建巡撫，仍駐紮臺灣，督辦防務。
何璟奏：臺、廈一帶瀕海遭風，撥款應濟。
劉銘傳電奏：臺灣勸捐軍餉官紳，皆請奏開實官捐輸。凡京職自郎中以下、外官自道府以下及三班、分先、分間、儘先各花樣，均按照例定十成銀數報捐（不准以錢文、軍械、米榖折算），作為臺灣防剿經費；予限半年，限滿即行停止。得旨允行。
曾國荃奏：九月十五日奉電旨：左宗棠奏籌議援臺一摺，著照所議，南洋派兵輪五艘、北洋派兵輪四五艘在上海會齊赴閩援助。當即飭籌防局、輪船支應所不惜金價，豫備軍火與船上攻戰器具，並購買外洋六角火藥及松白煤，議派統帶官籌備一切需用各項。嗣於九月二十九日奉電旨：李鴻章現派德國水師總兵厲百齡帶快船赴閩，停滬後與南洋所撥各船會合前進，並著曾國荃、楊昌濬飭水師統帶等與厲百齡妥為聯絡商辦；或有訓練未精、見識未到之處，即囑厲百齡隨時幫同教練指示。即與李鴻章往返函商數次，又與長江提臣李成謀隨時函商：開濟、南琛、南瑞三號快船之外，惟澄慶、威靖二船可以出洋，共計五船，略為厚實，砲位略可及遠。至於統帶之員，亦惟理在總理輪船營務處提督銜總兵吳安康與各船相習較久，堪勝統帶之任；即用營務處關防，可以號令各船。所有出洋應用軍火、餉糈各件，業由籌防局寬為豫辦，不令致乏。至各船應領口糧及以後買煤經費，亦札令吳安康與各管駕面商，酌定數目，帶往應用（以上東華錄）。
臺灣道劉璈請開缺專辦克復基隆（劉璈稟）。
十二月諭：臺北急需援師，左宗棠前派恪靖軍千人赴臺，兩營繼發著催令速渡，並再撥勁旅千人。臺南現無法船，新竹等處皆可登岸；剋日前往，歸劉銘傳、孫開華節制。劉銘傳稱方恭軍廣勇不得力，請調舊部吳宏洛軍；兩軍更調，尚屬相宜，著張之洞酌籌電奏（東華錄）。
初十日，法兵千餘分攻臺北大水窟、圓窗嶺，別船載兵四百自八斗上岸，抄襲深澳坑後路。守隘民團，寡不敵眾，俱潰；法遂進至暖暖對河之月眉山。營官張仁貴率勇二百衝入山下竹林中被圍，巨雨竟夕。十一日，林朝棟馳往救援，營官廖得勝、葉友勝亦各帶楚勇三百人夾攻，張仁貴始出重圍。法又增兵千餘前來接戰，以百人奪踞月眉山。廖得勝、張仁貴等奮力仰攻，槍斃山上敵兵十數人，始奪踞其巔。其分犯大水窟者，亦經林朝棟擊退。圓窗嶺僅有桂占彪楚兵一哨、蘇樹森土勇一營，蘇得勝命營官鄧長安以土勇三百合練兵百餘人助之。十二日，曹志忠親赴督戰。十三日，槍斃法酋，始退里許，仍伏月眉山、圓窗嶺下。曹志忠見敵不退，築壘月眉山待戰；法亦築壘山下。十六夜，曹志忠、林朝棟會商攻襲其壘；法全隊拒戰，至黎明始收隊回營。二十日，法兵四百復犯大武崙，營官陳士貴、林則榮率隊奮擊，始退（劉壯肅奏議）。
十一年（一八八五）正月，李鴻章派聶士成淮勇八百五十人、左宗棠派王詩正恪靖五營至臺北。詩正統帶五營，於十八日即赴前敵。法人添兵大至，以四艦濟兵，自八斗登岸，猝襲月眉山。曹志忠所統楚軍六營，既以兩營分紮大武崙、又以三百守戲臺山，僅率一千四百人分守月眉山、深澳坑長牆十七里。十九日，法兵二千自枕頭山、竹篙山、龍潭堵三道進偪，突以千人自深澳坑抄襲牆背，將戲臺軍截斷，遂破月眉山頭卡，並以炸砲夾擊深澳。新築長牆，雨久多坍倒。劉朝祜、廖得勝因勇丁死傷甚多，乃退至山下，合曹志忠、蘇得勝暫壁新煤廠以待。王詩正至五堵聞報，十九日派威、良兩營疾赴六堵救援。十九夜，劉銘傳率聶士成所部四百人馳赴六堵策應。因至暖暖必過敵壘，白日不便行走，王詩正率兵夜進。銘傳令合曹志忠據暖暖夾河為營，保大水窟後路。法兵集月眉山巔，以巨砲擊林朝棟、蘇樹森壘，勢甚危岌。王詩正未至暖暖之先，威、良兩軍乘間攻襲月眉山尾，依山蛇進；法兵數十拒之。王詩正所帶剛營自山後繞至，法兵退至山腰，遂奪月眉山尾一卡，王詩正令威、良、剛等四營分屯卡後。二十一日黎明，合曹志忠攻月眉山嶺；法已集水陸全軍以待。王詩正向前猛攻，哨官胡少亭、羅國旺中砲陣亡；哨官李經青、龍春芳奪回兩屍，各受重傷。營官申道發殿軍，死戰傷足，始退。法既敗月眉山之軍，遂分兩道：一自月眉山襲暖暖之前、一自鳥嘴峰襲大水窟之後。王、曹兩軍前後受敵，乃退河南。於是大水窟、四腳亭亦三面受敵；朝棟、朝祜抵拒長牆，救出四腳亭蘇樹森土勇，鳥嘴峰團勇俱潰莫能支。劉銘傳督聶士成等駐六堵間，以扼臺北孔道；孫開華督飭滬防各軍築塹掘濠，嚴備以待（保臺略）。
二月十二日，澎湖有法船六隻，泊在珠水、烏嵌開邊海面。十三日，六隻內分一大船泊近蒔裏澳，三船駛至媽宮、西嶼，二船至觀音亭後，齊開大砲，縱橫轟擊。總領前路各軍代理澎湖副將周善初、管帶練軍澎湖都司鄭漁出隊抵禦，各砲臺亦開砲還攻；法兵將四角山、觀音亭等處砲臺及媽宮協署街道營房一律轟毀。周善初等不能抵敵，退往大城。十四日，法泊蒔裏澳大船近岸，渡兵三百餘人登岸，攻撲珠母水澳；管帶綏靖副中營副將陳得勝率隊相持，未久即退。十五日，法兵八、九百人復由雙頭跨登岸，徑至大山城下；周善初率守備馮楚燊接仗。陳得勝帶隊來援，手骽受傷。又調同知關鎮岳、通判梁岳英來援；關鎮岳為飛彈中傷，周善初等退往赤嵌北山。澎湖遂失（劉壯肅奏議）。
諭：已電孤拔於三月初一日停戰，開臺灣北海封口（東華錄）。
四月，法和議成；二十七日，畫押。五月六日，李士卑斯送信至蘇得勝營，約請親到基隆交還。九日，法兵全調往澎湖（劉壯肅奏議）。
五月，臺澎道劉璈革職，聽候查辦。初，劉銘傳由京渡臺，道經上海，適有記名道朱守謨懇隨東渡，月給薪費銀一百五十兩。該道素性奢侈，未及一月，即稟稱不敷用度，月需銀三百餘兩；聲明實報實銷，不能限制。當經批駁，月增公費銀五十兩，旋即給假。通商委員李彤恩兼辦滬尾營務，朱守謨嫉之如仇。守謨又擅用庫銀二百餘兩，並未報銷，特至臺南招搖播弄。復至福州省城，左宗棠聽守謨一面之詞，不能無惑於基隆之退；奏參知府李彤恩不審敵情、虛詞搖惑，以致基隆被踞。奉旨：將李彤恩革職。於是劉銘傳覆陳臺北情形，請將彤恩開復原官，另摺奏參朱守謨傾陷李彤恩等情。奉旨：著楊岳斌將朱守謨飭提赴臺，歸入前案秉公研究。劉璈之任臺澎道也，擁兵二萬，皆湘人。臺灣進口洋藥、釐稅歸董事陳郁堂包辦；十年九月法人封口，照常徵收，絲毫不解。十一月底，劉稟報臺南餉竭，潰散堪虞，截留臺北協餉五萬兩。十一年三月，由糧臺沈應奎查出中路鹿港等口隱匿釐金四萬六千餘兩，稟請查追；陳郁堂始報稱臺南徵收一萬五千餘兩。劉銘傳札提陳郁堂來轅訊究；璈復稟請全臺洋藥、釐金每年加徵十萬元，仍由鬱堂包辦，抗延不到。於是檄令劉璈撤任，聽候查辦；專摺嚴劾軍務之壞、鹽務之壞、釐金之壞、礦務之壞、吏治之壞自劉璈始及其聳各軍以圖內亂、激強敵以絕臺援、誑朝廷以陷督師、擁巨餉以速軍變四大罪，貪污狡詐，劣蹟多端；請旨革職，特派大員渡臺逐款查辦。刑部尚書錫珍、衛榮光偕楊岳斌到臺確查覆陳，李彤恩驅逐回籍；朱守謨革職，永不敘用；劉璈查抄、斬監候，後改遣戍。
六月十二日，法兵退出澎湖（以上劉壯肅奏議）。
楊岳斌、劉銘傳、孫開華奏：臺北解嚴，請將歷年戰守尤為出力將弁、官紳及籌運出力人員獎勵。奉旨：量行核減陣亡之總兵曾照禮、副將劉義高、千總段有升、把總尤運農、祁文等均著交部照陣亡例從優議卹。
七月，命穆圖善來京陛見，以古尼音布署理福州將軍。
八月，劉銘傳奏：臺灣南路率芒、董底兩番社與七家山番械鬥，副將潘高陞不為伸理，並縱勇袒助七家山番，致兩番社聚眾滋事，請旨將潘高陞懲辦。奉旨：潘高陞著即行革職，歸案審辦。
大學士軍機大臣二等恪靖侯左宗棠薨於福州（以上東華錄）。
九月，奉旨將福建巡撫改為臺灣巡撫，常川駐紮；福建巡撫事，即著閩浙總督兼管。所有一切改設事宜，該督、撫詳細籌議奏明辦理。嗣經會議：臺灣本隸福建，應照新疆巡撫關防名曰福建臺灣巡撫；學政應照前議歸巡撫管理，文武闈援照安徽彙考之例仍歸福建應試。旗后、滬尾兩海關可否援照浙江之制改歸巡撫監督，應請敕下將軍奏辦。澎湖須設重鎮，擬將澎湖副將與海壇鎮對調。臺灣改設行省，必須以彰化中路為省垣，方可南北兼顧。撫標左右兩營，省垣未定，暫留閩省，仍歸總督兼管。添設藩司一員，綜核錢糧、兵馬，整頓廳縣各官；並設庫大使一員，兼經歷事。臺灣道向兼按察使銜，一切刑名由道審轉；其驛傳事務，亦由道兼治。添設司獄一員，毋庸另設臬司。臺灣鹽務，場產不足，由內地運售，名曰唐鹽；長泰、南靖等縣澳引額定例撥臺灣代銷，每屆奏銷由鹽法道彙核造報，應請仍照舊章辦理。銷去總兵「掛印」字樣（劉壯肅奏議）。
十月，淡水馬來番就撫。淡水東南三十里屈尺莊、拳山堡、大溪一帶迫近內山，生番總目馬來號稱驁桀，前巡撫岑毓英招撫未成。法兵既退，臺南副將潘高陞殘殺無罪番，劉銘傳疏劾之。馬來謂新帥一視民番，遂降。定規約十條，以社目為社丁，月給勇糧如營制；總目銀六兩，按月至縣署親領。提督劉朝祐自馬來闢險百里為巨道，通宜蘭。於是新竹、彰化一帶生番，亦招撫。新、彰交界罩蘭莊東南全系生番，新設埔裏社在生番之後；副將周鳴聲帶練兵一營屯紮埔裏社，令譯人前往勸諭。旋據沙里興等七社至營乞撫，章程即照馬來八社辦理。臺灣向有撫番經費，在屯租項下撥給；劉銘傳奏將屯兵一項酌量裁減，無須另籌經費（同上）。
福建臺灣巡撫劉銘傳因病乞休，不允；命賞假兩月。
十二月，楊昌濬奏：奉諭臺灣地輿袤延甚遠，應否添設臺北道，悉心妥議；添設臺北道，不如添設藩司。從之（以上東華錄）。
是年，由兩廣總督張之洞代臺灣購製造槍彈機器一副，經記名提督劉朝幹在臺北府城北外買民田積方三千八百九十丈七尺八寸，並砌築基址；分赴內地採辦木料，督造機器局。自六月興工，至次年二月訖工，建成正、側各屋小機器廠一百十七間，通計築牆、浚井、砌路、開溝、填河工料銀二萬三百二兩五錢。臺北軍械無處存儲，即就偏西地方建造軍械所七十三間，需工料銀萬六千三百七十二兩七錢八分（劉壯肅奏議）。
——錄自福建通紀卷十九。
十二年（一八八六）正月，淡水大科崁與新竹菜甕諸番既就撫，肆殺如初。劉朝祐率軍進紮頭寮，大科崁十三社咸就撫，惟貓裏翁八社不下；朝祐瘴疾歸。巡撫劉銘傳督同唐仁元等三營由東路入、章高元等兩營由西路入，菜甕以南六十餘社番畢下。春深瘴作，方息軍，而三角、屈尺諸化番忽見殺；偵其為加九岸竹山番也，乃命唐仁元深入百五十里，涉蠶叢絕險拔之，而北道以靖。林朝棟之壁罩蘭也，武榮十餘社番殺人抗拒；飭哨官蘇益元潛入東勢角繞出武榮社之後，提督柳泰和又率師克帶目二十餘社。武榮等社均懼，乞降。新竹大湖番迭出火民居，朝棟與泰和闢道四十里，深入拔之。南路嘉義土匪搆行，提督章高元壁嘉義，別遣將撫後山花蓮港六十餘社；後山統領張兆連亦撫恆春、埤南番百七十餘社。復請自嘉義開道達埤南，減恆春道數百里。半歲間，招撫四百社，暑作兵乃歸。七月，蘇魯番既就撫，突殺罩蘭民，復結馬那社繳歸化旗以叛。林朝棟、柳泰和困山中，劉銘傳檄總兵吳宏洛督兵踰絕險，環攻一月，拔其巢。番酋誓天不復反，乃訴官民侵虐狀；劉銘傳為易墾吏，劃其地而還。北路白阿社復殺民勇二十餘人，內閣侍讀學士林維源請討，復合諸將深入襲之；其酋馬來詩昧率妻子以降，赦不殺。分遣諸將拔餘社，畢下之（劉壯肅公奏議）。
二月，命內閣侍讀學士林維源前赴臺灣幫同劉銘傳辦理臺北開墾撫番事務。
三月諭：劉銘傳奏澎湖為閩臺門戶，非特設重鎮，不足以資守禦。楊昌濬與該撫意見相同，擬將澎湖副將與海壇鎮對調，仍歸總督管轄等語。即著楊昌濬、劉銘傳會同籌議具奏（以上東華錄）。
四月，劉銘傳奏將全臺田畝一律清丈，南北兩府各設清賦總局。調官吏三十餘人履各縣，合正紳數人先行會查保甲，逐戶問田園多寡，然後勘丈以校之；前匿者免其罪。私租悉革，一入公家。嚴官吏賞罰為策勵，善者按異績補署，賄匿者劾之。嗣以嘉義、鳳山兩縣因原丈未能核實，覆丈需時，彰化土匪滋事，業戶不無觀望；雖經撲滅，必須另行分別辦理，奏請展限六個月（劉壯肅奏議）。
劉銘傳奏：各路生番巳招撫四百餘社、歸化七萬餘人，請將開山剿撫尤為出力官紳給獎。允之。
七月，楊昌濬等奏：臺灣現在整頓海防，百廢待舉，加於改設行省，經費浩繁。如澎湖一島辦防需銀八十萬兩，業經臣等先後奏請，敕部指撥。此外辦防、製械、設電、添官、分治、招墾、撫番，在在均關緊要。至建立省城衙署、壇廟各項工程雖不妨稍緩，惟既經分省，亦不能不次第舉辦。臺地防營，除裁撤外，尚存三十五營，分防沿海二千餘里，勢難再減。臣等悉心籌畫，擬由閩海關本年照舊協銀二十萬兩，經臣銘傳咨請福州將軍古尼音布嗣後由廈關徑撥解臺。其閩省各庫局，無論如何為難，每年按限協銀二十四萬兩，陸續籌解。並請旨飭下粵海、江海、浙海、九江、江漢五關每年協銀三十六萬兩，共成八十萬兩，以五年為度。統計閩省及閩海關所協四十四萬，合之臺內歲入百萬兩，專為防軍月餉之需。其五關每歲各協銀七萬餘兩，尚屬輕而易舉；而臺事稍得藉手，庶不致盡託空言。仍求朝廷寬以時日，容臣銘傳次第舉辦。現已奏明清理田賦，並隨地隨事力求整飭，變私為公。如三、五年後能照部議，以臺地自有之財供臺地之用，即當奏請停止協款。
九月，劉銘傳奏：臺灣產樟腦、硫磺兩項，民間私煮私售，每多械爭滋事。經內閣學士臣林維源、道員林朝棟等籌商收歸官辦，以助撫番經費。臣查硫磺一項，歷由已革浙江候補知府通商委員李彤恩兼辦，飭令該委員會同候補知府丁達意將樟腦、硫磺籌議辦理章程，以收自然之利。據李彤恩等稟稱：樟腦一項，近來日本出產甚多，香港腦價日落；若歸官辦，每石可獲利二、三元，臺產每年可出樟腦萬石。硫磺，臺產最佳，經前兩江督臣沈葆楨奏請開禁，採備官用，歷年辦有舊章；每石成本洋一元，官買每石價洋三元，每年出產六、七千石，上等硫磺每年約出千石，均解歸官用。其次積聚三千餘石，官既不用，商禁未開，不能出口；日久愈積愈多，不獨糜費、棄置可惜，且香港年銷硫磺至萬餘石，運至江南、天津一帶薰炙葵扇、草帽，蒸炊餑餑，製造爆竹，銷路甚廣。臺灣磺產甚佳，奸民私煮，私運出口，不一而足。以自採之磺，禁不出口；既聽日本暢銷，又不能禁止奸民私煮。若設法經理，雖獲利無多，於撫番經費不無少補等情前來。臣查臺灣樟腦、硫磺兩項，每年可獲利三萬餘元；以後若能出產多、銷路暢，經理得人，日漸推廣，實於國計民生兩有裨益。相應請旨一體開禁，以暢銷路，而免堆積。允之。
十三年（一八八七）二月，以邵友濂為福建臺灣布政使（以上東華錄）。
四月，李鴻章有議覆醇親王臺灣鐵路借款函，略云：查臺灣籌辦海防、開擴商務，必以興修鐵路為根基。光緒初年，丁雨生早有此議，而未果行。茲省三招商集議，幸有成局；殿下主持大計，自應樂觀厥成。核其所擬章程，系由商人借本百萬，俟車路造成，在於所收腳價內分年償還本利；此固外洋恆有之事。議息周年六釐，雖較津借德債利息稍重，而臺路成後，貨物出產，轉運必多，獲利亦必較厚；息從路出，似尚無妨。且聞該官商已與洋行定議，亦難再令核減。至所請林學士專摺奏事一節，自因該學士殷實正派，為商民所信服；但止可責令督飭商人委員認真籌辦，勿任滋弊失信，省三必當綜其綱要；應如鈞諭，仍由臺灣巡撫領銜會奏為妥（海軍函稿）。
六月，予故臺灣副將張東麓等二十八人照軍營病故例，從優議卹。
八月，福建臺灣水底電線成（以上東華錄）。
臺灣巡撫劉銘傳奏：改設事宜，擬照前撫岑毓英原議，分彰化東北之境設首府曰臺灣府，附郭首縣曰臺灣縣。將原有之臺灣府、縣，改為臺南府、安平縣。嘉義之東、彰化之南，自濁水溪始、石圭溪止，添設一縣曰雲林縣。新竹西南各境添設一縣曰苗栗縣。合原有之彰化縣及埔裏社通判四縣一廳，均隸臺灣府屬。其鹿港同知一缺，應即撤裁。淡水東北四保之地，撥歸基隆廳管轄，將原設通判改為撫民理事同知。後山形勢，北以蘇澳為總隘、南以卑南為要區，控扼中權，厥惟水尾，擬添設直隸州知州一員曰臺東直隸州；左界宜蘭、右界恆春，計長五百里，寬三四十里、十餘里不等，仍隸於臺灣兵備道。其卑南廳舊擬改設直隸州同知一員，水尾迤北為花蓮港所墾熟田約數千畝，擬添設直隸州判一員，常川駐紮，均隸臺東直隸州。
初，章高元自拔埔社開至丹社嶺，造路一百二十二里；張兆連自水尾開至丹社嶺，造路六十里。峭壁深谿，自冬及春，懸崖伐木，一律告竣。兆連復招後山二百十八社、高元撫前山二百六十社，都八萬八千人，可墾田園數十萬畝。遂頒憲書、設條教，薙髮，立社長束之。五、六月間，疫癘大作，守隘勇丁避疫山外，山番被疫尤重。其俗：殺人禳災；於是北道大埧諸番復肆殺，竿其頭於門。諸將請討。八月，暑氣稍退，提督李定明以四營隨林維源就近剿辦。九月，維源率將討平之。而中路裏冷白茆復肆殺，林朝棟、朱煥明並往討之；連戰二十日，軍且殆，卒攻其穴，迭敗之。番埋石誓天不反，乃歸。
十月，劉銘傳奏臺灣水師員缺並武職補署章程：臺灣綠營額設水陸十八營：水師七營、陸路十一營，共額兵一萬四千餘人。自同治八年左宗棠奏准裁兵加餉後，存兵七千七百餘人。光緒三年，丁日昌復請汰弱留強，暫停募補。截至光緒八年，經臺灣鎮總兵吳光亮續裁，實存兵數四千五百餘人，年支餉銀十七萬餘兩。統計水陸現存兵額內，水師七營分隸澎湖、安平各協；除澎湖水師兩營兵丁暫照原章，俟總兵吳宏洛接任再議整頓外，其餘安平、滬尾、噶瑪蘭水師五營久無船械，未便任其廢弛，擬請改為陸路，仍隸原營。並請將安平副將移駐後山水尾，改為臺東協；北路副將移駐埔裏社，均作為陸路題補之缺。就現在軍營官弁並投效武職之中每月考試，如五槍能命中三、四者，即分別奏咨留標；以後考列在前，准其補署經兵。部議覆：所請安平水師副將移紮後山水尾暨安平以下水師各營均改陸路，應毋庸議。至臺東如何設官控制，准在附近水陸營抽撥布置（以上劉壯肅奏議）。
十四年（一八八八）二月諭劉銘傳：據總理各國事務衙門奏臺灣設局抽收洋商釐金與約不符、請旨遵辦一摺，臺灣為通商口岸，洋商應完出口正稅，向不抽釐，既據該使臣等屢次據約陳請，著劉銘傳將抽收洋商釐金一事，即行停止。至該省應如何徵收落地稅釐，著另行設法辦理；總應徵之華商，彼自無所藉口（東華錄）。
五月，臺灣水陸電線告成。自十三年三月甫將基隆、滬尾合至臺北兩線動工，八月，怡和洋行承辦水線，裝由飛捷輪船到臺，鋼殼四鐵葉輪船一隻、修理電線機器一副、測量機器一副。各局電報機器由臺北滬尾達福州之川石，海程水線妥安，福臺兩省先行通報。續至澎湖放線，抵臺南之安平口。陸路前已勘明，於十一月間由臺南接辦陸線，取道彰化，迤邐而北。十四年二月，與臺北之基隆、滬尾兩線接通。統計水陸設線一千四百餘里，分設川石、滬尾、澎湖、安平水線房四所。除臺南、安平、旗后原設報局三處外，添設澎湖、彰化、臺北、滬尾、基陸局五處。一切材料、機器、水線、輪船、木桿工程、勘路、轉運、局員經費、洋匠薪資，共銀二十八萬七千兩（劉壯肅奏議）。
初，十三年三月，臺灣興造鐵路，經商務委員張鴻祿、李彤恩函招新嘉坡、西貢等島閩商陳新泰、王廣餘等，僉稱俱願回籍合辦。復經委員集股，訂購輪船二隻，由英、德兩廠購辦鐵路鋼條三百三十里、大小鐵橋十一道、火車客車七十具，自基隆至淡水六十里、自基隆至臺南六百餘里，約需銀百萬兩。惟基隆至淡水山河複雜，須挖山洞九十餘丈，大小橋梁百二十餘座，挖高填低工程，均由商務局僱夫興辦。稟請巡撫挪用銀二十萬兩，又給頭批鋼條等款十萬兩。至是李彤恩病故，各商稟請歸官自辦；已繳現銀三十餘萬兩，願留快船兩隻作抵。基隆至淡水，本年內即可完工。由基隆至臺東，除大甲溪外，別無大工耗費；復經劉銘傳飭工師勘估，需銀六十餘萬兩，核之原估百萬數目相符。擬儘購到鋼條辦至彰化，再行量力以籌。奏請將閩省每年協濟銀四十四萬兩，至十七年春季止，尚存未解銀一百零四萬兩，暫挪先修鐵路；竣工後，即將所收腳價歸還成本（同上）。
楊昌君等奏：臺灣洋面遼闊，港■〈氵义〉紛岐，緝捕巡防，關係緊要。部議以經制水師各缺，未便全改陸路，系為專汛防守起見；至安平水師副將，昔年建設，原屬要缺；第沿海情形今昔不同，而臺東控扼後山，議設武職大員，未便稍涉遷就。臣等往返函商，安平僅距臺南府城數里，臺灣總兵有水陸兼轄之責，駐紮府城，足可照顧海口；副將一缺，久為虛設。臺東為後山扼要之區，非參、遊所能鎮壓，就近營分無可抽撥；現又未便輕議添設，徒糜餉需。若以安平水師副將改為臺東陸路副將，所屬中、右兩營都司等缺隨同移撥；其左營遊擊現駐鹿港，將來中路有撫標兩營分布，不虞單弱。應將鹿港遊擊作為安平水師營遊擊，隸臺灣鎮管轄。所有臺灣鎮屬之恆春遊擊改隸臺東，仍使鎮、協兩標各符原管之數。似此量為佈置，餉項毫無所增，於新設地方得有實濟，而於水陸營制亦屬相符。相應請旨飭部議行。下兵部議奏（東華錄）。
七月，澎湖、基隆等處修造砲臺，並購造各船砲。各口自十二年正月興工，分築砲臺。惟安平舊臺尚可修葺應用，其餘基隆、滬尾、澎湖等處，皆擇地另造新臺。旗后本有砲臺一座，後在太平山添築一座。本年春夏，各軍陳報，濠溝、兵房並外圍均已完工；因砲位未到，子牆寬窄高低，須視砲架部位，方能定築。澎湖築臺四座，基隆、滬尾各二座，因地勢土鬆沙濕，各兵房俱倣外洋圖形，用鐵水泥三萬六千桶。又由英商議購新式後膛鋼砲三十一尊，隨配砲彈架具，包運到臺，共規平銀六十萬兩。先運到大砲十七尊，其餘由上海續運。據監工洋人鮑恩士並砲廠派來總兵聞德詳勘，各臺均能合度：惟子牆砲基亟須鐵水泥，用石子與鐵水泥參合，須用十二萬桶。計澎湖、基隆、滬尾、安平、旗后五海口共造砲臺十座、沈雷六十、碰雷二十，配齊雷線及應用各機，約銀二萬兩，硝磺火藥約銀萬兩。又購鋼快船二，曰斯美、曰駕時。前法事急時，購威利輪船一，南通、北達、前美、如川小輪船四。十三年購威定輪船一。十四年工作，復造小輪駁船一，挖泥機器船一（劉壯肅奏議）。
九月朔，施九緞圍彰化縣城，索焚丈單。九緞，二林上堡浸水莊人；耕作營生，家頗饒。性獃戇，信鬼神，常仗劍破額，作戰童狀。先是，彰化知縣蔡麟祥率巡檢黃文瀚、吳雲孫等從橋仔頭丈起，大約每甲田止長加一，若有錯誤者改之。嗣李嘉棠接篆，奉令催迫，盡變舊章。各堡派員清丈，不計田之肥瘠，一年間盡行丈完；催各堡領丈單，每甲納丈費二元。計彰邑原賦額三萬有奇，至是清丈約有二十餘萬；各委員在縣署分給丈單，領者寥寥。時西門民家有雞，雌化為雄，謠言頗起。嘉義縣亦催領丈單，民間騷動，會盟糾眾。統領武毅右營提督朱煥明（安徽人）本駐彰邑，劉銘傳檄往嘉義彈壓；撥棟營副帶林超拔駐彰城。煥明到嘉義，焚莊社，趕散餘黨；有李盤同餘眾入彰屬，住湖仔內楊中成家。彰邑二林、馬芝一帶，或居海濱、或界溪邊，沙埋土瘠，領者更少。嘉棠見嘉義知縣羅建常收繳丈費起色，為上游優擢，因此倍加操切。八月，將稟准正法之犯林武、林番薯二名帶往北斗、西螺兩處釘死；又將未詳辦之簡燦捏報病故，帶到鹿港大橋釘死。傳者誤指簡燦為在押之許貓振；伊弟得龍謀奪不遂，乘間擁搶鹿港鹽館，從者有湖仔內楊中成、番薯莊施慶並餘匪二百餘名。嘉棠回彰，聞報往勘；許得龍、施慶等糾眾在大路伏截。嘉棠在鹿港遊擊鄭榮（紹興人）署請鹿紳為導，由小路回邑；鹿紳施家珍一時召勇不及，取恨嘉棠自此起，時八月二十八日也。二十九日，有人入城，分黃布為號；翌日，九緞立神轎後如戰童，率楊中成、許得龍、李盤等並餘匪數百，以索焚丈單為名，旗書「官激民變」，下令不准搶劫人家財物。西門外六莊總理王煥派給眾食，駐紮南瑤宮；至日晡，不期而臨城下者數千人。登城彌望，草木皆兵。自晨至午，發電數十次；旋電桿盡斫斷。嘉棠在城，率都司葉永輝、棟營副帶林超拔、都司洪磐安分守城上，清丈委員知縣龍贊岡、縣丞林錫圭、都司劉韶華亦上城防守；並扎飭各堡紳董，每堡召勇二百名，倉猝寫二百作二名，兼以道路不通，各堡驚疑，無人入援。鹿港鄭榮惟數十名兵守土城，紳商連結，僅能自保。二日，提督朱煥明在嘉義聞報回援；至東螺、北斗街，紳董告以人情洶洶，途中恐有阻礙，弗聽。是日拔隊至大埔心，便有匪類尾其後，沿途截殺；營勇死者十餘人，鎗子俱竭。煥明奮勇奪路，手刃十餘人，奔至口莊竹巷尾，九緞擁眾迎殺。煥明在水流觀音廟橋頭殉難，其馬被李掽奪去，餘勇奔散入城；同殉難者，陳鳴魁、陳明良、王得勝、李海山、蕭云華、李太和等。三日，嘉棠請教諭周長庚暨局紳吳景韓、總理蔣攀龍、吳維邦至平和厝開道解圍；九緞不敢加害，然必欲焚丈單。長庚等回城，嘉棠猶豫未決；旋備焚丈單告示發貼，以為緩兵之計。四日，外援不到，油米告竭；嘉棠飭籌安局紳將遊手丁壯，半收作義勇、半驅出城外，其餘老幼乏食，開綏豐倉發米，城中恃以無恐。五日，匪黨迫城，嘉棠親持令箭上城，日夜防守，衣不解帶。林超拔鎗發皆中，守禦無少疏懈；葉永輝亦率兵堵禦，城賴以不破。七日，棟營統領林朝棟自臺北聞變，回霧峰，至田中央調撥兵勇，夜帶同從九林福濬、縣丞林文榮募土勇八百名分紮市仔尾；副將余保元衛隊林青雲偃旗息鼓，一擁登陴，斬首十七級。林超拔亦於城上夾擊，順勢奪八卦山。嘉棠率洪磐安土勇奪回南瑤宮番社，各匪如鳥獸散，盡奔西門而去，退住平和厝王煥莊中；彰化圍解。十一日，朝棟派都司洪磐安、李定邦等分剿南路浦尾、大岸頭、瓦窯等莊，知縣龍贊岡分剿中路頂崙仔、平等莊。其北路磚仔窯及中路平和厝兩莊，以林文榮帶領練勇攻取，已革甘肅知縣張紀甫隨同林青雲帶隊策應。林福濬帶棟前營由三塊厝等莊至平和厝，文童林朝瑞、林超拔帶隊策應。匪眾駐平和厝，出圍接仗。朝棟督超拔向前包抄，余保元由後掩襲，環戰二時之久，陣斬三名，並先鋒一名；各黨棄莊奔潰。磚仔窯亦經文榮、青雲等同時攻破，並由各營連破竹圍二十一處，斬首四十一級、生擒八人，隨時梟示；餘匪盡奔浸水莊而去。朝棟備文稟獲勝情由，請一面解散脅從，惟為首者罪在不赦。十二日，巡撫委臺東州吳本杰、福寧鎮曹志忠、藩司沈應奎往查激變情形。又駐雞籠總兵竇如田帶銘字三營、都司鄭有勤帶隘勇二營，於七日至大甲、八日至牛罵頭，勇丁與街眾滋事，斃數人；莊民蔡訪鳴鑼聚眾，竇勇退守牛罵頭山。紳士蔡占鰲接濟糧食始散，帶蔡訪到彰化正法。十四日，各統領到，嘉棠倡攻二十四莊。是夜已發令矣，浙人凌雲在幕，知二十四莊之冤，向鄭有勤曰：朱煥明一隊遇害，始自武西堡、大埔心沿途截殺，至燕霧、下堡、茄冬林，兵勇損傷過半。遊擊丁廣齡死在其處，距二十四莊十餘里；至茄冬腳莊，始為二十四莊界。是殺官軍者，不獨二十四莊也；緣朱煥明殉節在口莊尾耳。鄭遍告各統領，始收令。周長庚、葉永輝代限至翌日酉刻，如二十四莊不領義旗者，即行剿辦。是夜差人著二十四莊紳董入城領旗；至酉刻，無一至者。長庚、永輝到籌安局，嗟嘆不已。局員吳德功懇向統領再限一天，泣告二十四莊生員陳捷華、總理沈大英等十餘人，由小路至邑，泥淖沒脛，夜同德功、長庚、凌雲帶謁統領及嘉棠，限以綑送李椪等。於是線東西數十莊、貓羅三十五莊及東西螺各領義旗，民心始定。嘉棠以鹿港郊商抗領丈單，甘心助賊，宜攻燬；沈應奎不允。鹿紳蔡德芳、許士昆等到彰見應奎，面陳激變情由，語礙嘉棠；應奎稟撤嘉棠任，嘉棠恨鹿紳益深。十六日，嘉棠請澎湖鎮吳宏洛攻鹿港。附鹿莊民，扶老攜幼，露宿街中；蔡德芳秉燭危坐，達旦不寐，以安民心。沈應奎止宏洛，不可；爰電請劉銘傳，以一攻鹿港，其白沙坑二十四莊、線西五十三莊皆望風而變，地方何堪設想，銘傳遂電令宏洛歸應奎節制。二十三日，探報施九緞、楊中成回家。宏洛會商應奎，督軍分道圍捕；鹿港遊擊鄭榮、廩生施家珍亦率勇。會九緞逃去，至湖仔內圍；中成亦無蹤跡。嘉棠遂稟巡撫，以家珍等通知九緞，致令大兵圍捕無跡，請加之罪，令家珍等跟出九緞等匪。二十八日，吳宏洛、曹志忠、竇如田、鄭有勤回臺北。二十九日，李嘉棠撤任，以朱公純接彰化縣篆，出示購緝施九緞、王煥、楊中成、李盤、施慶、許得龍等，其餘赦之，並免全臺丈費（瑞桃齋施案紀錄）。
十一月六日，沈應奎赴嘉義，施家珍等送之，臨別勒緝九緞等。而各莊甘為掩匿，致南北購線，極力追尋，訖無以應。巡撫劉銘傳奏撤嘉棠保案，並革施家珍、施藻修衣頂。七日，兵備道唐景崧抵彰，查嘉棠激變情由，詳請奏參；布政使邵友濂亦以嘉棠視民如讎，詳請革職，永不敘用。嘉棠因稟巡撫，以周長庚與鹿港紳士相通情弊。長庚稟稱：當時危急，請長庚冒險縋城解圍；及事後，誣人通弊如嘉棠者，是誠何心！銘傳令新任彰化縣羅東之、臺灣縣黃承乙會審，各具親供送呈臺北。前任彰化縣朱公純、鹿港鹽館總辦劉竺保，皆以不附嘉棠相繼撤委。嘉棠於十五日往臺北，力言長庚與鹿紳朋比為奸。長庚請假會試，十九日由土葛窟港內渡；銘傳電諭不准會試，羅東之追留不及。銘傳因電達閩、滬等處拘長庚，一面札飭鄭榮、施家珍等到臺北候提集周長庚訊鞫（同上）。
埤南附近呂家望社番素稱強悍，役使鄰近百數十里之各番社，號曰番王。上年戕殺射馬干社番兩人，抗犯不交。本年五月，哈水社番負米歸社，復被劫殺，經索犯訊明正法。六月，該社勾結埤南轄境大莊諸化番七百餘人，匪首劉添汪助之，焚劫大莊民宅；除粵人外，概被殺戮，並戕殺分防營弁委員雷福海等。圍攻廳治，眾至四千餘人，全臺大震。張兆連千五百人壁埤南，分防六百里；賊圍廳治及張營，攻守十七日幾死。劉銘傳命總兵萬國本以威定兵船炸砲解其圍，別命吳宏洛往討，電知北洋總兵丁汝昌以兵輸炸砲佐之。八月，賊集鄰番以死拒。諸將血戰半月，燬其巢。於是諸叛番皆乞撫；獲匪首劉添汪誅之。而中路萬霧社獨悍虐異他番，通判吳本杰令各社壯丁為營勇箝之，輒逃歸肆殺。乃下令絕鹽糧、火藥入山中，萬霧懼，乃復降；送子入學且為質，許焉。北路繞食、竹加山、衣卯、京孩兒諸番數十社既降，仍肆殺不可制。是月軍至，其酋紅衫佩鈴，鵠立待戰。於是鄭有勤、劉朝帶苦戰，冒絕險，盡拔之。獨前營總兵陳羅剿內溪既定，雨作，浮橋沖失，疑為該番折毀，陷害官軍，斬六級；番怒，襲殺營官、練官十餘人。有勤移軍討之，撤罷陳羅軍，內溪四社復乞撫（劉壯肅奏議）。
十五年（一八八九）二月，嘉義戶部主事徐德欽獲王煥解臺北，訊知鹿紳無通匪實據，復密派委員程起鶚提查鹿局，亦無接濟軍火。始放釋在押鄭營，令到鹿罰捐三萬兩充為軍費。除施家珍一人仍歸案拏辦外，其紳商概不追究。鹿港遵諭繳捐，王煥仍在監（施案紀錄）。
三月，卞寶第、劉銘傳、林維源奏：全臺生番一律歸化，逆首就擒，請將出力人員獎勵（東華錄）。
九月，副將劉朝帶開山，中伏陣亡。臺灣內山八、九月間，生番例殺人曰做享；劉朝帶自內山開巨道八十里，遙達花蓮港，中伏陣亡，弁勇死者二百人。巡撫劉銘傳察其地近老狗社、加九岸，則令吳宏洛統諸軍，十一月入內山攻剿。十二月，大軍至白阿社，番酋築碉堡死拒。大軍築臺山巔，用炸砲環擊，破其巢，獲其酋有敏阿斬之。加九岸平。
十二月，全臺清丈給單完竣。原額賦銀十八萬兩，清丈後年額徵五十一萬二千九百餘兩；隨徵補水、平餘，加以官莊租額，新墾、舊墾全年共徵銀六十七萬餘兩。除補水、平餘外，實計正額溢出銀三十六萬餘兩。澎湖一廳，地皆斥鹵，祗能栽種雜糧；年徵地糧等銀一百三兩零，仍循其舊。初，乾隆間大學士福康安以林爽文之亂，番目潘明慈等助戰有功；亂定，選番屬四千人，設屯十有二，以番社長授千把、外委十八人為屯軍，授番地及民田近十萬畝，歲折徵番銀四萬元，備屯軍俸餉。閱歲既久，番不能耕，輾轉歸民，番乃益病。至是整頓屯田，無論屯田番地，切實丈量，歸入清賦案內，分別升科；將各屯編籍為民，俾令各執各業。屯丁仍留原額四千，按月加給番銀四元，每年按屯抽調，分扼山內生番；坐餉八元歸臺灣鎮支發，出防行糧歸統將發給。
十六年（一八九○）正月，劉銘傳親赴宜蘭蘇澳督戰。老狗番去蘇澳深入八十里，山高路絕，乃命軍開道、設橋梁以往。二月，宏洛自南渙循高山以進，諸將自溪底赴之。社番拒，輒破。師行十日，乃至老狗社隘口；兩山壁立，絕壑巉巖，中道僅一人出入。總兵傳柯德鼓勇方入，隘伏作，死之；後軍至，已無跡矣。宏洛自武搭山巔走西北，抄老狗社後，與溪底軍懸絕二十里，聲息俱窮，山險不得下。眾番數百人突至，血戰破之。是日，銘傳自登武搭山勘形勢，宏洛已去二十里，不相聞。武塔以西，奇峰疊嶂，天日不開，師危甚。土人言老狗諸番無村落，散處群谷間，雖深入不獲也；獨地狹無田，非出山不獲食。大軍誠壁隘、絕其糧，可不戰下也。銘傳從之，乃令宏洛毋下山折兵銳，設地雷群隘絕之；開道武搭山南，與溪底軍合。番夜出求糧，值地雷，盡死。三日餓益甚，痛哭送子以降；乃振旅而返。是役也，始以遊擊鄭有勤冒餉、違節度，誅之；終以提督李定明失援傅柯德，罷其軍奪職，眾乃竦然（以上劉壯肅奏議）。
十月，臺灣巡撫劉銘傳革職留任。當法踞基隆，毀壞煤礦，乏煤應用。十二年，商人張學熙接辦該礦，積水過深，學熙無力購辦機器，僅用人力開辦；數月虧折本銀數千兩，力不能支，退辦。銘傳商同江督曾國荃、船政裴蔭森並臺灣各湊本銀二萬兩，委派補用知府張士瑜招集商股六萬兩，合成本銀十二萬兩。十三年正月，開局試辦。自春至冬，經士瑜添購機器、僱用洋師，抽去礦中積水，每日可出煤百噸；核計出售價值，局用僅可勉支，毫無利息。推原其故，皆由煤炭出礦之後，運至基隆海口，海濱浪大，難用駁船；旱道山路，腳費太多，非造鐵路以利轉輸，煤務不能獲利。查礦局官商原本十二萬兩，辦理機器工程尚形竭蹶，無力再辦鐵路火車。十二月，復收回官辦，所有商本銀六萬兩並船政原入銀二萬兩，由臺灣捐輸存餘項下籌撥歸還。另派洋師瑪體蓀監督，由鐵路公司自八斗煤礦分接車路一道，直通基隆碼頭。迄十五年六月，綜核出入，每月虧折銀三、四千兩。據洋師察勘，非添本百萬、另開新礦，不能獲利。適有英商范嘉士願集本銀百餘萬，來臺承辦，議議章程十一條奏請；經總理衙門、戶部會奏議駁。十六年，經林維源訪招富商蔡應維、馮城勳、林元勝等情願鳩資三十萬元，與官合辦，為期二十年；官一商二，仍繳原礦本銀十二萬兩，承受礦存房屋機器。以十萬元作官本，其餘按月繳煤扣除；礦務一切事宜由商經營，官不過問。批准定於七月一日接辦。復經總理衙門、戶部會奏：此次所奏，僅稱訪招富商同官合辦，迨章程送部後，會同查覈，其辦法種種紕繆可疑者三、必不可行者五。此事既經官商合辦，自應官為主持，何以一切事宜悉授權於商人，官竟不能過問？且章程內既稱各股皆系華人，何以總管礦務轉用洋人？顯有冒充影射情事。其開挖河道，自撤藩籬，更於海防大有關係。以特旨飭令另議之件，該撫並不奏明請旨，輒即議立章程，擅行開辦，尤非尋常輕率可比；請旨交部議處。部議革職；奉旨：革職留任。於是煤務飭商退辦，暫仍其舊（劉壯肅奏議）。
十七年（一八九一）二月，劉銘傳奏：臺灣高山巨嶺，地利宜茶；第民人種輟無定，因就茶收豐歉量抽撫墾經費，包商繳收。光緒十三年試辨之初，收數未暢。十五、六兩年每年約可收銀六、七萬兩，均隨時撥充辦理撫墾之需；按年截清數目，彙入善後案內列款造報。
三月，劉銘傳奏病仍未痊，懇請開缺。奉旨：准其開缺。
四月，以邵友濂為福建臺灣巡撫。
十八年（一八九二）正月，邵友濂奏：查臺北大嵙崁、三角湧、雙溪口一帶地方逼近番社，光緒十七年三、四月以來，屢有兇番殺害民人，自一、二命至十餘命不等。疊據各撫墾委員稟經前護撫臣沈應奎嚴飭統帶隘勇各營總兵陳羅，督飭駐防弁員拿護番犯邁灰西學、帶木烏芸、哇素老涯、野微罅隆等四名，訊明分別懲辦。馬速社番拒捕，傷斃勇丁八名；將該社立時焚燬。嗣因查辦番案日久無功，當由沈應奎將陳羅及隘勇前，左兩營管帶各員先後撤換。九月間，三角湧等處殺人之案愈出愈多，兇番嘯聚成群，膽敢於吶哮及古擺鶴等處地方圍攻碉堡，肆行焚殺；分防隘勇地廣兵單，迭有傷亡，不敷堵禦。沈應奎飭調定海正、副二營六成勇丁暨就地陸續添募土勇千餘名，並經商准幫辦林維源親赴大嵙崁督飭剿辦，當於竹頭角、吶哮等處會軍兜剿。詎兇番糾結後山內加輝各社圍撲隘勇，前營隔絕，所紮碉堡糧運水道一息不通，軍火施放殆盡。該營管帶遊擊林福喜間道馳書告急；接統隘勇各營已革遊擊鄭榮督帶土勇冒險馳救，伏番遍地，動輒傷亡。僱募化番前驅，自十月二十四、十一月初六日將該處九碉次第援應，一面飭派通事諭散勾結，各軍會搗合吻坪，兇番節節抗拒，勇丁奮擊，互有死傷。鄭榮由竹頭角進紮吶哮，土勇隊長六品軍功林李川於夾板山接仗陣亡。撫墾委員直隸州知州陳長泰會同定海正、副營由後策應，鎗傷腰脅，仍復揮軍進擊，番眾潰散。土勇管帶軍功陳福勝、守備林建庸等分由大霸、大窩前進，各燬兇番之社；已據瞠眼等社哀求歸撫，但未一律敉平。臣自到任後，屢次會唔林維源詳加查度，內山咸菜甕、五指山一帶社番均甚平靖，其加輝各社並已悔罪乞降；惟淺山、水流東各社橫梗於中，若非亟予懲剿，難保不煽惑化番，滋蔓難圖。惟所藉剿番之勇，僅止定海正、副營六哨及新募士勇，兵力尚嫌單薄；現經飭調道員林朝棟督率所部棟字各營，剋日馳赴會剿。
五月，邵友濂奏：臺灣孤懸海島、屏蔽七省，設立行省，外固海防、內辦撫墾，均須重兵擇要布紮，訓練防守。全臺原有三十一營十七哨、屯軍五哨、砲勇五哨、練軍三營，嗣因內山大嵙崁一帶社番滋事，兵力單薄；當經奏明添募四營，以資兜剿。計截至光緒十七年底止，淮軍共三十五營十七哨、屯軍五哨、砲勇五哨、練軍三營。其修建西學堂、基隆海口洋式砲臺、臺灣等縣衙署、監獄、壇廟、祠宇等項工程，添購外洋器械以及一切籌辦情形，均隨時分別奏咨在案。茲據臺灣善後局司道詳稱：臺灣籌辦海防善後並招撫事務，自光緒十七年正月起、至十二月底止，海防善後報銷新收臺灣關稅、鹽課、釐平餘及遵刪等款銀一百五十五萬四千六百一十九兩零，開除及給淮軍官弁勇夫辦公經費薪糧柴草工食、砲勇、輪船弁勇、屯丁鹽糧、水陸練兵薪糧公費、隨營文武員弁及各局員役鹽菜夫折、購買外洋軍火器械價值、正腰站書兵工食、修建西學堂書院、洋式砲臺、恆春縣城垣、兵勇營房、倉庫、衙署、監獄、壇廟、祠宇、基隆社寮浮橋平船各工、製造旗幟工料以及一切雜支各款，共銀一百九十四萬六千五百三十六兩零，尚不敷銀三十九萬一千九百一十六兩零。又光緒十六年臺防前後報銷案內，不敷銀八萬六千一百四十兩零。統共不敷銀四十七萬八千五十六兩八錢零。
邵友濂奏：臺灣雲林一縣，向在林圯埔建治，業經前督、撫臣奏明有案。茲查林圯埔迫近內山，氣局褊小，催科撫字，時有鞭長莫及之虞。前據代理臺灣府知府龍景惇轉據紳董鄭芳春等以林圯埔相距二十五里之斗六地方，村落相連、人煙稠密、田土膏潤、形勢適中，稟請將縣治移設該處；當經批飭核議。嗣據臺灣府知府陳文騄前往查勘，該處地屬中央，西螺、塗庫、他里霧、林圯埔環其四隅，為雲林扼要之區。南至嘉義，北抵彰化，東入山，西至海，道途遠近相若，足資控制；且斗六門舊有都司一員，文武同城，遇有會商，亦甚便利。惟城工需費浩繁，現擬暫植竹圍，並建置四城門樓，以資捍衛。衙署廟宇，一切亦擬次第興造。前項工程，先由該處紳富勸辦；如有不敷，再請公帑。衙署未造以前，暫以昭忠祠為棲止。至林圯埔地方空虛，應否添設佐雜分防？侯察奪情形，再行妥籌辦理。
十二月，邵友濂奏：恆春射不力社番滋事，經派記名提督臺灣鎮總兵萬國本、記名提督張兆連督兵剿辦，攻克吧仕嚜社；一面密約後山各營規取草埔後社，以砲為號。八月十一、二等日，該番截我運道，乘夜撲營，攻打徹曉。十六日五鼓，山後砲作，萬國本、張兆連分督十二營，前後各分兩路，募令屯兵化番響導進兵；該番阻扼淡水坑，伏塹憑高，極力抵拒。官軍一鼓作氣，奪其所據，進逼草埔後社；山勢險阻，徑窄只容一人，官軍驟以開花砲、洋火箭進轟，屹然不動。各營復選精壯軍鎗，更番疊上。自午至酉，卒不能入。萬國本熟商張兆連，用大砲、抬鎗連環互擊；十七日黎明，山谷驟震，各營弁勇番丁聲勢百倍，陣亡接踵，兵不回顧，節節進剿，隘卡盡為我奪。該番聚保大社，力漸不支。日晡，官軍乘勢猛攻將軍埔後社，立時平毀；四面追殺，斃番八十餘人，奪獲洋鎗一十七桿、鏢刀各百餘件，擒獲番目加必、姑柳、龜令、萬貴等四名，搜捕首犯零阿零父子未獲。十八日夜，颱■〈風貝〉驟來，山溪暴漲，萬國本、張兆連激勵將士忍耐饑寒，於狂風猛雨中擎槍危立。二十一日，乃得引火為炊，伐木樹營，以資守衛。該番橫被風雨，無社可歸，呼號四徹。迨風定雨霽，官軍漸整隊伍，廣購眼線，蹗知零阿零嘯聚兇番二、三十人竄匿家新路。二十八日，官軍猝往掩捕，該番驚出不意，憑倚深林，且竄且拒；弁勇林外堵截，擊斃數番，冒險入林，將首犯零阿零生擒到營。二十九日，搜獲從犯加別一名。九月初三日，又獲吧咕一名。先後發交恆春縣知縣陳文緯訊明，一並軍前正法。初八、十六、二十等日，各營搜剿餘匪，迭有斬獲。萬國本、張兆連撫定餘番，督同恆春營、縣妥籌善後，赦令先獲犯目加必、大木、郎失炎等回山約束。改謝不力為善化社，另立社長，誓與就近莊民永遠相安。官軍先後陣亡勇丁、化番四十四名，被水衝斃十三名，受傷五十一名，合上次吧仕嚜社傷亡各勇，分別查驗卹賞醫養（以上東華錄）。
臺灣府知府程起鶚在二林堡購獲李盤，送省轅斬之（施案紀錄）。
十九年（一八九三）九月，臺灣府陳文騄、彰化縣俞秉焜購獲施慶、楊中成。鹿港遊擊賴望雲圍許得龍於大安港三晝夜，疲極始獲。並送臺北，提王煥當堂研訊，斬之。施九緞前三年在浸水莊病故（施案紀錄）。
二十年（一八九四）五月，邵友濂奏請添設雲林縣林圯埔分防縣丞一員。
邵友濂奏請於臺北府屬大嵙崁地方，南雅山下設分防同知一員，管束社番，兼捕盜匪，作為衝繁難調要缺，名曰臺北府分防南雅理番捕盜同知，以淡水、新竹兩縣沿山地界歸該同知管轄（以上東華錄）。
六月二十三日，中國艦隊與日本戰於豐島。八月十八日，戰大東溝，敗績，海疆戒嚴。臺灣懸海外，為東南洋屏蔽，朝命福建水師提督楊岐珍、廣東南澳總兵劉永福率師渡守。巡撫邵友濂調南洋南琛、威靖兩兵輸至臺。七月，永福率廣勇兩營至，增募六營成八營，仍稱黑旗。八月，岐珍統所部十營至。兵稍集，乃令提督張兆連率十三營守基隆，以扼社寮、頂石角、小基隆砲臺；道員林朝棟統十營守獅球嶺，筦獅球嶺砲臺；提督李本清統所部七營守滬尾。本清本駐中路新竹、知府朱上泮本駐滬尾，至是移上泮守中路。本清又與藩司唐景松交惡，本清求去；乃以提督綦高會守滬尾。未幾，復以提督廖得勝易高會。匝月間，滬尾凡三易將。又改令上泮往澎湖，偕總兵周鎮邦以守；而以臺紳主事邱逢甲率土勇守彰化、新竹。友濂聞北洋諸將敗潰入邊，鳳凰、九連諸城相繼不守，慮兵禍將及，大懼（讓臺記）。
調邵友濂署湖南巡撫，以唐景松署福建臺灣巡撫。景松既署臺撫，調刑部主事俞明震（事在甲午十一月）、副將陳季同（事在乙未二月）先後至（東華錄、讓臺記）。
二十一年（一八九五）正月，邵友濂奏飭聶緝槼馳滬辦理臺灣後路轉運。
臺灣鳳山縣旗后南岸砲臺火藥失慎（以上東華錄）。
唐景松令副將黃義德、督弁吳國華挈銀二十萬兩內渡，至廣東募勇。義德粵人，國華本粵洋盜；知縣唐鏡沅介諸景松，謂其大俠知兵，景松信之。初，景松以道員與永福同軍事於粵西，後積不相能；至是，移永福軍於臺南，會臺南鎮總兵萬國本守南路；景松自任守臺北。自張兆連一軍以外，專倚廣勇。命知縣胡友勝統廣勇守獅球嶺，而移林朝棟守中路彰化（讓臺記）。
二月二十八日，日人取澎湖。初，臺灣戒嚴，當事檄知府朱上泮率勇丁戍澎湖。上泮以澎湖絕地，不願行，強而後可。抵戍數月，即聞朱營缺額甚巨，巳查辦得實，撤差看管；不知用何術，而事驟解。澎湖鎮總兵周鎮邦者，本水師宿將；初以安平副將守砲臺，頗得力，擢總兵，調澎湖總兵，統營七。鎮邦概不以營官委人，自居之，竄其名與子若婿。天南砲臺統帶者，初亦鎮邦自為。二十四日，日本船至，乃委某為之。某以二十五日受任，人為之危；某慷慨自若，不知其早有定見也。日本船十二艘以二十七日攻媽祖宮，拱北砲臺統帶官臧某禦之甚力，發巨砲，日艦受傷；又一艦擱淺，脅之走。喧傳擊沉日艦二，受創二。上泮遽以電告，景松以銀二萬兩犒軍，保上泮道員。而日兵巳別於文良巷登陸，營官林福喜率四百人禦之，日兵受創甚，然終不敵。時兵弁方爭賞金互鬨，上泮素不恤士，饟銀至逾兩月不發；以其半存私舍，以其半寄紳士某家。勇丁搶賞銀後搶糧臺，又分搶其存寄銀立盡，遂潰；先至鹿港者，皆腰纏纍纍。鎮邦、上泮皆不戰，由澎湖後路遁，實以重金預雇民船也。二十八日，日兵入澎湖城。天南砲臺管帶某者，聞日兵至，挾砲門炸釘為信，叩軍門降；水雷管帶某亦撤水雷降。西嶼者，在澎湖之西，另島不相屬，實為澎湖屏蔽；故設砲臺二、置砲七，照海塔燈亦在是，某西人司之。統領提督劉姓率三營駐此，以番銀五百五十圓雇民船遁，時二十九日也。越三日，日本人始至。有陳連陛者，閩人，曾入北洋水師，至克虜伯廠購砲，故習拆砲、裝砲諸技。憤利器之委於敵也，偕伺塔燈西人拆之；凡砲械之有關緊要者，悉毀埋之，偕西人至廈門（西人言於稅務司，稅務司又言於水師提督黃少春云）。上泮以偽傷免罪，鎮邦得嚴議（無暇逸齋文鈔、讓臺記）。
三月，李文奎擊殺中軍方副將於巡撫署。文奎原直隸保定遊匪，從淮軍渡臺，得保外委，充撫轅親兵。時方副將為武巡捕，文奎犯禁令責革，仍轉事中軍副將黃義德，充什長；義德募勇往廣東，以方副將署中軍，文奎又以事責革去，遂思亂，其黨布城中及撫署內外。是月二十五日午後，景松之婿余姓者內渡，令勇丁舁其裝出，將入船；文奎率黨十餘人持刃劫於道，勇丁逃，文奎令其黨安置掠物關帝廟，而自追勇丁，直入撫署門。方副將出，喝曰：汝欲反耶？文奎徑砍其頭。方副將抱頭返奔入門，已踣。中軍護勇時屯署內，將應文奎，爭出柵放槍，蓋以為號也。幫帶某見事急，自閉營門，並閉署門。景崧聞變，不知顛末，先遣差官出詢；甫及儀門，已中刃返奔。文奎徒黨追及堂皇，將入殺景崧。適景崧盛服出，遇於堂皇；其徒猝見巡撫，矜持，手不能下，謬請安侍立，云無事無事。景崧獎以有膽，命出為周旋。知府管元善聞變，奔告楊岐珍。岐珍率一營至，喝開撫署門，與亂黨對施槍砲；中傷百姓甚夥，死者十餘人。先是，景崧聞文奎徒黨眾，將令，充營官以安之，命募緝捕一營；至是，卒用文奎屯基隆，而方副將之死僅以一捕賊示了之（讓臺記）。
李鴻章電致總理各國事務衙門：日本交到締和條約第二款第二、清國約將臺灣全島及所屬諸島嶼，第三、澎湖列島散在於東經一百十九度、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼，並該地方所有堡壘、軍器、工廠及一切屬公物件，永遠讓與日本。
四月，派二品頂戴前出使大臣李經方前往臺灣，與日本派出大臣商辦事件。
諭署臺灣巡撫布政使唐景崧：著即開缺，來京陛見；其臺省大小文武各員，並著唐景崧飭令陸續內渡（以上東華錄）。
時臺人議勾各國保護，電告總理衙門、南洋大臣、閩浙總督等處文略曰：臺灣屬日本，萬民不服，迭請唐撫院代奏臺民下情，而事難挽回，悲慘曷極！伏查臺灣為朝廷棄地，百姓無依；惟有死守，據為島國，為南洋屏蔽。但須有人統率，眾議堅留唐巡撫仍理臺事，並劉鎮永福鎮守臺南；請各國查照割地紳民不服公法，從公剖斷，臺灣應作何處置，再送唐撫入京、劉鎮回任。伏乞代為電奏。總理大臣報云：來電均已進陳。和議一事，已於十八日定約。臺灣入隸版圖，一歸他屬，忠憤勃發，胥在意中；但時勢所迫，勉從其議。其大要約有兩端：一則戰不可恃，若進迫京師，利害攸關，視臺尤重；一則臺無接濟，一拂其情，勢必全力併攻，徒損生靈，終歸淪陷云云。景崧令臺中官弁以五月四日為斷，欲去者聽；留者錄用，薪銀倍給；踰時求去者，以軍法論。於是道、府、縣官相繼納印去。景崧分滬尾七營為兩部，以廖得勝、綦高會分統，高會專筦砲臺。時藩庫尚儲銀四十餘萬兩，火藥庫儲砲藥土藥四萬餘磅，各砲臺儲藥資每砲擊三十出；槍彈存者尤多，毛瑟槍彈儲二百八十餘萬顆。其訂購機藥未至者，德國大田廠砲藥二十萬磅，槍藥五萬磅、哈乞開司一百磅、快砲四尊，皆已給價三分之一（東方兵事紀略）。
五月一日，紳民將上總統印章於景崧；以日艦來犯，未果。日艦二、駛近滬尾砲臺下椗，統領綦高會去臺以嬉。日弁偵知自立事，二兵輪乃起椗行。景崧聞有日艦，令開砲，高會亦回營令往告臺官，則日艦巳去矣。是夜，日艦遊弋口外。二日，景崧受總統印章，文曰「臺灣民主之章」（中東戰紀本末作改元永清）；紳民鼓樂齎送者百餘人，行兩跪六叩首禮。國旗，藍地黃虎文。改藩司衙門曰內部，設內部大臣；籌防局曰外部，設外部大臣；別立軍部，設軍部大臣。府、縣等官改署有差。砲臺升虎旗，開砲二十有一。藩司顧肇熙以下，皆內渡。三日，提督岐珍撤兵內渡（岐珍所部十二營，至七日始畢渡）。基隆防兵，僅紹良所部及土勇四營；其東路三貂嶺、澳底諸處，無兵駐守。五日，日本兵輪、運輪二十九艘駛抵臺北海面，分泊基隆口外，澳底、金包里沿八里坌、大姑坎至滬尾，凡可登岸之處皆有之。六日，並力擊金包里（值基隆澳西岸），張聲勢作欲登狀（時駐金包里者六營）；而潛結教匪挖金砂，匪從澳底登岸。澳底本駐有岐珍防營，至是撤去，易以曹喜照（張兆連部分統）新募土勇兩營；成軍甫三日，遇敵不戰潰。於時登岸日兵才二千人，稍留兵守澳底，其全隊循山路進。七日，前鋒過三貂嶺，駐嶺背梁紳莊宅。景崧聞日人登岸，令吳國華率廣勇七百人往守三貂嶺。國華新自廣東至，倉卒部署，七日巳刻始率四百人先行。八日未刻，至小楚坑。適日兵從三貂嶺來探瑞芳大道，並繪圖，驟遇國華軍，遽搏戰，團勇夾擊，槍斃三畫日弁一，遂反奔；國華追之，鄉民拍手歡呼。時景崧復令營官胡連勝等援基隆，且調頂石角營官陳國柱、金包里營官陳柱波、獅球嶺營官知縣包幹臣等各率廣勇數百人赴前敵助戰，皆稱統領，無所系屬。國華遇日本兵於小楚坑，包幹臣率三百人往助戰；至則日兵已去，不繼。國華進躡而與團勇爭首級，大譁。幹臣縛團勇，指為漢奸，將殺之。國華已至三貂嶺，因雨待棚帳，尚未駐營；聞報，知幹臣將持首級奪其功，大怒，撤隊馳下嶺。幹臣見國華還軍，藏首級竹簏中，遽拔隊回；國華尾其後，俱還。基隆遂棄，三貂嶺不守；幹臣竟以大捷聞，省會官紳畢賀。是夜，僅土勇一營、紹良部淮軍兩哨分駐瑞芳；四更時，日本全隊冒雨登三貂嶺。九日，景崧令前敵分三路進，圖復三貂嶺：一由大路從相思嶺、龍漳浦、瑞芳過九芬橋、小楚坑直抵三貂嶺為正兵，專責國華；一由暖暖街至吳朱埕繞出三貂嶺之左為奇兵，專責遊擊楊連珍；一由海邊社寮砲臺循八斗口、庚子寮度九芬山截其歸路，責金包里分統李文忠：期以申初會基隆齊進。詎我諸營未集，日本已分兩隊踔至：一撲九芬、一直抵瑞芳；別隊扼吳朱埕北，防臺軍包抄。九芬近海岸，且兵單，日人已移快砲登岸猛擊；戰移時，宋營官死焉，哨官喪三人，孫營官受殊傷，九芬遂陷。瑞芳聞之，大震。先是，廣東守備劉燕率砲勇三十人，督格林砲五架扼瑞芳四面土山；營務處俞明震以景崧令來觀戰，亦在焉。瑞芳四面背山，形如釜底，前夕甚雨，適國華率營至，未築壘，入駐金砂局；敵至乃出隊，逼於地勢，擁遏不成列。而日人列隊東西兩山頂，每隊八人，甚嚴整。東面拒三貂四里，日人先驅教民降虜下嶺，進扼九芬橋。臺軍遽開砲，敵伏不動；一時許，俟臺軍槍彈耗，始大呼過九芬橋，而山頂日人乃發槍彈。及金砂局時，已昏暮，日人燃電燈明如晝，臺軍皆驚。國華率隊進爭九芬橋；日人先於澗旁設伏，俟國華至，突起來犯，死傷二十餘人，軍譁潰，不能止。日人乘勢薄瑞芳，劉燕督隊自西面發砲下擊，彈雨下，死十餘人，日兵退去。是夜大雨，國華竟拔隊回基隆。四更，張兆連率護衛營冒雨至瑞芳。十日辰刻，國華、連勝亦來會，兆連立九芬橋吹角列隊。日本督三、四百人來攻，每十二人一隊，兩日兵持刀督其後；臺軍槍砲並轟，日兵頗傷亡，稍退。兆連率隊衝入，國華兵不接應。日兵自山頂馳下包抄，斷九芬橋歸路；兆連被圍，受重傷，親兵死亡略盡。陳得勝率八十人、曾喜照率三十餘人，涉溪澗冒死入救；一卒負兆連潛涉溪澗得脫，得勝竟戰死，喜照受傷。十一日黎明，日人分兩路專攻瑞芳西面土山，劉燕被圍；砲勇死八人、傷四人，瑞芳遂陷。中法之役，林朝棟駐獅球嶺扼法兵不得前，所部士勇皆勁卒；景崧用廣勇，與士勇積不相能，因移朝棟守中路，以胡友勝統廣勇四營守獅球嶺。於是臺北紳民及英人提理皆言速移朝棟扼獅球嶺，以守為戰，事猶可為；因請基隆同知方祖蔭赴臺北告景崧，且請景崧駐八堵為死守計。景崧言嚮午聞敗，已令黃義德率護衛營往紮八堵矣。義德至八堵，即馳回，詭言獅球嶺已失，大雨不能駐營；且倭懸六十萬金購總統頭，故乘火車馳歸防內亂。景崧不敢詰。是夜，義德部勇索餉大譁，徹夜甚雨。十二日辰刻，日兵登獅球嶺，大雨如注；臺兵相拒三時之久，始行潰散。日本大將樺山亦於是日攻基隆，張兆連營棄遁歸臺北。滬尾守備吳覲庭斫斷電線，電報局員盡散。俄而雨稍止，街市寂然。幕客熊瑞圖等為景崧策：速退新竹，就朝棟、永福圖再舉。景崧左右均怒目視，覲庭手槍擬瑞圖曰：總統不寢者五夜矣，諸軍亦宜休息；所畫已定，多言者以是擊之。景崧默然。酉刻，前敵潰兵入城，城中大亂，積尸遍地，有重傷舁回死者；而廣勇、土勇復相殘殺，哭聲鼎沸。未幾，撫署火起，景崧微服遁赴滬尾忌利士德商棧。十三日，乘德兵輪內渡。城中散勇遊匪沿途劫掠；藩庫猶存銀二十四萬兩，劫奪互鬥，庫中積尸四百餘。德商畢底蘭以狀馳告日本營，請速派兵來定亂；十五日，始來收城，兵不過八十名。明日，來千餘人。十五日，樺山資紀統大軍入城，步兵二隊駐滬尾、八隊駐臺北；收殘兵四千，檄兵器，送之廈門。
臺南劉永福駐營三塊厝，旋移鳳山縣屬旗后。和議成，軍儲、電線、鐵路、機器局及茶、糖、鹽、磺、樟腦、茄枬沈香與金、煤諸礦大利，舉為日本有。臺南僻一隅，且海道斷，饟械源絕不足守。於是鎮道以下各官及臺紳邱逢甲等相繼內渡。臺南土匪蜂起，紳民相率之旗后迎永福，並上「民主總統」印章；永福不受，仍稱幫辦，入府城議防守。以其子知州成良統福字前軍、右軍及中、左、右各營守旗后大砰山砲臺，提督陳羅統翊安軍中、左、右各營合黃金龍軍防四草湖海口，臺灣鎮標中軍遊擊李英統鎮海中軍、前軍各二營並道標衛隊合柏正才、吳錦標軍防白沙墩海口，周明標、張占魁兩營防喜樹莊海口，都司柯壬貴統吉林砲隊並安平各臺砲勇合鄭超英、周德啟、孔憲盈各營防安平海口：是為臺南海口之防。以副將袁錫中統鎮海後軍防後山埤南諸路，臺灣城守參將吳世添率右翼練兵駐府城：是為臺南內城之防。其勇營，則副將楊泗鴻所部鎮海中軍正、後兩營、前軍右營、武毅右軍右營並吉林砲隊都司蕭三發所部福軍前敵黑旗各營、守備王德標所部福字七星隊各營、總兵李維義所部新楚各軍（分統為副將楊載雲）、知縣忠滿所部忠靖營、鎮海中軍先鋒營總兵譚少宗所部福字先鋒各營、都司邱啟標所部臺南其義兵營防軍各營、知縣劉光明所部福字左軍中營、右軍前營、副將吳光忠所部忠字防軍各營；其義兵營，則增生吳湯興之新竹義民各營、林得謙之十八堡義民軍、兵部主事許南英之王國瑞聞臺南圍練營、生員李清泉、謝鵬翀之五段團練。部署粗備，新竹知縣景崧在滬尾，請朝棟參謀岳裔由平頂觀音山達八里岔迎之。聞唐已內渡，即奔回彰化。先是，景崧檄前臺灣鎮吳光亮赴援臺北，光亮軍至桃仔園、中櫪，臺北潰勇千餘奔至新竹，始知臺北失守；見廣勇金帛纍纍，沿途截殺之。林朝棟亦至，派隊巡哨，令吳軍安紮城外觀音亭。是月十六日，臺灣府孫傳兗卸篆，黎景嵩代之，查庫款祗洋銀二千。臺中協鄭榮聞前任程起鶚提存庫款二十萬兩，傳兗令王淮三由汴仔頭運至福州；遂率練勇擄王淮三，向傳兗索餉。朝棟在後壟聞日乓至桃仔園，收兵回彰化；傳兗隨朝棟眷出城內渡。新竹、苗栗紳民推吳湯興為首，以禦日兵。二十一日，日本斥堠騎兵駐三角湧；山根少將分兵由劉潭甫達大姑崁，為居民襲擊，互有殺傷。二十二日，占領大姑崁。二十三日，吳湯興集各營戰於楊梅櫪，日兵少卻。二十五日，苗栗生員邱國霖敗於大湖口，新竹勇丁餉食不足，紳民將提督二營配船內渡。三十日，日本兵至新竹，吳湯興與徐驤禦之；戰敗，奔苗栗縣。新竹舖戶等率眾迎日兵入城，秋毫無犯；日用麥、米、雞、魚、蔬菜，準市價購買，安堵如故。署苗栗縣李烇集紳民議戰守。徐驤紮頭份，與日兵接仗，日兵不能前進。苗栗人姜紹祖年十八，率佃丁百餘人赴戰；被擄十餘人，姜亦與焉。遍詢姜名，姜家人慨然承認，遂見殺；而姜幸免，為新竹人保出、再招勇迎戰，死於砲火中。
閏月三日，彰化縣丁燮回籍，管帶防軍營羅樹勳代之。丁燮在彰化聞澎湖失守，匪徒在北壇巷強劫，燮立斬之，地方以安。及其去也，城內外紳民護送焉。臺灣府黎景嵩集臺、彰、雲、苗四縣紳富會議，籌款守禦，開設籌防局，並圖恢復臺北；以副將楊載雲為新楚軍統領。日兵分三路進攻：一援三角湧。三角湧義民黃曉潭、蘇力、蔡國樑、黃國添、張龍安等開地窖以陷馬足，沿山埋伏。臺北日兵由大嵙崁馳援，餘清勝導日兵由小路攻三角湧，破之。一出安平鎮新埔，遇新埔義民胡嘉猷扼守竹圍，回環重疊，日兵傷亡百餘人，收隊而回。兵船二，窺安平口，傍英德兵船停泊；永福巡砲臺，發二砲擊斷桅桿，落水者十餘人，乃斷鐵索飛駛去。一由新竹大路至老科崎，徐驤等埋伏擊之，直逼新竹城外數里而回。黎景嵩命生員林安瀾等至三角湧，諭義民由山後攻擊；復遣新楚軍二營、傅德陞一營、鄭以金一營進攻新竹。又准苗栗縣錢糧收作軍餉；吳湯興所部之勇，每人月餉洋銀十二元，疊向縣中索取不給，即將糧串自行徵收。李烇詳府，以湯興徒博虛名，全無實際，所收餉多中飽，前軍打仗皆徐驤之力，而與冒為己功；湯與亦備文指烇短處。景嵩不能決，兩造稟於永福。回電云：俟吳彭年到地查明情節核辦。時籌防局請永福派兵前來，爰遣縣丞吳彭年為統領、副將李維義為副，帶兵二營；二十七日抵彰化，職生吳敦迎，為前敵各軍糧臺。景嵩輕彭年，李維義亦心懷不平。
六月四日，景嵩擢維義為新楚軍統領，帶黑旗兵三百餘名，往攻新竹。苗紳請彭年親往；彭年與屯兵營管帶徐學仁、黑旗親兵管帶袁錦清、幫帶林鴻貴兵三百餘名，十六日至苗栗。時新楚軍紮頭份等處，又有數營在筆尖山附近，包圍新竹；日本北白川宮殿下率本隊攻筆尖山，克之。二十日，由香山至頭份山後，四面環攻；徐驤及鄭、傅諸軍力戰，李維義營為馬兵所破，開花彈如雨下，諸軍奔潰；統領楊載雲力戰死之。彰化聯甲局致書於嘉義、臺南兩局，請接濟糧餉。二十三日，北白川官到新竹，分軍隊攻苗栗。所到先以小隊前探，每一隊數十人，每戰一排四、五人，錯落散布；開花砲以馬■〈馬犬〉之，一刻數十出，流星飛行，軍隊皆卻。吳彭年初騎頳馬，鞭之不行，改御白馬督諸軍力戰。苗栗東畔大山為日軍所據，彭年於二十四日由三叉河至大甲溪。李烇奔梧棲港內渡；臺灣道陳文騄、臺南府唐贊袞、署臺南府朱和鈞、安平縣謝壽泉均卸事，以忠滿署安平縣並管臺南府印。吳湯興、徐驤等入彰化城。初，臺南見銀匱乏，永福設官銀票局，每票一圓；以同知莊序端總其事。市易流衍資挹注，而不足供軍饟，於是責議院諸紳籌饟，咸束手。稅務司英人麥嘉林請設官郵政局，以濟饟需。乃給官信票，責信局領購，禁私函，由海關司稽察；不及旬日，果徵銀五千餘圓。議紳請整飭鳳山鹽釐，令巡檢劉永貞往經理。前敵屢電求餉械，迫切待命；復令文案羅綺章渡廈門電求沿海督、撫拯臺民，辭甚哀痛。是時臺南盜賊充斥，為日人內間，將引以登岸。二十八日，日艦泊安平口外，復至鳳山旗後（以上東方兵事紀略、讓臺記）。
七月一日，日兵窺恆春、鵝鸞鼻、枋寮諸口，由枋寮登岸；永福子成良馳至，招撫匪目鄧巒子、林苗生等，日人始去。七日，泊布袋口，三十餘人登岸，厚給土人資；越宿乃去。北白川宮先於二月由後壟進發，四日至大肚媽祖宮，大甲溪大雨漲溢，分軍由葫蘆墩取臺灣縣。吳彭年在茄冬腳安營，盡將溪筏斫壞；日軍對岸開砲。黑族軍沿溪巡緝，有人暗渡溪北者，獲二人斬之。五日，日軍繞出葫蘆墩；林大春招集國姓會數百人，戰於頭家厝等處。彭年聞報，令鄭以金並防軍營往援，死者數十人，敗回彰化。袁錦清扼大甲溪，抵死不退；率健卒五十餘人衝入日兵，頗有斬獲。而砲隊旋至，錦清死之，五十餘人無一還者。日人遂據大甲溪，所至業戶望風迎接。胸間白布書「大日本善良民」、戶懸日本國旗，皆不加害；惟攜軍裝者殺之。臺灣知縣史濟道棄城而去。永福令各軍擇彰化境內大溪扼守。吳彭年率隊將截其大甲溪歸路，駐八卦山。六日，北白川宮至崁仔腳，視八卦山形勢；忽八卦山飛彈落左側，沙土墳起。北白川宮仍徐步察探，知上流可以徒涉，因在崁仔腳將本司團及山根、村川兩旅團分配，夜從大肚溪暗渡。彰化城聞臺灣縣破，議不能守。吳湯興許募敢死軍三千名不至，籌防局餉不能給；而臺南電云；吳湯興誤兵、鹿紳誤餉，無難以軍法從事！令彭年死守。徐驤等亦云不戰而退，何顏見劉幫辦乎？遂晝夜巡緝，以待援軍。八日，果有旱雷營及七星全隊四營至，旱雷大砲由鹿港上岸；雲林縣羅汝澤所募簡義、簡精華亦至。彭年使王得標帶七星營守中寮，劉得勝帶先鋒營守中莊仔，孔憲盈一營守茄冬腳，李士炳一營並沈福山帶親兵營守八卦山。九日，村川少將率右翼由大肚溪而進，與黑旗七星隊戰於中寮、茄冬腳；北白川宮率本軍隊由大竹圍、中莊仔，向市仔尾中路而來。副將陳尚志率勇同羅樹勳父子督戰，大敗。山根少將率左翼由蠟沙坑、柴梳金襲八卦山，一軍由坑仔內、八卦山南畔番仔井包抄黑旗及徐驤、吳湯興等，大戰八卦山；自卯至巳，湯興中砲死，林鴻貴率百餘人衝入，將奪湯興屍，砲雨下，鴻貴亦殉，大潰。黑旗兵在中寮、茄冬腳等莊，彭年在市仔尾、橋頭督戰，見山上已樹日旗，勒馬欲再上山，兵士翼之奔；彭年堅執不肯，山上彈如雨下，彭年墜馬死之。李士炳、沈福山戰死於東門外，陳尚志死於市仔尾，哨官千總嚴雲龍死於紅毛井。日軍入城，吳湯興妻投水死；黎景嵩出西門、羅樹勳與子汝澤出南門而去。王得標奔至北斗，接臺南餉四千兩助簡義募勇。是役也，軍民死者四、五百人。日本以葛竹軒辦糧臺，總理四城，設保良局招安良民；各堡紳董設局保民。日軍初至，病者二百餘人；數日，疫症流行。其後山根少將、中岡大佐、緒方參謀、其他將校多病死焉。
永福聞彰化失守，以王德標統七星隊守嘉義、副將楊泗鴻統各軍赴前敵。文案吳桐林、羅綺章議仿內地保甲行聯莊法，臺南匪首皆受撫。十日，日軍至北斗街，黑旗大兵數營退駐雲林縣。十二日，日軍至雲林縣，紳民迎之。十三日，至他里霧、大莆林，士人迎入。旋軍隊誤殺婦女，民間率眾鳴鑼，將街外大橋抽起，日軍陷於水死者十餘人。土人簡宜、簡硯、黃丑率眾截途大戰，各莊亦聚眾環攻，日軍退紮北斗街。是日黃丑、簡宜各取首級，黃丑獻嘉義縣知縣孫育萬，電請永福賞銀一千二百元，賞諸土人酒豬、軍械。並令簡宜統三營、黃丑統二營，生員陳一昌、鄭鴻春、土人陳貺、簡硯、簡陸、簡精華各帶一營，分紮斗六、樹仔腳、溪洲；黃丑同廖三聘紮西螺，黑旗統領王得標帶二營紮樹仔腳，徐驤帶三營紮斗六、溪底等要隘。自是斗六各莊，凡日軍所到之處，土人皆誘殺之。十四日，北白川宮巡視鹿港，旋回彰化；以川村旅團駐鹿港，山根旅團駐彰化。十五日，統大隊攻樹仔腳，不克，退駐北斗。北斗近溪一帶沙漠，風雨疊作，黑水一望無垠，奔湍騰激，泥濘沒脛；土人諳於水性，形勢險阻，瞭如指掌。日軍連戰數十次，多有損傷。二十五日，日軍雲集，沿紮東螺溪岸，連營武東山麓防堵，並由海道以分黑旗兵力（東方兵事紀略、讓臺記）。
八月五日，北白川宮探悉西螺、刺桐巷一帶祗土兵二營，自統本隊及左右翼令鄉導抄過斗六。十七日，與黑旗戰於樹仔腳，克之。十八日，雲林統將王得標、義民簡義、生員徐驤等與日〔軍〕戰於他里霧、雙溪口，敗績。十九日，日軍攻雲林縣，破之。知縣李品三身親戰陳，左右掖之而行；徐驤、簡義等退入唵漠古坑。二十日，日軍進紮大莆林；統將楊泗鴻紮觀音亭，前安平知縣忠滿亦列營互相犄角。戰至夜九時，泗鴻中砲而亡；忠滿引退，守打貓莊。永福令都司蕭三發統福軍前敵各營，代泗鴻。二十一日，日軍至打貓莊，忠滿退入嘉義城。先是，永福檄簡成功總統義民，黃榮邦（原名丑）率義民二千五百人、林義成（即苗生）率義民三千人，隨精華進圖恢復，各給以翎頂。義民趫捷可用，雖土槍能臥擊無虛發；且稔習地勢，驀山越澗，尤其長技；連復雲林、苗栗二縣。聯莊法巳及臺中，鄉民願潛受約束。而臺南餉源已竭，莊序端請給見銀以利灌輸，永福無以應。商民持票臥守不去，於是楮幣填委，市易梗絕，軍民饑困，日益不支。彰化之陷，徐驤逃後山，間道歸臺南；永福獎慰之，令往埤南募悍卒數千人助戰。驤果集七百餘人，永福令為先鋒三發，與精華等議奪回彰化，或可駐足。遂合軍進攻，扼於城外砲臺，不得進。翼日，榮邦攻砲臺，中砲死，義成受殊傷。二十二日，徐驤為軍鋒奮戰，諸軍繼之；日兵頗卻。驤旋中砲死，諸軍氣益餒，大潰。雲林、苗栗復陷。北白州宮統各隊攻嘉義城，世襲雲騎尉參將莊某出戰，死之。知縣孫育萬、管帶歐陽陞上城守禦，日軍左右翼展開，以砲兵射擊，析崩東門城樓；抵抗不支，哭聲震地，死者三、四百人，婦女投井死者數十人。孫育萬及餘軍奔臺南；柳仔林莊黃扁帶土勇，將庫銀擁搶而去。日本混成旅團由海岸上陸，攻鹽水港，民兵禦之。嘉義既破，北白川宮抱病，坂井少將、川村少將亦病，同北白川宮輿轎指揮軍隊，與海軍聯絡攻擊。午後一時，鹽水港破，嘉義縣蕭壟學甲莊生員林碧玉率莊丁禦日兵，力戰不退，身中數槍死。樺山資紀之至臺北也，自英兵輪致永福書，說其率所部去臺，將以禮送之內渡；永福復書卻之，辭甚峻。是月，日本渡兵澎湖。二十三日，戰艦、運船三十餘載兵械，將以全力攻臺南，直指安平海口。時陸軍前敵諸軍已饑潰不支，嘉義將陷。英駐臺領事歐思訥復為永福與日本約和，讓臺南，聽永福內渡，已成言簽名矣；會嘉義陷，日本責永福徒手歸命。永福怒，約乃絕。二十五日，日艦攻旗後砲臺，永福之子成良登臺拒守；奸民夜引日軍由僻徑登岸，突入大營陷之，進圍砲臺。臺兵持兩日，死傷枕籍，成良乘間衝出。二十六日，日兵進攻鳳山，義民拒戰，大敗；遂入鳳山，進犯臺南府城。二十七日，臺南戒嚴，永福移駐安平砲臺。二十八日，各軍饑譁，徐散去。二十九日，日本攻城外砲臺，永福自發砲擊之，斃數十人（東方兵事紀略、讓臺記）。
九月一日，城中無食，軍悉潰。二日，永福駐砲臺，城中土匪起，日本兵亦集，永福登德國爹利士商輪內渡；從之者，其子成良與陳樹南、柯壬貴諸部將及幕客數人。三日，日本大軍由南門入城安民。四日，水軍入安平港。八日，北白川宮由北路入安平。九日，總督樺山資紀到臺南府（同上）。
——錄自福建通紀卷二十。