二月十九日（壬子），上命軍機大臣傳諭福康安、鄂輝、李世傑，成德曰：此次，福康安等帶領官兵剿捕逆匪，自鹿仔港一帶進兵解圍，攻破賊巢，擒獲賊首；經過各緊要地方，賊匪據險抵拒，經官兵奮勇攻撲，所向剋捷。此等處，山川形勢自必極為險要。著福康安即將北路一帶險峻要隘處所，如平林仔、小半天、集集埔、斗六門、水並社、水沙連、大里杙及逆首林爽文被擒之老衢崎等處地形山勢，詳悉繪圖呈覽，以誌戰功。即日擒獲莊大田，其南路險要地方，亦照此辦理。再，四川屯練降番，屢經調派，此次隨同官兵征剿，更為出力。現已有旨令軍機大臣酌議，將川省額設土外委四十名，照從前金川之例，每名每年加給銀二兩。其屯練兵丁，即將此次隨征之一千五百名，作為定額，令該督等按每名每月給銀五錢。其餘一千五百名，俟有缺出，以次拔補。並將此次隨征之降番五百名，作為新屯練，每名每月給銀五錢。其餘番丁，亦以次挑補，俱作為定例。俾出力兵丁得以永邀恩賞。著傳諭鄂輝即將現在加恩之處，傳集該屯練降番明白宣示，咸使聞知，俾益加感激踴躍思奮；並著李世傑、成德於川省土弁降番一體曉諭知悉，以示鼓勵。

二十日（癸丑），上命軍機大臣傳諭福康安、鄂輝曰：隨征屯練降番，屢次打仗，或有陣亡者，尤堪憫恤。著福康安、鄂輝傳集該番眾等，俟回川後，於軍機大臣議准二千額數之外，再將陣亡人等子弟，各賞給一兩錢糧一分，以示格外體卹。若伊等家屬在省先有聞知，未免哀悼，俟將來撤兵後，再行傳諭李世傑等遵照辦理。

二十一日（甲寅），李侍堯奏言：台灣剿捕逆匪，自前年十二月至今，先後撥運過米四十餘萬石、銀四百四十餘萬兩，為數繁多。前次當軍務喫緊之時，內地祗將銀、米源源解送府城及鹿仔港、北淡水等處，以期無誤軍行。但各該員於某項照何例支放若干，均未隨時具報；即間有稟及者，亦無細數清冊，亦難作為報銷之底案。且查動用各項，除鹽菜口糧外，尚有夫價、車價、撥船運價等項，多係例內所無，並有過於浮濫之處。雖屢奉駁查，兼經司道等節次移行催令造具清冊，以便核算報銷；其作何支用之處，均未將細數明晰開呈。現在蕆功伊邇，經臣節次飭局移催，迄今仍未據開報。臣思台灣造報之員，即係經手支用之員；若任其浮濫報銷，勢必輾轉駁查。而地隔重洋，文檄往還動須累月，未免更形遲滯。撫臣徐嗣曾早抵鹿仔港，應請將動支款項，即交撫臣就近督同臬司李永祺逐款核實，以憑報銷。其內地供支一切糧餉及夫船運腳等項，臣現在嚴飭總局司道府等，上緊核辦，按款詳請題銷，不致宕延。又，二月初六、七等日，有船戶楊興利等稱：『自林爽文拏獲之後，鹿仔港各廟社演戲謝神，殆無虛日。附近田畝，已種一半。其被難歸莊之民，現亦及時補種。將軍參贊帶領官兵往南路剿賊，連得勝仗。

現在鳳山尚未收復』。初九日同知楊紹裘稟稱：『現在府城附近各鄉，已無賊匪；惟南路水底寮、金京潭等處，尚有潛匿。將軍參贊帶領鎮將等分投搜捕。但賊首莊大田逃匿何處，尚未得確信。所有附郡義民，俱令歸莊耕種。而各莊多已被賊殘毀，現在亦有修葺』各等語。查閱福康安摺稿，官兵往南，已在大武壠、大穆降等處，殺散大夥賊匪。則水底寮等處，雖尚未淨盡，料不過逋逃潛伏，苟延喘息。莊大田想亦在此等賊夥中，決不能另有藏身之處。大兵一到，勢如破竹。計該同知具稟時，距今又已十日，此時賊夥自已潰散，賊首、賊目，亦當漸次就擒。聞撫臣尚在北路部署一切，不日想亦前往府城一帶料理安插，各莊民人自亦可次第復業。奏入，報聞。

二十七日（庚申），福康安、海蘭察、鄂輝同奏言：十九日，殺散南潭、大穆降賊匪，擒拏活賊甚多；逐加訊問，俱稱莊大田向南奔竄。鄂輝、普爾普拏獲賊匪，所供亦屬相同。隨將匪犯正法，即帶領官兵南下。行至岡山之大林莊，鄂輝亦自大武壠山內新豐搜剿前來。據普爾普報稱：『十九日夜間，在大武壠隘口駐劄，有賊匪潛來劫營。普爾普已早有准備，帶兵衝出，殺賊一百餘名，生擒七十餘名。二十一日，與鄂輝在東勢莊相遇，仍帶兵往北面山內搜查』等語。臣等至下埤頭一帶，探知各處餘匪紛紛奔逃南下，俱在枋寮聚集。並據派往水底寮安撫之副將張芝元、知府楊廷理等稟稱：『官兵未到水底寮之前，有逃來賊匪數千人，復將該處佔據』。隨商令海蘭察、鄂輝、恆瑞帶兵進剿。臣福康安沿途搜查賊莊，隨後接應。二十六日，海蘭察等遇賊二千餘人，沿山抄截官兵後路。一面令穆剋登阿、梁朝桂、副將岱德、參將張朝龍防備南來賊匪；一面令許世亨、六十七、烏什哈達帶兵迎擊。海蘭察等率領巴圖魯侍衛等，由蔗園內出其不意，橫衝賊陣，射死賊目陳建平、曾大達及不知姓名騎馬賊目十餘人；奪獲賊馬三十餘匹，殺死賊匪三百餘人。乘勝追趕，匪眾多人俱在海岸排列，因無船不能偷渡，復來拚死迎拒。官兵奮勇直前，殺賊一千餘名，自行投海及入海中淹斃者，不計其數。所棄鎗砲器械甚多，俱經官兵奪獲。所有臨陣生擒賊目藍九榮等十九名、賊匪二百餘名，業經正法。至海口一帶，節經派兵防守，並將大小船隻驅出外港，嚴行封禁。常青復添派弁兵自鹿耳門直至東港，梭織巡查，辦理極為嚴密。再，此次官兵奮勇殺賊，帶傷陣亡者甚少，惟義民首鄭其仁引導，先行遇賊陣亡，殊堪憫惜！臣已將該義民首家屬，給與銀兩，以資收殮。查鄭其仁係恩賞守備職銜，並令以實缺補用之員，應請即照守備之例議卹。再查鳳山縣自賊匪復陷之後，衙署、義民房屋及莿竹圍城，皆被焚燬。大兵進剿南路時，該處並無賊人屯聚，現已分派官兵前往駐守。再，臣等在枋寮打仗殺賊時，探知敗逃賊匪尚有數千人在極南之琅嶠潛匿，莊大田亦由山內竄往。該處路徑崎嶇，樹木深密，若不籌截去路，大兵一到，必致驚竄遠颺，緝捕又稽時日。查琅嶠地方，山內十八社皆係生番，直通傀儡大山。其山外之柴城、隴巒等處，逼近海岸，亦有閩、粵民人居住。隨密諭該處民人，務將逃來賊匪偽為容留，毋令聞風驚散。一面傳出琅嶠各社生番，面加曉諭，在沿山隘口處處嚴密堵截。又有山豬毛義民首曾中立，招集傀儡山生番一千名，聽候調遣。各處怖署已定，派令烏什哈達帶領福建水師及廣東兵丁，乘舟由海道前往；海蘭察、鄂輝等帶領大兵，由山路進發；臣福康安督催各兵前進。於二月初四日行抵風港，據柴城民人報稱：『莊大田帶同匪眾俱在柴城，欲往蚊率社，經番眾極力抵禦，復行退回。現在居民等密相約會，官兵到彼，賊匪斷難逃逸』等語。初五日黎明，由風港發兵，越箐穿林，道路極為逼窄；凡遇險要地方，俱酌量留兵扼守，以備接應。約行二十餘里，賊匪多人從樹林內突出。前隊之侍衛博斌、副將岱德、參將張朝龍、都司張佔魁等，帶兵迎擊；海蘭察、鄂輝率領巴圖魯侍衛奮勇齊攻，殺賊三百餘名，生擒一百四十三名。追至柴城，賊匪人數眾多，惟恐我兵攻撲過急，賊目莊大田或臨陣被殺，匪夥等或乘間竄逸，轉不能悉數成擒。因派令穆剋登阿帶領屯練降番為一隊；許世亨、岱德帶領貴州官兵為一隊；梁朝桂、張朝龍帶領廣東官兵為一隊；恆瑞、王宣帶領廣西官兵為一隊；山豬毛義民、副理事劉繩祖帶領粵莊義民為一隊；都司莊錫舍、北路義民首黃奠邦、鄭天球、張元勳、藍應舉各帶所管義民，共為一隊；自山梁埃次排下，直抵海岸。烏什哈達所帶水師兵丁，適值順風，連檣齊至；將船隻沿海密佈，四面合圍，水陸並進。海蘭察、鄂輝帶同六十七、袁國璜及巴圖魯侍衛，奮勇往來剿殺；臣福康安照料督催，令各隊層層圍逼；自辰至午，殺賊二千餘名。賊匪情急，相率投海，被水師兵丁放鎗擊斃及沒海淹殺者，屍浮海面，不計其數。賊目等拚死衝突，不能逸出重圍，俱在樹林山溝伏匿。隨督令官兵、義民等，分投搜捕，將莊大田及有名頭目莊大韭、許光來、簡添德、許尚等四十餘名，全數擒獲；並搜獲莊大田之母莊黃氏一口。此外，又生擒賊匪八百二十餘名；柴城民人及各社生番縛獻賊匪三百餘名，俱即於軍前正法。搜獲大、小砲、鳥鎗、刀矛、藤牌、旗幟無算。查逆匪林爽文、莊大田，肆為不法，滋擾一載有餘；茲首逆凶渠悉行俘獲，即日解京審辦，盡法處治。其餘零星逸匪，並莊大田家屬，臣等仍分派官兵各處搜查，務期淨絕根株，不留遺孽。奏入。

上諭內閣曰：賊目莊大田等，於逆首林爽文就擒之後，尚敢竄匿山林，抵死抗拒；經官兵四路攻圍，勢窮力蹙，或竟情急自戕及投海斃命，俱屬事之所有。今乃負嵎死守，被官兵、義民層層圍逼，將賊目莊大田及有名頭目悉數擒獲，此皆由上蒼眷佑，將士用命。而福康安等調度有方，怖置周密，是以南北兩路賊首、賊目，悉就俘擒；台灣全郡平定，實堪嘉獎！特親解本日手帶漢玉扳指一個、小荷包一個，賜福康安；又親佩小荷包一個，賜海蘭察，以示優眷。福康安、海蘭察、鄂輝俱著交部從優議敘。所有許世亨、梁朝桂、穆剋登阿、袁國璜及在事出力之大、小將弁等，著福康安查明咨部從優議敘。其隨征兵丁，並著福康安查明一併分別獎賞。至此次剿捕賊匪，該處義民等隨同官兵打仗出力，現在擒獲賊目莊大田，義民首等帶領各莊民人分隊堵截，尤屬可嘉！此內，義民首曾中立前因屢次奮勇，已賞給同知職銜；今又招集生番聽候調遣，著福康安即將曾中立酌量補以實缺。其餘義民劉繩祖、鄭天球、張元懃、藍應舉等，並著福康安查明如何加恩，或補以實缺，或加賞職銜之處，分別具奏，以示獎勵。至前在下埤頭一帶剿賊之義民首鄭其仁，遇賊陣亡；鄭其仁前已賞給守備職銜，著交部加一等照都司職銜議卹。該義民家屬，並著福康安從優賞給養贍。

上又命軍機大臣傳諭福康安、海蘭察、鄂輝曰：此次官兵、義民分投搜捕，將賊目莊大田擒獲，其首先擒拏者，究屬何人，著福康安查明據實具奏。現在大功告竣，台灣地方一交三月，氣候即已炎熟；屯練兵丁素不耐熱，計此旨到日已屬三月下旬，即應早行撤回。著傳諭鄂輝即令原帶屯練之總兵將官，率領屯練等先行內渡，取道回川。鄂輝亦即由驛來京陛見。其巴圖魯侍衛章京等，即令海蘭察、普爾普等仍分起帶領回京。至此外應撤各兵，著福康安遵照節降諭盲，次第令其渡回內地，各歸營伍。此時，台灣全郡平定，其餘零星逸匪陸續搜查，計三月內自可全竣。但應辦善後事宜，最為緊要；常青現已革職，毋庸交辦。著福康安與徐嗣曾悉心籌酌，將改建城垣、清釐地畝、添設官弁等事，妥為經理，務期一勞永逸，綏靖海疆。且不必急於來京瞻覲，務將善後一切事宜料理妥協，於八月萬壽節前到熱河瞻覲，亦不為遲。且福康安此次凱旋內渡，非如前此進剿時關係緊急、不得不冒險遄行者可比；亦應候風色平穩，方可渡洋，勿冒險輕涉。並內渡之各省將弁兵丁，均不可令其冒險，以副朕體恤眷念至意。

二十八日（辛酉），上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯、徐嗣曾曰：現在台灣全郡平定，大功告蕆，一切善後事宜，最關緊要。李侍堯現駐廈門照料撤回官兵內渡，及核辦軍需各款項，事務繁多，自未能前渡台灣會同籌辦。昨已有旨令福康安同徐嗣曾悉心籌酌，將改建城垣、清釐地畝、添設官弁等事，妥協經理。徐嗣曾係福康安奏請幫辦之人，且係本地巡撫，一切事宜，有福康安在彼會同商辦，自能斟酌妥善，一勞永逸。至李侍堯係該省總督，如有履行會辦之處，原可彼此札商，熟籌妥辦。再台灣逆匪滋事一案，前因柴大紀在總兵任內骫法營私，廢弛激變，福康安並未將其種種劣款指出參奏；李侍堯、常青亦並未據實直陳；是以將福康安嚴飭，李侍堯交部嚴加議處；常青即予罷斥。並將前任督臣富勒渾雅德革職拏問，俟解到時，並按律治罪。徐嗣曾身任巡撫，台灣營伍雖非所轄，但伊在閩年久，於柴大紀縱令兵丁私回內地貿易牟利及廢弛營伍不加訓練種種激變貽誤之處，平日豈無聞見；乃竟視同膜外，緘默不言，將來自有應得之咎。並著徐嗣曾明白回奏。又台灣道永福，在府城率領兵民協同防守，雖有微勞，但該處地方官平日貪黷斂怨、釀成事端，皆係永福所屬，已不得為無罪。且柴大紀近在同城，種種貪劣不職，如永福曾經揭報督撫，而督撫置之不辦，應令據實指出；自當專治督撫以徇隱之罪。若永福並未揭報，則不得因其有守城微勞，稍為寬貸。倘伊平日亦有營私之處，則更不必言矣。著福康安即向永福切實訊問，據實覆奏。務使功罪兩不相揜，以昭平允。至楊廷理原係同知，各州縣非其專管，於此案尚無大過。且伊在府城帶領義民等悉力守禦，一得官兵打仗殺賊信息，即隨時稟報李侍堯，尚為迅速。著福康安查明楊廷理如才具尚屬可用，即據實保奏，候朕酌量加恩錄用。

二十九日（壬戌），上諭內閣曰：柴大紀在任兩年之內，已婪索金銀五、六萬之多；且因台灣逆匪滋事，預行寄信家中囑伊子先為防備。現據琅玕在其屋後地平之下起出金錠銀兩，可見柴大紀居心狡詐，任意貪黷。若非私令兵丁渡回內地貿易牟利，並勒索所屬、剝削兵民，焉得擁有鉅貲？是柴大紀骫法營私、貪婪激變種種款蹟，已確鑿可據。柴大紀業經革職拏問，應俟解到後，交部按律定擬，明正其罪。向來朕辦理庶務；一秉大公至正；賞功罰罪，尤務嚴明，從無成見。如柴大紀在嘉義縣時，被圍緊急，曾諭令不妨保護義民全師而出；柴大紀覆奏不忍將數萬生靈委之賊手，仍督率兵民忍饑固守。朕以其甚有良心，覽奏為之墮淚；是以即加封伯爵、賞給銀兩。而其種種貪劣捏飾之處，彼時尚未有人摘發，所謂君子可欺以其方者，此也。迨柴大紀在任各劣跡節次敗露；前經福康安奏其為人狡詐不可信。福康安方抵該處，自未知其實在劣款；必因人言藉藉，故為此奏。後因德成復命，朕詢出前情，節經前諭飭查詢，始據李侍堯遵旨逐款查明屬實，陸續參奏；因即降旨將柴大紀革職拏問。可見朕於臣下功罪，惟視其人之自取；有功即賞，有過即罰，從不稍存適莫之見。此天下後世所可共喻者，是以得邀上天眷佑。五十三年以來，屢集大勳，開疆拓土，未必不由此敬天勤民之念，有以啟之也。

上又命軍機大臣傳諭李侍堯、毓奇、琅玕、何裕城曰：各省撥運米石，原以接濟軍糈；今台灣全郡平定，大功告蕆，各省業經運到閩境之米，既足敷應用，其未經運到者，自可毋庸再行撥運。所有浙江、台州等九幫，及湖南第二、三、四起，川省第二、三、四、五起米石，俱著停止起運。此內川省應行截留米石，現在面詢書麟，據稱該省倉儲充足，無須買補。是此項米石亦可無須截留江蘇。著同浙江、湖南二省停運米石，一體分年隨幫灑帶運通。如米數較多，不能於下年全數帶交，即分作二、三年陸續灑帶，亦無不可。該督撫必須飭屬加意收貯，勿致黴變，方為妥善。