十一月十二日（乙亥），李侍堯奏言：接奉上諭：『即使府城難支，或竟有疏虞之事，亦不難再為收復』等因。現在府城一兩月以來，並無賊擾。常青遣丁朝雄前往收復東港，雖南路賊匪復思煽動，其黨夥決不能如逆爽之多。諸羅雖被圍困，昨接柴大紀摺稿，知其尚在堅守。今鄭國卿已到鹽水港，恆瑞兵約有七、八千，自當分兵駐守，一面約普吉保並進。普吉保即以後路為慮，而福康安兵到，可接續前進，其勢必能攻透諸羅；則三路會合，軍聲大振，即可就近移兵直攻賊巢，勝勢已在我而不在賊，此正搗穴擒渠之關鍵，全郡事勢不過數日內即大有轉機。至府城尤為全台人心所繫，況數十萬糧餉火藥以及砲位等項，無一不在城中，若使賊得之，反增其勢。又鹿耳門為進兵要口，府城或有疏虞，則鹿耳門亦難守住，將來官兵進剿，並無上岸之路，此事實大有關係。現在事勢固決不至如此，臣恐諭旨一到，軍營必不能秘密，萬一稍有宣洩，則人心不免驚疑搖動，或轉有意外之虞。計此次所降常青之諭旨，廈門尚未即刻配渡，臣已飛飭廈門同知追回，擬將上諭內節去一段，另錄寄知常青。並恐已經發渡，追趕不及，一面札知常青，並將此次摺稿抄寄，囑其萬勿洩露。福康安處亦將此意札知矣。惟府城之兵，自節次派往諸羅、鹽水港後，兵力不免單薄，臣現又在各營挑派舊兵一千名，由廈配渡前往協守。並前派在澎湖、鹿耳門一帶往來防護之水師兵六百名，亦知會常青，儻海洋無事而府城或有緩急，即就近調度，以資堵剿。再，內地所解糧餉軍裝，秋令暴風，致有沉失。除王履吉一船飄至廣東，業經圖薩布具奏外；尚有第六號米船一隻，載米九百石，飄至長道坑海口遇礁擊碎，淹斃押運兵丁一名、水手五名，米石盡行沉失。又鄭聖華一船載米八百五十石，七月二十五日將進鹿耳門遭風擊破，經楊廷理聞知，急僱小船往救，撈出濕米五百八十八包，其餘二百餘包無從撈獲。又船戶李生財載閩縣軍米赴廈門，九月二十八日二更，在鼓嶼洋面遭風覆船，黑夜無人救護，米盡沉失，淹斃兵丁、水手七名。惟李生財及水手林順扶篷飄瓢流至嶼得生。又曾長瑛船在蚶江載軍米一千石赴鹿仔港，二十日遭風舵折，二十一日飄至雞膳觸礁船碎，曾長瑛扶篷浮來，其餘兵役、水手等同時浮水，未知生死。此三船沉失米石，均照王履吉之例，一體豁免，以示矜恤。
同日，孫士毅奏言：粵東召募新兵，已有四千名入伍訓練。臣查督、撫、提及潮州鎮四標營分較大，兵家子弟本多，儘有技藝過人苦於無缺可補，今已一體充伍食糧。此項新兵，其材具優嫻，視存營之兵尤為出色。日內如遇將軍福康安檄調，即將各該營素知紀律之兵簡派前往，以期得力。本營現有新兵補數，無虞缺乏；現在復行上緊召募。再，臣風聞逆犯林爽文攻犯諸羅身受鎗傷，其西螺、笨港等處，均被我軍打通，賊夥聞有將軍福康安帶兵十萬剋期進剿之信，俱各震恐，已將逆犯家口移入大武壠地方。該處逼近內山，大約為竄入生番地步。至南路東港一帶，聞常青亦已派員打通，民間米石紛紛運至郡城。逆犯莊大田遯入諸羅之石仔瀨地方，未知是否確鑿。再查粵東總兵帶兵赴台者，已有梁朝桂、李化龍、陸廷柱三員，嗣後，如遇軍營徵調粵兵，可否派令諳練將備帶兵赴台，交與該三鎮統領，毋庸再派總兵帶往？又黔兵二千，分作四起，陸續俱到黃岡，令地方官多僱人夫送運軍裝，隨到隨即啟行，已於十月二十六日全數俱抵閩省詔安縣境。其將備各員，臣酌給衣料，弁兵賞給銀牌，俱各歡忭趕緊遄行。再貴州帶兵官，因沿途俱係水程，未經帶有馬匹，臣即在黃岡內挑選膘肥馬匹，分給各起總兵、將備乘騎，迅速前進。咨會黔省遇便將例馬價值解還，由粵東自行買補。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、孫士毅曰：前因恆瑞抵鹽水港後，被賊梗阻，府城亦在圍中，而柴大紀處望援甚切，是以降旨督令而康安速往援救，進剿賊巢，原就彼時情事而言。今柴大紀處兵民一心堅守，可無他慮，而恆瑞處已有續到官兵，可以約會普吉保合兵前進，是該處情形與前不同。李侍堯接閱各官稟教，見軍營各路已有轉機，惟恐常青接到前旨稍有宣露，轉致府城人心搖動，擬將諭旨節錄發寄，並札會常青、福康安兩處，深合機要，殊得大臣之體。李侍堯著賞戴雙眼花翎，以示優眷。現在，福康安已於十月二十八日由崇武澳得風放洋，粵西屯練兵一同開駕；而黔省之兵，現據孫士毅奏於十月二十六日全抵閩境；又有湖南官兵接踵進發；福康安又在募漳、泉義勇二千餘名，軍勢已極壯盛。粵東預備之兵，想來毋庸再調也。大武壠地方與內山逼近，今賊匪等將家口先行搬移，自係聞大兵即日前進，匪黨勢漸窮蹙，預為竄入內山之計，不可不設法堵剿，絕其逃竄之路。福康安到鹿仔港後，自即親統大兵由普吉保一路直抵縣城，接應柴大紀。其大武壠一帶最關緊要，福康安或派令鄂輝帶兵前往搜捕，或抵縣城後帶兵有人，即令柴大紀前赴大武搜捕，方可將賊匪家屬悉數拏獲，不使逆黨竄入內山，搜捕致稽時日。
上又諭內閣曰：解運軍餉米船於外洋陡遇颶風，人力難施，以致船隻沉溺，淹斃數人，情殊可憫！所有沉失米石，均著免其賠補外，其前後溺斃之兵丁、水手人等，均著該督查明照陣亡例議卹，以示體卹。
十六日（己卯），普吉保奏言：本月初八日黎明，臣親率官兵進攻土庫地方，賊匪蜂擁拒敵，官兵奮力向前追殺，賊匪敗退。隨有男婦老幼投出，情詞懇切，臣不許官兵鄉勇滋擾，傳諭出力之義民首張源勤等，帶交署同知黃嘉訓妥為辦理；一面將該處賊莊燒毀。聞賊夥復嘯聚大崙，查大崙為進諸羅之要路，十一日復親率官兵鄉勇前往剿捕，賊匪竟日抗拒，官兵施放鎗砲，中斃甚多；鄉勇乘勢放火焚燒賊寮。緣該處一帶，多係竹林、蔗園，地勢狹仄，仍收軍回營。十二日，逆首林爽文率夥來攻，臣督領遊擊海亮、參將張朝龍、副將琢靈阿、遊擊葉有光等，率帶官兵鄉勇分路堵殺，賊匪被我兵鎗砲攻擊敗退，割獲首級、耳記，奪獲長鎗竹鋛多桿。十六日探知賊匪散而復聚，即於十七日親帶官兵復收崙仔尾等處。臣預料賊匪必埋狀竹林、蔗園內，特派遊擊海亮管押後隊防備。官兵鄉勇正在前進，賊匪果從竹林內衝出迎敵，遊擊海亮帶領後隊奮力繞截其後，首尾夾攻，賊匪死傷無數，賊眾潰散。兵丁、鄉勇內亦有陣亡受傷者。其附近賊莊有挈眷來歸者，均交署同知黃嘉訓查明安置。該員辦理勤慎，安撫之中更寓防範之意，現在造冊編查，甚為妥協。惟是，賊勢分路散佈；我兵鎗砲急攻，彼即潰散；收兵後，彼仍復聚集，深堪痛恨。雖諸羅近日密差妥人，信息可通，然彼此均有牽掣，殊深憂灼。現在設法極力痛剿，以圖會合夾攻。
同日，常青奏言：十月十九、二十四兩日，俱有賊二、三千在郡城南門外一帶屯聚窺伺，均被官兵鎗砲打敗散去；約計斃賊七、八十人，未為痛剿，是以前摺未經奏及。茲於二十七日卯刻，賊又分為三隊向營盤前來，每隊俱有賊二千餘人。臣常青、永慶、博清額帶兵一千五百名，並山豬毛義民由南潭中路前進；又派侍衛塔恩哈、希明帶兵六百名，由竹篙厝左路沖出；侍衛郭爾果色、副將五達色帶兵六百名，由湖仔山右路沖出；另飭總兵陸廷柱帶兵五百名，在路北山坎埋伏策應。臣等一齊迅疾馳赴，其左右兩邊之賊望見官兵，似覺畏縮不進，惟中間賊隊膽敢向前與官兵對放鎗砲，抵死不退。自辰至午，滿、漢官兵施放進步連環，直前沖殺；其時左右兩路官兵，亦皆環繞夾擊，賊被鎗砲打死者，約有二百餘人，匪眾四散奔逃，官兵分投追趕。山豬毛義民乘勝爭先，猶為趫捷，奪獲賊人大砲一門，割獻首級，生擒賊夥張招一名。當查殺賊義民，按名各賞番銀二圓、銀牌一面；奪得大砲義民，賞給番銀十圓；其現有已賞頂戴者，俟後來有功，另加獎擢。共受傷兵丁十一名、義民四名。再據鹽水港遊擊黃象新、義民胡登高等稟稱，二十三日，恆瑞統領官兵起程，移劄營盤在鹿仔草。又，月眉莊、土庫、牛稠山三處，係林爽文往來屯劄之所，二十五日被普吉保攻開，已劄營該處，不過離諸羅五里等語。是普吉保等之兵，業已同時進攻；柴大紀自必由縣攻出，計日定可破賊解圍。
同日，恆瑞奏言：十月二十二日，督同烏什哈達、梁朝桂等，於新店等處剿殺賊匪，收復鹿仔草。現在該處劄營。將沿海一帶道路打通，前赴諸羅。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、青常、李侍堯、柴大紀、普吉保曰：據普吉保所奏情形，事機已有轉動；且附近賊莊民人挈眷來歸者，紛紛不已，足見從賊者日少，黨羽渙散。普吉保遵旨傳諭，不許官兵、鄉勇滋擾，所辦甚是。其所稱廓清賊黨，會合夾攻之處，當勉力為之，勿為空言。南路賊匪，經青常連次剿殺，得有勝仗，而普吉保劄營處所距縣城不過五里，恆瑞又已將鹿仔草收復，是各路聲勢漸已聯絡，縣城自更當固守無虞。且福康安於十月二十八日已由崇武澳開洋，計柴大紀在縣城再堅守五、六日，福康安即可統領大兵隨後直抵該處。或普吉保於福康安未到之先，已帶兵抵縣，殺散賊匪，與柴大紀會兵一處，則軍勢已為大振；福康安一到，更可併力進剿，不難指日成功。至前據福康安奏稱，聞逆匪林爽文、莊大田等，各有形貌、衣服相類者數人，希圖將來乘隙潛逃等語，可見賊匪自揣勢窮力蹙，破滅不遠，於糾眾滋擾之時，預為改裝逃竄之計。所謂天奪其魄，即此為賊匪等成擒之兆；即日大兵云集，四路攻剿，惟在福康安督率將領，帶同熟悉之人，留心辨認，不可令正犯首惡得以漏網，方為萬全。恆瑞在鹽水港駐劄數旬未能前進，今雖已剋復鹿仔草，稍為振作；但前據恆瑞奏，該處防守剿捕，尚須添兵數萬；而此次奏摺將沿海一帶道路打通，前赴諸羅，是其前後所奏，已覺自相矛盾，恆瑞究屬胸無定見。即其所稱打通道路之語，亦祗屬空言，恐未能望其奮勇前進。又伊此次奏摺，係十月二十五日拜發，彼時普吉保已帶兵前進，僅離縣城五里；恆瑞與普吉保一路，相距不遠，何以青常業經具奏，而恆瑞摺內尚未提及？並著褔康安到彼詳查，是否確實，據實具奏。
十八日（辛巳），青常奏言：參贊恆瑞八月間帶兵往援諸羅，臣等本欲由陸路剿賊前往，但須過溪河數道，未能便捷；適值風色順利，是以改由海道較為迅速，實無避賊情事。現聞恆瑞在此數日內起兵進攻，諒必早與柴大紀、普吉保彼此知會。乃臣現接普吉保稟稱：『連日探知大崙、青埔等處屯聚賊匪，該處為往諸羅要路，隨親督官兵節次剿捕，冀通道路。無如烏合之眾，於覆巢處所散而復聚，不得不為防備。若輕移前進，恐有意外疏虞，不但於應援無益，且更張賊勢。況帶兵前來原為救援諸羅，今離諸羅二十餘里，斷無中途而止之理。總以極力設法，一有可乘之機，斷不敢稍有貽誤』等情。臣細思柴大紀保固城池，一心望援；而普吉保離諸羅二十餘里，則帶兵五千五百名之多，似更易於剿通；況聞恆瑞之兵已動。臣又專札嚴飭飛催普吉保，務須與柴大紀、恆瑞同心併力；不日福康安亦可到鹿仔港，兵勢更為壯盛，必能掃穴擒渠。臣於海口各要隘，分飭兵弁嚴密巡緝，毋使賊匪搶佔船隻，以致遠颺。並飭台灣縣王露多備札諭，交熟練番情之諸羅生員劉宗榮轉交伊弟劉光志，密往大武壠內後山，給四番社通事土目收執，預防賊匪竄匿。現在南路東港一帶，雖尚未全行收復，而官兵駐劄港口，商販米糧，賊匪不能攔阻，多有裝載船隻來郡糶賣者。臣惟有酌量兵力，並招徠義民，足敷進剿，即起兵肅清南路。
同日，李侍堯、徐嗣曾同奏言：有船戶金錦遠自鹿仔港回至蚶江，據稱該船於十一月初一日在鹿仔港出口見有兵船百餘號已收到港口，並遇將軍坐船之船戶告稱，所有兵船俱於前月二十九日齊到等語。查福康安於前月二十八日申刻放洋，臣等日夕佔候，本月初一日又轉東風，惟恐船尚未到，正深懸慮；今據該船戶所稱，則福康安等已於二十九日全到。以數百里之洋面，一晝夜安穩飛渡，實為用兵以來所未有。現在恆瑞兵已抵鹿仔草，普吉保進兵離諸羅不過數里，福康安等帶領新兵乘銳殺入，定當三路會合，迅即移攻賊巢。目下貴州總兵許世亨已帶頭、二起兵一千名，於初三、四等日抵蚶江，即配渡。其三、四起兵亦不日可到，接續前往。兵力既厚，軍聲益振，搗穴擒渠，可計俱日以待。
同日，李永祺奏言：台灣辦理軍務一切情形，有逈不相同之處。如內地解運糧餉、軍火、大砲等項，船至鹿耳門內有海灘三十里，載重不能前進，必須另僱小船乘潮發運，然後登岸。是大船之外，又用小船。從前歷次調援諸羅官兵，皆由鹽水港一路進發，該處地方僻小，無夫可僱，一切軍裝、器械，係由府城僱備長夫前往抬運。因台地夫役本少，且遠歷長途，較之內地夫價亦昂。又數月以來，凡有限行北路各軍營往來公文，因旱路不通，均係僱覓快船遞送。如此之類不一而足，皆係例所不載，因地趕辦者。臣已逐一詳明督、撫二臣，俟批到造冊咨部，事竣之日，核實報銷。再，台灣四面環海，一交秋令以後，風力甚勁，早晚更覺寒冷。督臣李侍堯、孫士毅並浙江撫臣琅玕，各在內地預辦征兵衣履，運送給散。祗因海洋風信靡常，至十月衣船未到，各兵被體止單、夾之衣。臣目睹情形，不敢拘泥，與台灣道臣永福彼此酌量，稟明將軍青常，凡閩、浙、粵省征兵，每名各借給銀三兩，分交領兵將官趕造衣褲等物。現已按名給領，以禦風寒。俟各省衣履運到，仍令散給，俾得益資溫暖。所借銀數，彙造清冊詳送督臣李侍堯查核，分咨浙、粵於各兵月餉內勻扣，解閩歸款。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、柴大紀、李侍堯曰：據青常所奏情形，是常青之意，亦以普吉保不急往救援嘉義為非。普吉保由鹿仔港親帶官兵打仗殺賊，收復笨港，固屬有功，而自駐無長莊後，距縣城不遠，且據柴大紀咨會望援甚切，乃並不奮勇直前，迅速進剿，其咎亦無可辭。是普吉保功過各不相掩。昨據青常奏，十月二十五日，普吉保已攻開月眉莊等處，在彼駐劄，離縣城不過五里。此摺係二十八日所發，在本日奏摺以前，或普吉保接青常札飭之信，已帶兵前抵縣城與柴大紀會合，亦未可定。若果能如此，則柴大紀此時早與彼會合一處，而普吉保之咎，尚可從輕。至南路賊匪已經撤動，勢漸渙散；而府城兵力已經李侍堯續行派往，此時福康安又無須常青協剿，常青惟當專力南路。至常青於海口各要隘，分飭弁兵巡緝，並多備札諭，令熟識番情之生員等密往大武壠、後山，發給番社通事土目，預防賊匪竄匿，所辦均屬妥協。該處賊匪見官兵聲勢日盛，賊黨漸次窮蹙，自必思乘間由海道潛逃；常青將海口各要隘預為防守，不使賊人搶佔船隻，並札諭番社等在大武壠一帶協力擒拏，賊匪絕其逃竄內山之路，於剿捕機宜，似更得力。福康安於二十八日在崇武澳放洋，今於二十九日即抵鹿仔港，以數百里洋面，一晝夜間揚帆穩渡，所帶兵船百餘號同時到港，實仰荷天神默佑，為成功佳兆。福康安統領如許勁將強兵，四路會合，聲威百倍，自當乘銳深入；惟日夕盼望捷音更為殷切。
臣等謹按，崇武澳距鹿仔港蓋數百里而遙，雖海道不可以里計，而明史稱舟人以更計程，每行一晝夜，謂之十更。今大兵乘風揚帆，不過十更耳，而艨艟百餘同時抵港，一若祥飈有待；必遲之十月之杪而始發者，正俟徵師之集，俾得崇朝穩渡，共慶安瀾；而遲之不啻其速之也。乃知天神默佑，早兆成功，皆我皇上之欽承時若，有以仰協天心也，猗歟休哉。
上命軍機大臣傳諭李永祺曰：李永祺前在金川軍營，曾經辦理糧餉，是以專派該司前赴台灣經管軍需各事宜。且係臬司大員，非府縣可比，遇有運送軍裝、器械、火藥等項，自應隨時妥速給價，擔當趕運。又官兵酌借銀兩趕製衣褲，俱係該司分內應辦之事，何必錙銖較量為報銷時預留站腳地步？朕於行軍要務，從不靳惜費用，將來大功告竣，軍需報銷時，設有實在當用而格於成例不准開銷之項，經部核駁時，朕當酌量寬免。即如從前平定兩金川所用軍需內，由部核駁刪減各款，經朕加恩寬免者至數十百萬之多，李永祺豈未知之，為此煩瑣之奏耶？著傳旨申飭。
二十二日（乙酉），福康安奏言：二十八日風色漸轉，即於申時與海蘭察同舟放洋。二十九日申刻已至鹿仔港，因潮退不能進口，本月初一日清晨即行登岸。舒亮、普爾普等及巴圖魯侍衛章京船隻，帶領廣西兵丁，皆已隨至。又鄂輝、穆剋登阿所帶屯練兵丁由蚶江配渡者，亦於是日陸續到來。船戶人等皆稱，向來海船開駕，行走參差，總不能同時入港。此次風順波恬，揚帆齊至，實為渡洋罕有之事。鹿仔港居民遙見連檣並進，聲勢壯盛，互相傳說，船隻約有一千餘號，官兵當不下十萬有餘，夾道擁觀，無不同聲歡慶。竊思臣等從前守風稽遲，久未開行，及廣西屯練兵丁到後，風色轉順，千並洋面，一帆即達。如此事機湊合，皆仰賴聖主洪福，天神默佑，海若著靈，減賊先機於此可卜。臣到鹿仔港後，查詢存營兵數，據李化龍稟稱，各營官兵除患病外，實有四千餘名，分劄鹿仔港、番仔溝、大崙、二林、埔心等五處。隨查閱鹿仔港所駐各兵，尚屬可用，而將弁等非諳習軍旅之人，不能悉心教練，兵氣遂形餒怯。即如鹿仔港營盤，近在村莊東首，相度形勢，實係不應劄營之地。營外刨挖溝壕，前據地方官稟報，深至二丈，寬至一丈有餘，營壘極為堅固。臣猶以鹿仔港並無賊至，何必如此寬深，及親至該處看視，溝壕不過數尺，圍牆亦不甚堅實，與所報情形逈異。即此細事，可見綠營捏飾惡習，及地方官稟報虛詞，全不足信。詢之該鎮將等，皆稱營盤地面，係從前官兵舊駐之地，未經移改。臣以事屬既往，故免深求，將鎮將等嚴加飭諭，另行擇地移營，嗣後如不痛改積習，即行據實參處。其番仔溝等處營盤，相距數里至二、三十里不等，是否係衝途要隘、應行設營防守之處，尚須逐加查看再行酌定。至義民一項，舊存一萬餘名，及臣差楊振文等招集者五千餘名。臣於查閱各營後，傳集義民頭目，面加曉諭，並將出力者慰諭賞賚。將新舊義民揀選壯者五千餘名，以備隨營征剿之用，其餘仍分派要路各村守卡禦賊，以省兵力。至查詢賊匪情形，賊目分據各莊，互相響應，聞臣等統領大兵前來，彰化以西一帶，近日未敢焚掠。而強悍者多集諸羅，以該縣勢在孤危，攻圍更急。恆瑞、普吉保兩路，經臣屢次嚴催打仗殺賊，較前稍屬奮勉，無如道路阻隔，不能會合一處，尚未直抵諸羅。頃接柴大紀咨稱，諸羅斷糧已久，惟以油■〈米凡〉舂末、掘挖蕉根充食。賊匪四面圍困，不時攻擊，請速派勁兵救援等語。臣與海蘭察、鄂輝悉心商酌，諸羅久被重圍，饋運不至，且地在台灣適中之處，控扼南北要路，儻有疏虞，關係非輕。昨奉諭旨指示，令臣等以先救諸羅為要，就現在情形而論，自應如此辦理。惟鹿仔港距大里杙較近，賊人家口盡在巢中，亦須酌派官兵乘虛進搗，與淡水官兵前後夾攻，使其首尾不能相顧。若能覆其巢穴，固屬甚善；即或不能一舉集事，亦可牽綴賊勢，將來諸羅圍解後，賊人紛紛竄回，全藉此路官兵杜其逃逸之路。臣等擬派舒亮帶領官兵、義民往大里杙進發。賊匪見大兵齊集鹿仔港，必知為直搗賊巢之計，今以偏師前進，聲言大軍繼至，而實則援救諸羅，出其不意，使賊匪不知我兵虛實，處處防備，進剿更易得手。若能連得數次勝仗，將其精銳盡殲，自成瓦解之勢。總之，賊匪本屬無能，惟恃其黨羽眾多，將衝途僻徑處處佔據，四路抄截。現在進剿官兵，既不便零星派撥、分路進攻，以致兵分力薄；若再添調官兵，又屬緩不濟急，惟有隨時隨地將賊匪屯聚之地，設法截斷。即以賊之巧計攻賊，逆匪雖詭譎多端，亦無所施其伎倆矣。臣於本日甫抵鹿仔港，於鹿仔港五里外爽塏之地安營。謹將酌籌進兵，詢問賊匪大概情形，先行馳奏。日內即整頓兵力，迅往諸羅。其貴州官兵，不過數日即至，亦可令其續行前進。所有進兵前往諸羅道路，應否由元長莊一路、抑由斗六門進攻之處，容臣臨時酌量地勢情形，再行定議。再，臣在崇武澳守風時，江西解送火藥之吉安營參將張兆熊稟請，隨往軍營效力；情詞懇切，尚屬奮勉，業已帶至軍營聽候調遣。
同日，普吉保奏言：本月二十一日，賊匪分路擁眾四出，經臣親帶官兵、鄉勇奮力趕殺，鎗砲併施，打死賊匪數十人；自辰至申，賊眾敗退，割獲首級、耳記、髮辮，並打死騎馬賊目一人。官兵、鄉勇、社番有受傷者，當與出力兵丁分別賞卹。正在設法前進，適柴大紀訂期二十六日，臣帶兵至牛稠溪，伊當接應，隨即咨覆，勉圖前進。又准參贊將軍臣恆瑞咨以，現在恢復鹿仔草，飭令臣帶領官兵前至新埤地方會合，應援諸羅。查元長至新埤，必由大崙、大容莊經過，緣彼處均係賊巢，必須焚剿淨盡，方可前進。且業與柴大紀訂期會攻，併探知賊匪仍復屯集鹿仔尾一帶，即於二十六日黎明，親帶官兵分作三路進攻。臣帶領遊擊海亮經由中路，參將張朝龍、守備王德俊由西勢潭一路，護副將琢靈阿、遊擊葉有光、都司馬元勳由柴苓腳一路，行至崙仔尾，賊眾蔓延田野，前來抗拒，鎗砲橫施。自卯至申，經官兵、鄉勇鎗砲打死賊匪甚多，割獲首級三顆、耳記、髮辮五件。賊眾雖則敗退，然猶散而復集，潛伏於竹圍、蔗林內，我兵實有難以輕進之勢。除將受傷出力之兵丁、鄉勇，分別獎賞鼓勵外，伏思元長莊離諸羅僅二十餘里，乃一月有餘，疊經焚剿，尚未能長驅直入，實深愧忿。崙仔尾、大崙俱係往諸羅要路，而從大崙亦即可抵新埤；大崙之賊黨剿除，則諸羅、新埤均可直達。現在差探設法奮力圖進，務期將大崙道路廓清；或由新埤前進，與恆瑞會合，併力夾功，更覺有益。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、鄂輝、柴大紀、蔡攀龍、李侍堯、普吉保曰：賊匪因嘉義縣城勢在孤危，百計攻擾；普吉保駐兵元長莊為日已久，柴大紀被圍數月，兼乏糧食，兵丁饑餒，自然不能出城接應，伊亦並未前進，實係無能。其摺內所稱殺賊情形，不過割獲首級三顆、耳記等五件，焉得謂多？不過應差打仗，敷衍塞責；徒知愧忿，亦屬無益。且普吉保在元長莊，距縣城不遠，正應奮力前進，剿殺賊匪，乃轉欲由新埤會合恆瑞，豈非繞遠待人，而於柴大紀急望救援，竟存膜視耶？看來普吉保、恆瑞，雖現在帶兵救援，俱難望其奮勇得力。此時，福康安已統領大兵由鹿仔港進發，自應速赴縣城援應，不可再緩。大里杙係賊匪巢穴，福康安派令舒亮帶兵前往，與淡水官兵前後夾攻，使賊人首尾不能相顧，為牽綴賊勢之計，與朕前旨吻合。並擬將賊匪屯聚之地，設法截斷，即以賊之計攻賊，使賊人無所施其狡詐伎倆，所辦深合機要。至該處帶兵將弁不能悉心教練，以至兵氣餒怯，為賊匪所輕；而於稟報情形，多不確實，尤為綠營惡習。今福康安到彼，面加訓飭，實力整頓，並於鹿仔港另行擇地移營，設法防守，揀選精壯義民隨營剿賊，一切籌辦，均實妥協；自當壁壘一新，士氣百倍。想大兵所到，賊匪望風膽落，指日成擒，剋期集事。再，前經降旨以台灣辦理一切善後事宜，最為緊要；諭令福康安於剿捕事竣後，不必急於來京瞻覲，俟善後諸務辦理完竣，再行回京。並以柴大紀在台灣日久，熟悉該處情形，欲令伊以水師提督兼理台灣總兵事務，留於該處整飭彈壓，俟一、二年後，再行更換。但念福康安等遠涉重洋，備歷風濤之險，現在統兵進剿，懋著勤勞；而柴大紀固守縣城，不辭勞瘁。此時大兵云集，會合進剿，逆匪自可指日蕩平。計至明歲二月中，朕巡幸天津時，福康安等應行籌辦事務，自已漸次料理，應將大端面交常青接辦。常青經事較久，於善後諸務自所優為。柴大紀亦可將該處情形，告之蔡攀龍，令其在彼照料彈壓，與福康安一同起程，約計朕駐蹕天津時，前來瞻覲。雖此次剿捕內地逆匪，與平定回部、金川不同，可無須舉行郊勞典禮；但伊等蕆功奏績，遠涉宣勤，亦應加以宴賚，用示獎眷。至台灣地方屢有械鬥滋事之案，如從前辦理黃教後，上年又有楊光勳、楊媽世等，糾約黨夥倡立會名之事，皆由該地方文武等於查辦時，並不實力嚴拏、痛加懲創，祗不過拏獲數人，希圖化大為小、將就完案，以致奸徒無所儆畏。且見地方武備廢弛，心存玩視，逆首林爽文等遂敢糾眾倡亂，乘間竊發，戕官劫縣，釀成巨案。經此番官兵大辦之後，所有此事起釁根由及助惡夥匪，著福康安等於剿捕事竣時，務須嚴切跟究，從重懲治，勿令稍留餘孽，故智復萌。庶人知畏法，革面洗心；該處民刁吏黷積習，蒸然一變。而於地方營伍，尤須實力整飭，俾紀律嚴明，有備無患，以期一勞永逸，綏靖海疆，方為妥善。