九月初五日（己巳），藍元枚奏言：召募兵丁，現在踴躍應募者，已經陸續挑選勇壯一千餘名，照兵丁之例，給與錢糧。聞其內即有二百餘名係曾經從賊者，但本人自愧知非，不肯認此惡名。伏思皇上既予以自新之路貸其一死，臣亦姑聽其隱秘。惟是此等匪徒，亦難遽信其無假冒投誠；萬一有變，所關匪細，仍嚴密稽查防範，以保無虞。大甲溪岸並社義民、熟番，先經臣差弁前去曉諭鼓勵；隨經差弁帶同熟番潘明慈、郡乃等八名、義民首邱子標等十二名前來，各願勉力殺賊。臣即賞以銀牌、布匹，令其同心奮勇禦賊。嗣又據該處民番來報，有賊攻擾，臣經撥兵六百名，又飭副將徐鼎士帶兵一千二百餘名，又招募義民三千餘名，同在大甲溪北駐劄；而岸並社熟番在大甲溪之南，聲勢甚是聯絡。賊人屢次攻擾，俱被官兵等殺退。且該處路途頗平，可以攻迫賊巢；若與鹿仔港兩處夾攻，實好機會。但近聞賊目互相猜疑，俱將各賊眷屬押入大里杙居住，若官兵攻剿太急，勢必抵死守禦，一時恐難遽破，轉費時日。又防賊人佔踞斗六門，必乘大兵進攻大里杙，從西螺來抄鹿仔港，難免有後顧之慮。況鹿仔港，現在西南沿海豐港至鹿場尖山北餔五十餘里，約大、小二百餘莊，經臣遣人分頭前去曉諭。所有被賊焚燬村莊，亦搭蓋草寮暫行歸莊。七月二十七、八、九連日大雨，園地俱栽插番薯。而鹿仔港之東南溪底、孩沙等莊，離斗六門僅七、八里；該地民人亦有來求見，佇望兵到，各屬糾集鄉勇跟隨殺賊。臣細籌情形，明知斗六門係賊要隘，勢在必爭，必來抵死相拒。然際此民心初安，向義從官，似當先乘此機會，多帶官兵先劄西螺。若斗六門一破，正可痛加剿殺，使賊人心驚膽裂，而我軍便得長驅直進，似較大甲溪更為要著。臣已飛咨將軍臣常青、提臣柴大紀，訂期於八月半間，會同夾攻。至漳州兵船，經收入鹿仔港有一千三百餘名，其未到兵，若早晚風順，亦必陸續進港。臣正在整頓兵力，前往攻剿斗六門，一得勝仗，立刻由驛馳奏。再查生番性如猿猴，登山涉水便捷如飛。但分種數，每種或數十莊、社，或百餘社不等，皆有熟悉番性之人，眾番俱皆聽其呼喚。臣細訪彰化以北生番，有張鳳華能使生番信服，當即諭令張鳳華前去曉諭各社生番，擒殺賊匪，自有重賞。於七月二十八日，張鳳華親姪張高飛前來面稟：伊叔業經傳諭生番，據眾番告稱：『先前，係林爽文叫人來說，大里杙山邊，盡是大官員，鹿仔港海邊，俱是賊，是以叫我去殺賊。今知鹿仔港是官員，大里杙是賊，自然要殺賊』。該生番業於七月十二日，殺阿罩霧賊三十餘人。至彰化以南生番，聞有岸並社熟番通事潘明慈，為人誠實，兼通生番。當令傳諭該通事，令其前往諄切曉諭。嗣據潘明慈稟稱：『前往生番告以利害、許賞花紅，眾番社無不喜悅。都說：從前被賊哄了，如今才曉得鹿仔港、大里杙，都是些賊，將來必定拏來獻功；省得賊來戕害，又可以邀重賞』。等語。此等無知蠢類，一經曉諭，皆知踴躍樂從，將見么■〈氵义〉無藏匿之所，不難即日就擒。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、藍元枚曰：諸羅被賊圍困，望救甚切，經柴大紀兩次請兵往援，該參贊自應帶領官兵星速前往策應。鹿仔港距諸羅甚近，該處被賊圍急，藍元枚豈有不知之理？況屢有旨催令自北而南，接應諸羅；計此時，藍元枚早應接到，何以摺內未曾提及，又不速往援應？乃轉稱現在咨會柴大紀。該處此時正在被圍望救，焉有餘力與藍元枚會合夾攻斗六門之理？且藍元枚摺內，既稱大甲溪岸並社義民、熟番聲勢聯絡，該處路途頗平，可以攻迫賊巢；又稱斗六門係賊要隘，勢在必爭，當多帶官兵先劄西螺，進攻斗六門，以便長驅直進；即應酌定機宜，普吉保駐守鹿仔港，該參贊親自帶兵前往痛加剿殺，以圖進取。乃既不由大肚溪進兵與徐鼎士會攻，又不進赴斗六門奮力攻擊，殲除屯佔賊匪、救援柴大紀，而於大里杙賊巢，又稱官兵若攻剿太急，賊人勢必抵死守禦，一時恐難遽破。是藍元枚竟係中無定見，株守鹿仔港，徒擁兵自衛，並無寸進。若鹿仔港果有賊匪攻擾，藍元枚不能前進，猶得有所藉口；該處現在並無賊人滋擾，而藍元枚處添調官兵又已厚集，乃一味株守，瞻前顧後，並不挪移尺寸耶。看來，藍元枚明知諸羅被圍緊急，擁兵不救，徒以大甲溪、斗六門等處轉輾推托，以掩飾其株守坐視之罪，豈能惑朕。藍元枚之祖父藍廷珍，以一總兵帶兵前渡台灣剿除賊匪，七日之內，剋期奏績。朕軫念前勞，是以將藍元枚屢加拔擢，用至提督。又以伊係本省人，必能深悉賊情，畀以剿賊之任，授為參贊，並賞戴雙眼花翎。藍元枚自應倍加奮勉，效法伊祖，剋繼家聲，方為無負委任。今自到鹿仔港後，遲回觀望，一籌莫展。即所稱曉諭生番，令其擒賊獻功等事，皆不過藉詞文飾，以為佔腳地步。藍元枚受朕深恩，何得恇怯委靡若此！若再仍前觀望，按兵不動，則藍元枚即為任承恩之續，況尤非若任承恩尚可推兵少也。著先嚴行申飭。至常青，亦屢有旨令其親統官兵，速赴諸羅接應柴大紀。乃自數月以來，惟知零星添撥，奏請添兵，並未親往北路，決機製勝，所辦何事？現在諸羅尚未解圍，常青、藍元枚既經貽誤於前，當此兵力厚集之時，正該將軍贖罪圖功之日，亟應奮勇前進，收效桑榆，庶不致自罹重咎。總之，此時諸羅若無挫失，即係常青、藍元枚之福，萬一柴大紀竟有不虞，則常青、藍元枚更何顏面立於人世，不可不慎也！再藍元枚奏，現在召募食糧民人一千餘名，內有二百名曾經從賊者，但本人自愧知罪，不肯承認，雖予以自新貸其一死，但難以遽信等語。此事最宜留心，若稍有可疑者，即應立行誅戮，勿使別生事端，以保無虞為要。至福康安既經啟閱藍元枚所奏情形，即應將其支吾掩飾，及福康安到彼如何措施之處，據實奏明；何以並未附摺具奏？福康安於此等處，豈不能見及？若徒然啟閱，仍默無一語，則亦不必先行閱視矣；豈朕委任之意耶？福康安到彼，著將此次諭旨內指出各節，面向藍元枚嚴加詰詢，令其逐一登答，仍嚴行查訪有無捏詞支飾，據實具奏。
初六日（庚午），藍元枚奏言：臣於七月二十二日染患痢疾病症，至二十五日，聞賊人來擾番仔溝，親帶官兵前去堵殺。行至中途，因賊匪已退，亦即回營。是日大風，猝受感冒，漸覺疲倦。八月初八日，聞賊匪一由竹仔腳，一由大肚溪，一由柴坑仔，三路來犯；仍力疾親帶官兵前去堵殺。至收兵回營，精神愈覺不支；現在不能起立，飲食頓減。伏思鹿仔港為海口要地，況現在漳州兵已到一千三百餘名，廣東已到四百餘名，兵力已足，正當迅速剿滅首夥之際，臣何人何心，焉能安臥床褥調攝微軀。茲暫將一切官兵移交普吉保管束進剿，一面飛咨將軍臣常青速撥文員前來經理。臣奉職無狀，既不能剋日擒渠，又何敢抱痾戀棧，伏乞將臣革職、軍前效力，俟台匪剿滅，交部嚴加治罪。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯曰：藍元枚昨日奏到之摺，係八月初六日拜發，馳遞幾及一月。因查常青上次所到奏摺，係八月初五日拜發，已於八月二十三日遞到，何以藍元枚此次之摺至一月之久？隨飭查沿途掛號發單，係在未到蚶江以前，海門耽擱十六日之久。向來，洋面雖以風信為憑，即或間被風阻、稍稽時日，尚屬事之所有，何遲至十六日之多。海面亦閩省所轄，遇緊要文報，該督等自必慎選員弁、船隻，以便駛渡，斷無聽其任意遲延之理！著交李侍堯嚴切稽查，究係何處耽延遲誤？是否實係阻風？即行據實覆奏。此後，務須隨時留心稽查，嚴飭該管員弁，慎選夫船，設法星速馳遞，毋致稍遲。再藍元枚處，現據奏稱漳州兵已到一千三百餘名，廣東兵已到四百餘名，是兵力已盛；且賊匪互相猜疑，漸有渙散之勢，官軍正可乘機進剿，乃藍元枚又因患病，不能辦理軍務，實深焦切！鹿仔港一路，現駐重兵，最為緊要，藍元枚既經患病，此時常青處亦無人可以派撥前往統轄，福康安此刻已抵閩省，接奉此旨，即應星夜加倍兼程，竟由蚶江配渡迅赴鹿仔港；即帶領藍元枚所統官兵，奮勇打仗，接應諸羅，或與徐鼎士會合夾攻大里杙。惟當相機而行，不必俟屯練及貴州兵到齊，再行進發。彼時，若藍元枚病症不能痊癒，所有水師提督，即令蔡攀龍署理。蔡攀龍素為奮勇，屢經打仗出力，是以特加擢任。著福康安先行傳諭蔡攀龍，務須加倍奮勇，殺賊立功。伊現在自已前抵諸羅，即當由諸羅帶兵剿殺沿途賊匪，打通道路，經赴鹿仔港。如彼時福康安尚未到，蔡攀龍即督率官兵奮勇進剿，不必等候福康安到彼，始行進剿。至藍元枚自到鹿仔港後，辦理一切，尚為奮勉。後因其擁兵觀望，並無寸進，又不親往援應諸羅，節經降旨飭諭。今藍元枚既稱患病，難以支持，然猶在番仔溝、竹仔腳等處，力疾打仗，堵殺賊匪。如果病症屬實，其情殊可憐憫！現已頒賞大、小荷包以示軫念，福康安到彼，即傳旨賞給。再，藍元枚雖因病不能辦理，普吉保自當帶兵進剿，何得株守坐待，並著福康安將普吉保有無畏怯觀望之處，一併查明具奏。
初七日（辛未），上命軍機大臣傳諭保寧、李世傑、舒常、李慶棻、琅玕、孫土毅、孫永清曰：此時川、黔兩省之兵，自必陸續按起前進。但現在台灣雖有浙、粵調撥之兵，接濟剿捕，而會合攻擊，急需厚集兵力，以期迅奏膚功。計福康安此時已可到台灣督辦一切，正須多兵調遣。所有調撥四川屯練降番及貴州之兵，著保寧、李慶棻務須飭令後起帶兵員弁，加緊行走，愈速愈妙。其川省之兵，經過湖北、江南、浙江等省；貴州之兵，經過廣西、廣東等省，俱著各該督撫速飭所屬，於兵過之時，妥為照料，速令加緊遄行，毋使稍有遲緩。
上又命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯、李化龍、蔡攀龍曰：前據常青奏，派令蔡攀龍帶兵一千六百名，由海道前往諸羅援應柴大紀，此時蔡攀龍自已早抵該處。但計伊接奉前旨，由諸羅前赴鹿仔港，尚需時日。而藍元枚一路，現在漳州兵已到一千三百餘名，廣東兵已到四百餘名，又賊黨互相猜疑，漸有潰散之勢，正是甚好機會，而統兵大員忽值患病，反覆思之，殊增煩懣。因思李侍堯於八月初九日，曾奏帶領續調粵兵之總兵李化龍業已先到，現催令該鎮帶領已到之兵，即日開駕，速赴藍元枚一路協剿等語；是李化龍等此時早已帶兵前抵鹿仔港。李化龍人尚明白，且曾經行陣，如蔡攀龍即時不能前抵鹿仔港，即著李化龍署理水師提督事務。並著鼓勵將弁等奮勇出力，相機攻剿，不得因循株守，致有貽誤。其藍元枚現在患病情形，勿令賊人聞知，致長奸計窺伺，此為最要。至普吉保與藍元枚同駐鹿仔港，藍元枚既經患病，又將官兵交伊管束，普吉保即應將藍元枚患病光景及現在如何督率官兵剿捕事宜，詳悉再奏，何以並未據專摺奏聞？伊雖至愚，何至於此等處，亦不能見及耶。普吉保著傳旨嚴行申飭。現在不患兵少，所最要者，乃統兵之人。福康安到彼，不必俟四川屯練及貴州官兵到齊，即先獎勵將弁奮勇進剿，不得因途次知藍元枚現已患病，又稍存畏怯疑難之見。至鹿仔港，現在各副參、遊擊等官，俱係營伍大員，久隨藍元枚，調度籌辦已有章程，此時提督雖經患病，該員等正當各為國家出力、勉圖報效之時，何未見有一人同普吉保剿賊者？福康安到彼，即應鼓勵在彼將弁，統率新到官兵，或會合徐鼎士直攻大里杙賊巢，或竟率領官兵經赴諸羅救援，將沿途賊匪痛加剿殺，以期道路肅清，軍威丕振。
同日，柴大紀奏言：逆匪糾合南北賊眾，滋擾鹽水港、鹿仔草等處，圖截通府要路，使文報不通，糧餉莫運，以困諸羅縣城。臣經撥遊擊楊起麟、守備黃象新等，帶兵一千餘名，駐劄鹽水港。又撥千總陳邦材帶兵二百名，駐防鹿仔草，與鹽水港互相犄角。又派遊擊邱能成帶兵二百五十名，一路巡哨接應。茲六月初九日，探聞龍船窩莊等處有賊匪焚搶情事，楊起麟同黃象新等，於初五日黎明，帶兵飛赴該處。賊匪二千餘人迎敵，隨督率弁兵施放鎗砲，打死賊匪多人，餘賊旋退旋來，被大砲打死百餘人，賊眾敗走。追趕十餘里，殺死賊匪亦多，奪獲賊旗、賊械等項；惟番民怡皆一名受傷。六月初七日辰刻，賊眾約有二、三千人，分路圍攻鹽水港。楊起麟督率弁兵、義民，施放鎗砲，打死賊匪二百餘名，賊敗。追至後鎮地方，殺死賊匪甚多，奪獲子母砲一門、馬蹄砲一門、鹿鎗、竹牌及賊旗等項。黃象新由南趕至急水溪邊，生獲賊匪鄭對一名，餘賊奔竄。兵民間有傷亡。隨將鄭對審明正法。六月初九日，千總陳邦材、武舉陳宗器教：賊匪萬餘聚集附近各莊，欲來攻鹿仔草，乞撥兵救援。隨撥遊擊李隆、守備楊彲，於初十日黎明，帶領弁兵並黃奠邦、吳正蘭等各義民，飛往應援。至竹仔腳大崙莊田洋，遇賊匪六、七千蜂踴而出，亦有鎗砲抗拒官兵。李隆督令施放鎗砲，賊匪四面攻圍，官兵、義民奮勇前禦，打死賊匪四百餘名，殺死賊匪二百餘名。自辰至午，打裂大砲二門。賊眾抵死衝來，官兵、義民奮勇鏖戰，適遊擊邱能成帶領弁兵亦至該處，並千總陳邦材、武舉陳宗器，各帶兵丁、義民並來夾攻，又打死賊匪數百，賊始逃散。收軍。遊擊邱能成等仍回鹿仔草。把總郭德勝、李松二員，外委蕭富、許飛鳳二員，陣亡；外委陳威一員，未知去向。陣亡並遺失兵丁陳興高等共一百三十三名，陣亡義民鄭幹等七十名，受傷兵丁劉國寶、義民呂云等五十名。炸碎大砲一門，打裂子母砲一門，遺失子母砲四門、百子砲四門、鳥鎗三十桿、腰刀四十八口、單刀二口。又六月十二日辰刻，賊匪五、六千人，由東勢角來攻鹿仔草。遊擊邱能成帶領千總陳邦村並兵丁、義民，向前抵敵，用鎗砲連環轟擊，自辰至未，打死賊匪多人；奪獲子母砲、竹營砲共三門，鳥鎗、令旗、竹牌、斧頭等件。生獲賊匪莊敏等八名，即於軍前正法。兵民間有傷亡。再臣原帶官兵一千九百三十名，往諸羅剋復城池，續於四月二十一日，將軍臣常青派撥參將潘韜帶兵一千餘名，前來接濟；共兵二千九百餘名，除分派鹽水港、鹿仔草防守以及陣亡外，臣營盤止有兵一千餘名，兵力單薄，賊匪每來侵犯，已咨請將軍臣常青添兵應援。又二十日巳刻，賊匪萬餘蜂擁來攻諸羅四門營盤，隨令官兵、義民協力抵敵，鎗砲齊轟，臣往來各門營盤督戰。自已至申，打死賊匪計有數百名；打裂大砲一門。其東、南、北三處賊匪，俱已敗走。惟西門外賊眾尚抵死衝來，督令官兵竭力鏖戰，賊匪退而復來者三次，義民似覺稍怯。臣隨飛調遊擊林光玉帶兵由東殺來，兩處鎗砲齊發，用力夾攻，各義民亦皆奮勇爭先，鎗砲打死賊匪三百餘名，內執大旗賊一名、騎紅馬賊一名，始四散遠竄。因天晚收軍。兵民傷亡者八十餘名。獲大旗一面，上寫五個雷字，四角寫天地日月字樣；又大旗一面；奪獲竹牌、皮牌等械。二十一日，撥防鹿仔草遊擊邱能成稟稱：溫州鎮魁大斌帶兵一千六百名前往諸羅，因大崙、埔心等莊有賊匪屯聚截路，十八日即帶兵四百名，諭令遊擊亦帶水陸官兵並武舉陳宗器等義民，隨往該莊剿捕。與賊打仗，施放鎗砲打死賊匪甚多。詎賊眾萬餘，四面圍來，官兵、義民拚命抵敵，至申刻殺出重圍。遊擊左手中指被賊刀傷見骨，坐馬前胸亦被刀傷。收兵回鹿仔草。魏大斌所帶官兵，陣亡千總一員、把總二員，兵丁遺失一百五十餘名；遊擊所帶官兵，陣亡把總武成烈，劉連陞二員，外委包定邦一員，水陸兵丁陣亡、遺失共二百二十九名，義民遺失三十餘名。逆匪因官兵派守鹽水港、鹿仔草，諸羅營盤兵大單薄，總兵魏大斌接濟之兵又不能到，益肆鴟張，圖侵縣城愈急。臣竊思諸羅係四面受敵之地，現今賊多兵少，隨會商署諸羅縣陳良翼並武舉黃奠邦、拔貢鄭天球等，環營開溝設險，晝夜併工，多方鼓勵官兵、義民協力堵禦。二十四日巳刻，賊匪萬餘，分攻西、北兩門營盤，東、南亦各有賊匪六、七百人。察看情形，此係賊人詐謀，牽掣東南，意實專攻西、北。臣令各營大砲齊發，賊砲亦與對放。臣往來西、北兩處，親督鎗砲各兵，按定准頭施放，打死賊匪約共三百餘人，賊眾猶冒死前來。臣督率官兵、義民奮勇鏖戰，北門打死騎馬賊一名，又打傷騎馬賊一名；打裂大砲一門。殺死賊匪七、八十名，賊敗遠竄。西門外賊匪，雖被大砲打死二百餘名，尚不肯退。復親帶鎗隊飛往協力堵殺，賊眾恃有鎗砲，不特當面對打，且分攻右邊番社。其番社界在西北之間，早已撥外委賴連陞帶鎗砲手五十名、番弓箭手三十名，在竹國內埋伏，賊匪將近，鎗砲弓箭齊發，傷斃賊匪十餘人。賊隨俱攏西門，任我鎗砲轟擊，竟然抵死不懼。查東南賊匪，俱經參將潘韜，遊擊李隆、林光玉等殺退。隨飛調遊擊李隆、林光玉等，帶兵由東殺來，併力夾攻，殺死賊匪百餘名，至黃昏賊始退去。定更時，賊復逼近營盤，與官兵對放鎗砲，相持一夜，至二十五日黎明，賊眾復攻西門。臣往來各營盤督戰，俱用大砲轟擊南門外，打死賊匪數十人，其餘俱退。東、北兩門賊匪，被大砲打死各二百餘人，打死騎白馬賊一名、騎黑馬賊一名，隨率官兵、義民奮勇追殺，賊匪始退。惟西門外賊匪，愈殺愈多，雖經大砲接連打死無數，仍然拚命來攻；復分作二起，一由當面衝來，與官兵對殺，一面由番仔溝擁入學舍傍牆圍內，多鑿穴空，放鎗打入營盤，兵丁、義民多受其傷。若用大砲轟擊，儘可透牆斃賊，因文廟伊邇，神所憑依，未敢施放大砲。查南門賊匪已退，隨飛調遊擊李隆帶兵前往夾攻，鎗砲打死賊匪百餘名，打死騎馬賊二名，殺死賊數十名，申刻賊眾四散奔逃。值大雨，收軍。此兩日一夜與賊打仗，官兵不暇造飯，俱係城內紳耆、舖民挑飯送各隊伍，儘挑送涼水，兵丁得不饑渴。兵民傷亡者約八十餘名。奪獲馬匹、旗牌、長刀等項。又二十八日辰刻，賊匪萬餘復來侵犯四門營盤，臣來往各門督戰，飭令官兵、義民抵禦。至午刻，打死賊匪三、四百人。官兵、義民奮勇爭先，殺死賊匪百餘名。東南之賊，先已敗去，惟西北門外賊匪不退。時臣在北門外見有騎馬賊率眾衝來，甚是鴟張，即令放砲，立見人、馬衝到，並打死賊匪數十人。正欲追趕，適參將潘韜、守備楊彲等報稱：西門外賊勢猖獗，數次逼近營盤，官兵、義民俱有損傷。臣隨往援，併調遊擊李隆、林光玉等均到西門，併力夾攻。至申刻，賊匪被鎗砲打死百餘人；打裂大砲一門。殺死賊匪數十名，賊始四散遠竄。生擒賊匪林再、何水二名，因傷重旋死，戮屍。獲旗牌長刀等項。
同日，常青奏言：八月十六日，親帶兵起程，因恐賊匪乘間侵擾府城，是以密為預備；定於十六日起程，先令官兵揚言於十三日前往北路。此言傳出，果有賊匪五、六千人潛伏竹箐，窺探府城。當經帶兵殺散。若官兵往北路，止留梁朝桂一人帶兵千餘駐守，實屬可虞。應俟廣東、浙江駐防滿兵三千名一到，即留一半守城，常青、恆瑞即帶領一半，先剿殺南路賊匪，再行往北接應諸羅。
同日，李侍堯奏言：諸羅被園日久，芻糧、鉛藥日少一日，甚為可慮。此間滿漢官兵登舟者，不下八、九千，總以風信不常，連日停泊，不能開駕。直至十六日，始行放洋，計目下當可到齊。常青得此新兵，或當分兵駐守府城，率兵前往打通諸羅道路。臣前詢問船戶陳榮昌，據稱：聞得有牌腹村義民運糧接濟諸羅城中等語。若果如此，則諸羅尚可堅守待援。至鹿仔港一路，普吉保劄營在馬鳴山，本月初八日有賊來擾，即率兵剿禦。自辰至未，賊猶不退，藍元枚遣遊擊琢靈阿帶兵接應，賊始散敗。官兵乘勝追殺，斬獲甚多。查漳兵二千，久已起程，其未到之六百餘名，不日亦即可到；而左翼鎮總兵李化龍帶領粵兵二千五百，亦於十六日放洋，兵力驟增，正可協力進剿。旋接同知黃嘉訓稟稱：藍元枚於十八日身故等語。藍元枚到鹿仔港後，連絡民番，怖置似有頭緒，一旦身故，群情未免失所倚恃。適增調之粵兵、漳兵，計目下亦必全到，則事機尚可相接，惟普吉保、李化龍兩總兵，恐難相統轄。府城既有滿漢兵新到，想常青自必親自帶領赴援諸羅；恆瑞或須留守府城，不能分駐鹿仔港督率。臣一面飛檄普吉保、李化龍，務當和衷商度，酌量一人駐守，一人即統兵進剿斗六門等處，與柴大紀會合，勿得各存意見，以致誤事。想普吉保等，亦決不因統率無人，遂稍存觀望。福康安、海蘭察等，約計九月初間，即可到廈門。臣現已預備船隻等項，俟一到即可登舟。所有糧餉、火藥，惟有寬裕籌備，上緊運送，以期應手，不敢稍有遲誤。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、柴大紀曰：柴大紀所奏情形，俱係七月以前之事，業經常青、李侍堯等先後具奏。而諸羅被賊攻圍以後，常青又派蔡攀龍等帶兵往援，如何殺賊解圍之處，尚未得確信。現在諸羅被困緊急，望援甚切，常青等自應遵旨帶兵親赴北路援應柴大紀，而伊等又因府城存貯糧餉、火藥，兼之難民甚多，惟恐大兵起程後，賊匪乘間侵擾府城，請俟浙、粵駐防滿州兵到後，酌留一半駐守府城，帶領一半先淨南路，所辦亦覺未中肯綮。此項駐防兵三千前抵台灣後，軍勢壯盛，正當乘其銳氣，以全力直趨北路。今又以分派一半駐守府城，一半帶往南路剿賊，是兵力又以分而見單。但此時，常青等如已帶兵前赴南路，果能將賊匪大加剿殺，擒獲莊大田，恢復鳳山，肅清後路，俾無返顧之虞，亦民甚善。但必當奮力搜剿，將屯佔賊匪殲戮無遺，庶不虛此一舉。不可徒分兵力，以致兩處耽延，方為妥善。又據奏，官兵若往北路後，府城止留梁朝桂駐守，未免可慮一節，常青既已見及於此，自應令恆瑞同梁朝桂固守府城營盤，常青自帶兵徑趨北路，自不當祗令一總兵在郡城駐守也。此旨到時，竟應遵照前旨，令恆瑞駐守府城，常青仍帶兵在援柴大紀為是。又據李侍堯奏，藍元枚於八月十八日患病身故，覽之深為軫惜！藍元枚自駐劄鹿仔港以來，調度督率，均屬奮勉出力。後因其久駐鹿仔港，未能統兵進剿，又未往救諸羅，曾經降旨飭諭，此亦策勵之道，不得不然。今因偶患痢疾，仍舊勉打仗，竟至身故，殊為可憫！鹿仔港現駐重兵，方圖進剿，又賊黨互相猜疑，漸有潰散之勢，正是極好機會，而參贊大員忽因病故，軍心不無惶怯，將弁等不無懈弛觀望，並恐賊人聞知藍元枚病故信息，生心窺伺，最為緊要。李侍堯所奏之摺，福康安在途次已經啟閱，自悉該處情形；惟當堅持定見，及早馳抵該處整頓兵力，奮勇進剿。儻福康安尚未能剋日前抵鹿仔港，即應先發劄諭，以該參贊雖經身故，但官兵厚集，聲勢壯盛，福康安現赴鹿仔港，即日可到。李化龍、普吉保及將弁官兵等，務須倍加奮勇，努力自效、殺賊立功，俾軍心鎮定，將弁等咸知奮勇。其所調屯練及黔省兵，現又有旨催令該督撫等，即速派調起程，剋期進發，以期早抵軍營。但此時鹿仔港續調之兵，業已陸續到齊，兵力已足，福康安及海蘭察所帶巴圖魯侍衛等百餘人，最為勇健，尤足以一當千，更可恃以無恐。惟當就現有之兵，速即統領進剿，將來屯練及黔省兵到彼時，俱係生力，豈不更資剿殺賊匪耶。至水師提督，業經降旨令蔡攀龍署理。又因蔡攀龍未能即抵鹿仔港，是以令李化龍署理，以期事權歸一。今據李侍堯奏：『已經檄普吉保、李化龍二人，應留一人駐守鹿仔港，一人帶兵進剿斗六門，與柴大紀會合。想普吉保等，不敢因統率之無人，稍存觀望』等語。自應如此辦理。廈門距鹿仔港不遠，李侍堯之信早到，李化龍、普吉保二人中，何人駐守，何人進剿，自已早經商定，即行各據實馳奏。又前因鹿仔港召募充伍民人內，有二百餘名係曾經從賊者，難遽信其無假冒投誠之事，已有旨諭令留心防範。儻有可疑者，即先誅之。今藍元枚已經病故，此事關係緊要，並著福康安同李化龍、普吉保加意嚴防，隨時稽察。儻有心懷叵測者，即當正法，毋致別生事端。
上又諭內閣曰：官兵在諸羅城外剿殺賊匪，紳耆、鋪民挑送飯米、涼水，兵民得不饑渴；又牌腹村民人復運糧接濟諸羅，該處民人能各知大義，踴躍奉公，深為嘉尚！自當特沛恩膏，以示獎勵；著福康安、常青、李侍堯，即行查明首先倡率之義民、頭目，一面奏聞，一面酌給官職。第念該處義民眾多，若僅將頭目給官、嘉獎，恩施猶未普遍，前曾降旨蠲免台灣本年應征錢糧，著再加恩將五十三年分台灣府屬應征錢糧，亦概行豁免。並著該將軍等，即行普貼謄黃，俾全郡民人咸知感激，倍加奮勉急公，以副朕優獎義民有加無已至意。
上又諭內閣曰：福建水師營提督藍元枚，於台灣逆匪林爽文糾眾滋事以來，屢經統領將弁，奮勇直前，剿殺賊匪，並籌畫一切，皆有條理，特降旨授為參贊，以示獎勵。昨據藍元枚奏，染患痢疾，屢次力疾統兵勇往堵剿，復降旨賞給大、小荷包，用昭體恤。茲聞病故，深為憫惻！藍元枚著贈太子太保，並賞銀一千兩，以示朕軫念勤勞，優恤戎臣之至意。所有應得恤典，著該部察例具奏。